GENETIKA UNTUK PEMULIAAN

TANAMAN

BAHAN GENETIK
OLEH
Dumaris Priskila Purba, S.P, M.Si
IV/3(2-1) sks
2.1. DNA, RNA dan kromosom
Sejarah:
1. 1869: DNA teridentifikasi sebagai benang halus pada darah putih yang diberi
ethanol dingin
2. 1935: DNA murni berhasil diisolasi
3. 1941: diajukan hipotesis satu gen-satu enzim
4. 1953: struktur molekul DNA terungkap
5. 1966: kode genetik dapat dipecahkan
6. 1969: pertama kali gen dapat disolasi
7. 1980: teknik penggandaan DNA secara buatan dapat dilakukan dengan mesin
PCR (Polymerase Chain Reaction)
8. 1984: Dikembangkan sistem sidik jari DNA (DNA finger printing)
2.1. DNA, RNA dan kromosom
Bahan Penyusun DNA:
2.1. DNA, RNA dan kromosom
Struktur Kimia Basa. Empat basa penyusun DNA
berdasarkan struktur kimianya dapat dikategorikan
menjadi 2 yaitu:
1. Kelompok Pyrimidine. Basa kelompok ini terbentuk dari satu
cincin yang terdiri dari 4 C dan 2 N. Kedua basa itu adalah
Thyimine dan Cytosine
2. Kelompok Purine. Basa kelompok ini terbentuk dari dua cincin
yang terdiri dari 5 C dan 4 N. Kedua basa itu adalah
Adenine dan Guanine
2.1. DNA, RNA dan kromosom
Ikatan antar Basa. Dalam pembentukan DNA terdapat 2 utas
yang saling berikatan, ikatan ini karena antar basa dapat
dihubungkan oleh unsur hydrogen, sehingga ikatan antar basa
disebut ikatan hydrogen. Berdasarkan jumlah ikatan dibagi 2,
yaitu:
1. Basa-basa berikatan dua, yaitu Thymine (T) dari Pyrimidine
dengan Adenine (A) dari Purine
2. Basa-basa berikatan tiga, yaitu Cytosine (C) dari Pyrimidine
dengan Guanine (G) dari Purine
Dengan pola ikatan hydrogen seperti itu menyebabkan terjadi
komplementasi, yaitu antara T-A dan C-G, yang penting bagi
proses replikasi dan ekspresi gen. Demikian juga jumlah basa
Pyrimidine akan sama dengan basa Purine, tetapi jumlah basa
berikatan 2 tidak selalu sama dengan jumlah basa berikatan 3
2.1. DNA, RNA dan kromosom
Penyusunan Basa:
Utas pada DNA dan RNA terbentuk dari ikatan antar deoxyribose dengan
deoxyribose bukan oleh ikatan antar basa dalam satu utas. Ikatan tersebut
terjadi ketika senyawa Phospat pada C no 5 pada suatu deoxyribose
berikatan dengan C no 3 pada deoxyribose yang lain. Ikatan ini disebut ikatan
phospho-diester, karena dihubungkan oleh phospat. Ikatan ini menyebabkan
utas terbentuk dan basa dapat menempel berurutan secara sequensial,
sehingga ikatan antar deoxyribose disebut juga tulang belakang (back bone)
DNA
Oleh karena P pada C no 5 berikatan dengan P pada C no 3, maka
pergerakan pembentukan utas akan berupa gerakan dari C no 5 ke C no 3,
sehingga ujung awal utas DNA/RNA disebut ujung 5’, sedangkan ujung akhirnya
disebut ujung 3’.
Pada DNA yang memiliki utas ganda arah pergerakan antar utas saling
berlawanan, sehingga posisi basa tidak selalu tepat sejajar, hal ini
mengakibatkan utas ganda DNA menjadi berpilin
Materi Genetik
2.1. DNA, RNA dan kromosom
Susunan basa pada DNA dapat divisualisasikan melalui mesin yang disebut
DNA sequencer. Pada saat ini biasanya basa C disajikan dalam warna biru,
basa G dalam warna hitam, basa T dalam warna merah dan basa A dalam
warna hijau.

Visualisasi susunan basa dari mesin DNA Susunan basa dari dari suatu fragment DNA
sequencer hasil analisis mesin DNA sequencer
2.1. DNA, RNA dan kromosom
Perbedaan DNA dengan RNA
Kompone
n DNA RNA
Gula Gula pada DNA Gula pada RNA masih
kehilangan unsur memiliki Oxygen pada C
Oxygen pada C no 2, no 2, sehingga diberi
sehingga nama Ribose
Basa Basa Pyrimidine dengan Basa Thyimine pada RNA
dua ikatan Hydrogen, tidak memiliki CH3 pada
Thyimine, memiliki CH3 salah satu C
pada salah satu C penyusunnya, dan disebut
penyusun Cincin Uracyl

Utas Ganda Tunggal

2.1. DNA, RNA dan kromosom
Pengandaan DNA:
2.1. DNA, RNA dan kromosom
Penggandaan DNA, dilakukan secara semi conservative, yaitu
pada setiap fragment DNA baru terbentuk masih terdapat satu
utas daru fragment yang sebelumnya. Proses ini dimungkinkan
karena adanya sistem komplentasi antara basa T dengan A, dan
basa C dengan G. replika

Tetua
Tetua
AGTCTTAACAGTC
TCAGAATTGTCAG

AGTCTTAACAGTC
TCAGAATTGTCAG
2.1. DNA, RNA dan kromosom
Langkah Pengandaan DNA:
1. Pemecahan (Cleavage) utas Ganda DNA pada suatu tempat
(Cleavage Site) yang memisahkan 2 utas sehingga dapat dilakukan
penggandaan DNA.
2. Penggandaan utas melalui proses komplementasi. Enzim DNA
Polymerase melakukan pembentukan utas DNA baru sesuai dengan
basa komplemennya.
3. Penutupan Nick. Oleh karena pemanjangan rantai DNA selalu
mengikuti pola 5’-3’, maka pada utas yang arah 5’-3’ nya searah
dengan arah cleavage, proses komplentasi terhenti menunggu
cleavege cukup besar, sehingga menyebabkan ada gap antar
rangkaian basa, gap ini disebut nick, yang harus ditutup agar
fragment DNA baru sempurna. Nick tidak terdapat pada utas dengan
arah 5’-3’ nya berlawanan dengan arah cleavage, karena proses
pemanjangan utas baru searah dengan arah cleavage.
2.1. DNA, RNA dan kromosom
Pengandaan DNA:
sekuens titik awal penggandaan
(ORI)

Utas DNA lama

sebagai template Primer RNA
Utas DNA baru
hasil penggandaan

Utas DNA digandakan dengan arah

berlawan arah utas pasangannya
2.1. DNA, RNA dan kromosom
Kromosom
Di dalam sel tanaman, DNA tersebar baik dalam inti sel, maupun
dalam sitoplasma. Dalam inti sel DNA tersusun dalam kromosom,
sedangkan dalam sitoplasma DNA terdapat dalam plastid,
mitochondria, yang jumlahnya lebih dari 1, hal ini karena dalam
sel tanaman terdapat tiga genom, yaitu genom inti, genom
mitochondria dan genom plastid.

plastid
mitokondria

inti
2.1. DNA, RNA dan kromosom
Pembentukan kromosom
Dari utas ganda DNA yang memiliki ketebalan 2 nm, mengalami
beberapa proses sebelum membentuk kromosom dengan
ketebalan 700 nm, yaitu:
1. Utas ganda DNA mengikat histone, sehingga mencapai
ketebalan 11 nm.
2. DNA yang sudah mengikat histone bergabung hingga dua
lapis, sehingga mencapai ketebalan 30 nm.
3. Gabungan diatas memendek membentuk pola gelombang
dengan lebar antara puncak dan lembah gelombang sebesar
300 nm.
4. Pola gelombang tersebut membentuk pola memilin dengan
ketebalan 700 nm. Pola pilinan tersebut akhirnya yang
nampak sebagai massa kromosom.
2.1. DNA, RNA dan kromosom
DNAdouble
helix(2-nm
diameter)

Histones
“Beads on
a string”

Nucleosome
(10-nm diameter)

Tight helical fiber

(30-nm diameter) Supercoil
(200-nm diameter)

700
nm
Metaphase chromosome
2.1. DNA, RNA dan kromosom

300 nm
2.1. DNA, RNA dan kromosom
Struktur kromosom:
Telomere: Ujung kromosom yang terdiri
dari sekuens DNA yang dibutuhkan
untuk stabilitas ujung kromosom.
Centromere: Bagian kromosom yang
berasosiasi dengan benang gelendong,
ketika pembelahan mitosis ataupun
meiosis.
Heterochromatin: Bagian kromosom
yang cenderung padat pilinannya,
jelas tampak pada interfase, umumnya
berada disekitar centromere and
telomere
Euchromatin: Merupakan bagian kromosom yang memiliki
kepadatan normal dan mengalami siklus kondensasi, cenderung
kurang memilin pada interfase. Gen-gen aktif umumnya berada
pada bagian ini.
Alel
 Alel ialah gen-gen yang terletak pada lokus
yang sama, mempunyai tugas/fungsi yang
sama, tetapi derajat intensitasnya berbeda
atau sama.

 Contoh: gen yang mengendalikan warna

tanaman, simbolnya A.
 Gen T dan gen t disebut sealel karena
terletakpada lokus yang sama.
 Maka:
 TT disebut homozigot dominan
 tt disebut homozigot resesif

 Tt disebut heterozigot
Lokus
 Lokus adalah lokasi spesifik suatu gen di sepanjang
kromosom
 Lokus yang memiliki variasi alel dalam suatu
populasi disebut Polimorfik, sebaliknya bila tidak
memiliki variasi maka disebut bersifat Monomorfik
(satu bentuk)
 Individu yang memiliki alel sama pada suatu lokus
dikatakan memiliki genotipe yang homozigot,
sedangkan yang berbeda dikatakan heterozigot
2.2. Struktur Gen
Gen: merupakan fragment DNA yang dapat ditranskripsi-kan
menjadi RNA dan diterjemahkan menjadi protein, yang
selanjutnya mampu mempengaruhi proses fisiologi tanaman
maupun penotifnya.
Pada dasarnya Gen tersusun oleh empat komponen:
1. Regulator
2. Promoter
3. Transcribed Region (Bagian yang ditranskripsikan)
4. Terminator
2.2. Struktur Gen
Regulator
Merupakan bagian dari gen yang berperan dalam
pola aktivasi suatu gen, pada rangkaian fisiologis apa,
pada kondisi apa, pada fase perkembangan apa, atau
pada organ apa. Umumnya berada pada awal sebuah
gen mendahului promotor
Regulator terdiri dari responsive element seperti
1. HSE (Heat Shock-response Element)
2. GRE (Glucocorticoid Response Element)
3. SRE (Serum Response Element)
2.2. Struktur Gen
Promoter
Merupakan bagian dari gen yang berperan penentuan
utas mana yang akan dikode untuk ditraskripsikan, dan
kapan titik awal transkripsi akan dilakukan. Letak
promotor berada sebelum titik awal transkripsi, sehingga
jarak dari titik inisiasi dinotasikan dengan tanda -, atau
disebut arah downstream. Promotor yang paling umum
terdapat dalam gen tanaman adalah TATA box.
Jenis-jenis Promotor
1. TATA box (TATAAA, 10 bp)
2. CAAT box (GGCCAATCT, 22 bp)
3. GC box ( GGGCGG, 20bp)
4. Octamer (ATTTGCAT, 20 bp)
5. kB (GGGACTTTCC, 10 bp)
6. ATF (GTGACGT, 20 bp).
2.2. Struktur Gen
Transcribed Region
Merupakan bagian dari gen akan ditranskripsikan
menjadi RNA. Bagian ini dimulai dari titik awal
transkripsi (start site) hingga titik akhir transkripsi
(termination site). Notasi mulai start site adalah +, atau
up stream. Dalam bagian ini terdapat bagian yang
akan dibawa keluar dari inti sel yang disebut exon, dan
bagian yang akan tetap ditinggalkan di dalam inti sel,
yang disebut intron.
Pada bagian exon mRNA, terdapat bagian yang akan
diterjemahkan menjadi rantai asam amino (Open
Reading Frame/ORF) dan bagian yang tidak
diterjemahkan (Un-translated Region/UTR)
2.2. Struktur Gen
Terminator
Merupakan bagian dari sekuens DNA dari suatu gen
yang memberi tanda kepada enzym penyusun RNA
(RNA polymerase) untuk mengehentikan proses
pemanjangan rantai RNA.

Start site Transcribed region Poly A tailing site

Termination site
regulator promoter
TATA EXON INTRON EXON AAUAA

UTR ORF UTR

AUG UGA,UAA,UA
G
2.2. Struktur Gen
Terminator
ATGGGCCATATGGCCCAT.
1.TCAGAATTGTCAG
2.AGTCATAAGGCCT
3.GCAGTCATTCCGG