Tutorial Autodock Vina & Validasi Metode Docking

https://superbermanfaat.wordpress.com/2015/09/16/tutorial-autodock-vina-validasi-metode-
docking/

Bonjour!! Pada tutorial docking ini, kita akan menggunakan HIV II protease sebagai
makromolekul target, dan L-735,524 sebagai ligan yang bekerja sebagai inhibitor HIV protease.

Kompleks senyawa HIV II protease dengan L-735,524 diunduh dari http://pdb.ord dengan kode
1hsg.

Software yang digunakan :

1. Autodock Tools 1.5.6

2. Autodock Vina
3. Discovery Studio 4.1
4. Pymol

File yang dibutuhkan dalam satu folder kerja:

1. Makromolekul target (pdbqt) lihat cara preparasinya

2. Ligand (pdbqt) -> lihat cara preparasinya
3. File konfigurasi -> lihat cara pembuatannya

PEMISAHAN LIGAN DENGAN RESEPTOR

Makromolekul yang diunduh dari PDB berupa kompleks dengan ligand, yang harus dipisahkan
menggunakan Discovery Studio, dan harus dipisahkan dari residu-residu yang dapat
mengganggu proses docking.

Buka 1hsg dengan Discovery Studio. Akan tampak gambar 3D seperti gambar berikut.

Script -> Selection -> Select Ligand

Edit -> Invert Selection

Edit -> Delete

Simpan ligan dengan cara

File -> Save as -> (beri nama ligan) -> Save as Protein Data Bank -> Close window
Buka kembali file 1hsg

File -> Open -> buka 1hsg

Script -> Selection -> Select Water Molecules

Edit -> Delete

Script -> Selection -> Select Ligand

Edit -> Delete

Save makromolekul dengan cara

File -> Save as -> Beri nama makromolekul -> Save as Protein Data Bank -> Close window

PREPARASI MAKROMOLEKUL

Buka program Autodock Tools

File -> Prefencerences -> Set -> Startup directory

Edit Startup Directory, sesuaikan dengan directory (alamat folder kerja)

File -> Preferences -> Set -> Dismiss

File -> Read Molecule -> Buka File Makromolekul

Edit -> Hydrogens -> Add -> Polar Only -> OK

Grid -> Macromolecule -> Choose

Select Molecule
Akan muncul kotak di bawah ini, tekan OK

Akan muncul kotak di bawah ini, lalu simpan pada folder yang sama dengan sebelumnya, lalu
tekan Save. Dengan demikian, preparasi makromolekul telah selesai.

PREPARASI LIGAN

Ligand -> Input -> Open

Akan muncul kotak di bawah ini, klik OK
Dengan menekan tombol berwarna merah seperti gambar di atas, akan menghilangkan tampilan
Makromolekul, sehingga kita bisa fokus bekerja pada Ligan yang akan dioptimasi.

Ligand -> Torsion Tree-> Choose Torsions

Maka akan muncul kotak seperti di bawah ini, jika sudah dikoreksi, klik DONE.

Koreksi apakah rotasi dari ligand sudah tepat. Atom yang bisa berotasi (misal: senyawa bentuk
siklik seperti benzen rigid). Seperti informasi yang ditunjukkan pada kotak di atas,

Untuk mengubah, Shift + Klik ikatan

Warna hijau = rotatable (dapat berotasi)

Magenta = nonrotatable (tidak dapat berotasi)

Red = unrotatable

Ligand -> Output -> Save as PDBQT

Beberapa komputer memerlukan penulisan lengkap dengan file extension nya, seperti terlihat
pada gambar di bawah ini. Nama ligan ditulis lengkap dengan file extension nya (ligan.pdbqt)

PENGATURAN GRID BOX

Grid -> Set Map Types -> Choose Ligand

Klik Ligan -> Select Ligand

Grid -> Grid Box

Center -> Center on ligand

Atur Spacing (angstrom) menjadi 1

Catat size x, y, z dan center x, y, z untuk dimasukkan ke dalam file konfigurasi

MEMBUAT FILE KONFIGURASI

Buka folder kerja -> klik kanan di sembarang tempat -> New -> Text Document

Beri nama conf.txt

Catatan :

beberapa komputer harus menuliskan file extensionnya conf.txt

Beberapa komputer tidak perlu menuliskan file extensionnya, cukup diberi nama conf saja.

Kemudian buka file konfigurasi tersebut, edit seperti gambar di bawah ini. Sesuaikan dengan
center x,y,z dan size x,y,z yang sudah diatur pada pengaturan grid box tadi.
Exhaustiveness dapat diubah, sesuai kebutuhan. Exhaustiveness menunjukkan kedalaman
pencarian. Pada Autodock Vina, default exhaustiveness bernilai 8.

Pada folder kerja, tekan shift+klik kanan -> Open command window here

DOCKING

Tulis script seperti gambar di bawah ini, sesuaikan dengan lokasi instalasi software Autodock
Vina Anda, lalu tekan ENTER.

CATATAN :

Jika pada komputer saya, lokasi instalasi program Autodock Vina adalah di

C:\Program Files <x86>\The Scripps Research Institute\Vina\vina.exe

Untuk menjalankan docking, script perintahnya adalah :

config conf.txt log log.txt

(log.txt menunjukkan hasil docking yang nanti keluar sebagai file log)

Setelah ditekan ENTER, proses docking akan mulai berjalan seperti pada gambar di bawah ini:

Tunggu hingga 100%

Jika proses sudah selesai, akan tampak gambar seperti di bawah ini:

Buka folder kerja, maka akan terdapat 2 file:

 1. Log : berisi hasil docking
2. pdbqt : berisi konformasi ligand setelah docking (terdapat 9 konformasi)

ANALISIS HASIL DOCKING

Pada folder kerja, tekan shift+klik kanan -> Open command window here

Tulis script seperti gambar di bawah ini, sesuaikan dengan lokasi instalasi software Autodock
Vina Anda., lalu tekan ENTER.

Untuk memisahkan ke-9 konformasi hasil docking, script perintahnya adalah :

input out.pdbqt

Jika berhasil akan tampak gambar seperti di bawah ini

Buka folder kerja, maka akan tampak hasil 9 konformasi yang telah ter-split menjadi 9 file

Cara validasi:

Buka AutoDock Tools

Analyze -> Dockings -> Open AutoDock vina result -> Buka out_ligand_1.pdbqt

Pilih Single molecule -> OK

Analyze -> Macromolecule -> Open -> Buka makromolekul yang sebelumnya sudah
dipreparasi dalam folder kerja

Analyze > Dockings -> Show Interaction

Maka akan tampak gambar seperti di bawah ini, close

Cara visualisasi hasil docking dapat dilakukan pula menggunakan software LigPlot, lihat caranya
di sini.

VALIDASI METODE DOCKING

Overlaying dua senyawa dengan cara

DRAG file ligan_pdb (ligan alami yang tidak di-docking), dan out_ligand_1.pdbqt, ke
PyMol

Maka akan tampak gambar seperti di bawah ini

Untuk menghitung RMSD antara ligan alami dengan ligan yang telah di-docking, pada kotak
dialog di bawah ini, ketik script nya:

rms_cur[spasi]nama ligand yang telah di-docking[koma][spasi]nama ligan alami yang belum di-
docking

lalu tekan ENTER

contoh:

rms_cur out_ligand_1.pdbqt, ligan.pdbqt

Dari gambar di atas dapat dilihat bahwa nilai RMSD = 10,447 (lebih dari 2, sehingga metode
belum valid). Jika hal ini terjadi juga pada Anda, lakukan peningkatan nilai exhaustiveness pada
file konfigurasi, misalnya 32, 64, 128, dan seterusnya, hingga didapatkan RMS < 2. Selamat
mencoba

-Vierre-