Panduan Penggunaan Aplikasi Paralel Melalui inGRID Grid Portal

v0.3

DAFTAR ISI
I. Aplikasi mpiBLAST....................................................................................................... 1 A. Sekilas Mengenai mpiBLAST.....................................................................................1 B. Penggunaan mpiBLAST.............................................................................................. 2 C. Rangkuman Ringkas Penggunaan mpiBLAST............................................................5 D. Informasi Lebih Lanjut................................................................................................7 II. Aplikasi GROMACS.................................................................................................... 8 A. Sekilas Mengenai GROMACS....................................................................................8 B. Petunjuk Penggunaan GROMACS..............................................................................8 C. Rangkuman Ringkas Penggunaan GROMACS...........................................................8 D. Informasi Lebih Lanjut..............................................................................................12 III. Apikasi MPI-POV-Ray............................................................................................. 13 A. Sekilas Mengenai POV-Ray......................................................................................13 B. Penggunaan MPI-POV-Ray.......................................................................................13 C. Rangkuman Ringkas Penggunaan MPI-POV-Ray.................................................... 15 D. Informasi Lebih Lanjut..............................................................................................17

I.Aplikasi mpiBLAST
A.Sekilas Mengenai mpiBLAST mpiBLAST merupakan sebuah versi paralel dari algoritma BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) yang dikembangkan oleh National Center for Biotechnology Information (NCBI) yang mampu memanfaatkan pengeksekusian di banyak simpul komputer. Algoritma BLAST ini akan membantu pengguna dalam pencarian kemiripan antara input rantai protein dengan basis data rantai protein yang tersedia untuk keperluan analisis bioinformatik (proses pencarian ini sering disebut querying). Ada dua keuntungan penggunaan mpiBLAST jika dibandingkan dengan BLAST tradisional. Pertama, mpiBLAST akan membagi basis data rantai protein menjadi beberapa segmen untuk masing-masing simpul komputer. Hal ini dapat memotong waktu eksekusi I/O yang berdampak pada penambahan kecepatan. Kedua, mpiBLAST menggunakan teknik komunikasi antar-prosesor sehingga memungkinkan bekerja secara paralel.

B.Penggunaan mpiBLAST Sub-bab ini akan menjabarkan langkah-langkah penggunaan mpiBLAST melalui I-GRID Grid Portal Universitas Indonesia: 1. Sebelum memulai penggunaan mpiBLAST, dibutuhkan berkas input rantai protein (dapat berupa asam nukleotida ataupun asam peptida) di dalam direktori /home Anda. Cara mengetahuinya adalah dengan memilih tab Data Manager pada tampilan antarmuka I-GRID Grid Portal lalu pada drop-down menu pilih risetc-3208-50.riset.ui.ac.id sebagai direktori layanan home Anda. Gambar 1 memperlihatkan isi direktori /home seorang pengguna setelah menekan tombol Go sebelumnya.

Gambar 1 Tampilan isi direktori /home

Format FASTA Berkas input rantai protein tersebut harus berformat FASTA (*.fasta) dan dibagi berdasarkan jenis rantai protein yaitu: rantai protein asam nukleotida dan rantai protein asam peptide. Berikut ini diperlihatkan contoh penulisan rantai protein asam nukleotida (dapat Anda temukan dalam direktori /home/xxx/sample1.fasta):
>lclBOB1ONE CATGGATTCAGCAGCAGCGAACTCGCCAATGTAGTGGGTGGCACAGCCAG GGTCTTGACTCTGGCTCTGCAGTAGCACAGTCTGGAAAAGCTCTGAGGGG AGAGAGACCCCCACTGGTCCGAGGGTCTGGCACAGAGCCAGAAATGGGGG GGAAGGTATGAGGCTGGGTCGCCTCTGACCTCTCAGGTACCATCCAGGAG GCCCTGGCCTCTCACTGAACCCGGCCACTCCTCTTTGGCATGGCCTCTTC

Dan contoh lainnya berupa penulisan rantai protein asam peptida (dapat Anda temukan dalam direktori /home/xxx/sample2.fasta):
>gi|5524211|gb|AAD44166.1| cytochrome b [Elephas maximus maximus] LCLYTHIGRNIYYGSYLYSETWNTGIMLLLITMATAFMGYVLPWGQMSFWGATVITNLFSAIPYIGTNLV EWIWGGFSVDKATLNRFFAFHFILPFTMVALAGVHLTFLHETGSNNPLGLTSDSDKIPFHPYYTIKDFLG LLILILLLLLLALLSPDMLGDPDNHMPADPLNTPLHIKPEWYFLFAYAILRSVPNKLGGVLALFLSIVIL GLMPFLHTSKHRSMMLRPLSQALFWTLTMDLLTLTWIGSQPVEYPYTIIGQMASILYFSIILAFLPIAGX IENY

Perbedaan keduanya terletak pada penulisan kode dan arti yang mengikutinya. Informasi lebih lanjut dapat Anda baca di http://en.wikipedia.org/wiki/FASTA_format. 2. Selanjutnya pilih tab Job Services User Applications yang akan menampilkan daftar dari user application yang telah kami persiapkan sebelumnya. Pilih mpiblast-sample1 dimana akan memunculkan tampilan seperti Gambar 2. Di dalam user application ini, sudah diatur pengisiannya sehingga Anda dapat langsung Submit Job ke layanan Grid. Atau Anda dapat pula mengganti atau menambahkan opsi-opsi lain pada isian Arguments, Number of Processors, Maximum Memory (MB), Maximum Time (in minutes) untuk keperluan pengetesan. Opsi-opsi yang ditawarkan untuk pengisian isian Arguments dapat Anda simak pada penjelasan selanjutnya dari sub-bab ini (merujuk penggunaan Tabel 1 dan Tabel 2 halaman 5).
PENTING UNTUK DIPERHATIKAN! Semua isian dapat diubah/ditambah kecuali isian Executable yang harus menunjuk pada berkas binari mpiblast yang terdapat pada /export/bin/mpiblast. Sampai saat ini besar Number of Processors yang dapat diisi maksimum hanya lima karena keterbatasan sumber daya.

Gambar 2 Tampilan Antarmuka dari User Applications untuk mpiBLAST

3. Setelah pekerjaan berhasil submit, Anda dapat memonitor status pekerjaan tersebut dengan memilih di Job Status, masih di tab yang sama (Job Services) seperti yang tampak pada Gambar 3.

Gambar 3 Tampilan Antarmuka untuk Memonitor Status Pekerjaan

4. Apabila tidak terdapat kesalahan dan status pekerjaan Done maka akan diperoleh berkas output di dalam direktori /home Anda. Untuk contoh awal mpiblastsample1, Anda akan memperoleh berkas result1.txt yang dapat dilihat di

Data Manager. Pilih berkas result1.txt, kemudian pilih Edit untuk

memperlihatkan isi berkas tersebut seperti pada Gambar 4.

Gambar 4 Tampilan Isi Berkas Output result1.txt

C.Rangkuman Ringkas Penggunaan mpiBLAST Untuk membantu pemahaman Anda mengenai penggunaan mpiBLAST akan diberikan penjelasan lebih detail mengenai pengerjaan mpiblast memakai baris perintah konvensional dalam lingkungan UNIX. Berikut ini adalah contoh baris perintah penggunaan mpiBLAST secara umum:
mpirun -np 6 mpiblast -p blastn -d nt -i sample1.fasta o results1.txt

Baris perintah di atas mengartikan pengeksekusian proses query terhadap rantai protein nukleotida di dalam berkas sample1.fasta dengan rantai protein nukleotida di dalam basis data nt, tanpa dilakukan translasi (karena memakai operasi blastn). Untuk perhitungan banyak simpul digunakan rumus: yy + 2, dimana yy adalah banyak simpul komputer yang dijadikan sebagai pekerja, ditambah satu untuk proses output dan ditambah satu lagi untuk proses scheduler. Jadi dalam contoh baris perintah di atas menandakan bahwa hanya dipakai 4 simpul komputer sebagai pekerja. Dan terakhir, hasil 5

query akan ditulis ke dalam berkas results1.txt. Rangkuman fungsi opsi-opsi tadi ditunjukkan oleh Tabel 1 berikut ini.
Tabel 1 Opsi-Opsi Umum mpiblast

Opsi
-p= [blastn|tblastn| blastx| blastp|tblastx]

Deskripsi Nama metode pencarian yang akan digunakan dalam mpiBLAST.

Pencarian blastn tblastn blastx blastp tblastx Jenis Input Nukleotida Peptida Nukleotida Peptida Nukleotida Jenis Basis Data Nukleotida Nukleotida Peptida Peptida Nukleotida Basis Data Input Input dan Basis Data Translasi

(Sumber: The Design, Implementation, and Evaluation of mpiBLAST. Aaron E, et. al.)

-d=<database_name> -i=<filename> -o=<filename>

Nama basis data yang digunakan sebagai referensi pencarian (query). Nama berkas input (dalam format FASTA). Nama berkas output.

Ada beberapa opsi lagi yang dapat ditambahkan pada mpiblast seperti yang disajikan dalam Tabel 2 berikut.
Tabel 2 Opsi-Opsi Tambahan mpiblast

Opsi
--debug[=filename] --scheduler-rank=<number>

Deskripsi Menghasilkan output pesan proses (verbose) masing-masing simpul, secara opsional dapat dicatat ke dalam suatu berkas. Mengatur ranking proses scheduler (berawal nilai 1). Opsi ini berguna untuk mendesak proses scheduler bekerja di mesin yang sama dengan mesin pekerja (rank 0). Mencetak laporan berdasarkan standard NCBI-BLAST. Menghapus data lokal yang dipakai pada masing-masing simpul ketika pekerjaan selesai tereksekusi. Mengatur metode penyalinan data yang digunakan di tiap simpul komputer. Default = cp Mengatur banyak pengaksesan yang bersamaan terhadap shared storage. Default bernilai 1. Mengatur ukuran maksimum buffer untuk keperluan transfer data oleh MPI. Default bernilai 65536 bytes. Mengatur mekanisme penguncian berkas (file-locking) untuk pengaturan daftar berkas segmentasi. Default bernilai off, dan apabila --concurrent > 1 maka secara otomatis bernilai on. Apabila digunakan, komputer pekerja akan menggunakan basis

--altschul-reference --removedb --copy-via=[cp|rcp|scp|

mpi|none]

--concurrent= --mpi-size= --lock[=on|off]

--disable-mpi-db

data pada shared storage untuk pencarian. Hal ini dapat menimbulkan overhead untuk pencarian blastn.
--nice=<number>

Mengatur nilai nice untuk pengaturan prioritas proses dalam UNIX. Baca di manual man nice untuk keterangan lebih lanjut. Apabila digunakan, mpiblast akan membaca dari berkas output dan meneruskan pengerjaan yang sebelumnya tertunda. Opsi ini masih dalam tahap percobaan. Mencetak versi mpiBLAST.

--resume-run

--version

D.Informasi Lebih Lanjut Berikut ini beberapa URL artikel relevan yang dapat Anda baca melalui Internet. http://en.wikipedia.org/wiki/BLAST - Artikel tentang algoritma BLAST. http://en.wikipedia.org/wiki/FASTA - Artikel tentang algoritma FASTA. http://en.wikipedia.org/wiki/FASTA_format - Artikel tentang format FASTA yang dipakai dalam algoritma FASTA. http://mpiblast.lanl.gov - Situs resmi Opend-Source mpiBLAST ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db - Kumpulan resource basis data BLAST berupa rantai protein yang selalu ter-update setiap harinya.

II.Aplikasi GROMACS
A.Sekilas Mengenai GROMACS Groningen Machine for Chemical Simulations atau disingkat GROMACS merupakan suatu program simulasi Molecular Dynamics (MD) yang dirintis oleh Universitas Groningen. MD sendiri merupakan suatu kaedah untuk mengkaji pergerakan suatu sistem molekul sesuai hukum fisika dengan berbagai metodologi numerik. Secara umum, GROMACS akan mensimulasikan suatu persamaan pergerakan Newton terhadap suatu sistem yang mengandung ratusan hingga jutaan molekul. Program simulasi ini digunakan dalam bidang biokimia dan non-biologi seperti penelitian polimer. B.Petunjuk Penggunaan GROMACS Sub-bab ini akan menjabarkan langkah-langkah penggunaan GROMACS melalui IGRID Grid Portal Universitas Indonesia: 1. Sebelum memulai penggunaan GROMACS, dibutuhkan berkas input yang menunjukkan topologi, parameter, koordinat dan kecepatan sistem di dalam direktori /home Anda (umumnya memakai ekstensi .tpr, contoh: cpeptide.tpr). 2. Selanjutnya pilih tab Job Services User Applications kemudian klik di mpigromacs-sample untuk memunculkan tampilan Gambar 6. Sama seperti user application sebelumnya dimana pengisiannya sudah diatur sedemikian rupa sehingga Anda dapat langsung Submit Job ke layanan Grid; atau Anda dapat mengganti atau menambahkan opsi-opsi lain. 3. Setelah pekerjaan berhasil submit, Anda dapat memonitor status pekerjaan tersebut dengan memilih di Job Status seperti yang tampak pada Gambar 7. 4. Apabila tidak ada kesalahan dan status pekerjaan Done maka akan diperoleh berkas output trayektori (.trr) di dalam direktori /home Anda. Pada contoh awal mpigromacs-sample, Anda akan memperoleh berkas cpeptide.trr yang dapat di-download dari Data Manager. Pilih berkas cpeptide.trr, kemudian pilih Download untuk mengambil berkas gambar tersebut untuk disimpan di komputer lokal Anda untuk keperluan anlisis dan visualisasi. C.Rangkuman Ringkas Penggunaan GROMACS Seperti yang telah disebutkan sebelumnya, penggunaan GROMACS memerlukan beberapa tahapan untuk mempersiapkan berkas input yang akan disimulasikan. Tahapan tersebut diperlihatkan oleh Gambar 5 sebagai diagram alir berikut. Pada gambar tersebut

Catatan: pada prakteknya penggunaan aplikasi GROMACS terdiri dari beberapa tahapan untuk mempersiapkan berkas input sebelum disimulasikan. Akan tetapi dalam petunjuk penggunaan I-GRID Grid Portal ini diasumsikan telah melewati tahapan-tahapan itu dan hanya ditunjukkan satu tahapan saja dimana komputasi grid dapat sangat membantu kinerja dan mempercepat waktu eksekusi. Untuk detail penggunaan akan dijabarkan dalam sub-bab lain.

diperlihatkan berkas input yang harus dipersiapkan oleh pengguna adalah berkas protein dalam format Brookhaven Protein DataBank (.pdb) dan berkas parameter (.mdp). Dalam alur ini menggunakan beberapa program bantu (ditunjukkan oleh kotak abu-abu) yang termasuk dalam paket distribusi GROMACS.

Gambar 5 Diagram Alir dari Tahapan Persiapan Berkas Input GROMACS (sumber: http://www.gromacs.org/documentation/reference/online/flow.html)

Untuk membantu mengerti Gambar 5 di atas akan diberikan contoh kasus simulasi peptida (sumber: http://www.psc.edu/general/software/packages/gromacs/examples/rachel/index.html). Langkah-langkah yang harus dikerjakan untuk melakukan simulasi tersebut antara lain: 1. Ubah berkas .pdb menjadi berkas struktur GROMACS (.gro) dan berkas topologi GROMACS (.top). Hal ini dapat dilakukan menggunakan program pdb2gmx.
% echo 0 | pdb2gmx f cpeptide.pdb p cpeptide.top o cpeptide.gro

Berkas input: cpeptide.pdb Berkas output: cpeptide.top, cpeptide.gro 9

2. Untuk membuat simulasi mendekati kondisi nyata, peptida tersebut akan dilarutkan dalam air. Gunakan genbox untuk melakukannya. Tetapi sebelumnya gunakan editconf untuk mendefinisikan ukuran kotak air dalam sistem.
% editconf -f cpeptide.gro -o cpeptide.gro -d 0.5

Berkas input: cpeptide.gro Berkas output: cpeptide.gro Program genbox akan membaca berkas struktur peptida dengan ukuran kotak air. Hasil dari genbox ini berupa berkas struktur peptida yang terlarut dalam air dan juga akan merubah berkas topologi peptida dimana menyertakan air.
% genbox -cp cpeptide.gro -cs cpeptide_b4em.gro -p peptide.top

Berkas input: cpeptide.gro Berkas output: cpeptide_b4em.gro, cpeptide.top 3. Lakukan Penyusutan Energi (Energy Minimization/EM) tahap 1 dari molekul peptida di dalam larutan sebagai langkah proses awal mempersiapkan berkas input.
% grompp -np 4 -f em.mdp -c cpeptide_b4em.gro -p cpeptide.top -o cpeptide_em.tpr

Berkas input: em.mdp, cpeptide_b4em.gro, cpeptide.top Berkas output: cpeptide_em.tpr 4. Lakukan Penyusutan Energi (EM) tahap 2 untuk memulai proses simulasi.
% mpirun -np 4 mdrun_mpi -np 4 -s cpeptide_em.tpr -o cpeptide_em.trr -c cpeptide_b4pr.gro -g cpeptide_em.log -v

Berkas input: cpeptide_em.tpr Berkas output: cpeptide_em.trr, cpeptide_b4pr.gro, cpeptide_em0.log, cpeptide_em1.log, cpeptide_em2.log, cpeptide_em3.log 5. Lakukan Penahanan Posisi (Position Restrained/PR) tahap 1 untuk menjaga molekul peptida pada posisi tetap dan membiarkan molekul air mengisi di sekeliling peptida sebagai langkah awal mempersiapkan berkas input.
% grompp -np 4 -f pr.mdp -c cpeptide_b4pr.gro -r cpeptide_b4pr.gro -p cpeptide.top -o cpeptide_pr.tpr

Berkas input: pr.md, cpeptide_b4pr.gro, cpeptide.top Berkas output: cpeptide_pr.tpr 6. Lakukan Penahanan Posisi (PR) tahap 2 untuk memulai proses simulasi.

10

% mpirun -np 4 mdrun_mpi -np 4 -s cpeptide_pr.tpr -o cpeptide_pr.trr -c cpeptide_b4md.gro -g cpeptide_pr.log v

Berkas input: cpeptide_pr.tpr Berkas output: cpeptide_pr.trr, cpeptide_b4md.gro, cpeptide_pr0.log, cpeptide_pr1.log, cpeptide_pr2.log, cpeptide_pr3.log 7. Lakukan Simulasi Kedinamisan Molekular (Molecular Dynamics/MD) tahap 1 untuk mempersiapkan berkas input.
% grompp -np 4 -f md.mdp -c cpeptide_b4md.gro -p cpeptide.top -o cpeptide_md.tpr

Berkas input: md.mdp, cpeptide_b4md.gro, cpeptide.top Berkas output: cpeptide_md.tpr 8. Lakukan Simulasi Kedinamisan Molekular (MD) tahap 2 untuk memulai proses simulasi.
% mpirun -np 4 mdrun_mpi -np 4 -s cpeptide_md.tpr -o cpeptide_md.trr -c cpeptide_after_md.gro -g cpeptide_md.log v

Berkas input: cpeptide_md.tpr Berkas output: cpeptide_md.trr, cpeptide_after_md.gro, cpeptide_md0.log, cpeptide_md1.log, cpeptide_md2.log,
cpeptide_md3.log

9. Terakhir, Anda dapat melakukan berbagai macam analisis menggunakan program bantu yang disertakan dalam paket GROMACS.

Melihat visualisasi trayektori di layar monitor (program ngmx). Memantau energi menggunakan g_energy. Menghitung akar kuadrat deviasi dari struktur kristal (program g_rms). Mengukur besar radius Gyration (program g_gyrate). Memplot Ramachandran (program g_rama). Melakukan analisis Salt Bridge (program g_saltbr).

PENTING UNTUK DIPERHATIKAN! Apabila Anda perhatikan pada panduan pemakaian GROMACS di sub-bab sebelumnya, contoh mpigromacs-sample hanya merujuk pada langkah ke-8 dari petunjuk detail di atas. Tujuan dari pembatasan ini dimaksudkan selain untuk menyederhanakan contoh juga untuk menunjukkan bahwa proses yang paling membutuhkan sumber daya komputasi terbesar adalah ketika melakukan simulasi (termasuk juga untuk langkah 4 dan langkah 6) dimana layanan grid dapat dijadikan solusi untuk pemenuhan kebutuhan komputasi tersebut. Pemasukan parameter -np yy harus sama ketika menggunakan program grompp dan mdrun_mpi agar sesuai pemecahan bobot masalah. Untuk semua program bantu GROMACS yang terinstal di I-GRID memiliki akhiran _d yang mengartikan tingkat ketelitian double.

11

Layanan I-GRID dapat melayani semua program bantu GROMACS hanya saja jenis pekerjaannya adalah single job (bukan jenis paralel/MPI) kecuali mdrun_mpi yang dapat berjalan secara paralel. Program lainnya yang tidak dapat dieksekusi adalah ngmx yang membutuhkan library x-windows lokal dimana tidak disediakan oleh IGRID Grid Portal.

D.Informasi Lebih Lanjut Berikut ini beberapa URL artikel relevan yang dapat Anda baca melalui Internet. http://en.wikipedia.org/wiki/Gromacs - Artikel mengenai GROMACS. http://en.wikipedia.org/wiki/Molecular_dynamics - Artikel mengenai Molecular Dynamics. http://www.gromacs.org - Situs resmi GROMACS. http://www.gromacs.org/external/online-reference-manual.html - Referensi online mengenai GROMACS, mulai dari petunjuk penggunaan, keterangan format berkas, diagram alir, penjelasan mengenai program bantu dan FAQ.

12

III.Apikasi MPI-POV-Ray
A.Sekilas Mengenai POV-Ray Persistence of Vision Raytracer atau disingkat POV-Ray merupakan sebuah program penjejakan-sinar (ray-tracing), yaitu suatu teknik pemodelan optik terhadap jejak sinar suatu sumber cahaya ketika bersentuhan dengan permukaan suatu obyek. Algoritma penjejakan-sinar ini mengambil ide dari alam saat suatu sinar berinteraksi terhadap suatu obyek. Ketika sinar tersebut mengenai permukaan obyek akan dihasilkan 3 jenis sinar baru yaitu: refleksi, refraksi dan bayangan. Sinar refleksi akan menghasilkan bayangancermin pada suatu permukaan yang berkilat. Ketika sinar ini berpotongan dengan obyekobyek disekitarnya maka obyek yang terdekat yang akan menjadi bayangan refleksi itu. Sinar refraksi bekerja pada materi yang bersifat transparan dimana sinar tersebut dapat masuk atau keluar dari materi obyek. Dan terakhir, sinar bayangan akan menentukan apakah suatu permukaan terlihat dari sumber cahaya atau tidak. Algoritma ini dapat menghasilkan suatu gambar/visualisasi pemandangan yang mampu mendekati kondisi sebenarnya (photorealistic). Keburukan dari algoritma ini adalah membutuhkan sumber daya komputasi yang sangat tinggi untuk mendapat hasil kinerja yang baik. Oleh karena itu MPI-POV-Ray dapat menjadi solusi untuk mendistribusikan pekerjaan ray-tracing ke beberapa simpul komputer. B.Penggunaan MPI-POV-Ray Sub-bab ini akan menjabarkan langkah-langkah penggunaan MPI-POV-Ray melalui IGRID Grid Portal Universitas Indonesia: 1. Sebelum memulai penggunaan MPI-POV-Ray, dibutuhkan berkas kode sumber input POV-Ray (contoh: chess2.pov) di dalam direktori /home Anda. 2. Selanjutnya pilih tab Job Services User Applications kemudian klik di mpipovray-sample1 untuk memunculkan tampilan Gambar 6. Sama seperti user application mpiBLAST dimana pengisiannya sudah diatur sedemikian rupa sehingga Anda dapat langsung Submit Job ke layanan Grid atau Anda dapat mengganti atau menambahkan opsi-opsi lain. Opsi-opsi yang ditawarkan untuk pengisian isian Arguments dapat Anda simak pada penjelasan selanjutnya dari sub-bab ini (merujuk pada penggunaan ). PENTING UNTUK DIPERHATIKAN! Semua isian dapat diubah/ditambah kecuali isian Executable dan argumen +L/export/share/povray3.1.

13

Gambar 6 Tampilan Antarmuka dari User Applications untuk MPI-POV-Ray

3. Setelah pekerjaan berhasil submit, Anda dapat memonitor status pekerjaan tersebut dengan memilih di Job Status seperti yang tampak pada Gambar 7.

Gambar 7 Tampilan Antarmuka untuk Memonitor Status Pekerjaan

4. Apabila tidak ada kesalahan dan status pekerjaan Done maka akan diperoleh berkas gambar output di dalam direktori /home Anda. Pada contoh awal mpipovray-sample1, Anda akan memperoleh berkas chess2.tga yang dapat

14

di-download di Data Manager. Pilih berkas chess2.tga, kemudian pilih Download untuk mengambil berkas gambar tersebut untuk disimpan di komputer lokal Anda seperti yang ditunjukkan oleh Gambar 7 berikut.

Gambar 8 Tampilan Download chess2.tga

C.Rangkuman Ringkas Penggunaan MPI-POV-Ray Untuk membantu pemahaman Anda mengenai MPI-POV-Ray, akan diberikan penjelasan lebih detail mengenai pengerjaan mpi-x-povray memakai baris perintah konvensional dalam lingkungan UNIX. Berikut ini adalah contoh baris perintah penggunaan MPI-POV-Ray secara umum:
mpirun -np 5 mpi-x-povray +Ichess2.pov +A +W800 +H600 +L/export/share/povray3.1 +FN

Baris perintah di atas akan mengeksekusi MPI-POV-Ray ke dalam 5 simpul komputasi dimana mengambil berkas chess2.pov sebagai input, menggunakan anti-aliasing, mengatur ukuran gambar yang ingin dihasilkan 800x600 pixels dan merujuk pada library path: /export/share/povray3.1. Berkas gambar output yang dihasilkan akan menggunakan format PNG. berikut akan merangkum opsi-opsi yang dapat digunakan oleh mpi-x-povray.

15

Tabel 3 Opsi-Opsi Umum mpi-x-povray (sumber acuan: http://library.advanced.org/3285/language/cmdln.html).

Opsi
+A[0.03.0] -A +C -C +F[x][n]

Deskripsi Mengatur opsi anti-aliasing. Secara default bernilai A yang berarti tanpa anti-aliasing. Dan apabila digunakan +A maka secara default bernilai +A0.3 Mengatur agar POV-Ray dapat melanjutkan pekerjaan yang terinterupsi (dengan sebelumnya menggunakan opsi +X). Secara default bernilai C dimana berarti mulai dari awal lagi. Mengatur jenis berkas gambar yang dihasilkan dengan format x dan kedalaman bit (bit depth) n. +FC Compressed Targa-24 (TGA) +FN Portable Network Graphics (PNG) +FP Unix PPM +FS System-specific (Mac Pict atau Windows BMP) +FT Uncompressed Targa-24 (TGA) Mengatur opsi tinggi gambar dalam pixel. Default bernilai 100. Mengatur nama berkas input (*.pov) Mengatur opsi jitter ketika melakukan anti-aliasing. Mengatur lokasi library path. Mengatur nama berkas output. Mengatur kualitas render gambar output. Default bernilai 9. +Q0, +Q1 Menggunakan grayscale untuk mewarnai obyek. Hanya menggunakan sumber cahaya keliling (ambient light). Tanpa bayangan, tanpa shading, tanpa refleksi, tanpa transmisi, tanpa refraksi dan wilayah pencahayaan di-render sebagai titik-titik cahaya. +Q2, +Q3 Menggunakan sumber cahaya tersebar (diffuse lighting) dan shading obyek. +Q4 Menggunakan kalkulasi pembentukan bayangan. +Q5 Menggunakan wilayah pencahayaan. +Q6, +Q7 Menggunakan pewarnaan obyek berdasarkan teksturnya. +Q8, +Q9 Menggunakan refleksi dan kalkulasi transparansi (termasuk refraksi).

+H[132767] +I atau -I +J[0.01.0] -J +L<path> +O atau -O +Q[09]

16

+R[1n]

Mengatur opsi banyak sinar yang dipakai POV-Ray (supersampling) ketika digunakan anti-aliasing. Secara default bernilai 3, yang berarti POV-Ray menggunakan sinar berkisi 3x3. Semakin tinggi nilai yang diberikan akan berdampak besar pada lama eksekusi. Mengatur opsi mencetak pelaporan statistik selama rendering. Secara default bernilai -V Mengatur opsi lebar gambar dalam pixel. Default bernilai 100. Mengatur opsi interupsi. Apabila digunakan +X maka proses eksekusi dapat diinterupsi dengan menekan suatu tombol dan dapat dilanjutkan kembali menggunakan +C. Apabila digunakan X maka proses tidak dapat diinterupsi kecuali komputer di restart ulang.

+V -V +W[132767] +X -X

D.Informasi Lebih Lanjut Berikut ini beberapa URL artikel yang dapat dibaca melalui Internet. http://en.wikipedia.org/wiki/Povray - Artikel tentang program Povray http://en.wikipedia.org/wiki/Ray_tracing - Artikel tentang penjejakan sinar http://www.povray.org - Situs resmi Povray

17