SPESIMEN MIKROBIOLOGI
A. PENDAHULUAN
Pengumpulan spesimen dalam laboratorium mikrobiologi meliputi pemilihan lokasi
dan jenis spesimen klinis, pengambilan, dan penyimpanan. Pengumpulan spesimen yang
baik akan memberikan hasil pemeriksaan yang akurat. Metode pengumpulan spesimen klinis
yang tidak tepat akan memberikan hasil negatif/positif palsu dimana organisme yang
ditemukan bukan merupakan penyebab, seringkali hanya merupakan kolonisasi ataupun
kontaminan saja.
Hal-hal yang harus diperhatikan dalam pengambilan dan penanganan spesimen
mikrobiologi antara lain :
1. Keamanan spesimen
• Dalam penanganan spesimen harus mengikuti pedoman pencegahan umum, seperti
menggunakan baju khusus, sarung tangan, masker, kacamata khusus, dll.
• Wadah tempat spesimen tahan air, bertutup ulir, dan steril.
• Spesimen yang mengandung mikroorganisme berpotensi bahaya, harus diberi tanda
khusus.
• Pada saat mengirimkan spesimen ke laboratorium wajib menggunakan plastik
khusus/biohazard berkantung dua terpisah, bertutup rapat untuk transport sehingga
formulir permintaan tidak terkontaminasi oleh spesimen yang dikumpulkan.
3. Identitas pasien
• Sebelum spesimen diambil, petugas harus bertanggungjawab memastikan bahwa
spesimen tersebut berasal dari pasien yang benar.
• Identitas spesimen berupa label yang dapat ditempelkan pada wadah spesimen dan
berisi informasi berupa identitas pasien, nomor rekam medis, nomor ruangan rawat
inap/poli rawat jalan/unit gawat darurat, dokter/klinisi pengirim.
1
4. Persiapan dan Instruksi
• Mempertimbangkan keamanan dan kenyamanan pasien.
• Melakukan informed consent sebelum melakukan pengambilan spesimen.
• Tepat dalam waktu pengambilan dan pemilihan spesimen untuk mencegah
pengambilan ulang.
• Memberikan instruksi yang jelas agar spesimen yang diambil akurat.
6. Pengelolaan spesimen
• Melakukan pengambilan spesimen sebelum terapi antibiotika dimulai.
• Mengambil spesimen dari lokasi yang tepat atau pada fase aktif suatu penyakit
untuk meningkatkan peluang didapatkannya organisme penyebab.
• Jumlah spesimen cukup, bila terlalu sedikit akan memberikan hasil negatif palsu.
• Selalu melakukan pengambilan spesimen dengan teknik aseptik dan benar untuk
menghindari kontaminasi dengan flora normal.
• Menggunakan alat dan bahan yang tepat, disarankan oleh laboratorium
mikrobiologi dan/atau tanpa media transport.
• Semua spesimen harus dikumpulkan dalam wadah yang steril.
• Memberikan informasi yang cukup untuk menunjang interpretasi hasil, seperti
diagnosis, terapi antimikroba.
7. Transport
• Semua spesimen harus dikirimkan dengan cara yang benar seperti pemakaian
medium transport yang tepat. Yakinkan bahwa spesimen yang diambil telah
tercampur baik dengan medium.
• Mengirimkan spesimen ke laboratorium mikrobiologi sesegera mungkin.
• Spesimen untuk kultur anaerob wajib dikirimkan menggunakan sistem transport
anaerob. Bila tidak tersedia sistem transport anaerob, maka spesimen harus segera
dikirimkan dalam hitungan menit ke laboratorium.
• Semua spesimen harus dikirimkan menggunakan wadah yang tepat dan
ditempatkan dalam kantung plastic biohazard demi keamanan pembawa dan
penerima.
2
B. DARAH
1. Pendahuluan
• Darah dibiakan untuk mendeteksi dan mengidentifikasi bakteri atau
mikroorganisme lain (fungi).
• Keberadaan organisme tersebut dalam darah disebut bakteremia.
• Bakteremia adalah suatu gambaran pada beberapa penyakit infeksi, misalnya
brucellosis, leptospirosis, dan demam tifoid.
• Bakteremia dan fungemia dapat disebabkan karena masuknya mikroorganisme
secara iatrogenik melalui jalur intravena, melalui cairan intravena yang
terkontaminasi, kareter, atau tempat tusukan jarum.
• Spesimen yang digunakan adalah darah vena perifer.
• Sebaiknya pengambilan darah dilakukan sebelum antibiotik diberikan.
• Waktu terbaik adalah pada saat pasien mengalami menggigil atau demam.
• Pengambilan dapat dilakukan sebanyak dua atau tiga biakan darah dengan selang
waktu kira-kira 1 jam.
2. Jumlah sampel
• Jumlah bakteri per mililiter darah biasanya rendah, sehingga jumlah darah yang
diambil harus cukup banyak.
• Orang dewasa diambil sebanyak 10 ml pungsi vena.
• Anak-anak diambil sebanyak 2-5 ml.
• Bayi dan neonatus diambil sebanyak 1-2 ml.
• Pengambilan darah dengan pungsi vena digunakan dua tabung, tabung pertama
adalah tabung berventilasi untuk isolasi optimal mikroorganisme obligat aerob,
tabung kedua yang kerap udara untuk biakan anaerob.
3
C. URINE
1. Pendahuluan
• Urine adalah spesimen yang paling sering dikirim untuk biakan.
• Urine juga menimbulkan masalah besar dalam hal pengumpulan spesimen yang
baik, pengiriman, teknik biakan serta interpretasi hasil.
• Tempat-tempat tersering terjadinya infeksi saluran kemih (ISK) adalah kandung
kemih (sistitis) dan uretra. Dari tempat-tempat tersebut, infeksi dapat naik ke ureter
(ureteritis) dan kemudian mengenai ginjal (pielonefritis).
• Wanita lebih rentan terhadap infeksi saluran kemih dibandingkan pria dan juga
lebih bermasalah dalam pengumpulan spesimen yang benar.
• Spesimen urine meliputi urin pancaran tengah, aspirasi suprapubik, dan kateterisasi.
• Spesimen urine untuk biakan harus dikumpulkan pada pagi hari.
• Sebaiknya pasien diminta untuk menahan kencing semalam sebelumnya sampai
spesimen dikumpulkan.
2. Jumlah sampel
• Volume minimal untuk pemeriksaan bakteri 10 ml, jamur 10 ml, dan BTA 40 ml.
4
2) Pria
• Mencuci tangan dengan sabun dan air mengalir terlebih dahulu kemudian
keringkan dengan tissu.
• Menarik preputium ke belakang (bila belum sirkumsisi); membersihkan
dan mencucinya dengan sabun dan air mengalir.
• Tahan preputium tetap ke belakang untuk mengurangi kontaminasi dengan
flora normal kulit.
• Mulai berkemih sedikit (20-25 ml) dan buang ke dalam toilet → tahan →
berkemih kembali dan langsung tampung ke dalam wadah steril.
• Usahakan bagian atas wadah tidak menyentuh daerah penis.
• Tutup wadah dan kirimkan segera ke laboratorium.
D. SPUTUM
1. Pendahuluan
• Spesimen sputum akan diperiksa secara mikroskopis dan makroskopis oleh
laboratorium untuk mendeteksi kelayakannya.
• Sputum dapat diperoleh melalui dua cara, yaitu (1) Expectorated, yang didapat
dengan cara dibatukkan; dan (2) Induced, yang didapat dengan bantuan nebulizer.
• Pasien pediatri atau yang tidak dapat mengeluarkan sputum, maka petugas
kesehatan atau klinisi akan mengambil bahan pemeriksaan sputum melalui suction.
• Jenis spesimen sputum induced kurang optimal untuk pemeriksaan kultur bakteri
rutin, akan tetapi layak untuk pemeriksaan Legionella, jamur, dan
BTA/Mycobacterium.
• Untuk pasien tuberculosis, sputum yang dianjurkan adalah sputum pagi pertama
setelah bangun tidur.
2. Jumlah sampel
• Volume yang dibutuhkan sebanyak mungkin
• Untuk kultur Mycobacterium/BTA : 5-10 ml, minimal 3 ml.
5
3. Prosedur pengambilan sampel
a. Expectorated
• Pastikan bahwa pasien dapat bekerja sama dengan baik untuk mendapatkan
sputum yang adekuat.
• Spesimen harus diambil dengan supervisi dari petugas kesehatan.
• Meminta pasien untuk berkumur dahulu dengan air guna menghilangkan flora
rongga mulut dan sisa-sisa makanan.
• Instruksikan kepada pasien untuk tarik nafas dan buang nafas dalam-dalam
sebanyak 3x kemudian membatukkannya.
• Sputum yang didapat langsung dikumpulkan ke dalam wadah steril bertutup
ulir.
b. Induced
• Pasien diminta menyikat gigi dan lidah terlebih dahulu kemudian berkumur.
• Dengan menggunakan nebulizer, pasien menghirup 25 ml NaCl saline 3-10%.
• Instruksikan kepada pasien untuk tarik nafas dan buang nafas dalam-dalam
sebanyak 3x kemudian membatukkannya.
• Sputum yang didapat langsung dikumpulkan ke dalam wadah steril bertutup
ulir.
2. Jumlah sampel
• Volume feses yang dibutuhkan ≥ 5 gr untuk feses segar, dan ≥ 5 ml untuk feses
cair.
6
3. Prosedur pengambilan sampel
a. Feses
• Perintahkan kepada pasien untuk buang air kecil terlebih dulu, agar feses yang
keluar tidak terkontaminasi oleh urine.
• Kumpulkan feses secara langsung dalam wadah atau di “bed pan” bersih atau
di plastic wrap yang diletakkakn di antara dudukan toilet dan jambangan.
➢ Feses langsung / feses cair dikeluarkan ke dalam wadah yang bersih dan
kering.
➢ Bila menggunakan “bed pan” atau plastic wrap, maka dengan
menggunakan sendok yang telah disediakan diambil sedikit (≥ 5 gr atau ≥
5 ml) pada bagian paling atas agar tidak menyentuh dasar penampungan.
Masukkan ke dalam wadah bersih dan kering.
b. Swab rektal
1) Kultur bakteri rutin pada bayi
• Pasien diposisikan menungging atau tidur miring dengan satu kaki ditekuk
ke arah perut.
• Anal/dubur diregangkan.
• Masukkan swab kapas ke dalam anal kanal sedalam 4-5 cm, kemudian
diputar searah jarum jam sambil menekan dinding rektum.
• Tarik swab kapas keluar dan masukkan ke dalam medium transportnya.
2) Kultur Neisseria gonorrhoeae
• Perintahkan pasien untuk menungging atau tidur miring dengan satu kaki
ditekuk ke arah perut.
• Anal/dubur diregangkan dan minta pasien untuk tarik nafas dalam.
• Masukkan swab kapas ke dalam anal kanal sedalam 2,5 cm / tepat diatas
anus, kemudian diputar searah jarum jam sambil menekan dinding rektum.
• Tarik swab kapas keluar dan langsung di tanam pada medium khusus
pertumbuhan N. gonorrhoeae.
7
2) Kultur Neisseria gonorrhoeae
➢ Segera dikirimkan ke laboratorium pada suhu kamar dalam waktu ≤ 30
menit.
➢ Sampel harus langsung ditanam pada medium pertumbuhan segera setelah
diambil.
F. URETRA
1. Pendahuluan
• Spesimen yang digunakan adalah swab uretra (pria)
• Digunakan untuk kultur rutin Neisseria gonorrhoeae.
2. Prosedur pengambilan sampel
• Instruksikan kepada pasien untuk tidak buang air kecil selama 1 jam sebelum
pengambilan sampel.
• Bersihkan orificium uretra dan cairan yang berada di sekitarnya dengan
menggunakan kain kasa steril.
• Masukkan swab kapas (dengan medium transport Amies/Carry Blair) ke dalam
saluran uretra sedalam 2-4 cm dan dengan lembut putar swab tersebut searah jarum
jam.
• Tarik swab kapas keluar dan langsung di tanam pada medium pertumbuhan bakteri.
G. CAIRAN SEREBROSPINAL
1. Pendahuluan
• Pemeriksaan cairan serebrospinal (CSF) adalah langkah yang esensial dalam
diagnosis meningitis bakterial dan fungal.
• CSF normal bersifat steril dan jernih, dan biasanya mengandung tiga leukosit per
mm3 atau kurang dan tidak mengandung eritrosit.
2. Jumlah sampel
• Pemeriksaan bakteri : ≥ 1- 5 ml
• Pemeriksaan jamur : ≥ 2 ml
• Pemeriksaan BTA : ≥ 2 ml
• Pemeriksaan molekuler/PCR : ≥ 1 ml
8
• Kumpulkan CSF yang keluar kemudian untuk pemeriksaan mikrobiologi.
➢ Kultur aerob : masukkan CSF ke dalam wadah/tabung steril.
➢ Kultur anaerob : masukkan CSF ke dalam medium THIO atau botol media
kultur darah anaerob atau wadah/tabung steril bertutup ulir yang dikirimkan
dengan sistem transport anaerob.
2. Jumlah sampel
• Untuk pemeriksaan bakteri ≥ 10 ml.
• Untuk pemeriksaan jamur ≥ 5 - 10 ml.
• Bila diperlukan untuk beberapa jenis kultur, maka jumlah cairan tubuh yang
dikirimkan harus >10 ml.
9
I. CAIRAN LAMBUNG
1. Pendahuluan
• Spesimen yang digunakan adalah gastric lavage.
• Digunakan untuk kultur Mycobacterium / BTA.
• Spesimen gastric lavage tidak direkomendasikan untuk kultur rutin bakteri.
• Kegagalan untuk mengirimkan spesimen tepat pada waktunya dapat menyebabkan
kematian Myobacterium/BTA sebagaimana organisme tersebut mati dengan cepat
bila tidak dinetralkan keasamannya.
J. HIDUNG
1. Pendahuluan
• Spesimen yang digunakan adalah swab lubang hidung.
• Hanya digunakan untuk pemeriksaan screening MRSA, dan tidak
direkomendasikan untuk kultur bakteri rutin.
10
K. NASOFARING
1. Pendahuluan
• Spesimen yang digunakan adalah swab nasofaring.
• Digunakan untuk kultur bakteri rutin (Haemophillus influenza, Bordetella spp., dan
C. diphtheriae) dan kultur virus.
• Jenis swab yang digunakan adalah flexible swab dengan medium transport dan
swab harus mengandung dacron/rayon, dan bukan swab kapas/calcium alginate.
L. TENGGOROK
1. Pendahuluan
• Spesimen yang digunakan adalah swab tenggorok.
• Digunakan untuk kultur bakteri rutin (Streptococcus ß-hemoliticus, Streptocoocus
pneumoniae, Neisseria gonorrhoeae).
11
M. RAMBUT
1. Pendahuluan
• Spesimen yang digunakan adalah potongan rambut atau rambut beserta folikelnya.
• Digunakan untuk kultur atau pemeriksaan langsung jamur.
N. KUKU
1. Pendahuluan
• Spesimen yang digunakan adalah potongan kuku, kerokan bagian dalam kuku, kuku
yang rapuh, dan debris di bawah tepi kuku.
• Digunakan untuk kultur atau pemeriksaan langsung jamur.
O. KULIT
1. Pendahuluan
• Spesimen yang digunakan adalah kerokan kulit.
• Digunakan untuk kultur atau pemeriksaan langsung jamur.
12
2. Prosedur pengambilan sampel
• Bersihkan kulit yang diduga terinfeksi dengan kasa alkohol 70%, jangan
menggunakan kapas.
• Dengan menggunakan scalpel, secara lembut mengikis atau mengerok permukaan
kulit pada tepi lesi yang aktif, dan jangan sampai mengeluarkan darah.
• Tempatkan spesimen ke dalam wadah steril, kering, dan bertutup ulir.
• Atau meletakkan bahan kerokan secara langsung pada kaca objek.
13
Q. LUKA DAN ABSES
1. Pendahuluan
• Spesimen yang digunakan adalah aspirasi pus/eksudat.
• Digunakan untuk kultur anaerob, aerob, jamur, dan Mycobacterium/BTA.
• Spesimen diambil menggunakan jarum no.22-23 dan spuit 3-5 ml untuk aspirasi.
2. Jumlah sampel
• Jumlah sampel yang dikirimkan sebanyak mungkin, atau minimal :
➢ Bakteri ≥ 10 ml.
➢ Jamur ≥ 5 - 10 ml.
➢ BTA ≥ 5 ml.
14