Diterjemahkan dari bahasa Inggris ke bahasa Indonesia - www.onlinedoctranslator.
com
S S
CCSayaSayaeennTTSayaSaya HaiRrtT
Adaptasi terhadap lingkungan ekstrem: dinamika
makromolekul pada bakteri dibandingkan in vivo oleh
hamburan neutron
Moeava Tehei1, Bruno Franzetti1, Dominique Madern1, Margaret Ginzburg2, Ben Z. Ginzburg2,
Marie-Thérèse Giudici-Orticoni3, Mireille Bruschi3 & Giuseppe Zaccai1,4+
1Institut de Biologie Structurale CEA-CNRS-UJF, Grenoble, Prancis, 2Institut Ilmu Hayati, Universitas Ibrani, Yerusalem, Israel,
3 BIP-CNRS, Marseille, Prancis, dan 4Institut Laue Langevin, Grenoble, Prancis
Dinamika makromolekul rata-rata dikuantifikasi in vivo oleh hamburan
neutron pada bakteri psychrophile, mesophile, thermophile dan
hyperthermophile. Amplitudo fluktuasi atom kuadrat rata-rata akar
yang menentukan fleksibilitas makromolekul ditemukan serupa untuk
setiap organisme pada suhu fisiologisnya(B1 dalam skala waktu 0,1
ns). Konstanta gaya efektif yang menentukan ketahanan
makromolekul rata-rata ditemukan meningkat dengan suhu fisiologis
dari 0,2N/m untuk psikrofil, yang tumbuh pada suhu 41C, menjadi
0,6N/m untuk hipertermofil (85 1C), menunjukkan bahwa peningkatan
energi bebas stabilisasi didominasi oleh istilah entalpi daripada
entropik. Ketahanan yang lebih besar memungkinkan stabilitas
makromolekul pada suhu tinggi, sambil mempertahankan fleksibilitas
dalam batas yang dapat diterima untuk aktivitas biologis.
laporan EMBO (2004) 5, 66–70. doi:10.1038/sj.embor.7400049
PENGANTAR
Kehidupan mikroba telah beradaptasi dengan suhu di bawah 0 1C di
perairan glasial hingga di atas 100 1C dan tekanan ratusan atmosfer di
sumber air panas laut dalam (Price, 2000). Apa mekanisme yang
memungkinkan protein dan asam nukleat stabil dan aktif dalam
kondisi ekstrim? Perbandingan struktur tiga dimensi mengungkapkan
tidak ada perbedaan besar dalam lipatan homolog psychrophilic,
mesophilic, thermophilic dan protein hyperthermophilic (misalnya
Aghajaridkk, 1998; Auerbachdkk, 1998; loncengdkk,2002). Sebuah
konsensus telah muncul bahwa adaptasi termal dikaitkan dengan
substitusi asam amino yang memodifikasi keseimbangan
1Institut de Biologie Structurale, CEA-CNRS-UJF, IBS, 41 rue Jules Horowitz, 38027
Grenoble Cedex 1, Prancis
2Institut Ilmu Hayati, Universitas Ibrani Yerusalem, Yerusalem 91904, Israel
3Bioénergétique et Ingéniene des Protéines, CNRS, 31 Chemin Joseph Aiguier, 13402
Marseille Cedex 20, Prancis
4Institut Laue Langevin, BP 156X, 38042 Grenoble Cedex 9, Prancis
+
Penulis yang sesuai. Telp:th33 4 38 78 95 73; Fax:th33 4 38 78 54 94;
Email: zaccai@ibs.fr
Diterima 11 Juni 2003; direvisi 29 September 2003; diterima 13 Oktober 2003;
diterbitkan online 12 Desember 2003
66 EMBO laporan vol 5 | TIDAK 1 | 2004
e FPFSaya
SayaCcrR ep
Hai
kekuatan stabilisasi, dan konsep ketahanan sebagai faktor kunci
dalam termostabilitas telah diperkenalkan oleh Aguilar dkk (1997).
Sebuah hipotesis telah dirumuskan bahwa thermoadaptation
dikaitkan dengan dinamika protein (misalnya Zavodszkydkk, 1998),
dalam arti bahwa stabilitas termal yang lebih tinggi dari protein
termofil akan muncul dari peningkatan kekakuan dan fleksibilitas yang
lebih rendah (Jaenicke, 2000), sementara peningkatan fleksibilitas
dalam molekul protein psikrofil akan memungkinkan aktivitas pada
suhu rendah (Lonhienne dkk,2000; Petrescudkk, 2000; Russel, 2000;
Arnolddkk, 2001). Sejumlah pertimbangan datang di jalan pengujian
sepenuhnya dengan eksperimen hubungan antara adaptasi termal
dan dinamika makromolekul, terutama karena ada spektrum strategi
adaptif (Jaenicke, 2000), dan karenain vitro dinamika protein sangat
tergantung pada kondisi pelarut (Tehei dkk,2001). Oleh karena itu,
sangat menarik untuk mengembangkan metode untuk
mengkarakterisasi gerakan termal rata-rata dari seluruh populasi
makromolekul dalam sel, dan kami mengusulkan di sini pendekatan
hamburan neutron baru. Gaya (jembatan garam, ikatan hidrogen,
hidrasi, van der Waals, interaksi hidrofobik) yang mempertahankan
struktur aktif dan mengatur gerakan atom dalam makromolekul
adalah gaya 'lemah' karena energi terkaitnya dekat dengan energi
panas. Gerakan termal atom yang cepat pada skala waktu picosecond
hingga nanosecond bertindak sebagai 'pelumas' untuk perubahan
konformasi yang lebih besar, seperti yang terkait dengan aktivitas
pompa enzim atau ion, misalnya, terjadi pada skala waktu yang lebih
lambat, milidetik (Brooksdkk, 1988; Lehnertdkk, 1998). Gerakan atom
dicirikan oleh amplitudo (seberapa jauh atom bergerak?) dan
frekuensi (seberapa sering atom bergerak?). Spektroskopi neutron
menyediakan alat yang unik untuk mempelajari gerakan termal atom
dalam makromolekul, karena panjang gelombang dan energi neutron,
masing-masing, cocok dengan amplitudo dan frekuensi gerakan
(Brooksdkk, 1988; Smith, 1991; Gabeldkk, 2002). Variabel terukur
adalah amplitudo kuadrat rata-rata dalam skala waktu tertentu,
sebagai fungsi suhu, dari mana konstanta gaya rata-rata efektif, yang
menentukan ketahanan makromolekul, dapat dihitung (Zaccai, 2000).
Kami menerapkan metode untuk membandingkan dinamika rata-rata
makromolekul,dalam hidup, pada bakteri psychrophile, mesophile,
thermophile dan hyperthermophile.
&2004 ORGANISASI BIOLOGI MOLEKULER EROPA

Adaptasi seluler melalui dinamika makromolekul
M. Tehei dkk.
HASIL DAN DISKUSI
Fleksibilitas dan ketahanan makromolekul dalam sel
Eksperimen hamburan neutron dilakukan pada sampel pelet yang
dicuci dari seluruh sel hidup psychrophile Aquaspirillum arcticum, para
mesofil Escherichia coli dan Proteus mirabilis,termofil termus
termofilus dan hipertermofilAquifex pyrofilus. Sel dipanen pada fase
pertengahan log akhir, tepat sebelum percobaan neutron.
Spektrometer dirancang untuk memeriksa jendela ruang-waktu dari
beberapa ngstrom dalam 0,1 ns. Pada suhu tertentu, hamburan yang
tidak koheren dari atom individu yang bergerak di dalam jendela ini
diamati dan dianalisis untuk menghasilkan nilai amplitudo fluktuasi
kuadrat rata-rata mereka. Eksperimen neutron sebelumnya pada
dinamika protein pada dasarnya telah dilakukan di D2O, yang
menyebarkan neutron jauh lebih lemah daripada H2O, untuk
menghindari kontaminasi oleh hamburan air (Doster dkk, 1989; Fitter
& Heberle, 2000; Zaccaidkk,2000). Kami menghindari penggunaan D2
O, karena diketahui memiliki pengaruh terhadap stabilitas dan
dinamika protein (Bonneté dkk, 1994; Teheidkk, 2001). Itu mungkin
untuk mengumpulkan data dalam larutan air ringan dengan
hamburan yang dapat diabaikan dari komponen air, karena jendela
ruang-waktu pada dasarnya memilih gerakan atom yang berlabuh ke
makromolekul (protein, asam nukleat dan kompleksnya), dan tidak
sensitif terhadap sitoplasma. air curah (Tranthamdkk, 1984), peptida
kecil atau komponen membran yang lebih kecil, misalnya, yang
berdifusi keluar jendela selama skala waktu percobaan. Air yang
terikat kuat akan berkontribusi sebagai bagian internal makromolekul
(Bondkk, 1999). Komposisi makromolekul keseluruhan dari sel bakteri
yang diperiksa diperkirakan tidak akan berbeda secara signifikan dari
satu jenis sel ke jenis sel lainnya. Makromolekul merupakan 96% dari
total berat kering suatuE. coli sel. DNA mewakili 3%, dan lipid dan
polisakarida sekitar 17%; mayoritas, lebih dari 75% dari berat kering,
terdiri dari protein dan ribosom, sendiri
T (C)
0 10 20 30 40
3.0
2.5
2.0
kankamu2(2)
1.5
1.0
0,5
270 280 290 300 310 320
T (K)
Gambar 1 | Rata-rata amplitudo kuadrat /kamu2S diplot terhadap suhu Tuntuk E. coli sel
tanpa tekanan (segitiga), sel dipanaskan ('dimasak') hingga 80 1C (berlian) dan sel yang
disetrum panas pada suhu 47 1C (persegi). Dispersi yang lebih besar dari titik data
untuk sel 'dimasak' mencerminkan kesalahan yang lebih besar karena sinyal yang lebih
rendah terhadap noise. Ini karena ada lebih sedikit bahan hamburan di jendela ruang-
waktu instrumental di bawah kondisi ini. Konstanta gaya rata-rata efektif /k0S,
menggambarkan ketahanan makromolekul rata-rata, dihitung dari kemiringan garis
lurus yang sesuai seperti yang dijelaskan dalam Metode. mereka adalah 0,4270,01, 0,08
70,03 dan 0,3070,01 N/m untuk sel tanpa tekanan, 'dimasak' dan kejut panas, masing-
masing.
&2004 ORGANISASI BIOLOGI MOLEKULER EROPA
laporan ilmiah
terdiri dari sekitar 50% protein dan 50% RNA berdasarkan massa
(Bicout & Field, 1996). Dalam bakteri tertentu, perbedaan ekspresi
protein karena modifikasi metabolik dalam sel tanpa tekanan
mempengaruhi beberapa ratus protein dari sekitar 5.000 (Rosen &
Ron, 2002). Oleh karena itu, masuk akal untuk mengasumsikan bahwa
data hamburan neutron yang dijelaskan dalam makalah ini didominasi
oleh dinamika protein, yang membentuk proteom seluler, dalam
kaitannya dengan lingkungan alaminya.
Nilai fluktuasi kuadrat rata-rata /kamu2S dihitung seperti yang
dijelaskan dalam Metode diplot sebagai fungsi suhu,T (Gambar 1,2).
NS /kamu2S nilai berada pada skala absolut dan mengacu pada
gerakan termal dalam domain waktu 0,1 ns yang ditentukan oleh
resolusi energi spektrometer. Untuk memvalidasi perbandingan
antara sampel yang berbeda, data intensitas dikumpulkan,
dinormalisasi dan dianalisis dengan cara yang identik. Konstanta gaya
rata-rata efektif, /k0S, mendefinisikan ketahanan makromolekul rata-
rata (Zaccai, 2000; Bicout & Zaccai, 2001), dihitung dari/u2S melawan T,
seperti yang dijelaskan dalam Metode. Kemiringan yang lebih kecil
sesuai dengan ketahanan yang lebih besar dan sebaliknya. Konstanta
gaya, yang orde 0,1N/m, juga telah dikaitkan dengan pengukuran
pada molekul tunggal dengan menggunakan mikroskop medan dekat
atau pinset laser (Linke & Granzier, 1998; Oesterheltdkk, 2000).
Fluktuasi dinamis dan konstanta gaya
Amplitudo kuadrat rata-rata yang berbeda diharapkan untuk protein yang
dilipat dan tidak dilipat (Receveur dkk, 1997; Budkk, 2000, 2001). Untuk
memeriksa bahwa pengukuran sebenarnya mengacu pada dinamika
makromolekul dalam sel, kami membandingkan data dari sampel asli dan
dari sampel di mana berbagai tingkat denaturasi diharapkan. Percobaan
dilakukan pada tigaE. colisampel: sel hidup yang baru dipanen, sel hidup
yang baru dipanen dipanaskan pada suhu 80 1C dalam wadah sampel
selama 2 jam sebelum pengumpulan data (sampel 'dimasak'), dan sel yang
telah diberi kejutan panas selama 1,5 jam pada suhu 47 1C, kemudian
dipanen dan ditempatkan di tempat sampel untuk pengumpulan data
(sampel 'tekanan'). NS /kamu2S nilai untuk
E. coli sampel diplot pada Gambar 1 meningkat secara linier di seluruh
rentang suhu. Amplitudo kuadrat rata-rata yang lebih besar secara
signifikan dan ketahanan makromolekul yang lebih rendah untuk sampel
'dimasak' adalah indikasi sistem protein terdenaturasi, sesuai dengan
eksperimen hamburan neutron sebelumnya pada sampel protein murni
(hamburan data yang lebih besar untuk sistem terdenaturasi
mencerminkan sinyal yang lebih rendah terhadap noise karena amplitudo
fluktuasi yang sangat besar keluar sebagian dari jendela pengukuran).
Menariknya, perbedaan kecil juga muncul untuk sampel yang mengalami
tekanan panas. Kami menyimpulkan bahwa metode ini memungkinkan
pengukuran nilai yang benar-benar mewakili status lipat makromolekul dan
oleh karena itu relevan untuk menjawab pertanyaan tentang adaptasi
termo.
NS /kamu2S nilai untuk sampel sel mesofil, termofil dan
hipertermofil tanpa tekanan meningkat secara linier dengan suhu,
sedangkan plot untuk A. arktikum menunjukkan transisi yang
mencolok di atas 20 1C (Gambar 2). Kami mencatat bahwa 171C
adalah suhu maksimum di mana A. arktikum dapat mempertahankan
pertumbuhan bersih (Butlerdkk, 1989). Mengikuti pengamatan pada
protein terdenaturasi dan 'tekanan' dan 'dimasak'E. coli sel, masuk
akal untuk mengasumsikan bahwa transisi dari perilaku linier dalam A.
arktikum data mencerminkan denaturasi makromolekul yang terjadi
selama waktu pengumpulan data.
EMBO laporan vol 5 | TIDAK 1 | 200467
 laporan ilmiah
Adaptasi seluler melalui dinamika makromolekul
M. Tehei dkk.

A kank= (0,21±0,03) N/m

0 10 20 30 40 B kank= (0,39±0,01) N/m
T (C) T (C)
2.2 2.2

2.0 2.0

1.8 1.8

kankamu2(2)
kankamu2(2)

1.6 1.6

1.4 1.4

1.2 1.2
270 280 290 300 310 320 270 280 290 300 310 320
T (K) T (K)

C kank= (0.67±0.11) N/m D kank= (0,60±0,01) N/m

0 10 20 30 40 0 10 20 30 40 T (C)
T (C) 2.2
2.2

2.0
2.0

1.8
kankamu2(2)
1.8
kankamu2(2)

1.6
1.6

1.4
1.4

1.2 1.2
270 280 290 300 310 320 270 280 290 300 310 320
T (K)
T (K)

Gambar 2 | Rata-rata amplitudo kuadrat /kamu2S diplot terhadap suhu mutlak T untuk A.arktikum (A), P.mirabilis (B), T. thermophilus (C) dan A. pirofilus
(D) sampel. Konstanta gaya rata-rata efektif /k0S, menggambarkan ketahanan makromolekul rata-rata, dihitung dari kemiringan garis lurus yang sesuai di
wilayah suhu di mana protein bakteri stabil, seperti yang dijelaskan dalam Metode.

Rentang suhu pemindaian yang sama diperiksa untuk semua 1.6

sampel. Suhu yang lebih rendah tidak diukur karena pembentukan es 1.4
dan untuk menghindari penggunaan pelarut krio. Karena 1.2
keterbatasan teknis, tidak mungkin untuk mengumpulkan data pada
1.0
kankamu2(2)

suhu fisiologis termofil dan hipertermofil. Berdasarkan asumsi yang

0.8
didukung oleh data mesofil dan psikrofil bahwa sistem asli yang stabil
menunjukkan perilaku garis lurus, amplitudo untuk termofil dan 0.6

hipertermofil pada suhu fisiologis masing-masing dihitung dengan 0.4

ekstrapolasi garis lurus yang dipasang pada data. Nilai serupa
ditemukan untuk masing-masingHAI/kamu2S nilai bakteri pada suhu
fisiologis mereka (Gambar 3). Perhatikan bahwa nilai-nilai ini secara
signifikan lebih kecil daripada nilai-nilai yang terkait dengan
denaturasi protein yang terlihat pada Gambar 1,2A. Fluktuasi kuadrat
rata-rata akar fungsional, oleh karena itu, tampaknya dipertahankan
dalam batas sempit sekitar 1,2 , terlepas dari suhu adaptasi (dari 4
hingga 851C) (Gambar 3). Temuan eksperimental ini mungkin berguna
sebagai panduan untuk memaksa perhitungan medan dalam simulasi
dinamika molekul protein.
Konstanta gaya efektif (/k0S) dihitung dari kisaran suhu di
mana makromolekul dari lima organisme tetap asli (Gambar 1,2).
Kami menamai /k0S nilai 'ketahanan rata-rata' untuk menghindari
'kekakuan', yang telah digunakan secara luas dan dalam istilah
kualitatif. Pendekatan garis lurus untuk /kamu2S melawan T cukup
didukung oleh data dengan kemiringan yang berbeda secara
signifikan untuk bakteri yang berbeda. Menggunakan
0.2
0,0
psikofil mesofilia Termo/hipertermofil
Gambar 3 | Fluktuasi kuadrat rata-rata akar HAI/kamu2S nilai (fleksibilitas)
dihitung pada setiap suhu adaptasi (dari Gambar 1,2; dengan ekstrapolasi
untuk T. thermophilus dan A.pirofilus) dan diplot versus suhu adaptasi T
untuk tiga jenis bakteri: 1C untuk A.arktikum (kosong), 37 1C untuk E.coli (
kosong) dan P.mirabilis (menetas), 75 1C untuk T. thermophilus (kosong)
dan 85 1C untuk A.pirofilus (menetas). Ketidakpastian yang dihitung untuk
nilai yang diekstrapolasi adalah70,04 untuk termofil dan70,01 untuk
hipertermofil.
persamaan (2) (lihat Metode), /k0S nilai 0,2170,03, 0,4270,01,
0,3970,01, 0,6770,11 dan 0,6070,01N/m dihitung untuk A.
arcticum, E. coli, P. mirabilis, T. thermophilusdan A. pirofilus
sel, masing-masing. Sebagai perbandingan, nilai ketahanan
mioglobin terhidrasi dan mioglobon terperangkap dalam hard

68 EMBO laporan vol 5 | TIDAK 1 | 2004 &2004 ORGANISASI BIOLOGI MOLEKULER EROPA

Adaptasi seluler melalui dinamika makromolekul
M. Tehei dkk.
0.8
0,7
0.6
0,5
kank (T/m)
0.4
0,3
0.2
0.1
0,0
1 2 3
psikofil mesofilia Termo/hipertermofil
Gambar 4 | Ketahanan makromolekul rata-rata /k0S untuk setiap jenis bakteri,
diplot versus suhu adaptasi (histogram adalah seperti untuk Gambar 3).
kaca trehalosa adalah 0,3 dan 3N/m, masing-masing (Zaccai dkk,
2000). Korelasi antara ketahanan rata-rata dan suhu
pertumbuhan fisiologis ditunjukkan pada Gambar 4. Sejauh
pengetahuan kami, percobaan yang dijelaskan di sini memberikan
satu-satunya kuantifikasi, sejauh ini, ketahanan makromolekul
rata-rata dalam lingkungan seluler.
Adaptasi protein dan seluler
Hasil kami menunjukkan bahwa ketahanan makromolekul
merupakan parameter penting dalam adaptasi terhadap suhu
ekstrim untuk menjaga stabilitas fungsional pada suhu
fisiologis. Nilai resiliensi yang meningkat dengan suhu
stabilisasi menunjukkan dominasi suku entalpi dalam
perbedaan energi bebas stabilisasi. Untuk protein di mana
istilah entropi (seperti interaksi hidrofobik) dominan,
makromolekul yang lebih fleksibel dan kurang ulet akan lebih
stabil (Zidekdkk, 1999; Fitter & Heberle, 2000; Hernandezdkk,
2000; Arnolddkk, 2001; Teheidkk, 2001).
Kami mencatat bahwa konstanta gaya yang dianalisis adalah nilai
rata-rata untuk semua makromolekul dalam sel. Dapatkah determinan
molekuler yang terkait dengan gaya-gaya ini diidentifikasi dengan
analisis genomik atau struktural? haneydkk (1999) membandingkan
urutan protein dari mesofilik dan sangat termofilik Metanokokus jenis.
Penggantian yang diamati menurunkan kandungan residu polar yang
tidak bermuatan, meningkatkan kandungan residu yang bermuatan,
meningkatkan hidrofobisitas residu dan meningkatkan volume residu
dalam protein yang sangat termofilik. Cambillau & Claverie (2000)
telah memublikasikan korelasi antara adaptasi terhadap suhu tinggi
dan persentase rata-rata bermuatan minus polar asam amino (Ch-Pol)
dalam genom mesofil dan hipertermofil. Secara umum, peningkatan
persentase Ch-Pol akan mengarah terutama pada kontribusi entalpi
(ikatan hidrogen, interaksi hidrasi, jembatan garam) ke lanskap energi
bebas, seperti yang tercermin dalam data kami dengan peningkatan /
k0S nilai-nilai. Sejumlah penelitian telah diterbitkan menganalisis
perbedaan struktural antara protein homolog psychrophile, mesophile
dan thermophile (Aghajaridkk, 1998; loncengdkk, 2002; orang Gian
dkk, 2002); tren umum termasuk penurunan jumlah jembatan garam
dan rantai samping yang terpapar permukaan di psychrophiles serta
penurunan protein-protein dan interaksi interdomain dalam protein.
Semua efek ini akan berkontribusi pada penurunan ketahanan yang
diamati dalam data yang disajikan dalam makalah ini. Dinamika
protein sangat dipengaruhi oleh
&2004 ORGANISASI BIOLOGI MOLEKULER EROPA
laporan ilmiah
efek pelarut (Tehei dkk, 2001), bagaimanapun, dan adaptasi komposisi
sitoplasma (misalnya melalui adanya garam atau zat terlarut yang
kompatibel) juga dapat berkontribusi pada perbedaan ketahanan
makromolekul yang diamati.
Kesimpulan
Eksperimen neutron yang disajikan mengukur sejauh mana
dinamika makromolekul dalam sel bakteri dipengaruhi oleh
adaptasi terhadap suhu ekstrem. Hasil mendukung hipotesis
bahwa kontribusi untuk adaptasi termal adalah melalui seleksi
evolusioner dari ketahanan yang tepat untuk mempertahankan
struktur makromolekul dan fleksibilitas dalam batas sempit yang
dibutuhkan oleh aktivitas biologis.
METODE
Persiapan sampel. A.arktikum (ATCC 49402), E. coli(MRE600), P.
mirabilis dan T. thermophilus (ATCC 579) ditanam secara aerobik
di masing-masing media kompleks pada 4, 37 dan 75 1C, masing-
masing, sampai fase mid-log akhir. A.pirofilus (DSM 6858) ditanam
pada 85 1C dalam botol 2 l di bawah 1,4 bar H2/BERSAMA2
dalam medium UKM yang dimodifikasi pada pH 6,8. Sel-sel
dikumpulkan dengan sentrifugasi dan dicuci dua kali dengan
mensuspensikan pelet dalam buffer 50mM Tris-HCl pH 8 yang
mengandung 150mM NaCl dan 5mM KCl. Secara keseluruhan,
420mg pasta sel yang dicuci segera disegel dalam wadah sampel.
Eksperimen kontrol dilakukan untuk memastikan bahwa sel tidak
rusak dan masih hidup setelah sekitar 20 jam total waktu
pengukuran di balok. Untuk menghindari kerusakan sel, kisaran
suhu terbatas, 4–371C (277- 310 K), diperiksa dalam percobaan
hamburan neutron.Percobaan hamburan neutron. Eksperimen
dilakukan pada spektrometer IN13 di Institut Laue Langevin
(informasi tentang Institut Laue Langevin di Grenoble dan
spektrometer neutronnya tersedia di http://www.ill.fr). Pemegang
sampel aluminium memiliki panjang jalur 0,3 mm. Sampel
menunjukkan transmisi sekitar 90% untuk sinar neutron 2,23 .
Data hamburan inkoheren elastis dikumpulkan dengan resolusi
energi 8MeV dalam rentang vektor hamburan 1,2-1PQP2.2-1,
sesuai dengan 'jendela' pengukuran ruang-waktu dari beberapa
ngstrom dalam 0,1 ns. Data intensitas dikoreksi untuk hamburan
pemegang sampel dan buffer dan dinormalisasi dengan
hamburan vanadium untuk menghasilkanI (Q, elastis) sebagai
fungsi suhu untuk setiap sampel, di mana elastis sesuai dengan
transfer energi nol. Vektor hamburanQ diberikan oleh 4Pdosay/l,
dimana 2kamu adalah sudut hamburan dan aku adalah panjang
gelombang neutron datang. Untuk setiap sampel dan titik suhu,
ln{I (Q, elastis)} diplot melawan Q2; fluktuasi kuadrat rata-rata/u2S
dihitung dari kemiringan garis lurus yang sesuai dengan data
eksperimen menurut pendekatan Gaussian (Zaccai, 2000):
SayaDQ; elastisÞ ¼ konstanta: exp-ð1=6hkamu2SayaQ2NS-: D1NS
Perkiraan ini berlaku untuk Q nilai memuaskan Q2/u2SE2.
Fluktuasi kuadrat rata-rata diplot sebagai fungsi suhu
absolut; konstanta gaya efektif /k0S dan kesalahan mereka
dihitung dari kemiringan kecocokan garis lurus tertimbang
(menggunakan algoritma Levenberg-Marquardt) ke data
(Zaccai, 2000; Bicout & Zaccai, 2001) dari
Hk saya 0:00276=DDHkamu2saya =DTNS: D2NS
EMBO laporan vol 5 | TIDAK 1 | 2004 69
 laporan ilmiah
Konstanta numerik adalah untuk menyatakan /k0S dalam N/m ketika /kamu2S
dalam ngstrom kuadrat dan T ada di Kelvin.
UCAPAN TERIMA KASIH
MT didukung oleh hibah doktor dari Région Rhône-Alpes, Prancis, dan oleh
Istituto Nazionale Fisica della Materia, Italia. Pekerjaan ini didukung oleh
program EC Meningkatkan Potensi Manusia, kontrak no. HPRI-
CT-2001-50035, dan program CNRS GEOMEX. Kami dengan senang hati
mengucapkan terima kasih kepada Marc Bee, Lawrence Cosenza, Lionel
Costenaro, Christine Ebel, Frank Gabel, Claude Pfister, Andrea Schmitt dan
Martin Weik atas diskusi yang bermanfaat, saran dengan eksperimen dan
pembacaan kritis naskah, dan Dr Hélène Jouve untukP. mirabilis tekanan.
REFERENSI
Aghajari N, Feller G, Gerday C, Haser R (1998) Struktur psychrophilic
Alteromonas haloplanctis alpha-amilase memberikan wawasan tentang
adaptasi dingin pada tingkat molekuler. Struktur 6: 1503–1516
Aguilar CF, Sanderson I, Moracci M, Ciaramella M, Nucci R, Rossi M, Pearl
LH (1997) Struktur kristal dari B-glikosidase dari Archaeon hipertermofilik
Sulfolobus solfataricus: ketahanan sebagai faktor kunci dalam
termostabilitas. J Mol Biola 271: 782–802
Arnold FH, Wintrode PL, Miyazaki K, Gershenson A (2001) Bagaimana enzim
beradaptasi: pelajaran dari evolusi terarah. Tren Ilmu Biokimia 26: 100–106
Auerbach G, Ostendorp R, Prade L, Korndorfer I, Dams T, Huber R, Jaenicke
R (1998) Laktat dehidrogenase dari bakteri hipertermofilikTermotoga
maritim: struktur kristal pada resolusi 2.1A mengungkapkan strategi
untuk stabilisasi protein intrinsik. Struktur 6: 769–781 Bell GS, Russell
RJM, Connaris H, Hough DW, Danson MJ, Taylor GL (2002)
Adaptasi bertahap sitrat sintase untuk bertahan hidup di ekstrem kehidupan.
Biokimia Eur J 269: 6250–6260
Bicout DJ, Field MJ (1996) Simulasi dinamika stokastik dari
difusi makromolekul dalam model sitoplasma Escherichia coli. J Phys
Chem100: 2489–2497
Bicout DJ, Zaccai G (2001) Fleksibilitas protein dari transisi dinamis: a
analisis konstanta gaya. Biophys J 80: 1115–1123
Bon C, Lehmann MS, Wilkinson C (1999) Difraksi neutron kuasi-Laue
studi tentang pengaturan air dalam kristal lisozim putih telur ayam
triclinic. Acta Crystallogr D Biol Crystallogr 55: 978–987 Bonneté F,
Madern D, Zaccai G (1994) Stabilitas terhadap denaturasi
mekanisme dalam halofilik malat dehidrogenase 'beradaptasi' dengan
kondisi pelarut. J Mol Biola 244: 436–447
Brooks CL, Karplus M, Pettitt BM (1988) Protein; perspektif teoretis dari
dinamika, struktur dan termodinamika. Adv Chem Phys 71: 74–95 Bu Z,
Neumann DA, Lee SH, Brown CM, Engelman DM, Han CC (2000) A
pandangan perubahan dinamika dalam langkah pelipatan asli globul cair oleh
hamburan neutron kuasielastik. J Mol Biola 301: 525–536
Bu Z, Cook J, Callaway DJ (2001) Rezim dinamis dan struktural yang berkorelasi
dinamika dalam alfa-laktalbumin asli dan terdenaturasi. J Mol Biola 312:
865–873
Butler BJ, McCallum KL, Iniss WE (1989) Karakterisasi Aquaspirillum
acticum sp. nov., bakteri psikrofilik baru.Mikrobiol Aplikasi
Sistem 12: 263–266
Cambillau C, Claverie JM (2000) Korelasi struktural dan genomik dari
hipertermostabilitas. J Biol Chem 275: 32383–32386
Doster W, Cusack S, Petry W (1989) Transisi dinamis mioglobin
diungkapkan oleh hamburan neutron inelastis. Alam 337: 754-756 Fitter J,
Heberle J (2000) Keseimbangan struktural fluktuasi di mesofilik dan
alfa-amilase termofilik. Biophys J 79: 1629–1636
70 EMBO laporan vol 5 | TIDAK 1 | 2004
Adaptasi seluler melalui dinamika makromolekul
M. Tehei dkk.
Gabel F, Bicout D, Lehnert U, Tehei M, Weik M, Zaccai G (2002) Protein
dinamika dipelajari oleh hamburan neutron. Q Rev Biophys 35: 327–367
Gianese G, Bossa F, Pascarella S (2002) Analisis struktur komparatif dari
enzim psikrofilik dan meso- dan termofilik. Protein: Fungsi Struktur
Gen 47: 236–249
Haney PJ, Badger JH, Buldak GL, Reich CI, Woese CR, Olsen GJ (1999)
Adaptasi termal dianalisis dengan perbandingan urutan protein dari
mesofilik dan sangat termofilik Metanokokus jenis. Proc Natl Acad Sci
USA 96: 3578–3583
Hernandez G, Jenney Jr FE, Adams MW, LeMaster DM (2000) Milidetik
fleksibilitas konformasi skala waktu dalam protein hipertermofil pada
suhu kamar. Proc Natl Acad Sci USA 97: 3166–3170 Jaenicke R (2000)
Apakah protein ultrastabil dari hipertermofil memiliki
atau kekakuan konformasi rendah? Proc Natl Acad Sci USA 97: 2962–2964
Lehnert U, Reat V, Weik M, Zaccai G, Pfister C (1998) Gerakan termal dalam
bacteriorhodopsin pada tingkat hidrasi yang berbeda dipelajari dengan
hamburan neutron: korelasi dengan kinetika dan perubahan konformasi yang
diinduksi cahaya. Biophys J 75: 1945-1952
Linke WA, Granzier H (1998) Sebuah kisah musim semi: fakta baru tentang elastisitas titin.
Biophys J 75: 2613–2614
Lonhienne T, Gerday C, Feller G (2000) Enzim psikofilik: meninjau kembali
parameter termodinamika aktivasi dapat menjelaskan fleksibilitas lokal.
Biochim Biophys Acta 1543: 1–10
Oesterhelt F, Oesterhelt D, Pfeiffer M, Engel A, Gaub HE, Muller DJ (2000)
Membuka jalur bacteriorhodopsins individu. Sains 288:143–146
Petrescu I, Lamotte-Brasseur J, Chessa JP, Ntarima P, Claeyssens M, Devreese
B, Marino G, Gerday C (2000) Xilanase dari ragi psychrophilic
Cryptococcus adelia. Ekstrofil4: 137-144
Price PB (2000) Sebuah habitat psychrophiles di es Antartika yang dalam. Proc Natl
Acad Sci USA 97: 1247–1251
Penerima V, Calmette P, Smith JC, Desmadril M, Coddens G, Durand D
(1997) Perubahan dinamis picosecond pada denaturasi ragi
phosphoglycerate kinase diungkapkan oleh hamburan neutron
kuasielastik.Protein 28: 380–387
Rosen R, Ron EZ (2002) Analisis proteome dalam studi kejutan panas
tanggapan. Spektrom Massa Rev 21: 244–265
Russell NJ (2000) Menuju pemahaman molekuler aktivitas dingin
enzim dari psikrofil. Ekstrofil 4: 83–90
Smith JC (1991) Dinamika protein: perbandingan simulasi dengan inelastis
percobaan hamburan neutron. Q Rev Biophys 24: 227–291 Tehei M,
Madern D, Pfister C, Zaccai G (2001) Dinamika cepat halofilik
malat dehidrogenase dan BSA diukur dengan hamburan neutron di bawah
berbagai kondisi pelarut yang mempengaruhi stabilitas protein. Proc Natl Acad
Sci USA 98: 14356-14361
Trantham EC, Rorschach HE, Clegg JS, Hazlewood CF, Nicklow RM,
Wakabayashi N (1984) Sifat difusi air dalam kista Artemia sebagaimana
ditentukan dari spektrum hamburan neutron kuasi-elastis. Biophys J 45:927–
938
Zaccai G (2000) Seberapa lunak protein? Dinamika protein konstanta gaya
diukur dengan hamburan neutron. Sains 288: 1604–1607 Zaccai G,
Tehei M, Scherbakova I, Serdyuk I, Gerez C, Pfister C (2000)
Hamburan neutron elastis yang tidak koheren sebagai fungsi suhu: cara cepat
untuk mengkarakterisasi di tempat dinamika biologis dalam solusi kompleks.J Phys
IV 10: Pr7-283–Pr7-287
Zavodszky P, Kardos J, Svingor A, Petsko GA (1998) Penyesuaian
fleksibilitas konformasi adalah peristiwa kunci dalam adaptasi termal
protein. Proc Natl Acad Sci USA 95: 7406–7411
Zidek L, Novotny MV, Stone MJ (1999) Meningkatkan tulang punggung protein
entropi konformasi pada pengikatan ligan hidrofobik. Struktur Alam
Biol 6: 1118–1121
&2004 ORGANISASI BIOLOGI MOLEKULER EROPA