Tutorial ini dirancang sebagai bahan pengantar untuk menggunakan paket simulasi

GROMACS. GROMACS adalah perangkat lunak sumber terbuka gratis, dan secara konsisten
menjadi salah satu kode dinamika molekul tercepat (jika bukan yang tercepat) yang tersedia.
Saat ini ada tujuh tutorial yang tersedia:
 Lisozim dalam Air: Maksud dari tutorial ini adalah untuk memberikan pengenalan
dasar kepada pengguna baru tentang alat yang digunakan untuk mempersiapkan,
menjalankan, dan melakukan analisis sederhana pada sistem "khas" dengan
GROMACS.
 KALP15 di DPPC: Tutorial ini lebih maju, dan dirancang untuk pengguna yang lebih
berpengalaman yang ingin mensimulasikan protein membran dan memahami struktur
dan modifikasi medan gaya.
 Sampling Payung: Juga agak canggih, tutorial ini ditujukan bagi pengguna yang ingin
belajar menggunakan sampling payung untuk menghitung potensi gaya rata-rata
(PMF) sepanjang satu derajat kebebasan linier.
 Sistem Bifasik: Pembangunan sistem air sikloheksana bifasik.
 Kompleks Protein-Ligan: Tutorial kelima menginstruksikan pengguna tentang cara
menangani sistem protein-ligan, dengan fokus pada parameterisasi ligan dan
penanganan topologi yang tepat.
 Pemecahan Energi Bebas: Tutorial ini menjelaskan prosedur untuk melakukan
perhitungan energi bebas sederhana, eliminasi interaksi van der Waals antara molekul
sederhana (metana) dan air. Sistem yang lebih rumit dibahas.
 Situs Virtual: Tutorial ini memandu pengguna melalui konstruksi manual situs virtual
untuk molekul triatomik linier (CO2) yang sangat sederhana.
Semua tutorial ini mengasumsikan Anda menggunakan GROMACS versi 2018 atau yang
lebih baru. Jika Anda menggunakan versi yang lebih lama, tidak semua fitur yang dirinci di
sini akan berfungsi! Beberapa opsi .mdp dan argumen baris perintah berubah antar versi,
terutama dengan fitur baru yang diperkenalkan di versi 5.0 dan 5.1, dan bahkan beberapa
perubahan sejak seri 2016.x. Jika Anda menggunakan versi yang berbeda, berhati-hatilah:
tutorial kemungkinan tidak akan berfungsi seperti yang diharapkan.

Di akhir setiap tutorial, Anda akan menemukan informasi kontak saya untuk memberikan
komentar atau melaporkan apa pun yang menurut Anda tidak benar. Saya sangat menghargai
umpan balik semacam ini, karena membantu saya merancang tutorial yang lebih baik dan
memperbaiki hal-hal yang tidak jelas (atau terkadang salah, oops). Saya harus meminta Anda
untuk tidak menghubungi saya untuk bantuan atau saran umum GROMACS tentang proyek
Anda. Saya terus-menerus dibanjiri dengan permintaan bantuan dan saya tidak punya waktu
untuk membantu semua orang.
Saya harap Anda menemukan tutorial ini berguna. Jika Anda menggunakan protokol ini
untuk penelitian Anda, saya meminta Anda mengutip makalah yang menjelaskan latar
belakang teoritis dari tutorial ini.
Beberapa Dasar GROMACS
Dengan rilis GROMACS versi 5.0, semua alat pada dasarnya adalah modul biner
bernama "gmx." Ini adalah keberangkatan dari versi sebelumnya, di mana masing-
masing alat dipanggil sebagai perintahnya sendiri. Di 5.0, ini masih berfungsi melalui
symlink, tetapi mereka akan hilang di versi mendatang, jadi yang terbaik adalah
membiasakan diri dengan cara baru dalam melakukan sesuatu. Untuk mendapatkan
informasi bantuan tentang modul GROMACS apa pun, Anda dapat menjalankan salah
satu dari perintah berikut:

Tutorial Lisozim
Kita harus mengunduh file struktur protein yang akan kita kerjakan. Untuk tutorial ini, kita
akan menggunakan lisozim putih telur ayam (kode PDB 1AKI). Buka situs web RCSB dan
unduh teks PDB untuk struktur kristal.
Setelah Anda mengunduh strukturnya, Anda dapat memvisualisasikan struktur tersebut
menggunakan program tampilan seperti VMD, Chimera, PyMOL, dll. Setelah Anda melihat
molekulnya, Anda akan ingin menghilangkan air kristal. Untuk menghapus molekul air
(residu "HOH" dalam file PDB), gunakan editor teks biasa seperti vi, emacs (Linux/Mac),
atau Notepad (Windows). Jangan gunakan perangkat lunak pengolah kata! Atau, Anda dapat
menggunakan grep untuk menghapus baris ini dengan sangat mudah:

Perhatikan bahwa prosedur seperti itu tidak sesuai secara universal (misalnya, kasus molekul
air situs aktif yang terikat erat atau berfungsi). Untuk niat kami di sini, kami tidak
membutuhkan air kristal.
Selalu periksa file .pdb Anda untuk entri yang terdaftar di bawah komentar HILANG, karena
entri ini menunjukkan atom atau seluruh residu yang tidak ada dalam struktur kristal. Daerah
terminal mungkin tidak ada, dan mungkin tidak menimbulkan masalah untuk dinamika.
Urutan internal yang tidak lengkap atau residu asam amino yang memiliki atom yang hilang
akan menyebabkan pdb2gmx gagal. Atom/residu yang hilang ini harus dimodelkan dengan
menggunakan paket perangkat lunak lain. Perhatikan juga bahwa pdb2gmx bukan sihir. Itu
tidak dapat menghasilkan topologi untuk molekul sewenang-wenang, hanya residu yang
ditentukan oleh medan gaya (dalam file *.rtp - umumnya protein, asam nukleat, dan jumlah
kofaktor yang sangat terbatas, seperti NAD(H) dan ATP).
Sekarang setelah air kristal hilang dan kami telah memverifikasi bahwa semua atom yang
diperlukan ada, file PDB seharusnya hanya berisi atom protein, dan siap untuk dimasukkan
ke dalam modul GROMACS pertama, pdb2gmx. Tujuan pdb2gmx adalah untuk
menghasilkan tiga file:
 Topologi untuk molekul.
 Sebuah file penahan posisi.
 Sebuah file struktur pasca-proses.
Topologi (topol.top secara default) berisi semua informasi yang diperlukan untuk
mendefinisikan molekul dalam simulasi. Informasi ini mencakup parameter tidak terikat
(jenis atom dan muatan) serta parameter terikat (ikatan, sudut, dan dihedral). Kami akan
melihat lebih detail pada topologi setelah dibuat. Jalankan pdb2gmx dengan mengeluarkan
perintah berikut:

Bidang gaya akan berisi informasi yang akan ditulis ke topologi. Ini adalah pilihan yang
sangat penting! Anda harus selalu membaca secara menyeluruh tentang setiap medan gaya
dan memutuskan mana yang paling sesuai dengan situasi Anda. Untuk tutorial ini, kita akan
menggunakan field force OPLS all-atom, jadi ketik 15 pada command prompt, diikuti dengan
'Enter'.
Ada banyak opsi lain yang dapat diteruskan ke pdb2gmx. Beberapa yang umum digunakan
tercantum di sini:
 -ignh: Abaikan atom H dalam file PDB; sangat berguna untuk struktur NMR. Jika
tidak, jika atom H ada, mereka harus diberi nama persis seperti yang diharapkan oleh
 medan gaya di GROMACS. Ada konvensi yang berbeda, jadi berurusan dengan atom
H terkadang bisa membuat pusing! Jika Anda perlu mempertahankan koordinat awal
H, tetapi penggantian nama diperlukan, maka perintah sed Linux adalah teman Anda.
 -ter: Secara interaktif menetapkan status pengisian daya untuk N- dan C-termini.
 -inter: Secara interaktif menetapkan status muatan untuk Glu, Asp, Lys, Arg, dan His;
memilih Cys yang terlibat dalam ikatan disulfida.
Anda sekarang telah membuat tiga file baru: 1AKI_processed.gro, topol.top, dan posre.itp.
1AKI_processed.gro adalah file struktur berformat GROMACS yang berisi semua atom yang
ditentukan dalam medan gaya (yaitu, atom H telah ditambahkan ke asam amino dalam
protein). File topol.top adalah topologi sistem (lebih lanjut tentang ini sebentar lagi). File
posre.itp berisi informasi yang digunakan untuk menahan posisi atom berat (lebih lanjut
tentang ini nanti).
Satu catatan terakhir: banyak pengguna berasumsi bahwa file .gro adalah wajib. Ini tidak
benar. GROMACS dapat menangani banyak format file yang berbeda, dengan .gro menjadi
default untuk perintah yang menulis file koordinat. Ini adalah format yang sangat ringkas,
tetapi memiliki presisi yang terbatas. Jika Anda lebih suka menggunakan, misalnya, format
PDB, yang perlu Anda lakukan hanyalah menentukan nama file yang sesuai dengan
ekstensi .pdb sebagai output Anda. Tujuan pdb2gmx adalah untuk menghasilkan topologi
yang sesuai dengan medan gaya; struktur keluaran sebagian besar merupakan efek samping
dari tujuan ini dan dimaksudkan untuk kenyamanan pengguna. Formatnya bisa apa saja yang
Anda suka (lihat manual GROMACS untuk format yang berbeda).

STEP TWO
Mari kita lihat apa yang ada di topologi keluaran (topol.top). Sekali lagi, menggunakan
editor teks biasa, periksa isinya. Setelah beberapa baris komentar (diawali dengan ;),
Anda akan menemukan yang berikut:

Baris ini memanggil parameter dalam medan gaya OPLS-AA. Itu ada di awal file,
menunjukkan bahwa semua parameter berikutnya diturunkan dari medan gaya ini.
Baris penting berikutnya adalah [ jenis molekul ], di bawahnya Anda akan menemukan
Interpretasi dari informasi ini adalah sebagai berikut:
nr: nomor atom
jenis: Jenis atom
resnr: Nomor residu asam amino
residu: Nama residu asam amino
Perhatikan bahwa residu ini adalah "LYS" dalam file PDB; penggunaan entri .rtp
"LYSH" menunjukkan bahwa residu terprotonasi (keadaan dominan pada pH netral).
atom: nama atom
cgnr: Mengisi nomor grup
Kelompok muatan menentukan satuan muatan bilangan bulat; mereka membantu
mempercepat perhitungan
biaya: Cukup jelas
Deskriptor "qtot" adalah total muatan pada molekul
massa: Juga cukup jelas
typeB, chargeB, massB: Digunakan untuk gangguan energi bebas (tidak dibahas di sini)
Bagian berikutnya meliputi [ ikatan ], [ pasangan ], [ sudut ], dan [ dihedral ]. Beberapa
bagian ini cukup jelas (ikatan, sudut, dan dihedral). Parameter dan tipe fungsi yang
terkait dengan bagian ini diuraikan dalam Bab 5 manual GROMACS. Interaksi khusus
1-4 termasuk dalam "pasangan" (bagian 5.3.4 dari manual GROMACS).
Sisa file melibatkan pendefinisian beberapa topologi berguna/perlu lainnya, dimulai
dengan pembatasan posisi. File "posre.itp" dibuat oleh pdb2gmx; itu mendefinisikan
konstanta gaya yang digunakan untuk menjaga atom tetap di tempatnya selama
kesetimbangan (lebih lanjut tentang ini nanti).
Ini mengakhiri definisi tipe molekul "Protein_A". Sisa dari file topologi didedikasikan
untuk mendefinisikan molekul lain dan memberikan deskripsi tingkat sistem. Jenis
molekul berikutnya (secara default) adalah pelarut, dalam hal ini air SPC/E. Pilihan
tipikal lainnya untuk air termasuk SPC, TIP3P, dan TIP4P. Kami memilih ini dengan
meneruskan "-water spce" ke pdb2gmx. Untuk ringkasan yang sangat baik dari
banyak model air yang berbeda, klik di sini, tetapi perlu diketahui bahwa tidak semua
model ini ada dalam GROMACS.

Seperti yang Anda lihat, air juga dapat ditahan posisinya, menggunakan konstanta
gaya (kpr) 1000 kJ mol-1 nm-2.

Parameter ion disertakan berikutnya:

Beberapa catatan penting tentang direktif [ molekul ]:

Urutan molekul yang terdaftar harus sama persis dengan urutan molekul dalam file
koordinat (dalam hal ini, .gro).
Nama yang tercantum harus sesuai dengan nama [ jenis molekul ] untuk setiap spesies,
bukan nama residu atau lainnya.
Jika Anda gagal memenuhi persyaratan konkret ini setiap saat, Anda akan
mendapatkan kesalahan fatal dari grompp (dibahas nanti) tentang nama yang tidak
cocok, molekul yang tidak ditemukan, atau sejumlah lainnya. Sekarang kita telah
memeriksa isi file topologi, kita dapat melanjutkan membangun sistem kita.

STEP 3
Sekarang Anda sudah familiar dengan isi topologi GROMACS, sekarang saatnya untuk
melanjutkan membangun sistem kita. Dalam contoh ini, kita akan mensimulasikan sistem air
sederhana. Hal ini dimungkinkan untuk mensimulasikan protein dan molekul lain dalam
pelarut yang berbeda, asalkan parameter yang baik tersedia untuk semua spesies yang terlibat.
Ada dua langkah untuk mendefinisikan kotak dan mengisinya dengan pelarut:
Tentukan dimensi kotak menggunakan modul editconf.
Isi kotak dengan air menggunakan modul solvate (sebelumnya disebut genbox).
Anda sekarang disajikan dengan pilihan bagaimana memperlakukan sel satuan. Untuk tujuan
tutorial ini, kita akan menggunakan kotak kubik sederhana sebagai sel satuan. Saat Anda
menjadi lebih nyaman dengan kondisi batas periodik dan jenis kotak, saya sangat
merekomendasikan dodecahedron belah ketupat, karena volumenya ~71% dari kotak kubik
dengan jarak periodik yang sama, sehingga menghemat jumlah molekul air yang perlu
ditambahkan untuk melarutkan protein.
Mari kita mendefinisikan kotak menggunakan editconf:

Perintah di atas memusatkan protein di dalam kotak (-c), dan menempatkannya setidaknya
1,0 nm dari tepi kotak (-d 1,0). Jenis kotak didefinisikan sebagai kubus (-bt kubik). Jarak ke
tepi kotak merupakan parameter penting. Karena kita akan menggunakan kondisi batas
periodik, kita harus memenuhi konvensi gambar minimum. Artinya, protein seharusnya tidak
pernah melihat gambar periodiknya, jika tidak, gaya yang dihitung akan menjadi palsu.
Menentukan jarak kotak zat terlarut 1,0 nm akan berarti bahwa setidaknya ada 2,0 nm antara
dua gambar periodik protein. Jarak ini akan cukup untuk hampir semua skema cutoff yang
biasa digunakan dalam simulasi.
Sekarang kita telah mendefinisikan sebuah kotak, kita dapat mengisinya dengan pelarut (air).
Solvasi dilakukan dengan menggunakan pelarut:

Konfigurasi protein (-cp) terdapat pada output dari langkah editconf sebelumnya, dan
konfigurasi pelarut (-cs) merupakan bagian dari instalasi GROMACS standar. Kami
menggunakan spc216.gro, yang merupakan model pelarut 3-titik kesetimbangan generik.
Anda dapat menggunakan spc216.gro sebagai konfigurasi pelarut untuk air SPC, SPC/E, atau
TIP3P, karena semuanya adalah model air tiga titik. Outputnya disebut 1AKI_solv.gro, dan
kami memberi tahu nama file topologi (topol.top) sehingga dapat dimodifikasi. Perhatikan
perubahan pada direktif [ molekul ] dari topol.top:

Apa yang telah dilakukan solvat adalah melacak berapa banyak molekul air yang telah
ditambahkan, yang kemudian ditulis ke topologi Anda untuk mencerminkan perubahan yang
telah dibuat. Perhatikan bahwa jika Anda menggunakan pelarut lain (non-air), solvat tidak
akan membuat perubahan ini pada topologi Anda! Kompatibilitasnya dengan memperbarui
molekul air adalah hard-coded.

STEP 4
Kami sekarang memiliki sistem terlarut yang mengandung protein bermuatan. Output
dari pdb2gmx memberi tahu kami bahwa protein memiliki muatan bersih +8e
(berdasarkan komposisi asam aminonya). Jika Anda melewatkan informasi ini di
output pdb2gmx, lihat baris terakhir dari direktif [atom] Anda di topol.top; itu harus
membaca (sebagian) "qtot 8." Karena kehidupan tidak ada pada muatan bersih, kita
harus menambahkan ion ke sistem kita.
Alat untuk menambahkan ion dalam GROMACS disebut genion. Apa yang dilakukan
genion adalah membaca topologi dan mengganti molekul air dengan ion yang
ditentukan pengguna. Inputnya disebut file input run, yang memiliki ekstensi .tpr; file
ini dihasilkan oleh modul grompp GROMACS (pra-prosesor GROMACS), yang juga
akan digunakan nanti saat kita menjalankan simulasi pertama kita. Apa yang
dilakukan grompp adalah memproses file koordinat dan topologi (yang
menggambarkan molekul) untuk menghasilkan input tingkat atom (.tpr). File .tpr
berisi semua parameter untuk semua atom dalam sistem.

Untuk menghasilkan file .tpr dengan grompp, kita membutuhkan file input tambahan,
dengan ekstensi .mdp (file parameter dinamika molekuler); grompp akan
mengumpulkan parameter yang ditentukan dalam file .mdp dengan koordinat dan
informasi topologi untuk menghasilkan file .tpr.
File .mdp biasanya digunakan untuk menjalankan minimalisasi energi atau simulasi
MD, tetapi dalam kasus ini hanya digunakan untuk menghasilkan deskripsi atom
sistem. Contoh file .mdp (yang akan kita gunakan) dapat diunduh di sini.
Pada kenyataannya, file .mdp yang digunakan pada langkah ini dapat berisi kombinasi
parameter yang sah. Saya biasanya menggunakan skrip minimisasi energi, karena
skrip ini sangat mendasar dan tidak melibatkan kombinasi parameter yang rumit.
Harap dicatat bahwa file yang disediakan dengan tutorial ini dimaksudkan hanya
untuk digunakan dengan medan gaya OPLS-AA. Pengaturan, khususnya pengaturan
interaksi tidak terikat, akan berbeda untuk medan gaya lainnya.
Rakit file .tpr Anda dengan yang berikut ini:

Saat diminta, pilih grup 13 "SOL" untuk menyematkan ion. Anda tidak ingin mengganti
bagian protein Anda dengan ion.

Dalam perintah genion, kami menyediakan file struktur/keadaan (-s) sebagai input,
menghasilkan file .gro sebagai output (-o), memproses topologi (-p) untuk mencerminkan
penghilangan molekul air dan penambahan ion, tentukan nama ion positif dan negatif (-
pname dan -nname, masing-masing), dan beri tahu genion untuk menambahkan hanya ion
yang diperlukan untuk menetralkan muatan bersih pada protein dengan menambahkan jumlah
ion negatif yang benar (-netral, yang dalam hal ini akan tambahkan 8 ion Cl- untuk
mengimbangi muatan +8 pada protein). Anda juga dapat menggunakan genion untuk
menambahkan konsentrasi ion tertentu selain hanya menetralkan sistem dengan menentukan
opsi -netral dan -conc secara bersamaan. Lihat halaman manual genion untuk informasi
tentang cara menggunakan opsi ini.
Nama-nama ion yang ditentukan dengan -pname dan -nname adalah force field-specific di
versi GROMACS sebelumnya, tetapi distandarisasi di versi 4.5. Nama ion yang ditentukan
selalu merupakan simbol unsur dalam semua huruf kapital, yang merupakan nama [ jenis
molekul ] yang kemudian ditulis ke topologi. Nama residu atau atom mungkin atau mungkin
tidak menambahkan tanda muatan (+/-), tergantung pada medan gaya. Jangan gunakan nama
atom atau residu dalam perintah genion, atau Anda akan menemukan kesalahan pada langkah
selanjutnya.
Arahan [ molekul ] Anda sekarang akan terlihat seperti:

STEP 5
Sistem elektroneutral yang terlarut sekarang dirakit. Sebelum kita dapat memulai
dinamika, kita harus memastikan bahwa sistem tidak memiliki benturan sterik atau
geometri yang tidak sesuai. Struktur dilonggarkan melalui proses yang disebut
minimisasi energi (EM).
Proses untuk EM sangat mirip dengan penambahan ion. Kami sekali lagi akan
menggunakan grompp untuk merakit struktur, topologi, dan parameter simulasi ke
dalam file input biner (.tpr), tetapi kali ini, alih-alih meneruskan .tpr ke genion, kami
akan menjalankan minimisasi energi melalui GROMACS Mesin MD, mdrun.
Rakit input biner menggunakan grompp menggunakan file parameter input ini:

Pastikan Anda telah memperbarui file topol.top Anda saat menjalankan genbox dan
genion, atau Anda akan mendapatkan banyak pesan kesalahan buruk ("jumlah
koordinat dalam file koordinat tidak sesuai dengan topologi," dll).
Kami sekarang siap untuk memanggil mdrun untuk melakukan EM:

Bendera -v adalah untuk yang tidak sabar: itu membuat mdrun verbose, sehingga
mencetak kemajuannya ke layar di setiap langkah. Bendera -deffnm akan menentukan
nama file dari input dan output. Jadi, jika Anda tidak menamai keluaran grompp Anda
"em.tpr," Anda harus secara eksplisit menentukan namanya dengan flag mdrun -s.
Dalam kasus kami, kami akan mendapatkan file-file berikut:
em.log: file log teks ASCII dari proses EM
em.edr: File energi biner
em.trr: Lintasan presisi penuh biner
em.gro: Struktur hemat energi
Ada dua faktor yang sangat penting untuk dievaluasi untuk menentukan apakah EM
berhasil. Yang pertama adalah energi potensial (tercetak di akhir proses EM, bahkan
tanpa -v). Epot harus negatif, dan (untuk protein sederhana dalam air) pada urutan
105-106, tergantung pada ukuran sistem dan jumlah molekul air. Fitur penting kedua
adalah gaya maksimum, Fmax, target yang ditetapkan dalam minim.mdp - "emtol =
1000,0" - menunjukkan target Fmax tidak lebih besar dari 1000 kJ mol-1 nm-1.
Dimungkinkan untuk mencapai Epot yang masuk akal dengan Fmax > emtol. Jika ini
terjadi, sistem Anda mungkin tidak cukup stabil untuk simulasi. Evaluasi mengapa hal
itu bisa terjadi, dan mungkin ubah parameter minimalisasi Anda (integrator, emstep,
dll).
Mari kita lakukan sedikit analisis. File em.edr berisi semua istilah energi yang
dikumpulkan GROMACS selama EM. Anda dapat menganalisis file .edr apa pun
menggunakan modul energi GROMACS:

Saat diminta, ketik "10 0" untuk memilih Potensi (10); nol (0) mengakhiri input. Anda
akan diperlihatkan rata-rata Epot, dan file bernama "potential.xvg" akan ditulis.
Untuk memplot data ini, Anda memerlukan alat ploting Xmgrace. Plot yang dihasilkan
akan terlihat seperti ini, menunjukkan konvergensi Epot yang bagus dan stabil:

STEP 6
EM memastikan bahwa kami memiliki struktur awal yang masuk akal, dalam hal geometri
dan orientasi pelarut. Untuk memulai dinamika nyata, kita harus menyeimbangkan pelarut
dan ion di sekitar protein. Jika kita mencoba dinamika tak terkendali pada titik ini, sistem
dapat runtuh. Alasannya adalah bahwa pelarut sebagian besar dioptimalkan dalam dirinya
sendiri, dan tidak harus dengan zat terlarut. Itu perlu dibawa ke suhu yang kita inginkan
untuk mensimulasikan dan menetapkan orientasi yang tepat tentang zat terlarut (protein).
Setelah kita sampai pada suhu yang tepat (berdasarkan energi kinetik), kita akan memberikan
tekanan pada sistem hingga mencapai kerapatan yang tepat.
Ingat file posre.itp yang dibuat pdb2gmx sejak lama? Kita akan menggunakannya sekarang.
Tujuan dari posre.itp adalah untuk menerapkan gaya penahan posisi pada atom berat protein
(apa pun yang bukan hidrogen). Gerakan diizinkan, tetapi hanya setelah mengatasi penalti
energi yang substansial. Kegunaan dari pengekangan posisi adalah bahwa mereka
memungkinkan kita untuk menyeimbangkan pelarut kita di sekitar protein kita, tanpa variabel
tambahan dari perubahan struktural pada protein. Asal dari pengekangan posisi (koordinat di
mana potensial pengekangan adalah nol) diberikan melalui file koordinat yang diteruskan ke
opsi -r dari grompp.
Ekuilibrasi sering dilakukan dalam dua fase. Tahap pertama dilakukan di bawah ansambel
NVT (Jumlah konstan partikel, Volume, dan Suhu). Ansambel ini juga disebut sebagai
"isotermal-isokhorik" atau "kanonik". Jangka waktu untuk prosedur semacam itu tergantung
pada isi sistem, tetapi dalam NVT, suhu sistem harus mencapai dataran tinggi pada nilai yang
diinginkan. Jika suhu belum stabil, waktu tambahan akan diperlukan. Biasanya, 50-100 ps
sudah cukup, dan kami akan melakukan ekuilibrasi NVT 100-ps untuk latihan ini.
Bergantung pada mesin Anda, ini mungkin memakan waktu cukup lama (kurang dari satu
jam jika dijalankan secara paralel pada 16 core atau lebih). Dapatkan file .mdp di sini.
Kami akan memanggil grompp dan mdrun seperti yang kami lakukan pada langkah EM:

Penjelasan lengkap tentang parameter yang digunakan dapat ditemukan di manual

GROMACS, di samping komentar yang disediakan. Perhatikan beberapa parameter dalam
file .mdp:
gen_vel = yes: Memulai pembangkitan kecepatan. Menggunakan benih acak yang berbeda
(gen_seed) memberikan kecepatan awal yang berbeda, dan dengan demikian beberapa
simulasi (berbeda) dapat dilakukan dari struktur awal yang sama.
tcoupl = V-rescale: Termostat penskalaan kecepatan adalah peningkatan pada metode kopling
lemah Berendsen, yang tidak mereproduksi ansambel kinetik yang benar.
pcoupl = tidak: Kopling tekanan tidak diterapkan.
Mari kita menganalisis perkembangan suhu, sekali lagi menggunakan energi:

Ketik "16 0" pada prompt untuk

memilih suhu sistem dan keluar. Plot yang dihasilkan akan terlihat seperti berikut:
Dari plot, jelas bahwa suhu sistem dengan cepat mencapai nilai target (300 K), dan tetap
stabil selama sisa kesetimbangan. Untuk sistem ini, periode ekuilibrasi yang lebih pendek
(pada orde 50 ps) mungkin sudah cukup.
STEP 7
Langkah sebelumnya, NVT equilibration, menstabilkan suhu sistem. Sebelum
pengumpulan data, kita juga harus menstabilkan tekanan (dan juga densitas) sistem.
Keseimbangan tekanan dilakukan di bawah ansambel NPT, di mana Jumlah partikel,
Tekanan, dan Suhu semuanya konstan. Ansambel ini juga disebut ansambel
"isotermal-isobarik", dan paling mirip dengan kondisi eksperimental.
File .mdp yang digunakan untuk ekuilibrasi NPT 100-ps dapat ditemukan di sini. Tidak
jauh berbeda dengan file parameter yang digunakan untuk ekuilibrasi NVT.
Perhatikan penambahan bagian pressure coupling, menggunakan barostat Parrinello-
Rahman.
Beberapa perubahan lainnya:
lanjutan = ya: Kami melanjutkan simulasi dari fase ekuilibrasi NVT
gen_vel = no: Kecepatan dibaca dari lintasan (lihat di bawah)
Kami akan memanggil grompp dan mdrun seperti yang kami lakukan untuk
ekuilibrasi NVT. Perhatikan bahwa kita sekarang menyertakan flag -t untuk
menyertakan file pos pemeriksaan dari ekuilibrasi NVT; file ini berisi semua variabel
status yang diperlukan untuk melanjutkan simulasi kami. Untuk menghemat kecepatan
yang dihasilkan selama NVT, kita harus menyertakan file ini. File koordinat (-c) adalah
hasil akhir dari simulasi NVT.
Nilai tekanan berfluktuasi secara luas selama fase kesetimbangan 100-ps, tetapi
perilaku ini tidak terduga. Rata-rata berjalan dari data ini diplot sebagai garis merah
di plot. Selama kesetimbangan, nilai rata-rata tekanan adalah 7,5 ± 160,5 bar.
Perhatikan bahwa tekanan referensi disetel ke 1 bar, jadi apakah hasil ini dapat
diterima? Tekanan adalah kuantitas yang berfluktuasi secara luas selama simulasi MD,
seperti yang jelas dari fluktuasi akar-rata-rata-kuadrat yang besar (160,5 bar), jadi
secara statistik, seseorang tidak dapat membedakan perbedaan antara rata-rata yang
diperoleh (7,5 ± 160,5 bar ) dan nilai target/referensi (1 bar).
Mari kita lihat kepadatan juga, kali ini menggunakan energi dan memasukkan "24 0"
pada prompt.
Seperti halnya tekanan, rata-rata kepadatan berjalan juga diplot dengan warna merah.
Nilai rata-rata selama 100 ps adalah 1019 ± 3 kg m-3, mendekati nilai eksperimen 1000
kg m-3 dan kepadatan yang diharapkan dari model SPC/E 1008 kg m-3. Parameter
untuk model air SPC/E sangat mirip dengan nilai eksperimen untuk air. Nilai densitas
sangat stabil dari waktu ke waktu, menunjukkan bahwa sistem saat ini seimbang
sehubungan dengan tekanan dan densitas.
Harap diperhatikan: Saya sering mendapat pertanyaan tentang mengapa nilai
kepadatan yang diperoleh tidak sesuai dengan hasil saya. Istilah terkait tekanan lambat
untuk menyatu, dan dengan demikian Anda mungkin harus menjalankan ekuilibrasi
NPT sedikit lebih lama dari yang ditentukan di sini.

STEP 8
Setelah menyelesaikan dua fase kesetimbangan, sistem sekarang seimbang pada suhu
dan tekanan yang diinginkan. Kami sekarang siap untuk melepaskan pengekangan
posisi dan menjalankan MD produksi untuk pengumpulan data. Prosesnya sama
seperti yang telah kita lihat sebelumnya, karena kita akan menggunakan file checkpoint
(yang dalam hal ini sekarang berisi informasi preservasi pressure coupling) ke grompp.
Kami akan menjalankan simulasi MD 1-ns, skrip yang dapat ditemukan di sini.

grompp akan mencetak perkiraan untuk beban PME, yang akan menentukan berapa
banyak prosesor yang harus didedikasikan untuk perhitungan PME, dan berapa
banyak untuk perhitungan PP. Lihat publikasi GROMACS 4 dan manual untuk
detailnya.
Untuk kotak kubik, pengaturan optimal akan memiliki beban PME 0,25 (3:1 PP:PME -
kami sangat mendekati optimal!); untuk kotak dodecahedral, beban PME optimal
adalah 0,33 (2:1 PP:PME). Saat menjalankan mdrun, program akan secara otomatis
menentukan jumlah prosesor terbaik yang akan ditetapkan untuk penghitungan PP
dan PME. Jadi, pastikan Anda menunjukkan jumlah utas/inti yang sesuai untuk
perhitungan Anda (nilai -nt X), sehingga Anda bisa mendapatkan kinerja terbaik.
Sekarang, jalankan mdrun:

Di GROMACS 2018, perhitungan PME dapat diturunkan ke unit pemrosesan grafis

(GPU), yang mempercepat simulasi secara substansial. Menggunakan GPU Titan Xp,
sistem ini dapat disimulasikan dengan kecepatan 295 ns/hari yang mencengangkan!
Menjalankan GROMACS di GPU
Pada versi 4.6, GROMACS mendukung penggunaan akselerator GPU untuk
menjalankan simulasi MD. Dengan rilis versi 2018, interaksi tidak terikat dan PME
dihitung pada GPU, dengan hanya kekuatan terikat yang dihitung pada inti CPU. Saat
membangun GROMACS (lihat www.gromacs.org untuk petunjuk pemasangan),
perangkat keras GPU akan secara otomatis terdeteksi, jika ada. Persyaratan minimum
untuk menggunakan akselerasi GPU adalah library CUDA dan SDK, serta GPU
dengan kemampuan komputasi >= 2.0. Daftar bagus dari beberapa GPU yang lebih
umum dan spesifikasinya dapat ditemukan di sini.
Dengan asumsi Anda memiliki satu GPU yang tersedia, perintah mdrun untuk
menggunakannya sesederhana:

Jika Anda memiliki lebih dari satu GPU yang tersedia, atau memerlukan penyesuaian
bagaimana pekerjaan dibagi melalui skema paralelisasi hibrida yang tersedia di
GROMACS, silakan lihat manual dan halaman web GROMACS. Detail teknis seperti
itu berada di luar cakupan tutorial ini.

STEP 9
Sekarang kita telah mensimulasikan protein kita, kita harus menjalankan beberapa
analisis pada sistem. Jenis data apa yang penting? Ini adalah pertanyaan penting untuk
ditanyakan sebelum menjalankan simulasi, jadi Anda harus memiliki beberapa ide
tentang jenis data yang ingin Anda kumpulkan di sistem Anda sendiri. Untuk tutorial
ini, beberapa alat dasar akan diperkenalkan.
Yang pertama adalah trjconv, yang digunakan sebagai alat pasca-pemrosesan untuk
menghapus koordinat, mengoreksi periodisitas, atau secara manual mengubah lintasan
(satuan waktu, frekuensi bingkai, dll). Untuk latihan ini, kita akan menggunakan
trjconv untuk menghitung periodisitas dalam sistem. Protein akan berdifusi melalui sel
satuan, dan mungkin tampak "rusak" atau mungkin "melompat" ke sisi lain kotak.
Untuk menjelaskan perilaku tersebut, keluarkan berikut ini:

Pilih 1 ("Protein") sebagai grup yang akan dipusatkan dan 0 ("Sistem") untuk output.
Kami akan melakukan semua analisis kami pada lintasan yang "dikoreksi" ini. Mari
kita lihat stabilitas struktural terlebih dahulu. GROMACS memiliki utilitas bawaan
untuk perhitungan RMSD yang disebut rms. Untuk menggunakan rms, jalankan
perintah ini:

Pilih 4 ("Tulang Punggung") untuk kecocokan kuadrat terkecil dan grup untuk
perhitungan RMSD. Bendera -tu akan menampilkan hasil dalam bentuk ns, meskipun
lintasan ditulis dalam ps. Hal ini dilakukan untuk kejelasan output (terutama jika Anda
memiliki simulasi yang panjang - 1e+05 ps tidak terlihat sebaik 100 ns). Plot keluaran
akan menunjukkan RMSD relatif terhadap struktur yang ada dalam sistem yang
diperkecil dan diseimbangkan:
Jika kita ingin menghitung RMSD relatif terhadap struktur kristal, kita dapat
mengeluarkan yang berikut:

Kedua deret waktu menunjukkan level RMSD hingga ~0,1 nm (1 ), menunjukkan

bahwa strukturnya sangat stabil. Perbedaan halus antara plot menunjukkan bahwa
struktur pada t = 0 ns sedikit berbeda dari struktur kristal ini. Hal ini diharapkan,
karena energi telah diminimalkan, dan karena pengekangan posisi tidak 100%
sempurna, seperti yang dibahas sebelumnya.
STEP 9
Jari-jari girasi protein adalah ukuran kekompakannya. Jika protein terlipat secara
stabil, kemungkinan akan mempertahankan nilai Rg yang relatif stabil. Jika protein
terbuka, Rg-nya akan berubah seiring waktu. Mari kita menganalisis radius girasi
untuk lisozim dalam simulasi kami:

Kita dapat melihat dari nilai Rg yang cukup invarian bahwa protein tetap sangat stabil,
dalam bentuk kompak (terlipat) selama 1 ns pada 300 K. Hasil ini tidak terduga, tetapi
menggambarkan kapasitas lanjutan dari analisis GROMACS yang dibangun. -di
dalam.

Summary
Anda sekarang telah melakukan simulasi dinamika molekul dengan GROMACS, dan
menganalisis beberapa hasilnya. Tutorial ini tidak harus dilihat secara komprehensif.
Ada lebih banyak jenis simulasi yang dapat dilakukan dengan GROMACS
(perhitungan energi bebas, MD non-ekuilibrium, dan analisis mode normal, hanya
untuk beberapa nama). Anda juga harus meninjau literatur dan manual GROMACS
untuk penyesuaian file .mdp yang disediakan di sini untuk tujuan efisiensi dan akurasi.
Jika Anda memiliki saran untuk meningkatkan tutorial ini, jika Anda melihat
kesalahan, atau jika ada yang tidak jelas, jangan ragu untuk mengirim email kepada
saya. Harap dicatat: ini bukan undangan untuk mengirim email kepada saya untuk
masalah GROMACS. Saya tidak mengiklankan diri saya sebagai guru privat atau
layanan bantuan pribadi. Untuk itulah daftar pengguna gmx. Saya dapat membantu
Anda di sana, tetapi hanya dalam konteks memberikan layanan kepada masyarakat
secara keseluruhan, bukan hanya pengguna akhir.
Selamat mensimulasikan!