Dalam proses molecular docking dengan menggunakan program autodock 4, terlebih dahulu
harus mempunyai software yang digunakan dalam proses molecular docking yakni:
1. Autodock Tools
2. Autodock 4
3. Autogrid 4
4. Chimera
5. Hyperchem
Masing-masing software diatas mempunyai fungsi yang berbeda di dalam proses molekular
docking. Hyperchem berfungsi dalam preparasi dan penyiapan struktur ligan atau senyawa uji.
Chimera berngusi dalam proses preparasi protein target dan penyiapan koordinat docking pada
protein target. Autodock Tool berfungsi dalam keseluruhan proses docking dan menjalankan
program autodock 4 dan autogrid 4. Autogrid 4 berfungsi dalam pendeskripsian grid dan
pengaturan grid box, sedangakan Autodock 4 berfungsi dalam mengekplorasi konformasi yang
mungkin terbentuk dari ikatan antara senyawa uji dengan makromolekul protein target. Autodock
untuk melakukan penambatan molekuler ligan dan protein target degan set grid yang telah
terdeskripsi. Dalam pencarian konformasi, autodock membutuhkan ruang pencarian dalam
sistem kordinat dimana posisi ligan dianggap akan terikat yang disebut dengan grid box.
Pendeskripsian grid dan pengaturan grid box dilakukan dengan autodock grid (autogrid)
File yang dibutuhkan dalam Proses molekular docking harus dimasukkan dalam satu folder kerja
yang meliputi:
1. Makromolekul target (.pdb)
2. Ligan atau senyawa uji (.pdb)
3. Autodock4
4. Autogrid4
File struktur makromolekul protein target dapat diunduh dari web Protein Data Bank dalam
format .pdb. File Senyawa uji dapat dipreparasi dengan menggunakan program Hyperchem atau
dapat diunduh dari web pubchem dan selanjutnya dioptimasi dengan program hyperchem.
Terdapat 4 Tahapan Penting dalam proses pengujian molecular docking senyawa uji terhadap
makromolekul protein target yakni
1. Preparasi dan Optimasi struktur senyawa uji
2. Preparasi makromolekul atau protein target
3. Validasi Metode molecular docking
4. Docking senyawa uji pada protein target
2. Struktur senyawa uji disesuaikan dengan struktur senyawa uji pada pustaka
3. Dipilih metode optimasi yang digunakan
Setup => Semi-Smpirical atau Ab Initio => Ok
4. Dilakukan kalkulasi single point terhadap struktur senyawa uji yang telah dibuat
Compute => Single Point => Dicatat besar energy hasil kalkulasi single point
6. Simpan Struktur Senyawa uji yang telah dioptimasi dalam format .pdb
File => Save As => Beri nama file => Atur format file .pdb => Save
B. Preparasi makromolekul atau protein target
Memisahkan native ligan dari protein target
1. Buka file makromolekul protein target yang telah diunduh dengan menggunakan
program Chimera
2. Pilih Chain (rantai makromolekul) yang akan digunakan
Select => Chain => pilih chain yang digunakan => invert (selected models) =>
Action => Atoms/Bonds => dellete
3. Pilih native ligan yang akan digunakan untuk redocking (validasi metode)
Select => Residu => pilih native ligand => invert (selected models) => Action =>
Atoms/Bonds => delete
4. Menyimpan file dalam format .pdb
File => Save PDB => Beri nama Ligand => Atur format file .pdb => Save
Menyimpan makromolekul protein target dengan kordinat dockingnya
1. Buka file makromolekul protein target yang telah diunduh dengan menggunakan
program Chimera
Dikoreksi apakah rotasi dari ligand sudah tepat. Seperti pada gambar dibawah:
nama file gpf yang disimpan harus benar dan sesuai dengan contoh berikut: Grid.gpf
(Benar); Grid (Salah, karena tidak ada file extension .gpf); Grid dua.gpf (salah,
karena ada spasi antara Grid dan dua); Grid_dua.gpf (benar)
7. Dilakukan proses Running Autogrid
Run => Run Autogrid
Keterangan:
p menunjukkan parameter, file parameter yang digunakan grid.gpf
l menunjukkan log file, file output yang akan dihasilkan adalah grid.glg yang dapat
dibuka di Notepad
Setelah sesuai => Klik Launch => akan muncul tampilaan seperti dibawah =>
ditunggu hingga proses selesai
Buka folder kerja => file grid.glg dibuka dengan menggunakan Notepad =>
Perhatikan bagian paling akhir dari file => Successful completion berarti proses grid
telah berhasil
8. Dilakukan pengaturan parameter docking
Docking => Macromolecule => Set Rigid Filename => Buka makromolekul dalam
format .pdbqt
Docking => Ligand => Choose => Pilih Ligand => Select Ligand => Accept
Docking => search parameter => Genetic Algorithm
Pada Maximum number of evals, pilih kecepatan proses docking yang digunakan =>
Accept
Setelah sesuai => Klik Launch => ditunggu hingga proses selesai
8. Analisis dan Visualisasi Hasil Docking
Analyze => Docking => Open => buka file dalam format .dlg
Analyze => Docking => macromolecule => Choose => pilih makromolekul => Select
macromolecule
Analyze => Conformation => Load
Untuk menampilkan konformasi tersebut kemudian klik sesuai dengan tanda pada
gambar di bawah
Akan muncul gambar seperti dibawah, kemudian => centang Show Info (untuk
mengetahui semua unfo tentang konformasi yang dipilih), Build H-Bonds (untuk
menampilkan ikatan hidrogen yang terbentuk, Show conf list (Untuk memilih
konformasi yang akan dianalisis)
Akan muncul seperti gambar diatas => Dicatat dan dianalisis semua hasil docking
Untuk menampilkan visualisasi hasil docking => pilih konformasi yang akan
ditampilkan => Analyze => Docking => Show interactions, akan muncul seperti
gambar dibawah => diatur sesuai dengan keinginan dalam gambar interaksi
Untuk menyimppan Gambar => Klik Save Image => Choose lokasi penyimpanan
gambar => OK