LAPORAN PRAKTIKUM

PENGANTAR PROKARIOT TANAMAN

“Isolasi Permurnian dan Morfologi Koloni

Patogen Dari jaringan Tanaman Sakit “

Dosen Pembimbing : 1. Ir. Hartal, MP.

2. Dr.Ir. Hendri Bustaman,MS.

Coass : 1. Zahra Sahira (E1K017013)

2. Selta Fiona (E1K018021)

Shift : 2 (Dua)

Kelompok : 1 (Satu)

Nama : Harun Al Rasyid

NPM : E1K020030

LABORATORIUM PROTEKSI TANAMAN

JURUSAN PERLINDUNGAN TANAMAN

FAKULTAS PERTANIAN

UNIVERSITAS BENGKULU

2023
 BAB I
PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang

Bakteri berasosialisasi dengan tanaman, serangga, dan tanah sehingga dapat berada di
permukaan tanaman, di dalam jaringan tanaman, permukaan serangga, di dalam jaringan
serangga, di permukaan tanah dan di dalam tanah. Untuk mendapatkan isolat dapat dilakukan
melalui kegiatan isolasi sehingga didapatkan biakan murni. Teknik isolasi bakteri dapat
dilakukan dengan teknik cawan tuang, teknik cawan sebar, dan teknik cawan gores. isolasi
bakteri dari tanah secara umum dengan metode pengenceran ( dilution method) hingga 10 -6
pada medium umum (seperi Nutrient (Denny and Hayward, 2001) dan Medium SX Agar
untuk Xanthomas campestris (Schaad et al.,2001). Hasil isolasi dibiakan pada medium
miring atau paraffin cair (Tsao, 1983).
Patogen menyerang tanaman dan bertahan di jaringan tanaman. Isolasi pathogen di
perlukan untuk mengetahui jenis pathogen yang menyerang tanaman. Bakteri pathogen
diisolasi dengan cara seperti Nutrient Agar (NA) atau pepton Glucose Agar (PGA). Bakteri
yang tumbuh di permukaan media selanjutnya diisolasi ke media yang baru untuk
mendapatkan biakan murni. Hasil isolasi dibiakan pada medium baru disimpan dalam
medium miring atau paraffin (Tsao,1983) yang selanjutnya dapat dipergunakan sewaktu-
waktu.
Hasil isolasi bakteri akan dipertemukan koloni yang tumbuh di permukaan agar. Satu
koloni merupakan kumpulan dari sel bakteri yang tumbuh dan berkembangdari 1 sel bakteri
dari tempat asal diisolasi. Ciri morfologi merupakan dasar untuk mengklasifikasikansuatu
bakteri. Pertumbuhan koloni di permukaan agar menunjukkan morfologi, ukuran dan warna
yang khas dari masing-masing koloni. Morfologi bakteri yang diamati berdasarkan bentuk
koloni, elevasi, margin, warna, ukuran, dan struktur dalam.
Koloni bakteri dapat berbentuk bulat, tak beraturan dengan permukaan cambung,
cekung atau datar serta tepi koloni rata atau bergelombang dsb. Pada medium miring
penampakan koloni bakteri ada yang serupa benang (filament), menyebar, serupa akar dan
sebagainya.
1.2 Tujuan Praktikum
1. Mendapatkan dan membedakan isolate bakteri dari tanah dan tanaman
2. Mendapatkan isolate bakteri pathogen dari jaringan tanaman
3. Membedakan morfologi koloni –koloni bakteri dari tanah dan jaringan tanaman
 BAB II
TINJAUAN PUSTAKA
Isolasi adalah cara untuk memisahkan atau memindahkan mikroba tertentudari
lingkungannya, sehingga diperoleh kultur murni atau biakan murni. Kultur murni ialah kultur
yang sel-sel mikrobianya berasal dari pembelahan dari satu sel tunggal. Isolasi dapat
dilakukan dengan dua metode yaitu metode cawan tuang dan metode cawan gores. Isolasi
adalah cara untuk memisahkan atau memindahkan mikroba tertentudari lingkungannya,
sehingga diperoleh kultur murni atau biakan murni. Kultur murni ialah kultur yang sel-sel
mikrobianya berasal dari pembelahan dari satu sel tunggal. Ada berbagai cara untuk
mengisolasi bakteri dalam biakan murni yaitu, cara pengenceran, cara penuangan, cara
penggesekan atau penggoresan, cara penyebaran, cara pengucilan 1 sel, dan cara inokulasi
pada hewan. Masing-masing mempunyai kelebihan dan kekurangan (Miskiyah.2020).
Isolasi bakteri merupakan suatu cara untuk memisahkan atau memindahkan mikroba
tertentu dari lingkungan sehingga diperoleh kultur atau biakan murni. Ada beberapa cara
umum yang dapat dilakukan dengan cara goresan (steak plate), cara taburan atau tuang (pour
plate), serta mikromanipulator (the micromanipulator methods). Secara alami, bakteri di alam
ditemukan dalam populasi campuran. Hanya dalam keadaan tertentu saja populasi ini
ditemukan dalam dalam keadaan murni . Untuk dapat mempelajari sifat biakan, morfologi,
dan analisis lain, maka organisme yang akan diteliti harus dapat dipisahkan. Ini berarti bahwa
harus ada biakan murni yang hanya mengandung satu jenis bakteri. Latar belakang
diadakannya percobaan isolasi ini adalah untuk memelihara suatu mikroorganisme yaitu
bakteri dan jamur media yang ada serta membedakan bahwa setiap mikroorganisme memiliki
peranan yang berbeda dalam kehidupan, baik yang merugikan maupun yang
menguntungkan..Setiap sel tunggal mikroorganisme memiliki kemampuan untuk
melangsungkan aktivitas kehidupan dan tidak memerlukan tempat yang besar, mudah
ditumbuhkan dalam media buatan yang dilakukan dalam percobaan ini, dan tingkat
pembiakannya relatif cepat saat inkubasi (Semangun,2016).
Isolasi bakteri dikarakterisasi dengan menumbuhkan pada medium dan dilakukan
pengamatan meliputi: pertumbuhan koloni bakteri pada medium agar miring yaitu bentuk
pertumbuhan pada bekas goresan, pertumbuhan koloni bakteri pada medium agar tegak yaitu
bentuk pertumbuhan pada bekas tusukan dan pertumbuhan koloni bakteri pada medium agar
lempeng yaitu bentuk, tepian, elevasi, permukaan warna, diameter koloni dan konfigurasi.
Berdasarkan hasil identifikasi secara mikrobiologis maupun fisiologis melalui uji biokimia
ditemukan tujuh isolat bakteri yang termasuk kedalam bakteri patogen maupun non patogen
(Rahmad, 2012).
Prinsip pada metode isolasi jamur dan bakteri hampir sama, yaitu pengenceran yang
dilakukan pada praktikum ini adalah pengenceran 103. Hal tersebut bertujuan untuk
memperoleh suspensi jenis mikroorganisme spesies tertentu dan dalam jumlah koloni yang
cukup. Oleh karena itu, pentingnya praktikum pada kegiatan kali ini dimaksudkan agar
praktikan dapat memahami pemurnian mikrobia dalam kehidupan yang lebih kompleks.
( Isgitani,2018).
Media berfungsi untuk menumbuhkan mikroba, isolasi, memperbanyak jumlah,
menguji sifat-sifat fisiologi dan perhitungan jumlah mikroba, dimana dalam proses
pembuatannya harus disterilisasi dan menerapkan metode aseptis untuk menghindari
kontaminasi pada media. Nutrien agar adalah medium umum untuk uji air dan produk dairy.
NA juga digunakan untuk pertumbuhan mayoritas dari mikroorganisme yang tidak selektif,
dalam artian mikroorganisme heterotrof. Media ini merupakan media sederhana yang dibuat
dari ekstrak beef, pepton, dan agar. Na merupakan salah satu media yang umum digunakan
dalam prosedur bakteriologi seperti uji biasa dari air, sewage, produk pangan, untuk
membawa stok kultur, untuk pertumbuhan sampel pada uji bakteri, dan untuk mengisolasi
organisme dalam kultur murni dengan cara disterilisasi dengan autoklaf pada 121°C selama
15 menit (Andrianto,2020)
Isolasi jamur menggunakan medium PDA (Potato Dextrose Agar) yang dibuat
sendiri. Sebanyak 200 g kentang yang telah dikupas dan dibersihkan kemudian diiris tipis-
tipis. Kentang direbus selama 15-20 menit dengan aquades secukupnya, kemudian disaring
dengan kain. Filtrat yang dihasilkan kemudian ditambahkan 20 g dekstrosa dan volumenya
dijadikan satu liter. Medium padat dibuat dengan menambahkan 20 g agar. Medium
disterilisasi dalam autoklaf pada suhu 1200C dan tekanan 15 psi selama 15 menit
(Hidayat,2020).
Mikroorganisme dapat diperoleh dari lingkungan air, tanah, udara, suubstrat yang
berupa bahan pangan, tanaman dan hewan. Jenis mikroorganismenya dapat berupa bakteri,
khamir, dan sebagainya. Populasi dari mikrobia yang ada di linkungan ini sangatlah beraneka
ragam sehinga dalam mengisolasi diperlukan beberapa tahap penanaman sehingga berhasil
diperoleh koloni yang tunggal. Koloni yang tunggal ini kemudian yang akan diperbanyak
untuk suatu tujuan penelitian misalnya untuk menngisolasi DNA mikroba yang dapat
mendeteksi mikroba yang telah resisten terhadap suatu antibiotik. Atau untuk mengetahui
mikroba yang dipakai untuk bioremediasi holokarbon (Lay,2016).
Kesuburan tanah dapat diprediksi dari jumlah populasi mikroba yang hidup di
dalamnya. Tingginya jumlah mikroba merupakan pertanda tingginya tingkat kesuburan
tanah, karena mikroba berfungsi sebagai perombak senyawa organik menjadi nutrien yang
tersedia bagi tanaman dan di dalam tanah terkandung cukup bahan organik dan senyawa
lainnya untuk pertumbuhan mikroba. Kelembaban tanah berpengaruh pada aerasi, suhu dan
reaksi di dalam tanah, namun masih sedikit peneliti yang mempertimbangkan secara akurat
perilaku mikroba tanah terhadap setiap faktor lingkungan tanah (Fathir,2019).
Untuk memenuhi kebutuhan, produksi kacang tanah perlu terus ditingkatkan, namun
usaha peningkatan produksi sering menghadapi masalah di antaranya serangan hama dan
penyakit. Tanaman kacang tanah sering diserang oleh jamur tular tanah yang dapat bertahan
di dalam tanah seperti dari genus Rhizoctonia dan Sclerotium (Semangun, 1993). Efek yang
ditimbulkan dari serangan jamur patogen tersebut yaitu menyebabkan turunnya kualitas
tanaman kacang tanah, yang berpengaruh pada rendahnya nilai ekonomis (Amalia,2017).
Kacang tanah (Arachis hypogaea L) merupakan bahan makanan, bahan industri dan
komoditi ekspor yang penting bagi Indonesia. Sebagai salah satu bahan makanan sumber
kalori dan lemak nabati, komoditi ini cukup disukai masyarakat4 . Kacang tanah mulai dari
panen hingga selama penyimpanan mempunyai resiko kerusakan yang besar. Kerusakan
terjadi dapat berupa kerusakan fisik, kimia maupun mikrobiologis5 . Kerusakan
mikrobiologis dapat disebabkan karena tumbuhnya jamur yang diantaranya dapat
menghasilkan (Marzuki, R. 2017)
 BAB III
METODOLOGI

3.1 Bahan dan Alat

Bahan yang diperlukan :
1. 500 g sampel tanah kacang tanah yang diperoleh dari rizosfer tanaman sehat di lahan
yang terinfeksi
2. Bagian tanaman bawang merah yang diserang oleh jamur layu bakteri
3. Air steril
4. Nutrient Agar
5. Pepton Glucose Agar ( PDA)
6. Alkohol
7. Spirtus
8. 2 lembar Kertas saring steril yang ditaruh di dalam cawan petri steril
9. Isolat bakteri hasil kegiatan isolasi bakteri tanah dan pathogen
Alat yang digunakan :
1. Timbangan
2. Tabung reaksi
3. Cawan petri steril
4. Lamp spiritus
5. laminar Air Flow (LAF)
6. Jarum ose
7. jarum ent
8. Mikropipet
9. Piprt tip
10. Gelas L
11. Colony counter
12. Lope
13. Mistar
3.2 Cara Kerja
Isolasi Bakteri:
1. Sebanyak 1 g tanah disuspensikan dalam 9 ml air steril sehingga didapatkan
pengenceran 10-2, selanjutnya seanyak 1 ml suspensi tanah 10 -1 disuspensikan dalam 9
ml air steril sehingga didapatkan pengenceran 10-2. Demikian dilakukan berturut-turut
sehingga didapatkan pengenceran 10-4.
2. Tehnik cawan tuang: Sebanyak 100 µl suspensi tanah dengan pengenceran 10-6 dituang
ke dalam cawan petri kemudian sebanyak 10 ml NA suhu 55oC dituang ke atasnya,
diratakan. Masing-masing untuk 2 cawan petri. Dinginkan. Beri label kemudian
diinkubasi selama 2 hari di ruang inkubasi dengan suhu 28oC.
3. Tehnik cawan sebar: Dua buah cawan petri diisi masing-masing 10 ml NA suhu 55 oC.
Dinginkan sampai padat. Sebanyak 100 µl suspensi tanah dengan pengenceran 10 -6
dituang ke permukaan agar, kemudian diratakan dengan gelas L secara aseptis. Beri
label kemudian diinkubasi selama 2 hari di ruang inkubasi dengan suhu 28oC.
4. Koloni bakteri yang tumbuh dipindahkan ke medium NA yang baru dengan cara
mengambil 1 ose biakan dengan menggunakan jarum ose dan menggoreskan. Biakan
diinkubasi 2x24 jam sehingga didapatkan biakan murni.
5. Biakan murni selanjutnya disimpan di medium NA miring dengan cara mengambil 1
ml biakan dengan menggunakan jarum ose dan menanamnya ke permukaan agar
miring dengan cara goresan zigzag.
Isolasi jaringan :
1. Tuang 10 ml PGA suhu 55oC ke dalam cawan petri steril dan diamkan sampai
membeku. Siapkan sebanyak 2 cawan petri.
2. 1 cm batang tanaman sakit direndam dengan Natrium hipoclorit 1 % selama 30 detik
dan dibilas dengan air steril, lalu dikeringkan di atas kertas saring steril
3. Potong 0,5 mm dari permukaan batang, kemudian dicelup ke dalam air steril sampai
masa bakteri keluar.
4. Jarum ose steril dicelupkan dengan suspensi massa bakteri, kemudian digoreskan
secara zigzag ke permukaan media PGA. Beri label kemudian diinkubasi selama 2
hari di ruang inkubasi dengan suhu 28oC.
5. Koloni bakteri tunggal yang tumbuh di ujung goresan dipindahkan ke medium PGA
yang baru dengan cara mengambil 1 ml biakan dengan menggunakan jarum ose dan
 menggoreskannya ke permukaan agar. Biakan diinkubasi 2x24 jam sehingga
didapatkan biakan murni.
6. Biakan murni selanjutnya disimpan di medium PGA miring dengan cara mengambil 1
ose biakan dengan menggoreskannya ke permukaan agar miring.
Pengamatan morfologi koloni:
1. Taruh cawan petri berisi isolat bakteri di atas permukaan coloni counter
2. Amati morfologi koloni bentuk, elevasi, margin, struktur dalam, dan warna. Perjelas
pengamatan dengan menggunakan loupe
3. Ukur diameter koloni dengan menggunakan mistar (mm)
 BAB IV
HASIL DAN PEMBAHASAAN

4.1 Hasil
Foto Reisolasi Jaringan Foto Reisolasi Tanah

4.2 Pembahasaan
Isolasi suatu mikroba ialah suatu kegiatan memisahkan mikroba tersebut dari
lingkungannya di alam dan menumbuhkannya sebagai biakan murni dalam medium buatan.
Isolasi harus diketahui cara-cara menanam dan menumbuhkan mikrobia pada medium biakan
serta syarat-syarat lain untuk pertumbuhannya. Memindahkan bakteri dari medium lama ke
dalam medium yang baru diperlukan ketelitian dan pengsterilan alat-alat yang digunakan,
supaya dapat dihindari terjadinya kontaminasi. Pada pemindahan bakteri dicawan petri
setelah agar baru, maka cawan petri tersebut harus dibalik, hal ini berfungsi untuk
menghindari adanya tetesan air yangmungkin melekat pada dinding tutup cawan petri. Pada
praktikum kemaren bahan kami digunakan adalah tanaman kacang tanah yang terkena
penyakit layu yang disebabkan oleh bakteri Ralstonia solanacerum.
Pada isolate bakteri dari tanah dan jaringan memiliki perbedaan. sesuai pada gambar
yang tertera pada hasil, bakteri pada reisolasi jaringan lebih sedikit membentuk koloni namun
dengan ukuran yang besar. sedangkan pada reisolasi bakteri tanah membentuk koloni yang
banyak dengan ukuran yang lebih kecil dibandingkan dengan koloni bakteri yang ada pada
reisolasi bakteri jaringan.
Isolat bakteri yang didapatkan kemudian dilakukan pewarnaan gram untuk melihat
karakterisasi dari bakteri tersebut. Bakteri gram positif ditandai dengan terbentuknya warna
ungu disebabkan asam-asam ribonukleat pada sitoplasma sel- sel gram positif membentuk
ikatan yang lebih kuat dengan kompleks ungu kristal violet sehingga ikatan kimiawi tersebut
tidak mudah dipecahkan oleh larutan alkohol sedangkan bakteri gram negatif ditandai dengan
terbentuknya warna merah sebab kompleks tersebut larut pada saat pemberian alkohol
sehingga mengambil warna merah safranin
Perbedaan warna pada bakteri positif dan negatif menunjukan bahwa adanya perbedaan
struktur dinding sel antara kedua jenis bakteri tersebut. Dinding sel pada bakteri gram positif
terdiri atas peptidoglikan yang tebal sedangkan dinding sel pada bakteri gram negatif terdiri
atas peptidoglikan yang lebih tipis dari bakteri gram positif, mengandung lipid, dan lemak
dalam persentase yang lebih tinggi daripada bakteri gram positif.
 BAB V
PENUTUP

5.1 Kesimpulan
Pada isolate bakteri dari tanah dan jaringan memiliki perbedaan. Pada Proses mengambil
bakteri dari medium atau dari lingkungan asalnya lalu menumbuhkannya di medium buatan
untuk memperoleh biakan murni menggunakan metode yang sama. Namnu, ada beberapa
perbedaan isolate dari bakteri tanah dan jaringan. Diantaranya yaitu perbedaan inang dari
kedua jenis bakteri tersebut.
Setelah isolasi bakteri tanah dan jaringan dilakukan bahwasanya ditemukan isolate
bakteri yang menjadi pathogen pada tanaman kacang tanah. Metode yang kami gunakan yaitu
metode tuang dan metode gores. Dimana metode ini dilakukan pada waktu yang berbeda.
untuk hasil yang kami dapatkan disertakan pada lampiran yang tertera.
Untuk perbedaan morfologi koloni-koloni dari bakteri tanah dan jaringan terdapat pada
bentuk fisik yang sangat terlihat jelas. Yang pertama koloni bakteri isolasi darii jaringan
tanaman lebih besar ukuranya namun jumlahnya sedikit. sedangkan koloni pada isolasi
bakteri tanah berukuran lebih kecil namun dengan jumlah yang lebih banyak dibandingkan
koloni pada isolasi bakteri jaringan tanaman.

5.2 Saran
Saran untuk praktikum selanjutnya lebih disiplin lagi dalam waktu mulainya praktikum
dan lebih memperhatikan lagi dosen dan coass pada saat menjelaskan materi praktikum
 DAFTAR PUSTAKA

Amalia, N. 2017. Identifikasi Jamur Aspergillus flavus pada Kacang Tanah (Arachis
hypogaea L.) yang Dijual di Pasar Kodim. Jurnal Analis Kesehatan Klinikal
Sains Volume 1 Nomor 1. Pekanbaru: Akademi Analis Kesehatan Fajar
Pekanbaru.

Andrianto, T.T., Indarto, N. 2020. Budidaya dan Analisis Usaha Tani Buncis, Kacang Tanah,
Kacang Tunggak. Yogyakarta: Absolut.

Fathir, dkk. 2019. Mikrobiologi Dasar. Jakarta: Erlangga.

Isgitani, M., S. Kabirun, and S.A. Siradz, 2018, Pengaruh Inokulasi Bakteri Pelarut Fosfat
Terhadap Pertumbuhan Sorghum pada Berbagai Kandungan P Tanah, Jurnal
Ilmu Tanah dan Lingkungan

Lay, W. 2016. Mikrobiologi . Jakarta : Rajawali Pers.

Marzuki, R. 2017. Bertanam Kacang Tanah. Jakarta : Penebar Swadaya

Miskiyah. 2020. Status Kontaminasi Aflatoksin pada Kacang Tanah dan ProdukProduk
Olahannya. https://repository.ipb.ac.id.

Rahmad. 2012. Teknik Metode Dasar Dalam Mikrobiologi. Malang: Universitas

Muhammadiyah Malang.

Semangun H. 2016. Penyakit-Penyakit Tanaman Pangan di Indonesia. Gadjah Mada

University Press. Yogyakarta.

Sedarmayanti dan S. Hidayat. 2020. Metodologi Penelitian. Penerbit CV. Mandar Maju,
Bandung, Indonesia
LAMPIRAN