Dari data peroksidase kedelai yang ada di GeneBank, dipilih sekuen DNA Per dari G.

max (L78163) untuk digunakan sebagai pembanding. Sekuen cDNA PerL sangat berbeda
dengan sekuen DNA Per dari G. max (L78163),Walaupun berbeda sekuen DNA dan urutan
asam amino, ternyata PerL dan Per dari G. max (L78163) memiliki kesamaan pada daerah
domain terkonservasi (Gambar 5). Urutan asam amino PerL dan Per dari G. max (L78163)
diduga termasuk ke dalam tipe secretory peroxidase. Namun ada perbedaan letak secretory
peroxidase pada kedua urutan asam amino tersebut. Pada PerL, secretory peroxidase dijumpai
pada asam amino ke-31 sampai urutan ke-331. Sedangkan pada Per dari Glycine max
(L78163), secretory peroxidase dijumpai pada asam amino ke-27 sampai urutan ke325.

Peroksidase pada tumbuhan, fungi, dan bakteri, dapat dilihat sebagai anggota dari
superfamily yang terdiri atas 3 kelas berdasarkan kemiripan sekuen (Welinder 1992).
Peroksidase kelas I meliputi cytochrome c peroxidase (CCP) pada ragi, ascorbate peroxidase
(AP), dan catalase - peroxidase pada bakteri. Peroksidase kelas II meliputi secretory
peroxidase pada fungi seperti ligninase atau lignin peroxidases (LiPs). Peroksidase kelas III
meliputi secretory peroxidase pada tumbuhan, dengan berbagai fungsi yang spesifik seperti
menghilangkan hidrogen peroksida dari kloroplas dan sitosol, mengoksidasi senyawa toksik,
biosintesis dinding sel, respon pertahanan terhadap pelukaan, katabolisme indole 3 acetic acid
(IAA), dan biosintesis etilen. Dengan demikian, PerL diduga termasuk ke dalam Peroksidase
kelas III.