COLLECTION,TRANSPORT,AND

COLLECTION TRANSPORT AND

EXAMINATION OF SPECIMENS

Departemen Mikrobiologi
Fakultas Kedokteran USU
Medan
„ Untuk keberhasilan mengisolasi patogen dari
spesimen
i kli
klinik,
ik mesti
ti di
dipertimbangkan
ti b k 4 point
i t

„ Type of specimen
„ Time of collection

„ Collection techniques

„ Time and method of its transportation to

the laboratory
 Spesimen untuk kultur & Pewarnaan Gram
dapat diambil dari spesimen :

„ Cerebro Spinal
p Fluid ((cairan tubuh yyang
g steril))
(cytospin)
„ Mata
„ Purulent discharge
„ Sputum atau aspirasi transtracheal
„ Semua spesimen operasi
„ Jaringan
„ Urethral exudates (male only, intracellular
gonococcus))
„ Vaginal specimens
„ Luka
 Type of Specimen

„ Bergantung kepada patogen yang akan

diisolasi, spesimen yang diambil mestilah
merupakan representatif dari infeksi atau
penyakitnya , misalnya :
„ Untuk mengisolasi N.gonorrhoeae, spesimen yang
diambil adalah endocervical swab bukan vaginal
swab
„ Untuk mengisolasi patogen dari saluran
pernapasan, spesimen yang diambil adalah dahak
(sputum) bukan air ludah (saliva)
Type of Specimen
Darah
Volume darah yang diperlukan untuk pemeriksaan
bakteriologik adalah 10 ml (dewasa), 2-5 ml (anak-
anak) 1-2 ml (bayi)
anak),

Usap/Swab
p Nasofaring
g & Tenggorok
gg
Dilakukan 2 kali pengambilan usap nasofaring &
usap tenggorok, satu untuk pemeriksaan mikroskopis
dan yang lain untuk biakan/kultur
Type of Specimen
Nanah atau cairan :
Mengambil dengan spuit steril, taruh dalam tabung
steril. Bersegel dan antar ke Lab. Abses – abses
yang milier harus dibuka dengan skalpel ujung tajam
steril untuk mengeluarkan nanah
Kulit (untuk pemeriksaan jamur)
Dipilih dari bagian yang aktif yaitu daerah pinggir.
Terlebih dahulu dibersihkan dengan
g alkohol 70% lalu
dikerok dgn skalpel sehingga memperoleh skuama
yang cukup
 Time of Collection :
„ Urin p
paling
g baik diambil p
pada p
pagi
g hari ((urin p
pagi
g
pertama),segera setelah pasien bangun tidur,
sebaiknya sebelum pemberian antimikroba
„ Sputum
S t terbaik
b ik adalah
d l h sputum pertama yang
dibatukkan pada pagi hari, namun sputum yang
diambil sewaktu juga cukup refresentatif
refresentatif.
„ Spesimen darah paling baik diambil sewaktu
pasien demam tinggi (sesaat sebelum
temperatur mencapai puncak),sedapat mungkin
sebelum pemberian antimikroba, dianjurkan
pengambilan sebanyak 3 kali dengan selang
waktu 1 jam
Time of Collection :
„ Spesimen
p tinja
j dapat
p diambil setiap
p
saat,terutama pada stadium dini ketika
bakteri dalam jumlah terbanyak.
„ Usap
U ttenggorok/nasofaring
k/ f i bi dil
bisa dilakukan
k k
setiap saat, terutama pada fase akut,
sebaiknya sebelum pemberian antimikroba
„ Eksudat/pus dapat diambil setiap saat,
sebaiknya sebelum pemberian antimikroba
„ Cairan otak dapat diambil setiap saat,
sebaiknya sebelum pemberian antimikroba
 Collection techniques:
q
1
1. Teknik yang dipakai hendaklah dapat
menjamin bahwa spesimen klinik yng diambil
mengandung organisme - organisme yang
diduga sebagai penyebab infeksinya
2. Hindari terkontaminasinya spesimen
sewaktu pengambilan atau sewaktu dikirim
(transportasi) ke Laboraturium.
 Collection techniques
q

3
3. Aseptic procedures
proced res adalah penting sekali
sewaktu pengambilan spesimen dari bagian
tubuh yang steril
steril, misalnya :
1. Darah
2. Cairan spinal
3. Pleural effusions
4. Hindari terkontaminasinya discharge atau
ulkus dengan normal microbiota di kulit
kulit.
Collection techniques
q

5
5. Wadah (bejana, container) untuk
pengumpulan spesimen mestilah :
1. Bersih
2. Steril
3. Tidak bocor ( leak-proof)
4. Bebas dari sisa-sisa desinfektans
6. Wadah (bejana, container) supaya tidak
mudah pecah, sebaiknya dibuat dari
autoclavable plastics yang tidak mudah
bocor.
 Collection techniques

7. Beri ppetunjuk
j tertulis kalau p
pasien sendiri
yang akan mengambil spesimen-nya.
Misalnya jika spesimen air kemih yang akan
diambil,beritahu caranya kepada pasien:clean
catch,midstream specimen.
8 Jika
8. Jik yang di
diambil
bil adalah
d l h pus (nanah)
( h) d
darii
luka, mesti dijelaskan jenis luka tersebut :
1
1. Luka bakar
2. Luka digigit anjing, dicakar kucing
3. Luka infeksi p
pasca bedah
4. Luka tergores kayu , duri, kawat
Collection techniques
9 Pengiriman spesimen disertai dengan surat
9.
pengantar/formulir permintaan pemeriksaan
laboraturium
10. Wadah spesimen diberi label yang memuat
tanggal pengambilan spesimen, identitas
pasien,jenis spesimen
Collection techniques
„ DARAH
- Lokasi pengambilan darah adalah pada lipat
siku, pilih vena yang paling jelas dan besar
(
(vena mediana
di cubiti),
bi i) untukkb
bayii d
dapat
diambil pada vena sekitar mata kaki
- Volume darah yang diambil : dewasa 10 ml ml,
anak-anak 2-5 ml, bayi 1-2 ml
aa d
- Darah dimasukkan
asu a ke e da
dalam
a boto
botol media
ed a :
a. untuk biakan aerob & Haemophillus
g
digunakan media BHI broth
Collection techniques
b. Untuk biakan anaerob digunakan
media Thioglicolate broth
Apabila botol media tidak memungkinkan
karena jarak yang jauh, maka darah
dimasukkan ke dalam botol/tabung g yyang
g
berisi antikoagulan Sodium Polyanethol
Sulfonate (SPS) dengan perbandingan 0,5 ml
stokk SPS dalam
d l 5 mll d
darah
h
Collection techniques
„ SPUTUM
- digunakan wadah steril bermulut lebar yang tahan
bocor dan bertutup ulir dengan volume minimal 25 ml
- Persiapan pasien : diberi penjelasan perbedaan
sputum dengan ludah, bila pasien kesulitan
mengeluarkan sputum (sputum sedikit) pada malam
hari sebelumnya disuruh minum teh manis atau diberi
obat
b t pengeluar
l dahak
d h k (ekspektoran)
( k kt )
- Caranya pasien diminta untuk menarik nafas dalam,
2-3 kali kemudian keluarkan nafas dengan batuk
yang kuat
k t dan
d berulang
b l kkalili sampaii sputum
t kkeluar
l
- Sputum yang berkualitas baik akan tampak kental
purulen dengan volume cukup 3-5 ml
Collection techniques
„ URIN
Jenis spesimen urin untuk pemeriksaan
mikrobiologi
g :
1. Urin porsi tengah (midstream)
2 Urin kateter (yang telah terpasang)
2.
3. Urin aspirasi suprapubik
Collection techniques
1 Urin Porsi Tengah
1.
persiapan pengambilan urin sterilisasi,
pria membersihkan p
p preputium
p & wanita
membersihkan labia mayora,minora serta
ostium uretra eksterna keluarkan urin,
aliran urin yang pertama dibuang,aliran urin
selanjutnya ditampung dalam
wadah pengumpulan urin selesai sebelum
wadah,pengumpulan
aliran urin habis
Collection techniques
2. Urin Kateter
lakukan desinfeksi dengan alkohol 70% pada
bagian selang kateter yang terbuat dari karet
aspirasi urin dengan menggunakan
semprit sebanyak lebih kurang 10 ml
3 Urin Suprapubik
3.
dilakukan pada kandung kemih yang penuh
aspirasi urin dilakukan tepat dititik
suprapubik urin diambil lebih kurang 20
ml
Collection techniques
„ FECES (TINJA)
- Feces segar, pasien diharuskan buang air
kecil terlebih dahulu agar
g tinja
j tidak tercemar
urin pasien disuruh buang air besar
langsung ke dalam pot tinja (± 5 gram)
- Usap rektum, dilakukan pada pasien yang
sulit buang air besar, dehidrasi, shock
Digunakan lidi kapas steril yang sudah
dibasahi NaCl fisiologis
Collection techniques
„ Usap
p nasofaring/Usap
g p tenggorok
gg
- Dilakukan 2 kali pengambilan,satu untuk
pemeriksaan mikroskopis dan yang lain untuk biakan
(k lt )
(kultur)
„ Eksudat/Pus
- Luka purulen/ulkus
Pembersihan luka dengan kain kasa yang telah
dibasahi NaCl fisiologis dengan kapas lidi steril
usapkan pada luka/ulkus tanpa menyentuh bagian
tepi luka,lakukan sebanyak 2 kali masukkan ke
dalam tabung media transport
Collection techniques
- Abses
Dilakukan desinfeksi dengan povidone
iodine 10% dan alkohol 70% tusuk jarum
dan hisap dengan semprit steril cairan
eksudat/pus teteskan eksudat/pus pada
kapas lidi steril dan masukkan dalam media
transport sisanya dimasukkan dalam wadah
transport,
steril
Bisa juga dilakukan insisi pada abses,lalu
d
dengan kkapas lidi sterilil di
diusapkan
k b bagian
i
dasar abses,kemudian masukkan dalam
media transport
p
Spesimen yang mengandung patogen
berbahaya

„ Petugas laboratorium mesti memperoleh

informasi secukupnya apakah spesimen
yang dikirimkan mungkin mengandung
organisme yang sangat infeksius
„ Spesimen tersebut mesti diberi label: HIGH
RISK.
High
g risk specimens
p :

„ Dahak yang kemungkinan mengandung

Mycobacterium tuberculosis
„ Spesimen
p tinja
j yyang
g mungkin
g mengan-
g
dung V.choleare atau Salmonella typhi
„ Cairan dari ulkus atau p
pustula yyang
g mungkin
g
mengandung Bacillus anthracis atau
Treponema pallidum
„ Spesimen dari pasien yang diduga dengan
hepatitis, demam berdarah, pest.
 Media Transport
p
„ Sebaiknya
y spesimen
p klinik untuk p
peme-
riksaan mikrobiologik dikirimkan ke Lab.
sesegera mungkin, supaya patogen yang
mungkin terdapat di dalam spesimen masih
viable (hidup).
„ Kalau
K l diantisipasi
di ti i i akan
k terjadi
t j di keterlambatan,
k t l b t
maka gunakan medium transport:
„ Stuart s transport medium
Stuart”s
„ Amies transport medium
„ Cary-Blair
y medium
Cara penyimpanan dan Pengiriman
„ Darah disimpan pada suhu kamar,tetapi tidak
boleh lebih dari 24 jam, spesimen tidak boleh
disimpan dalam lemari es.
Spesimen harus segera dikirim ke
laboraturium,apabila jarak jauh,spesimen
darah dapat dimasukkan ke dalam
botol/tabung yang berisi antikoagulan sodium
polyanethol sulfonate
Cara penyimpanan dan Pengiriman
„ Spesimen Sputum dan urin harus sudah
tiba di laboraturium dalam waktu 1 jam,bila
tidak memungkinkan harus disimpan dalam
lemari es (2-8ºC)
Pengiriman sputum dan urin dilakukan dalam
cooling box kecuali jika pengiriman dapat
dilakukan kurang dari 1 jam setelah
pengambilan spesmen
Cara penyimpanan dan Pengiriman
„ Spesimen tinja harus segera dikirim ke
laboraturium (kurang dari 2 jam setelah
pengambilan bahan)
Bila lebih dari 2 jam spesimen dimasukkan ke
dalam media transport Carry & Blair dan
disimpan dalam suhu ruang
Bila tidak ada media transport, tinja disimpan
d l
dalam suhu
h 22-8ºC
8ºC
Cara penyimpanan dan Pengiriman
„ Usap
p tenggorok
gg dan Usap
p nasofaring
g
Spesimen dimasukkan ke dalam media
transport
Bila spesimen tidak dapat diproses pada hari
yang sama, bisa disimpan pada suhu 2-8ºC
U t k biakan
Untuk bi k b bakteri
kt i mikroaerofilik
ik filik di
disimpan
i
dalam suasana CO2 5-10% (Sungkup lilin)
Pengiriman dilakukan dengan menggunakan
cooling box (2-8ºC) kecuali jika waktu
perjalanan kurang dari 24 jam
Cara penyimpanan dan Pengiriman
„ Eksudat/pus
Spesimen harus sudah sampai di
laboraturium dalam waktu 2 jjam setelah
pengambilan, jika tidak memungkinkan bisa
disimpan dalam lemari es (2-8ºC)
Pengiriman dilakukan dengan menggunakan
cooling box (2-8ºC) kecuali jika perjalanan
yang diperlukan
di l k kkurang d darii 2 jjam
Cara penyimpanan dan Pengiriman
„ Cairan Otak
Spesimen harus sudah tiba di laboraturium
dalam waktu 1 jam setelah pengambilan, jika
tidak
id k memungkinkan
ki k spesimen
i h
harus
disimpan dalam lemari es atau media
transport dalam beberapa jam saja
Pengiriman spesimen harus secepat mungkin
dengan menggunakan cooling box (2-8ºC)
kecuali jika waktu perjalanan kurang dari 1
jam
 Specimen
p Quality
Q y

„ Informasi yang diberikan oleh Lab sangat

bermanfaat jika dapat digunakan untuk :

„ Menegakkan diagnosis penyakit infeksi

„ Pedoman dalam ppemilihan antimikroba
„ Memonitor progress atau prognosis penyakit
 Mutu spesimen
p yyang
g jelek
j :

„ Etiologic ( causative ) agent dari penyakit

infeksinya tidak dapat diisolasi
„ Terjadi overgrowth normal microbiota yang
akan menutupi pertumbuhan mikroorganaisme
p g
patogen
„ Kontaminan dapat mengganggu identifikasi
patogen dan diagnosis dari penyakit pasien.
 Kriteria High
g QQuality
y specimens
p :
1. Spesimen
p klinis yyang
g diambil mestilah
appropriate specimens supaya diagnosis
penyakitnya akurat
2. Hindari terkontaminasinya spesimen
dengan normal microbiota
3. Transportasi spesimen ke Lab mesti dengan
cara yang tepat ( kalau perlu dengan
dry ice
ice, secara anaerob
anaerob, dengan pengawet )).
Komponen Spesimen Bermutu:

1. Proper SELECTION of the specimen

2. Proper COLLECTION of the specimen
3. Proper TRANSPORT of the specimen to
the lab.
KRITERIA PENOLAKAN SPESIMEN

1 Spesimen yang tidak diberi label ataupun

1.
labelnya rusak/tidak jelas
2. Spesimen
p yyang
g disimpan/dikirim
p terlalu lama
3. Wadah/container spesimen rusak atau tidak
sesuai
4. Spesimen diterima dalam keadaan fiksasi
5.
5 Sputum oropharing
Sputu o op a g yangya g te
terkontaminasi
o ta as
KRITERIA PENOLAKAN SPESIMEN

6. Terdapat
p dua spesimen
p ((tinja,dahak)
j , ) yyang
g sama
dalam 24 jam kecuali sudah ada penjelasan kepada
petugas laboraturium
7 Spesimen
7. S i yang diki
dikirim
i tid
tidak k sesuaii d
dengan
permintaan kultur, misalnya urine yang diambil dari
kateter tidak sesuai untuk kultur kuman anaerob
8. Swab kering
9. Pengumpulan urin/dahak dalam 24 jam untuk kultur
j
jamur atau
t AFB
10.Kriteria-kriteria khusus lain yang tidak sesuai
dengan laboraturium
 Environmentally Fragile Organisms

Organism Most Likely Specimen Comment

Shigella spp. Stool Immediate processing recommended
N. gonorrhoeae Genital Sensitive to cold. Need 55-10%
10% CO2.
Immediate processing recommended
N. meningitidis CSF Sensitive to cold. Immediate processing
recommended
H. influenzae
f CSF,, eye,
y , ear,, throat Sensitive to cold. Immediate pprocessingg
recommended

QA monitor??
Media Transport
p yyang
g dianjurkan:
j

MEDIUM KEGUNAAN COMMENT

Stuart’s medium Untuk kuman aerob & beberapa Umumnya bagus untuk media
anaerob fakultatif transport terutama untuk swab

Amies medium Untuk kuman anaerob & anaerob Lebih bagus untuk anaerob
fakultatif fakultatif dibanding stuart’s medium

Amies + arang GO Media transport yang paling bagus

untuk GO

Carry-Blair Untuk kuman patogen usus Semua spesimen tinja yg

Media transport anaerob
(salmonella,shigella,vibrio,campylo memerlukan waktu pengiriman lbh
bacter) dari satu jam harus menggunakan
media ini terutama untuk
campylobacter
Banyak jenis kuman Media yang dianjurkan dengan
menggunakan indikator oksigen

Medium untuk telur & parasit Protozoa Media ini tidak mengandung
(PVA,SAF,10% Formalin,Alcohol banyak merkuri atau formalin
based-ecofix) Ramah lingkungan
Media transport virus Banyak jenis virus Umumnya mengandung antibiotik
Acceptable Specimens For Anaerobic Culture

Site Acceptable Specimens Unacceptable Specimens

Head and Abscess aspirate obtained by needle and syringe Throat or nasopharyngeal swabs
neck after surface decontamination Gingival swabs
Biopsy material surgically obtained Superficial material collected with swabs
Anaerobic swab surgically obtained when
aspiration is not feasible
Lungs Transtracheal aspirate Expectorated sputum
Material from percutaneous lung puncture Induced sputum
Biopsy material surgically obtained Endotracheal aspirate
Bronchoscopic specimen obtained by protected Bronchoscopic specimens not specially
brush collected
Thoracatomy specimen
Anaerobic swab surgically obtained
Soft tissue Aspirate obtained by needle and syringe Superficial material collected from skin
Biopsy material surgically obtained surfaces or edges of wound
Aspirate from sinus tract obtained by needle and
small pplastic catheter
Deep aspirate of open-wound obtained through
decontaminated skin
Deep aspirate of surface ulcer obtained through
decontaminated skin
Urinaryy Suprapubic
p p aspirate
p Voided urine
tract Catheterized urine