ISOLASI DAN KARAKTERISASI BAKTERI METANOTROF

ENDOFIT DAN FILOSFER TANAMAN PADI

NINDYA SAPUTRI

DEPARTEMEN BIOLOGI
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
BOGOR
2015
 PERNYATAAN MENGENAI SKRIPSI DAN
SUMBER INFORMASI SERTA PELIMPAHAN HAK CIPTA

Dengan ini saya menyatakan bahwa skripsi berjudul Isolasi dan

Karakterisasi Bakteri Metanotrof Endofit dan Filosfer Tanaman Padi adalah benar
karya saya dengan arahan dari komisi pembimbing dan belum diajukan dalam
bentuk apa pun kepada perguruan tinggi mana pun. Sumber informasi yang
berasal atau dikutip dari karya yang diterbitkan maupun tidak diterbitkan dari
penulis lain telah disebutkan dalam teks dan dicantumkan dalam Daftar Pustaka di
bagian akhir skripsi ini.
Dengan ini saya melimpahkan hak cipta dari karya tulis saya kepada Institut
Pertanian Bogor.
Bogor, Maret 2015

Nindya Saputri
NIM G34100075
 ABSTRAK
NINDYA SAPUTRI. Isolasi dan Karakterisasi Bakteri Metanotrof Endofit dan
Filosfer Tanaman Padi. Dibimbing oleh IMAN RUSMANA dan ALINA
AKHDIYA.
Lahan basah dan sawah menghasilkan emisi metan yang tinggi, yaitu
sebesar 43% dan melepaskannya ke atmosfer. Oksidasi CH4 oleh bakteri
metanotrof di lahan sawah dapat mencapai 80% dari total CH4 yang diproduksi
bakteri metanogen. Bakteri metanotrof dapat hidup baik di tanah sawah maupun
di dalam tanaman padi. Isolasi bakteri metanotrof endofit yang telah dilakukan
dari bagian filosfer, batang, dan akar padi menggunakan media agar Nitrat
Mineral Salt + 1% metanol menghasilkan 18 isolat bakteri metanotrof. Aktivitas
soluble metan monooksigenase (sMMO) 18 isolat bakteri metanotrof yang
diperoleh diuji dengan metode kolorimetrik meggunakan larutan o-dianisidin.
Berdasarkan hasil uji tersebut, empat isolat diantaranya (isolat MF 1.1, MF 1.4,
MEB 2.3 dan MEA 2.3) menunjukkan aktivitas enzim sMMO.

Kata kunci: Bakteri metanotrof, metan, sMMO

ABSTRACT

NINDYA SAPUTRI. Isolation and Characterization Endophytic and Phylosphere

Methanotrophic Bacteria in Paddy Plant. Supervised by IMAN RUSMANA and
ALINA AKHDIYA.
Wetlands and paddy fields produce methane emissions up to 43% of total
methane emission. CH4 oxidation by methanotrophs in paddy fields can reach
80% of the total CH4 produced by methanogenic bacteria. Methanotrophic
bacteria could be found in soil of rice fields and in paddy plant. Isolation of
endophytic methanotrophs has been done from the phylosphere, stems, and roots
of paddy plant using Nitrate Mineral Salt + 1% methanol media. As many as 18
isolates of methanotrophic bacteria were successfully isolated. Activity of soluble
methane monooxygenases (sMMO) of 18 bacterial isolates were tested by
colorimetric method solution of o-dianisidin. Based on this test, four isolates of
MF 1.1, MF 1.4, 2.1 MEB, MEB 2.3 and 2.3 MEA isolates showed sMMO
enzyme activity.

Kata kunci: Methane, methanotrophic bacteria, sMMO

ISOLASI DAN KARAKTERISASI BAKTERI METANOTROF
ENDOFIT DAN FILOSFER TANAMAN PADI

NINDYA SAPUTRI

Skripsi
sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar
Sarjana Sains pada
Departemen Biologi

DEPARTEMEN BIOLOGI
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
BOGOR
2015
 PRAKATA

Puji dan syukur penulis panjatkan kepada Allah subhanahu wa ta’ala atas
segala karunia-Nya sehingga karya ilmiah ini berhasil diselesaikan. Judul yang
dipilih dalam penelitian yang dilaksanakan sejak bulan April 2014 ini ialah Isolasi
dan Karakterisasi Bakteri Metanotrof Endofit dan Filosfer Tanaman Padi.
Terima kasih penulis ucapkan kepada Bapak Dr Ir Iman Rusmana, MSi dan
Ibu Dr Alina Akhdiya, MSi selaku pembimbing karya ilmiah serta Ibu Dr Ir
Sulistijorini, Msi selaku penguji karya ilmiah. Penulis juga mengucapkan terima
kasih kepada staf Laboratorium Mikrobiologi Departemen Biologi IPB.
Terima kasih kepada mama dan ayah terkasih, Aab, keluarga besar penulis,
keluarga Wapemala, Biologi 47, OWA 13, dan keluarga Arundina.

Bogor, Maret 2015

Nindya Saputri
 DAFTAR ISI

DAFTAR TABEL vi
DAFTAR GAMBAR vi
DAFTAR LAMPIRAN vi
PENDAHULUAN 1
Latar Belakang 1
Tujuan Penelitian 1
METODE 2
Waktu dan Tempat 2
Bahan dan Alat 2
Pengambilan Sampel 2
Isolasi, Pemurnian, dan Pengkulturan Bakteri Metanotrof 2
Metanotrof Filosfer 2
Metanotrof Endofit 2
Uji Aktivitas soluble Methane Monooxygenase (sMMO) 3
Karakterisasi Fenotipe 3
HASIL DAN PEMBAHASAN 3
SIMPULAN 6
SARAN 7
DAFTAR PUSTAKA 7
RIWAYAT HIDUP 8
 DAFTAR TABEL
1 Jumlah koloni bakteri metanotrof endofit dan filosfer yang tumbuh
pada media isolasi 4
2 Populasi bakteri metanotrof pada bagian filosfer, internal akar, dan
batang 5
3 Hasil isolasi bakteri metanotrof filosfer dan endofit pada tanaman padi 5
4 Hasil uji kualitatif aktivitas enzim sMMO dari isolat hasil isolasi 6
 PENDAHULUAN

Latar Belakang

Padi merupakan tanaman yang sangat penting dan sebagai sumber

makanan pokok bagi sebagian besar masyarakat Indonesia. Akan tetapi
penanaman padi secara intensif dapat menimbulkan dampak yang kurang
menguntungkan bagi lingkungan antara lain peningkatan emisi gas metan di lahan
sawah. Sebesar 43% dari emisi metan ke atmosfer berasal dari lahan basah dan
sawah (Wild 1995).
Intergovermental Panel on Climate Change, IPCC (1992) menyatakan
bahwa metan merupakan gas rumah kaca yang menempati urutan ketiga setelah
CO2 dan Chloro fluorocarbon (CFC) dalam kontribusinya terhadap pemanasan
global. Sebanyak 1,3 ppmv metan di atmosfer menyebabkan peningkatan 1,3⁰ C
suhu global. Namun dalam jumlah yang sama, peningkatan emisi gas metan
menimbulkan efek yang jauh lebih besar dibandingkan CO2 karena potensi
permolekul gas metan dalam pemanasan global 20 kali lebih besar dari pada CO2
(Pearce 2003).
Gas metan dapat dimetabolisme oleh bakteri metanotrof karena bakteri ini
memiliki sistem enzim spesifik yaitu metan monooksigenase (MMO) yang
mampu menambahkan satu atom oksigen ke dalam molekul metan untuk
membentuk senyawa metanol. Oksidasi metan tahap pertama oleh enzim MMO
menghasilkan metanol, kemudian metanol dehidrogenase mengkatalis reaksi
oksidasi metanol menjadi formaldehid. Reaksi selanjutnya yaitu oksidasi
formaldehid menjadi format oleh formaldehid dehidrogenase. Asimilasi
formaldehid dapat terjadi melalui dua lintasan utama, yaitu lintasan serin atau
lintasan ribulosa monophosphat (RuMP) (White 1995). Lahan sawah yang
tergenang dan banyak mengandung metan menyebabkan perbedaan gradien
konsentrasi air di sekitar akar dengan ruang antar sel pada akar sehingga CH4
terlarut terdifusi ke dalam jaringan-jaringan pembuluh tanaman (Wiryaningtyas
2011). Bakteri metanotrof dapat hidup di tanah sawah maupun di dalam tanaman
padi sebagai endofit dan filosfer. Bakteri endofit merupakan mikroorganisme
simbiotik yang hidup di dalam jaringan tanaman dan tidak menimbulkan efek
negatif pada tanaman inangnya (Mano dan Morisaki 2008). Umumnya bakteri
endofit masuk ke dalam jaringan tanaman melalui akar, stomata dan lentikula
(Mano et al. 2007). Bakteri metanotrof endofit padi menggunakan CH4 yang
berdifusi ke dalam jaringan pembuluh tanaman padi untuk pertumbuhannya.
Kemampuan bakteri metanotrof dalam mengoksidasi CH4 dapat
dimanfaatkan dan diaplikasikan untuk menurunkan emisi gas metan di lahan
sawah. Oleh karena itu perlu dilakukan isolasi dan seleksi bakteri metanotrof
endofit dan filosfer yang memiliki kemampuan tinggi dalam mereduksi gas metan
di lahan sawah.
Tujuan

Penelitian ini bertujuan untuk mengisolasi dan mengkarakterisasi bakteri

metanotrof endofit dan filosfer yang mempunyai aktivitas oksidasi metan tinggi.
2

METODE

Waktu dan Tempat

Penelitian ini dilaksanakan mulai bulan April sampai bulan September

2014 di Laboratorium Mikrobiologi Departemen Biologi, Fakultas Matematika
dan Ilmu Pengetahuan Alam, Institut Pertanian Bogor.

Bahan dan Alat

Media isolasi yang digunakan adalah Nitrat Mineral Salts (NMS) dan agar.
NMS dengan komposisi MgSO4.7H2O 1.0 g/L, CaCl2.6H2O 0.2 g/L, KNO3 1.0
g/L, KH2PO4 0.272 g/L, Na2HPO4.12H2O 0.717 g/L, NH4Cl 4.0 mg/L, Na2EDTA
0.5 g/L, FeSO4.7H2O 0.2 g/L, H3BO3 0.03 g/L, CoCl2.6H2O 0.02 g/L,
ZnSO4.7H2O 0.01 g/L, MnCl2.4H2O 3.0 mg/L, Na2MoO4.2H2O 3.0 mg/L,
NiCl2.6H2O 2.0 mg/L, CaCl2.2H2O 1.0 mg/L, dan Bacto agar 20 g/L. Alat yang
digunakan adalah autoklaf, inkubator, mikroskop Olympus CX 21 Japan, gelas
objek, Laminar Air Flow Cabinet, kamera digital (Optilab Camera Microscope),
cawan petri, dan peralatan laboratorium lain yang umum digunakan.

Pengambilan Sampel

Sampel tanaman padi diambil dari sawah di Desa Situgede, Kecamatan

Dramaga, Bogor, Jawa Barat. Tanaman padi varietas (Ciherang) umur 2 bulan
dicabut, kemudian dimasukkan ke dalam kantong plastik steril dan segera dibawa
ke laboratorium untuk diisolasi bakteri endofitnya.

Isolasi, Pemurnian, dan Pengkulturan Bakteri Metanotrof

Metanotrof Filosfer
Isolasi bakteri metanotrof dilakukan dengan metode isolasi langsung dengan
teknik cawan sebar pada agar NMS + 1% metanol (v/v). Bakteri filosfer diisolasi
dari daun yang telah dicuci dengan air steril selanjutnya direndam dalam larutan
garam fisiologis (NaCl 0,85%). Rendaman tersebut diaduk dengan vortex selama
5 menit lalu diinkubasi sambil dikocok di atas shaker. Setelah inkubasi selama 30
menit, sebanyak 1 ml cairan perendam diinokulasikan ke dalam 50 ml media
NMS. Sebagian cairan rendaman (100 μl) disebarkan pada media NMSA + 1%
metanol.

Metanotrof Endofit
Batang dan akar tanaman padi diambil dicuci bersih lalu disterilisasi
permukaannya secara bertahap dengan klorox 2.5% selama 1-2 menit, dibilas
akuades steril, direndam dalam etanol 70% selama 3-5 menit, dan terakhir
dibilas dua kali kembali dengan akuades steril. Sebanyak 2 potong batang dengan
panjang masing-masing 2 cm dipotong-potong kecil lalu digerus secara aseptis.
Isolasi dari bagian akar dilakukan dengan menggerus 2 potong akar (panjang
masing-masing 2 cm) yang telah disterilkan kemudian dipotong-potong kecil dan
 3

digerus secara aseptis. Sebanyak 100 μl cairan hasil gerusan batang dan akar
masing-masing disebarkan pada media agar NMS + 1% metanol. Inkubasi
dilakukan selama 10-14 hari pada suhu ruang.
Bakteri yang tumbuh pada media isolasi dimurnikan menggunakan metode
gores kuadran pada media yang sama. Isolat murni yang diperoleh selanjutnya
diperbanyak agar miring NMS + 1% metanol dan disimpan dalam lemari
pendingin sebagai biakan kerja.

Uji Aktivitas soluble Methane Monooxygenase (sMMO)

Masing-masing isolat ditumbuhkan pada media agar NMS dan NMS +

1µM CuSO4 dengan cara ditotolkan. Media yang telah diinokulasi tersebut
diinkubasi pada suhu ruang (29°C-30ºC) selama 10-14 hari. Tutup cawan dibuka
dan ditaburi kristal naftalena sebelum cawan berisi koloni dipasangkan kembali
pada posisi terbalik. Cawan dibiarkan pada posisi tersebut selama 15 menit
sebelum permukaan koloninya disemprot dengan larutan ortodianisidin (5 mg/ml).
Cawan berisi koloni ditutup kembali dengan cawan penutup yang baru dan
dibiarkan selama 15 menit pada posisi normal sebelum diamati. Koloni isolat
yang warnanya berubah menjadi ungu setelah perlakuan ini menunjukkan adanya
aktivitas sMMO (Graham et al. 1992).

Karakterisasi Fenotipe

Karakterisasi fenotipe isolat terpilih yang dilakukan secara terbatas

meliputi morfologi koloni, morfologi sel, dan reaksi Gram. Metode pewarnaan
Gram dilakukan pada waktu 3 minggu setelah penggoresan. Isolat bakteri dioles
tipis pada kaca objek kemudian difiksasi panas dengan cara didekatkan dengan
sumber api pada bunsen selama 30 detik. Olesan yang sudah difiksasi, ditetesi
dengan zat warna kristal violet selama 1 menit kemudian dibilas dengan akuades.
Selanjutnya diteteskan zat pewarna iodium Gram selama 2 menit kemudian
dibilas dengan akuades dan ditetesi alkohol 95% hingga pucat. Selanjutnya
dilakukan pewarnaan dengan safranin selama 30 detik. Olesan bakteri dibilas
dengan akuades dan sisa-sisa air yang menempel dikeringkan dengan kertas serap.
Preparat diamati menggunakan mikroskop pada perbesaran 100x10. Isolat
yang teramati kemudian dipotret dengan menggunakan kamera digital (Optilab
Camera Microscope).

HASIL DAN PEMBAHASAN

Hasil Isolasi Bakteri Metanotrof Endofit dan Filosfer Padi

Sebanyak 454 koloni bakteri metanotrof berhasil ditumbuhkan dari bagian
filosfer, internal batang dan akar tanaman padi varietas Ciherang umur 2 bulan
pada media isolasi (agar NMS + 1% metanol). Penggunaan metanol pada media
isolasi disebabkan bakteri metanotrof mampu menggunakan senyawa organik
dengan atom C tunggal seperti metan dan metanol sebagai sebagai donor elektron
4

untuk menghasilkan energi dan sebagai sumber karbonnya. Selain kedua senyawa
tersebut, kelompok bakteri ini juga mampu menggunakan senyawa metil, format,
formaldehid, dan metilamin (Hanson dan Hanson 1996).
Bagian internal akar menghasilkan 58 koloni, bagian internal batang 236
koloni, dan bagian filosfer 160 koloni (Tabel 1). Hasil isolasi ini menunjukkan
bahwa selain di dalam tanah atau lumpur sawah, bakteri metanotrof juga
menghuni bagian internal tanaman dan filosfer padi. Keberadaan bakteri
metanotrof di dalam jaringan-jaringan tanaman padi tersebut didukung oleh
tersedianya gas metan sebagai sumber karbon dan energi untuk pertumbuhan
bakteri ini. Wiryaningtyas (2011) menyatakan bahwa pada pembuluh aerenkim
daun, batang, dan akar padi terjadi pertukaran gas dari dalam tanah ke udara.
Perbedaan gradien konsentrasi air di sekitar akar dengan ruang antar sel pada akar
menyebabkan CH4 terlarut terdifusi ke dalam jaringan-jaringan pembuluh. Proses
oksidasi metan pada bakteri metanotrof dikatalisis oleh enzim metan
monoksigenase (MMO). Enzim ini mampu memutus ikatan O-O. Satu atom
oksigennya akan berikatan dengan metan membentuk metanol, sedangkan atom
oksigen yang lain akan direduksi menjadi H2O. Terdapat dua jenis enzim metan
monoksigenase, yaitu enzim metan monoksigenase terlarut (sMMO) dan enzim
metan monoksigenase terikat membran (pMMO).
Morfologi koloni-koloni bakteri pada media isolasi bervariasi dan dapat
dikelompokkan menjadi 6 (A, B, C, D, E, dan F) berdasarkan warna dan
elevasinya (Tabel 1). Warna-warna koloni disebabkan oleh pigmen bakteri yang
hidup dalam koloni-koloni tersebut. Sebagian bakteri metanotrof tidak
menghasilkan pigmen, sedangkan sebagian lainnya mampu menghasilkan pigmen
antara lain pigmen kuning atau kecoklatan (Hanson dan Hanson 1996), pink
muda (Eller dan Frenzel 2001) serta oranye kemerahan (Holt et al. 2000).

Tabel 1 Jumlah koloni bakteri metanotrof endofit dan filosfer yang tumbuh pada
media NMS + 1% metanol
Sampel Morfologi Koloni Jumlah
A B C D E F Total
Filosfer 88 25 15 8 17 7 160
Batang 35 3 11 81 - 106 236
Akar 5 10 21 22 - - 58
Jumlah 128 38 47 111 17 113 454
Keterangan: A: Pink, bundar, tepian licin, elevasi cembung
B: Pink muda, bundar, tepian licin, elevasi cembung
C: Kuning, bundar, tepian licin, elevasi seperti tombol
D: Krem, bundar, tepian licin, elevasi cembung
E: Putih, bundar, tepian licin, elevasi cembung
F: Putih, tak beraturan menyebar,tepian tak beraturan, elevasi timbul

Persentase koloni bakteri metanotrof yang berhasil ditumbuhkan dari bagian

filosfer, bagian internal batang, dan bagian internal akar padi berturut turut ialah
35,24%, 51,98% dan 12,78%. Selain keragaman morfologi koloninya yang
relatif tinggi (6 kelompok), kepadatan bakteri metanotrof pada bagian filosfer
(4.00 x 103) juga paling tinggi dibandingkan bagian internal batang dan akar
 5

(Tabel 2).
Tabel 2 Populasi bakteri metanotrof pada bagian filosfer, internal akar, dan
batang
Densitas Bakteri Metanotrof (102 x CFU) Total
Tipe Koloni Jumlah
Total Pada Bagian A B C D E F Jenis
2
Filosfe 40.0/ cm 22.0 6.25 3.75 2.00 4.25 1.75 6
r
Batang 29.5 / cm 4.37 0.37 1.38 10.1 - 13.3 5
Akar 7.25/ cm 0.63 1.25 2.63 2.75 - - 4
Keterangan: A: Pink, bundar, tepian licin, elevasi cembung
B: Pink muda, bundar, tepian licin, elevasi cembung
C: Kuning, bundar, tepian licin, elevasi seperti tombol
D: Krem, bundar, tepian licin, elevasi cembung
E: Putih, bundar, tepian licin, elevasi cembung
F: Putih, tak beraturan menyebar,tepian tak beraturan, elevasi timbul

Tabel 3 Isolat bakteri metanotrof padi endofit dan filosfer yang diperoleh
Sampel Total Kode Isolat
Filosfer 7 MF 1.1, MF 1.5, MF 1.4, MF 2.2, MF 2.4, MF 1.2, MF 2.3
Batang 7 MEB 1.3, MEB 1.2, MEB 2.5, MEB 2.3,
MEB 2.4, MEB 1.4, MEB 2.2
Akar 4 MEA 1.3, MEA 2.3, MEA 1.1, MEA 2.1

Bakteri metanotrof merupakan bagian dari kelompok bakteri metilotrof

(Hanson 1998). Diantara anggota bakteri metilotrof, terdapat kelompok bakteri
berwarna pink yang disebut bakteri Pink-Pigmented Facultative Methylotrophic
(PPFM). Kelompok bakteri berwarna pink tersebut dilaporkan seringkali terisolasi
dari bagian tanaman terutama dari permukaan daun (Corpe dan Rheem 1989).
Tingginya persentase perolehan bakteri dengan pigmen pink (kelompok A dan B)
dari area filosfer diduga berkaitan dengan tingginya populasi bakteri PPFM dan
metanotrof pada permukaan sampel daun yang digunakan sebagai bahan isolasi.

Aktivitas sMMO Isolat bakteri metanotrof

Uji kualitatif aktivitas sMMO terhadap 18 isolat yang diperoleh pada
media NMS dengan dan tanpa penambahan 1µM CuSO4 menunjukkan 4 isolat
diantaranya (MF 1.1, MF 1.4, MEB 2.3 dan MEA 2.3) warna koloninya berubah
menjadi ungu setelah dipapar dengan naftalena dan disemprot dengan O-
dianisidin (Tabel 4). Enzim sMMO mampu mengkatalisis reaksi naftalena
menjadi naftol (Graham et al. 1992). Warna ungu pada koloni yang telah dipapar
naftalena dan disemprot O-dianisidin disebabkan oleh reaksi antara naftol dan O-
dianisidin. Selain dapat mengkonversi naftalena menjadi naftol, enzim ini mampu
mendegradasi senyawa polutan trikloroetilen. Kemampuan bakteri metanotrof
dalam mendegradasi senyawa trikloroetilen mengindikasikan potensi bakteri ini
dalam mendegradasi senyawa polutan dari kelompok hidrokarbon terklorinasi.
6

Tabel 4 Hasil uji kualitatif aktivitas enzim sMMO isolat bakteri metanotrof
endofit dan filosfer padi
No. Kode Warna Morfologi Bentuk Reaksi Aktivitas
Isolat Koloni Koloni Sel Gram Enzim
sMMO
1 MF 1.1 Pink Bundar Batang Negatif +
2 MF 1.5 Kuning Bundar Bulat Negatif -
3 MF 1.4 Krem Bundar Bulat Negatif +
4 MF 2.2 Kuning Bundar Batang Negatif -
5 MF 2.4 Krem Bundar Bulat Negatif -
6 MF 1.2 Pink Bundar Batang Negatif -
7 MF 2.3 Kuning Bundar Batang Negatif -
8 MEB 1.3 Kuning Bundar Batang Negatif -
9 MEB 1.2 Krem Bundar Batang Negatif -
10 MEB 2.5 Pink Bundar Batang Negatif -
11 MEB 2.3 Kuning Bundar Batang Negatif +
12 MEB 2.4 Krem Bundar Batang Negatif -
13 MEB 1.4 Krem Bundar Batang Negatif -
14 MEB 2.2 Pink Bundar Bulat Negatif -
15 MEA 1.3 Pink Bundar Batang Negatif -
16 MEA 2.3 Kuning Bundar Batang Negatif +
17 MEA 1.1 Pink Bundar Batang Negatif -
18 MEA 2.1 Pink Bundar Batang Negatif -

SIMPULAN

Densitas bakteri metanotrof pada bagian filosfer, internal akar dan batang
padi, berturut-turut ialah 40.0x102 CFU/cm2 luas daun, 29.5x102 CFU/cm ruas
batang dan 7.25x102 CFU/cm ruas akar. Isolasi bakteri metanotrof dari bagian
internal akar dan batang serta filosfer menghasilkan 18 isolat yang menghasilkan
pigmen dan memiliki morfologi koloni yang berbeda. Berdasarkan warna dan
elevasi koloninya, isolat-isolat tersebut terdiri atas 6 kelompok yaitu: (A) pink,
bundar, tepian licin, elevasi cembung, (B) pink muda, bundar, tepian licin, elevasi
cembung, (C) kuning, bundar, tepian licin, elevasi seperti tombol, (D) krem,
bundar, tepian licin, elevasi cembung, (E) putih, bundar, tepian licin, elevasi
cembung, dan (F) putih, tak beraturan menyebar, tepian tak beraturan, elevasi
timbul. Berdasarkan hasil uji kualitatif menggunakan naftalen , empat isolat
diantaranya memiliki aktivitas sMMO karena mampu mendegradasi naftalen
menjadi naftol.
 7

SARAN

Perlu dilakukan uji kualitatif oksidasi metan dan karakterisasi molekular

serta fisiologis terhadap isolat bakteri metanotrof endofit dan filosfer yang
diperleh pada penelitian ini.

DAFTAR PUSTAKA

Bouwman AF, Sombroek WG. 1990. Inputs to climate change by soil and
agriculture related activities. Soil on A Warmer Earth 20: 15-30.
Conrad R, Rothfus F. 1991. Methane oxidation in the soil surface layer of flooded
rice fields and the effect of ammonium. Biol Fertil Soil 12: 28-32.
Corpe WA, Rheem S. 1989. Ecology of the methylotrophic bacteria on living leaf
surfaces. FEMS Microbiol Ecol 62:243-249.
Eller G. Frenzel P. 2001. Changes in activity and community structure of
methane-oxidizing bacteria over the growth period of rice. Appl Environ
Microbiol 67 (6): 2395-2403.
Graham DW, Korich DG, Leblanc RP, Sinclair NA, Arnold RG. 1992.
Applications of a colorimetric plate assay for soluble methane
monooxygenase activity. Appl Environ Microbiol 58(7): 2231-2236.
Hanson RS. 1998. Ecology of methylotrophic bacteria. Di dalam: Burlage RS,
Atlas R, Stahl D, Geesey G, Sayler G, editor. Techniques in Microbial
Ecology. Oxford (GB): Oxford University Press. Hlm 137-162.
Hanson RS, Hanson TE. 1996. Methanotrophic bacteria. J Microbiol Reviews
60(2): 439-471.
Hapsary W. 2008. Isolasi dan Karakterisasi Bakteri Metanotrof Asal Sawah di
Bogor dan Sukabumi [skripsi]. Bogor (ID): Institut Pertanian Bogor.
Holt JG, Krieg NR, Sneath PHA, Staley JT, Williams ST. 1994. Bergey’s Manual
of Determinative Bacteriology. Edisi ke-9. Baltimore (US): William &
Wilkins.
[IPCC] Intergovernmental Panel on Climate Change. 1992. The Suplementary
Report to The IPCC Scientific in Hougton JT, Callendar BA, Varney SK,
editor. Cambridge (GB): Cambridge University Press.
Mano H, Tanaka F, Nakamura C, Kaga H, Morisaki H. 2007. Culturable
endophytic bacterial flora on the maturing leaves and roots of rice plants
(Oryza sativa) cultivated in a paddy field. Microbes and Environments 22:
175-185.
Mano H, Morisaki H. 2008. Minireview: Endophytic bacteria in the rice plant.
Microbes and Environments 23: 109-117.
Pearce P. 2003. Essential Science Pemanasan Global Panduan Bagi Pemula
Tentang Perubahan Iklim Bumi. Jakarta (ID): Erlangga.
White D. 1995. The Physiology and Biochemistry of Prokaryotes. New York
(US): Oxford University Press.
Wild A. 1995. Soils and The Environment: An Introduction. Cambridge (GB):
Cambridge University Press.
Wiryaningtyas S. 2011. Pertumbuhan dan oksidasi metan bakteri metanotrof pada
beberapa media [tesis]. Bogor (ID): Institut Pertanian Bogor.
8

RIWAYAT HIDUP
Penulis dilahirkan di Sumedang Jawa Barat pada tanggal 12 Januari 1992
dari ayahanda Andang Suparman dan ibunda Ening Yuningsih. Penulis
merupakan anak kedua dari empat bersaudara. Tahun 2010 penulis lulus dari
SMA Negeri Situraja Sumedang dan berhasil masuk Departemen Biologi FMIPA
IPB melalui jalur Undangan Seleksi Masuk IPB (USMI).
Selama masa perkuliahan, penulis aktif sebagai anggota divisi Observasi
Wahana Alam Himpunan Mahasiswa Biologi (OWA Himabio) selama dua
periode pada tahun 2011-2013. Selain itu penulis juga aktif pada kegiatan UKM
Bulutangkis IPB pada tahun 2010-2013. Penulis menjadi asisten praktikum mata
kuliah Biologi Dasar Tingkat Persiapan Bersama IPB tahun ajaran 2013/2014 dan
2014/2015. Asisten mata kuliah Fisiologi Tumbuhan pada tahun ajaran
2013/2014. Tahun 2012 penulis melaksanakan studi lapang di Taman Nasional
Gunung Gede Pangrango dengan judul Bakteri Filosfer Penghasil Senyawa
Bioaktif Anti Xanthomonas oryzae pv. oryzae Penyebab Penyakit Hawar Daun
Bakteri pada Padi. Penulis melakukan praktik kerja lapang di RSUD Sumedang
dari bulan Juli sampai Agustus 2013 dengan judul Pemeriksaan Hematologi dan
Klinik Rutin di Laboratorium Klinik RSUD Sumedang.