KELOMPOK 6 (PROTEASE)

- Febyanti Safitri (1711012120005)

- Gusti Maharini (1711012120006)

TUTORIAL DOCKING
1. Instal aplikasi mgltools, autodocksuite, dan autodockvina
2. Siapkan file AD4.1_bound (.dat), AD4_parameters(.dat), autodock4 (aplikasi), dan
autogrid4 (aplikasi). Letakkan dalam satu folder kerja.
3. Download file pada link https://www.rcsb.org/, tulis kode data yang akan dianalisis
(misalnya: Protease) pada kolom search

4. Setelah kode akses tersebut dienter, maka akan muncul tampilaan seperti berikut :
 Cari molekul yang memiliki substrat. Caranya dengan mengklik 3D view, substrat
berupa ligan yang ditandai dengan adanya rantai aromatik.

5. Setelah dapat molekul yang mempunyai substrat, download file tersebut dengan
mengklik nama file, klik tanda panah pada download files, pilih PDB format

Setelah selesai didownload, pindah file ke dalam folder kerja.

6. Buka aplikasi pymolwin, klik file, open, pilih file yang telah didownload tadi
(5UGG), klik a di 5UGG, pilih remove waters, klik substratnya sampai muncul tanda
merah, ketika muncul tombol sele klik a pada sele kemudian extract object. Maka
akan muncul tombol obj01 di bawah tombol sele.
7. Klik obj01, klik file, extract molekul, simpan sebagai PROTEASE dengan format
.pdb LALU Klik 5UGG klik file, extract molekul, simpan sebagai SUBSTRAT
dengan format .pdb
8. Buka program files x86, buka mgltools, buka adt (aplikasi). Seteleh aplikasi berhasil
dibuka, klik file, preferences, ganti startup directory jadi folder kerja yang kita buat
sebelumnya, klik make default, klik set.

9. Klik menu file, read molecule, pilih dan buka file PROTEASE yang telah disimpan
tadi. . Klik menu edit, hydrogens, add, polar only, klik ok. Lakukan langkah yang
sama untuk memilih dan membuka file SUBSTRAT.
10. Klik 2x pada PROTEASE untuk menghilangkan komponen protease sehingga hanya
tersisa substratnya.

11. Klik menu ligand, input, choose, substrat, select molecule for autodock4, klik
ok. Warna tampilan akn berubah menjadi abu-abu.

12. Klik menu ligand, output, save PDBQT.

13. Klik menu grid, macromolecul, choose, pilih PROTEASE, select molecule, save.
14. Klik menu grid, set map types, choose ligands, pilih SUBSTRAT, select ligand.
15. Klik menu grid, grid box, center, center on ligand, file, close saving current.
16. Klk menu grid, other option, parameter library filename, pilih ad4.1_bound.
17. Klik menu grid,output,save gpf, simpan dengan nama file DOCKING.gpf
18. Klik menu docking, macromolecul, set rigid filename, pilih PROTEASE, open.
19. Klik menu docking, ligand, choose, pilih SUBSTRAT, select ligand, acc.
20. Klik menu docking, search parameter, genetic algorithm, acc.
21. Klik menu docking, docking parameter, acc.
22. Klik menu docking, output, lamarckian GA (4.2), save as DOCKING.dpf
23. Klik menu run, run autogrid, program pathname klik browse lalu pilih autogrid4,
parameter filename klik browse lalu pilih docking.gpf, kemudian launch.
(Tunggu sampai tampilan run hilang). Setelah proses ini selesai maka akan muncul
file dengan format (.glg).
24. Klik menu run, run autodock, program pathname klik browse lalu pilih autodock4,
parameter filename klik browse lalu docking.dpf, kemudian launch.
(Tunggu sampai tampilan run hilang). Setelah proses ini selesai maka akan muncul
file dengan format (.dlg).
25. Langkah selanjutnya yaitu klik menu Analyze, klik docking, open, pilih docking.dlg,
beri nama DOCKING, klik ok.
26. Klik menu Analyze, pilih conformations, pilih load.

27. Setelah muncul tampilan seperti di atas, cari nilai RMS yang paling rendah.
28. Hapus PROTEASE dan SUBSTRAT (klik kanan pada nama PROTEASE dan
SUBSTRAT, pilih delete), hanya sisakan DOCKING.
29. Klik menu file, save, write pdb (DOCKING.pdb)

30. buka pymol, klik menu file, open, buka file DOCKING.pdb, klik menu file, export
molecule, save dengan nama LIGAN HASIL DOCKING (.pdb)
31. Gabungkan molekul PROTEASE dengan molekul LIGAN HASIL
DOCKING Klik menu file, open, buka file PROTEASE.pdb
Klik menu file, open, buka file LIGAN HASIL DOCKING.pdb

32. Setelah keduanya tergabung, klik menu file, export molecule, save dengan nama
HASIL DOCKING.pdb
33. Langkah selanjutnya yaitu menginstall aplikasi biovia (discovery studio)
34. Setelah terinstal, buka aplikasi biovia, kemudian klik menu open, pilih file HASIL
DOCKING.pdb.
35. Klik menu Receptor-ligand interaction, klik ligand interaction pada samping kiri
layar, kemudian show 2d diagram