CRITICAL BOOK REVIEW

BIOLOGI MOLEKULER

DOSEN PENGAMPU:
Ahmad Shafwan S. Pulungan, S. Pd., M.Si.

KELOMPOK 2:
1. ANGEL SITOHANG
2. FRANS MANALU
3. HUTRI EMENINTA
4. MONICA SITANGGANG
5. NURAI A.D BR TARIGAN
6. SERANOVA GINTING

PENDIDIKAN BIOLOGI 2017

JURUSAN BIOLOGI

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM

UNIVERSITAS NEGERI MEDAN

2021
 KATA PENGANTAR

Dengan menyebut nama Tuhan Yang Maha Esa, penulis ucapkan puja dan
puji syukur atas kehadirat-Nya, yang telah melimpahkan rahmat, hidayah, dan
inayah-Nya, penulis dapat menyelesaikan makalah Critical Book Review ini.
Critical Book Review ini telah disusun dengan maksimal dan mendapatkan
bantuan dari berbagai pihak sehingga dapat memperlancar pembuatan Critical Book
Review ini. Untuk itu kami menyampaikan banyak terima kasih kepada semua pihak
yang telah berkontribusi dalam pembuatan makalah ini.
Terlepas dari semua itu, Kami menyadari sepenuhnya bahwa masih ada
kekurangan baik dari segi susunan kalimat maupun tata bahasanya. Oleh karena itu
dengan tangan terbuka kami menerima segala saran dan kritik dari pembaca agar
kami dapat memperbaiki makalah ilmiah ini.

Medan, 18 April 2021

Kelompok 2,

i
 BAB I

PENDAHULUAN

1.1 Identitas Buku yang Direview

a. Buku 1

Nama Prof. Dr. Ernawati Sinaga, MS, Apt.

Tahun 2010
Judul Biologi Molekuler
Kota Jakarta
Penerbit - (Dalam Bentuk Naskah Tutorial)

b. Buku 2

Nama Prof. Dr. A.D. Corebima, M.Pd

Tahun 2015
Judul Genetika
Belajar Genetika dengan Mudah & Komprehensif
Kota Yogyakarta
Penerbit Deepublish
CV Budi Utama

c. Buku 3

Nama Rahmadina, M.Pd

Tahun 2019
Judul Genetika Dasar
Kota Medan
Penerbit - (Dalam Bentuk Modul Ajar)

d. Buku 4

Nama Shabarni Gaffar, M.Si

Tahun 2007
Judul Bioteknologi Molekul
Kota Bandung
Penerbit - (Buku Ajar)

e. Buku 5

1
 Nama Dr. Hj. Tuti Kurniati, M.Pd
Tahun 2020
Judul Biologi Sel
Kota Bandung
Penerbit CV Cendekia Press

1.2 Manfaat Chapter Buku yang Di Riview

Manfaat dalam mereview buku ini adalah untuk menambah wawasan, sekaligus
memahamkan kita akan Replikasi DNA Eukariotik bagi penulis dan untuk
sebagai memenuhi tugas matakuliah Biologi Molekuler.

BAB II

RINGKASAN ISI BUKU

2.1. Ringkasan Buku 1

Pada eukariot replikasi DNA hanya terjadi pada fase S di dalam interfase.
Untuk memasuki fase S diperlukan regulasi oleh sistem protein kompleks yang
disebut siklin dan kinase tergantung siklin atau cyclin-dependent protein kinases

2
(CDKs), yang berturut-turut akan diaktivasi oleh sinyal pertumbuhan yang mencapai
permukaan sel. Beberapa CDKs akan melakukan fosforilasi dan mengaktifkan
protein-protein yang diperlukan untuk inisiasi pada masing-masing ori. Berhubung
dengan kompleksitas struktur kromatin, garpu replikasi pada eukariot bergerak hanya
dengan kecepatan 50 pb tiap detik. Sebelum melakukan penyalinan, DNA harus
dilepaskan dari nukleosom pada garpu replikasi sehingga gerakan garpu replikasi
akan diperlambat menjadi sekitar 50 pb tiap detik. Dengan kecepatan seperti ini
diperlukan waktu sekitar 30 hari untuk menyalin molekul DNA kromosom pada
kebanyakan mamalia. Sederetan sekuens tandem yang terdiri atas 20 hingga 50
replikon mengalami inisiasi secara serempak pada waktu tertentu selama fase S.
Deretan yang mengalami inisasi paling awal adalah eukromatin, sedangkan deretan
yang agak lambat adalah heterokromatin.
DNA sentromir dan telomir bereplikasi paling lambat. Pola semacam ini
mencerminkan aksesibilitas struktur kromatin yang berbeda-beda terhadap faktor
inisiasi. Seperti halnya pada prokariot, satu atau beberapa DNA helikase dan Ssb
yang disebut dengan protein replikasi A atau replication protein A (RP-A) diperlukan
untuk memisahkan kedua untai DNA. Selanjutnya, tiga DNA polimerase yang
berbeda terlibat dalam elongasi. Untai pengarah dan masing-masing fragmen untai
tertinggal diinisiasi oleh RNA primer dengan bantuan aktivitas primase yang
merupakan bagian integral enzim DNA polimerase a. Enzim ini akan meneruskan
elongasi replikasi tetapi kemudian segera digantikan oleh DNA polimerase d pada
untai pengarah dan DNA polimerase e pada untai tertinggal. Baik DNA polimerase d
maupun e mempunyai fungsi penyuntingan.
Kemampuan DNA polimerase d untuk menyintesis DNA yang panjang
disebabkan oleh adanya antigen perbanyakan nuklear sel atau proliferating cell
nuclear antigen (PCNA), yang fungsinya setara dengan subunit b holoenzim DNA
polimerase III pada E. coli. Selain terjadi penggandaan DNA, kandungan histon di
dalam sel juga mengalami penggandaan selama fase S.
Mesin replikasi yang terdiri atas semua enzim dan DNA yang berkaitan
dengan garpu replikasi akan diimobilisasi di dalam matriks nuklear. Mesin-mesin

3
tersebut dapat divisualisasikan menggunakan mikroskop dengan melabeli DNA yang
sedang bereplikasi. Pelabelan dilakukan menggunakan analog timidin, yaitu
bromodeoksiuridin (BUdR), dan visualisasi DNA yang dilabeli tersebut dilakukan
dengan imunofloresensi menggunakan antibodi yang mengenali BUdR. Ujung
kromosom linier tidak dapat direplikasi sepenuhnya karena tidak ada DNA yang
dapat menggantikan RNA primer yang dibuang dari ujung 5’ untai tertinggal. Dengan
demikian, informasi genetik dapat hilang dari DNA.
Untuk mengatasi hal ini, ujung kromosom eukariot (telomir) mengandung
beratus-ratus sekuens repetitif sederhana yang tidak berisi informasi genetik dengan
ujung 3’ melampaui ujung 5’. Enzim telomerase mengandung molekul RNA pendek,
yang sebagian sekuensnya komplementer dengan sekuens repetitif tersebut. RNA ini
akan bertindak sebagai cetakan (template) bagi penambahan sekuens repetitif pada
ujung 3’.
Hal yang menarik adalah bahwa aktivitas telomerase mengalami penekanan di
dalam sel-sel somatis pada organisme multiseluler, yang lambat laun akan
menyebabkan pemendekan kromosom pada tiap generasi sel. Ketika pemendekan
mencapai DNA yang membawa informasi genetik, sel-sel akan menjadi layu dan
mati. Fenomena ini diduga sangat penting di dalam proses penuaan sel. Selain itu,
kemampuan penggandaan yang tidak terkendali pada kebanyakan sel kanker juga
berkaitan dengan reaktivasi enzim telomerase.

2.2. Ringkasan Buku II

REPLIKASI MATERI GENETIK
A. Replikasi

Corebima (2012) menegaskan tiga konsep penting terkait replikasi yang perlu
direvisi adalah konsep penting pertama, selama ini definisi replikasi dinyatakan
sebagai penggandaan unting ganda DNA. Saat ini telah diketahui bahwa bahan
genetika makhluk hidup diketahui berupa DNA unting ganda dan DNA unting
tunggal. Sebagaimana dinyatakan oleh Gardner dkk., 1991 bahwa contoh replikasi

4
pada virus Φ174 adalah DNA unting tunggal pada proses yang disebut Rolling Circle
Replication. Proses rolling circle bukan hanya pada virus Φ174 tetapi terjadi pada
semua virus. Sehingga konsep replikasi yang perlu diperbaiki adalah replikasi
merupakan penggandaan DNA unting tunggal dan DNA unting ganda.

Konsep penting kedua terkait replikasi (Corebima,2012) bahwa selama ini

dinyatakan replikasi adalah penggandaan DNA menjadi DNA. Ternyata saat ini telah
diketahui bahwa replikasi terjadi pada makhluk hidup yang memiliki materi genetik
DNA dan makhluk hidup yang memiliki materi genetik RNA. Makhluk hidup yang
memiliki DNA mereplikasi DNA (genom induk) menjadi DNA (genom turunan).
Makhluk hidup yang memiliki materi genetik RNA adalah beberapa virus dan
retrovirus. Replikasi virus RNA dilakukan melalui replikasi RNA langsung menjadi
RNA. Replikasi materi genetik RNA menjadi RNA contohnya adalah virus daun
tembakau. Replikasi pada retrovirus dilakukan melalui reverse transcription. Pada
reverse transcription. RNA genom induk diubah terlebih dahulu menjadi DNA tanpa
intron disebut cDNA, kemudian melalui proses lanjutan cDNA menjadi RNA genom
turunan.

Konsep penting ketiga berkenaan dengan waktu reproduksi materi genetik adalah
replikasi DNA pada kelompok eukariotik yang berbiak secara seksual terjadi pada
fase S dalam siklus sel baik mitosis maupun meiosis. Reproduksi materi genetik pada
kelompok prokariotik dilakukan sebelum pembelahan sel. Reproduksi materi genetik
pada kelompok aseluler virus dan retrovirus terjadi setiap kali menginfeksi sel
inangnya.

B. Replikasi DNA Double Heliks pada Eukariotik

1. Replikasi terjadi Secara Semikonservatif

Proses reproduksi materi genetik pada sel eukariotik adalah proses replikasi
DNA. Secara teoritis terdapat tiga hipothesis tentang replikasi DNA, yaitu
konservatif, semikonservatif, dan dispersif. Bagan 2 memperlihatkan 3 hipotesis
proses replikasi. Pada replikasi konservatif seluruh tangga berpilin DNA awal tetap
dipertahankan dan akan mengarahkan pembentukan tangga berpilin baru. Pada
replikasi semikonservatif tangga berpilin mengalami pembukaan terlebih dahulu
sehingga kedua untai polinukleotida akan saling terpisah. Masing-masing untai tetap
dipertahankan dan akan bertindak sebagai cetakan (template) bagi pembentukan untai
polinukleotida baru. Sedangkan, pada replikasi dispersif kedua untai polinukleotida
mengalami fragmentasi di sejumlah tempat. Kemudian, fragmen-fragmen
polinukleotida yang terbentuk akan menjadi cetakan bagi fragmen nukleotida baru
sehingga fragmen lama dan baru akan dijumpai berselangseling di dalam tangga

5
berpilin yang baru. Dari ketiga hipotesis tersebut berdasarkan percobaan yang
dilakukan pada tahun 1958 oleh M.S. Meselson dan F.W. Stahl dapat dibuktikan
bahwa replikasi semi konservatif yang dapat diterima kebenarannya.

2. Waktu dan Tempat Replikasi

Replikasi pada makhluk hidup eukariotik berlangsung selama interfase dari siklus
sel, yaitu pada periode S (selang waktu antara G1 dan G2). Sedangkan waktu
replikasi pada makhluk hidup aseluler, berdasarkan buku-buku acuan yang ada belum
ada informasi tentang waktu replikasi. Demikian pula tidak ada informasi waktu
replikasi pada organel-organel makhluk hidup eukariotik, yang saat ini sudah
diketahui memiliki DNA.

3. Komponen-komponen Penting dalam Replikasi

Komponen utama yang diperlukan pada saat proses replikasi antara lain: a.
Cetakan (template), yaitu molekul DNA atau RNA yang akan direplikasi. b. Molekul
deoksiribonukleotida yaitu dATP, dTTP, dCTP, dan dGTP. Deoksiribonukleotida
terdiri tiga komponen yaitu: basa purin atau pirimidin, gula deoksiribosa, dan gugus
phosfat. c. Enzim DNA polymerase, yaitu enzim yang mengkatalisis proses
polimerisasi nuleotida menjadi untaian DNA. Pada E. Coli ada 3 macam enzim
polymerase yaitu DNA polimerae I, DNA polymerase II, dan DNA polymerase III.
Pada organisme eukariotik terdapat lima macam DNA polymerase yaitu DNA
polymerase α, DNA polymerase δ, DNA polymerase ε, DNA polymerase β, dan
DNA polymerase γ. d. Enzim primase, yaitu enzim pengkatalisis primer untuk
memulai replikasi DNA. Pada E.coli enzim ini disebut primosom yang terdiri atas
beberapa macam protein. e. Enzim pembuka ikatan DNA induk yaitu enzim helikase
dan enzim lain yang membantu proses tersebut yaitu enzim girase. f. Molekul protein
yang menstabilkan untaian DNA yang sudah terbuka, yaitu protein SSB (single strand
binding protein) g. Enzim DNA ligase, yaitu suatu enzim yang berfungsi untuk
menyambung fragmen-fragmen DNA.

4. Proses Replikasi DNA Terjadi Secara Bidireksional dan Selalu dalam

Arah.

Secara umum rumus reaksi replikasi DNA (Ayala, 1984) adalah:

(dNp)ndN OH + dNTP ---- (dNp)n+1dN OH + P-P

Pada sel eukariot terdapat ratusan bahkan ribuan ORI sepanjang molekul DNA
raksasa pada setiap kromosomnya. ORI terentang secara lateral sementara replikasi
DNA bergerak ke dua arah. Pada akhirnya gelembung replikasi (ORI) akan menyatu

6
(tengah) dan sintesis untai DNA anakpun selesai (bawah). Polymerisasi nukleotida
pada replikasi DNA (untuk seluruh makhluk hidup, berlangsung selalu dalam arah
5‘---3‘ artinya penambahan gugus nukleotida baru, berlangsung pada gugus –OH dari
karbon 3 gula deoksiribosa. Penambahan selalu pada ujung 5‘ ke ujung 3‘ gula
deoksiribosa dan tidak bisa sebaliknya sehingga arah selalu 5‘—3‘ Dengan arah 5‘—
3‘ maka terbentuklah untai DNA yang terus menerus (leading strand). Satu unting
pasangannya akan mengalami replikasi dengan arah yang sama 5‘—3‘, akibatnya
untai DNA yang dihasilkan terputus putus atau lagging strand (Gardner dkk., 1991).

5. Tahapan Replikasi

a. Pemisahan Untai DNA Pemisahan kedua untaian DNA induk yang akan direplikasi
dilakukan oleh DNA helikase. Proses ini ditandai oleh memisahnya kedua untai
DNA, yang masing-masing akan berperan sebagai cetakan bagi pembentukan untai
DNA baru. Enzim untuk membuka untaian dobel heliks adalah enzim yang disebut
helikase dengan dibantu enzim lain gyrase. DNA girase tergolong enim
topoisomerase, yakni enzim yang dapat mengubah topologi molekul DNA dengan
cara memutuskan ikatan hidrogen pada salah satu atau kedua untai DNA sementara
(transient). Untai DNA tunggal hasil pemisahan oleh helikase selanjutnya diselubungi
oleh protein pengikat untai tunggal atau single-strand binding protein (SSB) untuk
melindungi DNA untai tunggal dari kerusakan fisik dan mencegah renaturasi.

b. Inisiasi Replikasi DNA Replikasi DNA bermula dari satu titik awal. Sebelum
terjadinya polymerisasi yang bermula dari suatu tempat tertentu di dalam molekul
DNA yang dinamakan titik awal replikasi atau origin of replication (ORI). Pada sel
eukariot terdapat ratusan bahkan ribuan ORI sepanjang molekul DNA raksasa pada
setiap kromosomnya. ORI terentang secara lateral sementara replikasi DNA bergerak
ke dua arah. Pada akhirnya gelembung replikasi (ORI) akan menyatu (tengah) dan
sintesis untai DNA anakpun selesai (bawah). Perhatikan! Replikasi berlangsung
bukan setelah 2 untai DNA terpisah atau saling lepas. Replikasi berlangsung pada
banyak tempat membentuk gelembung replikasi.

c. Proses Pemanjangan (Polimerisasi) Molekul DNA Polymerisasi nukleotida pada

replikasi DNA (untuk seluruh makhluk hidup, selalu berlangsung dalam arah 5‘---3‘
atau artinya penambahan gugus nukleotida baru, berlangsung pada gugus –OH dari
karbon 3 gula deoksiribosa. Pada eukariota dilakukan oleh DNA polimerase α
(untaian DNA lambat/fragmen Okazaki) dan DNA polimerase δ (untaian DNA awal).
Bahan baku sintesis DNA ini adalah deoksiribonukleotida. RNA primer selanjutnya
akan didegradasi oleh aktivitas eksonuklease 5‘3‘ yang ada pada DNA polimerase I.
Bagian RNA yang terdegradasi selanjutnya digantikan dengan molekul DNA oleh

7
aktivitas polimerase 5‘3‘ yang dimiliki DNA polimerase I. Adanya 2 untai DNA
yang orientasinya berlawanan, maka terdapat 2 macam sintesis DNA. Pertama
sintesis kontinyu (sintesis DNA baru yang searah dengan pembukaan garpu replikasi)
atau disebut leading strand, dan sintesis diskontinu (sintesis DNA baru yang
berlawanan arah dengan arah pembukaan garpu replikasi) atau disebut lagging strand.

d. Ligasi Fragmen-fragmen DNA

Pada untaian DNA yang telah mengalami penggantian primer RNA dengan DNA,
masih terdapat celah, yakni celah antara 1 primer pada suatu fragmen pendek, dengan
fragmen pendek berikutnya. Celah-celah antara fragmen DNA yang terbentuk dari
proses penggantian RNA menjadi DNA, disambungkan oleh DNA ligase.

e. Terminasi Sintesis DNA

Terminasi pada eukariot, keadaannya berbeda karena molekul DNAnya linear.

Masalahnya muncul pada ujung kromosom (telomer). Jika primer yang terletak di
ujung kromosom didegradasi, maka tidak dapat dilakukan pengisian bagian kosong
bekas tempat penempelan primer (RNA) karena sintesis DNA tidak dapat
berlangsung dengan arah 3‘ 5‘. Molekul-molekul DNA kromosomal eukariot
memiliki urutan nukleotida khusus yang disebut telomer pada ujung-ujungnya.
Telomer tidak mengandung gen, sebaliknya DNA nya terdiri dari banyak
pengulangan (100-1000) urutan nukleotida pendek. Blackburn dkk, menunjukkan
replikasi telomer eukariot dilakukan dengan menggunakan aktivitas enzim
telomerase. Telomerase adalah enzim khusus yang mengkatalisis pemanjangan
telomer. RNA bertindak sebagai cetakan bagi telomerase untuk memperpanjang
ujung telomer pada ujung.

C. Replikasi DNA Untai Tunggal (Rolling Circle Replication) pada Aseluler

Virus DNA Untai Tunggal

Mekanisme replikasi yang telah dijelaskan sebelumnya adalah mekanisme

pada molekul DNA beruntai ganda. Pada kenyataannya di alam terdapat organisme
yang mempunyai DNA untai tunggal yaitu kelompok virus tertentu, misalnya ΦX174.
Virus ini adalah virus yang menginfeksi bakteri (Bakteriofage). Genom virus ini
berupa DNA untai tunggal berbentuk lingkaran yang tersusun atas 5.386 nukleotida.
Di dalamnya terdapat gen yang saling tumpang tindih, misalnya Gen A* terdapat
dalam gen A, dan Gen E terdapat dalam gen D.

Coli DNA nya akan diinfeksikan dalam sel inang. Molekul yang diinjeksikan
tersebut disimbulkan sebagai untai positif (+). Setelah sekitar 20-30 menit setelah

8
DNA virus diinjeksikan ke dalam sel inang protein A* yang di kode dalam genom
virus disintesis dalam sel E.coli. Protein A* tersebut akan menghambat sintesis DNA
di dalam sel inang. Untaian (+) ini akan menjadi cetakan dalam proses replikasi DNA
virus sehingga akan dihasilkan untaian komplemennya, yaitu untaian (-). Untaian
negative tersebut selanjutnya akan menjadi cetakan untuk menghasilkan untaian (+).

Langkah Replikasi secara Lengkap sesuai Yuwono (2005) adalah sebagai berikut

1) Pembentukan Molekul Induk RF (Duplex Replicative Form) Virus menginfeksi E.

Coli dalam bentuk untaian (+) diinjeksikan ke dalam sel inang. Sintesis komplemen
untai (-) diinisiasi dengan sintesis RNA primer pendek. Enzim primase kemudian
melekat sehingga terbentuk primosom. Primosom kemudian bergerak ke arah 5‘ →3‘
membentuk RNA primer. Inisiasi pembentukan primer berlangsung secara acak.
Dengan adanya primer maka DNA polymerase III yang ada pada sel inang akan
melakukan pemanjangan dengan membentuk fragmen okazaki. Sintesis komplemen
(-) ini berlangsung secara diskontinu. Eksisi primer RNA dan adanya gap yang
terbentuk dikatalisis oleh DNA polimerase I yang sekaligus menghilangkan primer.
DNA ligase kemudian mengkatalisis pembentukan jembatan kovalen antara ujung 3‘-
OH dan 5‘- gugus PO4. Untai (+) dan (-) selanjutnya akan dililitkan satu sama lain
oleh DNA girase sehingga terbentuk molekul RF dupleks.

2) Pembentukan Turunan RF (Mekanisme Replikasi Lingkaran Berputar/ Rolling

Circle Replication) Untai (+) induk RF dipotong pada tempat tertentu oleh aktivitas
endonuklease spesifik pada DNA ΦX174, berupa gene A protein (gpA). gpA
memotong induk RF hanya pada satu tempat tertentu (tidak dapat memotong bagian-
bagian DNA lainnya). Aktivitas ini menghasilkan ujung 3‘-OH dan 5‘-PO4 pada
untai (+) sedangkan untai negatif masih dalam bentuk lingkaran. Selama proses
pemotongan tersebut, gpA melekat secara kovalen pada 5‘-gugus PO4 di untai (+).
Protein ini masih berikatan dengan ujung 5‘ hingga untai (+) progeni selesai
disintesis. Lingkaran untai (+) mengelilingi untai (-). Rotasi untai (+) terhadap untai
(-) inilah yang disebut sebagai rolling circle.

3) Sintesis Untaian (+) (Untai Tunggal DNA) Kromosom Progeny: RF Progeny

Menjadi Untai Progeny

Protein selubung virus, yang dihasilkan dengan menggunakan system sintesis

protein sel inang, dilekatkan pada molekul DNA yang terlepas tersebut sehingga
untaian DNA (+) yang terlepas tersebut tiak dapat digunakan lagi sebagai cetakan
untuk sintesis untaian DNA (1). Akhirnya protein gpA memotong untaian DNA yang
terlepas tersebut pada titik awal replikasi. Kemudian dilakukan penutupan lingkaran
DNA dengan membuat ikatan fosfodiester. Pada tahapan akhir ini ditambahkan lebih

9
banyak lagi protein selubung pada untaian DNA (+) sehingga terbentuk partikel virus
baru.

D. Replikasi RNA (RNA Membentuk RNA) pada Aseluler Virus RNA

Beberapa virus hanya mempunyai materi genetik berupa genom RNA,

misalnya virus yang menyerang tembakau (TMV). Genomnya berupa untai tunggal
yang terdiri atas 6.390 nukleotida dalam struktur 4 gen. Replikasi RNA nya
memerlukan suatu cetakan dan enzim RNA polymerase yang biasa disebut enzim
replikase. Replikasi RNA virus selalu berorientasi dari 5‘ ke 3‘ sama seperti pada
DNA dan dimulai pada ujung 3-OH molekul cetakan. Perbedaannya adalah pada
system replikasi RNA tidak ada mekanisme perbaikan sehingga mempunyai laju
mutasi yang tinggi .

E. Replikasi pada Retrovirus (Transkripsi Balik)

Proses transkripsi balik ini diteliti oleh Howard Temin tahun 1962 dan David
Baltimore tahun 1970. Virus RNA yang dapat melakukan transkripsi balik ini disebut
juga sebagai retrovirus. Virus ini dapat mentransformasi sel-sel normal pada manusia
menjadi sel-sel ganas (sel kanker). Transkriptase kebalikan virus mengandung Zn2+
seperti pada polymerase DNA dan RNA. Enzim ini dapat membuat DNA yang
komplementer dengan RNA virus tersebut. Mekanisme kerja dari proses transkripsi
balik dapat dijelaskan pada langkah-langkah di bawah ini:

1. Suatu virus RNA menempel pada sel inang.

2. Enzim transcriptase balik virus mengkatalisis sintesis molekul DNA dengan

menggunakan RNA sebagai cetakan. Molekul DNA yang terbentuk adalah DNA
untai tunggal disebut komplementer DNA (cDNA). Rinciannya sebagai berikut.
Rincian prosesnya sebagai berikut.

a. tRNA spesifik RNA retrovirus berperan sebagai primer dan berikatan

dengan bagian yang komplemen pada genom retrovirus yang dinamakan
primer binding site (PBS).

b. Terjadi pengkopian daerah U5 (daerah non-coding) dan daerah R (sekuens

berulang yang terdapat pada kedua ujung RNA) RNA retrovirus membentuk
DNA untai tunggal.

c. Enzim reverse transcriptase yang disebut dengan RNAse H mendegradasi

ujung 5‘ RNA dengan cara menghidrolisis ikatan fosfodiester RNA sehingga
menghilangkan daerah U5 dan R.

10
 d. Primer kemudian melompat menuju ujung 3‘ genom retrovirus dan DNA
yang telah disintesis berikatan dengan daerah R yang komplemen pada RNA.

e. DNA tunggal diubah membentuk untaian rangkap linear oleh enzim yang
sama.

f. Terjadi pengkopian sepanjang untai RNA menuju ujung 5‘ menghasilkan

DNA untai tunggal. RNAse

H. mendegradasi hampir sebagian besar genom RNA dengan hanya

menyisakan satu daerah yang disebut polipurin.

g. Pengkopian berlanjut dari polipurin menuju ujung 5‘ untai DNA tunggal

dengan menggunakan DNA untai tunggal tersebut sebagai template. RNAse H
kemudian mendegradasi seluruh RNA retrovirus yang tersisa.

h. Terjadi lompatan kedua, PBS yang terbentuk pada untai kedua berikatan
dengan PBS pada untai pertama.

i. Terjadi pemanjangan untai DNA membentuk DNA untai ganda.

3. Setelah dibentuk DNA untai ganda selanjutnya DNA menyisip pada genom sel
inang eukariotik oleh aktifitas enzim integrase. Dalam keadaan ini virus tersebut
disebut sebagai provirus (genom virus HIV adalah RNA bukan DNA).Setelah genom
DNA untai ganda diinsersikan selanjutnya dilakukan sintesis RNA virus dengan
menggunakan cetakan DNA provirus oleh aktifitas RNA polymerase yang dimiliki
sel inang. RNA virus yang disintesis berfungsi sebagai sumber informasi untuk
sintesis protein structural virus dan enzim sekaligus sebagai genom virus.

4. Genom virus selanjutnya dibungkus oleh protein selubung berupa lapisan protein
utama dan protein cangkang. Partikel virus selanjutnya menembus membrane plasma
sel inang sehingga memperoleh selubung lemak.

F. Hasil Penelitian Miskonsepsi yang Terjadi pada Konsep Reproduksi Materi

Genetika

Nusantari (2012) mengemukakan temuan miskonsepsi yang terjadi pada konsep

reproduksi materi genetik. Berikut dikemukakan kesalahankesalahan yang terjadi.
Namun Jawaban tidak dijelaskan lagi. Para mahasiswa dapat menemukan jawabannya
pada uraian di atas secara jelas yang disusun oleh penulis berdasarkan kesalahan
konsep yang ditemukan. Berikut lima miskonsepsi yang ditemukan adalah:

1. Waktu replikasi sesaat sebelum pembelahan meiosis yakni awal profase

11
2. Replikasi adalah proses penggandaan DNA menjadi DNA

3. Replikasi adalah penggandaan DNA unting ganda

4. Replikasi berlangsung secara konservatif, dispersive dan semikonservatif

5. Replikasi berlangsung 2 arah yakni dalam arah 5‘—3‘ dan 3‘—5‘.

Kesimpulan

Definisi replikasi adalah penggandaan unting ganda pada DNA eukariot,

penggandaan unting tunggal DNA pada virus, atau penggandaan materi genetik
berupa RNA pada retrovirus.

Waktu reproduksi materi genetik pada kelompok eukariotik yang berbiak secara
seksual adalah replikasi DNA terjadi pada fase S dalam siklus sel baik mitosis
maupun meiosis. Reproduksi materi genetik pada kelompok prokariotik dilakukan
sebelum pembelahan sel. Reproduksi materi genetik pada kelompok aseluler virus
dan retrovirus terjadi setiap kali menginfeksi sel inangnya.

Replikasi tiap bahan genetik memiliki keunikan proses sesuai jenis materi genetik.
Pada kelompok makhluk hidup eukariotik dan prokariotik materi genetik berupa
DNA. Sedangkan materi genetik pada kelompok aseluler virus berupa DNA atau
RNA, kelompok aseluler retrovirus berupa RNA. Sehubungan dengan perbedaan
materi genetik yang dimiliki maka mekanisme reproduksi yang terjadi juga berbeda.

Replikasi dapat berlangsung beberapa cara. Replikasi pada virus yang memiliki
materi genetik DNA unting ganda mengalami proses replikasi semikonservatif,
Replikasi pada DNA unting tunggal disebut sebagai proses yang disebut Rolling
Circle Replication. Makhluk hidup yang memiliki RNA (misalnya beberapa virus
RNA maka replikasi RNA langsung menjadi RNA atau pada retrovirus maka RNA
replikasi RNA dilakukan melalui reverse transcription.

2.3. Ringkasan Buku III

2.1. Asam Nukleat

Asam nukleat merupakan salah satu makromolekul yang memegang peranan

sangat penting dalam kehidupan organisme karena di dalamnya tersimpan informasi
genetik. Asam nukleat sering dinamakan juga polinukleotida karena tersusun dari
sejumlah molekul nukleotida sebagai monomernya. Tiap nukleotida mempunyai

12
struktur yang terdiri atas gugus fosfat, gula pentosa, dan basa nitrogen atau basa
nukleotida (basa N).

Ada dua macam asam nukleat, yaitu asam deoksiribonukleat atau

deoxyribonucleic acid (DNA) dan asam ribonukleat atau ribonucleic acid (RNA).
Asam-asam nukleat seperti asam dioksiribosa nukleat (DNA) dan asam ribonukleat
(RNA) memberikan dasar kimia bagi semua sel. DNA dan RNA mempunyai
sejumlah sifat kimia dan fisika yang sama sebab antara unit-unit mononukleotida
terdapat ikatan yang sama yaitu melalui jembatan fosfodiester antara posisi 3′ suatu
mononukleotida dan posisi 5′ pada mononukleotida lainnya.

2.2. DNA (Asam Deoksiribonukleat)

Asam deoksiribonukleat, lebih dikenal dengan DNA (bahasa Inggris:

deoxyribonucleic acid), adalah sejenis asam nukleat yang tergolong biomolekul
utama penyusun berat kering setiap organisme. Di dalam sel, DNA umumnya terletak
di dalam inti sel. Secara garis besar, peran DNA di dalam sebuah sel adalah sebagai
materi genetik; artinya, DNA menyimpan cetak biru bagi segala aktivitas sel. Ini
berlaku umum bagi setiap organisme.

2.3. Struktur DNA

DNA merupakan polimer yang terdiri dari tiga komponen utama, yaitu gugus
fosfat, gula deoksiribosa, dan basa nitrogen. Sebuah unit monomer DNA yang terdiri
dari ketiga komponen tersebut dinamakan nukleotida, sehingga DNA tergolong
sebagai polinukleotida. Monomer DNA Rantai DNA memiliki lebar 22–24 Å,
sementara panjang satu unit nukleotida 3,3 Å. Walaupun unit monomer ini sangatlah
kecil, DNA dapat memiliki jutaan nukleotida yang terangkai seperti rantai. Misalnya,
kromosom terbesar pada manusia terdiri atas 220 juta nukleotida.

DNA terdiri atas dua untai yang berpilin membentuk struktur heliks ganda.
Pada struktur heliks ganda, orientasi rantai nukleotida pada satu untai berlawanan
dengan orientasi nukleotida untai lainnya. Struktur untai komplementer DNA
menunjukkan pasangan basa (adenin dengan timin dan guanin dengan sitosin) yang
membentuk DNA beruntai ganda. Rangka utama untai DNA terdiri dari gugus fosfat
dan gula yang berselang-seling. Gula pada DNA adalah gula pentosa (berkarbon
lima), yaitu 2-deoksiribosa. Dua gugus gula terhubung dengan fosfat melalui ikatan
fosfodiester antara atom karbon ketiga pada cincin satu gula dan atom karbon kelima
pada gula lainnya. Salah satu perbedaan utama DNA dan RNA adalah gula
penyusunnya; gula RNA adalah ribosa.

13
 Struktur utama, dan basa nitrogen, yang berinteraksi dengan untai DNA
satunya pada heliks. Kedua untai pada heliks ganda DNA disatukan oleh ikatan
hidrogen antara basa-basa yang terdapat pada kedua untai tersebut. Empat basa yang
ditemukan pada DNA adalah adenin (dilambangkan A), sitosin (C, dari cytosine),
guanin (G), dan timin (T). Adenin berikatan hidrogen dengan timin, sedangkan
guanin berikatan dengan sitosin. Pada replikasi DNA, rantai DNA baru dibentuk
berdasarkan urutan nukleotida pada DNA yang digandakan.

2.4. Replikasi DNA

DNA merampungkan sebuah rentetan operasi yang menarik, yang setiap

tahapnya merupakan keajaiban yang berbeda. Akhirnya, segera sebelum sel
membelah, DNA membuat kopi dirinya dan memindahkannya ke sel yang baru
proses ini disebut replikasi diri pada DNA. Mulanya DNA membelah menjadi dua
untuk mereplikasi dirinya sendiri. Peristiwa ini terjadi dengan cara yang sangat
menarik. Molekul DNA yang menyerupai tangga spiral membagi menjadi dua seperti
ritsleting dari tengah anak tangga. Seterusnya, DNA membelah menjadi dua bagian.
Belahan yang hilang (replica) dari masing- masing bagian disempurnakan dengan
bahan-bahan yang terdapat di sekitarnya.

Molekul DNA baru yang muncul selama replikasi diperiksa berulang kali oleh
enzim pemeriksa. Dalam molekul DNA yang baru diproduksi, lebih banyak
kesalahan yang dapat dilakukan lebih dari normal sebagai akibat faktor luar. Dalam
hal ini, ribosom di dalam sel mulai memproduksi enzim-enzim pereparasi DNA
sesuai perintah yang diberikan oleh DNA. Dengan demikian, saat DNA melindungi
dirinya sendiri, ia juga menjamin kelangsungan generasi. Jika terjadi kesalahan yang
dapat menjadi sangat vital, DNA akan segera diidentifikasi dan diperbaiki. Kode yang
keliru dibuang dan digantikan dengan yang benar. Semua proses ini berlangsung
dalam kecepatan yang sangat memesonakan sehingga saat 3000 pasangan basa
diproduksi dalam satu menit, secara bersamaan semua pasangan diperiksa berulang
kali oleh enzim-enzim yang bertanggung jawab dan perbaikan yang dibutuhkan
dilakukan.

Replikasi merupakan proses pelipatgandaan DNA. Proses replikasi ini

diperlukan ketika sel akan membelah diri. Pada setiap sel, kecuali sel gamet,
pembelahan diri harus disertai dengan replikasi DNA supaya semua sel turunan
memiliki informasi genetik yang sama. Pada dasarnya, proses replikasi
memanfaatkan fakta bahwa DNA terdiri dari dua rantai dan rantai yang satu
merupakan "konjugat" dari rantai pasangannya.

14
 Bahan genetik yang ada pada setiap jasad akan mengalami prosesperbanyakan
sebagai salah satu tahapan sangat penting dalam proses pertumbuhan sel atau
perbanyakan partikel virus. Setiap organisme harus menduplikasikan DNA nya secara
tepat sebelum setiap sel melakukan pembelahan.

2.4.1. Model Replikasi DNA

Pada mulanya, secara teoritis, diusulkan bahwa replikasi DNA berlangsung

melalui tiga cara, yaitu: (1) model Konservatif, dimana heliks ganda induk tetap
dalam keadaan utuh, dan sebuah salinan kedua yang sama sekali baru telah dibuat; (2)
model Semikonservatif, dimana kedua rantai molekul induk berpisah, dan setiap
rantai berfungsi sebagai cetakan untuk mensintesis rantai komplementer yang baru,
dan (3) Model Dispersif, yaitu setiap rantai dari kedua molekul anak terdiri dari
campuran antara bagian rantai lama dan bagian rantai yang baru disintesis.

Secara sederhana, replikasi model semikonservatif dapat dijelaskan sebagai berikut:

 Sebelum melakukan replikasi, molekul induk mempunyai dua rantai DNA

komplementer. Setiap basa dipasangkan oleh ikatan hidrogen dengan
pasangan spesifiknya. A dengan T dan G dengan C.
 Langkah pertama dalam replikasi adalah pemisahan kedua rantai DNA.
 Setiap rantai yang lama berfungsi sebagai cetakan (template) yang
menentukan urutan nukleotida di sepanjang rantai komplementer yang baru
yang bersesuaian. Nukleotida terpasang pada daerah yang spesifik di
sepanjang permukaan cetakan berdasarkan aturan pemasangan basa.
 Nukleotida baru tersebut disambung satu sama lain untuk membentuk tulang
punggung gula-fosfat dari rantai baru.Setiap molekul DNA sekarang terdiri
dari satu rantai lama dan satu rantai baru. Dengan demikian terbentuklah dua
molekul DNA yang persis sama dengan molekul DNA sebelum replikasi.

Proses replikasi diawali dengan pembukaanuntaian ganda DNA pada titik-titik

tertentu di sepanjang rantai DNA. Proses pembukaan rantai DNA ini dibantu oleh
beberapa jenis protein yang dapat mengenali titik-titik tersebut, dan juga protein yang
mampu membuka pilinan rantai DNA. Setelah cukup ruang terbentuk akibat
pembukaan untaian ganda ini, DNA polimerase masuk dan mengikat diri pada kedua
rantai DNA yang sudah terbuka secara lokal tersebut. Proses pembukaan rantai ganda
tersebut berlangsung disertai dengan pergeseran DNA polimerase mengikuti arah
membukanya rantai ganda. Monomer DNA ditambahkan di kedua sisi rantai yang
membuka setiap kali DNA polimerase bergeser. Replikasi DNA dikatalisis oleh
enzim DNA polimerase. Subtrat untuk enzim ini adalah deosiribonukleosida trifosfat

15
yang dipolimerisasi pada satu benang DNA cetakan secara bertahap. Hal ini berlanjut
sampai seluruh rantai telah benar-benar terpisah.

2.4.2. Replikasi DNA pada organisme eukariotik

Pada eukariota, replikasi DNA dimulai pada tempat- tempat spesifik dimana
kedua untai DNA induk berpisah membentuk gelembung replikasi. Daerah tersebut
dinamakan pangkal replikasi. Pada eukariota, terdapat ratusan atau ribuan daerah
pangkal replikasi di sepanjang molekul DNA. Gelembung replikasi terentang secara
lateral, sementara replikasi DNA bergerak kedua arah. Pada akhirnya, gelembung
replikasi akan menyatu di tengah, dan sintesis rantai DNA anak pun selesai.

2.4.3. Mekanisme Replikasi DNA

Pada tahun 1960, mekanisme sederhana dari replikasi DNA dianggap bahwa
kedua rantai baru tumbuh secara kontinyu, dimana nukleotida pernukleotida
ditambahkan pada garpu replikasi DNA dan bergerak dari ujung molekul DNA ke
ujung yang lain. Pada garpu replikasi terdapat dua rantai yang dikenal dengan rantai
cepat (leading strand) dan rantai lambat (lagging strand) dengan struktur yang
asimetris. Pada rantai cepat, DNA polimerase hanya mampu memanjangkan rantai
baru DNA dengan arah 5’ – 3’ ketika replikasi sedang berjalan. Pada rantai lambat,
rantai tumbuh secara menyeluruh dalam 3’ – 5’ dengan penambahan segmen- segmen
pendek yang dikenal dengan fragmen okazaki. Fragmen okazaki secara individu
tumbuh dengan arah 5’ – 3’.

2.5.1. Peran helikase dalam replikasi DNA

Selain 3 jenis enzim yang telah dikemukakan di atas (DNA polimerase, DNA
primase, dan DNA ligase), dalam proses replikasi DNA masih dibutuhkan protein-
protein khusus yang membantu membuka dobel heliks DNA pada garpu replikasi,
dan protein yang mempertahankan agar rantai DNA yang telah terbuka tidak menjadi
kusut. Protein yang dimaksud, yaitu:

 DNA helikase, yaitu sejenis enzim yang berfungsi membuka heliks ganda
pada garpu replikasi dan memisahkan kedua rantai lama.
 Protein pengikat untai tunggal (helix destabilizing protein) berfungsi untuk
mencegah agar rantai tunggal yang telah terbentuk tidak kusut dan menjaga
agar rantai-rantai DNA tetap terpisah selama mereka berfungsi sebagai
cetakan untuk sintesis rantai-rantai komplemen yang baru.

Pada eukariota, molekul- molekul DNA kromosomal memiliki urutan nukleotida

khusus yang disebut telomer pada ujung-ujungnya. Telomer tidak mengandung gen;

16
sebaliknya DNA nya banyak mengandung pengulangan dari satu nukleotida pendek.
Pada manusia adalah TTAGGG. Jumlah pengulangan pada telomer bervariasi antara
100 – 1000. DNA Telomerik berfungsi, yaitu:

 Melindungi gen organisme dari erosi melalui replikasi DNA berulang yang
berurutan.
 Mencegah ujung-ujung tersebut mengaktifkan sistem sel untuk memonitor
kerusakan DNA (suatu molekul DNA yang “terlihat” pecah dapat memicu
transduksi sinyal yang mengakibatkan tertahannya siklus sel atau kematian
sel.

replikasi DNA heliks ganda harus membuka untuk menyiapkan cetakan DNA
rantai baru (peran helikase dan helix destabilizing protein), dan menghasilkan dua
rantai cetakan yaitu rantai cepat (leading strand) dan rantai lambat (lagging strand).
Sintesis pada rantai lambat melibatkan pemprimeran untuk fagmen okazaki oleh
primase, pemanjangan fragmen oleh DNA polimerase, penggantian primer RNA
menjadi DNA oleh DNA polimerase, danpenggabungan fragmen oleh DNA ligase.
Masalah yang muncul pada ujung-ujung molekul DNA pada eukariot diselesaikan
oleh telomerase bersama primase, DNA polimerase dan ligase.

2.5.2. Reparasi DNA

Ketepatan urutan DNA dalam suatu spesies senantiasa dipertahankan. Hal

tersebut dimaksudkan agar informasi genetik dalam urutan DNA tidak mengalami
perubahan. Kecepatan perubahan urutan DNA (kecepatan mutasi) hanya dapat
diestimasi secara tidak langsung. Salah satu cara adalah dengan membandingkan
urutan asam amino dari protein yang sama dalam beberapa spesies yang berbeda.
Salah satu protein yang telah dipelajari dan cukup bebas dari keadaan yang
merugikan adalah fibrinopeptida. Analisis fibrinopeptida menunjukkan bahwa ukuran
rata- rata protein dengan panjang 400 asam amino mengalami perubahan secara acak
dari asam aminonya kurang lebih 1 x setiap 200.000 tahun. Frekuensi kesalahan
dalam replikasi DNA dapat diestimasi secara langsung melalui pengamatan
perubahan spontan yang terjadi di dalam genom dari sel-sel yang sedang tumbuh.

Kerusakan atau perubahan DNA dapat disebabkan antara lain:

 Kerusakan akibat salah pasang selama replikasi DNA berlangsung.

 Molekul-molekul dalam gen berubah karena fluktuasi termal.
 Perubahan basa-basa DNA akibat adanya metabolik reaktif yang mengubah
pasangan basa.

17
  Sinar-sinar UV dari matahari akan meningkatkan ikatan kovalen dari dua basa
timin yang berdekatan pada DNA yang membentuk dimmer timin.

Pada peristiwa depurinasi, adanya basa yang hilang akan dikenali oleh sebuah
nuclease yang memotong ikatan fosfodiester DNA rantai utama pada bagian rantai
yang mengalami perubahan. Nukleotida disekitarnya juga dilepaskan dengan cara
pemotongan yang lebih besar di sekitar tempat awal torehan. Selanjutnya enzim-
enzim DNA polimerase dan DNA ligase memulihkan rantai DNA ke kondisi semula.
Mekanisme reparasi deaminasi sitosin menjadi urasil dapat dijelaskan sebagai
berikut:

 Enzim urasil DNA glikosilasi akan menghilangkan basa yang rusak atau basa
yang mengalami perubahan.
 Tidak adanya pasangan basa G menyebabkan enzim- enzim nuclease bekerja
untuk memotong ikatan fosfodiester pada bagian DNA yang rusak, dan
menghilangkan basa-basa di sekitar bagian yang rusak.
 DNA polimerase mengkopi informasi yang hilang dan selanjutnya
disempurnakan oleh enzim ligase.

2.4. Ringkasan Buku IV

Replikasi DNA
1. Replikasi DNA semi-konservatif
Replikasi DNA bersifat semi-koservatif, artinya satu molekul DNA untai
ganda bereplikasi untuk menghasilkan dua molekul DNA baru yang identik. Masing-
masing molekul DNA baru itu terdiri dari satu rantai DNA lama dan satu rantai DNA
baru. Pada replikasi DNA, mula-mula kedua untai DNA terpisah, kemudian masing-
masing untai berfungsi sebagai templat untuk sintesis untai DNA yang baru, sehingga
proses replikasi menghasilkan dua molekul DNA baru, masing-masing memiliki satu
rantai lama dan satu rantai baru. Di dalam rantai DNA, titik awal dimulainya replikasi
DNA disebut sebagai ori (‘origin of replication”). Pada bakteri Escherichia coli,
replikasi dimulai dari oriC, suatu urutan DNA spesifik yang terikat pada membran sel
bakteri. Replikasi DNA berlangsung ke dua arah. Helikase merupakan enzim yang
memisahkan kedua untai DNA pada proses replikasi DNA in vitro. Dalam molekul
DNA rantai panjang, replikasi terjadi pada potongan-potongan rantai pendek dan

18
kedua rantai DNA induk terpisah hanya pada titik awal replikasi membentuk molekul
seperti huruf Y yang biasa disebut ’fork’ replikasi.

2. Reaksi polimerisasi DNA

Untuk reaksi polimerisasi DNA diperlukan DNA templat, substrat yang terdiri
dari ke empat macam deoksiribonukleosida trifosfat (dNTP) yaitu: dATP, dGTP,
dCTP dan dTTP), enzim DNA polimerase dan primer, suatu oligonukleotida yang
sudah berpasangan dengan templat. Basa dari dNTP berpasangan (membentuk ikatan
hidrogen) dengan basa komplemen yang sesuai pada templat. Reaksi yang terjadi
adalah serangan nukleofilik oleh gugus 3’-OH dari nukleotida pada ujung 3’ rantai
yang sedang tumbuh terhadap 5’-α-fosfat dari dNTP yang datang, membentuk ikatan
fosfodiester. Pada reaksi ini satu molekul pirofosfat dilepaskan. Disamping DNA
polimerase yang mensintesis DNA, dalam sel juga terdapat enzim nuklease atau
DNase yang bekerja mendegradasi DNA. Nuklease dibagi menjadi dua kelas :
eksonuklease dan endonuklease. Eksonuklease mendegradasi asam nukleat dari
ujung-ujung molekul. Pada umumnya bekerja dengan arah 5’→3’ atau 3’→5’,
membuang nukleotida dari ujung 5’ atau 3’. Endonuklease dapat mendegradasi DNA
dari sisi tertentu di dalam rantai DNA sehingga menghasilkan fragmen yang lebih
kecil. Terdapat beberapa kelas endonuklease penting yang memotong polinukleotida
pada posisi tertentu, yang disebut endonuklease restriksi. Enzim ini sangat penting
pada teknologi DNA rekombinan. E. coli mempunyai tiga jenis enzim DNA
polimerase. DNA polimerase III merupakan enzim yang mengkatalisis replikasi DNA
E. coli. DNA polimerase II merupakan enzim yang terlibat dalam DNA repair
(perbaikan). Sementara DNA polimerase I berfungsi menghilangkan primer RNA dan
juga mempunyai aktifitas proofreading (pembacaan kembali).

2.5. Ringkasan Buku V

Replikasi DNA
Pada replikasi DNA, rantai DNA baru dibentuk berdasarkan urutan nukleotida pada
DNA yang digandakan. Replikasi merupakan proses pelipatgandaan DNA. Proses

19
replikasi ini diperlukan ketika sel akan membelah diri. Pada setiap sel, kecuali sel
gamet, pembelahan diri harus disertai dengan replikasi DNA supaya semua sel
turunan memiliki informasi genetik yang sama. Pada dasarnya, proses replikasi
memanfaatkan fakta bahwa DNA terdiri dari dua rantai dan rantai yang satu
merupakan “konjugat” dari rantai pasangannya. Dengan kata lain, dengan mengetahui
susunan satu rantai, maka susunan rantai pasangan dapat dengan mudah dibentuk.
Ada beberapa teori yang mencoba menjelaskan bagaimana proses replikasi DNA ini
terjadi. Tiga model replikasi yaitu konservatif, semikonservatif, dan dispersif (gambar
5.8).

Model konservatif yaitu heliks ganda induk tetap dalam keadaan utuh dan
sebuah salinan kedua yang sama sekali baru telah dibuat. Model semikonservatif
yaitu kedua untai molekul induk berpisah, dan setiap untai berfungsi sebagai cetakan
untuk mensintesis untai komplementer yang baru. Model dispersif yaitu setiap untai
dari kedua molekul anak terdiri dari campuran antara bagian untai lama dan yang
baru disintesis. Proses replikasi memerlukan protein atau enzim pembantu antara lain
enzim DNA polimerase, DNA ligase, DNA gyrase, dan Helicase. Salah satu yang
terpenting dikenal dengan nama DNA polimerase, yang merupakan enzim pembantu

20
pembentukan rantai DNA baru yang merupakan suatu polimer. Proses replikasi
diawali dengan pembukaan untaian ganda DNA pada titik-titik tertentu di sepanjang
rantai DNA. Proses pembukaan rantai DNA ini dibantu oleh beberapa jenis protein
yang dapat mengenali titik-titik tersebut, dan juga protein yang mampu membuka
pilinan rantai DNA. Setelah cukup ruang terbentuk akibat pembukaan untaian ganda
ini, DNA polimerase masuk dan mengikat diri pada kedua rantai DNA yang sudah
terbuka secara lokal. Proses pembukaan rantai ganda tersebut berlangsung disertai
dengan pergeseran DNA polimerase mengikuti arah membukanya rantai ganda.
Monomer DNA ditambahkan di kedua sisi rantai yang membuka setiap kali DNA
polimerase bergeser. Hal ini berlanjut sampai seluruh rantai telah benar-benar
terpisah Proses replikasi DNA ini merupakan proses yang rumit namun teliti. Proses
sintesis rantai DNA baru memiliki suatu mekanisme yang mencegah terjadinya
kesalahan pemasukan monomer yang dapat berakibat fatal. Karena mekanisme inilah
kemungkinan terjadinya kesalahan sintesis amatlah kecil. Pada DNA kemungkinan
akan terjadi mutasi tetapi persentasenya sangat kecil sekali. Contoh mutasi pada sel
tubuh yaitu sindrom down, sindrom kinefelter, mutasi pada sel kelamin yaitu buta
warna, thalasemia.

BAB III

KELEBIHAN DAN KEKURANGAN BUKU

3.1. Kelebihan Buku

3.1.1. Aspek Bahasa

Bahasa yang digunakan mudah dimengerti dan tidak bertele-tele. Kalimat yang
digunakan singkat dan padat, langsung kepada inti dari pembicaraan.

21
3.1.2. Aspek Penulisan
Penulisan pada materi bab II ini sudah sesuai dengan kaidah penulisan Kamus
Besar Bahasa Indonesia dan penggunaan tanda bacanya sudah tepat.

3.1.3. Aspek Penyajian

Materi pada buku ini disajikan dengan ringkas sehingga memudahkan pembaca
mengingat materi dan fokus pada hal-hal yang penting untuk diketahui.

3.2. Kekurangan Buku

3.1.1. Aspek dari cakupan materi
Cakupan materi pada buku ini sangat minim atau tidak lengkap. Materi yang
disajikan tidak secara spesifik dibahas sehingga wawasan yang didapat dari materi
replikasi DNA dan RNA pada buku ini juga tidak banyak.

3.1.2. Aspek Penyajian

Buku ini tidak memuat sumber/referensi yang dipakai dalam menyusun materi
replikasi DNA dan RNA pada buku ini. Selain itu hanya terdapat satu gambar yang
mendukung penjelasan dari replikasi DNA itu sendiri. Padahal, materi replikasi DNA
dan RNA yang terbilang sangat abstrak haruslah didukung oleh gambar-gambar yang
mendukung terbentuknya pemahaman dari materi yang dipaparkan.
Pada penjelasan materi proses terjadinya replikasi DNA, disajikan dalam bentuk
narasi satu paragraf sehingga tidak memudahkan pembaca untuk melihat secara
langsung dan membosankan untuk dibaca. Sebaiknya dibuat dalam bentuk skema
prosedural ataupun berupa poin-poin sehingga akan memudahkan pembaca
mencermati tahapan replikasi DNA dan RNA itu sendiri.

BAB IV

PENUTUP

4.1 Kesimpulan
Berdasarkan hasil pemaparan di atas dapat disimpulkan bahwa:

22
 1. Aspek dari konten buku, buku ini memuat tujuan dari penulisan materi di bab
ini sehingga pembaca mengetahui inti dari pembahasan yang mau dicapai dari
bab ini. Aspek bahasa bahasa yang digunakan mudah dimengerti dan tidak
bertele-tele.
2. Dari keseluruhan kelemahan dan kelibihan dari buku ini bisa dijadikan
sebagai sumber referensi yang dapat di di jadi pegangan pembelajaran dilihat
dar beberap aspek kelemahan dan aspek kelebihan.

4.2 Saran
Penulis menrakan agar buku ini dijadikan sebagai pegangan ilmu dilihat dari
segi aspek kelebihannya. Tetapi penulisjuga menyarankan agar mencari sumber
referensi lain ditinjau dari segi aspek kekurangannya.

DAFTAR PUSTAKA

Sinaga, Ernawati. 2010. Biologi Molekuler. Jakarta: Deepublish CV Budi Utama

Corebima. A.D. 2015. Genetika Belajar Genetika dengan Mudah & Komprehensif.
Yogyakarta. Deepublish CV Budi Utama

Rahmadina. 2019. Genetika Dasar. Medan. Dalam bentuk Modul Ajar

Gaffar, Shabarni. 2007. Bioteknologi Molekul. Bandung. Buku ajar

23
Kurniati, Tuti. 2020. Biologi Sel. Bandung. CV Cendekia Press

24
 Critical Jurnal Review

Disusun Oleh :

Nama Kelompok : Kelompok 2

Anggota Kelompok : Angel Sitohang

Frans Manalu

Hutri Emeninta

Monica Sitanggang

Nurai Tarigan

Seranova Ginting

Mata Kuliah : Biologi Molekuler

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM

UNIVERSITAS NEGERI MEDAN

UNIMED

2021

25
 KATA PENGANTAR

Puji syukur kami panjatkan kehadirat Tuhan YME karena penulis dapat

menyelesaikan tugas Critical Jurnal Review (CJR) ini tepat pada
waktunya. Critical Jurnal Review (CJR) ini membandingkan jurnal 1 dengan
jurnal pembanding lainnya. Adapun tugas ini dibuat untuk memenuhi tugas Critical
Jurnal Review (CJR) mata kuliah “Biologi Molekuler“. Penulis berharap Critical
Jurnal Review (CJR) ini menjadi salah satu referensi bagi pembaca bila mana hendak
membandingkan isi jurnal utama dengan jurnal pembanding lainnya.

Kritik dan saran yang membangun dari pembaca sangat penulis

harapkans u p a y a C J R u n t u k k e d e p a n n y a m e n j a d i l e b i h b a i k l a g i .
A k h i r k a t a , p e n u l i s mengucapkan terima kasih kepada Dosen Pengampu
yang telah memberikan tugas CJR Biologi Molekuler, agar penulis lebih
memahami mengenai tentang Keragaman dan Kesetaraan dari beberapa jurnal.
Dan penulis mengucapkan terima kasih kepada pembaca atas perhatiannya.

Medan, 18 April 2021

Penulis

26
 BAB II

IDENTITAS JURNAL

2.1. Jurnal 1

Judul Jurnal Analisis Bioinformatika Mutasi S228i Protein Pcna Dan

Pengaruhnya Pada Struktur 3 Dimensi Protein
Jenis Jurnal IJOBB
Volume 1
Nomor 1
Halaman 20-27
Tahun 2017
Penulis Syarifah Dewi

Kota Terbit Jakarta

ISSN -

2.2. Jurnal 2

Judul Jurnal Analisis Kinerja Model Pengontrol Ekson DNA

Menggunakan Metode Model Hidden Markov
Jenis Jurnal Setrum
Volume 3
Nomor 2
Halaman 1-4
Tahun 2014
Penulis  Suhartati Agoes
 Binti Solihah
 Alfred Pakpahan

Kota Terbit Jakarta

ISSN 2301-4652

2.3. Jurnal 3

Judul Jurnal Analisis Promoter Gen Β Globin Dengan Menggunakan

Software Promoter Prediction Server : Kajian Pada Gen

27
 Β Thalassemia
Jenis Jurnal -
Volume -
Nomor -
Halaman -
Tahun -
Penulis  Mala Kurniati
 Dwi Marlina
 T. Marwan Nusri
 Maikel Emos Malau

Kota Terbit -

ISSN -

2.4. Jurnal 4

Judul Jurnal Mutasi Structural Intron Trnl (Uaa) Pada Suku Meranti-
Merantian (Dipterocarpaceae) [Structural Mutation Of
Trnl Intron (Uaa) In Dipterocarpaceae]
Jenis Jurnal Berita Biologi
Volume 8
Nomor 6
Halaman 433-444
Tahun 2007
Penulis Kusumadewi Sri Yulita

Kota Terbit Jawa Barat

ISSN -

2.5. Jurnal 5

Judul Jurnal Deteksi metilasi DNA genom Elaeis guineensis Jacq

hasil
kultur jaringan dengan teknik Randomly Amplified
Fingerprint (RAF) DNA dan Reverse Phase HPLC (RP-
HPLC)
Jenis Jurnal Menara Perkebunan
Volume 76
Nomor 2
Halaman 61-73

28
 Tahun 2006
Penulis  Nurita Toruan-Mathius
 Nesti F. Sianipar
 G.A.Wattimena
 Hajrial Aswidinnoor
 Maggy Thenawidjaya-Suhartono
 Gale Ginting
Kota Terbit -

ISSN -

BAB II

RINGKASAN HASIL PENELITIAN

JURNAL I

Proliferating cell nuclear antigen (PCNA) adalah protein penjepit DNA yang
berperan sebagai faktor processivity (jumlah rata-rata nukleotida yang ditambahkan
enzim polimerase) untuk DNA polymerase (δ/ε) pada sel eukariot dan berperan
penting dalam replikasi. Protein ini berlokasi di nukleus dan merupakan kofator dari
enzim DNA polymerase δ. PCNA juga membantu ikatan DNA polymerase ε ke DNA.
PCNA dikendalikan oleh kompleks faktor transkripsi E2F. DNA polymerase ε terlibat
dalam proses resintesis dari DNA yang rusak sehingga PCNA berperan dalam proses
sintesis DNA dan perbaikan DNA.

29
 PCNA terlibat dalam proses jalur toleransi kerusakan DNA yang dikenal dengan
istilah postreplication repair (PRR). Pada PRR terdapat dua jalur, yaitu pertama jalur
translesion dimana enzim DNA polymerase dapat menggabungkan basa DNA yang
rusak pada situs aktifnya dengan melewati tempat kerusakannya. Jalur kedua adalah
jalur template switch dimana DNA polymerase akan melewati tempat kerusakan DNA
dengan cara mengaktifkan perangkat rekombinasi homolog. Protein PCNA sebelum
menjalankan fungsinya dalam perbaikan DNA akan mengalami modifikasi pacsa
translasi, meliputi ubiquitilasi, sumoylasi, asetilasi dan fosforilasi, yang akan
mengatur fungsi PCNA. Monoubiquitilasi pada PCNA akan memberikan sinyal
kepada DNA polymerase untuk beralih ke jalur translesi dan menghasilkan replikasi
yang rawan kesalahan karena melompati daerah DNA yang rusak. Sebaliknya pada
polubiquitilasi PCNA akan memberikan sinyal replikasi yang bebas kesalahan, karena
mengaktifkan jalur template switch, yang akan menggunakan template pasangannya
yang tidak mengalami kerusakan (sister-chromatid recombination). Sumoylasi pada
PCNA akan merangsang protein RAD6 untuk melakukan ubiquitilasi serta
menghambat proses rekombinasi homolog dengan cara mengaktifkan helikase Srs2
yang merupakan enzim antirekombinasi.

Protein-protein yang berinteraksi dengan PCNA memiliki PCNA-interacting

motif yang disebut sebagai PIP (PCNA-interacting protein) box.10 Analisis struktur
mendemonstrasikan bahwa sekuens PIP-box dari protein akan berinteraksi dengan
domain C terminal pada bagian IDCL (interdomain connecting loop) dengan
membentuk struktur β sheet antiparalel dan melalui ikatan elektrostatik dengan
permukaan PCNA yang bermuatan negatif. Bagian dalam PCNA yang berikatan
dengan DNA dan dapat meluncur di sepanjang untai DNA bermuatan positif dengan
struktur α heliks. Analisis mutagenesis PCNA membuktikan bahwa pengikatan
protein yang mengandung PIP dan APIM mempunyai situs yang saling tumpang
tindih. Selain ABH2, beberapa protein yang mengandung motif APIM dan berperan
dalam menjaga integritas genomik adalah TFIIS-L, TFII-I, Topo II a, RAD51B,
FBH1 dan ZRANB3. Protein-protein yang berikatan dengan PCNA melalui PIP-box
umumnya berperan dalam replikasi DNA, sedangkan protein-protein yang berikatan
dengan PCNA melalui APIM umumnya berperan dalam konteks stres genotoksik.

Beberapa metode yang dilakukan dalam penelitian ini diantaranya adalah : (1)
analisis struktur, fungsi, ekspresi gen PCNA dengan menggunakan database
bioinformatika dan situs NCBI, uniprot, ensemble; (2) Analisis salah satu mutasi pada
gen PCNA dengan menggunakan situs OMIM, SNP; (3) Analisis sekuen protein
PCNA serta analisis komparatif dengan sekuen mutan (Struktur sekunder, Prediksi
daerah transmembran, domain protein, prediksi signal peptide, Target peptide) dengan
menggunakan situs PSIPRED dan Expasy; (4) Analisis struktur 3D protein PCNA
serta analisa komparatif dengan sekuen mutant dengan menggunakan situs Protein
Data Bank, Swiss Model dan software PyMOL; (5) desain primer yg dapat digunakan
untuk melakukan sekuensing pada daerah yg mengandung mutasi dengan
menggunakan situs Primer NCBI, Primer3 dan software PerlPrimer; (6) Analisis

30
prediksi situs enzim restriksi endonuklease pada sekuens gen PCNA yang normal dan
mutan dengan NebCutter, apakah teknik RFLP dapat membedakan gen PCNA normal
dan mutan.

PCNA adalah protein penjepit DNA yang membantu kerja DNA polimerase
untuk meningkatkan processivity dalam proses replikasi DNA, yaitu meningkatkan
laju replikasi DNA dengan cara meningkatkan rata-rata jumlah nukleotida yang akan
ditambahkan pada rantai DNA baru, yaitu sekitar 100 kali lipat. Selain itu PCNA juga
berperan penting dalam koordinasi berbagai sinyal seluler untuk memastikan
keberhasilan proses replikasi dan perbaikan DNA. Protein ini akan mengkoordinasi
berbagai jalur sinyal melalui ikatannya dengan protein-protein lain setelah berikatan
dengan DNA untuk menjalankan fungsinya. Struktur PCNA merupakan homotrimer,
yaitu terdiri dari 3 unit polipeptida yang sama sehingga protein ini dapat mengikat 3
ligan secara simultan. Tempat pengikatan ligan pada PCNA dikenal dengan istilah
PCNA-interacting protein (PIP). Masing-masing subunit memiliki satu tempat situs
pengikatan ligan (PIP) yang terdiri dari bentuk alur dari domain C terminal dan
interdomain connecting loop (IDCL) dan beberapa pasangan terikat juga dengan
domain N terminal. Mutasi titik pada posisi asam amino ke-228 yang berubah dari
serin menjadi isoleusin (Ser228Ile) pada protein PCNA menyebabkan timbulnya
penyakit akibat gangguan pada proses perbaikan DNA Mutasi ini letaknya berdekatan
dengan dengan situs pengikatan protein pengikat PCNA. Mutasi S228I akan
menyebabkan perubahan struktur tiga dimensi PCNA terutama pada binding pocket
untuk protein pengikat PCNA.

Mutasi hipomorfik pada gen PCNA manusia (S228I) akan menghasilkan

kelainan autosomal resesif dengan gejala penyakit gangguan perbaikan kerusakan
DNA seperti xeroderma pigmentosum, Cockayne syndrome, and ataxia telangiectasia.
Pada kelainan ini proses replikasi DNA terlihat normal, tetapi terdapat gangguan pada
proses perbaikan kerusakan DNA (nuleotide excision repair/NER). Konversi serin
menjadi isoleusin terletak pada proksimal situs PIP sehingga menyebabkan perubahan
binding pocket untuk protein ligan PCNA. Suatu penelitian dengan melihat struktur
kristal dari protein PCNA mutan S228I, membuktikan bahwa terdapat kelainan pada
struktur IDCL dan alur pengikatan PIP. Perubahan struktur pada IDCL dan PIP-box
ini akan menyebabkan gangguan pengikatan protein-protein ligan PCNA, sehingga
fungsi-fungsi protein yang memerlukan PCNA sebagai mediator akan terganggu.

PCNA merupakan suatu protein penjepit DNA yang membantu kerja DNA
polimerase untuk meningkatkan laju replikasi DNA. Selain itu PCNA juga berperan
dalam proses perbaikan kerusakan DNA sehingga protein ini juga dikenal sebagai
penjaga integritas genom. Protein ini berada di nukleus dan berbagai protein dapat
terikat dengan PCNA untuk menjalankan fungsinya, terutama protein-protein yang
terlibat dalam proses replikasi DNA, perbaikan kerusakan DNA, chromatin
remodelling dan epigenetik. Protein PCNA mempunyai struktur homotrimer yang
terdiri dari 3 unit polipeptida yang sama dengan berat molekul 29 kDa. Protein-
protein yang akan berikatan dengan PCNA mempunyai domain PIP (PCNA-

31
interacting protein) yang akan mengikat protein PCNA pada domain C terminal.
Mutasi titik pada posisi basa 683 mRNA yang berubah dari G  T (kodon kedua) akan
menyebabkan perubahan asam amino dari serin menjadi isoleusin pada posisi asam
amino 228 (S228I). Mutasi ini akan menyebabkan perubahan pada struktur IDCL
(interdomain connecting loop) dan PIP-binding pocket, sehingga mengganggu
pengikatan protein ligan ke PCNA dan fungsinya.

Jurnal II

Deoxyribo Nucleic Acid (DNA) memiliki 4 macam basa nitrogen yaitu Adenin
(A), Sitosin (C), Guanin (G) dan Timin (T). Keempat macam basa nitrogen ini
menyusun DNA secara berpasangan, Guanin hanya dapat berpasangan dengan Sitosin
atau sebaliknya, sedangkan Adenin dengan Timin atau sebaliknya, struktur ini dalam
dogma DNA di kenal sebagai DNA double helix. Pada DNA terdapat rangkaian basa-
basa penyandi yang disebut dengan ekson dan rangkaian basa-basa bukan penyandi
protein atau disebut dengan intron, dimana ekson atau kodon dapat ditranslasi menjadi
protein atau asam amino, sedangkan intron harus dihilangkan saat dilakukan proses
translasi menjadi protein. Struktur gen eukariot memiliki rangkaianrangkaian
penyandi atau ekson yang diselingi oleh rangkaian¬-rangkaian bukan penyandi atau
intron.

Ekson atau kodon dapat ditranslasi menjadi protein atau asam amino, sedangkan
intron harus dihilangkan saat dilakukan proses ditranslasi menjadi protein. Struktur
gen eukariot memiliki rangkaian-rangkaian penyandi atau ekson yang diselingi oleh
rangkaian¬-rangkaian bukan penyandi atau intron. Letak ekson dan intorn sekuen
DNA yang letaknya bergantian (alternatively location) dan melalui proses transkripsi,
dan translasi maka ekson pada cds dapat menjadi protein. Penelitian ini untuk
mengontrol ekson cds sekuen DNA karena bila ekson cds berubah maka protein yang
dihasilkan akan berubah pula.

Pemrosesan sinyal genom seperti DNA dan basaprotein dengan menggunakan

teknologi digital membuat basa DNA dan asam amino yang membentuk protein dapat
di asumsikan sebagai karakter string (huruf-huruf alpabet) sehingga dapat di
manipulasi menjadi bit-bit 1 dan 0. Pemrosesan sinyal genom seperti DNA dengan
berbantuan komputer menyebabkan terjadinya overload data yang mengakibatkan
dikembangkannya berbagai metode untuk memprediksi langsung daerah penyandi
(ekson). Sampai saat ini telah dikenal dua puluh macam asam amino sebagai bahan
dasar untuk protein yang terbentuk dari urutan tiga basa yang memberikan kode untuk
satu asam amino, maka terjadi 43 = 64 kemungkinan kombinasi dari nukleotida
sehingga menghasilkan 64 macam kelompok nukleotida.

Hidden Markov Model (HMM) merupakan suatu model statistik yang

digunakan untuk membuat karakteristik suatu frame sinyal DNA yang dapat di
karakterisasi sebagai suatu representasi proses random parametrik. Beberapa garis
besar dalam penggunaan metode HMM adalah seperti rantai Markov, elemen HMM,

32
training dan testing HMM [3,4,5]. Pada penelitian ini menggunakan metode HMM
untuk menganalisis dan mengontrol ekson DNA yang terdapat pada coding sequence
(cds) sehingga perubahan urutan nukleotida pada ekson dapat diketahui [6]. Oleh
karena itu metode ini sesuai dengan karakteristik suatu sekuen DNA dan sebagai
kinerja dari model hidden Markov ini adalah nilai Correlation Coefficient (CC) dan
diperoleh dari persamaan (1). (1) dimana: TP = True Positive; TN = True Negative;
FP = False Positive; FN = False Negative. Sebagai ilustrasi parameter-parameter TP
(True Positive), TN (True Negative), FP (False Positive) dan FN (False Negative) di
dalam mendapatkan nilai CC.

Peningkatan nilai CC yang dihasilkan dari proses simulasi penelitian ini tidak
linier terhadap penambahan jumlah sekuen DNA, untuk itu perlu dilakukan
pengelompokkan data sekuen yang memiliki karakteristik tertentu agar kinerja model
menjadi optimal. Beberapa teknik pengelompokan data sekuen DNA sebagai input
proses simulasi dapat di ujicoba pada penelitian lanjutan dengan struktur model yang
berbeda-beda untuk mengontrol ekson DNA berbasis HMM.

Uji coba simulasi penelitian ini menghasilkan sebagai berikut: 1. Pada

umumnya nilai CC yang dihasilkan dengan menggunakan algorithma Viterbi lebih
baik bila dibandingkan dengan menggunakan algorithma Baum-Welch. 2. Pada
jumlah sekuen 220, nilai CC adalah 0,7571, hasil ini lebih baik dari hasil ujicoba
simulasi dengan menggunakan jumlah data sekuen yang lainnya. 3. Besar nilai transisi
state yang ditentukan secara acak dapat mempengaruhi nilai CC yang dihasilkan
sehingga perlu dilakukan banyak kombinasi dan variasi dalam menentukan nilai
transisi state ini. 4. Peningkatan nilai CC tidak linier terhadap penambahan jumlah
data sekuen sehingga ujicoba perlu dilakukan dengan menggunakan pengelompokkan
data agar karakteristik data dapat diketahui sehingga kinerja model optimal.

Jurnal III

Thalassemia merupakan salah satu contoh dari penyakit yang ada hubunganya
dengan gangguan genetik khususnya Gen α-globulin dan gen β- globulin yang berasal
dari mutasi hemoglobin. Hemoglobin adalah protein besi di dalam darah yang
fungsinya untuk membawa oksigen ke sel-sel diseluruh tubuh. Pada orang dengan
thalassemia beta, rendahnya tingkat hemoglobin menyebabkan kurangnya oksigen di
banyak bagian tubuh. Individu yang terkena juga memiliki kecendrungan untuk
terkena anemia yang menyebabkan kulit pucat, lemas, kelelahan dan kompikasi yang
lebih serius, orang dengan thalassemia beta berada pada peningkatan risiko terjadinya
pembekuan darah yang abnormal.

Salah satu bentuk studi variasi sekuen promoter adalah mempelajari tentang
karakteristik database sekuen mutasi pada manusia dan transkripsi faktor pada
promoter gen. Variasi gen pada genom manusia dikenal sebagai bentuk polimorfik,
1% dari pasangan basa nukleotida pada manusia dapat menyebabkan penyakit

33
genetik, salah satu penyebabnya yaitu pada bagian daerah promoter. Ekspresi gen
diregulasi dibanyak tahap, termasuk pengemasan, modifikasi histon, inisiasi
transkripsi, polyadenilasi RNA, pre-mRNA splicing, stabilisasi mRNA, dan inisiasi
translasi. Tidak setiap variasi pada sekuen promoter mempunyai pengaruh pada
regulasi transkripsi.

Mutasi yang terjadi di daerah promoter disebabkan karena adanya gangguan

pada proses aktivasi oleh transkripsi faktor pada promoter. Sebagai hasil dari
terjadinya mutasi pada bagian promoter dapat menurunkan atau menaikkan level dari
mRNA dan juga protein.2 Mutasi pada promoter merupakan permasalahan kompleks
dan memerlukan tes untuk mengetahui hubungan antara mutasi dan penyakit yang
sulit dilakukan, sehingga membutuhkan studi yang komprehensif dari berbagai aspek
penelitian.

Pada September 2013, the National Human Genome Research Institute

meluncurkan Encyclopedia of DNA Elements (ENCODE) yaitu berupa hasil riset
yang mengidentifikasi semua elemen fungsional pada gen manusia dengan
menggunakan pendekatan hasil eksperimen dan komputasi. Human Genome
Mutatition Database (HGMD) database berisi 49 database untuk Hemoglobin Beta
(HBB), yang terdiri dari 234 (48%) jenis mutasi missense/ nonsense, 28 (6%) mutasi
pada bagian promoter. Salah satu penelitian yang telah dilakukan diantaranya yaitu
ditemukannya perubahan basa nukleotida pada posisi -28 dibagian TATA BOX Gen
HBB, database seperti HGMD, National Center For Biotechnology Information
(NCBI), dan Online Mendelian Inheritance in Man (OMMIM) dapat digunakan
sebagai langkah pertama untuk mengetahui apakah ada variasi urutan promoter yang
dapat diketahui dan bisa berhubungan dengan penyakit yang sebelumnya telah ada.

Penelitian ini menggunakan metode analisis Bioinformatika dengan teknik

Biologi Komputasional sehingga di dapatkan analisis informasi biologis, sequence
alignment, prediksi struktur untuk meramalkan bentuk struktur protein maupun
struktur sekunder RNA,analisis expresi gen dan juga informasi terkait promoter gen.

Globin beta (juga disebut HBB,- β globin, hemoglobin beta, atau sebaiknya
hemoglobin subunit beta) adalah protein globin yang bersama alpha globin (HBA),
membuat bentuk yang paling umum dari hemoglobin pada manusia dewasa. Gen
globin beta terletak pada kromosom 11. Fungsi dari gen globin beta ini salah satunya
adalah mengatur pembentukan salah satu komponen pembentuk hemoglobin. Pada
saat proses pembuahan, anak akan mendapat satu gen globin beta dari ibunya dan satu
lagi dari ayahnya.19 Mutasi setiap gen globin terdiri dari tiga wilayah pengkode
(ekson) dan dua daerah bukan pengkode (intron). untuk membentuk mRNA matang,
Urutan intron RNA awal yang ditranskripsi dari DNA dalam inti sel akan dihapus dan
urutan ekson akan disambung secara bersamaan. Ada berbagai promotor dan elemen
pengkontrol DNA yang mengatur berbagai ekspresi gen. Sekitar 150 mutasi yang
berbeda telah dilaporkan pada orang dengan β thalassemia. Sekitar 20 mutasi
bertanggung jawab untuk 80% dari Talasemia beta.

34
 Mutasi dapat mempengaruhi DNA maupun kromosom. DNA dapat dipengaruhi
pada saat sintesis DNA (replikasi). Pada saat tersebut faktor mutagenik
mempengaruhi pasangan basa nukleotida sehingga tidak berpasangan dengan basa
nukleotida yang seharusnya (mismatch). Misalnya triplet DNA cetakan adalah TTA.
Namun karena adanya mutagen menyebabkan DNA polimerase memasangkan A
dengan C, bukan dengan T.19 Beberapa penyakit yang diakibatkan oleh karena mutasi
dari gen β Globin diantaranya Shepherd’s Bush, Hb Mainz, M Saskaton, Thalassemia
Mutation on the initiation Codon ATG to ATA, Hb Rocky Mountain. Berikut ini akan
dijelaskan beberapa contoh eetiologi penyakit yang diakibatkan karena adanya mutasi
pada gen β Globin. Shepherd’s Bush disebabkan dikarenakan adanya perubahan
Glysine menjadi Asparatic Acid, sedangkan Hb Mainz Dikarenakan adanya
perubahan pada asam amino valine non-polar hidropobik menjadi asam glutamat
sehingga menyebabkan perubahan struktur protein. Perubahan tersebut dapat
mempengaruhi koneksi heliks pada protein, disamping adanya variasi pada database
Hb Mainz juga menyebabkan adanya ketidakstabilan pada hemoglobin dalam tubuh
sehingga penderita penyakit ini akan mengalami anemia hemolitik berat.

Simpulan yang didapat setelah dilakukan penelitian ini adalah : Penelitian ini
menggunakan sekuens β Globin yang diambil dari NG (Number of Genome) dengan
jumlah sekuens 81076 bp dan gen β Globin yang digunakan sebanyak 4827 bp pada
posisi (26531-31358). Penelitian ini menggunakan Software Promoter Prediction
Server dimana setelah dilakukan analisis didapatkan bahwa gen β Globin menunjukan
suatu wilayah tempat melekatnya RNA Polimerase yaitu INS pada posisi 91 bp dan
wilayah kotak TATA pada posisi 1112 bp dengan jarak antara INS dan kotak TATA
84 bp. Dari penelitian ini didapatkan bahwa adanya mutasi pada kotak TATA (TATA
BOX) sehingga mengakibatkan perubahan expresi gen (Stop Expression) yang akan
menimbulkan penyakit β thalassemia.

Jurnal IV

Daerah yang tidak menghasilkan kode genetik (non-coding regions) dari genom
kloroplas telah menjadi pilihan utama dalam bidang filogenetika molekuler tumbuhan
berbunga (Borsch et al, 2003; Hamilton et al., 2003). Daerah tersebut merupakan kopi
tunggal dari salah satu induk tumbuhan, sehingga ortologi urutan nukleotida dapat
terdeteksi dengan jelas, karena kemungkinan terjadinya rekombinasi antar genom
dalam setiap plastida sangat kecil. Rangkaian gen trnL-T merupakan salah satu gen
pada genom kloroplas dan telah banyak digunakan untuk menelaah hubungan evolusi
dalam berbagai tingkatan takson.

Dipterocarpaceae merupakan salah satu suku terbesar tumbuhan berbunga di

hutan tropika Asia. Ada banyak sistem klasifikasi yang telah dikenal, Studi
filogenetika molekuler tersebut menunjukkan bahwa pembagian marga dalam
Dipterocarpaceae sebagian besar sesuai dengan klasifikasi yang sudah ada
(Symington, 1943; Meijer dan Wood, 1964;Maury, 1978; Ashton, \9$2). "KJnusus
pada maiga Shorea yang sangat beragam, hasil studi filogenetika molekuler cenderung

35
mengikuti klasifikasi berdasarkan timber grouping (Symington, 1943) dan Maury
(1978). Tidak ada satupun dari studi filogenetika molekuler tersebut yang menelaah
secara detail tentang mutasi struktural pada gen yang digunakanuntukrekonstruksi
filogenetika. Studi-studi tersebut hanya melakukan penjajaran urutan DNA sebelum
analisis filogenetika untuk mendapatkan deduksi homologi urutan DNA. Penjajaran
urutan DNA belum tentu dapat menggambarkan homologi urutan DNA secara tepat
karena seringkali terdapat mutasi struktural yang bersifat homoplasi. Jika struktur ini
diabaikan, maka akan memberikan inferensi filogenetika yang kurang tepat.
Sebaliknya, keberadaan struktur ini bisa bermanfaat bila ternyata struktur tersebut
konsisten dijumpai pada takson tertentu sehingga dapat digunakan sebagai marka
molekuler untuk pendeteksian keragaman urutan DNA dalam berbagai tingkatan
takson.

Penelitian ini bertujuan untuk mengevaluasi seluruh urutan DNA intron trnL
yang berasal dari anak suku Dipterocarpoideae. Dari hasil evaluasi tersebut akan
dibangun struktur mutasi pada intron trnL sehingga dapat diketahui pola mutasi
struktur sekunder intron trnL, hipotesis tentang mekanisme terjadinya, dan
kegunaannya pada studi sistematika molekuler serta aplikasinya.

Hipotesis tentang mekanisme SSM yang pertama adalah kejadian penghapusan

nukleotida yang terjadi pada ulangan 1 dan 2 pada seluruh marga Dipterocarpaceae
kecuali marga Dipterocarpus. Dalam hal ini diasumsikan bahwa seluruh marga
Dipterocarpaceae pada awal evolusinya memiliki 1 atau 2 ulangan tersebut. Apabila
terjadi kesalahan replikasi dan kesalahan berpasangan (misreplication mispairing)
pada untaian DNA komplementer (Gambar 9B), maka sebagian daerah yang terkena
SSM tidak terbaca pada waktu proses perbaikan DNA sehingga terjadi penghapusan
sejumlah nukleotida yang terkena SSM. Dalam hal ini, daerah yang terkena SSM
adalah daerah tidak berulang (NR) dan unit dasar (BU) (Gambar 9B). Pada proses
perbaikan DNA, daerah BU tidak terbaca, dan pada replikasi berikutnya hanya daerah
NR dan ulangan 1 yang tersisa yang menjadi cetakan untuk replikasi berikutnya.

Hipotesis mekanisme SSM yang kedua adalah penyisipan 1 atau 2 ulangan yang
terjadi pada marga Dipterocarpus akibat kesalahan replikasi dan kesalahan
berpasangan pada salah satu untaian DNA sebaliknya. Daerah yang terkena SSM
adalah NR dan BU. Karena proses replikasi sedang berjalan pada untaian ini maka
DNA polymerase akan terus membaca nukleotida komplementer (Rl) yang akhirnya
menghasilan tambahan nukleotida ulangan (R2) (Gambar 1OC). Bila hal ini yang
memang terjadi, maka kemungkinan besar kejadian ini merupakan evolusi independen
yang terjadi pada marga Dipterocarpus. Keberadaan 3 ulangan dari 14 nukleotida inti
pada D. kerrii mungkin memperkuat hipotesis ini.

Terdapat 4 stuktur stem loop yang berada di dalam struktur sekunder intron trnL
yang terletak di dalam loop P6 dan P8. Struktur ini mungkin terbentuk akibat proses
kesalahan replikasi dan kesalahan berpasangan (SSM) pada basa nukleotida berulang.
Keempat struktur tersebut secara konsisten merupakan karakter diagnosa marga

36
Dipterocarpaceae. Struktur stem loop 1 bisa menjadi karakter diagnosa untuk marga
Monotes dan Vatica; stem loop 2 ini merupakan karakter diagnosa untuk Mon >'es
dan TV. heimi; stem loop 3 merupakan karakter diagnosa untuk marga Monotes,
Dipterocarpus, Stemonoporus, Vateriopsis, Neobalanocarpus, Shorea seksi
Richetioides (Meranti kuning) dan Shorea seksi Doona (Shorea endemik di Srilanka);
stem loop 4 merupakan karakter diagnosa untuk marga Cotylelobium dan
Stemonoporus. Stem loop 3, memiliki potensi untuk digunakan sebagai marka
genetika populasi untuk jenis-jenis Dipterocarpus. Pada keempat struktur tersebut
juga terdapat mutasi di tingkat spesies, dan dengan demikian, loop P6 dan P8 intron
trriL memiliki potensi sebagai marka untuk studi forensik DNA misalnya DNA
barcoding jenis-jenis Dipterocarpaceae.

Jurnal V

PCNA adalah protein penjepit DNA yang membantu kerja DNA polimerase
untuk meningkatkan processivity dalam proses replikasi DNA, yaitu meningkatkan
laju replikasi DNA dengan cara meningkatkan rata-rata jumlah nukleotida yang akan
ditambahkan pada rantai DNA baru, yaitu sekitar 100 kali lipat. Selain itu PCNA juga
berperan penting dalam koordinasi berbagai sinyal seluler untuk memastikan
keberhasilan proses replikasi dan perbaikan DNA. Protein ini akan mengkoordinasi
berbagai jalur sinyal melalui ikatannya dengan protein-protein lain setelah berikatan
dengan DNA untuk menjalankan fungsinya. Struktur PCNA merupakan homotrimer,
yaitu terdiri dari 3 unit polipeptida yang sama sehingga protein ini dapat mengikat 3
ligan secara simultan. Tempat pengikatan ligan pada PCNA dikenal dengan istilah
PCNA-interacting protein (PIP). Masing-masing subunit memiliki satu tempat situs
pengikatan ligan (PIP) yang terdiri dari bentuk alur dari domain C terminal dan
interdomain connecting loop (IDCL) dan beberapa pasangan terikat juga dengan
domain N terminal. Mutasi titik pada posisi asam amino ke-228 yang berubah dari
serin menjadi isoleusin (Ser228Ile) pada protein PCNA menyebabkan timbulnya
penyakit akibat gangguan pada proses perbaikan DNA Mutasi ini letaknya berdekatan
dengan dengan situs pengikatan protein pengikat PCNA. Mutasi S228I akan
menyebabkan perubahan struktur tiga dimensi PCNA terutama pada binding pocket
untuk protein pengikat PCNA. Mutasi hipomorfik pada gen PCNA manusia (S228I)
akan menghasilkan kelainan autosomal resesif dengan gejala penyakit gangguan
perbaikan kerusakan DNA seperti xeroderma pigmentosum, Cockayne syndrome, and
ataxia telangiectasia. Pada kelainan ini proses replikasi DNA terlihat normal, tetapi

37
terdapat gangguan pada proses perbaikan kerusakan DNA (nuleotide excision
repair/NER). Konversi serin menjadi isoleusin terletak pada proksimal situs PIP
sehingga menyebabkan perubahan binding pocket untuk protein ligan PCNA. Suatu
penelitian dengan melihat struktur kristal dari protein PCNA mutan S228I,
membuktikan bahwa terdapat kelainan pada struktur IDCL dan alur pengikatan PIP.
Perubahan struktur pada IDCL dan PIP-box ini akan menyebabkan gangguan
pengikatan protein-protein ligan PCNA, sehingga fungsi-fungsi protein yang
memerlukan PCNA sebagai mediator akan terganggu.

BAB III
KEUNGGULAN DAN KELEMAHAN JURNAL

JURNAL KEUNGGULAN KELEMAHAN

Jurnal I  Kata yang digunakan  Penulisan jurnal ini
dalam jurnal ini tidak teratur dimana
bersifat baku dan seharusnya ada hasil
sesuai dengan kamus penelitian yang di
EYD bahasa Indonesia jabarkan tetapi pada
 Jurnal juga disertai jurnal 1 ini hasil
gambar da nada yang penelitian dibuat
berwarna sehingga singkat sesingkat-
dapat menarik minat singkat nya sehingga

38
 pembaca untuk lebih bisa dipastikan
mendalami jurnal ini pembaca akan kurang
 Jurnal ini juga mengerti hasil dari
menyertakan daftar jurnal 1 tersebut dan
pustaka yang jelas dari seharusnya hasil
mana asalnya penelitian dijabarkan
 Menerapkan kerapian agar dengan membaca
dalam penulisan hasil penelitian
pembaca tidak perlu
lagi melihat
kesimpulanya
 Penulisan jurnal sesuai
dengan kaidah
pembuatan penulisan
jurnal
Jurnal 2  Isi jurnal singkat padat  Penulisan space tidak
dan jelas teratur
 Penulisan jurnal ini
teratur dan sesuai
dengan kaidah
pembuatan penulisan
jurnal
 Jurnal ini juga
memaparkan hasil data
analisis, grafik dan
skematik dari hasil
prediksi promotor Gen
sehingga memudahkan
pembaca memahami
jurnal
 Bahasa yang digunakan
dalam jurnal II ini juga
baik dan teratur
sehingga memudahkan
pembaca dalam
memahami isi dari
jurnal II ini
 Jurnal ini juga
menampilkan daftar
pustaka
Jurnal 3  Memaparkan secara  Dalam jurnal III ini
jelas dan lengkap mulai tiap paragraph ada
dari pendahuluan atau yang menjorok
latar belakang dari kedalam da nada pula
permasalahan yang menjorok
 Jurnal ini memaparkan kedepan

39
 jelas daftar pustaka  Isi pada jurnal yang
 Jurnal ini juga ditampilkan kurang
memaparkan hasil data tata letak penulisannya
analisis, grafik dan kurang rapi
skematik dari hasil
prediksi promotor Gen
sehingga memudahkan
pembaca memahami
jurnal
Jurnal 4  Hasil dan pembahasan  Gambar pendukung
dilengkapi dengan dalam jurnal ini hanya
gambar pendukung menggunakan warna
sehingga pembaca lebih hitam putih saja.
mudah memahami hasil  Abstrak dalam jurnal ini
pembahasan pada jurnal hanya menggunakan satu
tersebut. bahasa saja yaitu bahasa
 Penulisan dalam jurnal inggris, sehingga
ini teratur dan sesuai pembaca harus
dengan kaidah penulisan menerjemahkannya lagi.
jurnal, memaparkan  Kata-kata dalam jurnal
secara lengkap mulai dari ini cukup sulit untuk
pendahuluan, metode dipahami, karena adanya
penelitian, hasil sedikit kesalahan dalam
penelitian, pembahasan penulisannya.
serta kesimpulan.  Jurnal ini belum
 Isi jurnal menyampaikan memiliki ISSN.
informasi yang cukup
jelas.
 Bahan dan metode yang
digunakan dalam
penelitian ini sangat
efisien dan modern.
 Terdapat banyak teori
pendukung yang relavan
(terlihat dari banyaknya
kutipan buku dan jurnal

40
 yang disertakan).
 Dilengkapi dengan tabel-
tabel yang terlampir pada
lembar akhir jurnal.

Jurnal 5  Terdapat ringkasan isi  Kata-kata dalam jurnal

jurnal yang ini cukup sulit untuk
menggunakan bahasa dipahami.
inggris dan bahasa  Tata letak sub judul tiap
indonesia, sehingga dapat lembar pada jurnal ini
memberikan pemahaman belum tertata dengan
kepada pembaca sebelum baik.
membaca keseluruhan isi  Jurnal ini belum
jurnal ini. memiliki ISSN.
 Hasil dan pembahasan
dilengkapi dengan tabel
dan gambar pendukung
sehingga pembaca lebih
mudah memahami hasil
pembahasan pada jurnal
tersebut.
 Jurnal ini jika dilihat dari
aspek penulisannya
cukup rapi.
 Terdapat banyak teori
pendukung yang relavan
(terlihat dari banyaknya
kutipan buku dan jurnal
yang disertakan).

41
 BAB V

KESIMPULAN

Jurnal 1

PCNA merupakan suatu protein penjepit DNA yang membantu kerja DNA
polimerase untuk meningkatkan laju replikasi DNA. Selain itu PCNA juga berperan
dalam proses perbaikan kerusakan DNA sehingga protein ini juga dikenal sebagai
penjaga integritas genom. Protein ini berada di nukleus dan berbagai protein dapat
terikat dengan PCNA untuk menjalankan fungsinya, terutama protein-protein yang
terlibat dalam proses replikasi DNA, perbaikan kerusakan DNA, chromatin
remodelling dan epigenetik.

42
Jurnal 2

Pada umumnya nilai CC yang dihasilkan dengan menggunakan algorithma

Viterbi lebih baik bila dibandingkan dengan menggunakan algorithma Baum-Welch.
Besar nilai transisi state yang ditentukan secara acak dapat mempengaruhi nilai CC
yang dihasilkan sehingga perlu dilakukan banyak kombinasi dan variasi dalam
menentukan nilai transisi state ini.

Jurnal 3 :

1. Penelitian ini menggunakan sekuens β Globin yang diambil dari NG (Number of

Genome) dengan jumlah sekuens 81076 bp dan gen β Globin yang digunakan
sebanyak 4827 bp pada posisi (26531-31358).

2. Penelitian ini menggunakan Software Promoter Prediction Server dimana setelah

dilakukan analisis didapatkan bahwa gen β Globin menunjukan suatu wilayah tempat
melekatnya RNA Polimerase yaitu INS pada posisi 91 bp dan wilayah kotak TATA
pada posisi 1112 bp dengan jarak antara INS dan kotak TATA 84 bp.

3. Dari penelitian ini didapatkan bahwa adanya mutasi pada kotak TATA (TATA
BOX) sehingga mengakibatkan perubahan expresi gen (Stop Expression) yang akan
menimbulkan penyakit β thalassemia.

Jurnal 4 :

Terdapat 4 stuktur stem loop yang berada di dalam struktur sekunder intron trnL yang
terletak di dalam loop P6 dan P8. Struktur ini mungkin terbentuk akibat proses
kesalahan replikasi dan kesalahan berpasangan (SSM) pada basa nukleotida berulang.
Keempat struktur tersebut secara konsisten merupakan karakter diagnosa marga
Dipterocarpaceae.

Struktur stem loop 1 bisa menjadi karakter diagnosa untuk marga Monotes dan
Vatica;

stem loop 2 ini merupakan karakter diagnosa untuk Mon >'es dan TV. heimi;

43
stem loop 3 merupakan karakter diagnosa untuk marga Monotes, Dipterocarpus,
Stemonoporus, Vateriopsis, Neobalanocarpus, Shorea seksi Richetioides (Meranti
kuning) dan Shorea seksi Doona (Shorea endemik di Srilanka);

stem loop 4 merupakan karakter diagnosa untuk marga Cotylelobium dan

Stemonoporus. Stem loop 3, memiliki potensi untuk digunakan sebagai marka
genetika populasi untuk jenis-jenis Dipterocarpus.

Pada keempat struktur tersebut juga terdapat mutasi di tingkat spesies, dan dengan
demikian, loop P6 dan P8 intron trriL memiliki potensi sebagai marka untuk studi
forensik DNA misalnya DNA barcoding jenis-jenis Dipterocarpaceae.

Jurnal 5 :

Teknik RAF menggunakan primer AB-16, AE-11, AO-12 dan AP-12 dapat
mendeteksi situs atau lokasi terjadinya metilasi pada ES kotiledon abnormal dan ortet
normal. Terjadi metilasi internal, eksternal dan penuh pada 124 bp- 457 bp untuk ES
kotiledon abnormal maupun ortet normal. Perbedaan kandungan metilasi sitosin
antara ES globular normal dan abnormal, antara ES kotiledon normal dan abnormal,
antara planlet dan ortet normal adalah berkisar antara 0,25 – 2,72 %, artinya terjadi
hipometilasi. Hal ini mengindikasikan bahwa metilasi sitosin tidak berpengaruh
langsung terhadap proses abnormalitas pada embriosomatik tanaman kelapa sawit.

DAFTAR PUSTAKA

Dewi, Syarifah. 2017. Analisis Bioinformatika Mutasi S228i Protein Pcna Dan
Pengaruhnya Pada Struktur 3 Dimensi Protein. Jurnal IJOBB. 1(1). Hal: 20-
27.

Agoes Suhartati, Binti Solihah, Alfred Pakpahan. 2014. Analisis Kinerja Model
Pengontrol Ekson DNA Menggunakan Metode Model Hidden Markov.
Jurnal SETRUM. 3(2). Hal: 01-04.

44
Kurniati, M, dkk. Analisis Promoter Gen β Globin Dengan Menggunakan Software
Promoter Prediction Server : Kajian Pada Gen β Thalassemia.

Yulita Kusumadewi Sri. 2007. Mutasi Structural Intron trnL (UAA) Pada Suku
Meranti- Merantian (Dipterocarpaceae). Jurnal Berita Biologi .8(6). Hal :
433-444.

Mathius Nurita Toruan, dkk. 2008. Deteksi metilasi DNA genom Elaeis guineensis
Jacq hasil kultur jaringan dengan teknik Randomly Amplified Fingerprint
(RAF) DNA dan Reverse Phase HPLC (RP-HPLC). Jurnal Menara
Perkebunan. 76(2). Hal : 61-73.

45