Disusun oleh :
ASSCALBIASS
Editor:
dr. Joko Setyono, M.Sc.,
dr. Alfi Muntafiah, M.Sc., Dr. Dra. Hernayanti, M.Si., dr. Dwi Adi Nugroho,
dr. Tisna Sendy Pratama, Dr. Saryono, S.Kp, M.Kes.,
KATA PENGANTAR
Penyusun menyadari bahwa buku panduan ini masih belum sempurna. Oleh karena itu,
kami mengharapkan adanya kritik dan saran yang membangun demi perbaikan penyusunan
buku petunjuk praktikum biokimia selanjutnya. Semoga buku ini dapat bermanfaat dan
menambah pengetahuan dalam ilmu kedokteran, khususnya mengenai biokimia kedokteran.
Hormat kami,
Penyusun
3
DAFTAR ISI
A. Enzim
1. Pendahuluan
Latar belakang awal nama enzim
Enzim adalah suatu kelompok protein yang menjalankan dan mengatur
perubahan-perubahan kimia dalam sistem biologi. Zat ini secara katalitik
menjalankan berbagai reakis, seperti pemecahan hidrolisis, oksidasi, reduksi,
isomerisasi, adisi, transfer radikal dan kadang-kadang pemutusan rantai karbon.
Kebanyakan enzim yang terdapat di dalam organ-organ organisme hidup berupa
larutan koloidal dalam cairan tubuh, seperti air ludah, darah, cairan lambung dan
cairan pancreas. Enzim terdapat di bagian dalam sel. Hal ini terkait erat dengan
protoplasma. Enzim juga ada di dalam mitokondria dan ribosom.
Enzim merupakan suatu protein yang pembentukannya identik dengan
pembentukan protein yang mekanismenya sangat kompleks. Pembentukan enzim
memerlukan bahan baku asam amino sehingga pembentukannya akan mengalami
hambatan jika sumber bahan baku ini berkurang. Seperti protein, enzim dapat
mengalami denaturasi, misalnya akibat pengaruh pemanasan, gelombang ultrasonik
dan radiasi ultravioliet atau pengaruh penambahan asam, basa dan pelarut organik
tertentu. Denaturasi menyebabkan enzim menjadi tidak aktif atau tidak dapat
bekerja.
A B+C
3. Katalis
Katalis bekerja dengan cara mempercepat sebuah reaksi kimia tanpa
mengubah reaksi tersebut. Sebuah katalis tidak dikonsumsi habis dalam sebuah
reaksi, hanya terjadi perubahan dalam struktur kimia maupun fisiknya selama reaksi
dan akan kembali ke bentuk asal pada akhir reaksi. Reaksi kimia normal A B,
perubahan A menjadi suatu produk B memerlukan energi yang disebut Activation
Energy. Enzim sebagai katalis bekerja dengan cara mengurangi Activation
Energy untuk mempercepat suatu reaksi.
4. Spesifitas enzim
Enzim memiliki sifat yang sangat spesifik dibandingkan katalis lainnya.
Biasanya suatu enzim hanya mengkatalisir reaksi yang spesifik. Beberapa tipe
spesifisitas enzim diantaranya adalah (Rao, 2006) :
a. Spesifisitas substrat
Enzim memiliki sifat spesifik pada substrat tertentu. Misalnya antara
glukokinase yang mengkatalisir transfer fosfat dari ATP ke glukosa dengan
galaktokinase yang mengkatalisir transfer fosfat dari ATP ke galaktosa, dimana
kedua enzim tersebut sama-sama mengkatalisir transfer fosfat dari ATP namun
kedua enzim tersebut memiliki target substrat yang berbeda (glukosa dan
galaktosa).
6
b. Spesifisitas reaksi
Suatu enzim hanya dapat mengkatalisir suatu reaksi spesifik. Misalnya, lipase
menghidrolisis lipid, urease menghidrolisis urea, dekarboksilase asam amino
mengkatalisir proses dekarboksilasi asam amino, dll.
e. Spesifisitas optis
Beberapa enzim memiliki sifat spesifik secara optis pada substrat dimana enzim
akan bekerja. Itu dapat terjadi karena enzim dapat mengenali isomer optik pada
7
substrat. Misalnya, enzim metabolisme asam amino hanya dapat bereaksi pada
isomer-L (L-asam amino), tidak bisa pada isomer-D (D-asam amino), lalu
enzim metabolisme karbohidrat hanya dapat bereaksi pada D-karbohidrat, tidak
bisa pada L-karbohdirat.
b. Transferase
Enzim berperan mengkatalis pemindahan senyawa kimia
Contoh :
c. Hydrolase
Enzim berperan mengkatalis hidrolisis peptida, ester, ikatan, glycosyl
Contoh:
8
d. Lyase
Enzim berperan mengkatalis pelepasan gugus dari substrat dengan cara
hidrolisis selain ikatan rangkap
Contoh :
e. Isomerase
Enzim berperan mengkatalis perubahan dari optical, fungsional dan geometric
isomers di dalam suatu molekul
Contoh :
f. Ligase
Enzim berperan mengkatalis reaksi penggabungan 2 senyawa. Penggabungan 2
senyawa disertai pemecahan fosfat dari ATP
Contoh :
10. Inhibitor
Inhibitor merupakan substansi yang dapat menurunkan aktivitas katalitik
enzim. Substansi tersebut dapat berupa protein inhibitor dan non-protein inhibitor.
Terdapat lebih dari dua jenis inhibisi enzim berdasarkan cara inhibisinya
a. Inhibisi kompetitif
Proses ini terjadi di active site. Inhibitor kompetitif memiliki struktur
yang mirip dengan substrat. Oleh karena itu, ia akan berkompetisi dengan
substrat untuk berikatan dengan active site molekul enzim. Inhibisi ini
reversible, dimana saat terjadi peningkatan konsentrasi substrat maka inhibisi
akan menurun. Pada inhibisi jenis ini, Km (afinitas) akan berubah, sementara
Vmax tetap. Afinitas berubah karena terjadi kompetisi antara substrat dengan
inhibitor untuk berikatan dengan active site enzim.
12. Kofaktor
Kofaktor merupakan molekul non-protein yang berguna untuk aktivasi
kerja enzim dalam proses katalasis maupun menjaga struktur dari enzim itu
sendiri. Contoh dari organic ko-faktor seperti vitamin yang larut dalam air dan
turunannya. Terdapat 2 tipe kofaktor, yaitu:
a. Organik kofaktor
Organic kofaktor dibedakan menjadi:
1. Prostetik grup
15
Molekul ini terikat secara kovalen dengan enzim dan mengalami perubahan
selama proses katalisis tetapi kembali kebentuk asal setelah proses katalisis
selesai
2. Ko-enzim
Molekul ini terikat secara non-kovalen dengan enzim dan mengalami
perubahan selama reaksi. Karena mereka mengalami perubahan bersama
substrat maka ko-enzim juga dikenal sebagai ko-substrat.
b. Inorganik kofaktor
Enzim membutuhkan ion logam untuk proses maintenance protein
(enzim) dan untuk proses katalisis. Ion logam berpatisipasi dalam reaksi
melalui 3 jalur yaitu :
1. Metallo Enzym
Ion logam terikat erat dengan molekul enzim untuk ikut bereaksi dalam
katalisis. Contoh : Fe2+, Cu2+,Zn2+
2. Metal-dependent enzym
Ion logam dibutuhkan enzim untuk berikatan dengan substrat ataupun
co-enzim agar bias bereaksi. Contoh: Mg2+, Ca2+
3. Metal-activated enzyme
Enzim akan langsung bereaksi apabila berikatan dengan ion logam ini.
Contoh: Cl, Ca2+
14. Proenzim
Salah satu cara untuk mengatur proses katalisis sebuah enzim adalah dengan
cara mensintesis enzim dalam bentuk inaktif (prekusor) atau pro-enzim atau
zymogen. Pro-enzym akan berubah menjadi bentuk aktif enzim saat dibutuhkan.
Enzim pada sistem pencernaan kebanyakan disintesis dalam bentuk inaktif untuk
melindungi sel-sel pancreas dari aktivasi penghancuran protease. Contoh lain
adalah pepsin yang disintesis dalam bentuk inaktif juga untuk melindungi mukosa
lambung dari pepsin itu sendiri. Enzim pada proses pembekuan darah juga
disintesis
B. Glukosa
Glukosa adalah senyawa golongan monosakarida dengan 6 rumus molekul C6H12O6
yang bersifat polar karena memiliki 5 gugus hidroksil disertai 1 gugus aldehid yang
merupakan sumber energi utama bagi manusia. Fungsi utama glukosa adalah untuk bahan
penyusun struktur sel dan sumber energi utama tubuh.
1. Sumber
Glukosa berasal dari tumbuhan dan hewan yang memiliki kandungan karbohidrat,
seperti beras, gandum, kentang, hati, dan daging. Glukosa juga dapat dibentuk secara
endogen dari glikogen melalui proses glikogenolisis dan dari gliserol, asam lemak,
maupun asam amino yang terdapat di dalam tubuh melalui proses yang dinamakan
glukoneogenesis
2. Absorpsi
Glukosa yang berasal dari makanan diabsorpsi melalui intestinum tenue menggunakan
GLUT-2 atau SGLT-1 untuk masuk ke dalam enterosit. Glukosa akan masuk ke kapiler
dari enterosit menggunakan GLUT-2.
3. Distribusi
Glukosa didistribusikan melalui pembuluh darah dan limfe ke seluruh tubuh
menggunakan GLUT-4 (diaktifasi insulin) atau GLUT-2. Kelebihan glukosa akan
disimpan sebagai glikogen di dalam otot dan hepar, namun saat glukosa darah masih
tinggi glukosa akan diubah menjadi trigliserida di dalam jaringan adiposa. Glikogen dan
trigliserida merupakan sumber energi cadangan yang ada di dalam tubuh.
17
4. Metabolisme
Metabolisme karbohidrat yang terjadi di dalam tubuh meliputi metabolisme aerob
dan anaerob diantaranya :
a. Glikolisis anaerob / Jalur Embden-Meyerhof
Menghasilkan 2 asam piruvat, 2 NADH, dan 2 ATP
5. Ekskresi
Glukosa diekskresi melalui 2 sistem, yakni :
a. Sistem respirasi, metabolit dibuang dalam wujud CO2 dan H2O
b. Sistem urinarius, metabolit dibuang dalam wujud H+ dan HCO3-
6. Aplikasi Klinis
a. Hiperglikemia
b. Hipoglikemia
Faktor-faktor yang mempengaruhi kadar glukosa darah diantaranya :
1) Primer : genetik
2) Sekunder :
a) Jenis kelamin
b) Diet tinggi kalori
18
c) Gagal ginjal
d) Diabetes melitus tipe 1 dan 2
e) Hormon tiroid (tetraiodotironin dan triiodotironin)
f) Hormon adrenal (kortisol, epinefrin, dan norepinefrin)
g) Penggunaan obat hiperglikemik oral / OHO
h) Penggunaan insulin
i) Obesitas
j) Aktifitas fisik
C. Protein
1. Pendahuluan
a. Latar belakang awal nama protein
Protein berada di semua sel pada manusia, hewan, jaringan tumbuhan,
mikroorganisme. Protein terdapat sekitar 50% berat sel. Istilah protein berasal
dari Yunani dengan kata proteios yang berarti tempat atau rangking paling
utama pada zat kehidupan.
b. Kepentingan medis dan biologis dari protein
Protein memiliki beberapa fungsi penting pada mamalia
1. Protein terlibat dalam transportasi subtansi dalam tubuh. Contoh :
Haemoglobin transport oxygen.
2. Enzim dimana mengkatalis reaksi kimia dalam tubuh adalah protein.
3. Protein terlibat dalam fungsi pertahanan. Protein melawan infelsi bakteri
atau virus. Contoh: immunoglobulin.
4. Hormon adalah protein. Protein mengontrol banyak proses biokimia.
Contoh: insulin
5. Beberapa protein mengatur kontraksi otot. Contoh protein otot.
6. Protein terlibat dalam expresi gen. Mereka mengontrol expresi gen dan
translasi. Contoh: histon.
7. Protein sebagai nutrisi. Protein juga terlibat dalam fungsi penyimpanan.
Contoh: Casein susu, ferritin menyimpan besi.
8. Kerja protein sebagai buffers. Contoh: protein plasma.
9. Fungsi protein sebagai anti vitamin. Contoh: avidin pada telur.
19
b. Klasifikasi protein
i. Berdasarkan komposisi
a. Protein sederhana: Terbentuk dari hanya asam amino.
Pada hidrolisis protein hanya menghasilkan asama
amino. Contoh: human plasma albumin, tripsin,
chymotrypsin, pepsin, insulin.
b. Protein konjugasi: mengandung bagian non-protein
dilekatkan pada bagian protein. Contoh: metalloproteins
dari Iron dan ferritin).
c. Protein derivat: protein dibentuk dari protein sederhana
dan konjugasi. Terbagi menjadi primer (albumin telur
20
c. Struktur protein
Di dalam protein terdapat 20 asam amino yang berbeda. Semuanya merupakan
-asam amino yang salah satunya berikatan dengan -karbon. Antar asam
amino dihubungkan dengan ikatan peptide. -karbon mempunyai dua rantai
yang berikatan dengan atom hydrogen dan berikatan dengan senyawa kimia
yang disebut rantai (-R). Setiap asam amino mempunyai rantai (-R) yang
berbeda (Marks)
d. Protein plasma
i. Albumin
21
ii. Globulin
Albumin merupakan salah satu protein spesifik, terdapat banyak
globulin dalam plasma dengan fungsi yang bervariasi. Terbagi menjadi
4 fraksi : alpha-1 globulin, alpha-2 globulin, beta globulin dan gamma
globulin (Johnson, 2003).
D. Kolesterol
Kolesterol adalah komponen membran sel dan prekursor untuk hormon steroid
asam empedu, dan vitamin D. Proses homeostasis dari kolesterol menjadi sangat penting,
terutama berkaitan dengan pembentukan atherosklerosis dan batu empedu.
1. Sumber
Kolesterol bersumber dari makanan yang berasal dari hewan dan tidak ada pada
tumbuh-tumbuhan. seperti daging, telur, dan susu. Selain itu, terdapat pula kolesterol
endogen yang disintesis oleh liver.
2. Absorpsi
Kolesterol yang berasal dari makanan akan diabsorpsi dari usus halus melalui
transporter membran yang dikenal dengan Nieman-Pick C1 (NPC1L1) protein. Ada
pula transporter lainnya yang berada di sisi apikal enterosit yaitu ATP binding
cassette G5/G8.
Aplikasi klinis dari proses absorpsi adalah :
a. Ketika terjadi mutasi gen yang mengkode transporter tersebut maka akan
mengakibatkan terjadinya akumulasi sterol sehingga menyebabkan
sitosterolemia.
b. Obat ezetimibe bekerja dengan menekan kerja dari NPC1L1 sehingga dapat
digunakan untuk pengobatan hiperkolesterolemia
22
3. Metabolisme
Sebelum membahas terkait proses metabolisme kolesterol kita bahas terlebih
dahulu,
a. Apolipoprotein
Merupakan suatu partikel permukaan dari lipoprotein yang menentukan
interaksi antara metabolik lemak dengan reseptor seluler dan berfungsi sebagai
aktivator maupun inhibitor.
1) ApoA terdiri dari AI dan AII yang dapat ditemui pada HDL
2) ApoB, terdapat ApoB100 yang mengontrol metabolisme LDL dan ApoB48
mengontrol metabolisme kilomikron
3) ApoC beraksi sebagai aktivator dan inhibitor dari enzim
4) ApoE berfungsi mengontrol ikatan reseptor pada partikel remnant
5) Apo(a) berperan pada proses fibrinolisis
b. Enzim dan Protein Transfer pada Metabolisme Lipoprotein
1) Lipoprotein lipase (LPL) berfungsi untuk mencerna triasilgliserol yang
terdapat pada kilomikron maupun VLDL, dan mengeluarkan asam lemak dan
gliserol ke dalam sel
2) Hepathic trigliserid lipase (HTGL) memfasilitasi konversi IDL ke LDL
3) Lecithin cholesterol acyltransferase (LCAT) diaktifkan oleh ApoAI yang
berperan dalam pengangkutan kolesterol ester oleh HDL dari sel.
4) Acylcholesterol transferase (ACAT)
5) Cholesterol ester transfer protein (CETP)
dan asam lemak dari kilomikron. Gliserol dan asam lemak kemudian dapat
diserap dalam jaringan perifer, terutama adiposa dan otot, untuk energi dan
penyimpanan.
Kilomikron yang telah mengalami hidrolisis dianggap sebagai sisa
kilomikron (kilomikron remnant). Sisa-sisa Kilomikron terus beredar sampai
mereka berinteraksi melalui apolipoprotein E dengan reseptor kilomikron sisa-
sisa, yang ditemukan terutama di hati. Interaksi ini menyebabkan sisa-sisa
endositosis kilomikron, yang kemudian dihidrolisis dalam lisosom.
4. Aplikasi Klinis
a. Kolesterol menurun
1) Hipertiroid
2) Penyakit hati berat
3) Sindrom malabsorpsi
b. Kolesterol meningkat
24
2) Dislipidemia
3) PJK
4) Stroke
E. Trigliserida
Trigliserida merupakan senyawa golongan ester atau alkil alkanoat yang terdiri atas
3 asam lemak dan 1 gliserol. Trigliserida terdapat banyak di dalam jaringan adiposa pada
makhluk hidup dan biasa disebut lemak tubuh.
1. Sumber
Trigliserida dapat diperoleh dari luar dan diproduksi secara endogen. Makanan yang
memiliki lemak hewani maupun nabati seperti jeroan, kulit, lemak hewan, alpukat,
minyak goreng dll. Trigliserida endogen berasal dari metabolisme nutrien yang melebihi
kebutuhan energinya, sehingga nutrien tersebut dalam bentuk asetil-KoA akan
mengalami lipogenesis menjadi trigliserida dan disimpan di jaringan adiposa untuk
energi cadangan.
2. Absorpsi
Lipid utama dalam makanan adalah trigliserida asilgliserol, yang bersifat
hidrofobik. Molekul ini harus dihidrolisis menjadi monoasilgliserol dan asam lemak,
serta diemulsifikasi menjadi butiran yang sangat halus atau misel sebelum dapat
diserap. Misel bersifat larut sehingga produk pencernaan dapat diangkut melalui
lingkungan yang berisi cairan di lumen usus dan berkontak erat dengan brush border
sel mukosa sehingga dapat diserap oleh epitel. Pada epitel usus, 1-monoasilgliserol
dihidrolisis menjadi asam lemak dan gliserol. Gliserol yang dibebaskan di lumen usus
akan masuk ke vena porta, sedangkan yang dibebaskan di epitel akan digunakan
kembali untuk sintesis triasilgliserol. Asam lemak rantai-panjang mengalami
esterifikasi untuk menghasilkan triasilgliserol di sel mukosa dan bersama dengan
produk pencernaan lipid lain akan disekresikan sebagai kilomikron ke dalam pembuluh
limfe.
3. Distribusi
25
Semua produk pencernaan yang bersifat hidrofobik dan larut lemak akan
membentuk lipoprotein, yang akan memudahkan pengangkutannya di dalam plasma
darah. Kilomikron mengangkut lipid dari usus ke sebagian besar jaringan untuk
dioksidasi dan ke jaringan adiposa untuk disimpan. Lipid dimobilisasi dari jaringan
adiposa sebagai asam lemak bebas (free fatty acids, FFA) yang melekat pada albumin
serum. Sedangkan pengangkutan lipid dari hepar dilakukan oleh lipoprotein berdensitas
sangat rendah (very low density lipoproteins, VLDL).
4. Metabolisme
Produk pencernaan lipid masuk ke sirkulasi sebagai kilomikron (lipoprotein plasma
terbesar). Kilomikron trigliserida tidak diserap langsung oleh hepar, namun
dimetabolisme terlebih dulu oleh jaringan ekstrahepatik yang mengandung enzim
lipoprotein lipase (LPL). Pada jaringan adiposa dan otot rangka, LPL ekstrasel
disintesis dan diaktifkan sebagai respons terhadap insulin. LPL tersebut menghidrolisis
trigliserida dengan melepaskan asam lemak dan gliserol. Sisa kilomikron yang lipidnya
sudah berkurang (kilomikron remnan) akan dimetabolisme di hepar dan menghasilkan
kolesterol bebas.
Trigliserida yang mengalami hidrolisis akan melepaskan asam-asam lemak masuk
ke dalam darah sebagai asam lemak bebas. Asam lemak diangkut dalam keadaan terikat
pada albumin serum. Asam lemak ini akan diserap oleh sebagian besar jaringan (kecuali
otak dan eritrosit) yang digunakan untuk sintesis trigliserida atau dioksidasi sebagai
bahan bakar utama. Gliserol tetap berada di dalam darah dan diserap oleh hepar.
Gliserol digunakan untuk glukoneogenesis dan sintesis glikogen atau lipogenesis.
Trigliserida yang berlebihan di hepar baik dari hasil lipogenesis maupun dari asam
lemak bebas atau sisa kilomikron, disekresikan ke dalam darah sebagai VLDL.
Lipoprotein tersebut ditransportasikan dalam darah dari hepar ke otot dan jaringan
adiposa. Aktivasi lipoprotein lipase menyebabkan pelepasan asam lemak bebas dari
VLDL triasilgliserol. Sel-sel adiposa mengambil asam-asam lemak kemudian
mengkonversi asam-asam lemak tersebut menjadi trigliserida dan menyimpannya
dalam intrasel. Sedangkan, sel-sel otot mengoksidasi asam-asam lemak tersebut untuk
suplai energi. VLDL yang kehilangan banyak triasilgliserol akan berubah menjadi
VLDL remnant (Intermediate Density Lipoprotein (IDL)). Sedangkan, VLDL yang
tidak mengandung triasilgliserol berubah menjadi Low Density Lipoprotein (LDL).
26
6. Aplikasi Klinis
Faktor yang mempengaruhi hipertrigliseridemia:
a. Penyebab primer: faktor keturunan (genetik)
b. Penyebab sekunder
1) Usia
Kadar lipoprotein, terutama kolesterol LDL, meningkat sejalan dengan
bertambahnya usia.
2) Jenis kelamin
Dalam keadaan normal, pria memiliki kadar yang lebih tinggi, tetapi setelah
menopause kadarnya pada wanita mulai meningkat.
3) Riwayat keluarga dengan hiperlipidemia
4) Obesitas
5) Kurang olah raga
6) Diet tinggi karbohidrat dan lemak
7) Konsumsi alkohol
8) Diabetes melitus
9) Gagal ginjal