Laporan Praktikum Kimia Komputasi Modul 5

I. Tujuan
1. Melakukan persiapan untuk molecular docking
2. Melakukan validasi metode docking
3. Melakukan analisis hasil molecular docking

II. Prinsip
Teknik penambatan ligand ke dalam sisi aktif reseptor yang dilanjutkan dengan
evaluasi molekul berdasarkan kecocokan konformasi struktur dan sifat.

III. Teori Dasar

Simulasi molecular docking merupakan suatu simulasi yang dapat digunakan untuk
mempelajari interaksi antara ligan dengan protein atau interaksi antar protein pada
level atom. Tujuan studi docking adalah untuk mendapatkan pasangan terbaik dan
memperoleh informasi konformasi dan afinitas.

Interaksi yang terjadi apabila suatu ligan ditempelkan pada suatu makromolekul,
akan mempengaruhi struktur 3 dimensinya, yang dipengaruhi oleh adanya kontribusi
interaksi elektrostatik, van der waals, ikatan hidrogen dan sumbangan interaksi yang
lain. Akibatnya ada beberapa kemungkinan tipe konformasi bersama yang terbentuk.
Konformasi yang terbentuk tersebut dalam docking diketahui dengan melihat tempat
penempelan (binding site), tipe penempelan (binding mode) dan energi penempelan
(binding energi) (Aatukaapru & Janne ojanen, 2002)

Menurut Kitchen et al., 2004 ada dua masalah umum yang dijumpai dalam
docking molekul, masalah yang pertama adalah pemilihan fungsi energi yang
digunakan selama proses docking serta pemilihan algoritma yang tepat. Autodock
merupakan software yang digunakan untuk proses docking. Algoritma yang disediakan
dalam proses docking pada autodock adalah SA (Simulated Annealing Monte Carlo),
algoritma genetik, Local search (LS) dan algoritma Lamarckian Genetik. Pemetaan
dengan algoritma SA dilakukan secara acak ke seluruh area pada protein. Kelemahan
metode ini hanya cocok untuk ligan yang fleksibelitasnya maksimal 8 ikatan yang
mampu berotasi, diatas 8 perhitungan akan menjadi sulit karena banyaknya

1 Dini Anggraeni 11141112

 kemungkinan konfigurasi dalam docking sehingga global minimal sulit didapatkan.
Algoritma Genetik dikenal juga sebagai traditional Darwinian genetic algoritm,
karena dasar yang digunakan adalah teori genetik dan evolusi Darwin. Proses
pemetaan tidak dilakukan secara acak sehingga peluang global minimal tercapai cukup
besar, namun untuk protein yang memiliki cekungan (cavity) yang cukup dalam
langkah yang dilakukan banyak sehingga kurang efisien untuk mendapatkan posisi
minimal. Local Search (LS), LS merupakan algoritma mencari energi pada lokal atau
cekungan tertentu . LGA (Lamarckian genetic Algoritm) merupakan algoritma
gabungan antara GA-LS (Genetic algoritma-local search), disebut LGA karena anak
diperbolehkan untuk mewarisi adaptasi local search dari orang tuanya. Pada LGA
optimasi global dilakukan mengunakan GA sedang optimasi lokal digunakan LS.
Dengan algoritma gabungan ini cekungan yang cukup dalam yang dilakukan
perhitungan sedang cekungan yang lain tidak terlalu diperhitungkan, kelebihan metode
ini proses docking menjadi lebih efisien dan langkah yang digunakan tidak terlalu
panjang (Huey and Morries., 2003).

Tahapan Dalam Simulasi Docking:

1.Persiapan file input struktur protein yang sebelumnya telah dipreparasi

2.Persiapan file input struktur ligan
3.Validasi docking
4.Docking ligan uji menggunakan parameter hasil validasi
5.Analisis Hasil Docking

IV. Prosedur
1. Buka file .pdb dari 4AC2 di discovery studio visualizer 2016

2 Dini Anggraeni 11141112

 2. Buka hierarchy untuk melihat komponen yang ada pada file .pdb ini. Caranya
klik view> hierarchy > (beri tanda centang paa hierarchy)
3. Hilangkan komponen air, kemudian pisahkan 43F dari protein. Simpan file
protein (masih mengandung etilen glikol dan NAD) dengan format .pdb (simpan
dengan nama 4AC2-protein.pdb).
4. Kemudian buka lagi file 4AC2.pdb yang masih utuh. Hilangkan semua
komponen kecuali 43F. Simpan file 43F format sybyl mol2 ( simpan dengan
nama 43F.mol2)
5. Buka perangkat lunak autodock tools
Berikut adalah tampilan autodock tools

6. Buka file protein dengan cara file > read molecule, kemudian pilih file 4AC2-
protein.pdb.
7. File *.pdb ini tidak memiliki atom hidrogen, maka sebelum melakukan simulasi,
atom hidrogen harus ditambahkan terlebih dahulu. Klik edit > hidrogen > add.
Kemudian akan muncul dialog box seperti berikut Pilih polar only kemudian ok.
Amati perubahan yang terjadi pada visualisasi protein.

8. Simpan file PDB protein yang telah ditambahkan hidrogen. Caranya file > save
> writePDB. Simpan protein pada folder tempat instalasi autodock tools.
9. Sembunyikan tampilan file protein, kemudian masukan file 43F.

3 Dini Anggraeni 11141112

 Klik kanan pada tulisan 4AC2_protein, kemudian hide molecule. Untuk
memasukan ligan, klik ligand > input > open. Pilih file 43F.mol2.
10. Klik ligand > torsion tree > detect root
11. Klik ligand > torsion tree > choose torsions. Pastikan jumlah ikatan yang dapat
berotasi maksimum, namun tidak melebihi 32
12. Klik ligand > output > save PDBQT
Simpan file ligan dengan format .pdbqt di folder tempat autodock tools.
13. Sebelum melakukan run docking, harus dilakukan run autogrid terlebih dahulu.
Persiapan file input autogrid adalah sebagai berikut:
 Grid > macromolecule > choose
Pilih file protein > choose. Tunggu dan kemudian akan diminta untuk
menyimpan file protein dalam format .pdbqt. simpan file protein
tersebut kedalam format .pdbqt difolder tempat instalasi autodock tools
 Grid > set map types > choose ligand
Pilih 43F, kemudian choose.
 Grid > grid box
Untuk validasi pertama, pilih center > center on ligand. Ukuran box dapat
disesuaikan jika ligand ujinya besar. Pada contoh kali ini, cukup gunakan
box 40 x 40 x 40 jika sudah selesai mengatur, klik file > close saving
current.
 Grid > output > save GPF
Simpan file .gpf pada folder tempat instalasi autodock tools. Biasanya,
.gpf harus diketik secara maual karena tidak secara otomatis terketik. Pada
contoh kali ini, beri nama 4AC2-validasi.gpf
14. Run > run autogrid

Pada bagian program pathname, pilih browse dan cari file aplikasi autogrid
(autogrid.exe). file aplikasi ini akan berada pada folder system32 ditempat

4 Dini Anggraeni 11141112

 instalasi. Kemudian pada bagian parameter file, pilih browse dan pilih file .gpf
yang tadi sudah disiapkan, maka setelah memilih file .gpf, secara otomatis akan
muncul log filename. Dibagian cmd, pastikan bahwa setelah nama file .gpf, ada
tanda -|, kemudian berikutnya langsung nama log nya. Hapus tulisan path yang
ada didepannya (lihat pada contoh gambar diatas).
Klik launch.

Akan muncul dialog box seperti gambar diatas. Hal ini menandakan proses
docking sedang berlangsung. Tunggu hingga dialog box ini menghilang secara
otomatis, yang artinya proses telah selesai dilakukan.

Jika proses sudah selesai, buka bagian kotak hitam autodock tools. Cek apakah
proses berhasil atau tidak.

15. Setelah proses autogrid ini selesai dilakukan, lakukan persiapan untuk
melakukan proses docking. Persiapan file inputnya adalah sebagai berikut:
a. Docking > Macromolecule > Set Rigid Filename
Kemudian pilih file 4AC2_protein.pdbqt.Klik open
b. Docking > ligand > choose

5 Dini Anggraeni 11141112

 Kemudian pilih 43F > Select ligand > accept
c. Docking > Search Parameter > Genetic Algorithm

Pada bagian Number of GA Runs, diisi dengan berapa banyak konformasi

pencarian yang diinginkan. Kemudian pilih Accept setelah selesai mengatur
parameter
d. Docking>Output> Lamarckian GA.
Simpan file *.dpf pada folder tempat instalasi autodock Tools. Ketik *.dpf secra
manual, beri nama 5ANG-validasi.dpf
16. Run > Run autodock.
Pengaturan pada tahap ini sama dengan Autogrid pada tahap nomor 15. Hanya
saja ganti file autogrid.exe dengan autodock4.exe. kemudian file *.gpf pada
autogrid, diganti dengan *.dpf pada saat running autodock sehingga file output
berupa file *.dlg

Klik launch dan tunggu hingga proses selesai

6 Dini Anggraeni 11141112

 17. Setelah selesai, lakukan analisis terhadap hasil redocking. Cek apakah nilai
RMSD < 2 A

18. Jika hasil RMSD tidak <2 A berarti parameter docking tidak valid. Ulangi
proses redocking dengan pengaturan parameter yang lain. jika hasil RMSD <2A,
parameter docking sudah valid.
19. Jika parameter docking valid, catat pengaturan gridbox yang digunakan pada
saat proses redocking.
Cari tampilan seperti berikut pada file 5ANG-validasi.dlg di notepad.

Dari data diatas, dapat diketahui bahwa ukuran gridbox yang digunakan asdalah
40 x 40 x 40 untuk spacing 0,375 A. Coordinate central grid point = (-1.825,
7.588, 14.248)

V. Data Percobaan
4AC2 (CRYSTAL STRUCTURE OF TRANSTHYRETIN IN COMPLEX WITH
LIGAND C-7

7 Dini Anggraeni 11141112

VI. Hasil
Protein yang telah dipisahkan dengan ligan alaminya menggunakan aplikasi Discovery
Studio
Protein 4AC2 Ligan 43F dari protein 4AC2

8 Dini Anggraeni 11141112

 Pengecekan Torsion Tree pada Ligan 43F

Lebih banyak area berwarna merah dibandingkan area berwarna hijau. Dimana artinya
struktur tersebut tidak dapat diputar, dan jika tidak dapat berputar maka senyawa
tersebut dikatakan rigid.

Ukuran Grid Box untuk validasi dan Visualisasi Grid Box pada validasi

9 Dini Anggraeni 11141112

Tampilan pada saat melakukan autogrid pada ligan 43F

10 Dini Anggraeni 11141112

Run autogrid sukses karena pada saat akan menjalankan autogrid tidak ada yang
salah sehingga run successful

Pada saat melakukan parameter docking, untuk number of GA Runs dipilih nomor
10, dan untuk maximum number of evals dipilih medium

11 Dini Anggraeni 11141112

Nilai RMSD dari hasil re-docking antara ligan alami 43F dengan proteinnya 4AC2
memiliki nilai RMSD dibawah 2A, sehingga dapat dikatakan valid.

Pengaturan Grid box.

Dari hasil validasi didapat nilai Grid maps will be centered on user-defined
coordinate (0,204, -0,194, 15,961) sehingga gridbox ligan disesuaikan dengan
koordinat tersebut

12 Dini Anggraeni 11141112

VII. Kesimpulan
Dari hasil analisis docking yaitu nilai RMSD pada protein 4AC2 dengan ligand 43F
menunjukkan hasil yang valid karena nilai dari re-docking tersebut dibawah 2A.

VIII. Daftar Pustaka

1. http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore.do?structureId=4AC2
2. Morris, G.M., Goodsell. D. S., Halliday,R.S., Huey, R. Hart. W.E, et al., 1998,
Automated Docking Using Lamarckian Genetic Alghorithmand an Empirical
Binding free Energy function, J Comput Chem.

13 Dini Anggraeni 11141112