GENETIC DIAGNOSTIC METHODS

Oleh:

Diana Etika Azzahra

2008260099

Fakultas Kedokteran
Universitas Muhammadiyah Sumatera Utara
2020
 DAFTAR ISI

DAFTAR ISI ...................................................................................................... i

BAB I PENDAHULUAN

1. Latar Belakang… .......................................................................... 1

2. Identifikasi Masalah ...................................................................... 2

BAB II PEMBAHASAN

A. Metodologi penguji genetik............................................................ 3

B. Pengujian Sitogenetik..................................................................... 3
C. Pengujian Biokimia......................................................................... 4
D. Pengujian Molekuler....................................................................... 4
E. Polymerase Chain Reaction (PCR)................................................. 5
BAB III PENUTUP

1 Kesimpulan ......................................................................................... 6
2 Daftar pustaka ..................................................................................... 6
 BAB I

PENDAHULUAN

A. Latar Belakang

Praktikum adalah kegiatan belajar mengajar dengan cara tatap muka yang
menekankan pada aspek psikomotorik (ketrampilan), kognitif (pengetahuan) dan afektif
(sikap) dengan menggunakan peralatan di laboratorium/kebun percobaan/lapangan yang
terjadwal (Timb , 2011). Untuk memudahkan praktikan dalam bekerja sewaktu
praktikum, maka disusunlah Lembar Kerja (LK), sehingga preparat yang diamati
praktikan dapat didokumentasikan. Berdasarkan penelitian Nurlaelah (2010) menyatakan
bahwa pengunaan Lembar Kerja Mahasiswa (LKM) pada perkuliahan Struktur Aljabar I
dengan menggunakan program ISETL dan Siklus ACE sebagai metode pembelajarannya
cukup menunjang.
Praktikum merupakan suatu kegiatan yang penting untuk dilakukan, terlebih lagi
dalam proses pembelajaran yang membutuhkan pembuktian yang merupakan kegiatan
ilmiah. Diyakini oleh banyak pakar pendidikan IPA bahwa tidak ada cara terbaik agar
siswa belajar pendekatan ilmiah kecuali menjadikan mereka scientist (Anonimb , 2010).

1
B. Identifikasi Masalah
a. Bagaimana Metodologi Pengujian Genetik?
b. Bagaimana Pengujian Sitogenetik serta apa itu FISH?

c. Jelaskan bagaimana cara Pengujian klinis untuk penyakit biokimia?

d. Penarapan seperti apa Pengujian Molekuler?

e. Jelaskan apa itu PCR?

2
 BAB II

PEMBAHASAN
A. Metodologi Pengujian Genetik

Karena jumlah tes genetik telah berkembang pesat selama dekade terakhir,
demikian pula berbagai jenis metodologi pengujian genetik yang digunakan. Jenis tes
yang digunakan tergantung pada jenis kelainan yang diukur. Secara umum, tiga kategori
pengujian genetik — sitogenetik, biokimia, dan molekuler — tersedia untuk mendeteksi
kelainan pada struktur kromosom, fungsi protein, dan urutan DNA, masing-masing.

B. Pengujian Sitogenetik
Sitogenetika melibatkan pemeriksaan kromosom untuk mengidentifikasi kelainan
struktural. Kromosom sel manusia yang membelah dapat dianalisis dengan jelas dalam
sel darah putih, khususnya limfosit T, yang mudah diambil dari darah. Sel dari jaringan
lain seperti sumsum tulang, cairan ketuban, dan jaringan lain juga dapat dibiakkan untuk
analisis sitogenetik. Setelah beberapa hari kultur sel, kromosom difiksasi, disebarkan
pada slide mikroskop, dan diwarnai. Metode pewarnaan untuk analisis rutin
memungkinkan setiap kromosom diidentifikasi secara individual. Pita berbeda dari setiap
kromosom yang terungkap dengan pewarnaan memungkinkan untuk analisis struktur
kromosom.
Fluorescent in situ hybridization (FISH) adalah proses yang dengan jelas
mengecat kromosom atau bagian kromosom dengan molekul fluoresen untuk
mengidentifikasi kelainan kromosom (misalnya, penyisipan, penghapusan, translokasi,
dan amplifikasi). FISH biasanya digunakan untuk mengidentifikasi penghapusan
kromosom tertentu yang terkait dengan sindrom pediatrik seperti sindrom DiGeorge
(penghapusan bagian dari kromosom 22, juga disebut del22) dan kanker seperti leukemia
myelogenous kronis (translokasi yang melibatkan kromosom 9 dan 22).

3
C. Pengujian Biokimia

Pengujian klinis untuk penyakit biokimia menggunakan teknik yang memeriksa

protein, bukan gen. Banyak penyakit genetik biokimia yang dikenal sebagai "kesalahan
metabolisme bawaan" karena muncul saat lahir dan mengganggu jalur metabolisme
utama. Bergantung pada penyakitnya, tes dapat dikembangkan untuk mengukur aktivitas
protein secara langsung (pengukuran langsung aktivitas enzim), tingkat metabolit
(pengukuran aktivitas enzim secara tidak langsung), dan ukuran atau kuantitas protein
(struktur protein). Tes ini membutuhkan sampel jaringan yang mengandung protein,
biasanya darah, urin, cairan ketuban, atau cairan serebrospinal. Karena produk gen
mungkin lebih tidak stabil daripada DNA atau RNA dan dapat terdegradasi dengan cepat,
sampel harus dikumpulkan, disimpan dengan benar, dan dikirim segera sesuai dengan
spesifikasi laboratorium.
Berbagai teknologi seperti kromatografi cair kinerja tinggi (HPLC), kromatografi gas/
spektrometri massa (GC / MS), dan spektrometri massa tandem (MS / MS)
memungkinkan deteksi kualitatif dan penentuan kuantitatif metabolit. Selain itu, bioassay
dapat menggunakan metode kromatografi lapis tipis flourometri, radioisotop, atau lapis
tipis.

D. Pengujian Molekuler

Analisis DNA langsung dapat diterapkan ketika urutan gen yang diinginkan
diketahui. Untuk mutasi DNA kecil, pengujian DNA langsung biasanya merupakan
metode yang paling efektif, terutama jika fungsi protein tidak diketahui dan uji biokimia
tidak dapat dikembangkan. Tes DNA dapat dilakukan pada sampel jaringan apa pun dan
membutuhkan sampel dalam jumlah yang sangat kecil. Beberapa teknologi molekuler
yang berbeda, termasuk pengurutan langsung, pengujian berbasis reaksi rantai polimerase
(PCR), dan hibridisasi, dapat digunakan untuk melakukan pengujian. PCR adalah
prosedur umum yang digunakan untuk memperkuat segmen target DNA melalui siklus
denaturasi yang berulang (pemisahan DNA untai ganda yang diinduksi panas), anil
(pengikatan primer spesifik segmen target ke untai DNA induk), dan perpanjangan
(perpanjangan urutan primer untuk membentuk salinan baru dari urutan target). Produk
yang diperkuat kemudian dapat diuji lebih lanjut. Untuk beberapa penyakit genetik,
banyak mutasi yang berbeda dapat terjadi pada gen yang sama dan mengakibatkan
penyakit, membuat pengujian molekuler menjadi tantangan. Namun, jika sebagian besar
kasus penyakit genetik tertentu disebabkan oleh beberapa mutasi, kelompok mutasi ini
terlebih dahulu diuji sebelum pengujian yang lebih komprehensif seperti pengurutan
dilakukan.

Hibridisasi genomik komparatif (CGH) atau analisis mikroarray kromosom (CMA)

adalah metode sitogenetik molekuler untuk menganalisis keuntungan atau kerugian dalam
DNA yang tidak dapat dideteksi dengan analisis kromosom rutin. Metode ini didasarkan
pada proporsi DNA pasien yang diberi label dengan fluoresen terhadap DNA rujukan
normal. CGH dapat mendeteksi penghapusan kecil dan duplikasi, tetapi tidak dapat
mendeteksi perubahan struktural kromosom seperti translokasi timbal balik yang
seimbang atau inversi atau perubahan jumlah salinan kromosom.

Analisis microarray DNA, juga disebut sebagai analisis gen, genom, atau chip DNA,
adalah alat untuk menentukan ekspresi gen. Molekul mRNA mengikat, atau

4
berhibridisasi, secara khusus ke templat DNA, biasanya gen atau bagian dari gen,
darimana ia berasal. Ketika sebuah array berisi banyak templat DNA, tingkat ekspresi.

E. Polymerase Chain Reaction (PCR)

PCR dikembangkan pada tahun 1984 oleh seorang biokimiawan bernama Kary
Mullis2. PCR atau reaksi berantai polymerase adalah suatu metode enzimatis dalam
bidang biologi molekuler yang bertujuan untuk melipatgandakan secara eksponensial
suatu sekuen nukleotida tertentu dengan jumlah kelipatan ribuan hingga jutaan salinan
secara in vitro 2,10. Ketika awal perkembangannya, metode ini hanya digunakan sebagai
metode untuk melipatgandakan DNA. Kemudian, metode ini dikembangkan untuk
melipatgandakan dan melakukan kuantitasi molekul mRNA 10. Proses PCR merupakan
proses siklus yang berulang meliputi tahap denaturasi, pemisahan kedua untai DNA pada
temperatur tinggi. DNA akan terdenaturasi pada temperatur 90 hingga 97 ºC 2. Pada
teknik PCR, denaturasi optimum terjadi pada temperatur 95ºC selama 30 detik;
annealing, tahap penempelan primer pada pita DNA yang sesuai, pada suhu 55 hingga
60ºC selama 30 detik; dan ekstensi oleh enzim DNA polimerase pada suhu 72ºC dalam
waktu yang disesuaikan dengan panjang atau pendeknya ukuran DNA yang diharapkan
sebagai produk amplifikasi11. Umumnya, waktu yang digunakan untuk ekstensi DNA
pada PCR pada 2-3 menit.

Enzim DNA polimerase yang digunakan dalam tahap ekstensi adalah Taq DNA
polimerase. Enzim ini diisolasi dari bakteri Thermus aquaticus BM (Taq) dan
dikembangkan pada tahun 1988. Thermus aquaticus BM merupakan strain yang tidak
memiliki endonuklease restriksi Taq1. Taq DNA polimerase tersusun dari satu rantai
polipeptida yang memiliki berat molekul kurang lebih 95 kD. Enzim ini memiliki
kemampuan polimerisasi DNA yang sangat tinggi, namun tidak memiliki aktivitas
eksonuklease 3’ ke 5’. Taq polimerase paling aktif pada pH 9. Enzim Taq DNA
polimerase mampu tahan sampai suhu mendidih 100ºC, dan aktivitas optimalnya dapat
berlangsung pada suhu 92-95ºC
Seperti halnya pada replikasi DNA, enzim DNA polimerase mensintesis DNA dengan
arah dari ujung 5’ ke ujung 3’.

5
 BAB III

PENUTUP

KESIMPULAN

Kesimpulan dari paper yang saya buat ini adalah agar menambah pengetahuan
bagaimana Metodologi Pengujian Genetik,Bagaimana Pengujian Sitogenetik serta apa itu
FISH,menjelaskan bagaimana cara Pengujian klinis untuk penyakit biokimia, dan
Penarapan seperti apa Pengujian Molekuler,menjelaskan apa itu PCR.
Lalu kita bisa lebih mudah memahami dalam bahasa kita sendiri. Tetapi kita
juga tidak terlalu fokus ke bahasa sendiri melainkan juga menguasai bahasa
asing/internasional.

Daftar pustaka

1. Greenwood Genetic Center. Cytogenetics: Chromosome Analysis.

www.ggc.org/diagnostics/cytogenetics/cytogenetics.htm.
2. Laboratory Corporation of America. A Basic Guide to Genetic Testing.
www.labcorp.com/genetics/basic_guide/index.html.
3. Yuwono, T. 2006. Teori dan Aplikasi Polymerase Chain Reaction. Penerbit Andi.
Yogyakarta. Hal 1-25
4. Fatchiyah, E.L. Arumningtyas, S. Widyarti, S.Rahayu. 2011. Biologi Molekuler
Prinsip Dasar Analisis. Erlangga. Jakarta. Hal. 48-57
5. Watson, J.D., T.A. Baker, S.P. Bell, A. Gann, M.Levine, & R. Losick. 2004.
Molecular Biology of The Gene. 5th edition. Benjamin Cumming. Pp. 681-683