Tugas Topik 1 Bioinformatika

Tugas Mandiri
Topik 1 Bioinformatika (BI3103)

Instruksi Umum

1. Poin a-f merupakan tugas yang harus anda kerjakan pada lembar/template yang
telah diberikan. Lengkapi tugas tersebut dan submit jawaban anda melalui MS
team dengan nama file mengikuti format: “BIOINFO 1_NAMA_NIM_2023”.
2. Deadline pengiriman tugas adalah hari Minggu, 5 Februari 2020 23.59

Pengenalan Langkah-langkah mencari dan mendapatkan data dari GenBank (NCBI)

1. Ketikkan alamat berikut http://www.ncbi.nlm.nih.gov pada location bar

pencarian
2. Pada kotak query ketik kata “INS” (insulin), lalu klik *Search

1. Berapa jumlah DATA PubMed dan PubMed Central yang Anda peroleh?

2. Berapa jumlah DATA Nucleotida yang Anda peroleh?

3. Berapa jumlah DATA Gene yang Anda peroleh?

3. Klik link hasil DATA Gene

4. Scroll ke bawah, buat tangkapan layar (screenshot) sebanyak 10 (sepuluh)

1
Tugas Topik 1 Bioinformatika

hasil pencarian teratas (berisi informasi nama gen/ gen ID, Deskripsi, Alias, MIM
dan Lokasi gen)

d. Apa arti NC, NT, dan NW pada keterangan location?

NC : complate genomic molecule

NT : contig
NW : WGS (whole-genome shotgun) superconting

4. Selanjutnya klik INS [Homo sapiens (human)] buat tangkapan layar

(screenshot), Kembali ke laman sebelumnya lalu klik INS [Bos taurus
(cattle)], buat tangkapan layar (screenshot).

INS [Homo sapiens (human)]

2
Tugas Topik 1 Bioinformatika

INS [Bos taurus (cattle)]

e. Informasi apa sajakah yang anda peroleh?

= dari NCBI informasi yang didapatkan yaitu data pubmed, pubmed central, data
nucleutida, dan data gene dari mencari insulin. Dapat mengetahui arti dari NC,NT, dan
NW serta mendapatkan status dari Homo sapiens dan Bos taurus

f. Apakah ada perbedaan RefSeq status antara INS [Homo sapiens (human)] dan INS
[Bos taurus (cattle)]?

= iya, diperoleh perbedaan RefSeq status antara INS [Homo sapiens (human)] dan INS
[Bos taurus (cattle)]. RefSeq status yang diperoleh dari INS [Homo sapiens (human)]
adalah REVIEWED, sedangkan pada [Bos taurus (cattle)] diperoleh RefSeq status yaitu
VALIDATE