PREPARASI LIGAN ALAMI DAN RESEPTOR

1. Buka program autodock dengan cara klik 2x icon ADT

Catatan:
o Untuk membuka aplikasi autodock agak lama untuk awal-awal penggunaan
o Jika muncul kotak kecil remind me later saja
o Ketika membuka program ADT maka otomatis akan membuka aplikasi command prompt, jangan
ditutup apk command prompt nya cukup minimize saja
2. Setting tempat penyimpanan dengan cara, file- preferences- set, sampai muncul tampilan dibawah ini

3. Ketik kotak Startup Directory, copas kan lokasi penyimpanan data yang akan digunakan untuk docking lalu
tekan set – dismiss

4. Lalu buka file reseptor dengan cara tekan File - Read Molecule – pilih file reseptornya – tekan open
*ketika akan membuka file akan langsung tertuju pada lokasi file penyimpanan yang telah disetting
5. Dilanjutkan dengan preparasi dan pemisahan antara ligand an reseptor, dengan langkah-langkah sebagai
berikut:
Edit – Delete Water

Edit – Hydrogen – Add – All Hydrogen – OK

Lalu File - Save – Write PDB

Ubah filenya jadi 3ert_rev.pdb dan tekan OK, lalu bersihkan layar autodock dengan cara Edit - Delete – Delete
All Molecule
6. Lalu pisahkan antara ligan dan reseptor melalui program MMV
Buka program Molegro Molecular Viewer – File – Import Molecule

– pilih file reseptor hasil revisi (3ert_rev.pdb) – open

– ceklis protein saja – buka tanda + pada protein – *Cek – import

*Cek:
o Jika didalam protein tidak hanya 1 chain maka pilih salah satu chain saja dengan melihat hasil di rcsb
chain yang mana.
o Jika didalam protein ada Cofactor, water jangan diceklis

File – Export Molecule – Cek jika sudah hanya protein saja – export
 Save file dengan nama protein.pdb di folder yang sama – save

*Catatan:
o Lakukan hal yang sama untuk memisahkan ligan alami dari reseptor
o File diberi nama liganalami.pdb (tanpa spasi)
o Semua File disimpan dalam folder yang sama, satu folder 1 senyawa
o Untuk protein sebagai reseptor dapat dicopykan ke setiap folder, ingat yang dicopy kan protein.pdb
hasil dari pemisahan lewat MMV
o Setiap membuka autodock jangan lupa setting penyimpanan (No. 2) terlebih dahulu, biar ga mondar
mandir nyari foldernya
Preparasi ligan uji
1. Buka Chemdraw 2D- copy paste-kan ligan ke aplikasi Marvin Sketch

Menu tools- protonation- major microspecies- ok- ok

klik kanan pada gambar struktur- save as- beri nama ligan protonasi format (.mrv)
 2. Buka file format (.mrv)- Tools- conformation- conformers- ok

file- save as- ligan format (.mol2)

3. Buka MMV- import molecule- pilih file format (.pdb)- buka tanda + ceklis salah satu saja (UNX_0)- import-
file- export molecule- export- save as- format (ligan.pdb)

Docking Ligan
1. Preparasi Ligan: Buka ADT – Ligand – input – open – pilih ligan (nama ligan wajib tanpa spasi) – Ok – jika
muncul warning tekan Ok
 Lalu tekan Ligand – Torsion Tree – Choose Torsion – Ok – Done

Ligand – output – savepdbqt – berinama liganalami.pdbqt (wajib ketik .pdbqt diakhir nama)– save

2. Preparasi macromolecule : Grid – Macromolecule – Open – Pilih file protein.pdb – ok –

 Jika muncul warning tekan Ok – save berinama protein.pdbqt (wajib ketik .pdbqt setelah nama)

3. Preparasi Grid : Grid – Set Map Type – Choose ligand – pilih ligan – select ligand

4. Pengaturan Grid Box : Grid – Grid Box – atur X,Y,Z agar struktur ligan ada di dalam gridbox

File – close saving current

 Grid – output – save format (.gpf), buat nama filenya a.gpf – save (wajib ketik .gpf setelah nama file)

5. Proses Docking: Macromolecule – set rigid filename – pilih file protein.pdbqt – open

Docking – ligand – Choose ligand – pilih ligand.pdbqt – select ligand – accept

Docking – Search Parameters – Genetic Algorithm – isi number of GA Run = 100 – Accept

Docking – Docking Parameters – Accept

Docking – Output – Lamarckian GA – Save format (.dpf) dengan nama a.dpf (wajib ketik .dpf setelah nama
file)
Running Autodock Menggunakan Program Command Prompt
1. Buka aplikasi command prompt –- set penyimpanan terlebih dahulu
 Misalnya lokasi penyimpanan ada di local disk D, maka ketik D: lalu enter
 Jika file untuk docking disimpan dalam folder dengan nama 3ert, maka ketikan cd(spasi)3ert lalu enter
 Jika foldernya masih didalam folder lagi maka ketikan kembali nama folder didalamnya dengan cara
yang sama cd(spasi)nama foler
 Nama folder dan file harus tanpa spasi

2. Copy pastekan file autogrid4.exe dan autodock4.exe dari local dick C:\Program Files\The Scripps Research
Institute\Autodock\4.2.6 ke folder senyawa yang akan didockingkan contoh D:\3ert
3. Coba ketikan di program command prompt autogrid4 – lalu enter - jika keluar tampilan seperti dibawah ini
maka program autodock dapat digunakan

4. Ketikan script dibawah ini:

autogrid4 –p a.gpf –l a.glg & (lalu enter)
 catatan:
 -l adalah strip L kecil
 Tanda & diujung itu optional, ada beberapa laptop yang bisa diujungnya dikasih tanda & ada yang tidak
 Jika terjadi eror maka akan langsung ada tulisan eror
 Setelah dientermaka aka nada yang kedip-kedip diujung tandanya sedang dalam proses running
 Jika running sudah beres maka akan keluar nama folderkembali
5. Selanjutnya ketikan script dibawah ini:
autodock4 –p a.dpf –l a.dlg & (lalu enter)

Catatan:
 Untuk proses running yang kedua agak lama, ditunggu aja. Jika terjadi eror salah penulisan akan
langsung keluar pemberitahuan nya
6. Hasil dari running akan didapatkan file dengan format (.dlg). file tersebut dibuka menggunakan aplikasi wordpad
Lalu CTRL+F ketikan histogram
Lalu CTRL+F ketikan run = 87

Catat
 Nilai binding affinity -8.86 dan run ke 87
 Estimated Inhibition Constant (KI) beserta satuan nya
 vdW + Hbond _desolv energy
 Electrostatic energy
 Internal moving-moving receptor
 Torsional free energy
7. Buka aplikasi ADT- analyze- docking- open- pilih file a.dlg
Analyze- macromolecule open- p_rigid.pdbqt
Analyze- conformation- play- klik ikon &- ganti run sesuai angka cluster- ceklis show info dan build H bond- write
complex- save as kompleks.pdb (file ini digunakan untuk visualisasi poseview atau discovery studio)