PROSEDUR PENGUJIAN DOCKING MOLEKULAR

Dalam proses molecular docking dengan menggunakan program autodock 4, terlebih dahulu
harus mempunyai software yang digunakan dalam proses molecular docking yakni:
1. Autodock Tools
2. Autodock 4
3. Autogrid 4
4. Chimera
5. Hyperchem
Masing-masing software diatas mempunyai fungsi yang berbeda di dalam proses molekular
docking. Hyperchem berfungsi dalam preparasi dan penyiapan struktur ligan atau senyawa uji.
Chimera berngusi dalam proses preparasi protein target dan penyiapan koordinat docking pada
protein target. Autodock Tool berfungsi dalam keseluruhan proses docking dan menjalankan
program autodock 4 dan autogrid 4. Autogrid 4 berfungsi dalam pendeskripsian grid dan
pengaturan grid box, sedangakan Autodock 4 berfungsi dalam mengekplorasi konformasi yang
mungkin terbentuk dari ikatan antara senyawa uji dengan makromolekul protein target. Autodock
untuk melakukan penambatan molekuler ligan dan protein target degan set grid yang telah
terdeskripsi. Dalam pencarian konformasi, autodock membutuhkan ruang pencarian dalam
sistem kordinat dimana posisi ligan dianggap akan terikat yang disebut dengan grid box.
Pendeskripsian grid dan pengaturan grid box dilakukan dengan autodock grid (autogrid)

File yang dibutuhkan dalam Proses molekular docking harus dimasukkan dalam satu folder kerja
yang meliputi:
1. Makromolekul target (.pdb)
2. Ligan atau senyawa uji (.pdb)
3. Autodock4
4. Autogrid4
File struktur makromolekul protein target dapat diunduh dari web Protein Data Bank dalam
format .pdb. File Senyawa uji dapat dipreparasi dengan menggunakan program Hyperchem atau
dapat diunduh dari web pubchem dan selanjutnya dioptimasi dengan program hyperchem.
Terdapat 4 Tahapan Penting dalam proses pengujian molecular docking senyawa uji terhadap
makromolekul protein target yakni
1. Preparasi dan Optimasi struktur senyawa uji
2. Preparasi makromolekul atau protein target
3. Validasi Metode molecular docking
4. Docking senyawa uji pada protein target

A. Preparasi dan Optimasi struktur senyawa uji

1. Buka file struktur senyawa uji yang telah diunduh dengan menggunakan program
hyperchem. Jika struktur senyawa uji tidak tersedia maka struktur senyawa uji
dipreparasi atau digambar pada program hyperchem

2. Struktur senyawa uji disesuaikan dengan struktur senyawa uji pada pustaka
3. Dipilih metode optimasi yang digunakan
Setup => Semi-Smpirical atau Ab Initio => Ok
4. Dilakukan kalkulasi single point terhadap struktur senyawa uji yang telah dibuat
Compute => Single Point => Dicatat besar energy hasil kalkulasi single point

5. Dilakukan optimasi geometri

Compute => Geometry Optimization => Diatur parameter optimasi geometri => Ok
=> Dicatat besar energy hasil optimasi geometri

6. Simpan Struktur Senyawa uji yang telah dioptimasi dalam format .pdb
File => Save As => Beri nama file => Atur format file .pdb => Save
B. Preparasi makromolekul atau protein target
Memisahkan native ligan dari protein target
1. Buka file makromolekul protein target yang telah diunduh dengan menggunakan
program Chimera
2. Pilih Chain (rantai makromolekul) yang akan digunakan
Select => Chain => pilih chain yang digunakan => invert (selected models) =>
Action => Atoms/Bonds => dellete
3. Pilih native ligan yang akan digunakan untuk redocking (validasi metode)
Select => Residu => pilih native ligand => invert (selected models) => Action =>
Atoms/Bonds => delete
4. Menyimpan file dalam format .pdb
File => Save PDB => Beri nama Ligand => Atur format file .pdb => Save
Menyimpan makromolekul protein target dengan kordinat dockingnya
1. Buka file makromolekul protein target yang telah diunduh dengan menggunakan
program Chimera

2. Pilih Chain (rantai makromolekul) yang tadi digunakan

Select => Chain => pilih chain yang digunakan => invert (selected models) =>
Action => Atoms/Bonds => delete
3. Pilih kordinat native ligan yang akan digunakan untuk redocking (validasi metode)
Select => Residu => pilih native ligand => Action => Atoms/Bonds => dellete
 4. Menyimpan file dalam format .pdb
File => Save PDB => Beri nama makromolekul => Atur format file .pdb => Save

C. Validasi Metode molecular docking

1. File makromolekul protein target yang telah dipreparasi (.pdb), File native ligand
(.pdb), Autodock4 dan Autogrid4 diletakkan dalam satu folder kerja
2. Buka Program Autodock Tools
3. Diatur folder kerja molekular docking
File => Preferences => Set => Startup directory
Diatur Startup directory sesuai dengan alamat folder kerja => Set => Dismiss
4. Dilakukan input dan preparasi makromolekul protein Target
File => Read Molecule => buka file makromolekul
 Edit => Hydrogens => Add => dipilih All Hydrogens, noBondOrder, Yes => Ok

5. Dilakukan input dan preparasi makromolekul native ligand

Ligand => Input => Open => Buka file native ligand format .pdb
Ligand => Torsion Tree => Detect root
Ligand => Torsion Tree => Choose Torsions

Dikoreksi apakah rotasi dari ligand sudah tepat. Seperti pada gambar dibawah:

Untuk mengubah rotasi, Klik Shift + Klik ikatan

Warna Hijau = Rotable
Magenta = non-rotable
Merah = unrotable
Jika sudah sesuai => Done

Ligand => Output => Save as PDBQT

6. Tentukan Koordinat (Grid) pengujian molekular docking
Grid => Makromolekul => Choose => pilih makromolekul => Select molecule =>
Save as PDBQT
Grid => Set map types => choose ligand => Pilih Ligand => Select Ligand
Grid => Grid box => Center => Center on Ligand, diatur size x,y,z; center x,y,z dan
spacing. Pastikan ligand berada di dalam kotak imaginary tersebut => Dicatat
pengaturan grid box yang digunakan
File => Close saving curent
Grid => Output => Save GPF,

nama file gpf yang disimpan harus benar dan sesuai dengan contoh berikut: Grid.gpf
(Benar); Grid (Salah, karena tidak ada file extension .gpf); Grid dua.gpf (salah,
karena ada spasi antara Grid dan dua); Grid_dua.gpf (benar)
7. Dilakukan proses Running Autogrid
Run => Run Autogrid

Program Pathname => Browse => Pilih Autogrid4.exe => Open

Parameter Filename => Browse => Pilih grid.gpf => Open
Selanjutnya Edit Cmd dengan cara hapus: D:/Tutorial Autodock/ => sehingga Cmd
akan tampil seperti gambar berikut

Keterangan:
p menunjukkan parameter, file parameter yang digunakan grid.gpf
l menunjukkan log file, file output yang akan dihasilkan adalah grid.glg yang dapat
dibuka di Notepad
Setelah sesuai => Klik Launch => akan muncul tampilaan seperti dibawah =>
ditunggu hingga proses selesai

Buka folder kerja => file grid.glg dibuka dengan menggunakan Notepad =>
Perhatikan bagian paling akhir dari file => Successful completion berarti proses grid
telah berhasil
8. Dilakukan pengaturan parameter docking
Docking => Macromolecule => Set Rigid Filename => Buka makromolekul dalam
format .pdbqt
Docking => Ligand => Choose => Pilih Ligand => Select Ligand => Accept
Docking => search parameter => Genetic Algorithm

Pada Maximum number of evals, pilih kecepatan proses docking yang digunakan =>
Accept

Docking => Docking Parameter => use defaults => accept

Docking => Output => pilih output parameter yang digunakan => Berikan nama file
sesuai dengan penamaan yang benar pada proses grid dengan extension .dpf
7. Dilakukan proses running Docking
Run => Autodock

Program Pathname => Browse => Open Autodock4.exe

Parameter filename => browse => Open file .dpf
Edit Cmd dengan menghapus: D:/Tutorial Autodock/ hingga seperti tampilan
dibawah

Setelah sesuai => Klik Launch => ditunggu hingga proses selesai
8. Analisis dan Visualisasi Hasil Docking
Analyze => Docking => Open => buka file dalam format .dlg

Analyze => Docking => macromolecule => Choose => pilih makromolekul => Select
macromolecule
Analyze => Conformation => Load

Analyze => Conformation => Play

akan muncul kotak seperti gambar di bawah

Diubah konformasi berapa yang akan dianalisis seperti gambar dibawah

Untuk menampilkan konformasi tersebut kemudian klik sesuai dengan tanda pada
gambar di bawah

Akan muncul gambar seperti dibawah, kemudian => centang Show Info (untuk
mengetahui semua unfo tentang konformasi yang dipilih), Build H-Bonds (untuk
menampilkan ikatan hidrogen yang terbentuk, Show conf list (Untuk memilih
konformasi yang akan dianalisis)

Akan muncul seperti gambar diatas => Dicatat dan dianalisis semua hasil docking
Untuk menampilkan visualisasi hasil docking => pilih konformasi yang akan
ditampilkan => Analyze => Docking => Show interactions, akan muncul seperti
gambar dibawah => diatur sesuai dengan keinginan dalam gambar interaksi
 Untuk menyimppan Gambar => Klik Save Image => Choose lokasi penyimpanan
gambar => OK

D. Docking senyawa uji pada protein target

1. File makromolekul protein target yang telah dipreparasi (.pdb), File struktur senyawa
uji (.pdb), Autodock4 dan Autogrid4 diletakkan dalam satu folder kerja

2. Buka Program Autodock Tools

3. Langkah-langkah docking senyawa uji pada makromolekul protein target sama
dengan langkah-langkah validasi metode atau redocking native ligand pada protein
target, hanya saja native ligand diganti dengan senyawa uji. Kemudian pada
pengaturan koordinat (grid) pada pengujian molecular docking, diatur size x,y,z;
center x,y,z dan spacing sesuai dengan pengaturan pada saat validasi metode atau
redocking dengan koordinat yang telah memenuhi syarat validasi.
4. Langkah-langkah selanjutnya sama seperti pada validasi metode hingga analisis dan
visualisasi hasil molecular docking