PREPARASI LIGAN
1. Buka Chemdraw 2D- copy paste-kan ligan ke aplikasi Marvin Sketch- Menu tools- protonation-
major microspecies- ok- ok- klik kanan pada gambar struktur- save as- format (.mrv)
2. Buka file format (.mrv)- Tools- conformation- conformers- ok- file- save as- format (.pdb)
3. Buka MMV- import molecule- pilih file format (.pdb)- buka tanda + ceklis salah satu saja
(UNX_0)- import- file- export molecule- export- save as- format (ligan.mol2)
PEMILIHAN RESEPTOR
PREPARASI RESEPTOR
DOCKING
1. Buka ADT- file- preference- set- startup directory- copas lokasi penyimpanan (contoh D:\2x23)-
set- dismiss
2. file- read molecule- masukan protein.pdb
3. Ligand- input- open- ligan.pdb- open
4. Ligand- torsion tree- choose torsion- done
5. Ligand- output save as pdbqt- format ligan.pdbqt
6. Flexible residues- input- choose macromolecule- pilih protein- select molecule- yes- ok
7. Select- select from string- kotak residue diisi dengan kode asam amino target- add- dismiss
8. Flexible residues- output- save rigid pdbqt ( format p_rigid.pdbqt)
9. Flexible residues- output- save flexible pdbqt ( format p_flex.pdbqt)
10. Grid- macromolecule- open- pilih p_rigid.pdbqt- open- yes- ok
11. Grid- set map types- open- ligand- pilih ligan.pdbqt
12. Grid- set map types- open flexres- pilih p_flex.pdbqt
13. Grid- gridbox- lihat posisi asam amino target- atur XYZ sampai kotak nya masuk ke asam amino
target (catat angka XYZnya)- file- close saving current
14. Grid- output- save gpf- format a.gpf
15. Docking- macromolecule- set rigid- masukan p_rigid
16. Docking- macromolecule- set flexible- masukan p_flex
17. Docking- ligand- open- masukan ligan.pdbqt- accept
18. Docking-search parameter- genetic algorithm- accept
19. Docking- docking parameter- accept
20. Docking- output- Lamarckian GA- save format a.dpf
21. Buka aplikasi command prompt- set penyimpanan terlebih dahulu- misalnya ketikan D: lalu
enter- nama folder lalu enter- ketikan script dibawah ini
autogrid4 –p a.gpf –l a.glg & (lalu enter)
setelah running selesai ditandai dengan keluarnya nama maka ketikan script selanjutnya
autodock4 –p a.dpf –l a.dlg & (lalu enter)
22. Buka file a.dlg menggunakan aplikasi wordpad- CTRL+F- ketikan histogram- keluar table
histogram- catat nilai binding affinity, cluster, dan contanta inhibition (rank 1 saja)
23. Buka aplikasi ADT- analyze- docking- open- pilih file a.dlg
24. Analyze- macromolecule open- p_rigid.pdbqt
25. Analyze- conformation- play- klik ikon &- ganti run sesuai angka cluster- ceklis show info dan
build H bond- write complex- save as kompleks.pdb
VISUALISASI
POSEVIEW
DISCOVERY STUDIO
1. Buka aplikasi MMV- file- import molecule- pilih file hasil docking ligan uji- open- ceklis ligand an
protein nya saja (water dan cofactor tidak diceklis)- import
2. File- export molecule- export- beri nama kompleks (.pdb)
3. Buka aplikasi Discovery Studio- File open- pilih file kompleks.pdb- open- receptor ligan
interaction- show 2D interaction- lihat interkasi apa saja yang terjadi antara ligand an reseptor-
file- save as- image files (png/JPEG)
DRUGSCAN