KELOMPOK ANTIKANKER

FARMASI 3D, ANGGOTA :

NAMIRA NAAZIAH (1904010129)
SHOFA FAUZIAH (1904010116)
BINTANG NUGROHO (1904010182)
GILANG SAFITRI (1904010185)

LOGBOOK REPARASI LIGAN

NO PROSEDUR LAMPIRAN
1. Buka ChemDraw 2D, lalu
copy-kan ligan.

2. Paste-kan ligan tadi ke

aplikasi MarvinSketch.

3. Klik menu ‘Tools’, lalu klik

‘Protonation’, kemudian klik
‘Major Micropecies.
4. Pastikan pH-nya 7.4, lalu klik
OK.

5. Muncul tampilan tersebut,

lalu klik OK.

6. Muncul tampilan ligan yang

telah di protonasi.

7. Klik kanan pada gambar

struktur, lalku klik save as.
8. Beri nama ligan protonasi
dengan format (.mrv).

9. Buka file format (.mrv) yaitu

file hasil protonasi tadi.

10. Klik menu ‘Tools’, lalu klik

‘conformation’, kemudian
klik ‘conformers’.

11. Muncul tampilan tersebut,

lalu klik OK.
12. Muncul tampilan conformers,
lalu klik ‘file’, kemudian di
klik save as.

13. Beri nama file dengan format

(.mol2).

14. Buka file MMV. Lalu klik

file, kemudian klik ‘import
molecule’

15. Pilih file format (.pdb).

16. Buka tanda +.

17. Ceklis salah satu (UNX_0)

atau yang paling atas, lalu klik
import.

18. Klik file, lalu klik ‘export

molecule’.

19. Klik ‘export’.

 20. Save as file dengan format
(.pdb).

LOGBOOK RESEPTOR
NO. PROSEDUR LAMPIRAN
1. Klik menu file, lalu klik
‘Lead Molecule’.

2. Masukkan kode reseptor

‘2AOT’.

3. Lakukan bilangan air. Lalu

klik edit, kemudian klik
delete water.
4. Klik edit, lalu klik
‘hidrogen’, kemudian klik
‘add’.

5. Klik ‘all hidrogen’, lalu klik

OK.

7. Klik file, lalu klik save,

kemudian klik ‘Write PDB’.

8. Ganti nama file menjadi

namareseptor_rev
(2AOT_rev), lalu klik OK.
9. Masuk ke aplikasi molegro,
lalu klik file, kemudian klik
‘import molecule’.

9. Masukkan file
kodereseptor_rev
(2AOT_rev)

10. Un ceklis kofactor, ceklis

noname [A], dan un ceklis
ligan. Lalu klik import.

11. Klik file, lalu klik ‘export

molecule’, kemudian klik
‘export’.
 12. Save file dengan nama
protein dengan format PDB.

LOGBOOK PREPARASI LIGAN ALAMI

NO. PROSEDUR LAMPIRAN
1. Masuk ke aplikasi molegro,
lalu klik file, kemudian klik
‘import molecule’.

2. Masukkan file struktur turunan

tadi yang telah di preparasi
ligan.

3. Klik ceklis ligan dan kode

reseptor [A]. Lalu klik import.
4. Klik file, lalu klik save as file.

5. Save file dengan nama ligan

alami.