Validasi Reseptor

Proses validasi reseptor yaitu membandingkan posisi ligand asli yang

merupakan ligan bawaan pada saat mengunduh reseptor terhadap posisi ligand
yang sama (ligand copy), pada kalkulasi sumbu x, y, dan z masing-masingnya
pada kondisi ligand fleksibel. Kondisi ligand fleksibel menunjukan ligand
memungkinkan untuk melakukan penyesuaian struktur demi mencapai struktur
yang stabil saat berikatan dengan reseptor.

Dasar yang digunakan untuk memberi penilaian adalah nilai Root Mean
Square Deviation (RMSD) yaitu nilai yang menunjukan tingkat penyimpangan
hasil docking ligan terhadap ligan hasil kristalografi pada sisi ikatan (binding
site) yang sama. Motode yang digunakan dinyatakan valid apabila nilai RMSD
lebih kecil atau sam dengan 2 A, semakin kecil nilai RMSD maka semakin baik
metode yang dilakukan. (Kontoyianni dkk, 2004)

A. Cara Kerja
a. Persiapan Reseptor
1. Download protein reseptor Estrogen alfa dari www.rscb.org
dengan kode PDB 1O36
2. Kemudian buka file protein dengan menggunakan softwere
AutoDockTools-1.5.6 untuk memperbaiki struktur protein yang
mungkin rusak pada saat pengkristalan.
3. Kemudian klik file, buka PDB file dengan mengklik Read
Molecule, dari file Reseptor.pdb, kemudian open.
4. Kemudian akan keluar rantai 2 asam amino penyusun protein tadi.
5. Lalu cari sisi rantai yang aktif (rantai A atau B) berdasarkan
pustaka yang telah didapatkan.
6. Kemudian pili salah satu rantai, lalu yang lainnya dihapus.
7. Lalu cara penghapusannya adalah dengan mengeklik bagian rantai
tersebut dijendela DashBoard, kemudian pilih Edit, Delete, Delete
selected atom.
8. Kemudian hapus semua molekul air dengan pilih Edit, Delete
Water.
 9. Kemudian buka rantai tersebut di DashBoard, hapus molekul-
molekul yang tidak diperlukan (logam-logam dan ligan bawaan :
AU2, AU3, AU5).
10. Kemudian perbaiki struktur protein dengan pilih Edit, Misc,
Repair Missing Atoms. Tunggu hingga proses selesai.
11. Kemudian pilih Edit, klik Hydrogen, klik Add polar only, klik OK
12. Kemudian berikan muatan dengan pilih Edit, charges, klik Add
Kollman charges.
13. Kemudian klik file, klik Save, klik write pdbq. Lalu beri nama file
Reseptor.pdbq
14. Kemudian kembali ke AutoDock window
15. Lalu klik Grid, klik Macromolecule, klik choose.
16. Kemudian klik Save, beri nama Reseptor.pdbqt.

b. Persiapan Ligan
1. Buka file protei yang telah diunduh dengan menggunakan
softwere AutoDockTools-1.5.6.
2. Kemudian pilih salah satu rantai yang sama persiapan reseptor,
lalu yang lainnya dihapus.
3. Kemudian hapus semua molekul air dengan pilih Edit, Delete
Water.
4. Kemudian pilih ligan ko-kristal dengan mengklik bagian rantai
tersebut dijendela DashBoard, lalu pilih EST1, Select, Invert
Selection.
5. Kemudian pilih Edit, Delete, Delete selected atom.
6. Kemudian klik Edit, Hydrogen, All Hydrogen, lalu OK.
7. Kemudian pilih Edit, klik Charges. Klik Compute Gasteiger
8. Pilih Edit, Hydrogen, Merge non polar, Continue
9. Kemudian klik File, save, Write pdbq, beri nama Ligan.pdbq
10. Kemudian klik Ligand, Input, Choose, lalu pilih nama ligan,
select.
11. Lalu klik ligand lagi, Torsion tree, Detect root, Choose torsion
12. Lalu klik ligand, Torsion tree, Set number of torsoin, pilih Fewest
atoms.
13. Kemudian klik Ligand, Output, Save, beri nama filenya
ligan.pdbqt

B. Cara Kerja Validasi

1. Buka program Command Prompt, pindahkan semua file di satu drive
D, kemudian buat satu folder bernama validasi
2. Kemudian copy file autogrid4 dan autodock4 kedalam folder tersebut.
3. Ada 6 file didalam folder tersebut, yaitu : autogrid4, autodock4,
dock.dpf, dock.gpf, ligan.pdbqt, dan reseptor.pdbqt.
4. Buka program Command Promptdengan menekan shift dan klik kanan
bersamaan pada folder.
5. Ketik Autogrid4(spasi)-p(spasi)dock.gpf (spasi)-l(spasi)dock.glg
(spasi)& kemudian Enter
6. Tunggu hingga muncul perintah untuk mengetik kembali.
7. Kemudian setelah muncul perintah kembali, ketik Autodock4(spasi)-
p(spasi)dock.dpf(spasi)-l(spasi)dock.dlg(spasi)&Enter
8. Tunggu hingga selesai proses ( 10-15 menit )
9. Setelah selesai proses kemudian ulangi sampai 10 kali