Tugas : Makalah

LIGASE
(SINTASE)

DISUSUN OLEH :

• WA ODE KIKI TAMSAR (A1L119061)

• WA ODE HIKMAH (A1L119060)

• LENI RAHMAN (A1L119038)

JURUSAN PENDIDIKAN KIMIA FAKULTAS

KEGURUAN DAN ILMU PENDIDIKAN
UNIVERSITAS HALU OLEO
KENDARI
2022
 KATA PENGANTAR

Puji syukur kepada Tuhan Yang Maha Esa atas berkat rahmat-Nya kami dapat
menyelesaikan makalah ini dengan sebaik-baiknya.

Makalah ini berisi hasil diskusi yang kami lakukan beberapa waktu lalu.
Kami berharap laporan ini akan menjadi motivasi bagi kami untuk semakin baik
dalam kehidupan sehari-hari. Dalam penyusunan makalah ini banyak sekali
kendala yang kami hadapi mulai dari pencarian sumber yang tepat hingga
pembagian waktu kami.

Akhirnya, tak lupa juga Kami mengucapkan terima kasih kepada semua
pihak yang telah membantu kami baik dalam pengumpulan data hingga
penyusunan makalah ini, secara khusus kami mengucapkan terima kasih kepada
dosen pengajar serta para penulis artikel yang telah membantu dalam
penyelesaian makalah ini.

Kami menyadari bahwa masih banyak kekurangan dari makalah ini, baik dari
materi maupun teknik penyajiannya, mengingat kurangnya pengetahuan dan
pengalaman kami. Oleh karena itu, kritik dan saran yang membangun sangat kami
harapkan.

Semoga makalah ini bermanfaat. Terima kasih.

Kendari, 12 Oktober 2022

Penyusun

i
 DAFTAR ISI

KATA PENGANTAR ..................................................................................................... i

DAFTAR ISI................................................................................................................... ii
BAB I ...............................................................................................................................1
PENDAHULUAN ...........................................................................................................2
A. Latar Belakang………………………………………………………………….2
B. Rumusan Masalah……………………………………………………………....2
C. Tujuan…………………………………………………………………...……...2
BAB II……………………………………………………………………………….....2
2.1 Enzim……….................................................................................................5
2.2 Enzim Ligase .................................................................................................5
2.3 Tata Nama Enzim Ligase ..............................................................................7
2.4 Klasifikasi Enzim Ligase ............................................................................ 7
2.5 Mekanisme DNA Ligase............................................................................... 9
BAB III………………………………………………………………………………...2
PENUTUP.....................................................................................................................10
DAFTAR PUSTAKA .................................................................................................. 13

ii
 BAB I
PENDAHULUAN

A. Latar Belakang
Enzim adalah biomolekul berupa protein yang berfungsi sebagai
katalis (senyawa yang mempercepat proses reaksi tanpa habis bereaksi) dalam
suatu reaksi kimia organic.Molekul awal yang disebut substrat akan
dipercepat perubahannya menjadi molekul lain yang disebut produk.
Kerja enzim dipengaruhi oleh beberapa faktor, terutama adalah
substrat, suhu, keasaman, kofaktor dan inhibitor. Tiap enzim
memerlukan suhu dan pH (tingkat keasaman) optimum yang berbeda-
beda karena enzim adalah protein, yang dapat mengalami perubahan
bentuk jika suhu dan keasaman berubah. Di luar suhu atau pH yang
sesuai, enzim tidak dapat bekerja secara optimal atau strukturnya
akan mengalami kerusakan. Hal ini akan menyebabkan enzim
kehilangan fungsinya sama sekali. Kerja enzim juga dipengaruhi oleh
molekul lain. Inhibitor adalah molekul yang menurunkan aktivitas
enzim, sedangkan aktivator adalah yang meningkatkan aktivitas
enzim. Banyak obat dan racun adalah inihibitor enzim.
B. Rumusan Masalah
1. Apa yang dimaksud dengan enzim?
2. Apa yang dimaksud dengan enzim ligase?
3. Jelaskan tata nama enzim ligase
4. Jelaskan klasifikasi enzim ligase
5. Jelaskan mekanisme DNA ligase
C. Tujuan
1. Pengertian enzim
2. Pengertian enzim ligase
3. Menjelaskan tata nama enzim ligase
4. Menjelaskan klasifikasi enzim ligase
5. Menjelaskan mekanisme DNA ligase
1
 BAB II
PEMBAHASAN

2.1 Enzim

Enzim adalah biomolekul berupa protein yang berfungsi sebagai katalis

(senyawa yang mempercepat proses reaksi tanpa habis bereaksi) dalam suatu
reaksi kimia organic.Molekul awal yang disebut substrat akan dipercepat
perubahannya menjadi molekul lain yang disebut produk..
Kerja enzim dipengaruhi oleh beberapa faktor, terutama adalah substrat, suhu,
keasaman, kofaktor dan inhibitor. Tiap enzim memerlukan suhu dan pH (tingkat
keasaman) optimum yang berbeda-beda karena enzim adalah protein, yang dapat
mengalami perubahan bentuk jika suhu dan keasaman berubah. Di luar suhu atau
pH yang sesuai, enzim tidak dapat bekerja secara optimal atau strukturnya akan
mengalami kerusakan. Hal ini akan menyebabkan enzim kehilangan fungsinya
sama sekali. Kerja enzim juga dipengaruhi oleh molekul lain. Inhibitor adalah
molekul yang menurunkan aktivitas enzim, sedangkan aktivator adalah yang
meningkatkan aktivitas enzim. Banyak obat dan racun adalah inihibitor enzim.
Tiap-tiap enzim memiliki empat digit nomor urut sesuai dengan
ketentuan klasifikasi yang berlaku. Nomor pertama untuk klasifikasi teratas
enzim didasarkan pada ketentuan berikut:
➢ EC 1 Oksidoreduktase : mengatalisis reaksi oksidasi/reduksi
➢ EC 2 Transferase: mentransfer gugus fungsi
➢ EC 3 Hidrolase : mengatalisis hidrolisis berbagai ikatan
➢ EC 4 Liase : memutuskan berbagai ikatan kimia selain melalui hidrolisis dan oksidasi
➢ EC 5 Isomerase : mengatalisis isomerisasi sebuah molekul tunggal
➢ EC 6 Ligase : menggabungkan dua molekul dengan ikatan kovalen
2.2 Enzim Ligase

Ligase merupakan proses memasukan sekuens DNA yang mengandung gen

yang diinginkan ke dalam DNA genom (Sunatmo 2009). Ligase menghasilkan
produk yang disebut dengan DNA rekombinan (Voet D & Voet JG 1994).

2
 DNA ligase merupakan enzim yang dapat mengkatalisis pembentukan ikatan
fosfodiester antara ujung 5-fosfat dan 3-hidroksil yang digunakan saat proses ligasi
pada DNA yang mengalami pemotongan dengan enzim restriksi sebelumnya (Gul S
et al. 2004). DNA ligase diperlukan untuk menggabungkan fragmen Okazaki saat
proses replikasi, menyambung potongan-potongan DNA yang baru disintesis, serta
berperan dalam proses reparasi DNA, Oleh karena pentingnya DNA ligase,
sekarang ini telah dikembangkan obat antibakterial yang menginhibisi DNA ligase
(Miesel L et al. 2002).
DNA ligase dapat digolongkan menjadi 2 jenis berdasarkan kofaktor yang
diperlukan, yaitu :
➢ NAD+
DNA ligase NAD+-dependent ditemukan hanya di bakteri
➢ ATP
DNA ligase ATP-dependent ditemukan di bakteriofage, eubacteria, archaea, dan virus.
Ligase merupakan proses memasukkan sekuens DNA yang mengandung gen
yang diinginkan ke dalam DNA genom. Proses ligasi ini dapat dilihat ketika proses
transformasi. Hasil transformasi terlihat bahwa koloni berwarna putih terbentuk
pada cawan dengan penambahan X-gal dan IPTG serta pada kontrol positif tanpa
perlakuan. Hasil ini sesuai dengan literatur yang mengatakan, terbentuknya
koloni berwarna putih ini berarti sel bakteri mengandung DNA plasmid
rekombinan dan proses ligasi dinyatakan berhasil (Brown 1995). Jika
proses ligasi atau penyambungan fragmen DNA tidak berhasil ditandai dengan
warna koloni berwarna biru, sehingga dapat dikatakan percobaan meligasikan
fragmen DNA berhasil dilakukan karena terdapat koloni putih.
Proses ligasi yang tidak dapat terlihat itu dilakukan dalam tabung epedorf.
Setelah campuran berbagai larutan dengan DNA vektor dan insertnya akan
disuspensikan agar merata. Proses selanjutnya adalah inkubasi campuran larutan itu
pada suhu 4 ºC selama satu malam. Namun, Suhu optimum aktivitas DNA ligase
adalah pada suhu 37ºC, tetapi pada suhu tersebut ikatan hidrogen yang terbentuk di
antara ujung lancip menjadi tidak stabil dan kerusakan akibat panas akan terjadi pada
tempat ikatan tersebut dan mengakibatkan denaturasi.

3
 Maka, alternatif yag baik dilakukan dalam proses ini adalah inkubasi pada
suhu yang diturunkan misalnya antara 4 dan 15ºC dengan waktu inkubasi
yang diperpanjang.
Proses ligasi yang dilakukan dengan bantuan enzim T4 DNA ligase. Fungsi dari
T4
DNA ligase adalah untuk menyambungkan fragmen-fragmen DNA pendek menjadi
DNA utuh yang disebut dengan DNA rekombinan. Enzim ini berasal dari T4
bakteriofage dan dapat meligasi fragmen DNA yang menggantung, memiliki
ujung kohesif maupun ujung tumpul. Proses meligasi fragmen DNA yang memiliki
ujung tumpul, diperlukan konsentrasi enzim yang lebih besar (Bowen 2002).
Setiap kelas enzim yang mengkatalisis pembentukan ikatan kovalen menggunakan
energi yang dilepaskan oleh pembelahan ATP. Ligases penting dalam sintesis dan
perbaikan berbagai molekul biologis, termasuk DNA, dan digunakan dalam
rekayasa genetik untuk memasukkan DNA asing ke vektor kloning.
Dalam biokimia , ligase (dari bahasa Latin kata kerja ligāre - "untuk
mengikat" atau "untuk lem bersama-sama") adalah sebuah enzim yang dapat
mengkatalisis bergabung dengan dua molekul besar dengan membentuk baru ikatan
kimia , biasanya dengan disertai hidrolisis kelompok kimia kecil tergantung pada
salah satu molekul yang lebih besar. Secara umum, ligase yang mengkatalisis reaksi
berikut:
Ab + C → A-C + b
atau kadang-kadang
Ab +

D+b+c

dimana huruf kecil menandakan, kelompok-kelompok kecil tergantung

4
2.3. Tata Nama Enzim Ligase
 Nama-nama umum dari enzim ligase sering termasuk kata "ligase," seperti DNA
ligase , enzim yang biasa digunakan dalam biologi molekuler laboratorium untuk
bergabung bersama DNA fragmen. Nama umum lain untuk ligases termasuk sintetase,
karena mereka digunakan untuk mensintesis molekul baru.
Perhatikan bahwa, awalnya, biokimia nomenklatur sintetase dibedakan dan
synthases . Berdasarkan definisi asli, synthases tidak menggunakan energi dari
nukleosida trifosfat (seperti ATP, GTP, CTP, TTP, dan UTP), sedangkan sintetase
memang menggunakan trifosfat nukleosida. Hal ini juga mengatakan sintase yang
merupakan liase (liase adalah enzim yang mengkatalisis pemecahan berbagai ikatan
kimia dengan cara selain hidrolisis dan oksidasi, sering membentuk ikatan
ganda baru atau struktur cincin baru) dan tidak membutuhkan energi apapun,
sedangkan sintetase adalah ligase (ligase adalah suatu enzim yang mengikat dua
bahan kimia atau senyawa) dan dengan demikian membutuhkan energi. Namun,
Komisi Bersama Nomenklatur Biokimia (JCBN) menyatakan bahwa 'sintase'
dapat digunakan dengan enzim yang mengkatalisis sintesis (apakah atau tidak
menggunakan trifosfat nukleosida), sedangkan 'sintetase' yang akan digunakan secara
sinonim.

2.4. Klasifikasi Enzim Ligase

Ligases diklasifikasikan sebagai EC 6 dalam jumlah EC klasifikasi enzim.

Ligases dapat diklasifikasikan lebih lanjut ke dalam enam subclass:
➢ EC 6,1 termasuk ligases digunakan untuk membentuk ikatan karbon-oksigen
➢ EC 6,2 termasuk ligases digunakan untuk membentuk ikatan karbon-belerang
➢ EC 6,3 termasuk ligases digunakan untuk membentuk ikatan karbon-nitrogen
(termasuk sintetase argininosuccinate )
➢ EC 6,4 termasuk ligases digunakan untuk membentuk ikatan karbon-karbon
➢ EC 6,5 termasuk ligases digunakan untuk membentuk fosfat ester obligasi
➢ EC 6,6 termasuk ligases digunakan untuk membentuk ikatan logam nitrogen DNA
ligase

DNA ligase merupakan enzim yang mengkatalisis pembentukan ikatan

fosfodiester antara ujung 5’-fosfat dan 3’-hidroksil pada DNA yang mengalami nick.
Nick pada DNA dapat terjadi pada saat replikasi DNA, rekombinasi dan kerusakan.
Secara biologis, DNA ligase diperlukan untuk menggabungkan fragmen Okazaki
saat proses replikasi, menyambung potongan-potongan DNA yang baru disintesis,
serta berperan dalam proses reparasi DNA. Oleh karena pentingnya peranan DNA
ligase, sekarang ini telah dikembangkan obat 9ircularized9 yang menginhibisi
DNA ligase. Dengan diinhibisinya DNA ligase, diharapkan kromosom menjadi
terdegradasi dan sel akan mati. DNA ligase merupakan enzim yang sangat
berguna baik di dalam sel, maupun di luar sel. Untuk penggunaan di luar sel,
penggabungan dengan enzim restriksi telah membuat terobosan baru di bidang
teknologi DNA rekombinan. Enzim restriksi diibaratkan seperti gunting yang
memungkinkan kita untuk memotong DNA di tempat yang spesifik. Kemudian
DNA ligase berperan sebagai lem yang menyambung DNA yang telah
terpotong sehingga menjadi DNA yang fungsional.
Ligasi DNA adalah proses bergabung 9ircula dua ujung molekul DNA (baik
dari molekul yang sama atau berbeda). Secara khusus, melibatkan menciptakan
ikatan fosfodiester ikatan antara 3 ‘hidroksil dari satu nukleotida dan 5’ fosfat dari
yang lain. Reaksi ini biasanya dikatalisis oleh enzim DNA ligase
. 9irculari akan Ligate fragmen DNA memiliki tumpul atau menggantung,
melengkapi, berakhir ‘lengket’. Biasanya, lebih mudah untuk Ligate molekul
dengan ujung lengket pelengkap dari ujung-ujung tumpul. DNA ligase T4 adalah
yang paling umum digunakan DNA ligase untuk 9ircul biologi molekuler dan dapat
Ligate berakhir ‘lengket’ atau tumpul.
Kedua komponen DNA dalam reaksi 9ircul harus molar yang sama dan di
sekitar 100μg/ml. Paling sering, seseorang ingin Ligate suatu molekul DNA
masukkan ke dalam plasmid, siap untuk transformasi bakteri . Biasanya, 9ircul
plasmid DNA dan secara individu dipotong untuk menghasilkan ujung
komplementer, kemudian keduanya ditambahkan ke reaksi 9ircul yang akan
9ircularized oleh DNA ligase. Jika tulang punggung plasmid untuk menyisipkan
DNA rasio terlalu tinggi maka kelebihan ‘kosong’ mono dan plasmid polimer
akan dihasilkan. Jika rasio yang terlalu rendah maka hasilnya mungkin kelebihan
homo dan linear dan melingkar heteropolymers.

2.5. Mekanisme DNA Ligase

 Mekanisme DNA ligase dimulai dari hidrolisis kofaktor, yaitu NAD+ atau
ATP. Peristiwa ini menghasilkan kompleks enzim-adenylate AMP yang berikatan
kovalen dengan grup α-amino residu lysin pada sisi aktif dengan melepaskan
pyrofosfat inorganik (PPi), jika kofaktor berupa ATP; atau nicotinamide
mononucleotide (NMN), jika kofaktor berupa NAD+.[1] Kemudian sebagian
AMP akan berpindah dari sisi aktif lysin ke ujung bebas 5’- fosfat yang berada pada
nick utas DNA. Pada akhirnya, iktan fosfodiester akan terbentuk antara ujung 3’-OH
yang berada di ujung nick dengan 5’-fosfat dan melepaskan AMP dan enzim
adenylate.
Ligases DNA telah menjadi alat yang sangat diperlukan dalam penelitian
biologi modern molekuler untuk menghasilkan rekombinan urutan DNA.
Sebagai contoh, ligases DNA digunakan dengan enzim restriksi untuk
memasukkan fragmen DNA, sering gen , ke plasmid .
Salah satu aspek penting untuk melakukan eksperimen yang melibatkan
rekombinasi efisien ligasi fragmen kohesif-berakhir adalah mengontrol suhu yang
optimal. Percobaan Kebanyakan menggunakan DNA ligase T4 (terisolasi dari
bakteriofag T4 ), yang paling aktif pada 25 ° C. Namun, untuk efisiensi optimal
dengan ligasi kohesif-berakhir fragmen ("berakhir lengket"), suhu yang optimal
enzim perlu diimbangi dengan suhu leleh T m (juga suhu anil ) lengket ujung yang
diligasi. Jika suhu lingkungan melebihi T m, pasangan homolog dari ujung lengket
tidak akan stabil karena suhu yang tinggi mengganggu ikatan hidrogen .Ligasi
reaksi yang paling efisien ketika ujung lengket sudah stabil anil, gangguan berakhir
anil karena itu akan hasil dalam efisiensi ligasi rendah.
Sejak berujung tumpul fragmen DNA tidak memiliki ujung-ujung kohesif
untuk anil, suhu leleh bukan merupakan faktor untuk mempertimbangkan dalam
kisaran suhu normal dari reaksi ligasi. Namun, semakin tinggi suhu, semakin
sedikit kesempatan bahwa akhir yang akan bergabung akan disesuaikan untuk
memungkinkan ligasi (molekul bergerak di sekitar solusi yang lebih pada suhu
tinggi).

7
 Faktor pembatas dalam ligasi ujung tumpul bukanlah aktivitas ligase
melainkan jumlah keberpihakan antara tujuan fragmen DNA yang terjadi. Suhu
ligasi
paling efisien untuk DNA berujung tumpul karena itu akan menjadi suhu di mana
jumlah terbesar dari keberpihakan dapat terjadi. Oleh karena itu, mayoritas
berujung tumpul ligations dilakukan pada 14-16 ° C semalam. Tidak adanya berakhir
anil stabil juga berarti bahwa efisiensi ligasi diturunkan, membutuhkan
konsentrasi yang lebih tinggi ligase untuk digunakan (DNA ligase T4 adalah
komersial tersedia hanya DNA ligase untuk anil ujung-ujung tumpul). DNA ligase
merupakan enzim yang mengkatalisis pembentukan ikatan fosfodiester antara ujung
5’-fosfat dan 3’- hidroksil pada DNA yang mengalami nick.Nick pada DNA dapat
terjadi pada saat replikasi DNA, rekombinasi dan kerusakan. Secara
biologis, DNA ligase diperlukan untuk menggabungkan fragmen Okazaki saat
proses replikasi, menyambung potongan-potongan DNA yang baru disintesis, serta
berperan dalam proses reparasi DNA.Oleh karena pentingnya peranan DNA
ligase, sekarang ini telah dikembangkan obat antibakterial yang menginhibisi
DNA ligase.Dengan diinhibisinya DNA ligase, diharapkan kromosom menjadi
terdegradasi dan sel akan mati. DNA ligase merupakan enzim yang sangat
berguna baik di dalam sel, maupun di luar sel.Untuk penggunaan di luar sel,
penggabungan dengan enzim restriksi telah membuat terobosan baru di bidang
teknologi DNA rekombinan.Enzim restriksi diibaratkan seperti gunting yang
memungkinkan kita untuk memotong DNA di tempat yang spesifik. Kemudian
DNA ligase berperan sebagai lem yang menyambung DNA yang telah
terpotong sehingga menjadi DNA yang fungsional.

BAB III
PENUTUP

3.1 Kesimpulan
 Enzim adalah biomolekul berupa protein yang berfungsi sebagai katalis

(senyawa yang mempercepat proses reaksi tanpa habis bereaksi) dalam suatu

reaksi kimia organic.Molekul awal yang disebut substrat akan dipercepat

perubahannya menjadi molekul lain yang disebut produk..

Ligase merupakan proses memasukkan sekuens DNA yang mengandung

gen yang diinginkan ke dalam DNA genom. Proses ligasi ini dapat dilihat ketika

proses transformasi. Hasil transformasi terlihat bahwa koloni berwarna putih

terbentuk pada cawan dengan penambahan X-gal dan IPTG serta pada kontrol

positif tanpa perlakuan. DNA ligase dapat digolongkan menjadi 2 jenis

berdasarkan kofaktor yang diperlukan, yaitu

➢ NAD+
DNA ligase NAD+-dependent ditemukan hanya di bakteri

➢ ATP
DNA ligase ATP-dependent ditemukan di bakteriofage, eubacteria, archaea, dan virus.

DAFTAR PUSTAKA

Blanco, A., & Blanco, G. (2017). Enzymes. Medical Biochemistry, p.

153– 175.doi:10.1016/b978-0-12-803550-4.00008-2
Bhagavan, N. V., & Ha, C.-E. (2011). Enzymes and Enzyme Regulation. Essentials
of Medical Biochemistry, 47–58. https://doi.org/10.1016/b978-0-12-095461-2.00006-0

Chaplin, M.F. and Bucke. (1990). Enzyme Technology. Cambridge

University Press.Cambridge, Great Britain.

Chibata, I. 1978. Immobilized of enzyms.Deluca, D. C., & York, J. L. (2001).

Enzyme. Encylopedia of Genetics, 625–626.https://doi.org/10.1006/rwgn.2001.0414

Fujii, J. (2019). Catalytic Protein - Enzyme. In Medical Biochemistry, 5th ed., pp. 61–74.

Elsevier Ltd.Kulkarni, N .S., and M.S. Deshpande. (2007). General Enzymology,

Himalaya Publishing House, Pro Quest Ebook Central, https://ebookcentral.proquest.
com/lib/in donesiau-ebooks/detail.action?docID=588392.

Litwack, G. (2018). Enzyme. In G. Litwack (Ed.), Human Biochemistry, p 95–

129, Academic Press. https://doi.org/10.1016/B978-0-12-383864-3.00005-3

Mazzei, L., Ciurli, S., & Zambelli, B. (2014). Hot biological catalysis:
Isothermal titrationcalorimetry to characterize enzymatic reactions. Journal of
Visualized Experiments,86,1–8. https://doi.org/10.3791/51487Mc

Murry, J., and Castellion, M. E. (1992). Fundamental of General Organic

andBiological Chemistry, Prentice Hall Inc., New Jersey, p 528-545.

Najafpour, Ghasem.(2015). Biochemical Engineering and Biotechnology, Elsevier

Sci &Tech., ProQuest Ebook Central,
https://ebookcentral.proquest.com/lib/indonesiau- ebooks/detail.action?docID=198359
5

10