ISOLASI GEN
PE T
ISOLASI GEN
Functional cloning Positional cloning
Analisis AA Kloning/Isolasi
Sekuensing
DNA DNA
PE T
Dr. Jamsari, Prog. Studi Pemuliaan Tanaman Jurusan BDP-FPUA
Analisis Genom dan Sistem Penanda
ISOLASI GEN
1. Functional cloning
PRASYARAT:
ADA PRODUK BIOKIMIA DARI GEN TARGET
DIUJI DENGAN METODE MUTANT KOMPLEMENTER
DITRACE/TELUSURI DARI PROTEIN; ASAM AMINO; DAN
LEVEL ASAM NUKLEOTID (DNA)
ISOLASI GEN
1. Functional cloning
ISOLASI GEN
2. Positional cloning
PERSYARATAN:
1. TERSEDIA PETA GENETIK YANG AKURAT
MATERIAL DASAR UNTUK MELOKALISASI POSISI GEN TARGET SECARA
GENETIS.
ISOLASI GEN
2. Positional cloning
PETA GENETIK:
ISOLASI GEN
2. Positional cloning
LANGKAH PENYUSUNAN PETA GENETIK:
ISOLASI GEN
BSA=Bulked Segregant Analysis
48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58
Bulked segregant
analysis
ISOLASI GEN
Single plant analysis
F M M M M F F F F F M F M F F F F F F M M M M M M M F M M M M MM M M M M M M M M M M M
Konsep dasar:
Percobaan TH. Morgan
Nilai Rekombinan sebagai prediktor
jarak genetik dua lokus dalam satu
kromosom (A. Sturtevant)
Populasi bersegregasi: F2, F3, RIL,
DH, dll.
TAUTAN,
PINDAH SILANG DAN PETA
KROMOSOM
PEWARISAN MENDEL
Monohibrid
P BB X bb
F1 Bb X bb Testcross
1 Bb : 1 bb
PEWARISAN MENDEL
Dihibrid
P: BBkk X bbKK
P PPLL X ppll
F1 pr+prvg+vg X prprvgvg
+
pr vg pr+ vg+
P x
pr vg pr+ vg+
pr vg pr+ vg+
gamet
pr vg
F1
pr+ vg+
pr vg pr+ vg+
gamet
TAUTAN, PINDAH SILANG DAN PETA KROMOSOM
pr vg+
vg pr
pr vg
pr+ vg+
vg+ pr+
pr+ vg
Parental chromosome meiosis Crossover chromosome
Intrachromosomal recombinant
recombinant
chiasma chiasma
Tipe tautan
pr vg
COUPLING prpr+vgvg+
pr+ vg+
pr vg+
REPULSION prpr+vgvg+
pr+ vg
Deteksi dari genotip parental atau testcross
TAUTAN, PINDAH SILANG DAN PETA KROMOSOM
Tipe Rekombinan:
Satu unit peta genetic adalah jarak antara dua pasang gen yang dihasilkan dari proses
meiosis yang berasal dari 1 rekombinan di dalam 100 individu populasi.
Jika FR (RF) 1% = 1 um = 1 mu = 1 cM
Jika FR antara gen A dan B = 5%, maka jarak antara gen A dan B = 5 cM.
5 cM
A B
Alternatif I
3 cM 5 cM
C A B
Alternatif II
3 cM 2 cM
A C B
TAUTAN, PINDAH SILANG DAN PETA KROMOSOM
No Linkage : Rasio hasil test cross= 1:1:1:1 (P L : p l : P l : p L )
Nilai frekuensi rekombinan = 50%
Klas o e (o – e )2 (o – e)2
e
PL 140 125 225 1,8
pl 135 125 100 0,8
Pl 110 125 225 1,8
pL 115 125 100 0,8
500 500 2 = 5,2
Bandingkan nilai 2 dengan nilai 2 menggunakan derjad bebas (df) = jumlah
klas-1
Data di atas: 2 tabel pada df=4-1 adalah antara 0,5 – 0,1
df p 0,995 0,975 0,900 0,500 0,100 0,050 0,005
1
3 2,366 6,251
15
TAUTAN, PINDAH SILANG DAN PETA KROMOSOM
cM L5
6.11 EM4447.2
Contoh peta genetik
4.82 STS3660
2.93 EM3660
1.77 EM3950
1.30 PM3159
0.86 EM4447.1
0.00 M
EM3156
STS3156
0.20 EM4150
STS4150.3
STS4150.1
0.27 PM3551
0.60 EM3353
3.83 EM4654
4.20 EM3251
cM L5 ISOLASI GEN
0.0 PM3159
7.8 PM3449
15.4 PM4461
18.2 PM4151
24.7 STS3660
25.6 EM3660
25.6 EM4447.2
27.9 EM4447.1
28.0 EM3950
29.5 EM3156
29.6 STS3156
29.7 SEX (M)
29.8 STS4150.3
55.3 PM 3148
kb
23.1
9.4
6.5
4.3
2.3
2.0
0.5
50
40 145.5
class
30 97.0
Frequency
20 48.5
23.1
10
0 9.4
200
Vector
100
125
150
175
25
50
75
size (kb)
300 bp
PUSTAKA BAC
*
200 bp
AFLP-BASED SCREENING
100 bp
*
*
M 1 2 3 E V W P91 A B C 5 6 7 MT361-MT364 M
COLONY HYBRIDIZATION
434 bp
184 bp
165F12
124 bp
PCR-BASED SCREENING
12 kb
73F6
6 kb
4 kb B 54G 8
2 kb
1 kb
364C 6
0.5 kb
55B 1
C 347D 2
B 1 2 3 4 5 6 7 8 C 1 2 3 4 5 6 7 8
45B 2
12 kb
D 3E 11
6 kb
4 kb
407A 8
2 kb 10C 2
1 kb
E 373B 5
0.5 kb = SP6-end
= T7-end
115G 11 100 k b
C
ISOLASI GEN
~ 106 kb/cM ~ 880 kb/cM
383B 6
347D2 54G8 373B 5
77E7 3E11
151F5 385C3 45B2 364C6 381C5 407A8
73F6 115G11
STS4150.1
EM4447.2
EM4447.1
EM3950
STS3156
EM3156
EM4150
PM3159
PM3551
EM3353
EM4654
M
4.34 0.47 0.44 0.86 0.20 0.07 0.33 3.27 cM
9.94 cM
Gap
prediction:
1.06 cM = 932 kb
EM4150
M
EM4447.1
PE
CGAGAGAAAGGTTAGCCAAGATGGAAGAAGAAGCCCGCCAACTCTTGTCTGCTTCTGAGGACTCTGTTTGTTGGAAATTTGC
AGTAAAAAGACAATGAAAGAAAAATTTGACTTGTATTCCTCTCAAAATCAATTACAATTTTGGATTCCGATTACCAAAGAAAAG
AAAATAAATTTGATTCTTCCCCTTTGTTAATTCTGGGTTCTTCACCGGTGGCGATGAAAATCCTTCCTCGAATGCTCCCGCAGT
T
TATACCTCCAAGGTATGATGCTAAATGAGTATAGGAGCACCCCCGAATTTGGTTATAACAAATTTCCCAATGAAATTAGGTAGA
GCTCTATACTATAAATTCCCATTTGGGATCTATACTAAACTACACTCTTTTTTTTATAAAAAAGTTGAGACCACATAGGCATTACA
TCAAATGGGTAGTGTGCGTTTCTGGGTATTAGACAAAATTTGGCAACGAGCCAATATAACAGAAACTGATCATTAACGATTACC
AGACTTCACTAGGAATTGCTAACCATCAAGATTTTGGTATGACGAAAAAAAAAAATTATTTATTTACAATTTTCTCGAAATTTTT
GAAGCGAAGAGGAGGAGTACCTGAAGATTTGATAGAGTCCCGATGAGTGGAAAGAGGAGATGATTCCTGCTCTGCCATTTTT
CTCTCTCTGTTTTCTGTCAATTCGAAGGAAAATAGAGATACAAAAAGTAGAGACGAGTCTTGAAGACCTTGGTCCGCTCTCAG
AGTGGGAGAGCACCGCGAGGCAAAGAAAGTGTATTATTTTCGGTTGAAAAACAAAGTTAAATTAGCAGTTAAATCCTTATCGT
TTCCTACACTTTGCACTTATATACCTTTAATTGGTTTCCGCACTAGGACACTAGCCGATCACCCTATGCAAAGCACGGCCTCCTA
TATTTTTAACACTATTTTTAAACTTGGCTCGCTCTAAATTTAATACATTTG
SELESAI