Tutorial Docking oleh Andi Baso Amirul Haq (Farmasi Sains/Molacular Docking)

Fakultas Farmasi
Universitas Haluoleo
2017

TUTORIAL DOCKING
Oleh: Andi Baso Amirul Haq

Software yang dibutuhkan :

Python 3.61 : https://www.python.org/downloads

MGL tools 1.5.6 : https://mgltools.scripps.edu/downloads

Autodock : https://autodock.scripps.edu/downloads

Discovery Studio :https://biovia-discovery-studio/visualization-download.php

Pymol For Education : https://pymol.org/edu/?=educational/

Chem Office Pro : https://www.kuyhaa.me/chemoffice-professional-full-

version.html

Note* Untuk Bisa Running di Windows 10 64 bit

Software yang digunakan :

AutoDock 4.2.6, AutoGrid 4, Chem Office Pro, Discovery Studio 2017,

Command Prompt (CMD)

A. Mengambil dan Preparasi Reseptor (Makromolekul/Protein)

1. Download berkas target.pdb dari http://rcsb.org/pdb/home.do
2. Kemudian file tersebut dibuka dengan Discovery Studio dalam format .pdb

3. Tekan Ctrl + H
4. Pilih Hetatm dan Delete
5. Pilih rantai B dan Delete
Tutorial Docking oleh Andi Baso Amirul Haq (Farmasi Sains/Molacular Docking)
Fakultas Farmasi
Universitas Haluoleo
2017

(Karena rantai A dan B serupa dan/atau berdasarkan pustaka yang telah

didapatkan)
6. Simpan sebagai Reseptor Target.pdb
7. Tutup Discovery Studio-nya
8. Lalu buka Software AutoDock
9. Klik File, Read Molecule, Cari file Reseptor Target.pdb, lalu open.
10. Lalu Edit, Klik Hydrogen, klik Add Polar Only, klik OK.
11. Lalu Edit lagi, klik Charges, klik Add Kollman charges
12. Klik File, klik save, klik write pdbq. Lalu beri nama file tersebut misalnya
Reseptor Target 1.pdbqt
13. Kembali ke AutoDock window
14. Klik Edit, lalu klik Delete All Molecule (untuk membersihkan tampilan)
15. Klik File, klik read molecule, cari file ReseptorTarget1.pdbq lalu Open.
16. Klik Grid, Klik Macromolecule, pilih Choose.
17. Klik Save berinama misalnya. ReseptorTarget2.pdbqt

B. Preparasi Ligan
1. Melihat senyawa ligan kita di website
http://www.drugbank.ca/
http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/
2. Gambar senyawa ligan dengan menggunakan ChemDraw
3. Ubah gambar senyawa 2D tersebut menjadi bentuk 3D dengan
menggunakan software ChemDraw 3D, lalu save as kedalam bentuk .pdb
misalnya ligan.pdb
4. Kemudian buka software AutoDock, lalu klik File, Read molecule, cari
file ligan.pdb, Open.
5. Klik Edit, Hydrogen, All Hydrogen, OK
6. Klik Edit, Charges, klik Compute Gasteiger
7. Edit lagi, Hydrogen, Marge non polar, continue
8. File, Save, Write .pdbq, beri nama filenya missal: ligan.pdbq
9. Klik ligand, Input, Choose, pilih nama Ligand, Select
Tutorial Docking oleh Andi Baso Amirul Haq (Farmasi Sains/Molacular Docking)
Fakultas Farmasi
Universitas Haluoleo
2017

10. Klik ligand lagi, Torsion Tree, Detect root, choose torsion
11. Klik Ligand, Torsion Tree, Set number of torsion, pilih Fewest atoms
12. Klik Ligan, Output, Save, beri nama, missal : ligand.pdbqt

C. Pembuatan File Parameter Grid

1. Bersihkan tampilan kerja di AutoDock dengan cara Edit, Delete all
molecules
2. Kemudian klik File, Read Molecule, cari reseptor yang telah diberikan
nama dengan format reseptortarget2.pdbqt
3. Klik File lagi, Read Molecule, cari file ligand yang telah diberikan nama
dengan format ligand.pdbqt
4. Sekarang ada 2 gambar di jendela AutoDock : Gambar Protein dan
gambar Ligand
5. Klik Grid, Macromolecule, Choose, Select
6. Klik Grid, Set map types, Choose Ligand, Select, Accept
7. Klik Grid, Grid Box, pilih parameter grid: sesuaikan bahwa ligand an
reseptor target masuk kedalam grid box tersebut.
8. Lalu klik ligand lagi, Output, Save gpf
9. Beri nama dock.gpf
D. Proses Docking
1. Klik Docking, Macromolecule, Set Grid file name, Open file .pdbqt
2. Klik Docking, Ligand, Choose (cari nama ligand), Select, Accept
3. Klik Docking, Search parameter, Genetik Algorithm, Accept
4. Klik Docking, Docking parameter, Accept
5. Klik Docking, Output, Lamarckian GA, Save, Beri nama dengan dock.dpf
6. Buka Command Prompt dengan cara Windows+R (ketik:cmd) lalu
Enter
7. Ketik diperintah Command Prompt:
Ketik: d: cd(spasi)nama folder kerja, Enter
Cd(spasi)nama folder kerja, Enter
8. Ketik Perintah:
Tutorial Docking oleh Andi Baso Amirul Haq (Farmasi Sains/Molacular Docking)
Fakultas Farmasi
Universitas Haluoleo
2017

autogrid4(spasi)-p(spasi)dock.gpf(spasi)-l(spasi)dock.glg(spasi)& (enter)
9. Tunggu sekitar 10 Menit hingga keluar kalimat : SUCCESFUL
COMPLETION
10. Lalu ketik lagi:
autodock4(spasi)-p(spasi)dock.dpf(spasi)-l(spasi)dock.dlg(spasi)&
(enter)
11. Tunggu sekitar 15 menit hingga keluar kalimat : SUCCESFUL
COMPLETION
12. Jika sudah selesai buka kembali AutoDock window
13. Edit, delete All Molecules
14. Kemudian Klik File, Read Molecule, cari file reseptortarget2.pdbqt
15. Klik Analyze, Docking, Open, pilih dock.dlg
16. Analyze, Conformation, Load

Ada banyak konfrontasi Ligand yang terbentuk. Klik nama ligand untuk
melihat informasi. Klik dua kali nama ligand untuk memperbarui/Meng-
update bentuk konfrontasi dilayar

17. Analyze, Macromolecule, Choose, pilih Reseptor, Select Macromolecule

Tutorial Docking oleh Andi Baso Amirul Haq (Farmasi Sains/Molacular Docking)
Fakultas Farmasi
Universitas Haluoleo
2017

18. Analyze, Conformation, Play

Klik yang bertanda kuning agar menampilkan Set Play Option, beri tanda
centang pada Show Info

Akan muncul Conformation 1 Info

Untuk menyimpan kompleks Ligand-makromolekul hasil docking, klik
Write Complex, lalu simpan dalam bentuk .pdbqt
Tutorial Docking oleh Andi Baso Amirul Haq (Farmasi Sains/Molacular Docking)
Fakultas Farmasi
Universitas Haluoleo
2017

19. Analyze, Docking, Show interaction

Klik Update display, display spheres as (wireframe), On Atoms ini

(hydrogen bonds), display labels on residues. Jika ada atom logam klik
display pi-cation interaction
20. Jika ingin melihat energi dan jarak klik dimenubar AutoDock
Klik hydrogen bonds, Display, As Lines, lalu Klik Show All, Show
distance, Show Energy
E. Menguji Convergence/Konvergensi Hasil Docking
Untuk melihat konvergensi hasil docking, bias dilihat dari Clustering.
Konvergensi merefleksikan kedalaman dalam pencarian. Jika independent
docking menghasilkan cluster dalam jumlah sedikit, artinya pencarian
docking telah menggunakan number of evaluation yang besar. Jika jumlah
cluster masih besar, disarankan utuk mengulangi docking dengan
meningkatkan number of evaluation.
Semakin besar torsion yang dimiliki ligand, semakin besar pula number of
evaluation yang dibutuhkan dalam proses docking. Cara melihat cluster :
Tutorial Docking oleh Andi Baso Amirul Haq (Farmasi Sains/Molacular Docking)
Fakultas Farmasi
Universitas Haluoleo
2017

1. Klik, Analyze, Clustering

Dari gambar diatas menunjukkan bahwa cluster masih ada banyak,

sehingga sebaiknya dilakukan docking lagi dengan meningkatkan
number of evaluation

Dari gambar diatas menunjukkan bahwa cluster hanya 3, sehingga

sebaiknya tidak dilakukan docking ulang