’’METABOLISME’’
(Diajukan untuk Memenuhi Tugas Mata Kuliah Mikrobiologi)
Dosen Pengampuh :
Disusun oleh :
Kelompok 13
Puji syukur kami panjatkan kepada Tuhan yang Maha kuasa, karena dengan rahmat dan
karunianya peyusunan makalah yang berjudul ‘’METABOLISME ’’ dapat kami selesaikan
dengan baik.
Dalam makalah ini membahas mengenai Metabolisme dan diharapkan dapat
mengembangkan wawasan dengan cara mencari informasi tentang ekosistem perairan dari
berbagai macam pembahasan dari dalam dan luar untuk mendapatkan informasi yang lebih dari
pada makalah ini.
Kami juga menyadari bahwa masih banyak terdapat kekurangan dalam makalah ini, oleh
karena itu kami senangtiasa mengharapkan masukan dari Dosen mata kuliah dan seluru
Mahasiswa untuk penyempurnaan makalah ini.
Penulis
DAFTAR ISI
KATA PENGANTAR.....................................................................................................
DAFTAR ISI....................................................................................................................
BAB I PENDAHULUAN................................................................................................
A. Latar Belakang......................................................................................................
B. Rumusan Masalah.................................................................................................
C. Tujuan...................................................................................................................
DAFTAR PUSTAKA......................................................................................................
BAB I
PENDAHULUAN
A. Latar Belakang
Dalam kehidupan, mahluk hidup memerlukan energi yang diperoleh dari proses
metabolisme. Metabolisme adalah suatu ciri yang dimiliki makhluk hidup yang merupakan
serangkaian reaksi kimia di dalam sel. Reaksi-reaksi ini tersusun dalam jalur-jalur metabolisme
yang rumit dengan mengubah molekul-molekul melalui tahapan-tahapan tertentu. Secara
keseluruhan metabolisme bertanggung jawab terhadap pengaturan materi dan sumber energi
dari sel. Metabolisme terjadi pada semua mahluk hidup termasuk kehidupan mikroba.
Metabolisme merupakan serentetan reaksi kimia yang terjadi dalam sel hidup. Dalam
metabolisme ada dua fase yaitu katabolisme dan anabolisme. Secara menyeluruh sebagian besar
katabolisme adalah respirasi seluler di mana glukosa dan bahan bakar organik yang lain dipecah
menjadi karbon dan air dengan membebaskan energi. Energi yang diperoleh disimpan dalam
molekul-molekul organik dan digunakan untuk melakukan kerja dari sel. Kebalikan dari
katabolisme adalah anabolisme, yang merupakan serangkaian reaksi-reaksi kimia yang
membutuhkan energi untuk membentuk molekul-molekul besar dari molekul-molekul yang
lebih kecil, misalnya pembentukan protein dari asam amino.
Bila dalam suatu reaksi menghasilkan energi maka disebut reaksi eksergonik dan
apabila untuk dapat berlangsungnya suatu reaksi diperlukan energi reaksi ini disebut reaksi
endergonik. Kegiatan metabolisme meliputi proses perubahan yang dilakukan untuk sederetan
reaksi enzim yang berurutan. Untuk mempercepat laju reaksi-reaksi diperlukan enzim-enzim
tertentu pada setiap tahapan reaksi.
B. RUMUSAN MASALAH
1. apa itu anabolisme dan katabolisme?
2. apa yang di maksud dengan enzim?
3. apa itu metode produksi energi?
4. yang di maksud dengan konsep oksidasi dan reduksi adalah?
5. jelaskan tentang proses pembangkitan ATP!
6. sebutkan jalur jalur metabolisme!
C. TUJUAN
1.untuk mengetahui apa itu anabolisme dan katabolisme.
2.untuk mengetahui apa yang di maksud dengan enzim.
3. mengetahui apa itu metode produksi energi.
4. agar mengetahui konsep oksidasi dan reduksi.
5. untuk mengetahui tentang proses pembangkitan ATP
6. agar memahami tentang jalur jalur metabolisme
BAB II
PEMBAHASAN
Keseluruhan bagian enzim yang disebut holoenzim tersusun atas dua komponen utama, yaitu
komponen protein (apoenzim) dan komponen nonprotein (gugus prostetik). Fungsi enzim
sangat ditentukan oleh gugus apoenzimnya karena pada bagian tertentu merupakan tempat
melekatnya substrat dan sekaligus tempat mereksikan substrat. Bagian pada gugus protein yang
berfungsi sebagai pusat katalitik enzim disebut sisi aktif. Komponen nonprotein (gugus
prostetik) dibedakan menjadi gugus kofaktor dan koenzim. Gugus kofaktor tersusun atas zat
anorganik yang umumnya berupa logam, misalnya Cu, Fe, Mn, Zn, Ca, K dan Co. Gugus
koenzim merupakan senyawa organik nonprotein yang tidak melekat erat pada bagian protein
enzim, contohnya NAD, NADP dan koenzim A.
Ada dua tipe enzim, yaitu eksoenzim atau enzim ekstraseluler atau enzim di luar sel dan
endoenzim atau enzim intraseluler atau enzim di dalam sel. Fungsi utama dari eksoenzim
adalah melangsungkan perubahan-perubahan pada nutrien di sekitarnya sehingga
memungkinkan nutrien tersebut memasuli sel; dengan mengambil zat makanan yang ada di
sekeliling sel. Misalnya, enzim amilase menguraikan zat pati menjadi unit-unit gula yang lebih
kecil.
Sedangkan fungsi endoenzim untuk mensintesis bahan seluler dan menguraikan nutrien untuk
menyediakan energi yang dibutuhkan oleh sel, misalnya heksokinase mengkatalisis fosforilase glukosa
dan heksosa (senyawa-senyawa gula sederhana) di dalam sel.
a. sifat enzim
Sebagai molekul zat yang mempunyai peranan besar dalam metabolisme, enzim memiliki beberapa
sifat penting, di antaranya sebagai berikut:
1) Enzim adalah Suatu Protein
Ini terbukti karena enzim di dalam larutan membentuk suatu koloid. Keadaan ini akan memungkinkan
luasnya permukaan enzim sehingga bidang aktivitasnya juga besar.
2) Bekerja Secara Khusus (Spesifik)
Enzim tertentu hanya dapat mempengaruhi reaksi tertentu dan tidak dapat mempengaruhi reaksi
lainnya. Sebagai contoh: di dalam usus rayap terdapat protozoa yang menghasilkan enzim selulase
sehingga rayap dapat hidup dengan makan kayu karena dapt mencerna selulosa (salah satu jenis
karbohidrat/polisakarida). Sebaliknya manusia tidak dapat mencerna kayu, meskipun mempunyai enzim
amilase, yaitu enzim yang dapat mencerna amilum/pati (yang juga merupakan jenis polisakarida). Enzim
amilase dan selulase masing-masing bekerja secara khusus.
3) Enzim sebagai Katalisator. Artinya sebagai zat yang mampu mempercepat reaksi kimia, tetapi
enzim tidak ikut bereaksi. Dengan demikian, enzim tidak diperlukan dalam jumlah yang banyak. Dalam
jumlah sedikit saja enzim telah menyelenggarakan suatu perubahan zat yang beribu-ribu kali lebih berat
daripada berat molekulnya sendiri. Contohnya, sebuah molekul enzim katalase mampu mengubah 5 juta
molekul H2O2 tanpa enzim itu mengalami perubahan.
4) Dapat digunakan Berulang Kali
Enzim dapat digunakan berulang kali karena enzim tidak berubah pada saat terjadi reaksi. Meskipun
dalam jumlah sedikit, adanya enzim dalam suatu reaksi yang dikatalisirnya akan mempercepat reaksi,
karena enzim yang telah bekerja dalam reaksi tersebut dapat digunakan kembali.
5) Rusak oleh Panas
Enzim adalah suatu protein yang dapat rusak oleh panas disebut denaturasi. Kebanyakan enzim rusak
pada suhu di atas 50°C. Reaksi kimia akan meningkat dua kali lipat dengan kenaikan suhu sebesar 10°C.
Kenaikan suhu di atas suhu 50°C tidak dapat meningkatkan reaksi yang dikatalisir oleh enzim, tetapi
justru menurunkan atau menghentikan reaksi tersebut. Hal ini disebabkan enzimnya rusak sehingga enzim
tersebut tidak dapat bekerja. Demikian juga pada suhu rendah, suhu rendah tidak merusak enzim tetapi
hanya tidak aktif saja.
6) Dapat Bekerja Bolak-Balik
Umumnya enzim dapat bekerja secara bolak-balik. Artinya, suatu enzim dapat bekerja menguraikan
suatu senyawa menjadi senyawa-senyawa lain dan sebaliknya dapat pula bekerja menyusun senyawa-
senyawa itu menjadi senyawa semula. Pada tumbuhan, proses fotosintesis menghasilkan glukosa. Apabila
glukosa yang dihasilkan dalam jumlah banyak, maka glukosa tersebut diubah dan disimpan dalam bentuk
pati. Pada saat diperlukan, misalnya untuk pertumbuhan, pati yang disimpan sebagai cadangan makanan
tersebut diubah kembali menjadi glukosa.
Reaksi enzimatis akan berlangsung apabila substrat tersedia dan bagian sisi aktif enzim dalam keadaan
kosong. Substrat akan memasuki bagian sisi aktif enzim dan bagian sisi aktif tersebut akan mengalami
perubahan bentuk dengan mengelilingi substrat. Kemudian terbentuklah ikatan lemah enzim-substrat. Di
dalam sisi aktif, substrat akan diubah menjadi produk, selanjutbya akan dilepaskan dari enzim. Begitu
seterusnya sampai bagian sisi aktif tersebut dapat ditempati oleh substrat yang lain.
Faktor-faktor yang berpengaruh pada kerja enzim adalah suhu, pH, zat penghambat
(inhibitor), konsentrasi substrat dan hasil akhir.
1) Suhu
Peningkatan suhu dapat meningkatkan kecepatan reaksi sampai batas suhu tertentu. Hal ini
disebabkan jika molekul bergerak lebih cepat, maka substrat akan berikatan lebih cepat pada sisi aktif.
Setelah melewati batas suhu tertentu, enzim akan mengalami denaturasi. Denaturasi adalah perubahan
struktur secara kimiawi karena terjadi gangguan pada ikatan hidrogen, ikatan ionik dan ikatan lemah
lainnya yang menyebabkan struktur enzim rusak. Jika kenaikan suhu terus terus menerus, maka
kemampuan kerja enzim menurun, bahkan berhenti. Demikian pula jika terjadi penurunan suhu, maka
enzim tidak bisa bekerja karena menjadi tidak aktif pada suhu rendah (0°C atau di bawahnya), tetapi
tidak rusak. Jika suhunya kembali normal enzim mampu bekerja kembali. Setiap enzim mempunyai
suhu optimum tertentu, yaitu suhu yang paling baik untuk melangsungkan reaksi secara maksimal.
Enzim bekerja optimal pada suhu 30°C atau pada suhu tubuh.
2) pH (Derajat Keasaman)
Enzim bekerja optimal pada pH tertentu, umumnya pada pH netral. Pada kondisi asam atau basa, kerja
enzim terhambat. Agar enzim dapat bekerja secara maksimal, pada penelitian/percobaan yang
menggunakan enzim, kondisi pH larutan dijaga agar tidak berubah, yaitu dengan menggunakan
larutan penyangga (buffer).
4) Konsentrasi Substrat
Jumlah substrat yang berlebihan dapat menyebabkan penurunan kerja enzim. Biasanya, sel akan
menambah jumlah enzim dengan cara melakukan sintesis enzim untuk mengatasi hambatan tersebut.
5) Hasil akhir
Kerja enzim dipengaruhi hasil akhir. Hasil akhir yang menumpuk menyebabkan enzim sulit “bertemu’
dengan substrat. Semakin menumpuk hasil akhir, semakin lambat kerja enzim.
Ph dan suhu
Kosentraasi substrat
d. peranan dan penamaan enzim
1. Oksidoreduktase
Reaksi katalitiknya adalah dalam reaksi transfer elektron (pemindahan elektron atau atom hidrogen).
Enzim ini terbagi menjadi enzim oksidase dan enzim reduktase. Enzim oksidase terbagi menjadi
kelompok kecil enzim dehidrogenase dan katalase. Enzim dehidrogenase memegang peranan penting
dalam pengubahan zat-zat organik menjadi hasil-hasil oksidasi.
Enzim katalase menguraikan hidrogen peroksida menjadi air dan hidrogen.
2. Transferase
Enzim transferase mentransfer gugusan kimia fungsional (fosfat, amino, metil, dsb) dari suatu
substrat ke substrat lain. Reaksi pemindahan ini tidak menghasilkan energi, tetapi mengubah substrat
menjadi senyawa yang dapat dioksidasi atau menjadi senyawa yang dapat digunakan untuk sintesis
material sel. Salah satu enzim yang termasuk dalam transferase yakni enzim transaminase, yang
berperan memindahkan gugusan amina dari suatu asam amino ke suatu asam organik sehingga hasil
terakhir berubah menjadi suatu asam amino.
3. Hidrolase
Enzim hidrolase merupakan sekumpulan enzim yang menguraikan suatu zat dengan pertolongan air,
disebut hidrolase karena enzim ini menghidrolisis molekul-molekul besar menjadi komponen-
komponen kecil yang dapat digunakan. Berdasarkan substrat yang diuraikan, enzim hidrolase dibagi
atas kelompok kecil yakni enzim karbohidrase, esterase dan proteinase.
5. Isomerase
Enzim Isomerase berperan dalam reaksi isomerasi (pengubahan suatu senyawa menjadi isomernya,
misalnya senyawa yang memiliki atom-atom yang sama tetapi berbeda struktur molekulnya).
6. Ligase
Enzim ligase berperan dalam reaksi penggabungan dua molekul menjadi satu molekul atau
pembentukan ikatan disertai pemecahan atau penambahan ATP (adenin triphosphat).
e. pengendalian enzim
Enzim bekerja secara serentak dan terkoordinasi sehingga semua kegiatan kimiawi dalam sel menjadi
saling terpadu. Salah satu akibatnya yang jelas adalah sel hidup membutuhkan dan menguraikan
bahan-bahan yang dibutuhkan bagi metabolisme dan pertumbuhan normal. Hal ini mengisyaratkan
adanya mekanisme pengendalian metabolisme selular yang tepat yang pada akhirnya menyangkut
pengendalian kegiatan enzim. Aktivitas enzim dapat diatur melalui 2 cara, yaitu pengendalian katalis
secara langsung dan pengendalian genetik.
Pengendalian langsung mekanisme katalitik itu terjadi dengan mengubah konsentrasi substrat atau
reaktan. Artinya, jika konsentrasi substrat bertambah, maka laju reaksi meningkat sampai tercapai
suatu nilai pembatas dan jika produk menumpuk maka laju reaksi menurun.
Pangendalian langsung melalui penggandengan dengan proses-proses lain, maksudnya adalah
pengaturan oleh ligan (molekul yang dapat terikat pada enzim) yang tidak ikut berperan dalam proses
katalitik itu sendiri. Ada berbagai macam pengendalian seperti itu, diantaranya:
1. Hambatan arus balik, ligan pengaturnya adalah produk akhir suatu lintasan metabolik yang
dapat menghentikan sintesisnya sendiri dengan cara menghambat aktivitas salah satu enzim pada awal
lintasan biosintetiknya.
2. Aktivasi prekursor, ligan pengaturnya merupakan prekursor pertama suatu lintasan.
3. Pengendalian yang berkaitan dengan energi, ligan pengaturnya adalah reaksi-reaksi yang
berkaitan dengan energi .
4. Sifat-sifat pengikatan enzim pengatur, tidak semua enzim merupakan enzim pengatur yang
aktivitasnya dapat dikendalikan secara langsung. Enzim tersebut dapat dipengaruhi oleh metabolit
pengatur. Enzim pengatur disebut enzim alosterik. Enzim yang berperan pada waktu sel beradaptasi
pada lingkungan yang berubah dalah induksi dan represi enzim.
Pengendalian genetis memiliki dua proses, yaitu induksi dan represi enzim. Untuk terjadinya sintesis
enzim dibutuhkan suatu induser, yaitu substansi berberat molekul rendah dan bisa berupa substrat atau
senyawa dari reaksi yang dikatalis oleh enzim yang bersangkuatan, prosesnya disebut induksi. Bila
substansi berberat molekul rendah baik produk ataupun senyawa yang sekerabat bagi reaksi yang
bersangkutan, berlaku sebagai korepressor dengan cara mencegah sintesis enzim tersebut, disebut
represi.
Sel-sel bakteri seperti halnya sel semua organisme hidup, umumnya melakukan aktivitas kehidupan
untuk kelangsungan hidupnya. Semua sel membutuhkan suatu sumber energi. Walaupun sangat beraneka
ragam jenis substansi yang berperan sebagai sumber energi bagi mikroorganisme, namun terdapat pola
dasar metabolisme yang sangat sederhana yaitu terjadi perubahan dari satu bentuk energi yang kompleks
menjadi bentuk energi yang lebih sederhana, sehingga dapat masuk ke dalam rangkaian metabolik.
Bakteri dapat mengubah zat kimia dan energi radiasi kebentuk yang berguna untuk kehidupannya
melalui proses respirasi, fermentasi dan fotosintesis. Dalam respirasi, molekul oksigen adalah
penerima elektron utama, sementara dalam fermentasi molekul bahan makanan biasanya pecah
menjadi dua bagian, dimana yang satu kemudian dioksidasi oleh yang lainnya. Dalam fotosintesis,
energi cahaya diubah menjadi energi kimia. Bagaimanapun, dalam semua jenis sel dan tanpa
menghiraukan mekanisme yang digunakan untuk mengekstrak energi, reaksi tersebut diiringi oleh
pembentukan Adenosine Triphosphate (ATP). ATP adalah perantara yang umum (reaktan) baik
dalam reaksi yang menghasilkan energi maupun reaksi-reaksi yang membutuhkan energi dan
pembentukannya memerlukan mekanisme dimana energi yang tersedia dapat disalurkan kedalam
reaksi biosintesis dari sel yang memerlukan energi.
1. Respirasi
Respirasi merupakan proses disimilasi, yaitu proses penguraian zat yang membebaskan
energi kimia yang tersimpan dalam suatu senyawa organik. Dalam proses ini, terjadi
pembongkaran suatu zat makanan sehingga menghasilkan energi yang diperlukan oleh
organisme tersebut. Saat molekul terurai menjadi molekul yang lebih kecil, terjadi pelepasan
energi, reaksinya disebut eksorgenik. Respirasi merupakan salah satu dari reaksi katabolik.
Berdasarkan kebutuhan terhadap oksigen bebas, respirasi dibedakan atas dua macam, yaitu:
Respirasi aerob, yaitu respirasi yang membutuhkan oksigen bebas. Pada proses ini, oksigen
merupakan senyawa penerima hidrogen akhir.
Respirasi anaerob, yaitu respirasi yang tidak membutuhkan oksigen bebas. Pada proses ini,
senyawa seperti asam piruvat dan asetaldehid berfungsi sebagai penerima hidrogen terakhir.
A. Respirasi Aerob
Respirasi secara aerob, terjadi didalam sitoplasma dan berlangsung melalui empat tahap, yaitu:
1) Glikolisis
Glikolisis merupakan pengubahan glukosa menjadi piruvat dan ATP tanpa membutuhkan
oksigen. Proses glikolisis terdiri atas 10 tahap, yaitu:
a) Tahap 1: Glukosa yang masuk kedalam sel mengalami fosfolirasi dengan bantuan enzim
heksokinase dan menghasilkan glukosa 6-fosfat. Untuk keperluan ini ATP diubah menjadi ADP
agar diperoleh energi.
b) Tahap 2: Glukosa 6-fosfat diubah oleh enzim fosfoglukoisomerase menjadi bentuk isomernya
berupa fruktosa 6-fosfat.
c) Tahap 3: Dengan menggunakan energi hasil perubahan ATP menjadi ADP, fruktosa 6-fosfat
diubah oleh enzim fosfofruktokinase menjadi fruktosa 1,6-bifosfat
d) Tahap 4: Enzim aldolase mengubah fruktosa 1,6-bifosfat menjadi dihidroksiaseton fosfat dan
gliseraldehida fosfat.
e) Tahap 5: Terjadi perubahan reaksi bolak balik antara dihidroksi aseton fosfat dengan
gliseraldehid fosfat sehingga akhirnya hanya gliseraldehid fosfat saja yang digunakan untuk
reaksi berikutnya.
f) Tahap 6: Melalui bantuan enzim triosofosfat dehidrogenase, terjadi perubahan dari
gliseraldehid fosfat menjadi 1,3-bifogliserat. Dalam tahap ini juga terjadi transfer elektron
sehingga NAD berubah menjadi NADH, serta pengikatan fosfat anorganik dari sitoplasma.
g) Tahap 7: Terjadi perubahan dari 1,3-bifogliserat menjadi 3-fosfogliserat dengan bantuan enzim
fosfogliserokinase. Pada tahap ini juga terjadi pembentukan dua molekul ATP dengan
menggunakan gugus fosfat yang sudah ada pada reaksi sebelumnya.
h) Tahap 8: Terjadi perubahan 3-fosfogliserat menjadi 2-fosfogliserat karena enzim
fosfogliseromutase memindahkan gugus fosfatnya.
i) Tahap 9: Terjadi pembentukan fosfoenol piruvat (PEP) dan 2-fosfogliserat dengan bantuan
enzim enolase, sekaligus juga terjadi pembentukan 2 molekul air.
j) Tahap 10: Terjadi perubahan fosfoenol piruvat (PEP) menjadi asam piruvat dengan enzim
piruvatkinase, serta terjadi pembentukan 2 molekul ATP
Dengan demikian, pada akhir glikolisis akan dihasilkan 2 molekul asam piruvat yang
berkarbon 3, 2 ATP dan 2 NADH dari setiap perubahan 1 molekul glukosa.
4) Transpor Elektron
Pada dasarnya, transpor elektron merupakan peristiwa pemindahan elaktron dari . Elektron
tersebut berasal dari NADH dan FADH dari suatu substrat ke substrat lain secara berantai
disertai pembentukan ATP melalui proses Fosforilasi okeidatif. Fosforilasi oksidatif merupakan
proses penambahan gugus posfat anorganik ke molekul ADP. Dalam transpor elektron, yang
menjadi penerima elektron terakhir adalah oksigen sehingga pada akhir peristiwa ini terbentuk
O.NADH dan FADH dalam transpor elektron berfungsi sebagai senyawa pereduksi
yangmenghasilkan ion hidrogen. Setiap molekul NADH yang memasuki rantai transpor
elektron akan menghasilkan 3 molekul ATP, dan setiap molekul FAD akan menghasilkan 2
molekul
ATP.
B. Respirasi Anaerob (Fermentasi)
Fermentasi adalah proses pembebasan energi tanpa oksigen. Ciri-ciri dari fermentasi
adalah:
1. Terjadi pada organisme yang tidak membutuhkan oksigen bebas.
2. Tidak terjadi penyaluran elektron ke siklus krebs dan transpor elektron.
3. Energi (ATP) yang terbentuk lebih sedikit jika dibandingkan dengan respirasi aerob yaitu 2
molekul ATP setiap mol glukosa.
4. Jalur yang ditempuh ialah glikolisis dan pembentukan alkohol (fermentasi alkohol) dan
pembentukan asam laktat.
5. Menghasilkan produk berupa asam-asam organik, alkohol dan gas.
6. Organisme anaerobik juga menghasilkan energi, yaitu melalui reaksi-reaksi yang disebut
fermentasi yang menggunakan bahan organik sebagai donor dan akseptor elektron. Bakteri
anaerobik fakultatif dan bakteri anaerobik obligat menggunakan berbagai macam fermentasi
untuk menghasilkan energi. Misalnya pada bakteri Streptococus lactis menggunakan
fermentasi asam laktat untuk perolehan energi yaitu dengan menguraikan glukosa menjadi
asam laktat melalui proses glikolisis, satu molekul glukosa diubah menjadi dua molekul asam
piruvat disertai dengan pembentukan dua NADH + . Asam piruvat tersebut diubah menjadi
asam laktat dalam reaksi berikut:
COOH COOH
2 C = 0 + 2NADH + 2 2H – C – OH + 2NA
C C
1. Glikolisis
glikolisis merupakan proses awal dari pemecahan glukosa menjadi energi pada proses
respirasi aerob. proses ini berlangsung di dalam mitokondria. pada proses ini setiap 1
molekul glukosa akan menghasilkan 2 ATP dan 2 asam piruvat
2. Dekarboksilasi Oksidatif
proses ini merupakan proses untuk mengubah asam pirufat menjadi asetil koA. pada
proses ini menghasilkan 2 NADH dan asetilkoA.
3. Siklus Kreb
siklus kreb ini merupakan proses untuk memecah atom H sehingga menghasilkan energi
berupa 2 FADH dan 8 NADH serta 2 ATP
4. Transport Elektron
proses ini merupakan proses akhir. proses ini digunakan untuk memecah NADH dan
FADH menjadi ATP. setiap 1 NADH akan dihasilkan 2 ATP dan 1 FADH akan
menghasilkan 3 ATP.
pada proses akhir ini akan di hasilkan total 38 ATP dan 2 ATP digunakan untuk
menembus dinding mitokondria jadi hasil bersih menjadi 36 ATP.
F. JALUR DALAM METABOLISME
A. Metabolisme Merupakan Keseluruhan Reaksi Seluler
Metabolisme merupakan keseluruhan dari reaksi kimia yang dilakukan oleh organism
hidup. Metabolit merupakan molekul kecil intermediat (molekul tidak stabil dengan
paruh waktu sangat pendek dalam reaksi kimiawi) dalam proses degradasi (penguraian)
atau biosintesis biopolymer. Metabolisme mencakup reaksi anabolisme (reaksi yang
mensintesis molekul) dan reaksi katabolisme (reaksi yang mendegradasi atau
menguraikan molekul). (Horton. 2006: 296)
Reaksi anabolisme bertanggung jawab atas proses sintesis seluruh senyawa yang
dibutuhkan dalam pemeliharaan sel, pertumbuhan dan reproduksi. Biosintesis merupakan
pembentukan metabolit sederhana seperti asam amino, karbohidrat, koenzim, nukleotida
dan asam lemak.(gambar 1) (Horton. 2006: 296)
Metabolisme adalah segala proses reaksi kimia yang terjadi di dalam makhluk hidup. Di
dalam proses ini makhluk hidup mendapat, mengubah dan memakai senyawa kimia di
sekitarnya untuk mempertahankan kelangsungan hidupnya. Metabolisme meliputi proses
sintesis dan proses penguraian senyawa atau komponen dalam sel hidup. Proses sintesis
disebut anabolisme dan proses penguraian disebut katabolisme. (Wirahadikusumah.
1985:1)
Pada beberapa spesies, semua molekul kompleks disintesis dari senyawa anorganik
seperti karbondioksida, ammonia, fosfatan anorganik, dll. Organisme berfotosintesis
menggunakan energi cahaya untuk menggerakkan reaksi biosisntesis. (Horton. 2006:
297)
Reaksi katabolisme mengubah molekul besar atau kompleks menjadi molekul yang lebih
kecil atau sederhana serta menghasilkan energi. Reaksi ini juga mengubah molekul kecil
menjadi senyawa anorganik. Semua reaksi katabolisme melibatkan pemecahan senyawa
yang telah disintesis oleh sel hidup atau sel yang sama, sel yang berbeda pada individu
yang sama, atau sel dalam organisme yang berbeda. Selain energi yang diperlukan dalam
biosintesis, organisme membutuhkan energi untuk melakukan aktivitas seluler seperti
transportasi dan gerak. (Horton. 2006: 296)
Gambar 1
B. Jalur Metabolisme
Sebagian besar reaksi metabolisme dikatalisis oleh enzim sehingga menjadi sebuah reaksi
yang lengkap, tidak hanya mencakup reaktan, intermediet, dan produk dari reaksi seluler
tetapi juga karakteristik sel enzim. Hampir seluruh sel dapat melakukan ratusan hingga
ribuan reaksi. Untuk menangani kompleksitas ini yakni dengan pengelompokan
metabolisme menjadi beberapa bidang, dimulai dengan mempertimbangkan metabolisme
dari empat kelompok utama biomolekul: karbohidrat, lipid, asam amino, dan nucleotida.
Dalam masing-masing bidang metabolisme, kita mengenali urutan yang berbeda dari tiap
reaksi metabolismenya, yang disebut jalur metabolisme. (Horton. 2006: 298)
Jalur metabolisme merupakan skema sintesis dalam kimia organik. Sebuah jalur
metabolisme adalah serangkaian reaksi di mana hasil reaksi dari tiap tahap merupakan
senyawa pemula untuk tahap reaksi berikutnya. Beberapa jalur metabolisme dapat terdiri
dari dua tahap atau lebih. Hal ini mengakibatkan tidak mudahnya dalam menentukan
batas-batas jalur metabolisme.
Jalur metabolisme setiap individu bisa jadi berbeda-beda. Sebuah metabolisme jalur
linear, seperti biosintesis serin dimana reaksi yang dikatalis enzim dari tiap tahap
menghasilkan produk yang digunakan sebagai substrat untuk langkah berikutnya.
( Gambar 2a ). Jalur umum yang akan dilalui adalah jalur linear. Sebuah jalur
metabolisme siklik, seperti siklus asam sitrat, juga merupakan urutan langkah enzim
-katalis, namun urutannya membentuk loop tertutup, selanjutnya diregenerasi dengan
setiap pergantian siklus ( Gambar 2b ). Hanya ada beberapa contoh dari jalur
metabolisme siklik. Dalam jalur metabolisme spiral, seperti biosintesis asam lemak,
aturan yang sama dari enzim digunakan berulang kali untuk memperpanjang atau
memperpendek molekul tertentu (2c ). Semua reaksi polimerisasi dapat bergabung untuk
membentuk jalur spiral.
Setiap jenis jalur mungkin memiliki titik cabang dimana metabolit masuk atau keluar.
Dalam kebanyakan kasus, kita tidak menekankan sifat percabangan jalur. Untuk
menggambarkan dasar-dasar metabolisme, kita fokus pada rute utama yang diikuti oleh
metabolit yang paling penting. Kita juga fokus pada jalur yang biasa ditemukan di semua
spesies, hal ini merupakan jalur biokimia yang paling mendasar. (Horton. 2006: 299)
Gambar 2
Ket : Bentuk-bentuk jalur metabolisme. (a) biosintesis serin adalah contoh dari jalur
metabolisme linear. Produk dari setiap tahapnya adalah substrat yang digunakan untuk
tahap berikutnya. (b) Urutan reaksi dalam jalur siklik membentuk loop tertutup. Dalam
siklus asam sitrat, gugus asetil dimetabolisasi melalui reaksi yang menghasilkan siklus
intermediet. (c) Dalam biosintesis asam lemak, jalur spiral, pola enzim yang sama
mengkatalisis sebuah pemanjangan progresif rantai asil. (Horton. 2006: 299)
Lingkungan intraseluler relatif stabil. Reaksi dalam sel berlangsung pada suhu dan
tekanan moderat (sedang), konsentrasi reaktan yang rendah, dan pada pH mendekati
netral. Kondisi ini memerlukan banyak katalis enzimatik yang efisien. Namun mengapa
begitu banyak reaksi berbeda yang dilakukan dalam sel hidup? Pada prinsipnya, hal itu
harus memungkinkan untuk melakukan degradasi dan sintesis molekul organik dengan
reaksi jauh lebih sedikit. (Horton. 2006: 300)
Salah satu alasan untuk jalur bertahap adalah reaksi terbatas hanya pada enzim. Setiap
situs aktif mengkatalisis hanya satu langkah dari jalurnya. Sintesis molekul-atau
degradasi akibat mengikuti jalur metabolik yang dilakukan dengan adanya ketersediaan
enzim yang sesuai. Sebagai aturan umum, reaksi enzim-katalisasi tunggal hanya dapat
mematahkan atau membentuk beberapa ikatan kovalen pada satu waktu. Seringkali reaksi
melibatkan transfer. (Horton. 2006: 300)
Alasan lain untuk multiple step dalam jalur metabolisme adalah untuk mengendalikan
energi input dan output. Aliran energi dimediasi oleh donor energi dan akseptor yang
membawa kuanta diskrit energi. Seperti yang akan kita lihat, energi yang ditransfer
dalam satu langkah reaksi jarang melebihi 60 kJ molˉ 1. Persiapan untuk biosintesis
molekul membutuhkan transfer energi di beberapa titik. Setiap reaksi yang membutuhkan
energi sesuai dengan satu langkah dalam urutan reaksi. Sintesis glukosa dari karbon
dioksida dan air membutuhkan asupan energi 2800 kJ mol-1. Hal ini tidak sesuai secara
termodinamika jika untuk mensintesis glukosa dalam satu langkah (Gambar 3). Demikian
pula, sebagian besar energi yang dilepaskan selama proses katabolik (seperti oksidasi
glukosa menjadi karbon dioksida dan air) ditransfer ke akseptor individu dalam satu
langkah pada satu waktu. Efisiensi transfer energi pada setiap langkah adalah '2800 KJ
mol-1 '2800 KJ mol-1 60 kJ mol-.
Gambar 3
Ket : Jalur tahapan single-step dan multiple-step. (a) sintesis glukosa tidak dapat dicapai
dalam satu langkah. Tahapan biosintesis digabungkan ke input dari kuanta kecil energi
dari ATP dan NADH. (b) pembakaran glukosa yang tidak terkendali melepaskan
sejumlah besar energi sekaligus. Sebuah jalur multistep enzime yang dikatalisis
melepaskan sejumlah energi yang sama namun sebagian besar pengkonservasian harus
dikendalikan. Efisiensi transfer energi pada setiap tahap tidak pernah mencapai 100%.
(Horton. 2006: 301)
Aliran metabolit melalui jalur ini disebut fluks. Gambaran sederhana jalur linear yang
diawali dengan substrat A dan berakhir dengan produk P.
Jika konsentrasi A cukup tinggi, reaksi pertama akan terjadi dan B akan terbentuk. B
akan mulai berfungsi sebagai substrat dalam reaksi kedua dan C akan terbentuk.
Akhirnya, produk P hasil akhir dihasilkan. Aliran material dalam jalur akan terus
berlanjut selama pasokan substrat awal (A) tersedia dan produk akhir (P) akan
dipindahkan. Biasanya dalam kondisi yang paling tidak stabil melalui jalur pada tingkat
yang relatif konstan bergantung pada sifat enzim. Konsentrasi B, C, D, dan E tidak
berubah banyak. (Horton. 2006: 301)
Fluks akan menurun jika konsentrasi substrat awal turun di bawah ambang batas tertentu.
Hal ini akan terjadi jika konsentrasi produk akhir meningkat yang nantinya terjadi
perubahan yang akan mempengaruhi semua jalur. Namun dalam hal ini pada konsentrasi
normal, terdapat kontrol regulasi khusus yang mempengaruhi aktivitas enzim tertentu di
jalur tersebut. (Horton. 2006: 301)
Terdapat dua pola umum regulasi metabolik yakni feedback inhibition dan feed-forward
inhibition. Feed-back inhibition, pada sistim ini hasil akhir (end product) akan
menghambat pembentukan enzim pertama yang mengawali jalur ini bilamana hasil akhir
melebihi yang diperlukan sel. Gambar di bawah adalah contoh pengaturan metabolisme
melalui penghambatan oleh produk akhir terhadap suatu enzim alosterik atau
feedback inhibition.
Reaksi 1
Dalam Gambar, dapat dijelaskan, huruf A,B,C dan seterusnya menunjukkan senyawa
kimia antara pada lintas ini dan E1 ‐ E5 menunjukan enzim yang bekerja pada setiap
tahap. Enzim pertama pada lintas ini (E1) adalah enzim alosterik. Enzim ini dihambat
oleh produk akhir urutan reaksi. (Horton. 2006: 302)
Reaksi 2
Ket: Peran regulasi terhadap protein kinase. Efek dari sinyal awal diperkuat oleh sinyal
cascade. Fosforilasi oleh protein seluler yang berbeda diaktifkan oleh kinase yang
dihasilkan dari rgulasi yang dikoordinasi pada jalur metabolisme yang berbeda. Beberapa
jalur dapat diaktifkan, sedangkan yang lain terhambat. ˉP merupakan gugus fosfat yang
terikat protein. (Horton. 2006: 303)
Ada banyak contoh evolusi melalui duplikasi gen dan divergensi (misalnya, laktat
dehidrogenase dan malat dehidrogenase). (Sebagian besar ditekankan reaksi enzim
namun, pada kenyataannya, banyak enzim dapat mengkatalisis beberapa reaksi yang
berbeda menggunakan substrat struktural dan produk yang sama). (Horton. 2006: 303)
Beberapa jalur mungkin telah berevolusi "mundur." Sebuah jalur kekuatan primitif telah
memanfaatkan kelimpah metabolit E di lingkungan untuk membuat produk P. Pasokan E
menjadi habis dari waktu ke waktu terdapat tekanan yang cukup selektif untuk
berevolusi enzim baru yang bisa memanfaatkan metabolit D untuk mengisi metabolit E.
Ketika D membatasi, sel bisa mendapatkan keuntungan selektif dengan memanfaatkan C
untuk membuat lebih banyak metabolit D. Dengan cara ini jalur moderen lengkap
berevolusi dengan retro - evolusi, berturut-turut menambahkan prekursor sederhana dan
memperluas jalur tersebut . Terkadang seluruh jalur dapat digandakan dan evolusi adaptif
berikutnya mengarah ke dua jalur independen dengan enzim homolog yang mengkatalisis
reaksi terkait. Terdapat bukti yang nyata bahwa jalur yang mengarah ke biosintesis
triptofan dan histidin berevolusi dengan cara ini. Enzim juga dapat direkrut dari satu jalur
untuk digunakan di area lain tanpa harus menduplikasi seluruh jalur. (Horton. 2006: 304)
Akhirnya, jalur baru dapat berkembang dengan " membalikkan " jalur yang ada. dalam
kebanyakan kasus, terdapat satu langkah dalam jalur yang pada dasarnya tidak dapat
diubah. Kita asumsikan bahwa langkah ketiga dalam jalur hipotetis kami tidak dapat
mengkatalisis konversi D ke C karena reaksi normal jauh dari keseimbangan. Evolusi
enzim baru yang dapat mengkatalisis akan memungkinkan seluruh jalur ini untuk arah
yang sebaliknya , mengubah P ke A. Ini adalah bagaimana jalur glikolisis berevolusi dari
jalur biosintesis glukosa. Semua kemungkinan ini memainkan peran dalam evolusi jalur
baru. Terkadang evolusi jalur baru berkembang dengan kombinasi mekanisme yang
berbeda dari evolusi adaptif. Contohnya evolusi jalur siklus asam sitrat. (Horton. 2006:
304)
Dimulai dengan anabolik, atau biosintesis, jalur ini adalah jalur yang paling penting
untuk pertumbuhan dan reproduksi. Semua spesies harus mampu mensintesis sebagian
besar biokimia utamanya, terutama makromolekul seperti DNA , RNA , dan protein.
Sebuah gambaran umum tentang jalur biosintesis ditunjukkan pada Gambar 5. Semua sel
memerlukan sumber eksternal berupa karbon, hidrogen, oksigen, fosfor, dan belerang,
ditambah ion anorganik tambahan. Beberapa spesies, terutama bakteri dan tanaman,
dapat tumbuh dan berkembang biak dengan memanfaatkan sumber-sumber unsur
anorganik penting ini. Spesies ini disebut autotrof. Sebaliknya, heterotrof memerlukan
molekul seperti glukosa organik. Misalnya hewan. (Horton. 2006: 304)
Jalur biosintesis membutuhkan energi. Organisme yang paling kompleks (dari perspektif
biokimia !) adalah autotrof karena mereka dapat menghasilkan energi metabolik dari
sinar matahari atau dengan mengoksidasi molekul anorganik seperti NH 4, H2 atau H2S.
Energi dari reaksi ini digunakan untuk mensintesis energi kaya senyawa ATP dan
mengurangi kekuatan NADH. Kofaktor ini mentransfer energi mereka untuk reaksi
biosintesis. (Horton. 2006: 304)
Ada dua jenis spesies autotrophic. Fotoautotrof memperoleh sebagian besar energi
mereka dengan fotosintesis yang mana sumber utama berasal dari karbon. Kategori ini
termasuk bakteri fotosintesis, ganggang, dan tanaman. Kemoautotrof memperoleh energi
mereka dengan mengoksidasi molekul anorganik dan memanfaatkannya sebagai sumber
karbon. Beberapa spesies bakteri merupakan kemoautotrof namun bukan contoh
eukariotik. (Horton. 2006: 304)
Heterotrof juga dapat dibagi menjadi dua kategori. Fotoheterotrof adalah organisme
fotosintesis yang membutuhkan senyawa organik sebagai sumber karbon. Terdapat
beberapa kelompok bakteri yang mampu menangkap energi cahaya tetapi harus
bergantung pada beberapa molekul organik sebagai sumber karbon. Kemoheterotrof
adalah organisme non - fotosintetik yang membutuhkan molekul organik sebagai sumber
karbon. (Horton. 2006: 304)
Energi metabolisme biasanya berasal dari pemecahan impor molekul organik. Kita
termasuk kemoautotrof, sama halnya hewan, sebagian protista, semua jamur, dan
kebanyakan bakteri. Jalur katabolik utama ditunjukkan pada Gambar 6. Sebagai aturan
umum, jalur ini degradatif, tidak hanya kebalikan dari jalur biosintesis meskipun mereka
memiliki beberapa langkah. Misalnya, glukoneogenesis dan glycolyis yang tidak identik
namun banyak dari reaksi individu bekerja sama dengan baik di kedua arah. (Horton.
2006: 305)
Perhatikan bahwa siklus asam sitrat merupakan jalur utama dalam kedua metabolisme
anabolik dan katabolik. Dalam modus biosintesis siklus asam sitrat merupakan sumber
prekursor untuk sintesis asam amino. Dalam modus katabolisme adalah sumber utama
energi untuk menggerakkan sintesis ATP. Peran utama dari katabolisme adalah untuk
meniadakan bentuk molekul dan untuk menghasilkan energi untuk digunakan dalam
proses lainnya. (Horton. 2006: 305)
Produksi ATP adalah salah satu reaksi yang paling penting dalam metabolisme. Sintesis
ATP digabungkan ke membran terkait transpor electron. Dalam transpor elektron, energi
koenzim yang tereduksi, seperti NADH, digunakan untuk menghasilkan gradien
elektrokimia proton melintasi membran sel. Energi potensial dari gradien ini
dimanfaatkan untuk mendorong fosforilasi ADP ke ATP. (Horton. 2006: 306)
Gambar 5
Ket: Sekilas jalur anabolik. molekul besar disintesis dari yang lebih kecil dengan
menambahkan karbon (biasanya berasal dari CO2) dan nitrogen (biasanya sebagai
NH3⁺ ). Jalur utama termasuk siklus asam sitrat, yang memasok intermediet dalam
biosintesis asam amino, dan glukoneogenesis, yang menghasilkan produk glukosa.
energi untuk jalur biosintesis dipasok oleh cahaya dalam organisme fotosintetik atau
dengan rinciannya molekul anorganik dalam autotrof lainnya. (Angka dalam kurung
merujuk pada bab dan bagian dalam buku horton). (Horton. 2006: 305)
Gambar 6
Ket: Sekilas jalur katabolik. Asam amino, nukleotida, monosakarida, dan asam lemak
dibentuk oleh hidrolisis enzimatik masing-masing polimer. Mereka kemudian didegradasi
pada reaksi oksidatif dan energi kekal ATP dan mengurangi koenzim (kebanyakan
NADH). (Angka dalam kurung merujuk pada bab dan bagian dalam buku horton).
(Horton. 2006: 305)
Pada eukariota, jalur metabolisme dilokalisasi dalam beberapa batas ruang membran
(Gambar 7). Misalnya, enzim yang mengkatalisis sintesa asam lemak terletak di sitosol,
sedangkan enzim yang mengkatalisis kerusakan asam lemak terletak di dalam
mitokondria. Salah satu konsekuensi dari pembagian ruangan (bidang) yakni pemisahan
kolam metabolit dapat ditemukan dalam sel. Susunan ini mengizinkan pengoperasian
simultan pada jalur metabolisme yang berlawanan. Compartmentation (pembagian
ruangan) juga dapat menawarkan keuntungan dari konsentrasi metabolit lokal tinggi dan
regulasi yang terkoordinasi enzim. Beberapa enzim yang mengkatalisis reaksi dalam
mitokondria (yang telah berevolusi dari simbiosis prokariota) dikodekan oleh gen
mitokondria, asal ini menjelaskan kompartmentasi mereka. (Horton. 2006: 307)
Ada juga kompartmentasi pada tingkat molekuler. Enzim yang mengkatalisis beberapa
jalur secara fisik diatur dalam kompleks multienzim. Dengan kompleks ini, penyaluran
metabolit mencegah pengenceran melalui difusi. Beberapa enzim mengkatalisis reaksi
yang berdekatan dalam jalur yang terikat membran dan dapat menyebar dengan cepat
pada membran untuk berinteraksi. Sel-sel individual organisme multiseluler menjaga
perbedaan konsentrasi metabolit, tergantung pada keberadaan transporter spesifik yang
memfasilitasi masuk dan keluar dari metabolit. Selain itu, tergantung pada permukaan sel
reseptor dan mekanisme sinyal transduksi, sel-sel individual merespon sinyal eksternal.
(Horton. 2006: 307)
Gambar 7
Ket: Kompartmentasi proses metabolisme dalam sel eukariotik. (Tidak semua jalur dan
organel yang akan ditampilkan). (Horton. 2006: 307)
Gambar 8
A. KESIMPULAN
Metabolisme merupakan seluruh peristiwa reaksi-reaksi kimia yang berlangsung dalam sel
makhluk hidup. Metabolisme terdiri atas dua proses, yaitu anabolisme dan katabolisme. Anabolisme
adalah penyusunan zat kompleks dari zat yang lebih sederhana. Sebaliknya, katabolisme adalah
pemecahan zat komplek menjadi zat yang lebih sederhana disertai dengan pelepasan energi. Kedua
proses metabolisme tersebut merupakan reaksi enzimatis, artinya reaksi tersebut melibatkan peranan
enzim. Enzim adalah suatu protein dan dihasilkan oleh sel hidup. Enzim adalah protein yang bekerja
secara khusus, sebagai katalisator, dapat digunakan berulang kali, rusak oleh panas tinggi,
terpengaruh oleh pH, diperlukan dalam jumlah sedikit dan dapat bekerja secara bolak-balik. Enzim
bekerja dalam mengkatalisis reaksi kimia (biokimia) yang berlangsung di dalam sel itu sendiri.
Faktor-faktor yang mempengaruhi enzim yaitu: suhu (temperature), derajat keasaman (pH),
konsentrasi substrat, zat penghambat (inhibitor) dan hasil akhir. Mekanisme kerja enzim dapat
dijelaskan dengan dua, yaitu hipotesis gembok dan anak kunci dan hipotesis kecocokan yang
terinduksi.
Enzim diklasifikasi dalam berbagai kategori sesuai dengan reaksi yang dikatalisisnya.
Menurut komisi enzim persatuan biokimia internasional (Commission of Enzymes of the International
Union of Biochemistry), enzim dibedakan menjadi enam kelompok, yaitu: oksidoreduktase,
transferase, hidrolase, liase, isomerase dan ligase.
Pengendalian metabolisme selular yang tepat yang pada akhirnya menyangkut pengendalian
kegiatan enzim. Pengendakian enzim dapat diatur melalui 2 cara, yaitu pengendalian langsung
(mekanisme katalitik itu sendiri yang terjadi dengan mengubah konsentrasi substrat atau reaktan) dan
pengendalian genetis (melalui induksi dan represi enzim).
Bakteri dapat merubah zat kimia dan energi radiasi ke bentuk yang berguna untuk
kehidupannya melalui proses respirasi, fermentasi dan fotosintesis. Dalam respirasi, molekul oksigen
adalah penerima elektron utama, sementara dalam fermentasi molekul bahan makanan biasanya pecah
menjadi dua bagian, dimana yang satu kemudian dioksidasi oleh yang lainnya. Dalam fotosintesis,
energi cahaya diubah menjadi energi kimia. Bagaimanapun, dalam semua jenis sel dan tanpa
menghiraukan mekanisme yang digunakan untuk mengekstrak energi, reaksi tersebut diiringi oleh
pembentukan Adenosine Triphosphate (ATP).
DAFTAR PUSTAKA