LAPORAN PRAKTIKUM MIKROBIOLOGI LINGKUNGAN

PERCOBAAN II
MIKROBIA TANAH

OLEH

NAMA : ANTON
NIM : F1D2 18 022
KELOMPOK : IV (EMPAT)
ASISTEN PEMBIMBING : MUHAMMAD ILHAM

PROGRAM STUDI BIOTEKNOLOGI

JURUSAN BIOLOGI
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
UNIVERSITAS HALU OLEO
KENDARI
2021
 I. PENDAHULUAN

A. Latar Belakang

Tanah merupakan salah satu media yang memiliki peranan paling vital

dalam menunjang produktivitas kehidupan mahluk hidup. Tanah mengandung

berbagai senyawa-senyawa penunjang kehidupan suatu organisme seperti

karbon dan nitrogen, selain itu tanah juga mengandung berbagai organisme

utnuk menunjang produktivitas tanah salah satunya yaitu mikroba tanah.

Jumlah mikroorganisme tanah umumnya lebih banyak bila dibandingkan

dengan mikroorganisme air atau udara. Beberapa mikroorganisme yang

terkandung di dalam tanah memiliki sifat patogen terhadap pertumbuhan

tanaman, namun disisi yang lain keberadaan mikroba tanah juga membantu

dalam proses dekomposisi molekul organik maupun anorganik yang berguna

untuk mendukung kelangsungan hidup tanaman.

Mikroba tanah merupakan sekelompok mikroorganisme yang hidup

pada tanah meliputi bakteri, fungi, alga, virus dan protozoa. Keberadaan

mikroorganisme tanah menjadi salah satu faktor yang berperan penting dalam

ekosistem tanah, dimana mikroorganisme berpengaruh terhadap siklus dan

ketersediaan berbagai unsur hara tanaman sekaligus pendukung stabilistas

strukutur tanah. Tanah umumnya mengandung biomassa mikroorganisme

dimana biomassa mikroba tanah ini mengindikasikan sebagian kecil dari total

karbon dan nitrogen yang terkandung dalam tanah. Biomassa mikroorganisme

juga mengindikasikan sumber hara suatu tanaman sekaligus sebagai agen

pembentuk hara dari tanaman.

 Jumlah mikroorganisme tanah dapat menandakan tingkat kesuburan

suatu tanah, sebab efektivitas tanah dapat berlangsung atau bekerja secara

optimal jika mikroba non patogen yang terkandung dalam tanah berada dalam

jumlah yang cukup. Perhitungan jumlah koloni mikroba yang terkandung

dalam tanah dapat ditentukan melalui perhitungan koloni mikroba berupa

Total Plate Count (TPC) dan Standard Plate Count (SPC), sehingga jumlah

koloni mikroba yang terkandung di dalam tanah dapat terukur. Berdasarkan

uraian di atas maka prakrikum mikrobia tanah perlu untuk dilakukan.

B. Rumusan Masalah

Rumusan masalah dalam praktikum ini adalah sebagai berikut:

1. Bagaimana metode isolasi mikroba tanah?

2. Bagaimana kelimpahan mikroba tanah pada tiga sampel tanah yang diuji?

C. Tujuan Praktikum

Tujuan yang ingin dicapai dalam praktikum ini adalah sebagai berikut:

1. Untuk mengetahui metode isolasi mikroba tanah.

2. Untuk mengetahui kelimpahan mikroba tanah pada tiga sampel tanah yang

diuji.

D. Manfaat Praktikum

Manfaat yang ingin diperoleh dalam praktikum ini adalah sebagai

berikut:

1. Dapat mengetahui metode isolasi mikroba tanah.

2. Dapat mengetahui kelimpahan mikroba tanah pada tiga sampel tanah yang

diuji.
 II. TINJAUAN PUSTAKA

A. Tanah

Tanah merupakan media yang umum digunakan untuk kegiatan

bercocok tanam. Tanah umumnya dapat ditemukan di lingkungan terbuka,

ternaungi bahkan area tanah rhizosfer. Tanah rhizosfer merupakan tanah di

sekitaran perakaran tanaman yang mengandung jumlah mikroba lebih banyak

dibanding tanah yang letaknya lebih jauh dari akar tanaman (Corneliyawati

dkk., 2018). Tanah mengandung berbagai senyawa organik yang dibutuhkan

oleh mikroba dalam menunjang kelangsungan hidupnya. Mikroorganisme

dapat tumbuh dalam kondisi kering, dimana mikroba akan bersifat dorman

dan akan aktif jika kondisi mencapai kadar kelembapan yang sesuai (Panagan,

2011).

B. Mikroba Tanah

Mikroba tanah merupakan organisme berukuran mikroskopis yang

terdiri bakteri, virus, fungi dan protozoa. Mikroba tanah secara umum

berfungsi dalam menjaga kesediaan unsur hara di dalam tanah, menjadi agen

perombak bahan organik dan anorganik serta mineralisasi di dalam tanah,

meningkatkan pertumbuhan tanaman dan sebagai agen pengendali hama dan

penyakit tanaman. Mikroba tanah menggunakan senyawa C-organik dalam

menunjang aktivitas metabolismenya, dimana kadar senyawa C-organik

sebesar 1,2-1,6 x 1015 kg C (Irfan, 2014). Mikroba tanah yang dominan

terkandung dalam tanah yaitu bakteri dan fungi. Isolasi mikroba tanah dapat
 dilakukan melalui metode pour plate dengan menggunakan media Nutrient

Agar (NA) (Lutfiningsih, 2019).

C. Metode Pour Plate

Metode pour plate merupakan metode isolasi mikroorganisme untuk

mendapatkan koloni mikroorganisme murni. Kelemahan dari metode ini yaitu

membutuhkan waktu yang lama dan bahan yang terbilang cukup mahal,

namun metode ini tidak memerlukan keterampilan yang tinggi (Angelia,

2020). Mekanisme pengerjaan metode pour plate dilakukan melalui

pengenceran bertingkat. Langkah awal yang dilakukan adalah 1 ml suspensi

bakteri diteteskan ke cawan petri kosong secara aseptis. Media dengan kondisi

masih cair dalam artian memiliki rentang suhu >45℃, dituangkan ke dalam

cawan petri kemudian dihomogenkan selama kurang lebih 24 jam (Febriyanti

dkk., 2015).

D. Total Plate Count (TPC)

Total Plate Count (TPC) merupakan suatu metode perhitungan jumlah

koloni mikroba pada suatu sampel dalam media Nutrient Agar (NA). Prinsip

kerja dari metode TPC yaitu menumbuhkan bakteri dalam media agar yang

mengandung nutrisi sehingga terbentuk koloni mikroba (Apriliyanti, 2020).

Metode TPC menghasilkan data yang akurat akan tetapi membutuhkan waktu

yang cukup lama yaitu kisaran 24 jam. Tingkat pengenceran yang digunakan

dalam metode TPC didasarkan pada pendugaan populasi bakteri yang

 terkandung dalam sampel, dimana jumlah koloni yang diamati umumnya

hanya koloni yang berjumlah 30-300 koloni (Seniati., 2019).

E. Faktor Pengaruh Jumlah Koloni Mikroba

Jumlah koloni mikroba pada suatu sampel tanah dapat dipengaruhi

oleh lokasi pengambilan sampel tanah. Sampel tanah yang digunakan perlu

memenuhi kriteria atau persyaratan pertumbuhan mikroba, dimana dalam hal

ini perlunya ketersediaan unsur hara baik karbon (C) atau nitrogen (N) yang

diperlukan oleh mikroorganisme untuk tumbuh (Susilawati dkk., 2013).

Komponen abiotik secara tidak langsng juga mempengaruhi jumlah mikroba

dalam sampel tanah, dimana komponen abiotik yang dimaksud dalam hal ini

diantaranya yairu suhu, pH, kelembapan, aerasi dan drainase dan air. Mikroba

tanah yang umumnya berperan dalam dekomposisi bahan organik juga

memerlukan ukuran C/N yang baik untuk mendukung proses dekomposisi.

Kandungan C/N dengan ukuran <25 akan menyebabkan proses dekomposisi

akan berjalan jauh lebih cepat (Sukaryorini dkk., 2016).

F. Prospek Bioteknologi Mikroba Tanah

Mikroba tanah memiliki potensi dalam pengembangan biooteknologi

salah satunya melalui pemanfaatakn mikroba dalam produksi pupuk. Mikroba

yang digunakan dalam produksi pupuk salah satunnya yaitu bakteri, dimana

dalam hal ini bakteri Azotobacter sp yang diinokulasi pada tanaman.

perkembangan bioteknologi yang semakin pesat menyebabkan pemanfaatakn

mikroba tersebut semakin berkembang yang ditandai dengan terciptanya

pupuk bakteri yang dikenal sebagai Azotobakterin. Mikroba tanah lain yang

juga digunakan salah satunya yaitu Bacillus megaterium yang dikenal sebagai

pupuk fosfobakterin, hingga akhirnya produksi pupuk semakin berkembang

pesat sejak digunakannya bakteri rhizobium sebagai pupuk yang mengandung

bakteri penambat nitrogen (Sriwahyuni dan Parmila, 2019).

 III. METODE PRAKTIKUM

A. Waktu dan Tempat

Praktikum ini dilaksanakan pada hari Sabtu, 17 April 2021 pukul 09.00

-11.00 WITA, bertempat di Laboratorium Biologi dan Bioteknologi Unit

Mikrobiologi dan secara virtual meeting Zoom dan Google Meet.

B. Bahan Praktikum

Bahan yang digunakan dalam praktikum ini dapat dilihat pada Tabel 1.

Tabel 1. Bahan dan Kegunaan

No. Nama Bahan Satuan Kegunaan
1. Tanah daerah g Sebagai sumber isolat
terbuka, ternaungi
dan rhizosfer
2. Alkohol 70% mL Sebagai larutan untuk desinfektan
3. Spirtus mL Sebagai bahan bakar bunsen 
4. Kertas Label - Sebagai penanda isolat
5. Wrapping plastic Sebagai penutup pinggiran cawan petri
6. Media NA mL Sebagai media padat pertumbuhan mikroba
7. Tissue - Sebagai alat untuk membersihkan LAF
8. Aquadest mL Sebagai bahan pelarut dan pengencer

C. Alat Praktikum

Alat yang digunakan pada praktikum ini dapat dilihat pada Tabel 2.

Tabel 2. Alat dan Kegunaan

No. Nama Alat Jumlah Kegunaan
1 2 3 4
1. Laminar Air Flow 1 Untuk bekerja secara aseptic
2. Cawan Petri 9 Untuk wadah pertumbuhan mikroba
3. Erlenmeyer 1 Untuk wadah media NA
4. Hot plate 1 Untuk memanaskan media
5. Mikropipet 1 Untuk memindahkan larutan dalam jumlah
kecil secara akurat

Tabel 2. Lanjutan
 1 2 3 4
6. Blue tip 8 Untuk memindahkan larutan 1 mL
7. Colony Counter 1 Untuk menghitung jumlah koloni
8. Pen Marker 1 Untuk penanda dalam perhitungan jumlah
koloni
9. Soil tester 1 Untuk mengukur pH dan suhu tanah
10. Higrometer 1 Untuk mengukur kelembaban tanah
11. Timbangan analitik 1 Untuk menimbang bahan yang digunakan
pada pembuatan media
12. Botol gelap 1 Untuk melarutkan sampel tanah
13. Plastik sampel - Untuk menyimpan sampel
14. Mistar 1 Untuk mengukur kedalaman tanah
15. Box steril 1 Untuk menyimpan sampel
16. Botol ampul 15 Untuk wadah pengencer
17. Autoklaf 1 Untuk mensterilisasi alat dan media

D. Prosedur Kerja

1. Pengambilan Sampel

a. Mengambil sampel tanah di tiga titik berbeda yakni tanah ternaungi,

tanah terbuka dan tanah dekat rhizosfer.

b. Mengambil sampel tanah sedalam 10 cm dan dimasukkan kedalam

plastik steril lalu ditutup rapat.

c. Mengukur pH dan suhu menggunakan soil taster dan mengukur

kelembaban menggunakan higrometer.

2. Pembuatan Media NA (Nutrient Agar)

Semua bahan (Larutan NB dan agar) dilarutkan dalam beaker glass

menggunakan hot plate, selanjutnya diinkubasi dengan menggunakan

autoklaf pada suhu 1210C dengan tekanan 1 atm selama 15 menit.

3. Isolasi Mikroba Sampel Tanah

 a. Menimbang sampel tanah sebanyak 10 gr.

b. Mengambil sampel tanah sebanyak 10 gram kemudian dimasukkan ke

dalam pengencer 90 mL kemudian dihomogenkan.

c. Mengambil sebanyak 1 mL hasil penegenceran yang telah diinkubasi

selama 24 jam dan dimasukkan kedalam pengencer 9 mL 10 -2, 10-3, 10-

4
,10-5 dan 10-6 kemudian disuspensikan.

d. Memasukkan sampel sebanyak 1 mL kedalam cawan petri menggunakan

mikropipet.

e. Menuangkan media NA kedalam cawan petri sampai merata

f. Menghomogenkan sampel dan media dalam cawan petri sampai tersebar

secara merata

g. Menutup pinggiran cawan petri menggunakan wrapping plastic

h. Menginkubasi sampel selama 24 jam.

4. Pengamatan

a. Menghitung jumlah koloni yang tumbuh menggunakan Colony counter

b. Mengambil gambar sebagai dokumentasi.

IV. HASIL DAN PEMBAHASAN

A. Hasil Pengamatan

Hasil pengamatan pada praktikum ini dapat dilihat pada tabel 3 dan 4:

Tabel 3. Hasil Pengamatan Gambar Koloni

No. Nama Nama Pengenceran Pengamatan
Sampel Media
1 2 3 4 5
1. TN NA 10-4
(Nutrient
Agar)

10-5

10-6

Tabel 3.Lanjutan
1 2 3 4 5
 2. TR NA 10-4
(Nutrient
Agar)

10-5

10-6

3. TT NA 10-4
(Nutrient
Agar)

Tabel 3.Lanjutan
1 2 3 4 5
 10-5

10-6

Tabel 4. Hasil Pengamatan Nilai SPC dan TPC

No. Nama Pengencer Jumlah SPC (CFU/ml) TPC (CFU/ml)
Sampel Koloni
1 2 3 4 5 6
1. TN 10-4 687 6,9 x 106
10-5 42 4,2 x 106 4,2 x 106
10-6 28 2,8 x 107
2. TR 10-4 115 1,2 x 106
10-5 90 21,6 x 106 9 x 106
10-6 42 4,2 x 107
3. TT 10-4 272 2,72 x 106
10-5 453 27,2 x 105 4,6 x 107
10-6 517 5,2 x 108

B. Analisis Data

1. TN (Tanah Ternaungi)
 Jumlah koloni pada TN memenuhi kriteria syarat SPC koloni dari 30-

300 yaitu hanya pada pengencer 10-5.

1
SPC = Jumlah Koloni : Volume Inokulum x
f . pengencer

1
= 42 : 1 x
10−5

= 4,2 x 106 CFU/ml

1
TPC = Jumlah Koloni : Volume Inokulum x
f . pengencer

1
= 42 : 1 x
10−5
= 4,2 x 106 CFU/mL

2. TR (Tanah Rhizosfer)

Jumlah koloni pada TR memenuhi kriteria syarat SPC koloni dari 30-

300, maka koloni dimasukkan dalam pembagian pengenceran tertinggi

dibagi pengencer terendah.

J . koloni × f . p tertinggi 42× 10−6 0,42× 10−4

J . koloni × f . p terendah = 115 ×10−4 = 115 ×10−4 =¿ 0,04

Hasil bagi tersebut <2 maka nilai SPC yang digunakan adalah hasil

perhitungan rata-rata kedua data tersebut.

1
SPC1 = Jumlah Koloni : Volume Inokulum x
f . pengencer

1
= 42 : 1 x
10−6

= 4,2 x 107CFU/mL

1
SPC2 = Jumlah Koloni : Volume Inokulum x
f . pengencer
 1
= 115: 1 x
10−4

= 11,5 x 105CFU/mL

Hasil rata-rata SPC pengencer 10-4 dan 10-6 adalah sebagai berikut.

SPC 1+ SPC 2 42× 106 +1,15× 106

SPCr = =
2 2

( 42+1,15 ) ×106
¿
2

43,15 ×106
¿
2

¿ 21,575 ×106

¿ 21,58 ×106

¿ 21,6 ×106 CFU/mL

1
TPC = Jumlah Koloni : Volume Inokulum x
f . pengencer

1
= 115 : 1 x
10−4

= 1,2 x 106 CFU/mL

3. TT (Tanah Terbuka)

Jumlah koloni pada TT memenuhi kriteria syarat SPC koloni dari 30-

300 yaitu hanya pada pengencer 10-4.

1
SPC = Jumlah Koloni : Volume Inokulum x
f . pengencer

1
= 272 : 1 x
10−4

= 27,2 x 105CFU/mL
 1
TPC = Jumlah Koloni : Volume Inokulum x
f . pengencer

1
= 272 : 1 x
10−4

= 2,72 x 106 CFU/mL

B. Pembahasan

Mikroba tanah merupakan mikrobia yang terkandung di dalam tanah,

dimana mikroba tanah terdiri atas bakteri, fungi, virus dan protozoa.

Organisme yang termasuk mikroba tanah dengan jumlah terbanyak dalam

tanah umumnya berupa bakteri atau fungi. Mikroba tanah dapat berperan

sebagai agen hayati dalam membantu proses dekomposisi senyawa organik

tanah. Isolasi mikroba tanah dalam praktikum ini dilakukan dengan

menggunakan sampel dari tiga sumber yang berbeda, yaitu tanah ternaungi,

tanah rhizosfer dan tanah terbuka. Hal ini dimaksudkan untuk melihat

perbnadingan total atau kelimpahan koloni dari tiga sumber isolat yang

digunakan. Proses isolasi sampel dilakukan menggunakan metode pour plate

pada media NA.

Isolasi sampel dilakukan menggunakan metode pour plate melalui

proses pengenceran bertingkat, dimana faktor pengencer yang digunakan yaitu

tiga pengencer terakhir yaitu 10-4, 10-5 dan 10-6. Penggunaan tiga pengencer

terakhir sebagai asumsi bahwa mikroba yang terkandung dalam tiga pengencer

terakhir merupakan isolat dengan jumlah mikroorganisme terbanyak sekaligus

memiliki tingkat kemurnian jauh lebih baik dibanding faktor pengenceran

lainnya. Penggunaan metode pour plate dimaksudkan karena sampel yang

digunakan berupa cairan sehingga untuk meminimalisir tumpahnya sampel

maka metode yang digunakan yaitu pour plate, sedangkan media yang

digunakan yaitu media Nutrient Agar (NA) dengan maksud dimana media ini

tidak bersifat selektif sehingga menjadi media yang optimal untuk

menumbuhkan berbagai mikrobia. Perhitungan jumlah mikroba dilakukan

dengan metode Total Plate Count dan Standard Plate Count, dimana metode

ini untuk melihat akurasi jumlah koloni mikroba. Pengunaan metode TPC dan

SPC dimaksudkan karena metode identifikasi jumlah koloni mikroba melalui

kedua metode tersebut memiliki tingkat akurasi yang lebih baik.

Berdasarkan hasil pengamatan diketahui bahwasanya jumlah koloni

mikroba terbanyak diperoleh dari isolat yang bersumber di tanah terbuka, hal

ini mengindikasikan bahwa tanah dengan kondisi terbuka mengandung

mikroba yang lebih banyak, sedangkan jumlah koloni mikroba paling sedikit

diperoleh pada isolat yang bersumber di daerah perakaran. Hal ini disebabkan

karena mikroba yang hidup di daerah perakaran hanya jenis mikroba tertentu

yang mampu berasosiasi dengan daerah perakaran. Hal ini sejalan dengan

pernyataan Susilawati dkk., (2013) dimana dalam penelitiannya menyatakan

jumlah mikroorganisme lebih tinggi terdapat pada permukaan tanah terbuka

yang tidak mengalami pengolahan, sebab kandungan C/N pada permukaan

tanah lebih banyak. Faktor yang mempengaruhi jumlah koloni mikroba yaitu

lokasi pengambilan sampel, ketersediaan nutrisi dalam hal ini C dan N serta

berbagai faktor abiotik lainnya seperti kelembapan, suhu maupun pH.

 V. PENUTUP

A. Simpulan

Simpulan yang dapat diberikan berdasarkan praktikum ini adalah sebagai

berikut:

1. Isolasi mikrobia tanah dilakukan melalui proses pengambilan sampel,

pengenceran dan pembiakan mikroba pada media NA melalui metode

pour plate.

2. Perbandingan jumlah populasi koloni sampel tanah terbanyak diperoleh

pada sumber isolat tanah terbuka dengan faktor pengencer 10 -4, 10-5 dan

10-6 secara berturut-turut yaitu 272, 453 dan 517, sedangkan jumlah

populasi paling sedikit pada sumber isolat tanah rhizosfer secara berturut-

turut yaitu 115, 90 dan 42.

B. Saran

Saran yang dapat diberikan berdasarkan praktikum ini adalah sebagai

berikut:

a. Untuk asisten tetap sabar dalam membimbing dan terimakasih telah

meluangkan waktunya untuk membimbing.

b. Untuk praktikan sebaiknya tetap menjalin kerjasama yang baik dalam

menyelesaikan seluruh kegiatan praktikum.

 DAFTAR PUSTAKA

Angelia, I. O. (2020). Penggunaan Metode Cawan Tuang Terhadap Uji Mikroba

pada Tepung Kelapa, Journal Of Agritech Science (JASc), 4(1), 43-51.

Apriliyanti, L. D. (2020). Analisis kandungan miktoba pada jajanan bakso tusuk

di alun-alun Kota Gresik menggunakan metode TPC (Total Plate
Count) dan MPN (Most Probable Number) (Doctoral dissertation, UIN
Sunan Ampel Surabaya).

Budhisurya, E., Anggono, R. C. W., & Simanjuntak, B. H. (2013). Analisis

Kesuburan Tanah dengan Indikator Mikroorganisme Tanah pada
Berbagai Sistem Penggunaan Lahan di Plateau Dieng, Agric
Journal, 25(1), 64-72.

Corneliyawati, E., Massora, M., & Khikmah, K. (2018). Optimalisasi Produksi

Enzim Kitinase pada Isolat Jamur Kitinolitik dari Sampel Tanah
Rizosfer. Edubiotik: Jurnal Pendidikan, Biologi dan Terapan, 3(01),
62-69

Lutfiningsih, F. (2019). Biomassa Mikroba Tanah pada Berbagai Jarak dan

Lebar Tutupan Kanopi Kopi Agroforestri dengan Sistem Manajemen
yang Berbeda (Doctoral dissertation, Universitas Brawijaya).

Panagan, A. T. (2011). Isolasi Mikroba Penghasil Antibiotika dari Tanah Kampus

Unsri Indralaya Menggunakan Media Ekstrak Tanah. Jurnal
Penelitian Sains, 14(3), 37-40

Seniati, S., Marbiah, M., & Irham, A. (2019) Pengukuran Kepadatan Bakteri
Vibrio Harveyi secara Cepat dengan Menggunakan
Spectrofotometer. Agrokompleks, 19(2), 12-19

Sriwahyuni. P., & Parmila, P. (2019). Perna Bioteknologi dalam Pembutan Pupuk
Hayati, Jurnal Ariculture, 2(1), 46-57

Sukaryorini, P., Fuad, A. M., & Santoso, S. (2017) Pengaruh Macam Bahan
Organik Terhadap Ketersediaan Amonium (NH+), C-Organik dan
Populasi Mikroorganisme pada Tanah Entisol. Berkala Ilmiah
Agroteknologi-PLUMULA, 5(2), 99-106