Makalah Struktur dan Fungsi Biologi Molekuler

Mekanisme Kerja Enzim Berdasarkan Induced Fit Model

Dosen Pengampu:
Dr. Muktiningsih N., M. Si
NIP 19640511 198903 2 001

Disusun oleh:
Aisyah Denta Kusuma 1303617039
Anisa Umayah 1303617006
Diliviva Venesia 1303617061
Farah Nadiyah 1303617001
Fiddia Mega Silviana 1303617017
Sandy Aji A. 1303617036

UNIVERSITAS NEGERI JAKARTA

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
2019
 DAFTAR ISI

DAFTAR ISI..............................................................................................................................ii

KATA PENGANTAR ............................................................................................................. iii

BAB I PENDAHULUAN .......................................................................................................... 1

1.1 Latar belakang .................................................................................................................. 1

1.2 Rumusan Masalah ............................................................................................................ 1

1.3 Tujuan .............................................................................................................................. 1

BAB II PEMBAHASAN ........................................................................................................... 2

2.1 Enzim .......................................................................................................................... 2

2.2 Cara Kerja Enzim ........................................................................................................ 2

2.3 Sisi Aktif Enzim (Active Site) ..................................................................................... 3

2.4 Spesifisitas Enzim ....................................................................................................... 5

2.5 Daya Katalitik ............................................................................................................. 8

BAB III PENUTUP ................................................................................................................... 9

3.1 Kesimpulan ...................................................................................................................... 9

3.2 Saran ................................................................................................................................ 9

DAFTAR PUSTAKA .............................................................................................................. 10

ii
 KATA PENGANTAR

‫الرحمن الرحيم بسم هللا‬

Puji syukur penulis panjatkan ke hadirat Tuhan Yang Maha Esa karena dengan rahmat, karunia,
serta taufik dan hidayah-Nya, penulis dapat menyelesaikan makalah yang berjudul Mekanisme
Kerja Enzim Berdasarkan Induced Fit Model. Penulis berterima kasih kepada:

1. Kepada Ibu Dr. Muktiningsih N., M. Si atas bimbingannya dalam mata kuliah struktur dan
fungsi biologi molekuler.
2. Teman-teman Pendidikan Kimia A 2017 yang selalu saling menyemangati di setiap
penugasan.
Penulis sangat berharap bahwa makalah ini dapat memberikan manfaat bagi pembaca
dapat dikembangkan lebih lanjut. Penulis juga menyadari sepenuhnya bahwa di dalam makalah
ini masih terdapat kekurangan dan jauh dari kata sempurna. Oleh sebab itu, penulis
mengharapkan kritik, saran, serta usulan demi perbaikan dan penyempurnaan makalah ini,
mengingat tidak ada sesuatu yang sempurna tanpa adanya kritik dan saran yang membangun.
Terimakasih, semoga segala amalan dan perbuatan yang hendak dan telah dilakukan selalu
diberkahi dan dipermudah oleh Allah, Tuhan (YME). Aamiin..

Jakarta, November 2019

Penulis

iii
 BAB I
PENDAHULUAN
1.1 Latar belakang
Enzim merupakan katalisator protein yang mempercepat reaksi kimia dalam
makhluk hidup atau dalam sistem biologik. Di dalam tubuh makhluk hidup, enzim
memiliki peranan yang sangat penting. Enzim memiliki fungsi sebagai biokatalisator yaitu
mempercepat proses suatu reaksi kimia tanpa ikut terlibat dalam reaksi tersebut.
Maksudnya, enzim tidak ikut berubah menjadi produk melainkan akan kembali ke bentuk
asalnya setelah reaksi kimia selesai. Enzim mengubah molekul awal zat, substrat, menjadi
hasil reaksi yang molekulnya berbeda dari molekul awal (produk). Melalui mekanisme dan
cara kerja yang sedemikian rumit, enzim bekerja dalam mempengaruhi proses pencernaan
setiap makanan yang dikonsumsi makhluk hidup.

Cara kerja enzim sebagai biokatalisator dilakukan melalui percepatan reaksi

dengan cara menurunkan energi yang diperlukan untuk berlangsungnya reaksi kimia di
dalam sel hidup. Cara kerja enzim tersebut terbilang unik, meskipun enzim ikut serta dalam
reaksi dan mengalami perubahan fisik selama reaksi, enzim akan tetap kembali ke keadaan
semula jika proses reaksi telah selesai.

Oleh karena itu, sudah tidak diragukan bahwa enzim memiliki peran yang sangat
penting dalam kehidupan ditinjau dari cara kerja serta manfaatnya. Tidak hanya dalam
kehidupan manusia, tetapi bagi hewan dan tumbuhan.
Di dalam makalah ini kami akan membahas apa saja hal-hal penting yang menjadi
bahasan pada teori kecocokan induksi pada mekanisme pembentukan enzim.

1.2 Rumusan Masalah

Berdasarkan latar belakang tersebut, rumusan masalah pada makalah ini antara lain:
1. Apa yang dimaksud dengan enzim dan sisi aktif enzim?
2. Bagaimana mekanisme pembentukan enzim?

1.3 Tujuan
Makalah ini ditulis dengan tujuan sebagai berikut:

1. Mengetahui apa yang dimaksud dengan enzim dan sisi aktif enzim.
2. Mengetahui mekanisme pembentukan enzim.

1
 BAB II
PEMBAHASAN
2.1 Enzim
Enzim sudah dikenal sejak dahulu dalam berbagai proses seperti pembuatan
minuman anggur yang menggunakan cara fermentasi. Istilah enzim didapat dari kata in
dan zyme yang merujuk pada artian ‘di dalam ragi’ yang hingga kini masih digunakan
sebagai istilah katalis dalam reaksi biokimia. Enzim diketahui merupakan protein sejak
tahun 1926 berkat jasa Sumner yang berhasil mengisolasi urease, suatu enzim yang
berfungsi menguraikan urea menjadi CO2 dan NH3. Seiring pengetahuan tentang enzim
yang semakin berkembang diketahui bahwa enzim kebanyakan memiliki gugus bukan
protein sehingga disebut holoenzim. Struktur holoenzim disusun atas protein (apoenzim)
serta gugus bukan protein seperti logam, ferriprotorfirin, dan sebagainya (Poedjadi, A. dan
Supriyanti, F. M. T. 2006).
Proses biologis yang terjadi dalam semua organisme hidup adalah reaksi kimia,
dan sebagian besar diatur oleh enzim. Tanpa enzim, banyak dari reaksi ini tidak akan
terjadi pada tingkat yang jelas. Enzim mengkatalisasi semua aspek metabolisme sel. Ini
termasuk pencernaan makanan, di mana molekul nutrisi besar (seperti protein, karbohidrat,
dan lemak) dipecah menjadi molekul yang lebih kecil; konservasi (penggunaan energy
secara efisien dan sesuai dengan keperluan) dan transformasi (perubahan) energi kimia;
dan pembangunan makromolekul seluler dari prekursor yang lebih kecil. Banyak penyakit
manusia yang diturunkan, seperti albinisme dan fenilketonuria, hasil dari kekurangan
enzim tertentu. Menurut Linuwih (2015), albinisme adalah kelainan yang menghalangi
produksi melanin yang mengakibatkan sediktnya atau tidak adanya pigmen pada kulit,
rambut, dan mata. Menurut Sudiana (2008), fenilketonuria adalah penyakit genetic dimana
penderita tidak dapat memetabolisme fenilalanin secara baik karena tubuh tidak
mempunyai enzim fenilalanin hidroksilase yang mengoksidasi fenilalanin menjadi tirosin

Enzim juga memiliki peran penting dalam aplikasi industri dan medis. Fermentasi
anggur, ragi roti, penggumpalan keju, dan pembuatan bir telah dilakukan sejak awal, tetapi
tidak sampai abad ke-19 reaksi ini dipahami sebagai hasil dari aktivitas katalitik enzim.
Sejak itu, enzim menjadi semakin penting dalam proses industri yang melibatkan reaksi
kimia organik. Penggunaan enzim dalam obat-obatan termasuk membunuh
mikroorganisme penyebab penyakit, penyembuhan luka, dan mendiagnosis penyakit
tertentu. Semua enzim pernah dianggap protein, tetapi sejak 1980-an aksioma tersebut
disangkal karena telah ada pembuktian dari kemampuan katalitik asam nukleat tertentu,
yang disebut ribozim (atau RNA katalitik).

2.2 Cara Kerja Enzim

Enzim memiliki fungsi sebagai katalis untuk reaksi biokimia yang berlangsung
baik di dalam sel maupun di luar sel. Reaksi dengan menggunakan enzim dapat
berlangsung hingga 1011 kali lebih cepat daripada reaksi tanpa enzim. Sebagaimana katalis
pada umumnya, enzim menyebabkan penurunan energi aktivasi pada reaksi kimia. Dengan
harga energi aktivasi yang diturunkan maka reaksi dapat terjadi lebih mudah atau cepat
(Poedjadi, A. dan Supriyanti, F. M. T. 2006).

2
2.3 Sisi Aktif Enzim (Active Site)
Menurut Suhara (2008), sisi aktif enzim (active site) adalah bagian dari molekul
enzim tempat berikatannya substrat, untuk membentuk kompleks enzim-substrat, dan
selanjutnya membentuk produk akhir. Sisi aktif suatu enzim berbentuk tiga dimensi, sering
berupa lekukan pada permukaan protein enzim, tempat substrat berikatan secara lemah.
Substrat berikatan dengan sisi aktif suatu enzim melalui beberapa bentuk ikatan kimia
yang lemah (misalnya interaksi elektrostatik, ikatan hidrogen, ikatan van der Waals, dan
interaksi hidrofobik). Setelah berikatan dengan bagian sisi aktif enzim, substrat bersama-
sama enzim kemudian membentuk suatu kompleks enzim-substrat, selanjutnya terjadi
proses katalisis oleh enzim untuk membentuk produk. Ketika produk sudah terbentuk
enzim menjadi bebas kembali untuk selanjutnya bereaksi kembali dengan substrat
(Gambar 1).

Gambar 1: Mekanisme kerja enzim

Sedangkan menurut Marks et al (2000), untuk mengkatalisis suatu reaksi
kimia, enzim berikatan dengan substrat dan membentuk kompleks enzim-substrat
(Gambar 2). Reaksi berlangsung di suatu daerah dinamik pada enzim yang berukuran
relatif kecil, yaitu tempat aktif atau tempat katalitik. Kedekatan dan orientasi molekul
substrat dalam tempat aktif ikut berperan menentukan daya katalitik enzim. Tempat
aktif juga dapat mengandung kofaktor, yang merupakan senyawa organik nonprotein
atau logam yang ikut serta dalam reaksi. Interaksi antara substrat dan gugus
fungsional reaktif pada residu asam amino atau kofaktor enzim akan mendorong
penyusunan kembali elektronik yang penting untuk reaksi. Misalnya, suatu rantai sisi
asam amino mungkin memisahkan sebuah proton dari substrat, atau membentuk zat
antara kovalen dengan substrat.

Klasifikasi Enzim Berdasarkan Jenis Reaksi yang Dikatalisis

NO KELOMPOK ENZIM JENIS REAKSI
1 Oksidoreduktase Pemindahan elektron (sebagai e, atom hidrogen, atau
ion hidrida) dari satu senyawa ke suatu akseptor.
2 Transferase Pemindahan sebuah gugus fungsional, misalnya gugus
asil, amino, metil, atau fosfat.

3
 3 Hidrolase
4 Liase
5 Isomerase
6 Ligase
Pemisahan ikatan C-O, C-N, atau C-S dengan
penambahan H,O pada ikatan.
Penambahan gugus ke ikatan rangkap atau
pembentukan ikatan rangkap.
Pemindahan gugus di dalam molekul untuk
menghasilkan bentuk isomerik.
Pembentukan ikatan C-C, C-S, C-O, dan C-N disertai
penguraian ikatan berenergi tinggi, misalnya ATP.

Tempat aktif terletak di pecahan, celah, atau rongga pada enzim. Susunan ruang
semacam ini menyebabkan air dapat dikeluarkan dan memungkinkan gugus fungsional
mendekati substrat yang bereaksi dari tiga-dimensi. Enzim dan substrat yang telah
diaktifkan membentuk kompleks stadium transisi, suatu kompleks berenergi tinggi
yang tidak stabil dengan konfigurasi elektronik yang tegang antara substrat dan produk
(lihat Gambar 2C). Gugus fungsional di dalam tempat aktif menstabilkan kompleks
stadium transisi tersebut dan menurunkan energi yang diperlukan untuk
pembentukannya. Kompleks stadium transisi terurai menjadi produk, yang melepaskan
diri dari enzim. Enzim bebas kemudian mengikat set substrat lain dan mengulang proses
tersebut.

Berikut penjelasan untuk Gambar 2:

A. Enzim mengandung sebuah tempat aktif, yang
diperlihatkan dalam warna abu-abu tua, dengan
ranah (domain) tempat substrat terikat. Tempat
aktif juga dapat mengandung kofaktor, komponen
nonprotein yang membantu proses katalisis.
B. Substrat membentuk ikatan dengan residu asam
amino di tempat pengikatan substrat, yang
diperlihatkan dengan warna abu-abu muda.
Pengikatan substrat ini mencetuskan perubahan
konformasi tempat aktif.
C. Gugus fungsional pada residu asam amino dan
kofaktor di tempat aktif berpartisipasi dalam
reaksi. Selama reaksi, enzim membentuk suatu
kompleks stadium transisi tegang yang distabilkan
oleh ikatan tambahan dengan enzim, yang
digambarkan dengan warna abu-abu.
D. Setelah produk reaksi dibebaskan, enzim kembali
ke konformasi asalnya.

Gambar 2. Reaksi di tempat aktif

enzim.

4
2.4 Spesifisitas Enzim
Spesifisitas suatu reaksi enzimatik timbul akibat susunan tiga-dimensi residu
asam amino pada enzim yang membentuk tempat pengikatan untuk substrat dan
mengaktifkan substrat selama reaksi berlangsung. Model "kunci-anak kunci dan
"induced-fit" untuk pengikatan substrat menjelaskan aspek yang berlainan dari interaksi
pengikatan antara enzim dan substrat. Dua model telah diusulkan untuk menjelaskan
bagaimana cara kerja enzim berikatan dengan substrat:

1) Model Kunci dan Anak Kunci pada Pengikatan Substrat

Model kunci – dan anak kunci (Lock and key model) yang diusulkan oleh
Emil Fisher pada tahun 1894, yang menyatakan bahwa bentuk molekul substrat
dengan sisi aktif enzim serupa dengan anak kunci dengan kuncinya. (Gambar 3a)

Tempat pengikatan substrat mengandung residu asam amino yang tersusun

membentuk permukaan tiga-dimensi komplementer yang mengikat substrat
melalui interaksi hidrofobik multiple, interaksi elektrostatik, dan ikatan hidrogen
(Gambar 4 dan 5). Residu asam amino ini dapat berasal dari bagian yang sangat
berlainan pada urutan asam amino linear dari enzim, seperti yang tampak pada
glukokinase (lihat Gambar 5). Rintangan sterik dan penolakan muatan di tempat
pengikatan substrat bahkan dapat mencegah pengikatan senyawa yang
berhubungan erat. Pada model kunci-dan-anak kunci, komplementeritas (saling
mengisi) antara substrat dan tempat pengikatannya dibayangkan seperti anak kunci
yang masuk ke dalam kunci yang kaku.

2) Model "Induced Fit" pada Pengikatan Substrat

Model ketepatan yang terinduksi (Induced-fit model) diusulkan pada
tahun 1958 oleh Daniel E. Koshland, Jr. yang menyatakan bahwa terikatnya
substrat menyebabkan perubahan konformasi pada bagian sisi aktif enzim. Teori
ini berasumsi bahwa substrat berperan dalam menentukan bentuk akhir enzim dan
bahwa sebagian enzim bersifat fleksibel. Pada beberapa enzim, bentuk sisi aktif
berubah pada saat molekul substrat melekat, yaitu menyesuaikan bentuk substrat.
Dengan demikian, permukaan molekul substrat akan sesuai dengan sisi aktif enzim
(Gambar 3b).

Gambar 3: Proses terikatnya substrat pada enzim (a) model anak kunci – kuncinya,
(b) induced – fit model

5
Gambar 4. Tempat pengikatan kimotripsin dan tripsin. Protein substrat digambarkan
berwarna abu-abu dan nama residu asam amino enzim terletak di daerah yang
diarsir. A. Kimotripsin menghidrolisis ikatan peptida pada sisi karbonil
fenilalanin, tirosin, atau triptofan pada protein yang telah mengalami
denaturasi. Ikatan yang diputuskan disebut ikatan scissile. Residu asam amino
hidrofobik masuk pas ke dalam kantong pengikatan di tempat aktif yang disebut
sebagai tempat pengenalan substrat. Protein substrat yang telah mengalami
denaturasi dipegang secara erat oleh ikatan hidrogen dengan rangka peptida
kimotripsin. Pengikatan substrat mencetuskan perubahan konformasi
kimotripsin yang memindahkan serin-195 ke posisi di mana serin-195 dapat
diaktifkan untuk membentuk zat antara kovalen. B. Pada tripsin, kantong
pengikatan pada tempat pengenalan substrat mengandung sebuah aspartat,
yang mengikat arginin atau lisin pada protein substrat. Bagian lain dari tempat
aktif ini sama dengan yang terdapat pada kimotripsin.

6
 Gambar 5. Tempat pengikatan glukosa pada glukokinase. A. Glukosa, yang
diberi warna abu-abu, dipegang di tempat pengikatannya oleh
ikatan hidrogen antara masing-masing gugus hidroksil dan asam
amino polar dari regio yang berbeda pada urutan asam amino
enzim. (Posisi residu asam amino di urutan linear diberi tanda
angka). Interaksi multipel tersebut memungkinkan glukosa
mencetuskan perubahan besar pada konformasi enzim. B.
Spesifisitas enzim dilukiskan dengan membandingkan galaktosa
dan glukosa. Galaktosa berbeda dari glukosa hanya pada posisi
gugus -OH yang digambarkan berwarna abu-abu. Namun, galaktosa
tidak mengalami fosforilasi oleh enzim. Oleh karena itu, sel
memerlukan galaktokinase untuk metabolisme galaktosa.

Sewaktu substrat terikat, hampir semua enzim mengalami perubahan

konformasi, "induced fit", yang menyebabkan reposisi rantai sisi asam amino di tempat
aktif dan meningkatkan jumlah interaksi pengikat (lihat Gambar 3). Model induced fit
untuk pengikatan substrat mengakui bahwa tempat pengikatan substrat bukanlah
"kunci" yang kaku, tetapi suatu permukaan dinamik yang terbentuk oleh struktur tiga-
dimensi enzim keseluruhan yang fleksibel.
Fungsi perubahan konformasi yang diinduksi oleh pengikatan substrat biasanya
adalah untuk menyusun ulang residu asam amino di tempat aktif melalui cara-cara yang
mendorong berlangsungnya reaksi. Misalnya, induced fit yang terjadi setelah glukosa
terikat ke glukokinase atau heksokinase menyebabkan perubahan konformasi enzim
keseluruhan yang mengakibatkan air keluar dari tempat aktif (lihat Gambar 6).

7
 Gambar 6. Perubahan konformasional yang dicetuskan oleh pengikatan glukosa ke
heksokinase. Enzim bebas (A). Dengan glukosa terikat (B).

Induced fit yang terjadi setelah pengikatan substrat ke kimotripsin

menyebabkan pemindahan serin di tempat aktif ke posisi di mana serin dapat diaktifkan
dan berpartisipasi dalam reaksi (lihat Gbr. 9.7). Induced fit dapat menyebabkan
perubahan konformasi yang menyempurnakan tempat pengikatan suatu kosubstrat, atau
menyebabkan perubahan konformasi di subunit enzim di dekatnya (misal, hemoglobin,
lihat Bab 8). Oleh karena itu, interaksi multipel antara substrat dan enzim di tempat
pengikatan enzim, berfungsi untuk pengenalan substrat dan untuk menyusun kembali
tempat aktif bagi tahap reaksi selanjutnya.

2.5 Daya Katalitik

Berbagai enzim mencapai daya katalitiknya dengan menggunakan jenis strategi
katalitik yang sama, atau mekanisme umum, untuk meningkatkan kecepatan reaksi.
Salah satu strategi katalitik ini, kedekatan dan orientasi adalh sifat intrinsic dari
pengikatan substrat dan bagian dari mekanisme katalitik semua enzim. Semua enzim
juga menstabilkan stadium transisi melalui interaksi elektrostatik. Mekanisme katalitik
kimotripsin dapat memberikan penjelasan mengenai berbagai strategi katalitik tersebut.
Kimotripsin menggunakan kedekatan dan orientasi, stabilisasi stadium transisi,
katalisis asam-basa, katalisis kovalen, dan katalisis nukleofilik untuk meningkatkan
kecepatan reaksi.

8
 BAB III
PENUTUP
3.1 Kesimpulan
Berdasarkan teori induksi pas (induced fit), enzim diibaratkan dapat melakukan
penyesuaian bentuk untuk berikatan dengan suatu substrat. Molekul enzim mempunyai sisi
aktif tempat menempelnya substrat sehingga terbentuklah molekul kompleks enzim substrat.
Hal ini ditujukan untuk meningkatkan kecocokan dengan substrat dan membuat ikatan antara
enzim dan substrat menjadi lebih reaktif.

3.2 Saran
Adapun saran dari makalah ini ialah mengangkat lebih banyak topik bahasan agar
pembahasan yang diulas juga cukup banyak.

9
 DAFTAR PUSTAKA
Marks, D. B., Marks, A. D., dan Smith, C. M. Alih bahasa oleh Brahm, U. 2000. Biokimia
Kedokteran Dasar: Sebuah Pendekatan Klinis. Jakarta: EGC
Sudiana, I Ketut. 2008. Patobiologi Molekuler. Jakarta: Salemba Medika
Suhara. 2008. Dasar-Dasar Biokimia. Bandung: Prisma Press
Linuwih, Sri. 2015. Ilmu Penyakit Kulit dan Kelamin. Jakarta: UI Press

Poedjadi, A. dan Supriyanti, F. M. T. 2006. Dasar-dasar Biokimia Edisi Revisi. Jakarta:

Penerbit Universitas Indonesia

10