ANALISIS DNA SEQUENCE DENGAN APLIKASI MEGA11

Ditulis untuk Memenuhi Tugas Praktikum Mata Kuliah Biologi Sel dan Molekuler IV

Dosen Pengampu : 1. Ni Wayan Erly Sintya Dewi, S.Si., Pg.Dip., M.Si

2. I Gusti Ngurah Dwija Putra, A. Md. Kes

OLEH :

NI PUTU ANANDA YULIASTRI DEWI

NIM. P07134220033

KELAS VA

KEMENTERIAN KESEHATAN REPUBLIK INDONESIA

POLITEKNIK KESEHATAN DENPASAR

JURUSAN TEKNOLOGI LABORATORIUM MEDIS

2022
 ANALISIS DNA SEQUENCE DENGAN APLIKASI MEGA11

A. Prosedur Kerja Analisis DNA Sequnce

1. Buka aplikasi MEGA11 yang telah di download sebelumnya.

2. Setelah itu akan muncul tampilan seperti ini.

3. Setelah itu klik “File” dan pilih “Open a File”

4. Lalu pilih File yang akan digunakan, lalu klik “Open”

5. Setelah berhasil, akan didapatkan tampilan seperti ini.

6. Lalu periksa bagian depan sequence dan singkirkan sequence yang menumpuk
dengan klik basa N nya. Pada praktikum ini dipilih Sequence dari 100 – 600. Maka
klik Basa N ke-100.
7. Untuk menghilangkan Sequence yang menumpuk, klik “Edit” terlebih dahulu lalu
terdapat pilihan “Mask Upstream” klik pilihan tersebut.

8. Lalu tampilannya akan menjadi seperti ini. Artinya, Sequence yang berada di depan
akan otomatis dihilangkan.
9. Kemudian dilanjutkan dengan menghilangkan Sequence setelah basa N ke-600. Basa
N ke-600 berubah menjadi basa N ke-500, hal ini dikarenakan basa N pertama, yaitu
100 berubah menjadi 0 (awal).

10. Selanjutnya, untuk menghilangkan Sequence nya klik “Edit” terlebih dahulu, lalu
terdapat pilihan “Mask Downstream” dan klik pilihan tersebut.
11. Lalu tampilannya akan menjadi seperti ini. Artinya, Sequence yang berada di
belakang akan otomatis dihilangkan.

12. Selanjutnya, klik “Edit” dan pilih “Copy.” Kemudian dilanjutkan dengan mengklik
“Fasta Format”
13. Kemudian buka “Notepad” dan paste Sequence yang telah di copy tadi.

14. Lalu buka website “NCBI” pada google dan klik website teratas dari NCBI dan
sudah tercentang hijau.
15. Lalu setelah sampai pada laman web ini, dilanjutkan dengan klik “BLAST”

16. Dilanjutkan dengan klik “Nucleotide BLAST”

17. Copy Sequence yang ada di Notepad

18. Lalu paste Sequence pada kolom “Enter Query Sequence”

19. Kemudian centang pada bagian “Show results in a new window” dan dilanjutkan
dengan klik “BLAST”

20. Maka akan didapatkan hasil BLAST Sequence DNA sebagai berikut.
B. Hasil BLAST Sequence DNA
Berdasarkan praktikum yang telah dilakukan, yaitu Analisis DNA Sequence
dengan aplikasi Mega didapatkannya panjang Sequence DNA adalah 499 bp. Selain itu
didapatkan juga daftar genom yang spesifik dimana menunjukkan besar query, yaitu 100%.
Daftar Genom yang terdapat, yaitu :
- Escherichia coli
- Salmonella enterica
- Shigella sonnei
- Escherichia coli O157:H7
- Escherichia fergusonii