INSTRUMEN ANALISIS

Elektroforesi gel merupakan salah satu teknik utama dalam biologi molekular. Prinsip
dasar teknik ini adalah bahwa DNA, RNA, atau protein dapat dipisahkan oleh medan listrik.
Dalam hal ini, molekul-molekul tersebut dipisahkan berdasarkan laju perpindahannya oleh gaya
gerak listrik di dalam matriks gel. Laju perpindahan tersebut bergantung pada ukuran molekul
bersangkutan. Elektroforesis gel biasanya dilakukan untuk tujuan analisis, namun dapat pula
digunakan sebagai teknik preparatif untuk memurnikan molekul sebelum digunakan dalam
metode-metode lain seperti spektrometer massa, PCR, kloning, sekuensing DNA, atau immuno-
blotting yang merupakan metode-metode karakterisasi lebih lanjut.
Gel yang digunakan biasanya merupakan polimer bertautan silang (crosslinked ) yang
porositasnya dapat diatur sesuai dengan kebutuhan. Untuk memisahkan protein atau asam
nukleat berukuran kecil (DNA, RNA, atau oligonukleotida), gel yang digunakan biasanya
merupakan gel poliakrilamida, dibuat dengan konsentrasi berbeda-beda antara akrilamida dan zat
yang memungkinkan pertautan silang (cross-linker ), menghasilkan jaringan  poliakrilamida
dengan ukuran rongga berbeda-beda. Untuk memisahkan asam nukleat yang lebih besar (lebih
besar dari beberapa ratus basa), gel yang digunakan adalah agarosa (dari ekstrak rumput laut)
yang sudah dimurnikan.
Dalam proses elektroforesis, sampel molekul ditempatkan ke dalam sumur (well )  pada
gel yang ditempatkan di dalam larutan penyangga, dan listrik dialirkan kepadanya. Molekul-
molekul sampel tersebut akan bergerak di dalam matriks gel ke arah salah satu kutub listrik
sesuai dengan muatannya. Dalam hal asam nukleat, arah pergerakan adalah menuju
elektrodapositif, disebabkan oleh muatan negatif alami pada rangka gula-fosfat yang dimilikinya.
Untuk menjaga agar laju perpindahan asam nukleat benar-benar hanya  berdasarkan ukuran
(yaitu panjangnya), zat seperti natrium hidroksida atau formamida digunakan untuk menjaga
agar asam nukleat berbentuk lurus. Sementara itu, protein didenaturasi dengan deterjen
(misalnya natrium dodesil sulfat, SDS) untuk membuat protein tersebut berbentuk lurus dan
bermuatan negatif. Setelah proses elektroforesis selesai, dilakukan proses pewarnaan ( staining )
agar  molekul sampel yang telah terpisah dapat dilihat. Etidium bromida, perak, atau pewarna
"biru Coomassie" (Coomassie blue) dapat digunakan untuk keperluan ini. Jika molekul sampel
berpendar dalam sinar ultraviolet (misalnya setelah "diwarnai" dengan etidium  bromida), gel
difoto di bawah sinar ultraviolet. Jika molekul sampel mengandung atom radioaktif,
autoradiogram gel tersebut dibuat. Pita-pita (band ) pada lajur-lajur (lane) yang berbeda pada gel
akan tampak setelah  proses pewarnaan; satu lajur merupakan arah pergerakan sampel dari
"sumur" gel. Pita-pita yang berjarak sama dari sumur gel pada akhir elektroforesis mengandung
molekul-molekul yang bergerak di dalam gel selama elektroforesis dengan kecepatan yang sama,
yang  biasanya berarti bahwa molekul-molekul tersebut berukuran sama. "Marka" atau penanda
(marker ) yang merupakan campuran molekul dengan ukuran berbeda-beda dapat digunakan
untuk menentukan ukuran molekul dalam pita sampel dengan meng-elektroforesis marka
tersebut pada lajur di gel yang paralel dengan sampel. Pita-pita pada lajur marka tersebut dapat
dibandingkan dengan pita sampel untuk menentukan ukurannya. Jarak pita dari sumur  gel
berbanding terbalik terhadap logaritma ukuran molekul.
 Gambar 1. Instrumen dalam Elektroforesis Gel

Cara menganalisis data Elektroforesis antara lain :

1. Membuat matriks Gel. Gel yang digunakan dalam elektroforesis ada 3 macam: 1. Gel poliakrilamida
denaturasi, berfungsi dalam penanda oligonukleotida dan menganalisis pemanjangan primer. 2. Gel
alkalin agarosa, berfungsi untuk memisahkan rantai DNA yang berukuran besar. 3. Gel agarosa
formaldehid denaturasi, berfungsi untuk menyediakan sistem elektroforesis RNA pada Ukuran Standar
(Davis dkk. 1994: 151).

2.Proses Elektroforesis. Dalam elektroforesis gel, pemisahan terjadi dalam media hidrogel elektrik
nonkonduktif seperti agarosa atau poliakrilamid (PA) yang berisi, buffer elektrolit. pori-pori fungsi gel
molekuler saringan, yang menghambat molekul bermigrasi menurut ukuran mereka. Selanjutnya, gel
bertindak sebagai media pendukung anticonvective, yang dapat meminimalkan difusi dari molekul
sampel, dan dengan demikian mengurangi pelebaran pita. 20 karenanya, nomor plat tinggi dan resolusi
tinggi dapat dicapai, terutama untuk molekul berat molekul tinggi seperti DNA atau protein.a jumlah
yang sangat besar senyawa karenanya dapat dipisahkan dalam bentuk tunggal .. sebagai EOF ditekan
dalam elctroporesis gel, hanya analit dengan muatan bersih dapat dipisahkan. senyawa netral tidak
bermigrasi melalui gel bawah pengaruh medan listrik diterapkan. elektroforesis gel adalah agak lambat
dan tenaga kerja - metode intensif, yang tidak mudah otomatis.

3. Visualisasi (Staining) atau Gel Documentation System.Pada tahapan ini agar didapat pemisahan
elektroforesis yang dapat teramati.
 Tahap Membuat Matriks Gel Tahap memasukkan sampel

Tahap Analisis menggunakan Aplikasi Tahap memasukkan sampel kedalam

khusus Elektroforesis Matriks Gel

Grafik hasil dari Elektroforesis