Aplikasi MEGA 5 (Molecular Evolutionary Genetics Analysis 5)

Berikut ini saya akan menguraikan secara ringkas bagaimana cara merekonstruksi (membentuk)
pohon filogenetik dari data sequen DNA, mulai dari tahapan koreksi data hasil sequensing,
penyususnan pohon filogenetik, hingga tahapan mengevaluasi hasilnya. Rekonstruk pohon
filogenetik dapat dilakukan dengan menggunakan software MEGA. Kali ini saya akan
menguraikannya dengan menggunakan software MEGA 5.

MEGA 5 dapat digunakan untuk mencari kekerabatan spesies dengan melihat DNA nya dan
ditentukan berdasarkan analisis filogeniknya.

Tampilan awal dari MEGA 5 seperti terlihat pada gambar 1

Gambar 1 Tampilan awal aplikasi MEGA 5

langkah selanjutnya adalah memilih menu “aligh” dilanjutkan dengan “edit/ build alingment”

Akan muncul kotak dialog “Select an options” selanjutnya pilih Create a new untuk mulai
membuat halaman baru
 selanjutnya akan muncul pilihan DNA atau protein sebagai datatype yang akan dianalisis
keragaman filogeniknya, karena yang akan dianalisis adalah DNA maka pilih DNA

kemudian masukkan data yang akan dianalisis dengan cara Edit-Insert sequence from file- pilih
file  dari komputer

Misalkan aspergillus carbonarius, aspergillus niger, penicillium amagasakiense, penicillium,

Talaromyces flavus
Tekan tombol Open- selanjunya akan muncul basa nitrogen dari masing-masing spesies

Kemudian disimpan dalam format MEGA dengan cara Klik Data-Export-MEGA format

Save as dengan mengetikkan nama file

Selanjutnya membuat pohon filogeniknya

Tampilan Filogenik
Sekian dan terimakasih