HARNESSING ENDOPHYTES FOR INDUSTRIAL

MICROBIOLOGY
MEMANFAATKAN ENDOFIT UNTUK MIKROBIOLOGI
INDUSTRI

Anggota Kelompok 5 :
1. Titik Surati (C1061201002)
2. Dwi Utami (C1061201010)
3. Priyanka Tasya Septerina (C1061201012)

PROGRAM STUDI ILMU DAN TEKNOLOGI PANGAN

JURUSAN BUDIDAYA PERTANIAN
FAKULTAS PERTANIAN
UNIVERSITAS TANJUNGPURA
PONTIANAK
2023
Peran masing-masing dalam tugas :
1. Titik Surati : Mengerjakan bagian metode dan meringkas materi ppt
2. Dwi Utami : Mengerjakan bagian pendahuluan dan meringkas materi ppt
3. Priyanka Tasya Septerina : Mengerjakan bagian pembahasan dan membuat
ppt
 PENDAHULUAN

Latar Belakang
Endofit adalah mikroorganisme yang ada didalam jaringan tanaman yang
hidup secara simbiosis. Dalam beberapa waktu terakhir, penggunaan endofit
dalam mikrobiologi industri telah meningkat karena endofit mempunyai potensi
sebagai sumber daya mikroba yang berharga untuk digunakan dalam berbagai
aplikasi industri. Salah satu alasan utama mengapa endofit menarik bagi industri
karena kemampuannya untuk menghasilkan senyawa bioaktif yang bermanfaat
Beberapa senyawa ini, seperti metabolit sekunder, enzim dan pigmen mempunyai
potensi untuk digunakan dalam produksi makanan, farmasi, kosmetik dan produk
kimia lainnya. Dalam industri pangan, penggunaan endofit dapat meningkatkan
kualitas produk melalui fermentasi makanan yang lebih cepat dan efisien. Secara
keseluruhan, pemanfaatan endofit dalam mikrobiologi industri menawarkan
potensi yang menarik untuk menghasilkan produk yang lebih efisien, ramah
lingkungan, dan berpotensi lebih sehat bagi manusia dan hewan
Muscodor albus adalah fungi endofit yang diperoleh dari dahan atau
ranting-ranting cabang pohon Cinnamomum zeylanicum (Cinnamon (Worapong
et al. 2001). Muscodor albus merupakan genus jamur endofit baru yang
menghasilkan senyawa organik volatil bioaktif (VOC). Muscodor albus
menghasilkan campuran VOC yang bekerja dengan baik untuk membunuh
berbagai macam jamur dan bakteri patogen tumbuhan dan manusia. Campuran gas
ini terdiri dari berbagai alkohol, asam, ester, keton, dan lipid. Campuran buatan
VOC meniru efek biologis dari VOC jamur ketika diuji terhadap berbagai patogen
jamur dan bakteri. Kajian ini membahas kajian sistematik produksi senyawa
organik volatil (VOC) oleh Muscodor dan perkembangan genus jamur endofit ini
di bidang pertanian, kedokteran, dan industri.

Tujuan
Tujuan dari kajian ini adalah untuk mengetahui senyawa bioaktif yang
terkandung didalam jamur endofit tamanan dan pengembangannya dalam
mikrobiologi industri.

1
 METODE

Sampel yang digunakan dalam penelitian ini adalah tumbuhan dari hutan
hujan. Peneliti menggunakan teknik isolasi kultur untuk memisahkan dan
mengidentifikasi mikroorganisme endofit yang ada di dalam tanaman. Sampel
tanaman disterilkan dan diinokulasi ke media kultur yang sesuai untuk
menumbuhkan mikroorganisme yang berasal dari dalam tanaman.
Mikroorganisme endofit diidentifikasi menggunakan teknik molekuler
seperti PCR (Polymerase Chain Reaction) dan perunutan DNA. PCR dilakukan
dengan menggunakan primer yang dirancang untuk mengamplifikasi fragmen
DNA endofit dari sampel tanaman. Setelah beberapa siklus PCR, jumlah DNA
endofit yang cukup besar akan dihasilkan untuk dideteksi. Setelah amplifikasi
selesai, hasil PCR dapat dianalisis dengan metode elektroforesis agarosa atau
teknik lainnya yang sesuai untuk memastikan keberadaan DNA endofit dalam
sampel. Selanjutnya dilakukan perunutan DNA sebagai tahapan lanjutan untuk
mengetahui identitas endofit hingga tingkat spesiesnya.
Dilakukan pengujian tentang aktivitas biologis dari mikroorganisme
endofit seperti produksi senyawa metabolit sekunder yang berpotensi untuk
digunakan dalam aplikasi mikrobiologi industri. Jika mikroorganisme endofit
menunjukkan potensi dalam produksi senyawa metabolit sekunder yang
berpotensi, peneliti dapat melakukan optimasi pertumbuhan dan produksi
mikroorganisme dengan menggunakan berbagai teknik seperti pengoptimalan
media kultur, kondisi fermentasi, dan pemilihan strain yang lebih baik.

2
 PEMBAHASAN

Mikrobiologi Industri merupakan penerapan mikrobiologi yang

memanfaatkan mikroorganisme dalam proses industri untuk menghasilkan produk
yang mempunyai nilai ekonomi tinggi dan bermanfaat. Oleh sebab itu, salah satu
penerapan mikrobiologi yang memanfaatkan mikroorganisme dalam proses
industri yang dihasilkan yaitu endofit. Endofit merupakan mikroorganisme yang
hidup bersimbiosis pada jaringan tanaman tanpa menyebabkan penyakit pada
tanaman tersebut. Istilah endofit pertama kali dikenal pada tahun 1866 oleh De
Bary sebagai suatu mikroorganisme yang hidup pada tanaman dan tidak
memberikan efek negatif. Mikroba endofit merupakan mikroba yang tumbuh pada
bagian jaringan tumbuhan. Mikroba endofit ini banyak ditemukan di batang, daun,
buah dan akar (Strobel dan Daisy, 2003).
Penelitian yang dilakukan oleh Xiang Ling membuktikan bahwa dalam
satu tumbuhan dapat diisolasi jenis mikroba endofit yang masing-masing
mempunyai potensi untuk memproduksi satu atau beberapa senyawa bioaktif
(Xiang et al., 2007). Mikroba endofit ini juga dapat berfungsi sebagai antibakteri,
antijamur dan dapat menghasilkan enzim yang bermanfaat untuk bidang industri
maupun pangan (Sinaga, 2009). Selain itu mikroba endofit tidak hanya bakteri
tetapi juga jamur, virus atau mikroba lainnya. Pada pembahasan ini endofit yang
dibahas yaitu berupa jamur, khususnya genus jamur endofit baru bernama
Muscodor Albus.

Penemuan Anatomi Muscodor Albus

Muscodor albus adalah sebuah jenis jamur yang ditemukan pada tahun
1996 oleh Dr. Gary Strobel dari Montana State University. Dr. Gary Strobel
menemukan Muscodor albus saat melakukan penelitian di hutan di Amerika
Selatan pada pohon Cinnamomum zeylanicum atau pohon kayu manis. Sebagian
besar sampel tanaman dari daerah tropis dipenuhi dengan tungau fitofag
mikroskopis yang menempati bagian piring petri yang disegel. Oleh sebab itu,
untuk menghilangkan masalah tungau yang mengganggu, maka ditempatkan pelat
petri yang berisikan jaringan tanaman ke dalam kotak plastik dengan penutup
yang rapat. Pada saat dua hari dilakukannya inkubasi, dicatat bahwa hanya satu

3
endofit yang ditransfer tumbuh. Jamur endofit yang tumbuh disebut dengan
Muscodor Albus yang dapat menghasilkan producing volatile antibiotics atau
disebut dengan VOC. VOC inilah yang membunuh atau menghambat
pertumbuhan jamur endofit lainnya. Dr. Strobel kemudian melakukan penelitian
lebih lanjut dan menemukan bahwa senyawa VOC yang dihasilkan oleh
Muscodor albus memiliki sifat antimikroba yang kuat, mampu membunuh bakteri
dan jamur penyebab penyakit pada manusia dan hewan.
Pada tahun 2002, Muscodor albus diuji coba sebagai agen pengendali
hayati untuk mengendalikan serangan hama pada tanaman pertanian. Hasil uji
coba tersebut menunjukkan bahwa Muscodor albus mampu mengendalikan
serangan hama dengan efektif tanpa meninggalkan residu kimia berbahaya pada
tanaman dan lingkungan sekitar. Secara keseluruhan, Muscodor albus merupakan
jamur yang memiliki potensi besar dalam berbagai bidang. Meskipun jamur
endofit jenis lain yang dapat membuat VOC banyak ditemukan, tidak ada satupun
yang memiliki aktivitas biologis seperti jamur endofit muscodor. Penelitian
Dennis dan Webster (1971) mendukung pernyataan itu, pada penelitian ini
menggunakan jamur yang bersifat endofit bernama Trichoderma yang dapat
menghasilkan VOC, tetapi VOC yang dihasilkan memiliki aktivitas biologis
sederhana dan upaya yang dilakukan untuk mengidentifikasi VOC ini sangat
terbatas.

Muscodor Albus dan VOC-nya

Muscodor Albus adalah jamur endofit steril (tidak menghasilkan spora)
yang memiliki beberapa karakteristik hifa yang menarik antara lain melingkar,
keropos, dan percabangannya siku-siku. Miselium jamur pada sebagian besar
media berwarna keputihan dan tertindih (Gambar 1). Jamur endofit ini secara
efektif menghambat dan membunuh jamur dan bakteri tertentu lainnya,
berdasarkan campuran senyawa volatil yang dihasilkannya. Sebagian besar
senyawa ini diidentifikasi dengan kromatografi gas/spektrometri massa dan
kemudian dibuat menjadi campuran buatan yang meniru efek antibiotik dari
campuran senyawa volatil yang dilepaskan oleh jamur. Masing-masing dari lima
kelas senyawa volatil yang diproduksi oleh jamur (alkohol, ester, keton, asam, dan
lipid) memiliki beberapa efek penghambatan terhadap jamur dan bakteri uji, tetapi

4
tidak ada yang mematikan. Namun, secara kolektif mereka bertindak secara
sinergis untuk membunuh berbagai macam jamur dan bakteri patogen tanaman
dan manusia. Kelas senyawa penghambat yang paling efektif adalah ester, di
mana 1-butanol, 3-metil-, asetat adalah yang paling aktif secara biologis.

Gambar 1. a) Kultur Muscodor Albus b) Miselium Muscodor Albus berwarna keputihan c) Karakteristik
miselium ropy jamur Muscodor Albus dilihat dengan mikroskop

Aspek Fisiologis Produksi VOC

Komposisi media sangat mempengaruhi kualitas dan efektivitas VOC
yang dipancarkan Muscodor albus. Teknologi yang relatif baru yang disebut
proton transfer reaction-mass spectrometry (PTR-MS) digunakan untuk memantau
konsentrasi VOC yang dipancarkan oleh Muscodor albus (Ezra,D., dkk. 2004).
Teknik online ini cepat, akurat dan memberikan data pada batas deteksi ppb.
Instrumen PTR-MS mengionisasi molekul organik dalam fase gas melalui
reaksinya dengan H3HAI+, sebagian besar membentuk MH+. Keuntungan lebih
lanjut dari PTR-MS adalah dengan eksperimen menentukan waktu reaksi, terdapat
jumlah H3HAI+ dan konstanta laju reaksi teoritis untuk reaksi transfer proton dan
akhirnya konsentrasi absolut konstituen dalam sampel dapat diukur.
Data dikumpulkan dari jangka panjang dalam carboy oleh PTR-MS
menunjukkan bahwa produksi VOC bergantung pada suhu dengan penurunan

5
produksi gas yang terjadi pada suhu yang lebih tinggi. Reaksi yang dimediasi oleh
enzim yang bergantung pada suhu di Muscodor albus mengontrol tingkat emisi
yang mudah menguap dari jamur itu sendiri. Selain itu, pemantauan setelah 3
minggu menunjukkan penurunan produksi VOC yang lambat namun stabil yang
mungkin merupakan cerminan dari menipisnya sumber karbohidrat di PDA. Hal
ini konsisten dengan pengamatan Ezra D. dan Strobel G.A. (2003) yang
menunjukkan produksi VOC dan hubungannya dengan sumber karbohidrat.
Teknik PTR-MS juga diterapkan pada tanah yang mengandung Muscodor albus
bersama dengan patogen tanaman Ultimum Pythium dan dimungkinkan untuk
berhasil memantau produksi VOC di tempat dan menunjukkan produksi VOC dari
Muscodor albus di tempat. Estimasi kisaran konsentrasi VOC total yang
diproduksi oleh Muscodor albus berada di urutan 100–300 ppb berdasarkan
penentuan konsentrasi asam propanoat, 2-metil, metil ester.

Mycofumigasi Dengan Spesies Muscodor

Banyak aplikasi praktis dari Muscodor albus dan VOC-nya di bidang
pertanian, kedokteran dan industri. Isitilah ''mycofumigasi'' telah diterapkan pada
praktik aspek jamur endofit ini. Pengertian fumigasi adalah sebuah metode
pengendalian hama yang dilakukan dengan cara pengasapan pestisida dalam
bentuk gas. Demonstrasi praktis pertama dari efeknya terhadap patogen adalah
mycofumigasi dari biji barley yang terinfeksi gosong tertutup selama beberapa
hari. Benih akhirnya ditanam dan tanaman yang dihasilkan, berbeda dengan
kelompok kontrol yang tidak diberi perlakuan, tidak menghasilkan kepala yang
terinfeksi (Strobel, G.A. dkk , 2001). Penggunaan tambahan yang sangat penting
dari teknologi ini adalah untuk perawatan buah-buahan dalam penyimpanan dan
transit. Perawatan tanah juga telah digunakan secara efektif baik di lapangan
maupun di rumah kaca. Dalam kasus ini, tanah diolah terlebih dahulu dengan
formulasi Muscodor albus untuk mencegah perkembangan bibit yang terinfeksi.

Pemanfaatan Endofit pada Mikrobiologi Industri

Penelitian yang dilakukan oleh Camp,A.R. dkk. tahun 2008 membahas
tentang penggunaan agen pengendali Muscodor albus untuk mengendalikan
Penyakit Busuk Phytophthora pada tanaman paprika dan labu. Dalam penelitian

6
ini, Muscodor albus diaplikasikan pada tanah dan media tanam sebelum tanaman
ditanam. Aplikasi ini efektif untuk mengendalikan Phytophthora blight pada
tanaman paprika dan labu. Beberapa faktor seperti suhu dan kelembaban udara
juga mempengaruhi efektivitas pengendalian ini. Peneliti menggunakan Muscodor
albus, sebuah jamur penghasil gas yang terdapat pada kayu sebagai agen
pengendali. Hasil penelitian menunjukkan bahwa penggunaan Muscodor albus
secara signifikan mengurangi perkembangan penyakit Phytophthora blight pada
tanaman paprika dan labu secara efektif dan ramah lingkungan. Selain itu,
penggunaan Muscodor albus juga meningkatkan pertumbuhan tanaman dan hasil
panen.
Jurnal penelitian Gabler, F.M., dkk. (2010) membahas tentang penggunaan
teknik biofumigasi kontinu dengan menggunakan jamur Muscodor albus serta
teknik fumigasi pra-pendinginan dengan menggunakan ozon atau sulfur dioksida
untuk mengendalikan penyakit gray mold pasca panen pada anggur meja. Dalam
jurnal ini, peneliti menguji efektivitas teknik biofumigasi kontinu dengan
Muscodor albus dan teknik fumigasi pra-pendinginan dengan ozon atau sulfur
dioksida secara terpisah maupun kombinasi untuk mengendalikan penyakit gray
mold pada anggur meja. Hasil penelitian menunjukkan bahwa teknik kombinasi
biofumigasi dan fumigasi pra-pendinginan dengan ozon atau sulfur dioksida
memberikan hasil yang lebih baik dalam mengendalikan penyakit gray mold pada
anggur meja dibandingkan dengan teknik yang digunakan secara terpisah.
Mercier, J. dan Jimenez, J. I. (2004) melakukan penelitian penggunaan
jamur biofumigan Muscodor albus sebagai pengendali penyakit busuk pada buah
apel dan persik. Muscodor albus adalah jamur yang menghasilkan senyawa
volatile organik yang dikenal sebagai biofumigan yang dapat mengendalikan
pertumbuhan jamur penyebab penyakit pada buah-buahan. Dalam penelitian ini,
para peneliti melakukan uji coba untuk mengetahui efektivitas Muscodor albus
dalam mengendalikan penyakit busuk pada buah apel dan persik. Hasil penelitian
menunjukkan bahwa Muscodor albus dapat menghambat pertumbuhan jamur
penyebab penyakit pada buah-buahan tersebut dan dapat digunakan sebagai
alternatif pengendalian penyakit yang ramah lingkungan dan aman bagi manusia.

7
 DAFTAR PUSTAKA

Camp, A. R., Dillard, H. R., & Smart, C. D. 2008. Efficacy of Muscodor albus for
the control of Phytophthora blight of sweet pepper and butternut squash.
Plant disease, 92(11), 1488-1492.
De Bary, A. 1866. Morphologie und Physiologie der Pilze, Flechten, und
Myxomyceten. Hofmeister’s handbook of physiological botany, Vol. 2.
Leipzig.
Dennis C, Webster J. 1971.Antagonistic properties of species-groups of
Trichoderma. II: Production of volatile antibiotics.Trans Br Mycol Soc,
57:41-48.
Ezra D., Hess WH, Strobel G.A. 2004. New endophytic isolates ofM. albus, a
volatile antibiotic-producing fungus.Microbiol, 150:4023-4031
Ezra D., Strobel G.A. 2003. Effect of substrate on the bioactivityof volatile
antimicrobials produced by Muscodor albus. Plant Sci, 165:1229-1238.
Gabler, F. M., Mercier, J., Jiménez, J. I., & Smilanick, J. L. 2010. Integration of
continuous biofumigation with Muscodor albus with pre-cooling
fumigation with ozone or sulfur dioxide to control postharvest gray mold
of table grapes. Postharvest Biology and Technology, 55(2), 78-84.
Mercier, J., & Jiménez, J. I. 2004. Control of fungal decay of apples and peaches
by the biofumigant fungus Muscodor albus. Postharvest Biology and
Technology, 31(1), 1-8.
Noverita, Fitria D, Sinaga E. 2009. Isolasi dan Uji Aktivitas Antibakteri Jamur
Endofit dari Daun dan Rimpang Zingiber ottensii Val. Jurnal Farmasi
Indonesia,4: 171-176.
Strobel, G. and Daisy, B. 2003. Bioprospecting for microbial endophytes and
their natural product. Microbiology and Molecular Biology Rievew, 67,
491-502.
Strobel GA, Dirksie E, Sears J, Markworth C. 2001. Volatile antimicrobials from
a novel endophytic fungus. Microbiology, 147:2943–2950.
Strobel, G. 2006. Harnessing endophytes for industrial microbiology. Current
opinion in microbiology, 9(3), 240-244.
Woropong J, Strobel GA, Ford EJ, Li JY, Baird G, Hess. 2001. WM:Muscodor
albus anam. nov. an endophyte from Cinnamomumzeylanicum.
Mycotaxon, 79:67-79.
Xiang L, Lu C, Huang Y, Zeng Z, Su W and Shen Y. 2007. Endophytic fungi from
a pharmaceutical plant, Camptotheca acuminata: isolation,
identificationand bioactivity World. Journal of Microbiology and
Biotechnology,23(7):1037-040.