ENZIM

Dosen Pengampu: Guruh Amir Putra, S.Gz., M.Si

DISUSUN OLEH:
A.SYEKHA DINA ROSYIDA
220305502003

PROGRAM STUDI GIZI

FAKULTAS ILMU KEOLAHRAGAAN DAN KESEHATAN
UNIVERSITAS NEGERI MAKASSAR
2023
 KATA PENGANTAR

Puji syukur saya panjatkan kehadirat Tuhan Yang Maha Esa karena dengan
rahmat dan karunia-Nya saya dapat menyelesaikan makalah dengan judul “Enzim”
dengan baik. Saya berterima kasih juga kepada Bapak Guruh Amir Putra selaku dosen
mata kuliah Biokimia yang telah memberikan tugas ini kepada saya, sehingga saya
dapat mempelajari lebih mendalam mengenai Enzim
Saya berharap makalah ini dapat memberikan manfaat dalam menambah
wawasan ilmu pengetahuan dan merubah pola pikir pembaca, saya menyadari bahwa
makalah ini jauh dari kata sempurna, oleh sebab itu, saya berharap adanya kritik, saran
dan usulan demi perbaikan makalah yang telah kami buat untuk menjadi lebih baik lagi
kedepannya.
Semoga makalah sederhana ini dapat dipahami bagi siapapun yang
membacanya. Sedikitnya makalah yang telah disusun ini dapat berguna bagi diri kami
dan juga untuk memenuhi nilai mata kuliah Biokimia.

ii
 DAFTAR ISI

Halaman Judul ........................................................................................................ i

Kata Pengantar ........................................................................................................ ii
Daftar Isi .................................................................................................................. ii
Bab I Pendahuluan .................................................................................................. 1
A. Latar Belakang ................................................................................................... 1
B. Rumusan Masalah .............................................................................................. 1
C. Tujuan ................................................................................................................. 1
Bab II Pembahasan ................................................................................................. 2
A. Enzim ................................................................................................................... 2
B. Cara Kerja Enzim .............................................................................................. 3
C. Kinetika Enzim ................................................................................................... 7
D. Reaksi Enzimatik ................................................................................................ 9
E. Enzim Pengatur .................................................................................................. 15
Bab III Penutup ....................................................................................................... 17
A. Kesimpulan ......................................................................................................... 17
B. Saran .................................................................................................................... 17
Daftar Pustaka ......................................................................................................... 18

1
 BAB I
PENDAHULUAN

A. Latar Belakang
Enzim memiliki kekuatan katalitik yang luar biasa, seringkali jauh lebih
besar daripada katalis sintetik atau anorganik. Mereka memiliki tingkat
spesifisitas yang tinggi untuk substratnya, mereka mempercepat reaksi kimia
secara luar biasa, dan mereka berfungsi dalam larutan berair di bawah kondisi
suhu dan pH yang sangat ringan.
Enzim adalah pusat dari setiap proses biokimia. di sini ada dua kondisi
mendasar untuk kehidupan. Pertama, 190 Bertindak dalam urutan yang
terorganisir, mereka mengkatalisasi ratusan reaksi bertahap yang menurunkan
molekul nutrisi, menghemat dan mengubah energi kimia, dan membuat
makromolekul biologis dari kursor awal sederhana. Melalui aksi enzim
pengatur, jalur metabolisme sangat terkoordinasi untuk menghasilkan interaksi
yang harmonis di antara banyak aktivitas yang diperlukan untuk
mempertahankan kehidupan.
Studi tentang enzim memiliki kepentingan praktis yang sangat besar.
Pada beberapa penyakit, terutama kelainan genetik yang diturunkan, mungkin
ada kekurangan atau bahkan tidak adanya sama sekali satu atau lebih enzim

B. Rumusan Masalah
1. Bagaima sejarah penelitian enzim?
2. Apakah enzim merupakan protein?
3. Bagaimana cara kerja enzim?
4. Apa itu kinetika enzim?
5. Apa contoh reaksi enzimatik?
6. Apa itu enzim pengatur?

C. Tujuan
Untuk mengetahui lebih dalam apa itu enzim, bagaimana cara kerja
enzim, contoh reaksi enzim dan apa itu enzim pengatur

2
 BAB II
PEMBAHASAN
A. Enzim
Sebagian besar sejarah biokimia adalah sejarah penelitian enzim.
Katalisis biologis pertama kali dikenal dan dijelaskan pada akhir 1700-an, dalam
studi tentang pencernaan daging oleh sekresi lambung, dan penelitian
dilanjutkan pada 1800-an dengan pemeriksaan konversi pati menjadi gula oleh
air liur dan berbagai ekstrak tumbuhan. Pada tahun 1850-an, Louis Pasteur
menyimpulkan bahwa fermentasi gula menjadi alkohol oleh ragi dikatalisis oleh
“fermentasi”. Dia mendalilkan bahwa fermentasi ini dapat dipisahkan dari
struktur sel ragi hidup; pandangan ini, yang disebut vitalisme, berlaku selama
beberapa dekade. Kemudian pada tahun 1897 Eduard Buchner menemukan
bahwa ekstrak ragi dapat memfermentasi gula menjadi alkohol, membuktikan
bahwa fermentasi dipromosikan oleh molekul yang terus berfungsi saat
dikeluarkan dari sel. Frederick W. Kuhne menyebut molekul ini sebagai enzim.
Ketika gagasan vitalistik tentang kehidupan dibantah, isolasi enzim baru dan
penyelidikan sifat-sifatnya memajukan ilmu biokimia.
Isolasi dan kristalisasi urease oleh James Sumner pada tahun 1926
memberikan terobosan dalam studi enzim awal. Sumner menemukan bahwa
kristal urease seluruhnya terdiri dari protein, dan dia mendalilkan bahwa semua
enzim adalah protein. Dengan tidak adanya contoh lain, ide ini tetap
kontroversial untuk beberapa waktu. Baru pada tahun 1930-an kesimpulan
Sumner diterima secara luas, setelah John Northrop dan Moses Kunitz
mengkristalkan pepsin, trypsin, dan enzim pencernaan lainnya dan menemukan
bahwa mereka juga merupakan protein. Selama periode ini, JBS Haldane
menulis risalah berjudul Enzymes. Meskipun sifat molekul enzim belum
sepenuhnya dipahami, Haldane membuat saran yang luar biasa bahwa interaksi
ikatan yang lemah antara enzim dan substratnya dapat digunakan untuk
mengkatalisasi reaksi.
Sejak akhir abad ke-20, penelitian tentang enzim telah dilakukan secara
intensif. Ini telah menyebabkan pemurnian ribuan enzim, penjelasan dari

3
 struktur dan mekanisme kimia banyak di antaranya, dan pemahaman umum
tentang cara kerja enzim.
 Kebanyakan enzim adalah protein
Kecuali sekelompok kecil molekul RNA katalitik, semua enzim adalah
protein. Aktivitas katalitik mereka tergantung pada integritas konformasi protein
asli mereka. Jika suatu enzim didenaturasi atau dipisahkan menjadi subunitnya,
aktivitas katalitik biasanya hilang. Jika suatu enzim dipecah menjadi asam
amino komponennya, aktivitas katalitiknya selalu dihancurkan.
Dengan demikian struktur enzim protein primer, sekunder, tersier, dan
kuaterner sangat penting untuk aktivitas alitiknya.
Enzim, seperti protein lainnya, memiliki berat molekul mulai dari sekitar
12.000 hingga lebih dari 1 juta. Beberapa enzim tidak memerlukan gugus kimia
untuk aktivitas selain residu asam aminonya. Lainnya memerlukan komponen
kimia tambahan yang disebut kofaktor—baik satu atau lebih ion anorganik,
seperti Fe2, Mg2, Mn2, atau Zn2, atau molekul organik atau metaloorganik
kompleks yang disebut koenzim Beberapa enzim memerlukan kedua koenzim
dan satu atau lebih ion logam untuk aktivitas. Koenzim atau ion logam yang
terikat sangat erat atau bahkan secara kovalen dengan protein enzim disebut
gugus prostetik. Enzim yang lengkap dan aktif secara katalitik bersama dengan
koenzim terikatnya dan/atau ion logam disebut zim holoen. Bagian protein dari
enzim semacam itu disebut apoenzim atau apoprotein. Koenzim bertindak
sebagai pembawa sementara kelompok fungsional tertentu. Sebagian besar
berasal dari vitamin, nutrisi organik yang dibutuhkan dalam jumlah kecil dalam
makanan. Kami mempertimbangkan koenzim secara lebih rinci saat kami
menemukannya di jalur metabolisme yang dibahas di Bagian II. Akhirnya,
beberapa protein enzim dimodifikasi secara kovalen oleh fosforilasi, glikosilasi,
dan proses lainnya. Banyak dari perubahan ini terlibat dalam pengaturan
aktivitas enzim
B. Cara Kerja Enzim
Katalisis reaksi enzimatik sangat penting untuk sistem kehidupan. Di
bawah kondisi yang relevan secara biologis, reaksi yang tidak dikatalisis
cenderung lambat — sebagian besar molekul biologis cukup stabil dalam pH

4
netral, suhu sedang, lingkungan berair di dalam sel. Lebih jauh lagi, banyak
reaksi umum dalam biokimia memerlukan peristiwa kimia yang tidak
menguntungkan atau tidak mungkin terjadi di lingkungan seluler, seperti
pembentukan intermediet bermuatan tidak stabil atau tumbukan dua atau lebih
molekul dalam orientasi tepat yang diperlukan untuk reaksi. Reaksi yang
diperlukan untuk mencerna makanan, mengirim sinyal saraf, atau
mengontraksikan otot tidak akan terjadi pada tingkat yang berguna tanpa
katalisis.
Enzim menghindari masalah ini dengan menyediakan lingkungan khusus
di mana reaksi yang diberikan dapat terjadi lebih cepat. Fitur yang membedakan
dari reaksi yang dikatalisis oleh enzim adalah bahwa hal itu terjadi dalam batas-
batas kantong pada enzim yang disebut situs aktif (Gbr.6-1). Molekul yang
terikat pada sisi aktif dan ditindaklanjuti oleh enzim disebut substrat. Permukaan
situs aktif dilapisi dengan residu asam amino dengan gugus substituen yang
mengikat substrat dan mengkatalisis transformasi kimianya. Seringkali, situs
aktif membungkus substrat, memisahkannya sepenuhnya dari larutan Enzim
kompleks substrat, yang keberadaannya pertama kali diusulkan oleh Charles-
Adolphe Wurtz pada tahun 1880, merupakan pusat kerja enzim. Ini juga
merupakan titik awal untuk perawatan matematis yang menentukan perilaku
kinetik dari reaksi yang dikatalisis oleh enzim dan untuk deskripsi teoretis dari
mekanisme enzim.

GAMBAR 6–1 Pengikatan substrat ke enzim di situs aktif. Enzim chymotrypsin,

dengan substrat terikat berwarna merah (PDB ID 7GCH). Beberapa residu asam amino situs
aktif kunci muncul sebagai bercak merah pada permukaan enzim.

5
 Sebagian besar energi yang dibutuhkan untuk menurunkan energi
aktivasi berasal dari interaksi nonkovalen yang lemah antara substrat dan enzim.
Apa yang benar-benar membedakan enzim dari kebanyakan katalis lainnya
adalah pembentukan kompleks ES spesifik. Interaksi antara substrat dan enzim
dalam kompleks ini dimediasi oleh kekuatan yang sama yang menstabilkan
struktur protein, termasuk ikatan hidrogen dan interaksi hidrofobik dan ionik.
Pembentukan setiap interaksi lemah di kompleks ES disertai dengan pelepasan
sejumlah kecil energi bebas yang memberikan stabilitas pada interaksi tersebut.
Energi yang diperoleh dari interaksi enzim-substrat disebut energi ikat, GB.
Signifikansinya melampaui stabilisasi sederhana dari interaksi enzim-substrat.
Energi ikat adalah sumber utama energi bebas yang digunakan oleh enzim untuk
menurunkan energi aktivasi reaksi.
Langkah dan perantara mengacu pada spesies kimia dalam jalur reaksi
dari reaksi tunggal yang dikatalisis oleh enzim. Dalam konteks jalur
metabolisme yang melibatkan banyak enzim (dibahas pada Bagian II), istilah ini
digunakan agak berbeda. Seluruh reaksi enzimatik sering disebut sebagai
"langkah" dalam jalur, dan produk dari satu reaksi enzimatik (yang merupakan
substrat untuk enzim berikutnya dalam jalur) disebut sebagai "perantara".
Dua prinsip dasar dan saling terkait memberikan penjelasan umum
tentang bagaimana enzim menggunakan energi pengikat nonkovalen:
1. Sebagian besar kekuatan katalik enzim
Akhirnya berasal dari energi bebas yang dilepaskan dalam membentuk
banyak ikatan lemah dan interaksi antara enzim dan substratnya. Energi ikat
ini berkontribusi pada spesifisitas dan juga katalisis.
2. Interaksi lemah dioptimalkan dalam keadaan transisi reaksi
situs aktif enzim saling melengkapi bukan dengan substrat itu sendiri tetapi
dengan keadaan transisi yang dilalui substrat saat mereka diubah menjadi
produk selama reaksi enzimatik.

Bagaimana enzim menggunakan energi ikat untuk menurunkan energi

aktivasi suatu reaksi? Pembentukan kompleks ES bukanlah penjelasan itu
sendiri, meskipun beberapa pertimbangan paling awal dari mekanisme enzim
menjadi gan dengan ide ini. Studi tentang spesifisitas enzim yang dilakukan oleh

6
Emil Fischer membuatnya mengusulkan, pada tahun 1894, bahwa enzim secara
struktural melengkapi substratnya, sehingga mereka cocok bersama seperti
gembok dan anak kunci (Gbr. 6–4). Gagasan elegan ini, bahwa interaksi spesifik
(eksklusif) antara dua molekul biologis dimediasi oleh permukaan molekul
dengan bentuk komplementer, telah sangat memengaruhi perkembangan
biokimia, dan interaksi semacam itu menjadi inti dari banyak proses biokimia.
Namun, hipotesis "gembok dan kunci" bisa menyesatkan bila diterapkan pada
katalisis enzimatik. Enzim yang sepenuhnya melengkapi substratnya akan
menjadi enzim yang sangat buruk.

GAMBAR 6–4 Bentuk komplementer dari substrat dan tempat pengikatannya pada
enzim.

Pada sebagian besar enzim, energi ikat digunakan untuk membentuk

Kompleks ES hanyalah salah satu dari beberapa kontributor untuk mekanisme
katalitik secara keseluruhan. Setelah substrat terikat pada enzim, gugus fungsi
katalitik yang diposisikan dengan benar membantu pembelahan dan

7
 pembentukan ikatan melalui berbagai mekanisme, termasuk katalisis asam-basa
umum, katalisis kovalen, dan katalisis ion logam.

Ini berbeda dari mekanisme yang didasarkan pada energi ikat, karena
umumnya melibatkan interaksi kovalen transien dengan substrat atau transfer
gugus ke atau dari substrat.

C. Kinetika Enzim
Ahli biokimia biasanya menggunakan beberapa pendekatan untuk
mempelajari mekanisme kerja enzim yang dimurnikan. Pengetahuan tentang
struktur tiga dimensi protein memberikan informasi penting, dan nilai informasi
struktural sangat ditingkatkan oleh kimia protein klasik dan metode modern
mutagenesis terarah-situs (mengubah urutan asam amino protein secara genetik).
Teknologi ini memungkinkan ahli enzim untuk menguji peran masing-masing
asam amino dalam struktur dan aksi enzim. Namun, pendekatan sentral untuk
mempelajari mekanisme reaksi yang dikatalisis oleh enzim adalah untuk
menentukan laju reaksi dan bagaimana reaksi itu berubah sebagai respons
terhadap perubahan parameter eksperimen, suatu disiplin yang dikenal sebagai
kinetika enzim. Ini adalah pendekatan tertua untuk memahami mekanisme
enzim dan tetap yang paling penting. Di sini kami menyediakan pengantar dasar
tentang kinetika reaksi yang dikatalis oleh enzim
. Salah satu pendekatan penyederhanaan dalam eksperimen kinetika
adalah mengukur laju awal (atau kecepatan awal), yang disebut V0, ketika [S]
jauh lebih besar daripada konsentrasi enzim, [E]. Dalam reaksi yang khas, enzim
dapat hadir dalam jumlah nanomolar, sedangkan [S] mungkin lima atau enam
kali lipat lebih tinggi. Jika hanya awal reaksi yang dipantau (biasanya 60 detik
pertama atau kurang), perubahan [S] dapat dibatasi hingga beberapa persen, dan
[S] dapat dianggap konstan. V0 kemudian dapat dieksplorasi sebagai fungsi [S],
yang disesuaikan oleh penyidik. Efek pada V0 dari variasi [S] ketika konsentrasi
enzim dipertahankan konstan ditunjukkan pada Gambar 6-11. Pada konsentrasi
substrat yang relatif rendah, V0 meningkat hampir secara linier dengan
peningkatan [S]. Pada konsentrasi substrat yang lebih tinggi, V0 meningkat
dengan jumlah yang semakin kecil sebagai respons terhadap peningkatan [S].
Akhirnya, tercapai suatu titik di mana peningkatan V0 semakin kecil seiring

8
dengan peningkatan [S]. Wilayah V0 yang mirip dataran tinggi ini dekat dengan
kecepatan maksimum, Vmax.

GAMBAR 6–11 Pengaruh konsentrasi substrat pada kecepatan awal reaksi yang
dikatalisis oleh enzim

Kompleks ES adalah kunci untuk memahami perilaku kinetik ini, sama

seperti titik awal diskusi kita tentang katalisis. Pola kinetik pada Gambar 6-11
membuat Victor Henri, mengikuti jejak Wurtz, mengusulkan pada tahun 1903
bahwa kombinasi enzim dengan molekul substratnya untuk membentuk
kompleks ES merupakan langkah penting dalam katalisis enzimatik. Ide ini
diperluas menjadi teori umum aksi enzim, khususnya oleh Leonor Michaelis dan
Maud Menten pada tahun 1913. Mereka berpendapat bahwa enzim pertama-
tama berkombinasi secara reversibel dengan substratnya untuk membentuk
kompleks enzim-substrat dalam langkah reversibel yang relatif cepat.
Kinetika sebagai metode utama untuk mempelajari langkah-langkah
dalam reaksi enzimatik, dan menguraikan keterbatasan parameter kinetik yang
paling umum dalam memberikan informasi tersebut. Dua parameter eksperimen
terpenting yang diperoleh dari kinetika tunak adalah kcat dan kcat/Km. Variasi
kcat dan kcat/ Km dengan perubahan pH atau suhu dapat memberikan informasi
tambahan tentang tahapan dalam jalur reaksi. Dalam kasus reaksi bisubstrat,
kinetika tunak dapat membantu menentukan apakah kompleks terner terbentuk
selama reaksi

9
 Sebagian besar enzim memiliki sifat kinetik tertentu yang sama. Ketika
substrat ditambahkan ke enzim, reaksi dengan cepat mencapai keadaan tunak di
mana laju ES bentuk kompleks menyeimbangkan laju reaksinya. Ketika [S]
meningkat, aktivitas keadaan tunak dari konsentrasi tetap enzim meningkat
secara hiperbolik untuk mendekati laju maksimum karakteristik, Vmax, di mana
pada dasarnya semua enzim telah membentuk kompleks dengan substrat.
D. Reaksi Enzimatik
Pemahaman tentang mekanisme aksi yang lengkap dari enzim yang
dimurnikan membutuhkan identifikasi semua substrat, kofaktor, produk, dan
regulator. Terlebih lagi, ini membutuhkan pengetahuan tentang (1) urutan
temporal di mana perantara reaksi yang terikat enzim bentuk, (2) struktur setiap
zat antara dan setiap keadaan transisi, (3) laju interkonversi antara zat antara, (4)
hubungan struktural enzim ke setiap zat antara, dan (5) energi yang
disumbangkan oleh semua reaksi dan kelompok yang berinteraksi ke kompleks
menengah dan keadaan transisi. Sampai saat ini, mungkin belum ada enzim yang
kami pahami yang memenuhi semua persyaratan ini. Namun, penelitian selama
beberapa dekade telah menghasilkan informasi mekanistik tentang ratusan
enzim, dan dalam beberapa kasus informasi ini sangat rinci.
Di sini kami menyajikan mekanisme untuk empat enzim: kimotripsin,
heksokinase, enolase, dan lisozim.
 Mekanisme kimotripsin
Kimotripsin meningkatkan laju hidrolisis ikatan peptida dengan faktor
setidaknya 109 . Itu tidak mengalisis serangan langsung air pada ikatan peptida;
sebagai gantinya, intermediet asil-enzim kovalen sementara terbentuk. Reaksi
demikian memiliki dua fase yang berbeda. Pada fase asilasi, ikatan peptida
dibelah dan ikatan ester terbentuk antara karbon karbonil peptida dan enzim.
Pada fase deasilasi, ikatan ester dihidrolisis dan enzim yang tidak diasilasi
diregenerasi.
Kimotripsin juga mengkatalisis hidrolisis ester kecil dan amida. Reaksi
ini jauh lebih lambat daripada hidrolisis peptida karena lebih sedikit energi
pengikat yang tersedia dengan substrat yang lebih kecil, dan karena itu lebih
mudah untuk dipelajari. Investigasi oleh BS Hartley dan BA Kilby pada tahun

10
1954 menemukan bahwa hidrolisis chymotrypsin dari ester p-nitrophenylacetate,
yang diukur dengan pelepasan p-nitrophenol, dilanjutkan dengan ledakan cepat
sebelum mendatar ke tingkat yang lebih lambat (Gbr. 6-19).

GAMBAR 6–19 Bukti kinetika pra-tunak untuk perantara enzim-asil.

Fitur tambahan dari mekanisme chymotrypsin telah dijelaskan dengan

menganalisis ketergantungan reaksi pada pH. Tingkat pembelahan yang
dikatalisis chymotrypsin umumnya menunjukkan file pro tingkat pH berbentuk
lonceng (Gbr. 6-20). Tingkat diplot pada Gambar 6-20a diperoleh pada
konsentrasi substrat rendah (subsaturasi) dan karenanya mewakili kcat/Km. Plot
dapat dibedah lebih lanjut dengan terlebih dahulu mendapatkan laju maksimum
pada setiap pH, dan kemudian memplot kcat saja versus pH (Gbr. 6–20b);
setelah memperoleh Km pada setiap pH, peneliti kemudian dapat memplot 1/
Km (Gbr. 6–20c).

11
 GAMBAR 6–20 Ketergantungan pH dari reaksi yang dikatalisis chymotrypsin. (a)

 Mekanisme Heksokinase
Yeast hexokinase (Mr 107.862) adalah enzim bisubstrat yang
mengkatalisis reaksi reversibel ATP dan ADP selalu berikatan dengan enzim
sebagai kompleks dengan ion logam Mg2.
Hidroksil pada C-6 glukosa (ke mana -fosforil ATP ditransfer dalam
reaksi heksokinase) serupa dalam reaktivitas kimia terhadap air, dan air dengan
bebas memasuki situs aktif enzim. Namun hexoki nase menyukai reaksi dengan
glukosa dengan faktor 106. Enzim dapat membedakan antara glukosa dan air
karena perubahan konformasi pada enzim ketika substrat yang benar berikatan
(Gbr. 6–22). Hexoki nase dengan demikian memberikan contoh yang baik
tentang kecocokan yang diinduksi. Ketika glukosa tidak ada, enzim berada
dalam konformasi tidak aktif dengan rantai samping asam amino situs aktif

12
keluar dari posisi untuk reaksi. Ketika glukosa (tetapi bukan air) dan Mg ATP
berikatan, energi pengikatan yang berasal dari interaksi ini menginduksi
perubahan konformasi hexoki nase menjadi bentuk aktif katalitik.

GAMBAR 6–22 Induced fit di hexokinase. (a)

Model ini telah diperkuat oleh studi kinetik. Gula xilosa lima karbon,
secara stereokimia mirip dengan glukosa tetapi satu karbon lebih pendek,
berikatan dengan heksokinase tetapi dalam posisi di mana ia tidak dapat
difosforilasi. Namun demikian, penambahan xilosa ke dalam campuran reaksi
meningkatkan laju hidrolisis ATP. Terbukti, pengikatan xilosa cukup untuk
menginduksi perubahan hexokinase ke konformasi aktifnya, dan enzim dengan
demikian "diakali" menjadi air yang memfosforilasi. Reaksi heksokinase juga
mengilustrasikan bahwa spesifisitas enzim tidak selalu merupakan masalah
sederhana yang mengikat satu senyawa tetapi tidak mengikat yang lain. Dalam
kasus heksokinase, spesifisitas diamati bukan pada pembentukan kompleks ES
tetapi pada laju relatif dari langkah-langkah alitik kucing selanjutnya.

13
 Induced fit hanyalah salah satu aspek dari mekanisme katalitik
hexokinase—seperti chymotrypsin, hexokinase menggunakan beberapa strategi
katalitik. Misalnya yang aktif residu asam amino situs (yang dibawa ke
posisinya oleh perubahan konformasi yang mengikuti pengikatan substrat)
berpartisipasi dalam katalisis asam-basa umum dan stabilisasi keadaan transisi.
 Mekanisme Enolase
Enzim glikolitik lain, enolase, mengkatalisis dehidrasi reversibel 2-
fosfogliserat menjadi fosfo enolpiruvat:

Ragi enolase (Mr 93.316) adalah dimer dengan 436 residu asam amino
per subunit. Reaksi enolase mengilustrasikan satu jenis katalisis ion logam dan
memberikan contoh tambahan katalisis asam-basa umum dan stabilisasi keadaan
transisi. Reaksi terjadi dalam dua tahap. Pertama, Lys345 bertindak sebagai
katalis basa umum, kemudian Glu211 bertindak sebagai katalis asam umum,
menyumbangkan proton ke gugus pergi OOH. Proton pada C-2 dari 2-
fosfogliserat tidak terlalu asam sehingga tidak mudah dihilangkan. Namun, di
sisi aktif enzim, 2-fosfogliserat mengalami interaksi ionik yang kuat dengan dua
ion Mg2 terikat, membuat proton C2 lebih asam (menurunkan pKa ) dan lebih
mudah untuk abstrak. Ikatan hidrogen dengan residu asam amino situs aktif
lainnya juga berkontribusi pada keseluruhan mekanisme.
 Mekanisme Lisozim
Lisozim adalah agen antibakteri alami yang ditemukan dalam air mata
dan putih telur. Lisozim putih telur ayam (Mr 14.296) adalah monomer dengan
129 residu asam amino. Ini adalah enzim pertama yang struktur tiga dimensinya
ditentukan, oleh David Phillips dan rekannya pada tahun 1965. Struktur tersebut
mengungkapkan empat ikatan disulfida yang menstabilkan dan celah yang
mengandung situs aktif (Gbr. 6– 24a; lihat juga Gbr. 4–18). Lebih dari lima

14
dekade lisozim dalam penelitian telah memberikan gambaran rinci tentang
struktur dan aktivitas enzim, dan cerita menarik tentang bagaimana ilmu
biokimia berkembang.
Substrat lisozim adalah peptidoglikan, sebuah bohidrat mobil yang
ditemukan di banyak dinding sel bakteri (lihat Gambar 7–22). Lisozim
memotong ikatan COO glikosidik (1n4) antara dua jenis residu gula dalam
molekul, N-acetylmuramic acid (Mur2Ac) dan N-acetyl glucosamine (GlcNAc),
masing-masing sering disebut sebagai NAM dan NAG, dalam penelitian.
literatur tentang enzim mologi (Gbr. 6–24b). Enam residu Mur2Ac dan GlcNAc
bergantian dalam ikatan peptidoglikan di situs aktif, di situs pengikatan berlabel
A hingga F. Pembuatan model telah menunjukkan bahwa rantai samping laktil
Mur2Ac tidak dapat diakomodasi di situs C dan E, membatasi pengikatan
Mur2Ac ke situs B, D, dan F. Hanya satu dari ikatan glikosidik terikat yang
dibelah, yaitu antara residu Mur2Ac di situs D dan residu GlcNAc di situs E.
Residu asam amino katalitik utama di situs aktif adalah Glu35 dan Asp52 ( Gbr .
.6–25a). Reaksinya adalah substitusi nukleofilik, dengan OOH dari air
menempatkan kembali GlcNAc pada C-1 Mur2Ac.
Ada dua mekanisme yang masuk akal secara kimiawi yang dapat
menghasilkan produk yang diamati dari pembelahan yang dimediasi lisozim dari
ikatan glikosidik. Phillips dan rekan mengusulkan mekanisme disosiatif (tipe
SN1) (Gbr. 6– 25a, kiri), di mana GlcNAc awalnya berdisosiasi pada langkah 1
untuk meninggalkan zat antara kation glikosil (karbokation). Dalam mekanisme
ini, GlcNAc yang pergi diprotonasi oleh katalis asam umum oleh Glu35, yang
terletak di kantong hidrofobik yang memberikan gugus karboksil pKa yang luar
biasa tinggi.
Mekanisme Phillips (SN1), berdasarkan pertimbangan struktural dan
didukung oleh berbagai studi pengikatan dengan substrat buatan, telah diterima
secara luas selama lebih dari tiga dekade. Namun, beberapa kontroversi tetap
ada dan tes berlanjut. Metode ilmiah terkadang memajukan masalah dengan
lambat, dan eksperimen yang benar-benar mendalam bisa jadi sulit untuk
dirancang.

15
 Beberapa argumen awal yang menentang mekanisme Phillips bersifat
sugestif tetapi tidak sepenuhnya persuasif. Misalnya, waktu paruh kation glikosil
yang diusulkan diperkirakan 1012 detik, hanya lebih lama dari vibrasi molekuler
dan tidak cukup lama untuk difusi yang dibutuhkan molekul lain. Lebih penting
lagi, lisozim adalah anggota dari keluarga enzim yang disebut "glikosidase
penahan," yang semuanya mengkatalisis reaksi di mana produk memiliki
konfigurasi anomerik yang sama dengan substrat dan semuanya di antaranya
diketahui memiliki perantara kovalen reaktif seperti yang dibayangkan dalam
jalur alternatif (SN2). Oleh karena itu, mekanisme Phillips bertentangan dengan
temuan eksperimental untuk enzim yang terkait erat.
Dalam kasus mekanisme lisozim orang mungkin berpendapat (dan
beberapa berpendapat) bahwa substrat buatan, dengan substitusi fluor pada C-1
dan C-2, yang digunakan untuk menstabilkan zat antara kovalen mungkin telah
mengubah jalur reaksi. Fluor yang sangat elektronegatif dapat menggoyahkan
ion oksokarbenium yang sudah kekurangan elektron dalam perantara kation
glikosil yang mungkin terjadi pada jalur jalur SN1. Namun, jalur SN2 sekarang
merupakan mekanisme yang paling sesuai dengan data yang tersedia.
E. Enzim Pengatur
Sebagian besar enzim di setiap jalur metabolisme mengikuti pola kinetik
yang telah kami jelaskan. Namun, setiap jalur mencakup satu atau lebih enzim
yang memiliki efek lebih besar pada laju urutan keseluruhan. Enzim pengatur ini
menunjukkan peningkatan atau penurunan aktivitas katalitik sebagai respons
terhadap sinyal tertentu. Penyesuaian dalam laju reaksi yang dikatalisis oleh
enzim pengatur, dan karenanya dalam laju seluruh urutan metabolisme,
memungkinkan sel untuk memenuhi perubahan kebutuhan energi dan untuk
biomolekul yang dibutuhkan dalam pertumbuhan dan perbaikan.
Pada sebagian besar sistem multienzim, enzim pertama dari urutan
tersebut adalah enzim pengatur. Ini adalah tempat yang sangat baik untuk
mengatur jalur, karena katalisis bahkan beberapa reaksi pertama dari urutan
yang mengarah ke produk yang tidak dibutuhkan mengalihkan energi dan
metabolit dari proses yang lebih penting. Enzim lain dalam urutan biasanya
hadir pada tingkat yang memberikan aktivitas katalitik yang berlebihan; mereka

16
umumnya dapat mempromosikan reaksi mereka secepat substrat mereka dibuat
tersedia dari reaksi sebelumnya.
Aktivitas enzim pengatur dimodulasi dalam berbagai cara. Enzim
alosterik berfungsi melalui pengikatan senyawa pengatur nonkovalen yang
reversibel yang disebut modulator alosterik atau efektor alosterik, yang
umumnya merupakan metabolit kecil atau kofaktor. Enzim lain diatur oleh
modifikasi kovalen reversibel. Kedua kelas enzim pengatur cenderung berupa
protein multisubunit, dan dalam beberapa kasus situs pengatur dan situs aktif
berada pada subunit yang terpisah. Sistem metabolisme memiliki setidaknya dua
mekanisme pengaturan enzim lainnya. Beberapa enzim dirangsang atau
dihambat ketika mereka terikat oleh protein pengatur terpisah. Lainnya
diaktifkan ketika segmen peptida dihilangkan oleh pembelahan proteolitik; tidak
seperti regulasi yang dimediasi efektor, regulasi oleh pembelahan pro teolitik
tidak dapat diubah. Contoh penting dari kedua mekanisme tersebut ditemukan
dalam proses fisiologis seperti pencernaan, pembekuan darah, aksi hormon, dan
penglihatan.
Pertumbuhan dan kelangsungan hidup sel bergantung pada penggunaan
sumber daya yang efisien, dan efisiensi ini dimungkinkan oleh enzim pengatur.
Tidak ada aturan tunggal yang mengatur terjadinya berbagai jenis regulasi dalam
sistem yang berbeda. Pada tingkat tertentu, regulasi alosterik (nonkovalen)
memungkinkan penyesuaian jalur metabolisme yang diperlukan secara terus-
menerus tetapi pada tingkat aktivitas yang berbeda seiring dengan perubahan
kondisi seluler. Regulasi dengan modifikasi kovalen mungkin semua atau tidak
sama sekali—biasanya terjadi pada pembelahan proteolitik —atau mungkin
memungkinkan perubahan halus dalam aktivitas. Beberapa jenis regulasi dapat
terjadi dalam satu enzim regulasi.

17
 BAB III

PENUTUP

A. Kesimpulan
Enzim adalah pusat dari setiap proses biokimia. di sini ada dua kondisi
mendasar untuk kehidupan. Pertama, 190 Bertindak dalam urutan yang
terorganisir, mereka mengkatalisasi ratusan reaksi bertahap yang menurunkan
molekul nutrisi, menghemat dan mengubah energi kimia, dan membuat
makromolekul biologis dari kursor awal sederhana. Melalui aksi enzim
pengatur, jalur metabolisme sangat terkoordinasi untuk menghasilkan interaksi
yang harmonis di antara banyak aktivitas yang diperlukan untuk
mempertahankan kehidupan.
Sejarah penelitian enzim. Katalisis biologis pertama kali dikenal dan
dijelaskan pada akhir 1700-an, dalam studi tentang pencernaan daging oleh
sekresi lambung, dan penelitian dilanjutkan pada 1800-an dengan pemeriksaan
konversi pati menjadi gula oleh air liur dan berbagai ekstrak tumbuhan. Pada
tahun 1850-an, Louis Pasteur menyimpulkan bahwa fermentasi gula menjadi
alkohol oleh ragi dikatalisis oleh “fermentasi”
Langkah dan perantara mengacu pada spesies kimia dalam jalur reaksi
dari reaksi tunggal yang dikatalisis oleh enzim. Dalam konteks jalur
metabolisme yang melibatkan banyak enzim (dibahas pada Bagian II), istilah ini
digunakan agak berbeda. Seluruh reaksi enzimatik sering disebut sebagai
"langkah" dalam jalur, dan produk dari satu reaksi enzimatik (yang merupakan
substrat untuk enzim berikutnya dalam jalur) disebut sebagai "perantara".

B. Saran
Dengan adanya makalah ini saya harapkan para pembaca dapat
menegtahui lebih banyak lagi tentang enzim guna menambah wawasan untuk
pembelajaran

18
 DAFTAR PUSTAKA

Nelson, D. L., & Cox, M. M. (n.d.). Lehninger Principles of Biochemistry, 4th Edition.

19