TUGAS BIOSISTEMATIKA

PEMBUATAN POHON FILOGENETIK MENGGUNAKAN SOFTWARE MEGA XI

PADA SPESIES JERUK (Citrus sp)

Dosen Pengampu
Didik Wahyudi, M.Si

Disusun oleh:
Indah Nur Sobach (200602110048)

PROGRAM STUDI BIOLOGI

FAKULTAS SAINS DAN TEKNOLOGI
UNIVERSITAS ISLAM NEGERI MAULANA MALIK IBRAHIM MALANG
2022
 Mengunduh Sekuens DNA Citrus sp Melalui GenBank NCBI

1. Melakukan pencarian sekuens DNA rbcl Citrus sp dengan kategori “Nucleotide”

2. Memilih salah satu sekuens DNA dari berbagai pilihan yang ada lalu mengunduh sekuens DNA
dengan klik “send to”, pilih file, lalu mengubah format menjadi FASTA dan klik “create file”
 Membuat Pohon Filogenik Citrus sp Menggunakan Software MEGA XI

1. Membuka software MEGA XI yang telah diunduh sebelumnya

2. Untuk membuat tugas baru dengan klik “file” pada bagian pojok kiri atas lalu pilih open a file
session untuk menyisipkan data sekuens DNA yang telah diunduh dari NCBI sebelumnya
3. Memasukkan lima data sekuens DNA yang terdiri dari 4 anggota in group (Citrus nobilis,
Citrus hystrix, Cytrus limon, Citrus maxima) dan 1 anggota out group(Triphasia trifolia)

4. Tampilan data lima sekuens DNA yang telah dimasukkan, namun masih belum dalam kondisi
sejajar.
5. Untuk menyejajarkan sekuens DNA dari kelima maka menggunakan fitur “Alignment” dan
pilih “Align by ClustalW”

6. Muncul tampilan seperti di bawah ini dan langsung klik Oke

7. Setelah sekuens DNA sejajar, dilakukan penghapusan dari sekuens yang tidak lengkap

8. Setelah semua sekuens DNA sudah rapi, maka disimpan dengan klik fitur “data”, pilih “Export
alignment” dan pilih MEGA Format
9. Untuk membuat pohon filogenik, dimulai dengan memilih fitur “Philogeny” dan klik
“Conduct/Text Neighbor-Joining Tree”

10. Memasukkan file data alignment sekuens DNA dari spesies Citrus sp
11. Selanjutnya akan muncul seperti tampilan di bawah ini. Untuk test of phylogeny menggunakan
metode bootstrap dengan nilai bootsrap 500. Mengenai model yang akan digunakan dapat
ditentukan terlebih dahulu model apa yang cocok.

12. Penentuan model dapat dilihat melalui fitur “Models” dan klik “Fine Best DNA /Protein
Models
13. Muncul tampilan seperti di bawah ini dan klik Oke

14. Selanjutnya akan muncul tampilan seperti ini. Perlu dikatuhi, semakin nilai BIC maka semakin
bagus. Maka model yang bagus untuk pohon filogenik ini adalah model T92
15. Maksud dari Model T92 dapat dilihat pada bagian bawah dari tabel seperti yang telah diberi
tanda warna biru berikut, yaitu model Tamura 3-parameter

16. Maka keterangan model pada tampilan dibawah ini diubah dengan Tamura-3parameter
17. Akan muncul tampilan pohon filogenik dari lima spesies jeruk (Citrus sp) seperti di bawah ini

18. Untuk menampilkan panjang lengan percabangan, yaitu dengan mengaktifkan “branch length”
19. Jika ingin mengetahui jarak genetik antar spesies yaitu dengan menggunakan fitur “distance”
dan pilih “compute pairwise distance”

20. Muncul kembali tampilan seperti yang ada di bawah ini lalu pilih OK
21. Muncul tampilan jarak genetik dari lima spesies jeruk yang digunakan seperti di bawah ini

22. Untuk menyimpan hasil pohon filogenik yang telah dibuat dapat menggunakan fitur image lalu
pilih save as PNG atau PDF
Hasil Pembuatan Pohon Filogenik Lima Spesies Citrus sp
Menggunakan Software MEGA XI