Review of journal

Isolation, Screening, and Characterization of Antibiotic and Antifungal for

bakteria

Rada Fransiska (119180015) dan Rizki Wahyunisari (119180035)

Mata Kuliah Produktivitas dan Pengendalian Mikroba Program Studi Biologi,

Jurusan Sains, Institut Teknologi Sumatera

Abstract: Antibiotik merupakan suatu senyawa yang dihasilkan oleh bakteri yang mana
senyawa tersebut dapat menghambat pertumbuhan suatu mikroba ataupun membunuh
mikroba tersebut. Pada beberapa penelitian yang telah dilakukan, diketahui mikroba yang
menghasilkan senyawa antifungi dan antibiotik memiliki sumber substrat yang berbeda-beda.
Mikroorganisme menggunakan substrat sebagai bahan yang dapat memberikan sumber
nutrisi sehingga bakteri dapat tetap hidup, substrat tersebut seperti kulit, usus, feses, tanah
maupun koral laut. Pada masing-masing bakteri penghasil antibiotik, akan memiliki senyawa
yang berbeda, seperti Lantibiotik, senyawa AMP (Antimicrobial peptide), Lipopeptida,
Pyrrolo[1,2-a] pyrazine-1,4-dione, hexahydro dan juga Asam trans-13-oktadekenoat, dan
yang terakhir adalah admirid. Metode yang digunakan dalam mendeteksi keberadaan
senyawa antibiotik yang dihasilkan pun beragam, hal tersebut menyesuaikan dengan jenis
isolat yang dipakai dan juga substrat ditemukannya mikroba. Selain itu, senyawa yang
dihasilkan juga menentukan metode deteksi yang akan digunakan. Mekanisme yang
digunakan oleh masing-masing senyawa juga ditentukan dari jenis senyawa tersebut, seperti
senyawa bakteriosin, senyawa lipopeptida, dan beberapa senyawa lain akan memiliki
mekanisme penyerangan patogen yang berbeda-beda. Senyawa antibiotik maupun antijamur
dari masing-masing bakteri memiliki peranan yang besar terhadap kehidupan manusia baik
pada bidang kesehatan maupun pertanian. Mekanisme dalam penyerangan patogen pun
bermacam-macam tergantung pada jenis senyawa yang dihasilkan oleh bakteri tersebut

Keywords: Antibiotik, Substrat, Senyawa, Metode, Mekanisme

1. Pendahuluan

Antibiotik merupakan suatu senyawa yang dihasilkan oleh bakteri yang mana senyawa
tersebut dapat menghambat pertumbuhan suatu mikroba ataupun membunuh mikroba
tersebut. Saat ini, mikroba digunakan sebagai agen penghasil antibiotik ataupun antifungi
karena mikroba dapat berkembang dengan pesat. Diketahui baru-baru ini, penggunaan
antibiotik dan antijamur yang dihasilkan dari mikroba, telah berkembang pada beberapa
aspek, contohnya adalah bakteriosin yang dihasilkan oleh isolate Staphylococus sp. Asal kulit
manusia yang dapat digunakan dalam penanganan penyakit kulit, kemudian antimikroba yang
dihasilkan oleh bakteri Bacillus yang dapat dijadikan agen biokontrol pada tanaman, serta
antimikroba dari Lactobacillus yang dapat memperbaiki keadaan flora normal pada saluran
pencernaan. Selain itu, diketahui bahwasannya terdapat beberapa antibiotik yang apabila
ditambahkan kedalam isolat bakteri lain dapat membantu meningkatkan pembentukan
senyawa antibiotik dari bakteri tersebut. Oleh karena itu, untuk mengetahui bagaimana
dihasilkannya senyawa antibiotik dan antifungi dari bakteri, dilakukanlah beberapa penelitian
yang membahas mengenai bakteri penghasil antibiotik dan antifungi serta mekanisme dari
antibiotik dan antifungi dalam melawan patogen.

2. Substrat Mikroba Penghasil Senyawa Antibiotik dan Antifungi

Pada beberapa penelitian yang telah dilakukan, diketahui mikroba yang menghasilkan
senyawa antifungi dan antibiotik memiliki sumber substrat yang berbeda-beda.
Mikroorganisme menggunakan substrat sebagai bahan yang dapat memberikan sumber nutrisi
sehingga bakteri dapat tetap hidup. Pada beberapa penelitian yang telah dilakukan diketahui
terdapat beberapa macam substrat pada bakteri penghasil senyawa antibiotik dan antifungi,
seperti yang disebutkan oleh O’Sulivan et al., (2019) bahwa Staphylococus penghasil
antibiotik dapat diisolasi dari substrat kulit manusia, tidak hanya dari kulit manusia, pada
penelitian Pavlova, et al., (2020) dimana bakteri Lactobacillus dapat diisolasi dari tinja
pendonor ataupun manusia. Selain organ tubuh manusia, hewan juga kerap kali menjadi
substrat dari bakteri penghasil senyawa antibiotik salah satunya terdapat pada penelitian lain
yakni Liu, et al., (2019) menyebutkan bahwa bakteri Bacillus velezensis yang menghasilkan
senyawa antibiotik dapat diisolasi dari usus anak babi yang sehat. Selain dari hewan maupun
manusia, beberapa bakteri juga dapat diisolasi dari tanah dan juga dari bakteri laut, yang mana
disebutkan oleh Al-Turki et al., (2020) bakteri Bacillus licheniformis yang menghasilkan
senyawa antibiotik dapat diisolasi dari tanah. Selanjutnya dijelaskan oleh Buijs, et al., (2021)
bakteri Vibrionaceae yang diketahui dapat menghasilkan senyawa antibiotik dapat diisolasi
dari laut.

3. Jenis Mikroba yang Menghasilkan senyawa Antibiotik dan Golongan Senyawa

Antibiotiknya

Pada masing-masing bakteri penghasil antibiotik, akan memiliki senyawa yang berbeda.
Seperti yang disebutkan oleh O’Sulivan et al., (2019) bahwa Staphylococus dapat
menghasilkan senyawa antibiotik berupa Lantibiotik. Dimana Lantibiotik merupakan suatu
senyawa yang termasuk kedalam bakteriosin kelas I. Pada penelitian Pavlova, et al., (2020)
menyebutkan bahwa bakteri Lactobacillus fermentum dapat menghasilkan senyawa AMP
(Antimicrobial peptide) dimana senyawa AMP kan dihasilkan oleh bakteri asam laktat. Selain
kedua isolat bakteri tersebut, terdapat juga penelitian lain yakni Liu, et al., (2019)
menyebutkan bahwa bakteri Bacillus velezensis yang menghasilkan senyawa antibiotik berupa
tiga keluarga lipopeptida, termasuk fengycins, surfactins dan iturins, yang masing-masing
terdiri dari beberapa homolog dan menunjukkan karakteristik antimikroba yang berbeda. dapat
diisolasi dari usus anak babi yang sehat. Bacillus juga banyak ditemukan ditanah, salah
satunya yakn Bacillus licheniformis, dimana pada penelitian Al-Turki et al., (2020) diketahui
bakteri Bacillus licheniformis yang menghasilkan senyawa antibiotik berupa Pyrrolo[1,2-a]
pyrazine-1,4-dione, hexahydro dan juga Asam trans-13-oktadekenoat. Selain dapat digunakan
untuk melawan patogen, diketahui terdapat antibiotik yang apabila ditambahkan kedalam
isolat bakteri lain dapat membantuk peningkatan produksi dari senyawa antibiotik bakteri
tersebut. Seperti yang dijelaskan oleh Buijs, et al., (2021) bakteri Vibrionaceae diketahui dapat
menghasilkan senyawa antibiotik berupa admirid yang apabila ditambahkan kedalam isolat
bakteri Photobacterium galatheae dapat meningkatkan produksi holomisin oleh
Photobacterium galatheae.

4. Metode yang Digunakan dalam Mendeteksi Senyawa Antibiotik

 Metode yang digunakan dalam mendeteksi senyawa lantibiotik yang dihasilkan oleh
bakteri Staphylococcus yaitu dengan melakukan swab terlebih dahulu pada tujuh area tubuh
yaitu lipatan auricular retro (di belakang telinga), kubah ketiak (ketiak), lipatan inguinal
(selangkangan), umbilikus (pusar), lipatan gluteal (antara punggung bawah dan bokong) ,
lipatan alar (sisi hidung) dan ruang jaring jari kaki (antara jari kaki). Selanjutnya dilakukan
pengenceran yang disebarkan pada media Mannitol Salt Agar (MSA) dan Agar Brain Heart
Infusion (BHI), kemudian diinkubasi. Setelah diinkubasi maka akan dilakukan deteksi
antimikroba Spot Bioassay untuk produksi antimikroba kemudian dilakukan pada isolat
dengan 10 μL kultur semalam ke agar BHI kemudian cawan diinkubasi semalam pada 37◦C
dan kemudian dilapis dengan MRS Lactobacillus yang mengandung agar 0,75% diunggulkan
dengan 0,25% kultur semalam Lactobacillus delbrueckii ssp. Bulgaria LMG 6901 dan tumbuh
secara anaerob dalam semalam. Koloni dari uji titik dan overlay pelat yang memperlihatkan
zona penghambatan kemudian diinokulasi ke dalam media BHI cair, ditanam semalaman pada
suhu 37◦C dan disimpan dalam gliserol 20% pada suhu −80◦C untuk karakterisasi lebih lanjut
(O’Sulivan et al., 2019).

Pada penelitian Pavlova, et al., (2020) menyebutkan bahwa aktivitas antagonis

Lactobacillus fermentum diperiksa dengan uji spot agar, dimana dilakukan isolasi
Lactobacillus dalam media MRS diinkubasi dalam kondisi anaerob selama 24 jam pada suhu
37 °C. kemudian sebanyak 100 μl biakan bakteri uji dicampur dengan 7 ml agar Luria–Bertani
(LB) l dituangkan di atas cawan dan cawan diinkubasi secara aerobik pada suhu 37°C. Setelah
24 jam inkubasi, zona penghambatan pertumbuhan bakteri diukur dari tepi koloni hingga tepi
zona penghambatan. Aktivitas antimikroba dari cairan biakan, amonium sulfat atau endapan
kloroform dievaluasi menggunakan metode spot-on-lawn. Efek penghambatan MRS
digunakan sebagai kontrol negatif. Setiap tes dilakukan triplo (Pavlova et al., 2020).

Penelitian lain menyebutkan bahwa metode yang dipergunakan untuk mendeteksi

senyawa antimikroba pada awalnya adalah dengan menggunakan kultur ganda yang berfungsi
untuk mendeteksi aktivitas antagonis in vitro dari strain HC6 terhadap jamur patogen. Sumbat
jamur segar (diameter 5 mm) dipotong dan ditempatkan di tengah pelat PDA (diameter 90
mm). Koloni segar dari B. velezzensis C6 diinokulasi ke piring PDA di sekitar inokulum jamur
menggunakan loop inokulasi steril pada jarak 3 cm. Sebuah piring PDA di mana hanya jamur
indikator yang diinokulasi digunakan sebagai kontrol. Pelat diinkubasi selama 5 hari pada
28°C. Aktivitas antagonis strain HC6 dievaluasi dengan mengukur diameter zona hambat,
sedangkan diameter koloni jamur indikator diukur mengikuti metode yang ditetapkan. Bakteri
indikator dikultur semalaman dalam tabung kocok dan distandarisasi ke OD600= 2.
Supernatan dari B. velezensis Kultur disaring melalui 0-22 lm filter, dan 100ll supernatan
ditempatkan ke dalam masing-masing sumur pelat agar strain indikator. Media LB diuji
sebagai kontrol. Setelah inkubasi pada 37°C selama 24 jam, diameter zona hambat diukur.
Semua percobaan diulang tiga kali. Bacillus velezensis HC6 dikultur dalam 500 ml media LB
dengan mengocok pada 210 putaran min-1 pada 37°C selama 24 jam. Kultur disentrifugasi
pada 8000g selama 20 menit pada suhu kamar, dan supernatan dikumpulkan. Amonium sulfat
padat secara perlahan ditambahkan ke supernatan untuk mencapai saturasi sekitar 60%.
Endapan dikumpulkan setelah diputar pada 4°C semalam dan disentrifugasi pada 10.000g jam
4°C selama 30 menit. Endapan disuspensikan kembali dalam 10 ml MeOH. Resuspensi
diinjeksikan ke dalam Cellulose Ester Membrane dan diaduk terus untuk menghilangkan
sodium amonium sulfat. Akhirnya, dialisat diperoleh dengan pengeringan beku (Liu, et al.,
2019).

Sedangkan pada penelitian yang dilakukan oleh Al-Turki et al., (2020) Bacillus juga
banyak ditemukan di tanah, salah satunya yakni Bacillus licheniformis, dimana pada penelitian
ini metode menggunakan tes antimikroba yang berasal dari efek penghambatan dari masing-
masing bakteri ekstrak diuji terhadap patogen yang berbeda menggunakan metode difusi agar-
sumur. Mikroorganisme patogen yang diuji meliputi 2 bakteri Gram Positif (Streptococcus
pneumoniae ATCC 6303 dan Staphylococcus aureus ATCC 11632) dan 4 bakteri Gram-
negatif (Proteus mirabilis ATCC, Enterobacter cloacae ATCC 13182.,Escherichia coli ATCC
10145, dan Salmonella typhi. ATCC 13076). Suspensi dari setiap patogen uji (0,1 ml) dari
O.D600 0,4 disebarkan pada pelat NA, dan sumur 6 mm. Sebanyak 40 μl ekstrak ditempatkan
ke dalam sumur, dan pelat ditempatkan di bawah suhu 37° C selama sekitar 24 jam. Diameter
zona yang terpengaruh diperkirakan dengan kaliper sebagai mm. Antibiotik Ciprofloxacin (5
mcg) digunakan sebagai kontrol. Untuk pengujian proteolisis metabolit yakni satu mililiter
ekstrak ethyl acetate yang menunjukkan aktivitas antibakteri menjadi sasaran pencernaan
proteolitik menggunakan proteinase K 100 mg/ml. Sampel kemudian diinkubasi semalaman
pada suhu 56°C. Setelah inkubasi, sampel diuji aktivitas antibakteri dengan metode difusi
sumur agar dan sampel ekstrak etil asetat tanpa proteinase K digunakan sebagai kontrol
negatif.

Bakteri lain seperti bakteri Vibrionaceae yang dapat menghasilkan senyawa antibiotik
berupa admirid memiliki metode dalam menghasilkan senyawanya yaitu Vibrio coralliilyticus
S2052 (dari sedimen laut) dan Photobacterium galatheae S2753 (dari kerang hijau) diisolasi
pada ekspedisi Galatheae berdasarkan aktivitas antibakterinya terhadap Vibrio anguillarum
dikultur pada suhu 25 ◦C pada Marine Agar (dan dalam air laut Buatan Peptone Yeast extract
pH = 7.0. Untuk konversi holomisin menjadi dimetil-holomisin, holomisin (500 μg) pertama
kali dilarutkan dalam metanol (MeOH) (500 μL). Kelebihan tris (2- carboxyethyl) phosphine
hydrochloride (TCEP) (2,5 mg) ditambahkan untuk mengurangi ikatan disulfida, diikuti
dengan penambahan 30 μL metil iodida (MeI). Campuran reaksi diaduk selama 15 menit dan
dikeringkan di bawah aliran nitrogen untuk menghilangkan pelarut dan sisa MeI. Kelebihan
TCEP dihilangkan dengan melarutkan kembali campuran reaksi dalam MeOH dan
mengarahkan sampel ke pertukaran anion yang kuat menggunakan kolom Biotage Isolute
SAX, dan mengumpulkan dimetil-holomisin sebagai fraksi yang tidak tertahan, diikuti dengan
pengeringan. Dari SAX dihilangkan dengan menggunakan kolom Strata C18 SPE,
memperoleh dimetil-holomisin murni dengan melarutkan sampel dalam metanol 5% dalam air
dengan pelarut yang sama, untuk menghasilkan 200 μg dimetil-holomisin murni. Pengujian
konsentrasi penghambatan minimum (MIC) dilakukan untuk menguji toksisitas holomisin dan
dimetil-holomisin terhadap V. coralliilyticus, Holomisin dan dimetil-holomisin diencerkan dua
kali lipat dalam pelat 96 sumur, dari V. coralliilyticus diencerkan menjadi OD600 0,02, dan 5
μL suspensi sel ini digunakan untuk menginokulasi biakan sumur. Pelat 96 sumur diinkubasi
selama 24 jam pada 25◦C pada plate shaker dengan pengocokan orbit pada 300 rpm.
Konsentrasi terendah tanpa pertumbuhan, seperti yang diamati dengan inspeksi visual dan
diukur dengan pembaca pelat, ditetapkan sebagai nilai MIC. Pengukuran rangkap tiga biologis
menghasilkan nilai MIC yang sama.

5. Mekanisme Antibiotik dan Antijamur dalam Menyerang Patogen

Setelah diketahui adanya aktivitas antibiotik maupun antijamur dari masing-masing

bakteri, maka dapat dilihat adanya mekanisme aksi yang dilakukan oleh senyawa antibiotik
dalam menyerang patogen. O’Sulivan et al., (2019) menjelaskan bahwa mekanisme
penyerangan patogen dari bakteriosin seperti thuricin CD dan nisin masing-masing memiliki
aktivitas yang berbeda dan kedua karakteristik ini mungkin bermanfaat bagi strain penghasil
tergantung pada bagian yang dihuni oleh bakteri. Dari hasil didapatkan adanya penghambatan
bakteriosin yang dihasilkan terhadap panel bakteri termasuk patogen kulit seperti
Corynebacterium xerosis (C. xerosis). C. xerosis adalah bakteri aerobik Gram-positif, dan
kommensal kulit manusia.C. xerosis dapat menyebabkan bakteremia, infeksi kulit,
endokarditis, dan pneumonia pada pasien dengan gangguan kekebalan. S. hominis dan lima
S.warneri menunjukkan aktivitas penghambatan terhadap C. xerosis, dan melawan bakteri
lainnya yakni Corynebacterium sp. Penghambatan tersebut terjadi akibat adanya asam organik
dari Bakteriosin yang dihasilkan oleh Staphylococus sp. asam organik ini dapat menyebabkan
sitoplasma sel bakteri patogen menjadi asam dan mampu menghambat potensial transmembran
dan transport substrat, sehingga pertumbuhan bakteri C. xerosis dapat terhambat.

Dalam penelitian lain juga menyebutkan aktivitas penyerangan patogen dari bakteriosin,
seperti yang dijelaskan oleh Pavlova et al., (2019) dimana antibakteri yang dihasilkan dari L.
fermentum HF-D1 dikaitkan dengan sekresi bakteriosin atau peptida seperti bakteriosin (BLP)
Sementara data ini menunjukkan bahwa sekresi asam adalah alat antagonis utama dari strain
ini, represi K. pneumonia dan S. marcescens mengkonfirmasi keberadaan AMP dalam cairan
menimbulkan sifat yang membuat adanya aktifitas perlawanan terhadap patogen.

Tidak semua bakteri dari golongan Bacillus menghasilkan bakteriosin, contohnya

seperti pada penelitian sebelumnya yakni oleh Al-Turki, et al., (2020) menyebutkan bahwa
bakteri B. licheniformis menghasilkan antibiotik berupa Pyrrolo[1,2-a] pirazina-1,4-dion,
hexahydro dan Asam trans-13-oktadekenoat sebagai senyawa antimikroba, dimana jenis
antimikroba ini bersifat bakteriosidal atau dapat membunuh bakteri dengan menghambat
sintesis protein dari patogen lain.

Selain senyawa antibiotik, terdapat pula beberapa bakteri yang dapat menghasilkan
senyawa antijamur, hal ini disebutkan oleh Liu, et al., (2019) yang mana menjelaskan bahwa
bakteri Bacillus velezensis yang menghasilkan senyawa antibiotik berupa tiga keluarga
lipopeptida, termasuk fengycins, surfactins dan iturins. Dimana diketahui bakteri B. velezensis
HC6 membentuk biofilm yang jelas pada permukaan biji jagung. Diketahui biofilm efektif
untuk melindungi biji jagung dari kontaminasi jamur. Selain itu, terdapat suatu senyawa yakni
iturin dan fengycin yang memiliki aktivitas antijamur, dimana fengycin terbukti memiliki
kemampuan untuk mengikat lapisan lipid dan mengubah struktur dan permeabilitas membran
sel. Dengan demikian, fengycin mungkin memiliki efek antijamur langsung pada jamur
patogen yang terdeteksi. Iturin juga dapat mengubah membran sel target dengan cara yang
bergantung pada dosis. Iturin dapat melewati dinding sel, menghancurkan membran sel,
menyebabkan perubahan permeabilitas membran sel, menyebabkan hilangnya K+ ion,
sehingga mencapai efek penghambatan jamur.

Pada penelitian lain juga disebutkan beberapa bakteri saling bekerja sama dalam
meningkatkan produksi dari masing-masing senyawa antimikroba, seperti yang diterangkan
oleh Buijs et al., (2021) dimana ditunjukkan bahwa andrimid yang dari V. coralliilyticus yang
ditambahkan dalam konsentrasi sub penghambat, menginduksi aktivitas transkripsi kluster gen
biosintetik dan produksi holomisin dalam P.galatheae. Kedua antibiotik ini memiliki
mekanisme dalam penyerangan patogen yakni akan masuk melalui dinding sel dan dapat
menyebabkan lisisnya sel patogen.

6. Kesimpulan

Dari beberapa sumber yang telah dikaji, maka dapat diketahui senyawa antibiotik
maupun antijamur dari masing-masing bakteri memili peranan yang besar terhadap kehidupan
manusia baik pada bidang kesehatan maupun pertanian. Mekanisme dalam penyerangan
patogen pun bermacam-macam tergantung pada jenis senyawa yang dihasilkan oleh bakteri
tersebut.
Referensi

Al-Turki, A., Nidal O., and Muhannad I.M. (2020). Isolation and Molecular
Characterization of Antibiotic Producing Bacillus licheniformis Strains Isolated
from Soil. J Pure Appl Microbiol . 14(4), 2363-2370

Buijs, Y., Sheng-Da Z., Karen M.J., Thomas I., Thomas O.L., and Lone Gramet (2021).
Enhancement of antibiotic production by co-cultivation of two antibiotic
producing marine Vibrionaceae strains. FEMS Microbiology Ecology. Vol.
97(4), 1-10

Liu, Y., K. Teng, T. Wang, E. Dong , M. Zhang, Y. Tao, and J. Zhong. (2019).
Antimicrobial Bacillus velezensis HC6: production of three kinds of lipopeptides
and biocontrol potential in maize. Journal of Applied Microbiology. 28(1),1-13

Pavlova A.S., Georgii D.O., Georgij P.A., Ivan O.B., Eduard S.F., Nikolai A.A.,
Dmitry A. A., Dina R.Y., Vadim T.I., Vadim M.G., and Airat R.K. (2019).
Identifcation of Antimicrobial Peptides from Novel Lactobacillus fermentum
Strain. The Protein Journal. 39(1):73-84

O’Sulivan, J.N. Mary C.R., Paula M.O., Colin H. and Paul R.R. (2019). Human skin
microbiota is a rich source of bacteriocin-producing staphylococci that kill
human pathogens. FEMS Microbiology Ecology. Vol. 95(2), 1-10