ANALISIS STRUKTUR PROTEIN

Oleh : Yessica Afrida A.

A) Tujuan
:
1. Untuk mempelajari cara dan mendapatkan data struktur 3D protein dari genbank
2. Menganalisa struktur 3D protein menggunakan program Pymol.
B) Langkah Kerja
:
1. Buka halaman utama website NCBI (http://www.ncbi.nlm.nih.gov) kemudian pilih
Domain & Structure pada kolom Resource List.

2. Selanjutnya pilih Structure (Molecular Modeling Database)

3. Kemudian ketikkan molekul yang ingin dicari sebagai kata kunci pencarian (pada tugas
ini saya ketik YES) lalu klik SEARCH.

4. Setelah itu pilih gambar protein 3D dengan mengklik salah satu gambar yang tertera.
Pada tugas ini saya memilih gambar no 1 dengan PDB ID : 2HDA.

5. Lalu akan muncul gambar 3D yang dicari disertai dengan informasi yang mendukung.
Setelah itu klik PDB ID untuk memperoleh gambar 3D dalam format file PDB.

6. Kemudian pilih download file untuk menyimpan struktur 3D protein yang diperoleh.

7. Selanjutnya buka File 3D protein dengan program Pymol dengan cara klik kanan pada
file PDB yang diperoleh, dipilih Open with, selanjutnya di pilih Pymolwin. Maka akan
diperoleh tampilan sebagi berikut :

8. Agar tampilan yang diperoleh lebih menarik dan mudah dianalisis, dapat diubah dengan
cara klik pada tombol S (kanan atas), dipilih as selanjutnya dipilih cartoon. Berikut
merupakan tampilan struktur protein yang diperoleh :