Anda di halaman 1dari 7

1

Jurnal Analis Laboratorium Medik, 30/11 (2016), 1-7

AKTIVITAS BAKTERI FILOSFER DAUN REUNDEU (Staurogyne longata)


SEBAGAI PENGHASIL SENYAWA ANTIMIKROBA POTENSIAL

Debie Rizqoh1, Nita Ratna Sari2, Rina Nurlia Wati3, Fery Santosa4, Rianita Hasanah5
1
Program Studi DIII Analis Kesehatan, Fakultas Farmasi dan Ilmu Kesehatan, Universitas Sari
Mutiara Indonesia

*Email: debie.rizqoh@gmail.com

Abstrak

Di alam banyak ditemukan mikroba patogen yang dapat menimbulkan penyakit


pada manusia, contohnya seperti enteropatogenikEscherichia coli
(EPEC),Staphylococcus aureus, Candida tropicalis, dan Candida albicans. Mikroba
tersebutdapatditanggulangi dengan menggunakan senyawa antimikroba yang dapat
menghambat pertumbuhan mikroba tersebut. Reundeu (Staurogyne longata) merupakan
salah satu tanaman yang daunnya dikonsumsi sebagai lalapan. Permukaan daun Reundeu
merupakan habitat mikroflora tertentu seperti bakteri filosfer. Penelitian ini ditujukan
untuk mengetahui kemampuan bakteri filosfer daun reundeu untuk menghasilkan
senyawa antimikroba. Metode penelitian antara lain mengisolasi bakteri dari sampel daun
utuh dengan metode cawan sebar (spread plate method). Setelah mendapatkan isolat
murni, dilakukan uji Gram dan uji antimikroba untuk mengetahui senyawa antibakteri
yang dihasilkannya. Penelitian ini juga menguji aktivitas patogen dengan menggunakan
media agar darah. Setelah itu konsentrasi penghambatan ditentukan dengan metode MIC
(minimum inhibitory concentration). Bakteri diidentifikasi dengan analisis sekuensing
dari amplikon gen pengkode 16s rRNA,, analisis bioinformatik dan pembuatan pohon
filogenetik.Hasilpenelitian menunjukkan dapat diidentifikasi 25 isolat bakteri filosfer
reundeu penghasil senyawa antimikrobayang dapat menghambat empat bakteri patogen
dengan spektrum berbeda-beda. Terdapat lima isolat yang mempunyai spektrum paling
baik yaitu FR3, FR5, FR11, FR17 dan FR40. Kelima isolat tersebut mempunyai
konsentrasi penghambatan yang berbeda-beda. Identifikasi secara genetik menunjukkan
bahwa kelima isolat tersebut berkerabat dekat dengan spesies Klebsiella pneumoniae,
Bacillus subtilis, Pseudomonas stutzeri, dan Bacillus sp.

Kata kunci : antimikroba, bakteri filosfer, reundeu.

Jurnal Analis Laboratorim Medik 1 November 2016, Vol.1No.1


2

1. PENDAHULUAN filosfer sangat kompleks. Hal tersebut


Di alam ini, banyak ditemukan mikroba dibuktikan oleh Menurut Yang et al. (2000),
yang bersifat patogen. Mikroba patogen ini dengan menggunakan metode kultur
berbahaya karena dapat menyebabkan berbagai dependentdan independent.Kekomplekan
macam penyakit (Pelczar & Chan 2005). tersebut tidak dapat dibuktikan dengan metode
Mikroba yang bersifat patogen antara lain kultur konvensional. Populasi bakteri epifit baik
enteropatogenik Escherichia coli (EPEC) dari segi jenis maupun ukuran sangat bervariasi
(Kaufmann et al. 2006), Staphylococcus aureus walaupun untuk tumbuhan dalam satu
(Salle 1961), Candida tropicalis (Minagi et al. spesies.(Lindow & Brandl 2003).
1985), dan Candida albicans (Jang 2006). Berdasarkanpenelitian yang dilakukan
Sampai saat ini pemberian antimikroba dapat sebelumnya, diketahui bahwa daun reundeu
membunuh atau menghambat pertumbuhan mengandung berbagai macam bakteri filosfer
mikroba patogen tersebut. Antimikroba dapat yang menghasilkan antibakteri.Laporan tersebut
diproduksi oleh organisme tertentu yang dapat juga menyebutkan bahwa bakteri filosfer
meningkatkan pertahanan diri organisme reundeu aktif menghambat bakteri Gram positif
tersebut (Madigan et al. 2000). seperti E. coli dan bakteri gram negatif seperti
Substansi antimikrobadalam hal ini B. subtilis dan S. aureus (Rizqoh et al. 2009).
antibiotik merupakan bahan alam atau sintetik Penelitian ini dilakukan untuk
yang dapatmembunuh atau menghambat mengetahui pengaruh bakteri filosfer reundeu
pertumbuhan mikroba dalam hal ini bakteri. terhadap berbagai mikroba patogen dan
Antibiotik secara ilmiah diproduksi oleh melakukan karakterisasi beberapa isolat bakteri
organisme tertentu dan bermanfaat untuk filosfer berdasarkan sekuen DNA penyandi
meningkatkan kemampuan organisme tersebut 16S rRNA. Isolat yang digunakan untuk
mempertahankan diri dari serangan organisme penelitian ini merupakan isolat yang sama
lain. Selain itu,antibiotik juga dapat berasal dari dengan penelitian studi lapangan yang telah
hasil metabolisme sekunder dari interaksi antara dilakukan sebelumnya(Rizqoh et al. 2009).
dua organisme berbeda (Madigan et al. 2000). Mikroba patogen yang digunakan pada
Antibakteri merupakan salah satu fenomena penelitian ini yaitu enteropatogenikE. coli
antagonisme yang menyebabkan penghambatan (EPEC), S. aureus, C. tropicalis, dan C.
pertumbuhan bahkan kematian suatu mikroba albicans. Mikroba patogen tersebut merupakan
oleh mikroba lain yang terjadi secara langsung mikroba yang sering menginfeksi makhluk
maupun tidak langsung (Kasim et al. 2005). hidup, termasuk manusia.
Reundeu (S. longata) selain
dimanfaatkan sebagai lalapan juga dapat 2. METODE
dimanfaatkan sebagai tanaman obat (Hariana Peremajaan isolat bakteri filosfer reundeu
2006). Reundeu digunakan dalam penelitian ini Peremajaan dilakukan terhadap 61
karena sering digunakan sebagai lalapan. isolat bakteri filosfer yang sebelumnya telah
Lalapan sangat baik untuk kesehatan karena diisolasi. Media yang digunakan pada isolasi
kandungan gizi dan vitamin tidak berkurang bakteri filosfer adalah Media agar King’s B.
serta tidak rusak oleh proses memasak. Selain Komposisi dari media King’s B adalah pepton
itu, berbagai jenis mikroflora terdapat pada (20 g/L), Agar (15 g/L), K2HPO4 (1,5 g/L),
sayuran mentah tersebut,meskipun telah dicuci Mg2SO4 (1,5 g/L), gliserol (15 ml/L), dan
sebelum dikonsumsi, bakteri epifit masih dapat akuades (1L).
ditemukan (Hamilton-Miller & Shah 2001).
Bakteri epifit yang menghuni di sekitar Peremajaan mikrob target
permukaan daun disebut bakteri filosfer Mikrob yang akan digunakan pada uji
(Lindow & Brandl 2003). Pada kelembapan antagonis harus ditumbuhkan pada media
tinggi seperti daerah beriklim tropis dan sedang, Nutrient Broth (NB) untuk bakteri E. coli
berbagai mikroflora daun banyak ditemukan enteropatogen (EPEC) dan S. aures dan Potato
(Madigan et al. 1997). Komunitas mikroba Dextrose Agar (PDA) untuk cendawan C.

Jurnal Analis Laboratorim Medik November 2016, Vol.1No.1


3

tropicalis, dan C. albicans. Inkubasi dilakukan uji MIC tersebut lalu diinkubasi selama 24
selama 24 jam pada suhu 37 C. jam.Kemudian diamati kekeruhan masing-
masing biakan di dalam tabung reaksi.MIC
Uji Antimikroba ditentukan berdasarkan kekeruhan biakan.
Uji antimikroba isolat filosfer terhadap
pertumbuhan mikrob target dilakukan dengan Uji Patogenisitas
menggunakan teknik media agar dua lapis yang Permukaan media agar darah
terdiri dari media semi padat dan media padat. digoreskan isolat bakteri filosfer.Setelah itu
Bakteri target yang telah diukur kekeruhannya diinkubasi selama 24 jam, lalu diamati ada atau
dengan spektrofotometri (OD = 0,3, konsentrasi tidaknya zona bening.Isolat yang disekitarnya
106 - 107 sel/ml) dalam medium kaldu dicampur terdapat zona bening berarti bersifat patogen.
ke dalam media semi padat, lalu dituangkan di
atas media padat yang telah dibekukan Isolasi Genom (Metode CTAB)
sebelumnya pada cawan. Setelah beku, isolat Sebanyak 1.5 ml kultur bakteri filosfer
bakteri filosfer digoreskan di atasnya.Uji disentrifugasi 10000 rpm selama 10 menit.
antagonis untuk E. coli enteropatogen (EPEC) Pelet diresuspensi menggunakan bufer TAE 1x
dan S. aures menggunakan media NA, dan disentrifugasi kembali.Sebanyak 5 µl
sedangkan untuk C. albicans dan C. tropicalis lisozim ditambahkan kedalam suspensi,
menggunakan media PDA. Biakan diinkubasi kemudian diinkubasi pada suhu 37 0C selama
selama 24 jam pada suhu ruang. Pengamatan 30 menit. SDS (Sodium Duodecyl Sulfate) 10%
antimikroba dilakukan setelah biakan uji sebanyak 500 µl ditambahkan kedalam
antagonis telah diinkubasi selama 24 jam.Isolat campuran, inkubasi dilakukan selama 60 menit
bakteri dikatakan positif menghasilkan pada suhu 37 0C. Sebanyak 100 µl CTAB
antimikrob apabila isolat tersebut menghasilkan (Cetyltrimethylammonium Bromide) 10% dan
zona bening pada uji antagonis. Isolat bakteri 80 µl NaCl 5M ditambahkan lalu diinkubasi
filosfer yang positif menghasilkan antimikroba selama 20 menit pada suhu 650C. Pemisahan
kemudian diinokulasi ke dalam media NB. dan DNA dari molekul organik lainnya dilakukan
diinkubasi di suhu ruang selama 24 jam. dengan penambahan 650 µl PCl
(phenol:chloroform:isoamyl alcohol = 25:24:1),
Uji MIC kemudian campuran disentrifugasi 12000 rpm
Mikrob target diremajakan kembali selama 10 menit, lapisan atas pada tabung
untuk digunakan dalam uji Minimum Inhibitory mikro dipindahkan ke tabung mikro yang baru
Concentration (MIC). Mikrob target ini juga lalu ditambahkan 650 µl larutan PCI. Campuran
dibiakkan dalam media NB dan diinkubasi disentrifugasi 12000 rpm selama 10
selama 24 jam pada suhu ruang. menit.Lapisan atas dipindahkan ke tabung
Isolat bakteri filosfer penghasil mikro baru dan ditambah etanol absolut
antimikroba yang telah diinkubasi kemudian sebanyak 2x volume larutan suspensi DNA.
disentrifugasi dengan kecepatan 10000 rpm Inkubasi dilakukan 12 jam pada suhu -20 0C
selama 30 menit. Supernatan (diduga untuk mengendapkan DNA. Suspensi
mengandung senyawa antimikroba) yang disentrifugasi 12000 rpm selama 10 menit.Pelet
diambil hasil sentrifugasi dimasukkan kedalam DNA dibilas dengan etanol 70%.Pelet dibiarkan
5 tabung reaksi dengan konsentrasi yang kering udara. Setelah kering, pelet DNA
berbeda-beda masing-masing 6,25%, 12,5%, diresuspensi dengan 20 µl ddH2O steril.
25%, 50%, dan 100%. Selain itu, dibuat juga Visualisasi hasil isolasi DNA genom dilakukan
kontrol positif dengan menambahkan antibiotik dengan metode elektroforesis pada gel agarosa
standar yang dapat menghambat mikroba target 0,8%, 100 V selama 30 menit.
dan kontrol negatif dengan tidak tidak
menambahkan antibiotik maupun supernatan Amplifikasi Gen Pengkode 16s-rRNA
bakteri filosfer. Setelah itu, masing-masing dengan Teknik Polymerase Chain Reaction
tabung diisi dengan 1 ml bakteri target.Biakan (PCR)

Jurnal Analis Laboratorim Medik November 2016, Vol.1No.1


4

Reaksi PCR untuk mengamplifikasi 16s- Setelah dilakukan uji antimikroba,


rDNA dilakukan dengan mencampurkan 12.5 beberapa isolat potensial diuji lanjut untuk
bufer PCR GC II, 4 µl dNTPs (2.5 mM/dNTP), mengetahui konsentrasi minimum
1 µl primer 63 f penghambatannya.Uji MIC (Minimum
(CAGGCCTAACACATGCAAGTC) (5 nm), 1 Concentration Inhibitor) merupakan uji yang
µl primer 1387 r dilaksanakan terhadap suatu sediaan
(GGGCGGWGTGTACAAGGC) (5 nm), 4 µl antimikroba atau desinfektan untuk diketahui
DNA cetakan, dan 0.25 µl (5 unit/µl) enzim konsentrasi terendah dari antimikroba tersebut
Taq DNA polymerase (TAKARA) dan 2.25 µl dalam menghambat pertumbuhan
ddH2O hingga volume reaksi PCR menjadi 25 mikroorganisme. Isolat yang diuji MIC ada
µl. Reaksi PCR dilakukan sebanyak 30 siklus lima buah yaitu isolat FR3, FR5, FR11, FR17
dengan masing-masing tahap yaitu: 1. dan FR40. Setelah dihitung nilai MIC, isolat
Predenaturasi (94 0C, 5 menit); 2. Denaturasi diencerkan lalu ditumbuhkan ke cawan dengan
(94 0C, 1 menit); 3. Annealing (55 0C, 1 menit); metode sebar untuk mengetahui aktivitas
4. Polimerisasi (72 0C, 1 menit). Post PCR penghambatannya.Apabila pada cawan masih
dilakukan pada suhu 72 0C selama 2 menit. tumbuh bakteri target, maka aktivitasnya hanya
Visualisasi amplikon 16s-rDNA dilakukan sebatas penghambatan mikroba (bakteriostatik/
melalui elektroforesis pada gel agarosa 0,8%, fungistatik).Namun apabila pada cawan tidak
100 V selama 30 menit. tumbuh bakteri target, aktivitas antimikroba
Hasil amplifikasi gen PCR ini kemudian tersebut telah dapat mematikan mikroba
disekuen untuk mengetahui susunan basa pada (bakterisida/ fungisida) (Madigan et al.
DNA bakteri. Susunan basa DNA tersebut lalu 2000).Hasil MIC secara keseluruhan dijelaskan
dianalisis bioinformatik untuk mengidentifikasi pada Tabel 2 dan 3.
jenis bakteri filosfer reundeu. Setelah diketahui Salah satu cara untuk mengetahui
spesies bakteri filosfer reundeu, selanjutnya petunjuk evolusi organisme prokariot adalah
dianalisis kekerabatannya dengan membuat dengan menggunakan genotyping 16S rRNA
pohon filogenetik. karena gen ini merupakan gen lestari dari
generasi ke generasi. Untuk mempermudah
3. HASIL DAN PEMBAHASAN mendapatkan gen tersebut, kami melakukan
Uji antimikroba telah dilakukan terhadap perbanyakan DNA dengan metode PCR
4 macam mikroba target yaitu Enteropatogenik (Polymerase Chain Reaction)menggunakan
EPEC, S. aureus, C. albicans, dan C. primer spesifik pengkode 16s rRNA (Marchesi
tropicalis.Adanya senyawa antimikroba et al. 1998).Visualisasi hasil PCR menunjukkan
ditunjukkan dengan terbentuknya zona bening bahwa setiap isolat gen pengkode 16S rRNA
(Gambar 1(a) dan (b).Selain uji antimikroba, uji berhasil diamplifikasi dengan ukuran 1300 pb
patogenisitas juga telah dilaksanakan untuk (Gambar 2).
mengetahui adanya potensi patogenisitas pada Setelah melakukan PCR, kemudian
bakteri filosfer reundeu. Apabila bakteri positif dilakukan sequencing untuk mengetahui urutan
patogen, maka akan terbentuk zona bening pada basa penyusun gen 16S rRNA tersebut. Urutan
media agar darah (Gambar 1 (c)). basa penyusun gen pengkode 16S rRNA yang
Berdasarkan hasil penelitian ini, telah diketahui digunakan untuk menentukan
didapatkan sebanyak 25 isolat dari 61 isolat spesies bakteri berdasarkan data pada bank
yang kemungkinan menghasilkan senyawa gen.Dari pencocokan dengan data pada bank
bioaktif terhadap keempat mikroba gen, diketahui kelima isolat yang diujikan, yaitu
patogen.Lima isolat bakteri filosfer yang positif FR3, FR5, FR11, FR17 dan FR40 adalah
menghasilkan senyawa bioaktif terhadap EPEC, Klebsiella pneumoniae strain V2, Klebsiella
10 isolat bakteri filosfer menghambat S. pneumonia strain V2, Bacillus subtilis strain
aureus, 14 isolat penghasil anti-C. albicansdan PEBS2501, Pseudomonas stutzeri isolat GR21,
satu isolat yang menghambat C. tropicalis. dan Bacillus sp. BACI-TOLU1. Masing-masing
memiliki E value 0.0 dan Max Identity 100%

Jurnal Analis Laboratorim Medik November 2016, Vol.1No.1


5

yang menunjukkan bahwa urutan basa tersebut bakteri filosfer reundeu dengan bakteri yang
sudah pernah teridentifikasi dan urutan basa telah diidentifikasi dari penelitian sebelumnya
yang ada sama dengan nama organisme yang dari Gene Bank (NCBI).Gambar 3
telah memiliki data gen pengkode 16S rRNA. menunjukkan hubungan kekerabatan kelima
isolat bakteri filosfer reundeu berdasarkan
a b analisis DNA bakteri tersebut dengan
. . menggunakan analisis bioinformatik standar
(Claverie & Notredame 2007).

b
.

Gambar 1 (a) dan (b) Hasil uji antimikroba


yang positif ditunjukkan dengan Gambar 2. Hasil visualisasi amplifikasi gen
pembentukan zona bening di sekitar pengkode 16s rRNA ribosom dengan
isolat filosfer reundeu. (c) Hasil uji teknik PCR menunjukkan pita yang
patogenisitas juga ditunjukkan dengan dihasilkan DNA isolat filosfer
pembentukan zona bening. reundeu umumnya memiliki ukuran
sekitar 1300 bp (basa pair/pasang
Tabel 2. Hasil MIC terhadap bakteri patogen basa).
Bakteri Isolat MIC Bakterisida/
patogen Bakteriostatik 4. KESIMPULAN
EPEC FR3 100% Bakteriostatik Dari hasil penelitian ini dapat
FR5 100% Bakteriostatik disimpulkan bahwa beberapa baktei filosfer
FR11 100% Bakteriostatik reundeu diduga dapat memiliki kemampuan
FR17 100% Bakteriostatik menghasilkan senyawa antimikrob dan
S. aureus FR17 6,25% Bakteriostatik menghambat empat mikroba patogen yaitu
Escherichia coli, Staphylococcous aureus,
Tabel 3. Hasil MIC terhadap cendawan patogen Candida tropicalis, dan Candida albicans.
Cendawan Isolat MIC Fungisida/ Konsentrasi minimal penghambatan bagi
patogen Fungistatik bakteri patogen E. coli adalah 100% dari empat
C. albicans FR3 6,25% Fungisida isolat dan bagi S. aureus sebesar6,35% . C.
FR5 6,25% Fungistatik albicans terhambat pada konsentrasi minimal
FR11 6,25% Fungistatik 6,25% dari keempat isolat bakteri filosfer.
FR40 50% Fungistatik Bakteri filosfer reundeu yang menghasilkan
substrat yang kemungkinan memiliki aktivitas
Setelah diketahui spesies dari isolat antimikroba termasuk dalam strainKlebsiella
filosfer reundeu, selanjutnya dilakukan analisis pneumoniae, Bacillus subtilis, Pseudomonas
filogenetik.Analisis filogenetik ini dilakukan stutzeri, dan Bacillus sp.
untuk mengetahui kekerabatan antar bakteri
filosfer reundeu maupun kekerabatan antara

Jurnal Analis Laboratorim Medik November 2016, Vol.1No.1


6

Gambar 3. Pohon filogenetik menunjukkan posisi kekerabatan bakteri filosfer reundeu pada tiga
kelompok besar yaitu FR3 dan FR5 berkerabat sangat dekat dengan beberapa spesies
pada genus Klebsiella , FR 17 berada dalam kekerabatan genus Pseudomonas serta
FR11dan FR40 yang termasuk dalam keluarga genus Bacillus.

Jurnal Analis Laboratorim Medik November 2016, Vol.1No.1


7

Hasil penelitian ini belum bisa diaplikasikan materials. Infection and Immunity 47: 11-
ke masyarakat.Masih perlu dilakukan 14.
penelitian lebih lanjut. Meskipun dari hasil Noer IS, Hendra EC. 2008. Antimikrobial
penelitian ini membuktikan bahwa pada daun Arien (Hypnea cervicornis) asal Gili Kondo
reundeu mengandung bakteri filosfer penghasil terhadap Bacillus subtilis, Staphylococcus
senyawa antimikroba, tetapi masyarakat harus aureus & Escherichia coli. Biotika 5: 28-34.
tetap waspada dalam mengkonsumsi lalapan Pelczar M J, Chan ECS. 2005. Dasar-Dasar
karena kemungkinan dapat ditemukan bakteri Mikrobiologi. Jakarta: UI Press.
patogen. Rizqoh D, Wati RN, Santosa F, Sari NR. 2009.
Bakteri filosfer daun reundeu (Staurogyne
5. REFERENSI longata) penghasil senyawa antibakteri asal
Claverie JM, Notredame C. 2007. Wana Wisata Cangkuang. [laporan]. Bogor:
Bioinformatic for Dummies. 2nd Ed. Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan
Canada: Wiley Publishing, Inc. Alam, Institut Pertanian Bogor.
Geornaras I, Holy Av. 2001. Antimicrobial Tünger Ö, Özbakkaloğlu B, Aksoy H. 2001.
susceptibilities of isolates of Trends in antimicrobial resistant
Staphylococcus aureus, Listeria species and staphylococci in an university hospital over
Salmonella serotypes associated with a 6-year period. Int J Antimic Agents 18:
poultry processing. Int J Food Microbiol 93–96.
70: 29–35. Yang CH, Crowley DE, Borneman J, Keen
Hamilton-Miller JMT, Shah S. 2001. Identity NT. 2001. Microbial phyllosphere
and antibiotic susceptibility of population are more complex than
enterobacterial flora of salad vegetables. Int previously realized. Proc Natl Acad Sci 98:
J Antimic Agents 18: 81–83. 3889-3894
Hariana A. 2006. Tumbuhan Obat dan
Khasiatnya. Jakarta: Niaga Swadaya.
Jang WS et al. 2006. Antifungal activity of
synthetic peptide derived from halocidin,
antimicrobial peptide from the tunicate,
Halocynthia aurantium. Fed Europ
Biochem Societ 580: 1490-1496.
Kasim E, Yulinery R, Hardiningsih R, Triana
E, Napitupulu RNR. 2005. Daya anti
Staphylococcus aureus dari fermentasi daun
beberapa jenis tumbuhan obat. Biol Indones
3: 397-404.
Kaufmann M et al. 2006. Escherichia coli
O157 and non-O157 Shiga Toxin–
Producing Escherichia coli in Fecal
Samples of Finished Pigs at Slaughter in
Switzerland.J Food Protec 69: 260-266.
Lindow SE, Brandl M.T. 2003. Microbiology
of the Phyllosphere.Apl Environl
Microbiol. 69 (4):1875-1883.
Madigan MT, Martinko J.M., Parker J. 2000.
Brock Biology of Microorganism.Eight
Edition. Prentice Hall International, Inc.
Marchesi JR et al. 1998.Design and evaluation
of useful bacterium-specific PCR primers
that amplify genes coding for bacterial 16S
rRNA. App Env Microbiol 64: 795-799.
Minagi S, Miyake Y, Inagaki K, Tsuru H,
Suginaka H. 1985. Hydrophobic interaction
in Candida albicans and Candida tropicalis
adherence to various denture base resin

Jurnal Analis Laboratorim Medik November 2016, Vol.1No.1

Anda mungkin juga menyukai