TUTORIAL MENGGUNAKAN APLIKASI KIMIA

AVOGADRO

vogadro adalah salah satu aplikasi editor molekul yang bisa dikatakan canggih,
dimana aplikasi ini dirancang untuk berbagai jenis platform sistem operasi, yang salah
satunya adalah sistem operasi Linux BlankOn. Aplikasii ini digunakan dalam kimia
komputasi, pemodelan molekul, bioinformatika, ilmu material, dan bidang terkait. Dengan
aplikasi ini kita dapat dengan mudah membuat animasi senyawa tertentu seperti yang
diinginkan sekaligus melakukan editing dari senyawa yang telah kita rancang.
Apa yang dapat dilakukan Avogadro?
Avogadro :

Dapat melakukan pengunduhan secara langsung dari PDB (protein data bank)
atau PubChem (database dari molekul kimia dan aktivitasnya terhadap uji
biologis)

Inovatif auto-optimation, alat yang memungkinkan Anda untuk terus

membangun dan memodifikasi, selama optimasi mekanika molekular.

Antarmuka untuk banyak paket komputasi umum.

Plugin yang memungkinkan Avogadro untuk diperpanjang dan disesuaikan.

Embedded interpreter Python.

Terjemahan tersedia dalam 19 bahasa lebih, termasuk antar muka juga sudah
bisa berbahasa Indonesia, tersisa hanya beberapa bagian saja yang belum
dialihbahasakan.

Cross-Platform: Molekul pembangun / editor untuk Windows, Linux, dan Mac

OS X.

Intuitif: Dibangun untuk dapat digunakan dengan mudah bagi mahasiswa dan
peneliti lebioh lanjut.

Cepat: Mendukung multi-threaded rendering dan komputasi.

Extensible: Plugin arsitektur bagi pengembang, termasuk rendering, tool

interaktif, perintah, dan skrip Python.

Fleksibel: Fitur OpenBable yang dapat digunakan untuk impor file-file kimia
lain, input untuk beberapa paket kimia komputasi, kristalografi, dan biomolekul.

Bagaimana cara menggunakan aplikasi ini?

1. Untuk menjalankan aplikasi Avogadro, pertama kita harus membuka aplikasi tersebut
terlebih dahulu. Gambar di bawah ini adalah gambar untuk tampilan awal ketika kita
pertama membuka aplikasi Avogadro.

2. Untuk memulai membuat bentuk molekul, pertama-tama, klik Tool Settings dan
Display Settings sehingga muncul tampilan seperti di bawah ini

3. Pilih Ball and Stick pada Display Types. Tentukan molekul apa yang akan Anda
gambar. Pada tutorial ini, penulis mencoba menggambar molekul pentana ( C 3H4)
sehingga pada Draw Settings, dipilih element C. Selanjutnya langsung di klik kiri
sehingga muncul atom C pada desain work sebanyak 3 kali (karena molekul yang
akan dibentuk adalah propana). Hubungkan atom-atom C tadi dengan mengklik kiri
terus dari pusat atom C1 ke atom pusat C yang lain. Hasilnya seperti di bawah ini

4. Lalu tambahkan H dengan klik Build Add Hydrogens

5. Selanjutnya untuk membentuk molekul yang benar, klik Extensions Optimize

Geometry

6. Untuk menghitung energy klik Extensions Molecular Mechanics Calculate

Energy

7. Sementara untuk menghitung panjang ikatan klik yang di tunjuk panah pada gambar
berikut

8. Selesai membuat bentuk molekul 1,2 propena

Selamat mencoba

Referensi :
http://dwiriskayuliani.web.unej.ac.id/2015/05/19/aplikasi-kimia-2015-avogadro/