Diterjemahkan dari bahasa Inggris ke bahasa Indonesia - www.onlinedoctranslator.

com

Desain Molekul

Habiburrahman, S.Si., M.Si., Ph.D.

Acara : Kuliah di Universitas Islam Negeri

Sunan Gunung Djati, Bandung, Jawa Barat 22
Oktoberdan, 2022
Garis besar

1. Dasar-dasar Avogadro2

2. Membangun Molekul

3. Memvisualisasikan protein dan bahan kristal

Tentang saya

Nama : Habiburrahman
Alias : Habiburrahman Zulfikri
Detail kelahiran : Bukittinggi, 26 November 1989 :
Surel habib@ui.ac.id

Pendidikan
2007–2011 Sarjana: Institut Teknologi Bandung, Master
2011–2013 Indonesia: Rijksuniversiteit Groningen, Belanda
Università degli Studi di Perugia, Italia
Université Paul Sabatier, Toulouse III,
2013–2018 Dokter Prancis : Universiteit Twente, Belanda

Pekerjaan
2019–2021 Peneliti pascadoktoral di Háskóli slands, Islandia
2021–sekarang Dosen di Universitas Indonesia, Indonesia

3
Cabang Kimia

Kimia organik Kimia Anorganik Biokimia

• Kimia fisik adalah studi tentang fenomena fisik dalam kimia.

• Kimia analitik adalah ilmu untuk mengidentifikasi, mengukur, dan memisahkan materi.
• Teknik kimia melibatkan produksi dan pembuatan produk melalui proses
kimia.

4
Dasar-dasar Avogadro2
Apa itu Avogadro2?

▪ Avogadro dan Avogadro2 adalah perangkat lunak ▪ Ini dapat digunakan untuk membuat file input untuk
untuk membangun, mengedit, dan berbagai kode kimia kuantum seperti GAMESS, GAUSSIAN,
memvisualisasikan molekul dan bahan secara in silico. ORCA, NWChem, dll, dan memvisualisasikan dan
menganalisis hasil dari file output.

▪ Itu dapat diinstal pada sistem yang menjalankan OS Windows, Mac OS dan Linux.

6
Sejarah Avogadro2

▪ Stabil, tidak dalam pengembangan aktif (rilis ▪ Versi yang lebih baru, dikembangkan secara aktif, tetapi entah

stabil terbaru pada tahun 2016) bagaimana memiliki fitur yang lebih sedikit.

▪ Masalah ketidakcocokan dengan pustaka Microsoft ▪ Bug sering ditemukan dan terkadang
Visual C++ Redistributable yang lebih baru yang dapat diatasi dengan menginstal versi
diinstal di OS terbaru. terbaru.

Tutorial ini akan menggunakan

Avogadro2 versi 1.97.0

7
Memulai Avogadro2
Tampilan awal avogadro2 ditunjukkan di bawah ini

8
Membangun Molekul
Menggambar Molekul

▪ Pastikan Anda mengklik Draw Tool sebelum membuat struktur

▪ Karbon adalah elemen default (Anda tentu saja dapat mengubahnya)

▪ Atom hidrogen yang terikat secara kovalen dapat diatur secara

otomatis.
▪ Mengklik kiri pada tampilan hitam menghasilkan molekul metana
▪ Mengklik kanan pada atom yang dibuat akan menghapusnya (atom
hidrogen tidak otomatis terhapus)
▪ Klik kiri dan seret untuk membuat ikatan antara dua atom.
▪ Klik kiri pada ikatan untuk meningkatkan urutan ikatan, dan klik kanan
untuk menghapus ikatan.

10
Latihan 1: Menggambar molekul

Buat struktur berikut dan simpan secara terpisah ke file acetic-acid.xyz dan porphine.xyz!

Catatan: Anda dapat mengoptimalkan jarak ikatan, sudut, dan sudut

dihedral setelah menetapkan urutan ikatan dengan benar!

Ekstensi > Buka Babel > Optimalkan Geometri

Tips: Ctrl+Z dan Ctrl+Y biasa berfungsi di Avogadro2.

Apakah ada cara tercepat untuk membuat struktur ini?

11
Perpustakaan Fragmen

Avogadro2 memiliki koleksi perpustakaan fragmen!

1. Tambahkan fragmen yang dibutuhkan,

2. Terjemahkan (klik kiri & seret) dan putar (klik

kanan & seret) satu per satu hingga
ditempatkan dengan baik
3. Bergabunglah dengan fragmen (klik kiri & seret)
dan optimalkan seluruh struktur.

12
Algoritma optimasi geometri
Avogadro2 mengoptimalkan geometri molekul dengan meminimalkan energi potensial yang dijelaskan oleh medan gaya,
yang merupakan seperangkat parameter (konstanta gaya dan jarak dan sudut kesetimbangan) yang dipasang untuk
mereproduksi energi mekanika kuantum.
Untuk molekul kecil seperti metana, Enonkovalen= 0
b0(C—H) = 1,0900(H—C
—H) = 109,5Hai
https://ambermd.org/antechamber/gaff.html

Ekovalenadalah penjumlahan dari sepuluh

suku: 4 ikatan C—H + 6 sudut H—C—H,

• Sebelum optimasi (b≠ b0,≠ θ0)

T: Mengapa tidak ada E

dihedraluntuk metana?

• Setelah optimasi (b = b0, =0), Ekovalen= 0

13
Algoritma optimasi geometri
Untuk molekul yang lebih besar, Ekovalen≠ 0 setelah pengoptimalan

b0(C-H) = 1,090 6 istilah

θ0(H—C—H) = 109,5Hai 6 istilah
b0(C—C) = 1,5370(C—C— 1 istilah

H) = 109,5Hai 6 istilah
dihedral 9 istilah

Parameter geometris setelah optimasi b

memilih(C—H) = 1,090memilih(H—C—H) =
108,5Hai
bmemilih(C—C) = 1,537memilih
(C—C—H) = 110,4Hai
Rintangan sterik berperan di sini!

14
Algoritma optimasi geometri
Catatan:

• Standarnya
medan gaya di
Avogadro2 adalah
TAJI.
• Lainnya
tersedia
pilihan itu
dapat
dipekerjakan adalah
UFF,
bahan kimia,
MMFF94
dan
MMFF94.

15
Catatan tentang algoritma optimasi geometri

Avogadro1 memiliki lebih banyak opsi untuk melakukan optimasi geometri

16
Latihan 2: Membangun molekul dengan SENYUM

https://chem.libretexts.org/Courses/Fordham_University/Chem1102%3A_Drug_Discovery_-
_From_the_Laboratory_to_the_Clinic/05%3A_Organic_Molecules/5.08%3A_Line_Notation_(SMILES_and_InChI)

17
Alat yang tersedia di Avogadro2

18
Latihan 3: Menggambar konformasi

Gunakan “Bon Centric Manipulation Tool” untuk

menggambar empat konformer butana, yaitu synperiplanar,
gauche, gerhana, dan antiperiplanar, dalam satu file!

Catatan:

1. Struktur keadaan transisi tidak dapat

diperoleh dengan meminimalkan energi.
2. Pengguna Avogadro1 dapat menampilkan
energi dari setiap konformasi.

https://www.masterorganicchemistry.com/2020/05/29/newman-projection-
ofbutane-and-gauche-conformation/

https://visualizeorgchem.com/animations/butane-conformers/

19
Latihan 4: Menggambar gugusan air

1. Buat molekul air dan optimalkan

geometrinya. Catat jarak ikatan O—H
dan sudut ikatan H—O—H.

2. Bangun enam molekul air dan hubungkan dengan ikatan

hidrogen untuk membentuk prisma. Setelah
mengoptimalkan geometri.

a) bandingkan jarak ikatan O—H yang dihasilkan dan sudut

ikatan H—O—H dengan sudut ikatan H2Oh sendirian!

b) Dapatkah Anda menyimpulkan pengaruh ikatan

hidrogen terhadap kekuatan ikatan kovalen?

https://www-wales.ch.cam.ac.uk/~wales/CCD/anant-watcl.html

20
Mengapa kita mempelajari kluster air?

Hidrat klatrat sering terbentuk di pipa gas bawah air. Molekul metana terperangkap di dalam
"kandang" molekul air beku yang terikat hidrogen sehingga dapat menghalangi aliran.

Sloan, ED (2010).Hidrat gas alam dalam jaminan aliran. Penerbitan Profesional Teluk.

21
Memvisualisasikan Bahan Protein dan Kristal
Latihan 5: Memvisualisasikan Protein

1. Unduh file 3i40.pdb dari rscb.org

2. Hapus molekul air
3. Apakah ada atom yang terlalu dekat satu sama lain? Jika demikian, hapus
atom yang tidak diinginkan secara manual

4. Tambahkan atom hidrogen

5. Visualisasikan kartun tulang punggung

6. Optimalkan geometri
7. Berapa banyak ikatan -heliks dan disulfida yang dimiliki insulin?
8. Tunjukkan ikatan nonkovalen. Amati ikatan hidrogen yang
memperkuat struktur -heliks. Apakah ada ikatan hidrogen
antara rantai samping?

23
Latihan 6: Memvisualisasikan Perovskite

Muat file Fe.cif, tampilkan kisi kristal, dan parameter

sel satuan!

Buat slab dan simpan koordinat xyz

Crystal > Space Group > Reduce ke Primitif yang dihasilkan!

24
TERIMA KASIH