2, November 2020
Isolasi Bakteri Endofit Tanaman Pepaya (Carica Papaya L.) Dan Uji Aktivitas
Enzim Amilase
ABSTRAK
Bakteri endofit merupakan mikroorganisme menguntungkan yang berinteraksi dengan tanaman tanpa
menyebabkan gangguan atau kerusakan pada tanaman tersebut. Penelitian menunjukkan bahwa isolat bakteri
endofit tertentu dapat memproduksi metabolit sekunder yang memiliki efek bagi kesehatan, terutama bakteri
endofit yang diisolasi dari tanaman Pepaya ( Carica Papaya. L). Bakteri amilolitik merupakan salah satu bakteri
yang berpotensi menghasilkan enzim amilase (EC 3.2.1.1) yang berperan penting dalam industri. Bakteri endofit
diisolasi dengan menggunakan media Nutrien Agar 1% pati (soluble starch) dan pengukuran indeks amilolitik
dilakukan dengan menggunakan pereaksi Lugol’s. Isolasi bakteri endofit dilakukan dengan metode streak pada
media Nutrien Agar. Kultur diinkubasi pada suhu 37ºC selama 48 jam. Koloni yang tumbuh diamati ciri-ciri
morfologi dan dilakukan pewarnaan Gram bakteri. Aktivitas amilase diukur mengunakan metode Dinitrosalisilic
acid (DNS). Hasil dari penelitian ini telah ditemukan jumlah bakteri endofit yang berhasil diisolasi sebanyak 19
isolat. Terdapat 5 isolat yang memiliki zona bening tertinggi yaitu isolat AE4, BE2, DE6, TD2, dan TD5.
Aktivitas enzim amilase tertinggi sebesar 0.225 U/mL dihasilkan pada isolat TD5.
Kata kunci : Isolasi, Bakteri Endofit, Enzim Amilase, Tanaman Pepaya
ABSTRACT
Endophytic bacteria are beneficial microorganisms that interact with plants without causing disturbance
or damage to them. Research shows that certain endophytic bacterial isolates can produce secondary metabolites
that have health effects, especially endophytic bacteria isolated from the Papaya plant (Carica Papaya. L).
Amylolytic bacteria is one of the bacteria that has the potential to produce amylase enzymes which play an
important role in industry. Endophytic bacteria were isolated using Nutrient Agar media 1% starch (soluble
starch) and amylolytic index measurements were carried out using Lugol's reagent. Isolation of endophytic
bacteria was carried out by streak method on Nutrient Agar media. The cultures were incubated at 37ºC for 48
hours. The morphological characteristics of the growing colonies were observed and Gram stained was carried
out. Amylase activity was measured using the Dinitrosalisilic acid (DNS) method. The results of this study found
19 isolates of endophytic bacteria were isolated. There were 5 isolates that had the highest clear zone, namely
isolates AE4, BE2, DE6, TD2, and TD5. The highest amylase enzyme activity of 0.225 U / mL was produced in
TD5 isolates.
Keyword : Isolation, Endophytic Bacteria, Enzyme Amylase, Papaya Plants.
2
dengan mengoleskan bakteri diatas kaca rpm) selama 48 jam waktu produksi optimum
objek yang kemudian difiksasi dengan cara pada suhu 35ºC. Biakan bakteri dari medium
dilewatkan diatas nyala api sebentar untuk produksi kemudian dipanen dengan cara
melekatkan bakteri. Skrining bakteri sentrifugasi pada kecepatan 6.000 rpm selama
endofit 15 menit pada keadaan dingin (4ºC).
Satu ose bakteri berumur 48 jam yang Supernatan yang diperoleh merupakan ekstrak
ditumbuhkan pada NA agar miring kasar enzim, sedangkan pelet dibuang.Endapan
dipindahkan ke media NA agar 1% Pati dan dibuang sedangkan supernatant (cairan)
diinkubasi sampai ada pertumbuhan. Setelah disimpan dan dipergunakan sebagai larutan
48 jam inkubasi pada suhu 37°C, media enzim amilase. Endapan yang dibuang terdapat
selektif yang telah ditumbuhi bakteri tersebut sel bakteri, sehingga sebelum dibuang sel
diuji dengan meneteskan larutan iodin. Isolat tersebut dihilangkan dulu dengan cara direbus
bakteri endofit yang memiliki enzim amilase dengan air sampai mendidih.
maka akan menunjukkan zona bening disekitar
koloni bakteri, yang kemudian diukur dengan 1.9 Penentuan Kurva Standart
jangka sorong dengan rumus indeks amilase Sebanyak 10 tabung reaksi disiapkan,
yaitu diameter zona bening dibagi diameter masing-masing diisi dengan larutan glukosa
koloni, sedangkan pada bakteri yang tidak dengan konsentrasi 0,10, 20, 30, 40, 50, 60, 70,
memiliki aktivitas amilase maka media 80, 90, 100 ppm. Setelah itu diambil 1 ml dari
disekitarnya akan terlihat berwarna biru. masing-masing konsentrasi dan dimasukkan
kedalam tabung reaksi.Kemudian ditambahkan
1.6 Pembuatan inoculum ke dalam tabung reaksi 1 ml reagen DNS dan
Inokulum dibuat dengan cara dihomogenkan. Ditutup mulut tabung dengan
memindahkan isolat bakteri yang telah alumunium foil dan dipanaskan dalam air
diremajakan pada media NA miring yang mendidih selama 5-15 menit sampai larutan
mampu menghasilkan enzim amilase dari berwarna merah-coklat. Kemudian
medium agar miring menggunakan jarum ose ditambahkan dengan aquades hingga
sebanyak 2 ose secara aseptis ke dalam 50 mL volumenya 10 ml dan dihomogenkan,
medium inoculum Nutrient Broth. Larutan selanjutnya diukur absorbansinya dengan
diinkubasi dalam shakerbath 150 rpm selama spektrofotometer pada panjang gelombang 540
24 jam pada suhu dan pH sesuai habitat asal nm.
hingga inokulum menjadi keruh.
1.10 Uji aktivitas amilase metode DNS
1.7 Kurva Pertumbuhan bakteri amilolitik Sebanyak 1 ml ekstrak kasar enzim hasil
Pembuatan kurva pertumbuhan dilakukan sentrifugasi dicampur dengan 1 ml substrat
dengan membuat stok inokulum masing- (pati 1% dalam buffer fosfat 0,2 M pH 7) lalu
masing isolat terpilih dengan memindahkan diinkubasi selama 30 menit pada suhu 30oC,
10% (v/v) inokulum dalam 100 ml medium ditambahkan 2 ml asam 3,5 dinitrosalisilat
Nutrient Broth 1% Pati kemudian 3 ml dari (DNS) kemudian dikocok dengan vortex dan
masing-masing isolat diambil tiap 4 jam sekali dipanaskan dalam air mendidih selama 5
sampai pada fase stasioner dan diukur menit. Lalu didinginkan di dalam air es selama
absorbansinya pada panjang gelombang 600 20 menit. Setelah dingin diukur absorbansinya
nm menggunakan spectrophotometer uv-vis pada λ= 540 nm. Blanko mendapat perlakuan
sehingga didapatkan nilai OD (Optical yang sama dengan sampel, namun penambahan
Density). enzim dilakukan setelah campuran dipanaskan.
Satu unit aktivitas enzim amilase didefinisikan
1.8 Produksi Amilase jumlah emzin yang diperlukan unutk melepas 1
Produksi amilase dilakukan dengan μmol gula pereduksi/menit atau setara dengan
memindahkan 10% (v/v) biakan bakteri dari 1 μmol glukosa/menit (Tresnawati, 2004).
medium inokulum ke dalam 30 mL medium
produksi. Medium produksi yang sudah 2. Hasil dan Pembahasan
ditanami bakteri dari medium inokulum 2.1 Isolasi bakteri endofit
selanjutnya dikocok dengan shakerbath (150
3
Hasil isolasi bakteri endofit carica sangat tinggi. Hal ini didukung oleh Bhore dan
papaya diperoleh 19 isolat bakteri yang terdiri Sathisha (2010) yang menyatakan bahwa
dari 4 isolat berasal dari akar, 5 isolat dari keanekaragaman morfologi koloni bakteri
daun, 5 isolat dari batang dan 5 isolat dari endofit dari suatu jaringan tanaman luas, hal
tangkai daun. Isolat bakteri endofit tumbuh ini dipengaruhi oleh kondisi pertumbuhan
setelah 48 jam dari proses penanaman tanaman dan kondisi tanah. Tanaman dengan
potongan sampel di atas media isolasi. Proses spesies yang sama tidak selalu memiliki
isolasi bakteri endofit dari tanaman pepaya bakteri yang sama. Bentuk sel bakteriberbeda-
diawali dengan sterilisasi permukaan. Kontrol beda, tetapi biasanya terdapat 3 bentuk yang
sterilisasi menggunakan alkohol 70% lebih umum, yaitu bulat (coccus), bentuk
menunjukkan bahwa sterilisasi permukaan batang (bacillus) dan bentuk spiral. Variasi
yang dilakukan mampu menghambat bentuk sel mungkin akan terjadi baik secara
pertumbuhan mikroba pada permukaan tetap ataupun sebagai bentuk kelainan karena
tanaman sehingga yakin bahwa isolat bakteri pengaruh lingkungan yang tidak
yang diperoleh adalah isolat bakteri endofit. menguntungkan yang disebut dengan bentuk
Efisiensi sterilisasi permukaan tanaman dapat involusi.menunjukkan hasil pengamatan secara
dilihat dari aquades bilasan terakhir yang mikroskopik.
ditumbuhkan pada cawan petri sebagai kontrol.
Hal ini sesuai dengan Goryluk et al. (2009)
yang menyatakan bahwa sterilisasi permukaan 2.3 Skrining bakteri endofit penghasil
dikatakan berhasil apabila tidak terdapat amilase
pertumbuhan mikroorganisme pada cawan Pembentukan zona bening menunjukkan
petri. Sterilisasi permukaan bertujuan untuk bahwa pati yang terdapat di dalam media
menghilangkan mikroorganisme epifit yang dihidrolisis oleh enzim amilase menjadi
berada di permukaan tanaman, sehingga koloni senyawa yang sederhana.Zona bening dapat
yang diperoleh merupakan koloni endofit yang dilihat dengan meneteskan larutan lugol’s
berasal dari dalam jaringan tanaman. iodine pada media pati padat yang telah
ditumbuhi oleh isolat bakteri.Uji Iodin
2.2 Karakterisasi bakteri endofit bertujuan untuk mengidentifikasi polisakarida
Hasil pengamatan bahwa koloni isolat berupa amilosa. Reagen yang digunakan
bakteri endofit yang berhasil diisolasi dari adalah larutan iodin yang merupakan I2 terlarut
tanaman papaya memiliki keragaman dalam potasium iodida. Prinsip iodin adalah
morfologi yang meliputi warna, bentuk, elevasi terjadinya reaksi antara polisakarida dengan
dan tepian koloni.Jumlah koloni yang memiliki iodin membentuk rantai poliiodida. Menurut
bentuk bergelombang sebanyak 9 isolat Sumardjo (2009), polisakarida umumnya
sedangkan bentuk bulat 10 isolat. Memiliki membentuk rantai heliks (melingkar), sehingga
elevasi raised sebanyak 4 isolat dan flat dapat berikatan dengan iodin, sedangkan
sebanyak 15 isolat. Koloni yang berwarna karbohidrat berantai pendek seperti disakarida
putih sebanyak 16 isolat dan koloni yang dan monosakarida tidak membentuk struktur
berwarna kuning sebanyak 2 isolat. Tepi yang heliks sehingga tidak dapat berikatan dengan
berbentuk Lobate sebanyak 9 isolat dan entire iodin .
sebanyak 10 isolat.Berdasarkan hasil penelitian Isolat bakteri sebanyak 14 lainnya tidak
yang dilakukan pada isolat bakteri endofit yang membentuk zona bening, karena tidak dapat
berasal dari akar, AE1 dan AE3 memiliki mendegradasi pati.Hal ini didukung oleh
morfologi yang sama tetapi kedua isolat pendapat Hermanila (2015), bahwa tidak
mempunyai bentuk bakteri yang berbeda. terbentuknya zona bening disebabkan
Isolat bakteri yang berasal dari daun yaitu DE1 kebutuhan sumber karbon yang berbeda pada
dan DE2 memiliki morfologi yang sama tetapi masing-masing isolat. Sifat dan jumlah sumber
jenis bakteri yang berbeda. Isolat bakteri yang karbon dalam medium kultur penting bagi
berasal dari tangkai daun yaitu TD4 dan TD5 pertumbuhan dan produksi amilase
memiliki morfologi yang sama tetapi jenis ekstraseluler pada bakteri.
bakteri yang berbeda, isolasi bakteri endofit
umumnya memiliki keanekaragaman yang 2.4 Aktivitas amilase Metode DNS
4
Berdasarkan hasil penelitian aktivitas
amilase pada isolat bakteri endofit tanaman
pepaya isolat AE4 memiliki rata-rata aktivitas 3. Kesimpulan
amilase sebesar 0,069 U/mL, isolat DE2 3.1 Bakteri endofit pada tanaman pepaya
sebesar 0,057 U/mL, isolat BE1 sebesar 0,068 menghasilkan 19 isolat yang terdiri
U/mL, isolat TD2 sebesar 0,087 U/mL dan dari 4 isolat dari akar, 5 isolat dari
isolat TD5 sebesar 0,225 U/mL. Aktivitas daun, 5 isolat dari tangkai daun dan 5
amilase yang terbaik terdapat pada isolat TD5 isolat dari batang.
karena memiliki nilai aktivitas amilase tinggi 3.2 Pada tanaman pepaya terdapat 5 isolat
yaitu 0,225 U/mL dengan konsentrasi glukosa bakteriyang menghasilkan enzim
610,188 mg/mL, sedangkan aktivitas amilase amilase. Hal ini dapat diketahui dari
terendah terdapat pada isolat DE2 yaitu 0,057 terbentuknya zona bening disekitar
U/mL dengan konsentrasi glukosa 156,930 koloni bakteri
mg/mL. Perbedaan aktivitas disebabkan 3.3 Isolat bakteri BE19 menghasilkan
karena berasal dari isolat bakteri yang aktivitas enzim amilase terbesar yaitu
berbeda serta hasil isolasi dari jaringan yang 0.168 U/ml dengan konsentrasi
berbeda yaitu akar, batang, daun dan tangkai glukosa sebesar 455,937mg/ml.
daun.Isolat TD5 berasal dari tangkai daun
memungkinkan kandungan kabohidrat lebih Daftar Pustaka
banyak.Bakteri amilolitik yang diisolasi dari
sumber kaya amilum umumnya berpotensi Afifah, N., Putri, DH., dan Irdawati. 2018.
menghasilkan amilase yang lebih baik.Pati Isolation and Identification of Endophytic
dapat ditemukan pada umbi, daun, batang dan Bacteria from the Andalas Plant Stem
biji-bijian.Beberapa faktor lingkungan juga (Morus macroura Miq.). Bioscience.
mempengaruhi aktivitas amilase. Hal ini Vol 2 (1). 72-75
sesuai pendapat De Carvalho et al., (2008) Aiyer, P.V., 2005, Amylases and their
bahwa faktor tersebut meliputi kandungan applications, African Journal of
nutrisi, derajat keasaman media, tekanan Biotechnology,4 (13); 1525-1529.
osmotik, tingkat aerasi, suhu, dan kontrol Ghavidel, R.A., Davoodi, M.G., Adib, A.F.,
terhadap kontaminasi selama Tanoori, T., dan Shyekholeslami, Z.2013.
fermentasi.Besar kecilnya aktivitas enzim Effect of Selected Edible Coatings to
amilase ini akan mempengaruhi kadar gula Extend Shelf-Life of Fresh- Cut Apples.
pereduksi (glukosa) yang dihasilkan. Hal ini International Journal of Agriculture and
sesuai dengan pendapat Capriyanti et al., Corp Sciences 6(16) : 11711178.
(2015) bahwa umumnya gula pereduksi yang Grisham, Charles M.; and Reginald H. Garrett.
dihasilkan berhubungan erat dengan aktivitas 1999. Biochemistry. Saunders
enzim, dimana semakin tinggi aktivitas enzim College Pub. Philadelphia. Pp. 426–7.
maka semakin tinggi pula gula pereduksi Goryluk, A., Rekosz-Burlaga, H. and
yang dihasilkan. Peningkatan aktivitas enzim Blaszczyk, M., 2009, “Isolation and
disebabkan oleh semua bakteri sudah Characterization of Bacterial Endophytes
memanfaatkan substrat pati untuk of Chelidonium majus L.”, Polish
mensekresikan enzim amilase. Journal of Microbiology, 58(4),.355-361.
Handayani.2007. Skrining Kapang Endofit
Pengahsil Antimikroba dari Ranting
Tanaman Garcinia tetrandra Pierre
terhadap Escherichia coli. Skripsi
Sarjana Farmasi UI, Depok.
Mursal Ghazali, dkk., 2015. Deteksi Bakteri
Patogen yang Berasosiasi dengan
Kappaphycus alvarezii (Doty) Bergejala
penyakit ice-ice.Jurnal Sains Teknologi
dan Lingkungan.Vol. 1 No.2
6
edition, San Fransisco : Benjamin Yuniarti, T. 2008. Ensiklopedia Tanaman Obat
Cummings, p. 125. Tradisional.Cetakan Pertama Med
Vaseekaran S, Balakumar S, Arasaratnam V Press.Yogyakarta.
(2010). Isolation and identification of a Warisno. 2003. Budidaya Pepaya: Kanisius.
bacterial strain producing thermostable α- Yogyakarta.
amylase. Tropical Agricultural Research, Wilis Ari Setyati. 2015. Kinetika Pertumbuhan
22:1-11. dan Aktivitas Protease Isolat 36K dari
Volk, W. A dan Wheeler, M. F. sedimen Ekosistem Mangrove,
1999.Mikrobiologi Dasar. Terjemahan Karimunjawa, Jepara.Jurnal Ilmu
Markham. Jakarta: Erlangga Kelautan Undip.20(3):163-169
Yuliana, N., 2008, Kinetika Pertumbuhan Winarno MW dan Sundari D.
Bakteri Asam Laktat Isolat T5 yang 1996.Pemanfaatan tumbuhan sebagai obat
Berasal dari Tempoyak. J. Teknologi diare di Indonesia.Cermin Dunia
Industri dan Hasil Pertanian. 13(2):108- Kedokteran 109:25-32
116 Wirahadikusuma. 2001. Biokimia Protein,
Enzim dan Asam Nukleat. Bandung: ITB