TINJAUAN PUSTAKA
rumus kimia CH4. Pembakaran satu molekul metana dengan oksigen akan
melepaskan satu molekul CO2 (karbondioksida) dan dua molekul H2O (air). Pada
suhu ruangan dan tekanan standar, metana adalah gas yang tidak berwarna dan
tidak berbau. Sebagai gas, metana hanya mudah terbakar bila konsentrasinya
mencapai 5-15% di udara. Metana yang berbentuk cair tidak akan terbakar kecuali
fraksi mol adalah 1.745 nmol/mol (bagian per miliar). Pada tahun 2008,
Banyaknya aktivitas manusia yang menghasilkan metana maka membuat gas ini
menjadi salah satu penyebab pemanasan global. Radiasi panas dari permukaan
bumi yang terperangkap gas rumah kaca seperti karbon dioksida, nitrogen oksida
merupakan salah satu gas penting urutan kedua setelah karbon dioksida, dan tanah
sawah adalah salah satu sumber utama emisi metana, yaitu sekitar 5 - 19% metana
global. Lahan pertanian padi merupakan salah satu habitat terpenting dalam
10
11
sehingga menyebabkan emisi metana menjadi lebih besar. Estimasi tingkat emisi
genangan air, karena padi memerlukan penggenangan pada periode tertentu dalam
kondisi anoksik, ketersediaan bahan organik dari akar, sisa jerami, biomassa
fotosintetik tanaman air, pH tanah mendekati netral, suhu tanah berkisar 20-30oC
sebesar 69%. Emisi metana dapat direduksi melalui proses oksidasi metana oleh
seperti metanol, format, dan formaldehid (Topp dan Pattey, 1997). Proses
yang dilepaskan ke atmosfer. Gas metana sebanyak 90% yang dihasilkan dari
atmosfer (De Visscher, et al., 2007). Proses pembentukan gas metana dalam
ekosistem tanah sawah diawali adanya dekomposi material organik oleh mikroba
12
merubah material organik. Beberapa enzim yang terlibat pada proses hidrolisis
menghasilkan asam organik seperti asam asetat dan karbondioksida. Pada kondisi
anaerob, asam asetat dan karbondioksida akan dikonversi menjadi gas metana
metana pada tanah sawah, merupakan salah satu faktor yang paling menentukan
siklus metana di alam untuk menekan jumlah gas metana yang teremisi ke
Berdasarkan Aiju dan Mingxing, (1996), emisi gas metana dari tanah
tidak ditanami tanaman. Kedua, metana teremisikan melalui proses difusi gas
yang dengan sendirinya akan terdifusi ke atmosfer pada permukaan lapisan air.
Ketiga, emisi gas metana melalui tanaman padi yang dimulai dari masuknya gas
metana ke dalam jaringan epidermis akar dan ikut terdifusi sampai jaringan
aerenkim melalui sistem pengangkutan air. Gas metana akan teremisi ke atmosfer
melewati jaringan aerenkim pada saat melakukan transport air dan oksigen.
Metana yang dilepas dari lahan tergenang ke atmosfer dilepaskan melalui tanaman
dan sisanya melalui gelembung air (ebullition). Hal yang sama seperti pada
tanaman padi emisi metana ini terlepas ke atmosfer melalui pembuluh aerenkim.
di mana metana dan oksigen berada di area yang sama, khususnya permukaan
tanah sawah dan perakaran (Henckel, et al., 2001). Namun, beberapa bakteri
metanotrof dapat dideteksi dalam sebagian tanah yang anoksik atau anaerob
oksigen dari atmosfer ke tanah akan terputus, akibatnya terjadi fermentasi bahan
organik tanah secara anaerob yang akan menghasilkan gas metana sebagai akhir
prosesnya (Neue, 1993). Gas metana dengan berat molekulnya yang ringan
(ozon) bumi. Oleh karena itu, gas rumah kaca yang harus diwaspadai untuk
diturunkan emisinya dari lahan sawah adalah metana (Setyanto, dkk., 2008).
Perbedaan emisi metana tersebut dipengaruhi oleh jenis tanah, pengelolaan tanah
dan tanaman. Cara budidaya padi di Indonesia, terutama pengelolaan air irigasi
dan rotasi tanaman, banyak melepaskan metana. Emisi metana sebagian besar
disebabkan oleh kegiatan yang tidak efisien, seperti pengairan yang terus
menerus dan berlebihan, cara pemupukan atau penggunaan pupuk yang tidak
Bakteri yang berperan dalam proses oksidasi metana lebih dikenal sebagai
awal tahun 1900-an dan baru pada tahun 1960-an bakteri ini teridentifikasi lebih
diidentifikasi pada tahun 1906 oleh Sohngen dan dibedakan dari mikroorganisme
sumber karbon dan energi. Metanotrof adalah mikroba yang dapat mengoksidasi
populasi mikrobia lain (Hanson dan Hanson, 1996). Pada dasarnya proses oksidasi
15
metana oleh bakteri metanotrof dapat berlangsung secara aerobik ataupun secara
al., 2005).
karena itu, secara ekologis dapat ditemukan dilingkungan berbeda pada lahan
basah, air tawar, sedimen laut, kolam air, limbah lumpur, tanah, sawah, rawa dan
sebagai endosimbion, misalnya pada kerang laut (Hanson dan Hanson, 1996).
anaerob. Oksidasi metana aerob dilakukan oleh metanotrof dan oksidasi metana
anaerob baru-baru ini ditemukan dilakukan oleh bakteri metanotrof dengan bakteri
pengguna sulfat atau nitrat sebagai donor untuk oksidasi metana. Pada kondisi
temperatur antara 20–35oC. Metanotrof yang telah terisolasi ada yang bersifat
16
psikrophilik tumbuh pada <15oC, termofilik >40oC, alkalopilik pada pH >9,0 dan
bakteri metanotrof dapat didasarkan pada perbedaan dalam sistem enzim untuk
oksidasi metana, dan jalur yang digunakan untuk asimilasi karbon. Bakteri
metanotrof juga berbeda dalam komposisi kimia seluler dan kemampuan untuk
bersaing dihabitat yang berbeda (Semrau, et al., 2010; Smith, et al., 2010).
seperti:
Verrucomicrobial.
dan tipe X.
Methylocystis.
sel baik melalui jalur RuMp atau jalur serin. Formaldehid dikonversi menjadi
2010).
dan hanya ada pada spesies tertentu saja (Lipscomb, 1994). Menurut Madigan, et
al. (2009), proses selanjutnya adalah konversi metanol menjadi formaldehid, yang
berikutnya. Enzim yang berperan dalam proses ini adalah metanol dehidrogenase
ribulosa monofosfat (RuMP) dan jalur serin. Metanol yang terbentuk sebagai awal
tipe X memiliki sifat kombinasi antara bakteri metanotrof tipe I dan tipe II dan
19
menjadi dioksigen. Satu atom oksigen tereduksi menjadi H2O, dan yang lain
perantara pada katabolisme dan anabolisme, dan jalur ini bekerja untuk sintesis
sabagai perantara dari jalan metabolisme utama. Dua jalur untuk asimilasi
Gambar 2.3. Jalur RuMP, reaksi dikatalis oleh enzim heksulose-6-fosfat sintase
dan heksulose fosfat isomerase (Sumber: Hanson dan Hanson, 1996).
20
(HPI). Tahap kedua jalur RuMp yaitu pemecahan 3 fruktosa-6-fosfat yang diubah
Gambar 2.4. Jalur serin, reaksi dikatalisis oleh serin hidroksimetil transferase
(STHM), hidroksipiruvat reduktase (HPR), malat thiokinase (MTK), dan malil
koenzim A liase (MCL) (Sumber: Hanson dan Hanson, 1996).
Reaksi pertama dari jalur serin yang diilustrasikan Gambar 2.4,
formaldehid bereaksi dengan glisin membentuk serin. Reaksi ini dikatalisis oleh
Malil koenzim yang terbentuk dalam reaksi dikatalisis oleh thiokinase malat dan
dipecah oleh koenzim malil A liase. Tahap kedua dari jalur serin, asetil koenzim
dua molekul NADH dan ATP sebagai sumber energi untuk pembentukan satu
molekul asetil koA yang digunakan untuk membentuk materi sel baru dan satu
molekul karbondioksida. Enzim yang terdapat pada jalur serin yaitu serin
koenzim A liase (MCI). Sedangkan pada jalur RuMP terdapat dua enzim yang
RuMP membutuhkan satu molekul ATP untuk setiap pembentukan satu molekul
kombinasi antara bakteri metanotrof tipe I dan tipe II yang dapat menggunakan
yaitu metode kultur dan metode non-kultur. Metode kultur meliputi morfologi
koloni dan sel, motilitas, kemampuan tumbuh pada medium kultur, uji fisiologi
22
menganalisa komunitas mikrobia yang berada dalam jumlah kecil dan sulit untuk
metode kultur maupun non-kultur terdapat pada Tabel 2.1. Berdasarkan Bergey’s
negatif, dengan berbagai bentuk sel yang ditemukan yaitu terdapat bentuk
shordrod, rod, coccus bahkan ada yang ditemukan berpasangan dan ellipsoid.
dengan menginjeksi gas metana selama inkubasi dapat dijadikan sebagai substrat
terdeteksi pada metode kultur. Metode tanpa kultur meliputi ekstraksi total DNA
bakteri langsung dari lingkungan, amplifikasi PCR dengan 16S rRNA atau gen-
gen fungsional untuk deteksi dan analisis metanotrof. Pada tahap ini, analisis
yang dikodekan pmoA secara molekuler. Urutan gen pmoA selain penggunaan gen
lingkungan telah diurutkan dalam set data pada GenBank. Gen pengode seperti
(Knief, et al., 2003). Primer dan protokol juga telah dikembangkan untuk
et al., 2001; Knief, et al., 2003; Lin, et al., 2005). Costello dan Lidstrom (1999),
merancang primer reverse baru yaitu mb 661 untuk spesifik amplifikasi sekuen
pmoA. Penggunaan set primer A189f dan mb 661r dirancang dan digunakan
pertama kali untuk mengetahui keragaman metanotrof pada lingkungan air tawar