Kontroversi yang terjadi pada doktrin sakramen diantaranya adalah perbedaan
paham tentang bagaimana pengertian, manfaat, jumlah, cara kehadiran, cara kerja dan kedudukan sakramen itu sendiri. Karena dalam hal inilah terlihat perbedaan-perbedaan para tokoh memaknai sakramen. Jika Gereja Katolik Roma mempercayai tujuh sakramen maka Luther dan Calvin mempercayai dua sakramen. Gereja Katolik Roma memahami sakramen dilakukan dengan cara transsubstansiasi (trans: berubah; Ketika rumusan sakramen (Perjamuan Kudus) diucapkan imam, roti dan anggur serta merta berubah menjadi tubuh dan darah Kristus), Martin Luther justru menganggap itu sebagai sesuatu yang magis dan tidak realistis, dan perbedaan-perbedaan lainnya. Begitu pula dengan baptisan Luther justru tidak menolak baptisan darurat, tetapi calvin justru menolaknya karena bagi Calvin keselamatan ini terjamin karena janji Allah bahwa Ia menjadi Allah orang percaya dan keturunannya. Dalam janji ini terkandung janji bahwa anak-anak yang baru lahir sudah menjadi anak Allah, kemudian berbeda lagi dengan anabaptis yang menolak baptisan anak. Jadi ada cara yang berbeda dari setiap tokoh dalam memahami sakramen maupun sakramen baptisan yang semua itu menjadi dasar kontroversi. sakramen sebagai suatu tanda yang sangat diperdebatkan dalam gereja pada akhirnya memiliki pengertian yang berbeda-beda dalam pengaplikasiannya dan GKR memiliki pemahaman sendiri tentang sakramen yang sangat berbeda dengan Luther, zwingli dan calvin, karena mereka mempercayai bahwa hanya ada dua sakramen yaitu baptisan dan perjamuan kudus. Sedangkan Kaum Anababtisme mengatakan, babtisan merupakan tanda atau materai yang memperlihatkan bahewa seseorang telah sungguh-sungguh memahami imannya serta telah sadar menyatakan pengakuannya bahwa Yesus Kristus adalah Juru Selamat. Karena itu babtisan hanya bisa dilayangkan bagi orang dewasa karena merekalah yang telah memenuhi syarat-syarat itu. Karena itu pula mereka yang telah dibabtis waktu anak-anak harus dibaptis ulang sebab babtisan anak- anak itu tidak sah.