PEMERIKSAAN PCR SARS-CoV-2

Prof. Dr. Aryati, dr., MS, SpPK(K)

Ketua Umum Pengurus Pusat Rabu, 6 Mei 2020
Perhimpunan Dokter Spesialis Patologi Klinik (PDS PatKLIn)
 LANGKAH PENGERJAAN
1. Persyaratan Sarana Prasana 4. Analitik
• BSL-2 • Open / closed system

2. APD 5. Pasca Analitik

• APD Level 3 a.Pelaporan hasil
b.Interpretasi hasil
3. Pre Analitik
a.Pengisian formulir
b.Pemilihan spesimen
c. Swab/VTM
d.Penyimpanan spesimen
e.Pengepakan & transportasi spesimen
2
 BIOSAFETY LEVEL 2 à UNTUK PCR OPEN SYSTEM

SE No. HK.02.01/MENKES/234/2020 WHO 2004. Laboratory Biosafety Manual 3rd Edition 3

BIOLOGICAL SAFETY CABINET II à UNTUK PCR CLOSED SYSTEM
BSC IIA

Minimal untuk PCR

closed system
WHO 2004. Laboratory Biosafety Manual 3rd Edition 4
 APD LEVEL 3 LANGKAH PEMASANGAN APD:

1. Mengganti baju dengan baju kerja

2. Menggunakan pelindung sepatu (shoe
cover)
3. Memakai sarung tangan dalam
4. Mengenakan jubah (gown) lengan panjang
dan sekali pakai yang terbuat dari kain
yang telah teruji ketahanannya.
5. Memakai respirator partikulat seperti N95
sertifikasi NIOSH, EU FFP2 atau setara.
Ketika mengenakan respirator partikulat
disposable, periksa selalu kerapatannya (fit
test)
6. Memakai pelindung mata (yaitu kacamata
google)
7. Menggunakan headcap (pelindung kepala),
bila diperlukan menggunakan face shield
8. Memakai sarung tangan luar, diusahakan
menutupi lengan gaun
Gugus Tugas Percepatan Penanganan Covid-19. Standar PDS PatKLIn. Panduan Tatalaksana Pemeriksaan TCM dan
APD untuk Penanganan Covid-19 di Indonesia PCR SARS-CoV-2. 5
6
7
PREANALITIK

8
 VIRUS TRANSPOR MEDIA (VTM) ATAU UNIVERSAL TRANSPOR MEDIA (UTM)
Swab yang digunakan:
Dakron atau flocked swab, viscous, rayon
TIDAK BOLEH:
Calcium alginat, swab kapas dengan tangkai kayu
1. Dapat digunakan dengan beberapa merk
komersil yang sudah siap pakai atau
dengan mencampur beberapa bahan
(Hanks BBS; antifungal dan antibiotik
dengan komposisi tertentu) untuk disatukan
dalam 1 wadah steril
2. Simpan dalam suhu -20o C. Dalam kondisi
beku, VTM berwarna kuning
3. Jika akan digunakan, dicairkan terlebih
dahulu
4. Hindari beku cair berulang (freeze-thaw),
yang menyebabkan VTM rusak
Catatan:
Perhatikan suhu penyimpanan VTM yang benar
(sesuai jenis VTM yang digunakan)
Beberapa VTM harus disimpan pada suhu 2 -
30ºC, atau -20ºC
PDS PatKLIn. Panduan Tatalaksana Pemeriksaan TCM dan PCR SARS-CoV-2. 9
PEMILIHAN JENIS SPESIMEN

Sensitivitas swab
nasofaring 63 – 94%

1 https://jamanetwork.com/on

04/01/2020
2Tanet al, 2020. https://doi.org/
10.1101/2020.03.24.20042382

10
 TATA CARA PENGAMBILAN SPESIMEN

Swab Nasofaring Swab Orofaring Sputum

1. Pastikan tidak ada obstruksi (hambatan Lakukan swab pada a) Pasien berkumur terlebih dahulu
pada lubang hidung). lokasi yang diduga dengan air, kemudian pasien
2. Masukkan secara perlahan swab ke dalam diminta mengeluarkan dahaknya
hidung, pastikan posisi swab pada septum terdapat koplik dengan cara batuk yang dalam.
bawah hidung, secara perlahan-lahan ke spot/bercak koplik b) Sputum ditampung pada wadah
bagian nasofaring. (biasanya belakang steril yang anti bocor.
Catatan: Tidak disarankan
3. Swab kemudian dilakukan gerak memutar faring) dan hindarkan pengambilan sampel sputum dengan
secara perlahan. Dengan swab yg sama,
lakukan tindakan yang sama pada lubang
menyentuh bagian cara induksi karena dapat
menimbulkan risiko infeksi tambahan
hidung yang lain, sehingga diperoleh lidah bagi petugas kesehatan
spesimen swab nasopharyng dari ke dua
lubang hidung PDS PatKLIn. Panduan Tatalaksana Pemeriksaan TCM dan PCR SARS-CoV-2. 11
TATA CARA PENGAMBILAN SPESIMEN

1. Kemudian masukkan sesegera mungkin ke
dalam cryotube yang berisi VTM
2. Putuskan tangkai plastik di daerah mulut
cryotube agar cryotube dapat ditutup
dengan rapat.
1. Pastikan label kode spesimen sesuai dengan
kode yang ada di formulir/Kuesioner.
2. Cryotube kemudian dililit parafilm dan
masukkan ke dalam Plastik Klip. Jika ada lebih
dari 1 pasien, maka Plastik Klip
dibedakan/terpisah. Untuk menghindari
kontaminasi silang.

PDS PatKLIn. Panduan Tatalaksana Pemeriksaan TCM dan PCR SARS-CoV-2. 12

PENYIMPANAN SPESIMEN
1. Untuk pemeriksaan metode TCM:
­ Disimpan pada suhu ruang (15-30⁰C) spesimen stabil hingga 8 jam
­ Disimpan pada lemari es (2-8⁰C) spesimen stabil hingga 7 hari
2. Untuk pemeriksaan metode PCR:
­ Disimpan dalam suhu 2-8oC dan segera dikirimkan ke laboratorium
rujukan (dengan menggunakan ice pack).
­ Disimpan pada freezer ≤ -70⁰C, maka spesimen harus dikirimkan
menggunakan dry ice.

PDS PatKLIn. Panduan Tatalaksana Pemeriksaan TCM dan PCR SARS-CoV-2. 13

 PENGEPAKAN SPESIMEN

CARA PENGEPAKAN SPESIMEN:

a) Dilakukan tatalaksana sebagai UN3373, a) Masukkan cryotube berisi
"Substansi Biologis, Kategori B", ketika akan spesimen ke dalam plastik klip
diangkut/ditransportasikan dengan tujuan per spesimen. Jika menggunakan
diagnostik atau investigasi. pot maka setiap pot dapat diisi
b) Semua spesimen harus dikemas untuk mencegah
beberapa cryotube
kerusakan dan tumpahan, dengan menggunakan
b) Demikian juga untuk swab, harus
tiga lapis (Three Layer Pacakging) sesuai dengan
pedoman dari WHO dan International Air dikirim dalam plastik klip secara
Transport Association (IATA). terpisah (per pasien/spesimen)

PDS PatKLIn. Panduan Tatalaksana Pemeriksaan TCM dan PCR SARS-CoV-2. 14

 c) Seluruh spesimen dimasukkan ke dalam cool box
berisi ice pack yang terlebih dahulu dibekukan.
PENGEPAKAN SPESIMEN Suhu pengiriman dijaga 2-8° C
d) Ice packs sebaiknya ditempatkan pada sisi kiri
kanan (ditambahkan juga bagian atas bawah jika
memungkinkan).
e) Harus dapat dipastikan bahwa spesimen terjaga
kondisi suhunya tetap dingin saat diterima di
laboratorium pemeriksa
f) Jangan lupa masukkan juga formulir kuisioner yang
telah diisi dan diberi label kedalam cool box
dengan terlebih dahulu dimasukkan dalam wadah
plastik
g) Ke dalam cool box juga bisa dimasukkan kertas
pengganjal (bisa berupa kertas koran yang
diremas remas), kemudian ditutup
h) Tutup cool box dengan selotip dan beri label pada
sisi kanan dan atau kiri cool box, yang ditujukan ke
laboratorium pemeriksa
PDS PatKLIn. Panduan Tatalaksana Pemeriksaan TCM dan PCR SARS-CoV-2. 15
WAKTU PENGAMBILAN SPESIMEN
Laboratorium pemeriksa
Kasus Waktu pengambilan

Hari ke-1 dan hari ke-2 serta bila

PDP
ada perburukan Sesuai Lampiran 19
Pedoman Pencegahan dan
Hari ke-1 dan hari ke-2 serta bila
ODP Pengendalian Coronavirus
ada perburukan
Disease (COVID-19)
Hari ke-1 dan hari ke-14 serta bila Kemenkes revisi 04
OTG
ada perburukan

PDS PatKLIn. Panduan Tatalaksana Pemeriksaan TCM dan PCR SARS-CoV-2. 16

ANALITIK

17
 OPEN SYSTEM CLOSED SYSTEM
ü Ekstraksi manual à hati-hati ü Ekstraksi otomatis atau ekstraksi di
aerosol à perlu BSL-2 dalam cartridge (contoh: TCM
ü Pengerjaan menggunakan BSC 2A GeneXpert) tetap memerlukan
dalam ruangan bertekanan negatif BSC2A dalam menuangkan sampel
/ Biological Safety Level 2 ü Sesuaikan dengan jumlah
ü Pemilihan alat PCR harus pemeriksaan, misal: Abbot M2000
menyesuaikan reagen yang kemampuan efektif sekali running:
digunakan 22; 46; 72; 94

18
TARGET GEN RT-PCR SARS-COV-2
Target gen yang digunakan
beberapa negara

Nama Alat Target Gene

Target gen alat
CDC 2019-Novel Coronavirus (2019-nCoV)
PCR komersial N1, N2
Real-Time RT-PCR Diagnostic Panel 1
Xpert® Xpress SARS-CoV-22 E dan N2
Abbott RealTime SARS-CoV-23 RdRP dan N
STANDARD M nCoV Real-Time Detection kit4 Orf1ab (RdRp) dan E
QIAstat-Dx® Respiratory SARS-CoV25 Orf1b poly gen (RdRp) dan E
Cobas SARS-CoV-26 Orf1a/b dan E 19
PASCA ANALITIK

20
 INTERPRETASI DAN PELAPORAN
Interpretasi dan pelaporan TCM
Interpretasi hasil
N2 E SPC Pelaporan Tindak lanjut
SARS-CoV-2 SARS-CoV-2
+ + ± Pelaporan sesuai alur Balitbangkes
terdeteksi positif
SARS-CoV-2 SARS-CoV-2
+ - ± Pelaporan sesuai alur Balitbangkes
terdeteksi positif
Spesimen perlu diperiksa ulang di
Laboratorium pemeriksa COVID-19 yang
Presumptive positive Hasil belum dapat telah ditetapkan oleh Kementerian
- + ±
SARS-CoV-2 disimpulkan Kesehatan RI dengan menggunakan metode
RTPCR dengan target gen spesifik (N1, N2,
ORF 1 ab, RdRp)
SARS-CoV-2 tidak SARS-CoV-2
- - + Bukan SARS-CoV-2
terdeteksi negatif
- - - Hasil invalid Invalid Diulang menggunakan spesimen baru

21
Interpretasi dan pelaporan PCR 1
2019
2019
nCoV- RnP Interpretasi hasil Pelaporan Tindak lanjut
nCoV-N2
N1
SARS-CoV-2 SARS-CoV-2
+ + ± Pelaporan sesuai alur Balitbangkes
terdeteksi positif
Spesimen perlu diperiksa ulang di
Laboratorium pemeriksa COVID-19 yang
Hasil belum
Hanya 1 yang Hasil belum dapat telah ditetapkan oleh Kementerian
± dapat
positif disimpulkan Kesehatan RI dengan menggunakan
disimpulkan
metode RTPCR dengan target gen
spesifik (N1, N2, ORF 1 ab, RdRp)
SARS-CoV-2 SARS-CoV-2
- - + Bukan SARS-CoV-2
tidak terdeteksi negatif
Ulangi ekstraksi RNA dan RTPCR, bila
- - - Hasil invalid Invalid hasil masih invalid, disarankan untuk
meminta spesimen yang baru dari pasien

22
Interpretasi dan pelaporan PCR 2
ORF 1
RdRp E Interpretasi hasil Pelaporan Tindak lanjut
a/b/ab
SARS-CoV-2
+ + + SARS-CoV-2 positif Pelaporan sesuai alur Balitbangkes
terdeteksi
SARS-CoV-2
+ + SARS-CoV-2 positif Pelaporan sesuai alur Balitbangkes
terdeteksi
SARS-CoV-2
+ + SARS-CoV-2 positif Pelaporan sesuai alur Balitbangkes
terdeteksi
Spesimen perlu diperiksa ulang di
Laboratorium pemeriksa COVID-19 yang telah
Presumptive Hasil belum dapat
- + ditetapkan oleh Kementerian Kesehatan RI
(inconclusive) disimpulkan
dengan menggunakan metode RTPCR dengan
target gen spesifik (N1, N2, ORF 1 ab, RdRp)
Spesimen perlu diperiksa ulang di
Laboratorium pemeriksa COVID-19 yang telah
Presumptive Hasil belum dapat
- + ditetapkan oleh Kementerian Kesehatan RI
(inconclusive) disimpulkan
dengan menggunakan metode RTPCR dengan
target gen spesifik (N1, N2, ORF 1 ab, RdRp)
SARS-CoV-2 tidak SARS-CoV-2
- - - Bukan SARS-CoV-2
terdeteksi negatif
23
CONTOH PELAPORAN PCR COVID-19
Nama pasien : Umur :
Alamat pasien : Telepon :
Dokter pengirim : No. registrasi :
Instansi pengirim : Waktu registrasi:

JENIS PEMERIKSAAN HASIL NILAI NORMAL

PCR SARS-CoV-2 Negatif

*CN (Cycle Number) atau CT (Cycle Threshold) value dapat digunakan untuk pemantauan
penderita di ruangan yang dilakukan PCR serial (setara dengan viral load)

24
TAKE HOME MESSAGE

Wajib menggunakan APD Level 3

BSL-2 bertekanan negatif atau BSC2A tergantung jenis

PCR (open/closed system) yang digunakan termasuk
jenis ekstraksi (manual/otomatis)

Perhatikan preanalitik, analitik dan pasca analitik

(interpretasi hasil)

25
 Berbagai Panduan COVID-19 oleh PDS PatKLIn
TANGGAL PANDUAN
7 Maret 2020 Manajemen Spesimen Dan Diagnosis Laboratorium Kasus
Suspek 2019-nCoV
7 Maret 2020 Pencegahan Dan Pengendalian Infeksi Pada Suspek Infeksi
2019-nCoV
19 Maret 2020 Press Release Kewaspadaan Tes Cepat (Rapid Test)
COVID-19 Igm/Igg Berbasis Serologi
21 Maret 2020 Alur Pemeriksaan Rapid Test Sars-Cov-2 (COVID-19)
Usulan PDS Patklin
25 Maret 2020 Panduan Tatalaksana Pemeriksaan Rapid Test Antibody
Sars-cov-2 Metode Imunokromatografi
20 April 2020 Daftar Rapid Test Serologi COVID-19 Yang Sudah
Terdaftar di FDA Negara
21 April 2020 Revisi Panduan Pemeriksaan Rapid Test Antibodi Metode
Imunokromatografi
22 April 2020 Panduan Tatalaksana Pemeriksaan Tes Cepat Molekuler
(TCM) dan Polymerase Chain Reaction (PCR) SARS-CoV-2 26
1. Email : infokompdspatklin2019@gmail.com
2. Facebook : infokompdspatklin2019@gmail.com
3. Website : www.pdspatklin.or.id
4. Youtube : PDS PatKLIn Dokter Patologi Klinik
5. Instagram : DOKTER PATOLOGI KLINIK
6. Twitter : www.twitter.com/patologi_klinik

27
TERIMA KASIH

28