ADDITIONAL MODUL

Pendahuluan

Docking molekuler merupakan simulasi secara komputasi yang digunakan untuk

memprediksi ikatan antara obat/ligan dan reseptor/protein dengan memasangkan suatu molekul
kecil (ligan) pada sisi aktif dari reseptor, yang sampai saat ini banyak digunakan dalam proses
penemuan dan pengembangan obat baru dengan aktivitas yang lebih baik. Beberapa software
untuk docking antara lain autodocktools, autodockvina, chimera, yasara, NRG suite dll,
digunakan untuk memprediksi ikatan antara ligand dengan reseptornya. Hasil dari docking
yaitu grid score. Grid score adalah energi yang diperlukan oleh ligan untuk berikatan dengan
protein. Energi ini merupakan energi Gibbs, yaitu energi dengan nilai apabila semakin negatif
berarti ikatan antara ligan dan protein semakin besar nilainya Docking ikatan ligand dengan
reseptor divalidasi menggunakan RMSD (root-mean-square deviation of atomic positions).
RMSD adalah parameter yang digunakan untuk melihat kemiripan antara ligan hasil docking
dengan hasil kristalografi. Suatu ligand dikatakan mempunyai ikatan yang baik dengan reseptor
apabila nilai RMSD kurang dari 2 Å (angstrom).

Asam asetilsalisilat atau banyak dikenal sebagai aspirin adalah turunan salisilat yang
merupakan prototipe obat antiinflamasi non steroid (non steroid antiinflammatory drugs=
NSAIDs). Aspirin dan NSAIDs lainnya bekerja dengan cara menghambat siklooksigenase
(COX 1/2) yang mengakibatkan penurunan produksi prostaglandin. Berbeda dengan analgesik
opioid dan parasetamol, hal ini tidak hanya mengurangi sakit/nyeri, tetapi juga inflamasi
sehingga digunakan pada pengobatan berbagai kondisi akut dan kronik yang menimbulkan
nyeri dan inflamasi. Pada umumnya, NSAIDs menghambat COX 1/2 secara non selektif.
Penelitian menunjukkan sebagian besar efek samping NSAIDs dimediasi oleh kerja hambatan
terhadap COX-1, sedangkan efek analgesic dimediasi oleh hambatan terhadap COX-2
(Koeberle and Werz, 2009).

Pada praktikum ini praktikan akan melakukan docking dengan senyawa yang sudah ada yaitu
aspirin pada reseptor enzim siklooksigenase.
Alat

1. Komputer/Laptop
2. Software Yasara
3. Software Marvin Sketch
4. Software Pymol
5. Software CMD.exe yang sudah di modifikasi.

Bahan

1. Struktur asam asetilsalisilat

2. Protein Kode 4COX

Catatan : Semua bahan dan alat (kecuali computer) bisa di download di : https://bit.ly/3zL5epA

Cara kerja :

A. Pemisahan Protein dan Ligand

1. Download semua alat dan bahan
2. Ekstrak yasara, tempatkan satu folder baru dengan nama ‘Docking 4COX’ (disarankan
diletakkan di desktop untuk mempermudah pencarian).
3. Install Marvin sketch
4. Install Pymol
5. Pada folder yasara, cari yasara.exe, klik kanan run as administrator akan muncul
tampilan sebagai berikut :
6. Open File 4COX.pdb, dengan cara file-open-pdb file- cari folder tempat 4COX.pdb-
pilih 4COX.pdb. akan muncul tampilan berikut:

7. Jangan diklik/digeser kursornya karena akan berpengaruh terhadap hasil.

8. Diketerangan terdapat 4 Molekul dalam protein tersebut. (Molekul A-D), yang
dibutuhkan hanya molekul A saja karena yang berikatan dengan ligand (Indometasin)
9. Delete molekul B-D dengan cara edit-delete-molecule-Pilih molekul selain A-klik OK.
10. Simpan 4COX molekul A dengan cara, File Save as-yasara object-pada object di klik
4COX-pilih folder DOCKING 4COX-Beri nama 4COX_Mol A.yob.

11. Bersihkan workspace dengan file-new-yes.

12. Buka kembali file 4COX_Mol A.yob, tambahkan hydrogen dengan cara klik edit-add-
hydrogen.
13. selanjutnya hilangkan ligand dengan cara edit-delete-residu-cari IMN dan HEM-OK.

14. Simpan molekul dalam format .mol2 dengan cara file-save as-other file format-pada
object klik 4COX_Mol A- pilih Sybyl Mol (.mol2)-tempatkan pada folder docking-beri
nama protein.mol2.
15. Selanjutnya kita ambil ligand nya, dengan cara File-new, kemudian File-load-yasara
object, pilih 4COX_Mol A-edit-add-hydrogen, kemudian edit-delete-residu, pilih
residu lain selain IMN. Akan muncul windows seperti ini:

Selanjutnya pilih file-save as-other file format- pilih 4COX_Mol A –pilih Sybil mol-
beri nama ‘ref_ligand.mol2’
16. Kita cek dalam folder Docking 4COX, seharusnya sudah bertambah 3 File, 4COX_Mol
A.yob, protein.mol2, dan ref_ligand.mol2.

17. Artinya sudah berhasil memisahkan ligand dan protein.

B. Preparasi konformasi ligand.
1. Buka aplikasi marvin sketch.
2. Pilih file-open-pilih ref_ligand.mol2

3. Pilih structure-clean 2D-clean in 2D

4. Perbaiki structure dengan cara menambahkan electrone pada double bond O-, dengan
cara klik molekul oksigen pada panel sebelah kanan, selanjutnya klik pada double
bond O-.
5. Kemudian kita prediksi struktur tsb, apabila berada pada tubuh manusia, dengan cara
klik tools-protonation-major microspesies-ok-ok akan muncul jendela berikut:

Pilih save as-kita namai ligand 2D.mrv

6. Bersihkan workspace dengan cara file-new-clear desk.

7. Open kembali ligand 2D.mrv
8. Prediksikan konformasinya dengan cara, tools-conformation-conformers-ok-ok.
9. Akan muncul jendela berikut yang berisi konformasi 10 ligand dengan energy yang
berbeda.

10. File-save as-beri nama ligand.mol2 dengan format file tripos mol2.
 11. Konformasi ligand sudah kita temukan.

C. Proses Docking
1. Buka CMD pada folder Docking 4COX
2. Ketikkan perintah berikut tanpa tanda petik : “ plants --mode bind ref_ligand.mol2 5
protein.mol2 ” enter.

3. Akan muncul hasil berikut, copy binding site dan binding radius.
4. Buka file 4pyp.txt, paste kan pada binding site dan binding set radius. Kemudian file-
save as-beri nama pc_4cox.txt.

5. Kembali ke CMD, ketikan perintah berikut : plants --mode screen pc_4cox.txt

6. Tunggu sampai selesai sampai 10 entry.
7. Ketikkan perintah cd results
8. Ketikkan perintah lagi : more bestranking.csv
9. Kemudian tutup CMD, lihat di folder Docking 4COX
10. Akan ada folder results, buka folder, cari bestranking.csv

Hasil kolom B menunjukkan bahwa indometasin mempunyai gridscore ± (-85), artinya

cukup baik dalam berinteraksi dengan reseptor siklooksigenase.
Tugas anda adalah mencari gridscore aspirin dengan cara :

1. Buat folder baru Docking aspirin

2. Copy kan file berikut dari folder Docking 4COX ke Folder Docking Aspirin.

3. Gunakan file aspirin.mol2 pada schoology.

4. Ulangi langkah B-1 sampai selesai, bedanya file yang perlu di buka adalah
aspirin.mol2.
5. Bandingkan gridscore aspirin dan indometasin, manakah yang lebih baik?