AKTINOBAKTERIA ENDOFIT

Komunitas mikroba mendiami tanaman berada di permukaan maupun (epifit) atau di dalam
jaringan tanaman sebagai (endofit). Keduanya memainkan peran yang sangat penting dalam
menunjang pertumbuhan tanaman. Banyak jenis populasi mikroba seperti bakteri dan jamur telah
ditemukan terkait dengan jaringan internal tanaman yaitu sebagai mikroba endofit. Istilah
endophyte diciptakan oleh De Bary (1866), yang melibatkan keberadaan mikroorganisme di dalam
jaringan tanaman yang terinfeksi tanpa efek negatif pada tanaman inang . Hampir semua tanaman
telah ditemukan terdapat satu atau lebih mikroorganisme endofit. Mikroba tersebut memproduksi
metabolit yang memacu pertumbuhan, menghambat pertumbuhan serangga dan hama,
menghasilkan antimikroba terhadap patogen tanaman, pelindung pada kondisi stress lingkungan.
Mereka juga memiliki potensi untuk menghasilkan metabolit sekunder yang unik, yang dapat
dimanfaatkan di industri farmasi, pertanian dan industri lainnya. Dengan demikian, banyak
peneliti yang tertarik dalam bioprospecting komunitas mikroba endofitik yang mendiami tanaman
dari berbagai ekosistem.
Aktinobakteria adalah bakteri filament Gram positif, dan merupakan filum utama di
domain Bacteria. Aktinobakteria terdistibusi secara luas di ekosistem terestrial dan perairan.
Mereka memainkan peran penting dalam dekomposisi bahan kompleks dari tanaman mati, hewan,
alga dan jamur dan dalam daur ulang nutrisi yang menghasilkan pembentukan humus (Sharma
2014). Aktinobakteria adalah kelompok penting dan besar dalam tanah dengan potensi yang tinggi
dalam menghasilkan metabolit bioaktif berbagai macam, termasuk antimikroba, antikanker dan
senyawa farmasi lainnya. Mikroba ini telah menjadi produsen antibiotik yang paling banyak sejak
ditemukannya Penicillin pada tahun 1928 dan memberikan keragaman antibiotik yang banyak
terhadap banyak penyakit mematikan. Jumlah total metabolit bioaktif yang dihasilkan oleh
mikroba ini dalam persentase sekitar 45% dari semua metabolit bioaktif diproduksi oleh
aktinobakteri saja dan di antara kelompok bakteri ini, 76% senyawa dilaporkan berasal dari satu
genus Streptomyces (Berdy 2012). Ini sangat penting bagi dunia farmasi.
Sudah diketahui bahwa tanaman obat adalah sumber kaya senyawa bioaktif yang berharga.
Sebagai konsekuensi dari hubungan jangka panjang endofit dengan tanaman tersebut, yang
pertama juga dapat berpartisipasi dalam jalur metabolisme dan meningkatkan bioaktivitas

Bahan kuliah Biologi Aktinomisetes, oleh : Siti Nur Jannah

alaminya atau dapat memperoleh beberapa informasi genetik untuk menghasilkan senyawa aktif
biologis yang serupa dengan tanaman inang. Oleh karena itu, endofit yang diisolasi dari
tanaman obat sangat penting. Interaksi aktinobakteri endofitik dengan tanaman merupakan bidang
penelitian yang penting. Aktinobakteri endofitik ini merupakan sumber senyawa bioaktif baru
yang menarik dan oleh karena itu, banyak kelompok penelitian terlibat dalam studi bioaktivitas
dan aplikasi industri mereka. Kajian ini difokuskan pada kemajuan aktinobakteria endofitik yang
diisolasi dari tanaman obat termasuk keragaman dan bioaktifitas spektrum luas.
Komunitas endofit telah dikategorikan ke dalam subkelompok yang berbeda, seperti
obligat atau fakultatif. Endofit obligat adalah mikroba yang hanya bergantung pada metabolisme
tanaman untuk bertahan hidup, dan yang transmisi antar tanaman berlangsung melalui aksi
berbagai vektor. Endofit fakultatif menghabiskan tahap-tahap tertentu dari siklus hidup mereka
terlepas dari tanaman inang. Mereka secara tidak langsung terkait dengan tanaman melalui
lingkungan dan atmosfer tanah yang berdekatan

Isolasi aktinobakteri endofitik

Metode yang berbeda telah digunakan oleh peneliti untuk isolasi aktinobakteria endofitik.
Takahashi dan Omura (2003) menekankan bahwa keragaman aktinobakteri sangat bergantung
pada metode isolasi. Metode yang paling sering digunakan untuk deteksi dan enumerasi mereka
antara lain dengan isolasi dari jaringan tanaman inang yang telah disterilkan dari permukaannya.
Isolasi aktinobakteri endofitik bergantung pada berbagai faktor, termasuk - spesies
tanaman inang, umur dan jenis jaringan, distribusi geografis dan habitat, musim sampling,
sterilisasi permukaan, media selektif dan kondisi kultur.
Secara umum, cara isolasi meliputi sampling pengumpulan bagian tanaman seperti daun,
batang, akar yang akan dilakukan atau disimpan terlebih dahulu pada suhu 4 ° C hingga dilakukan
isolasi dalam waktu 24 jam. Eksplan ini dicuci dengan menggunakan air ledeng untuk
menghilangkan epiphytes yang menempel, debris tanah atau partikel debu di permukaan, diikuti
dengan sterilisasi permukaan menggunakan satu atau lebih zat sterilisasi permukaan yang berbeda.
Sterilisasi permukaan yang paling umum digunakan meliputi etanol dan oksidan kuat atau
desinfektan umum seperti pemutih rumah tangga (NaOCl) dengan konsentrasi 2-5% (b / v),
(misalnya dengan klorin) selama 2-4 menit. Atau menggunakan menggunakan kombinasi 5%

Bahan kuliah Biologi Aktinomisetes, oleh : Siti Nur Jannah

natrium klorat (NaClO3), natrium tiosulfat 2,5% (Na2S2O3), 75% etanol dan 10% sodium
bicarbonate (NaHCO3) sebagai agen steril untuk menghambat pertumbuhan endophytes jamur.
Kekuatan sterilisasi kimiawi bergantung pada kemampuan sampel. Jika tidak, jaringan internal
akan ikut disterilkan. Seluruh sampel dibilas dengan air suling steril, potongan tanaman dibagi
menjadi fragmen kecil (1 cm untuk batang atau akar dan 1 cm2 untuk daun) dan diinokulasi pada
media agar yang sesuai.
Dengan menggunakan metode lain, permukaan tanaman yang telah steril dihancurkan
(dimaserasi) dan dihomogenkan secara menyeluruh dengan buffer fosfat atau media cair lain yang
sesuai. Suspensi ini dilarutkan secara pengenceran sampai 10-5 dan disebarkan pada medium agar
untuk mendapatkan aktinobakteri endofitik. Media dilengkapi dengan antijamur seperti nistatin
atau sikloheksimida (50 or100 µg / ml) untuk menekan pertumbuhan jamur. Setelah inkubasi pada
suhu 26 ± 2 ° C selama 15-30 hari, koloni individu dengan morfologi karakteristik aktinomiket
yang muncul dari jaringan tanaman diisolasi. Kultur murni dari isolat diperoleh dengan metode
streak pada plate dengan media yang baru. Efikasi metode sterilisasi permukaan, dapat dilihat dari
tidak adanya pertumbuhan mikroba pada plate yang diinokulasi air bilasan terakhir pada
media yang sama. Berbagai jenis media pertumbuhan untuk isolasi aktinobakteria endofitik
seperti kasein pati, nitrat kasein pati (SCNA), isolation actinomycetes, kedelai (Williams dan
Davies 1965), kitin- vitamin B (Hayakawa dan Nonomura 1987), ekstrak ragi agar (TWYE;
Crawford et al., 1993 dan asam humat vitamin B (HV), yeast ekstrak asam casamino (YECA),
media Gausse (Ivantiskaya et al. 1978) dan glycine-gllycerol (Ku ¨ster 1959). Penggunaan
berbagai metode isolasi yang lebih luas untuk mendapatkan lebih banyak pengetahuan tentang
keragaman spesies aktinobakteri di dalam tanaman obat. Metode modifikasi yang digunakan oleh
Machavariani dkk. (2014) menjelaskan pre-treatmen sampel daun dengan larutan heteroauxin dan
zirkon, yang membantu mengisolasi dan meningkatkan jumlah aktinobakteri langka dari tanaman
obat.

Bahan kuliah Biologi Aktinomisetes, oleh : Siti Nur Jannah

Keragaman aktinobakteri endofitik pada tanaman obat.

Identifikasi dan klasifikasi aktinobakteri saat ini didasarkan pada pendekatan polifasik,
yang terdiri dari studi berbasis morfologi, fisiologis dan molekuler yang dapat dijelaskan dan
dibedakan dari taksa lain yang terkait. Sekuensing makromolekul yang high conserved, terutama
gen 16S rRNA, telah menyediakan data berharga untuk membuat filogenetik sampai dan dibawah
tingkat genus. DNA aktinobakteria yang meliputi DNA relatedness, sidik jari molekuler dan
teknik pemodelan fenotipik dapat menggambarkan pada level spesies / sub spesies. Gambaran
yang menunjukkan perbedaan fenotipik diperlukan untuk mendeskripsikan adanya aktinobakteria
yang new spesies. Menjelajahi keragaman aktinobakteria endofitik sangat diperlukan untuk
skrining strain yang menguntungkan dan memahami komunitas ekologi mereka.

Aktinobakteria endofitik dapat berasosiasi dengan inangnya pada tahap awal

perkembangan tanaman. Minamiyama dkk. (2003) melihat dalam studi SEM bahwa miselium
Streptomyces galbus, yang menyebar di permukaan medium kultur jaringan dimana bibit
Rhododendron tumbuh. S. galbus tumbuh pada permukaan daun dan masuk ke jaringan daun
melalui stomata. Selanjutnya, miselia internal tumbuh dari stomata dan memperbanyak diri secara
internal dalam sel daun inang. Bahkan di dalam daun inang, hifa S. galbus terdapat secara individu
atau dalam koloni berada di ruang interselular, namun tidak berada di dalam sel epidermal atau
mesofil. Aktinobakteria endofit maksimum berada dalam akar, diikuti oleh batang dan paling
sedikit di daun. Tanaman berkayu memberi keragaman aktinobakteri jauh lebih banyak

Bahan kuliah Biologi Aktinomisetes, oleh : Siti Nur Jannah

dibandingkan dengan tanaman herba. Keberadaan aktinobakteri pada akar lebih tinggi
dibandingkan dengan jaringan lain sangat umum terjadi. Ini menggarisbawahi fakta bahwa
aktinobakteri adalah penghuni alami tanah yang mudah bersentuhan dengan akar tanaman dan
dapat membentuk asosiasi simbiosis dengan mereka dengan memasuki jaringan tanaman. Lokasi
tanaman yang berbeda juga berbeda dalam keragaman aktinomiset.

Diversitas aktinobakteria yang paling besar kemungkinan besar terjadi pada daerah tropis
dan daerah beriklim sedang. Du et al. (2013) menganalisis keragaman endofit dari 37 tanaman
obat dan melaporkan 600 aktinobakteri yang termasuk dalam 34 genera dan 7 unknown taksa.
Peneliti mendapatkan tidak ada hubungan langsung antara tanaman inang dan komunitas endofitik
mereka dalam menggunakan sumber karbon tunggal, fermentasi sumber karbon untuk produksi
asam dan enzim, namun karakteristik fisiologis isolat endofit terkait dengan distribusi
geografisnya dari tanaman inang.

Melihat keanekaragaman hayati secara fungsional mungkin lebih dapat diandalkan dan
lebih nyata daripada ukuran secara taksonomi untuk mengenali dasar mekanik keragaman dan
pengaruhnya terhadap interaksi tanaman dengan bakteri endofit. Distribusi spesies dan
keanekaragaman hayati aktinobakteri endofit tanaman obat secara luas dipengaruhi oleh
lingkungan ekologis. Spesies tanaman dapat dipisahkan menjadi tiga kelompok yang mewakili
keragaman endofit tinggi, sedang dan rendah berdasarkan analisis keragaman genetik endofit. Sifat
toleransi-terhadap stress lingkungan merupakan karakter yang dilihat dalam keanekaragaman
fungsional aktinobakteria endofitik. Hasegawa dkk. (1978) melaporkan genus baru aktinobakteri
yaitu Actinosynnema, dari rumput, merupakan first report aktinomiset asal dari tumbuhan.
Taechowisan et al. (2003) mempelajari keragaman aktinobakteri yang berada di tanaman obat
berdasarkan morfologi dan komposisi asam amino dari keseluruhan ekstrak sel dan menganalisis
persentase aktinobakteri endofitik yang ditemukan dari eksplan yang berbeda: 64% isolat dari akar,
29% dari daun, dan 6% dari tangkai 36 jenis tanaman berbeda. Aktinomiset halotolerant baru
diisolasi dari tanaman rawa Dendranthema indicum yang dikumpulkan dari wilayah pesisir China
(Zhang et al 2013). Spesies baru aktinobakteri endofitik seperti Rhodococcus cercidiphylli dan
Saccharopolyspora endophytica diisolasi dari daun Cercidiphyllum japonicum.

Bioaktifitas aktinobakteri endofitik

Bahan kuliah Biologi Aktinomisetes, oleh : Siti Nur Jannah

 Endosfer tanaman terdiri dari sejumlah besar mikroba endofit, yang merupakan
ekosistem mikro kompleks. Keragaman metabolit sekunder yang luas dalam aktinobakteri dapat
terjadi karena adaptasi alami terhadap lingkungan, sebagai bagian dari cara berkompetisi untuk
mendapat sumber daya seperti materi nutrisi di tanah. Telah diamati bahwa gen yang bertanggung
jawab untuk produksi metabolit sekunder individu hampir selalu ditemukan sebagai cluster dalam
genom dan disebut sebagai cluster gen biosintesis (Doroghazi dan Metcalf 2013).
Potensi aktinobakteri yang diisolasi dari tanaman obat menghasilkan metabolit sekunder yang
dapat diperkirakan dengan mendeteksi adanya gen poliketida sintase (PKS) tipe I dan II dan gen
non ribosomal peptide synthetase (NRPS). Dari 29 strain yang dideteksi semuanya menghasilkan
pita dengan ukuran yang diharapkan untuk NPRS dan mayoritas dari mereka memiliki gen PKS
(66% dari PKS I dan 79% jenis PKS II). Penelitian di atas menunjukkan bahwa aktinobakteri non-
produktif memiliki kapasitas genetik untuk menghasilkan metabolit sekunder, jika dikulturkan
dalam kondisi pertumbuhan yang tepat (Janso dan Carter 2010).

Bahan kuliah Biologi Aktinomisetes, oleh : Siti Nur Jannah