PEMBUATAN RESEPTOR DALAM PDBQT DENGAN AUTODOCK TOOL

Buka Autodock

Setting file penyimpanan, klik file, klik preferences, klik set

Contoh: klik pada kolom startup directory, untuk file local E ketik “E/Latihan” (tanpa spasi)

Kemudian klik logo I, klik make default, klik set, klik dismiss

Maka ketika membuka file akan otomatis terbuka disana (file local yang dipilih)

PROTEIN YANG SUDAH DIDOWNLOAD DI PDB

Klik file

Klik read molecule

Preference sudah disetting dilocal disk E latihan 1 (contoh), maka semua yang terbuka dan
tersimpan akan ada di local disk yang terpilih

Taruhlah data yang akan kita pakai ditempat yang akan kita simpan

Klik protein yang sudah didapat

MELAKUKAN DOCKING

Hilangkan molekul air, klik edit, klik delete water

(molekul air yang bisa berpengaruh pada proses docking maka tidak usah dihilangkan)

Klik chains (tabel kiri)

Jika chains ada banyak, pilih 1 yang berikatan dengan ligan

Terdapat reseptor dan ligan bawaan yang terpisah

Lihat residu asam amino berada dichains berapa, chains harus sama

Contoh ada LS2299 (ligan bawaan dari protein) maka harus dihilangkan

Reseptor harus disimpan tanpa ligan

Klik kotak ligan yang akan dihilangkan hingga menjadi warna kuning

Klik edit, klik delete, klik delete selected atom, klik continue

SAVE RESEPTOR TANPA LIGAN

Klik file, klik save

Klik write PBD, klik browse

 Simpan file dengan keterangan “tanpa ligan”

Save dalam bentuk PDB, klik save

Maka di file akan keluar PDB tanpa ligan

PERIKSA KELENGKAPAN UNSUR GEN RESEPTOR DAN MEMASTIKAN TIDAK ADA BAGIAN RESEPTOR
YANG RUSAK ATAU KEHILANGAN GUGUS

Klik edit, Pilih misc, Pilih repair missing atoms (atom yang rusak atau atom yang tidak sesuai
dapat di repair)

Tunggu hingga proses selesai

Tambahkan gugus hidrogen untuk memperbaiki gugus hidrogen yang ada pada reseptor
yang sudah hilang selama proses kristalografi

Pilih edit, pilih hydrogen, plilih add, pilih polar only, klik OK

Jika sudah ditambahkan gugus hidrogennya maka reseptor diberikan muatan sesuai dengan
jumlah muatan pada masing-masing atom penyusunnya

Klik edit, pilih changes, klik OK

PENYIMPANAN RESEPTOR DALAM BENTUK pdbqt

Klik grid, pilih macromolecule, pilih choose, pilih reseptor, pilih select molecule. Klik OK

Simpan dalam bentuk pdbqt