Tinjauan
1
Departemen Ilmu Kedokteran Dasar, Sekolah Tinggi Kedokteran Osteopatik Pasifik, Universitas Ilmu
Kesehatan Barat, 309 E 2nd St, Pomona, CA 91766, AS; shayan.shiehzadegan@westernu.edu (SS);
michael.fox@westernu.edu (MF)
2
Departemen Biologi, Universitas California Irvine, Irvine, CA 92697, AS; nalaghem@uci.edu
* Korespondensi: vvenketaraman@westernu.edu; Telp.: +1-909-706-3736
Abstrak: Dengan varian delta COVID-19, yang dikenal sebagai B.1.617.2, dengan cepat meningkatkan
infeksi di seluruh dunia, kita perlu memahami apa yang membuat varian ini lebih menular. Satu studi telah
melaporkan bahwa varian delta adalah 60% lebih menular daripada varian alpha. Per Agustus 2021, varian
delta dengan cepat menjadi strain dominan. Meskipun negara-negara seperti AS, di mana sebagian besar
penduduknya divaksinasi, COVID-19 telah membuat kebangkitan infeksi. Secara kolektif, sebagai sebuah
negara, kami bertanya: apakah lebih mematikan? Apa yang membuatnya lebih "menular" atau "menular"?
Artikel ulasan ini menggali informasi yang sudah kita ketahui tentang varian delta dan bagaimana
perbandingannya dengan varian SARS-CoV-2 lainnya. Perusahaan vaksin saat ini seperti AstraZeneca, Pfizer/
BioNTech, dan Moderna telah melaporkan bahwa vaksin mereka dapat memberikan perlindungan terhadap
varian ini tetapi dengan kemanjuran yang sedikit berkurang. Pada artikel ini, kami melakukan tinjauan dan
ringkasan komprehensif dari varian delta B.1.617.2 dan apa yang membuatnya lebih menular.
sistem kekebalan dibandingkan dengan strain asli [6]. Lebih dari 26% populasi India
terinfeksi varian delta dalam periode tiga bulan. Tingkat penularan yang tinggi
kemungkinan besar disebabkan oleh sifat menghindar kekebalan dari strain delta.
Selain itu, selama gelombang pandemi kedua, terjadi penurunan kekebalan populasi
yang disebabkan oleh varian delta [8]. Di AS, tingkat infeksi terus meningkat meskipun
upaya vaksinasi dan pembatasan pandemi [9].
2. Patogenesis B.1.617.2
Varian delta SARS-CoV-2, B.1.617.2, memiliki 23 mutasi dibandingkan dengan strain
COVID-19 yang pertama diidentifikasi (strain alfa) [10]. Dua belas dari mutasi tersebut berada di
protein lonjakan (lihat Gambar 1 dan 2, dan Tabel 1 di bawah). Protein lonjakan memungkinkan
perlekatan sel inang untuk memungkinkan masuk ke dalam sel. Protein spike juga merupakan
protein yang ditargetkan oleh sistem kekebalan tubuh untuk pemberantasan virus. Setelah
protein lonjakan dikenali sebagai benda asing oleh sistem kekebalan, sel B menghasilkan
antibodi untuk menempel pada protein lonjakan ini untuk eradikasi. Protein lonjakan terdiri dari
dua subunit, yang disebut S1 dan S2. S1 mengikat reseptor ACE2, dan S2 membantu fusi dan
integrasi virus ke sel inang [11]. Semakin banyak protein lonjakan bermutasi, semakin sulit bagi
sistem kekebalan untuk mengidentifikasi mereka dan antibodi untuk dilampirkan untuk pemberantasan vir
Protein lonjakan baru yang menghindari sistem kekebalan memungkinkan perlekatan yang lebih baik
ke sel manusia, sehingga menginfeksi mereka lebih efektif.
Gambar 1. Struktur dan skema pengikatan SARS-CoV-2. (A) Keadaan istirahat asli dari reseptor ACE-II pada
permukaan sel inang. (B) Spike protein mengikat reseptor ACE-II. (C) Fusi virus dengan membran sel inang.
Protease sel inang membelah protein spike menjadi subunit S1 dan S2.
S1 bertanggung jawab untuk mengikat ACE-II, sedangkan S2 bertanggung jawab untuk fusi dan masuknya
virus. Setelah S1 mengikat ACE-II, subunit HR 1 dan 2 membentuk bundel 6-heliks (6-HB) untuk membawa
partikel virus dekat dengan sel inang untuk memungkinkan fusi dan masuk [11].
Machine Translated by Google
Gambar 2. Representasi mutasi protein spike yang ditemukan pada varian B.1.6172. NTD = N-terminal domain,
RBD = domain pengikat reseptor, RBM = motif pengikatan reseptor, SD1 = subdomain 1, dan SD2 = subdomain 2.
Tabel 1. Mutasi karakteristik B.1.617.2 [12]. S = gen protein lonjakan, N = gen nukleokapsid,
ORF = gen kerangka baca terbuka, dan M = gen protein membran.
S T19R
S del157/158
S L452R
S T478K
S D614G
S P681R
S D950N
ORF1a A1306S
ORF1a P2046L
ORF1a P2287S
ORF1a V2930L
ORF1a T3255I
ORF1a T3646A
ORF1b P314L
ORF1b G662S
ORF1b P1000L
ORF1b A1918V
ORF3a S26L
M I82T
ORF7a V82A
ORF7a T120I
ORF7b T40I
ORF8 del119/120
n D63G
n R203M
n D377Y
Mutasi gen paling menonjol yang diduga memungkinkan varian delta menjadi
varian yang paling menular adalah mutasi yang ditemukan pada protein spike. paku
mutasi gen pada varian B.1.617.2 ini adalah T19R, L452R, T478K, D614G, P681R, dan d960N,
dengan penghapusan pada posisi 157 dan 158.
Yang paling menonjol adalah mutasi protein lonjakan L452R dan P681R. Mutasi L452R
menggantikan arginin untuk leusin pada posisi 452. Satu studi menunjukkan bahwa ini memungkinkan untuk
protein lonjakan untuk menempel pada reseptor ACE2 dengan afinitas yang lebih tinggi. Reseptor ACE2 adalah
reseptor yang ditemukan di inang manusia di banyak sel tubuh yang memungkinkan protein lonjakan
dari SARS-CoV-2 untuk mengikat reseptor ini. Ini dapat membantu menghindari antibodi yang dirangsang oleh vaksin
untuk mengikat protein spike, karena reseptor ACE2 terikat dengan protein spike
dengan afinitas yang lebih tinggi [13]. Namun, penelitian lain menunjukkan bahwa mutasi L452R dapat memungkinkan
varian delta untuk menghindari diserang oleh sel T CD8, yang merupakan sel yang membasmi
virusnya [14].
Machine Translated by Google
Mutasi penting lainnya dari varian B.1.617.2 adalah substitusi P681R. Arginin menggantikan
prolin pada posisi 681, dan mutasi ini membantu memecah protein spike prekursor menjadi bentuk
aktif dari protein spike yang disebut S1 dan S2 [15,16]. Ini akan memungkinkan fusi dan integrasi
virus yang unggul ke sel inang dibandingkan dengan
varian tanpa mutasi ini.
Namun, berbagai penelitian masih mendukung bahwa vaksinasi masih akan menurunkan kemungkinan
morbiditas dan mortalitas dari strain baru.
Selain kemanjuran yang berkurang dalam kemampuan vaksin untuk mencegah infeksi, ikatan yang
tepat dari individu yang terinfeksi menciptakan masalah lebih lanjut dengan menahan penyebaran. Satu studi
Machine Translated by Google
menunjukkan bahwa individu yang divaksinasi lengkap dengan infeksi terobosan memiliki viral load yang
sama dengan pasien yang tidak divaksinasi [25]. Masalah yang lebih rumit adalah temuan bahwa, di
antara pasien yang terinfeksi, yang tidak dirawat di rumah sakit bahkan dapat memiliki viral load yang
lebih tinggi daripada pasien yang dirawat di rumah sakit [26]. Karena sebagian besar pengobatan dan
karantina COVID-19 didasarkan pada gejala dan belum tentu viral load, individu yang terinfeksi dapat
terus menyebarkan varian delta dengan mudah meskipun ada upaya kesehatan masyarakat saat ini.
6. Diskusi
Varian B.1.617.2 dengan cepat menjadi varian umum dari pandemi COVID-19. Wilayah di AS yang
menunjukkan kasus varian delta berada pada populasi yang kurang divaksinasi. Namun, kasus di seluruh
50 negara bagian meningkat, tetapi ini bisa menjadi kombinasi dari penularan varian delta yang lebih
mudah, serta orang Amerika yang menggunakan lebih sedikit masker dan jarak sosial. Lebih banyak
strain dapat muncul dari varian delta karena semakin banyak orang yang terinfeksi. Karena keseriusan
varian delta baru ini, Pusat Pengendalian dan Pencegahan Penyakit kini merekomendasikan bahwa
bahkan individu yang divaksinasi harus mengenakan masker di dalam ruangan di populasi di mana
tingkat penularan COVID-19 tinggi. Ini terjadi setelah kasus harian COVID-19 meningkat empat kali lipat
sejak awal Juli 2021.
Kami menyerukan untuk melihat lebih baik pengobatan pasien yang terinfeksi varian delta.
Karena gejalanya berbeda dari varian alfa, kami membutuhkan lebih banyak penelitian untuk
mencari cara terbaik untuk membantu pasien yang terinfeksi varian delta ini. Misalnya , karena
steroid telah digunakan dalam varian alfa, apakah steroid masih layak digunakan pada pasien
yang terinfeksi varian delta, meskipun biasanya tidak disertai dengan kesulitan bernapas?
Banyak informasi yang diketahui tentang varian lain dari virus SARS-CoV-2, namun masih
belum banyak yang diketahui tentang varian delta dari virus ini. Karena semakin banyak orang
yang terinfeksi varian delta, semakin banyak informasi yang tersedia, tetapi salah satu cara
untuk terus memerangi virus ini adalah dengan terus menjaga jarak, menggunakan masker
wajah, menggunakan kebersihan yang layak, dan divaksinasi sepenuhnya.
7. Kesimpulan
Studi lebih lanjut perlu dilakukan untuk menilai varian delta sepenuhnya, tetapi dalam tinjauan
komprehensif ini, kami menyelidiki apa yang membuat varian delta ini lebih menular, gejala terkait,
dan dampak sosial dari virus ini. Tampaknya infektivitas varian yang lebih tinggi adalah kombinasi
dari mutasi kunci yang memberikan protein lonjakan ikatan afinitas yang lebih tinggi dari ACE-II,
penurunan kemanjuran vaksin melawannya, dan viral load yang lebih tinggi pada individu yang terinfeksi.
Penelitian lebih lanjut diperlukan untuk mengklarifikasi gejala unik dari jenis ini, serta profil infeksi.
Semoga, pengetahuan yang baru ditemukan akan membantu memandu perawatan dan
pencegahan melalui strategi vaksinasi dan kebijakan publik lainnya.
Kontribusi Penulis: Konseptualisasi, SS dan VV; metodologi, SS; analisis formal, SS, MF
dan NA; tulisan—persiapan draf asli, SS dan NA; menulis—review dan editing, MF dan VV;
visualisasi, SS, MF dan NA; pengawasan, VV; administrasi proyek, VV Semua penulis telah
membaca dan menyetujui versi naskah yang diterbitkan.
Machine Translated by Google
Pernyataan Persetujuan yang Diinformasikan: Persetujuan pasien dibebaskan karena ini adalah artikel ulasan dan
tidak mengumpulkan data apa pun dari pasien.
Pernyataan Ketersediaan Data: Mutasi gen varian B.1.617.2: https://outbreak.info/ situasi-laporan?pango=B.1.617.2 (diakses pada
9 Oktober 2021).
Singkatan
ACE 2 = angiotensin-converting enzyme, B.1.1.7 = varian alpha COVID-19, B.1.351 = varian beta COVID-19,
B.1.617.2 = varian delta COVID-19, CD8 = Cluster of Differentiation 8, CDC = Pusat Pengendalian dan Pencegahan
Penyakit, COVID-19 = Coronavirus 19, ICU = unit perawatan intensif, NTD = domain terminal N, P.1 = varian gamma
COVID-19, RBD = domain pengikatan reseptor, RBM = motif pengikatan reseptor , S1/2 = protein lonjakan subunit
SARS-CoV-2
Coronavirus 2, SD1 = subdomain 1, SD2 = subdomain 12,2 ,dan = Sindrom
WHO = Organisasi Pernafasan
Kesehatan Dunia. Akut Parah
Referensi
1. Ji, W.; Wang, W.; Zhao, X.; Zai, J.; Li, X. Penularan Lintas Spesies dari Coronavirus yang Baru Diidentifikasi 2019-NCoV. J. Med. virus.
2020, 92, 433–440. [CrossRef] [PubMed]
2. pengukur dunia. Kasus virus corona. 2021. Tersedia online: www.worldometers.info/coronavirus/#countries (diakses pada 9
Oktober 2021).
3. Pappa, S.; Ntella, V.; Giannakas, T.; Giannakoulis, VG; Papoutsi, E.; Katsaounou, P. Prevalensi Depresi, Kecemasan, dan
Insomnia di antara Tenaga Kesehatan selama Pandemi COVID-19: Tinjauan Sistematis dan Meta-Analisis. Perilaku Otak
Imunitas 2020, 88, 901–907. [CrossRef] [PubMed]
4. Shigemura, J.; Ursano, RJ; Morganstein, J.; Kurosawa, M.; Benedek, DM Tanggapan publik terhadap novel coronavirus 2019 (2019-nCoV) di Jepang:
Konsekuensi kesehatan mental dan populasi sasaran. Klinik Psikiatri. ilmu saraf. 2020, 74, 281–282. [CrossRef]
[PubMed]
5. Maugeri, G.; Castrogiovanni, P.; Battaglia, G.; Pippi, R.; D'Agata, V.; Palma, A.; Di Rosa, M.; Usumeci, G. Dampak Aktivitas Fisik Terhadap Kesehatan
Psikologis Selama Pandemi COVID-19 di Italia. Heliyon 2020, 6, e04315. [CrossRef] [PubMed]
6. Doukky, R.; Mangla, A.; Ibrahim, Z.; Poulin, MF; Avery, E.; Collado, FM; Kaplan, J.; Powell, Dampak LH dari Ketidakaktifan Fisik
tentang Kematian pada Pasien Dengan Gagal Jantung. Saya. J. Kardiol. 2016, 117, 1135–1143. [CrossRef] [PubMed]
7. Callaway, Varian E. Delta Coronavirus: Ilmuwan Bersiap untuk Dampak. Alam 2021, 595, 17–18. [CrossRef] [PubMed]
8. Yang, W.; Jeffrey, S. Dinamika Pandemi COVID-19 di India dan Dampak Varian Delta SARS-CoV-2 (B.1.617.2). MedRxiv 2021.
Tersedia online: www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.06.21.21259268v1.full-text (diakses pada 9 Oktober 2021). [CrossRef]
9. Irfan, U. Bagaimana Varian Delta Mengubah Arah Pandemi. Media Vox. 2021. Tersedia online: www.vox.com/2254 7537/
delta-coronavirus-variant-COVID-19-vaccines-masks-lockdown (diakses pada 9 Oktober 2021).
10. Mutasi dan Varian Yang Diinginkan Hodcroft, EB SARS-CoV-2. CoVariant. Tersedia online: https://covariants.org/ (diakses
pada 9 Oktober 2021).
11. Huang, Y.; Yang, C.; Xu, XF; Xu, W.; Liu, SW Sifat struktural dan fungsional protein lonjakan SARS-CoV-2: Pengembangan obat antivirus potensial untuk
COVID-19. Acta Pharmacol. Dosa. 2020, 41, 1141–1149. [CrossRef] [PubMed]
12. Latif, AA; Mullen, JL; Alkuzweny, M.; Tsueng, G.; Kano, M.; Haag, E. Pusat Biologi Sistem Viral. 1 Juli 2021. B.1.617.2 Laporan Silsilah. Tersedia online:
https://outbreak.info/situation-reports?pango=B.1.617.2 (diakses pada 9 Oktober 2021).
13. Bintang, TN; Greaney, AJ; Dingens, AS; Bloom, JD Peta Lengkap Mutasi RBD SARS-CoV-2 Yang Lolos dari Antibodi Monoklonal LY-CoV555 dan Koktailnya
dengan LY-CoV016. Rep. Sel Med. 2021, 2, 100255. [CrossRef] [PubMed]
14. Koshy, J. Coronavirus|Strain 'Double Mutant' India Bernama B.1.617. Hindu. 2021. Tersedia online: https://www.thehindu. com/news/national/indian-double-
mutant-strain-named-b1617/article34274663.ece (diakses pada 9 Oktober 2021).
15. Haseltine, W. Varian SARS-CoV-2 India Mendarat di California. Lebih Banyak Bahaya di Depan? Forbes, 12 April 2021. Tersedia online: https://
www.forbes.com/sites/williamhaseltine/2021/04/12/an-indian-sars-cov-2-variant-lands-in-california-more bahaya di depan/?sh=6f92503b3b29(diakses pada
9 Oktober 2021).
16. Bertram, S.; Dijkman, R.; Habjan, M.; Heurich, A.; Gierer, S.; Glowacka, saya.; Welsch, K.; Winkler, M.; Schneider, H.; Hofmann Winkler, H.; dkk. TMPRSS2
Mengaktifkan Human Coronavirus 229E untuk Entri Sel Inang Cathepsin-Independen dan Diekspresikan dalam Sel Target Viral di Epitel Pernafasan. J.
Viral. 2013, 87, 6150–6160. [CrossRef] [PubMed]
17. CDC. Varian Delta: Apa yang Kita Ketahui tentang Sains. COVID-19. Agustus 2021. Tersedia online: https://www.cdc.gov/ coronavirus/2019-ncov/variants/
delta-variant.html (diakses pada 9 Oktober 2021).
Machine Translated by Google
18. SIAPA. Dasbor WHO Coronavirus (COVID-19). 2021. Tersedia online: https://covid19.who.int/ (diakses pada 8 Oktober
2021).
19. Hagen, A. Seberapa Berbahayakah Varian Delta (B.1.617.2)? Masyarakat Amerika untuk Mikrobiologi. 2021. Tersedia online: https://asm.org/
Articles/2021/July/How-Dangerous-is-the-Delta-Variant-B-1-617-2 (diakses pada 9 Oktober 2021).
20. Lang, Varian K. Delta memiliki Risiko Masuk ICU 235% Lebih Tinggi daripada Virus Asli. Berita Medis Hari Ini, 8 Oktober 2021.
Tersedia online: https://www.medicalnewstoday.com/articles/COVID-19-which-vaccines-are-effective-against-the-delta varian#Perlindungan-
tingkat-sangat-tinggi-terhadap-rawat inap(diakses pada 9 Oktober 2021).
21. Syekh, A.; McMenamin, J.; Taylor, B.; Robertson, C. SARS-CoV-2 Delta VOC di Skotlandia: Demografi, risiko rumah sakit
masuk, dan efektivitas vaksin. Lancet 2021, 397, 2461–2462. [CrossRef]
22. Torjesen, I. COVID-19: Varian Delta sekarang menjadi strain paling dominan di Inggris dan menyebar melalui sekolah. BMJ 2021, 373, n1445.
[CrossRef] [PubMed]
23. Bernal, JL; Andrews, N.; Gower, C.; Gallagher, E.; Simmons, R.; Thelwall, S.; Stowe, J.; Tessier, E.; Groves, N.; Dabrera, G.; dkk.
Efektivitas Vaksin COVID-19 Terhadap Varian B.1.617.2 (Delta). N. Inggris. J. Med. 2021, 385, 585–594. [CrossRef] [PubMed]
24. Li, R.; Li, Y.; Zou, Z.; Liu, Y.; Li, X.; Zhuang, G.; Shen, M.; Zhang, L. Memproyeksikan Dampak Varian SARS-CoV-2 pada Epidemi COVID-19
dan Pemulihan Sosial di Amerika Serikat: Studi Pemodelan Matematika. MedRxiv 2021. [CrossRef]
25. Tucker, R. COVID Delta Varian Viral Load Mirip di Divaksinasi dan Tidak Divaksinasi. Rumah Sakit Kesehatan Eropa. 2021. Tersedia online:
https://hospitalhealthcare.com/COVID-19/COVID-delta-variant-viral-load-similar-in-vaccinated-and-unvaccinated/ (diakses pada 9 Oktober
2021).
26. Argyropoulos, KV; Serrano, A.; Hu, J.; Hitam, M.; Feng, X.; Shen, G.; Panggilan, M.; Kim, MJ; Lytle, A.; Belovarac, B.; dkk.
Asosiasi Viral Load Awal pada Pasien Sindrom Pernafasan Akut Parah Coronavirus 2 (SARS-CoV-2) dengan Hasil dan Gejala.
Saya. J.Patol. 2020, 190, 1881–1887. [CrossRef] [PubMed]
27. Kesehatan UC Davis. Varian Delta: 8 Hal Yang Harus Anda Ketahui. Virus corona; UC Davis Kesehatan: Sacramento, CA, AS, 2021; Tersedia
online: https://health.ucdavis.edu/coronavirus/COVID-19-information/delta-variant.html (diakses pada 9 Oktober 2021).
28. Tellez, D.; Dayal, S.; Phan, P.; Mawley, A.; Syah, K.; Konsunji, G.; Tellez, C.; Ruiz, K.; Sabnis, R.; Dayal, S.; dkk. Analisis COVID-19 pada
Diagnosis, Vaksin, Pengobatan, dan Patogenesis dengan Skenario Klinis. klinik Praktek. 2021, 11, 309–321. [CrossRef]
[PubMed]