UJIAN TAKE HOME

BIOINFORMATIKA
ANALISIS GEN DAN PROTEIN

Diajukan sebagai Ujian Take Home Bioinformatika (SPSBT-6204) yang

dibimbing oleh M. Saifur Rohman, M. Eng., Ph.D.

Oleh :
Digdo Sudigyo
17/419967/PMU/09178

PROGRAM STUDI MAGISTER BIOTEKNOLOGI

SEKOLAH PASCASARJANA
UNIVERSITAS GADJAH MADA
2018
 JAWABAN UJIAN TAKE HOME
PENGAMPU M. Saifur Rohman, M. Eng., Ph.D.
MATA KULIAH
BIOINFORMATIKA ANALISIS GEN DAN PROTEIN

1. Berdasarkan kode Accesion Number MF134665 di GenBank dalam situs NCBI

menunjukkan informasi lengkap gen pengkode selulase pada bakteri Bacillus
amyloliquefaciens strain T3, yang ditunjukkan pada gambar lama dibawah ini.

Dalam tugas ini digunakan data CDS (coding sequences) dengan menggunakan kode
protein yang akan dilihat strukur 2D dan 3D protein dari hasil translasi gen selulase
Bacillus amyloliquefaciens.

2. PSIPRED digunakan untuk melihat struktur protein 2D yang dihasilkan dari hasil
translasi dari sekuens nukleotida. Berikut cara menggunakan PSIPRED untuk melihat
struktur 2D pada sekuens protein MF134665, sebagaimana dibawah ini :
a. Salin data CDS pada hasil translasi dibawah ini.

b. Buka situs Psipred, lalu masukkan data dalam kolom input sequence, lalu
masukkan data-data yang dibutukan salah satunya alamat email. Setelah itu klik
predict untuk memproses data yang dilihat struktur 2D (sekunder) protein yang
diinginkan.
c. Untuk melihat struktur sekunder (2D) protein, klik PSIPRED pada pada menu
dikolom atas.

Klik Download untuk mengunduh dan menyimpan gambar struktur 2D dalam

bentuk file zip.
 Dengan menggunakan psipred juga dapat dilihat bentuk dari protein tersebut
dengan melihat susunan struktur helix, strand, dan coil dari yang diproyeksi dalam
bentuk 2D. Dengan rincian hasil dari sekuens protein MF134665 yaitu struktur helix
sebanyak 9, struktur coil sebanyak 32, dan struktur strand sebanyak 21.

3. Untuk memprediksi struktur 3D dari sekuen protein MF134665 dengan menggunakan

program MODELLER adalah sebagai berikut :
a. Buka Modeller pada google search dan pilih tutorial dan klik Basic Modeling
seperti pada tampilan gambar laman di bawah ini.

Setelah itu didapatkan tampilan seperti gambar di bawah ini , salin bagian yang
ada dalam kolom “searching for structures related to” dan paste / tempel ke notepad :
 Setelah di salin ke notepad akan didapatkan tampilan seperti dibawah ini, Ganti
tulisan TvLDH dengan sesuai dengan nama/kode yang diinginkan, misalnya cell1 dan
ganti urutan CDS nya dengan kepunyaan MF134665 hasil dari menyalin di NCBI, dan
di akhir diberi tanda * (bintang).

Dan Save as hasil notepad di atas pada folder file (pada Local disk (C) dalam sub
folder bin yang merupakan bagian dari folder software Modeller 9.19 yang digunakan
dan juga untuk mengsave script-script untuk mengakses data. Dalam tugas ini saya
menamakan folder tersebut “ ujian pak syaifur ” dengan menyimpan file dari
MF134665 dalam format .(dot)ali seperti pada gambar di bawah ini :
 Masukkan pdb_95.bin , pdb_95.pir , pdball.pir dalam folder “ujian pak syaifur”
yang sebelumnya sudah diunduh terlebih dahulu dan tampilannya seperti pada gambar
dibawah ini.

Salin data yang ada di halaman tutorial basic modeler pada bahasan “Searching
for structures related” pada kolom kedua yang telihat seperti gambar di bawah ini.
 Salin bagian data tersebut ke software Phyton, ganti semua tulisan TvLDH
dengan cell1 dan save as dengan nama “ script1.py” untuk membuat data script 1.
 Setelah itu buka modeller dan lakukan Runing seperti yang terdapat pada gambar
dibawah ini

Setelah dilakukan running akan di dapatkan hasil sebagai berikut :

 Download hasil protein kode yang didapat dari running diatas satu demi
satu di PDB dengan nilai persentase yang besar seperti pada hasil running script 1,
dengan mengakses situs dibawah ini :
 Hasil download dalam bentuk PDB format dan simpan pada folder “ujian
pak syaifur” sehingga akan di dapatkan hasil seperti yang di blok dibawah ini :

b. Buat script 2, dengan cara menyalin bagian data pada tahap Selecting a template
di kolom kedua seperti pada bagian yang di blok di bawah, yang terdapat dalam
tutorial modeller ke dalam phyton.
 Ganti bagian yang di kotak merah dengan hasil dari running scrips1 yang
sudah di dapat yaitu menjadi “3pzt, 218a, 4xzw, 7a3h, 4xzb dan 4m1r”.

Dan save as dalam folder “ujian pak syaifur” dengan nama “ script2.py “
seperti pada gambar dibawah ini
 Setelah itu lakukan kembali running di modeler hasil dari script 2 seperti
pada gambar di bawah ini :

Akan di dapatkan hasil running script 2 seperti pada gambar di bawah ini :
c. Buat script 3 seperti langkah diatas dengan menyalin bagian data yang
ditampilkan di modeller tutorial pada tahap “Aligning TvLDF with the template”
di kolom pertama.

Ganti semua tulisan TvLDH dengan cell1 dan 1bdmA dengan 7a3h dan
7a3hA yang clustering proteinnya ditengah-tengah dan poinnya lebih sedikit
dibandingkan yang berada ditengah sehingga di dapatkan hasil seperti pada
gambar di bawah ini, lalu di save as dengan nama script3.py dalam folder “ujian
pak syaifur”.
 Setelah selesai melakukan save as maka, lakukan running kembali hasil
script 3 di modeller. Seperi yang ditunjukan pada gambar di bawah ini :

Hasil dari running script 3 seperti pada gambar di bawah ini :

d. Buat script 4 seperti langkah diatas dengan menyalin bagian data yang
ditampilkan di modeller tutorial pada tahap “Model Building” di kolom pertama.

Ganti semua tulisan TvLDH dengan cell1 dan 1bdmA dengan 7a3h dan
7a3hA sehingga di dapatkan hasil seperti pada gambar di bawah ini, lalu di save
as dengan nama script4.py dalam folder “ujian pak syaifur”.
 Setelah selesai melakukan save as maka, lakukan running kembali hasil
script 4 di modeller. Seperi yang ditunjukan pada gambar di bawah ini :

Hasil dari running script 4 seperti pada gambar di bawah ini :

 Setelah melalukan script 4 maka berdasarkan hasil diatas diperoleh 5
kemungkinan atau prediksi struktur 3D (tersier) dari protein MF134665,
khususnya protein sekuens 7a3h dengan hasil akhir running sebagai berikut :

e. Untuk visualisasi struktur 3D protein dapat digunakan software Phymol, tetapi

dalam tugas ini digunakan free software application yaitu VMD yang juga bisa
melihat struktur heliks, strand dan coil dalam bentuk 3D.
Buka aplikasi VMD, lalu buka VMD main.

Buka File, pilih New molecule.

Setelah itu maka akan masuk pada Molecule File Browser, lalu klik
browse disamping kolom filename
 Pilih 7a3h.pdb yang merupakan protein sekuen utama dari kelima prediksi
tersebut, lalu klik open untuk membuka.

Setelah itu kembali masuk pada Molecule File Browser lalu klik Load untuk
membuka visualisasi 3d protein tersier sekuens 7a3h dari gen dengan accession
number MF134665.
 Maka diperoleh hasil visualisasi sekuens protein 7a3h dalam bentuk 3D,
seperti gambar dibawah dengan terlihat struktur heliks, strand, dan coil yang
dikode seperti hasil Psipred.

Lalu buka pula protein sekuens dengan Dope Score yang paling rendah
yang nantinya dibandingkan dalam hasil ini diperoleh 7a3h.B99990004.pdb
dengan struktur utamanya (7a3h.pdb) serta dibandingkan dengan Psipred.
 Untuk cara membukanya sama dengan 7a3h.pdb dengan melewati New
Model terlebih dahulu. Maka dihasilkan visualisasi 3D protein tersier
7a3h.B99990004.pdb dengan hasil dibawah ini.