MODUL PRAKTIKUM BIOINFORMATIKA (BIK309)

SEMESTER GENAP 2023/2024

ACARA 1
MENGENAL SITUS WEB NCBI

I. TUJUAN
1. Mengakses situs web NCBI (National Center for Biotechnology Iinformation)
2. Mencari informasi terkait suatu hal spesifik di situs web NCBI
3. Memperoleh literatur terkait suatu hal spesifik di PubMed

II. KOMPETENSI
1. Mampu mengakses situs web National Center for Biotechnology Information (NCBI)
2. Mampu mencari informasi terkait suatu hal spesifik di situs web NCBI
3. Mampu memperoleh literatur terkait suatu hal spesifik di PubMed

III. DASAR TEORI

Bioinformatika adalah suatu bidang ilmu yang memanfaatkan teknologi
informasi untuk pengumpulan, klasifikasi, penyimpanan, analisis, interpretasi,
penyebaran, dan aplikasi dari data-data biologis. Contoh dari data-data biologis
adalah urutan DNA dan RNA, serta urutan asam amino dan struktur protein. Salah
satu tempat yang memuat informasi berbagai data biologis adalah situs web dari
National Center for Biotechnology Information (NCBI). Situs web tersebut terdiri dari
database tempat penyimpanan data-data biologis, sistem untuk mensubmit data-data
biologis dari peneliti di seluruh dunia, dan software/tools untuk mengolah data-data
biologis (Gambar 1).
Secara khusus juga terdapat database lieratur dan publikasi ilmiah di bidang
biologi dan biomedis yaitu PubMed. Hingga Mei 2023, Terdapat lebih dari 35 juta
publikasi ilmiah di PubMed, di mana 11 juta dari publikasi tersebut dapat diakses penuh
secara gratis.
Pencarian di situs web NCBI dilakukan dengan memasukkan kata kunci ke
kotak pencarian. Dalam praktikum ini akan dilakukan pencarian sederhana di situs
web NCBI dan pencarian di database PubMed.

1
 Gambar 1. Konten Situs Web NCBI

IV. ALAT
1. PC/Laptop/HP dengan koneksi internet dan memiliki browser internet (Google
Chrome, Mozilla Firefox, Microsoft Edge, Opera, Safari, dll.)
2. Situs web NCBI

V. CARA KERJA
1. Mengakses dan melakukan pencarian sederhana di Situs Web NCBI
a. Pastikan perangkat Anda terhubung dengan jaringan internet
b. Di browser internet Anda, ketik https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ dan tekan
tombol “Enter”
c. Di kotak pencarian masukkan kata kunci yang ingin digunakan (ketik
“Indonesia”) dan klik “Search”

Gambar 2. Melakukan pencarian di situs web NCBI

d. Lakukan pengambilan tangkapan layar (screenshoot) dari halaman

pertama hasil pencarian yang diperoleh (hasil tangkapan layar 1)
e. Pilih hasil pencarian gen terkait kata kunci “Indonesia” (Klik: “Gene”),
lalu lakukan pengambilan tangkapan layar (screenshoot) dari halaman
pertama hasil pencarian yang diperoleh (hasil tangkapan layar 2)

2
 Gambar 3. Memilih hasil pencarian terkait gen, protein, dan genome

f. Kembali ke langkah d kemudian pilih hasil pencarian protein terkait kata

kunci “Indonesia” (Klik: “Protein”), lalu lakukan pengambilan tangkapan
layar (screenshoot) dari halaman pertama hasil pencarian yang diperoleh
(hasil tangkapan layar 3)
g. Kembali ke langkah d kemudian pilih hasil pencarian genom terkait kata
kunci “Indonesia” (Klik: “Genome”), lalu lakukan pengambilan
tangkapan layar (screenshoot) dari halaman pertama hasil pencarian yang
diperoleh (hasil tangkapan layar 4)
h. Lakukan pencarian dengan kata kunci “Japan”, lalu lakukan pengambilan
tangkapan layar (screenshoot) dari halaman pertama hasil pencarian yang
diperoleh (hasil tangkapan layar 5)

2. Melakukan pencarian literatur di Pubmed

a. Ulangi langkah 1a-1c
b. Klik kanan di “Pubmed” pilih “open link in new window” / “open link in
new tab”
c. Klik kanan di “Pubmed Central” pilih “open link in new window” / “open
link in new tab”

3
 Gambar 4. Memilih hasil pencarian literatur di database “PubMed” dan “PubMed
Central”

d. Lakukan pengambilan tangkapan layar pada masing-masing halaman

pertama hasil pencarian di Pubmed dan Pubmed Central (hasil tangkapan
layar 6 & 7)
e. Klik hasil pencarian ke-7 di Pubmed dan Pubmed Central, lalu lakukan
pengambilan tangkapan layar (hasil tangkapan layar 8 & 9)
f. Lakukan pencarian di Pubmed untuk literatur terkait kata kunci
“Indonesia” yang merupakan review dari 5 tahun terakhir dan tersedia
full-textnya secara gratis.
g. Pilih hasil pencarian pertama kemudian lakukan pengambilan tangkapan
layar (hasil tangkapan layar 10)

VI. HASIL KERJA

Tangkapan Layar 1
Tangkapan Layar 2
Tangkapan Layar 3
Tangkapan Layar 4
Tangkapan Layar 5
Tangkapan Layar 6

4
Tangkapan Layar 7
Tangkapan Layar 8
Tangkapan Layar 9
Tangkapan Layar 10

VII. DISKUSI
1. Apa saja data yang terdapat di hasil pencarian di situs NCBI menggunakan
kata kunci “Indonesia”?
2. Sebutkan masing-masing 3 organisme yang data gen, protein, dan genomnya
terkait kata kunci “Indonesia” ada di database NBCI
3. Apa perbedaan hasil pencarian menggunakan kata kunci “Indonesia” dan
“Japan”?
4. Apa perbedaan literatur hasil pencarian di PubMed dan PubMed Central?