BIOTEKNOLOGI:

Mikroorganisme dan Rekayasa

11/9/2020 1
 Sel mikroba:
•Yeast
•Mushrooms
Senyawa kimia:
•Bakteri dan alga
•Etanol Enzim:
•As asetik •Amilase
•As.laktit&gliserol •Lipase
•Glukosa isomerase

I. Peranan Mikroba

Senyawa kimia khusus& Produk farmasi

makanan tambahan: (met.sekunder):
•As.amino •Antibiotik
•Pemanis aspartan •Steroid
•vitamin •alkaloid
11/9/2020 2
 Teknologi DNA rekombinan
= kloning gen = kloning molekuler

Teknik molekuler yang dengan tepat mampu mengubah suatu molekul DNA
atau menggabungkan molekul DNA tertentu dari sumber yang berbeda.

Menggabungkan atau mengkombinasikan gen-gen (DNA) di dalam tabung

reaksi
(Proses : rekombinasi; Hasil : rekombinan)

Rekombinasi dapat terjadi antara DNA sel resipien dengan DNA yang
diperoleh sel respien
Klon :
Populasi sel yang membawa vektor yang mempunyai molekul DNA sisipan yang
sama

Menyisipkan potongan DNA ke dalam vektor atau kromosom inang

4
Perangkat utama dalam teknologi DNA rekombinan :
1. Enzim digunakan untuk memotong dan menyambungkan DNA
2. Plasmid untuk menglonkan gen dan mengubah bakteri
3. Pustaka genom untuk menyimpan gen yang telah diklonkan
4. Enzim transkriptase balik (reverse transcriptase) digunakan
untuk membuat DNA berdasarkan RNA
5. Pelacak (probe) untuk identifikasi dan isolasi klon yang benar

Langkah dalam Rekayasa Genetika

1. Isolasi gen target

2. Isolasi DNA plasmid
3. Manipulasi urutan DNA
a. Pemotongan- Enzim Restriksi
b. Penggabungan- DNA ligasi
4. Transformasi ke bakteri
5. Seleksi bakteri rekombinan
1. Enzym Restriksi
 Enzim restriksi- enzim yang akan spesifik
memotong DNA beradasarkan urutan tertentu,
endonuclease
1. “blunt end (ujung tumpul)” vs.
2. “sticky end (ujung lancip)”

 Pemotongan terbatas pada sekuen yang spesifik,

4-6 bp dan palindrom (sekuen pengenalan sama
jika dibaca dari 5’3’ baik utas atas maupun utas
bawah) Contoh: HindIII dengan situs pengenalan 5’-
AAGCTT-3’ (utas atas)/3’-TTCGAA-5’ (utas bawah).

 Terdapat lebih 800 enzim restriksi yang

telah diketahui
ENZIM RESTRIKSI ENDONUKLEASE

Disebut juga enzim restriksi :

• Memotong molekul DNA utas ganda pada sekuen tertentu yang
disebut situs restriksi
• Menghasilkan kumpulan fragmen DNA -- diklon -
membuat molekul DNA rekombinan (fragmen DNA + vektor)
• Dinamai berdasarkan organisme asal enzim diisolasi
mis. EcoRI d iisolasi dari Eschericia coli strain RY13

Ada 2 tipe enzim restriksi

Tipe I : memotong DNA bukan pd situs spesifik

Tipe II : mengenali sekuen tertentu & memotong pd sekuen

spesifik
Enzim restriksi memotong ikatan fosfodiester

Pemotongan terjadi pd ikatan antara oksigen pada C ke-3 dari satu gula dengan
fosfat yang berikatan dengan C ke-5 dari gula yang lain.

9
II. PLASMID SEBAGAI VEKTOR KLONING
Vektor kloning (=vektor) : molekul DNA yg dapat membawa DNA sisipan dan
bereplikasi di dalam sel inang

Tipe vektor yang umum digunakn untuk loning pd sel bakteri :

1. Plasmid
2. Bakteriofage : virus yang berkembang biak dlm organisma uniselular
3. Cosmid: vector yang diturunkan dari plasmid yang mengandung ujung
kohesif dari fage lambda

Plasmid : molekul DNA sirkuler, utas ganda, mampu m’p’banyak diri sendiri
(self replicating) yang berada pada bakteri sebagai DNA ekstrakromosom

Berdasarkan banyaknya kopi per sel inang :

• Plasmid high copy number (10-100)
• Plasmid low copy number (1-4)

Berdasarkan inangnya :
• Plasmid broad host range
• Plasmid narrow host range 10
Ciri penting plasmid sebagai vektor :
1. Mempunyai ori (origin of replication) untuk replikasi dalam
sel inang
2. Mempunyai marker seleksi (selectable marker) untuk
mengidentifikasi sel penerime yang membawa vektor dan
DNA sisipan
3. Mempunyai situs restriksi yang khas untuk menyisipkan
DNA yang akan diklonkan

Contoh plasmid sebagai vektor :

Plasmid pBR322

• Cara penulisan :
p = plasmid
BR = F. Bolivar & R.Rodriguez (peneliti)
322 = kode dari peneliti
11
• Ukuran : 4361 pb
Transformasi
♣ Tanpa teknologi DNA rekombinan
1. Protein obat jmh terbatas
2. Biaya produksi mahal
3. Hasil tdk terkarakterisasi dg baik
♣ Menggunakan teknologi DNA rekombinan
1. Jmlh protein obat banyak
2. Hasil dpt dikarakterisasi &
dikomersialkan

Teknologi DNA Rekombinan :

Sebagai alat untuk menghasilkan senyawa terapeutik dlm jmlh banyak
menggunakan manipulasi DNA (cDNA)

Senyawa terapeutik:
♣ senyawa yg digunakan utk pengobatan penyakit

♣ukurannya >300 protein berbeda kloning

11/9/2020 13
 PROTEIN YG DIHASILKAN MELALUI
TEKNOLOGI DNA REKOMBINAN

No Nama Protein Kegunaan

.
1. 1-antitripsin Obat empisema

2. Hormon Obat rematik

adrenokortikotropik
3. Kalsitonin Obat osteomalasia

4. Endorfin&Enkefalin Agen analgesik

5. Eritropoitin Obat anemia
6. Insulin Obat diabetes
7. Interferon (,,) Antivirus,
antitumor&antikanker
8. Limfotoxin Antitumor
9. Somatostatin Hormon mengatur
pertumbuhan
10 Somatotrofin Hormon pertumbuhan
.
11/9/2020 14
 ASAM AMINO
Gunanya:
1. Industri makanan: meningkatkan rasa,
antioksidan&suplemen
2. Obat-obatan: bahan awal industri kimia phasil
polimer&kosmetik

Proses Produksi:
1. Ekstraksi asam amino yang berasal dr hidrolisa protein
Seperti: L-sistein, leusin, asparagin,tirosin
2. Sintesis kimia: glisin, alanin,metionon dan triptopan
3. Produksioleh mikroorganisme: glisin serin

11/9/2020 15
 Asam Amino yang di Komersialkan

No. Asam Kegunaanya No. Asam Kegunaanya

Amino Amino
1. Alanin Perasa
10. Isoleusin Infus
2. Arginin Terapi penyakit liver
11. Leusin Infus
3. As. Perasa, pemanis sintesis
Aspartat 12. Lysin Makanan tambahan
4. Asparagin Terapi
13. Metionin Makanan tambahan
5. Sistein Produksi roti, terapi
bronkhitis, 14. Penilalanin Infus, pemanis sintesis
antioksidan 15. Prolin Infus
6. As. Perasa
16. Serin Kosmetik
Glutamik
7. Glutamin Terapi bisul dan borok 17. Threonin Makanan tambahan

8. Glisin Gula sintesis

9. Histidin Terapi borok/bisul, 18. Tryptopan Infus, antioksidan
antioksidan

11/9/2020 16
Jalur Produksi Asam Amino

11/9/2020 17
 VAKSIN
Mikroorganisme yg telah dilemahkan atau pengendalian
suatu penyakit infeksi dengan menggunakan preparasi
antigen
Vaksinasi: vaksin yg disuntikan ke dlm peredaran
darah yg akan merangsang sistem
imun utk mensintesis antibodi yg akan
melindungi tubuh thd infeksi
selanjutnya

Tiga macam cara yg dikembangkan untuk vaksin

rekombinan
1. Kloning dlm vektor ekspresi
a. Untuk penyakit mulut-kuku
Gen utk protein mulut dan kuku: VP1 & VP2 di dlm E.coli
b. Hepatitis B
2. Virus vaksinasi rekombinan
a. Penyakit cacar
3. Peptida antigenik

11/9/2020 18
11/9/2020 19
 BIOPOLIMER
 Yaitu: makromolekl yg multi unit yg dihasilkan oleh organisme hidup
 Fungsi:
1. Proses industri makanan
2. Industri obat-obatan
 Turunan dr bbrp polimer dpt berasaldrmikroorganisme, tumbuhan dan
hewan

I. GUM XANTHAN (GX): exopolisakarida yg mrpkan hasil dr metabolisme

Struktur GX: - polimer unit glukosa
- rantai panjang triliserida yg mgd 2 manosa
- 1 residu asam glukoronik
 Sifat GX:
1. Mudah larut dlm air panas maupun air dingin
2. Mempunyai visikositas yg tinggi pd konsentrasi rendah
3. Tahan terhadap pengaruh pH, garam maupun reaksi enzim
4. Tahan terhadap degradasi mikroba & stabil pd suhu tinggi
 Guna: sbg pengental, penstabil,
inhibitor kristalisasi berbagai pangan

11/9/2020 20
11/9/2020 21
 Proses Produksi
Dg proses fermentasi terendam dg
medium yg mgd karbohirat, mineral,
sumber N, aerob,pH 6-7.5, suhu 28-31 C
dg pemberian aerasi dan agitasi
 Bakteri penghasil: Xantomonas campestris
Tipe liar tdk merombak laktosa,tp mampu
merombak glukosa, sukrosa dan pati

11/9/2020 22
 2. MELANIN

 Yaitu: biopolimer dg tingkat absorbsinya tinggi yg disintesis oleh

hewan, tumbuhan , bakteri dan jamur
 Fungsi:
1. Sbg warna yg dpt memproteksi cahaya/sinar matahari
2. Industri plastik
3. Produk kosmetik
 Struktur: senyawa polimer yg tersusun dr indol, benthiazol & as.
Amino
 Sintesis
1. Proses katalis oleh tembaga ymd monooxygenase tirosin (oksidasi
tirosin)
Tirosin dihidroksifenilalanin quinon
2. Proses enzimatis
 Hasil berwarna hitam, coklat, kuning, merah /violet
 Melanin dr bahan alam jmh sedikit
 Bakteri penghasil: Streptomyces antibioticus

11/9/2020 23
ANTIBIOTIK BARU

11/9/2020 24
11/9/2020 25
 PENGELOMPOKAN ANTIBIOTIK:

1. Antibiotik berspektrum Luas (broad-spectrum antibiotic):

yaitu antibiotik yg mampu mengambat pertumbuhan bakteri
Gram negatif & Gram positif

2. Antibiotik berspektrum sempit (narrow-spectrum

antibiotic):
yaitu antibiotik yg hanya mampu menghambat bakteri Gram
negatif saja atau Gram positif aja.

11/9/2020 26
Pengukuran
Aktivitas Mikroba

11/9/2020 27
Soal Latihan:
1. Sebutkan peranan positif dari mikroba sebagai produsen
untuk menghasilkan produk komersial
2. Sebutkan contoh dari biopolimer
3. Apa struktur penyusun dari gum xanthan
4. Sebutkan metode untuk mengukur aktivitas mikroba
5. Apa saja yang diperlukan untuk proses pembuatan
rekombinan

11/9/2020 28