Machine Translated by Google
mikroorganisme
Tinjauan
Tinjauan Literatur tentang Omicron: Realitas Suram
Di tengah COVID-19
Suraj Arora 1,*, Vishakha Grover , Priyanka Saluja 3,*, Youssef Abdullah Algarni
Syaik Muhammad Asif 5 , Kavita Batra 6 , Muhammad Y. Alshahrani7 , Gotam Das 8,* , Rajni Jain9
2
dan Anchal Ohri
Kutipan: Arora, S.; Grover, V.; saluja,
P.; Algarni, YA; Saquib, SA; Seolah-olah,
SM; Batra, K.; Alsyahrani, SAYA; dan,
G.; Jain, R.; dkk. Tinjauan Literatur tentang
Omicron: Sebuah Realitas Suram Ditengah-tengah
COVID-19. Mikroorganisme 2022, 10,
451. https://doi.org/10.3390/
mikroorganisme10020451
Editor Akademik: Renmao Tian
Diterima: 12 Januari 2022
Diterima: 8 Februari 2022
Diterbitkan: 16 Februari 2022
Catatan Penerbit: MDPI tetap netral
sehubungan dengan klaim yurisdiksi di
peta yang diterbitkan dan afiliasi institusi
iasi.
Hak Cipta: © 2022 oleh penulis.
Penerima Lisensi MDPI, Basel, Swiss.
Artikel ini adalah artikel akses terbuka
didistribusikan dengan syarat dan
kondisi Creative Commons
Lisensi Atribusi (CC BY) (https://
creativecommons.org/licenses/by/
4.0/).
Mikroorganisme 2022, 10, 451. https://doi.org/10.3390/microorganisms10020451
2 1 4
, Shahabe Abullais Saquib,
1
Departemen Ilmu Gigi Restoratif, Fakultas Kedokteran Gigi, Universitas King Khalid,
Abha 61321, Arab Saudi; yalgarni@kku.edu.sa
2
Departemen Periodontologi dan Implantologi Oral, Institut Ilmu Kedokteran Gigi Dr. HSJ,
Universitas Panjab, Chandigarh 160014, India; vishakha_grover@rediffmail.com (VG);
ohrianchal1993@gmail.com (AO)
3
Departemen Kedokteran Gigi Konservatif dan Endodontik, JCD Dental College, Sirsa 125055, India
4
Departemen Periodontik dan Ilmu Gigi Komunitas, Fakultas Kedokteran Gigi, Universitas King Khalid,
Abha 61321, Arab Saudi; sshahabe@kku.edu.sa
5
Departemen Ilmu Diagnostik dan Biologi Lisan, Fakultas Kedokteran Gigi, Universitas King Khalid,
Abha 61321, Arab Saudi; mshaik@kku.edu.sa
6 Ahli Statistik Biomedis, Kantor Penelitian, Sekolah Kedokteran Kirk Kerkorian di Universitas Nevada,
2040 W. Charleston Blvd., Las Vegas, NV 89102, AS; kavita.batra@unlv.edu
7
Departemen Ilmu Laboratorium Klinis, Sekolah Tinggi Ilmu Kedokteran Terapan, Universitas King Khalid,
Abha 61321, Arab Saudi; moyahya@kku.edu.sa
8
Departemen Prostodonsia, Fakultas Kedokteran Gigi, Universitas King Khalid, Abha 61321, Arab Saudi
9
Departemen Prostodonsia, Institut Ilmu & Rumah Sakit Gigi Dr. HSJ, Universitas Punjab,
Chandigarh 160014, India; rajnijain25.rj@gmail.com
* Korespondensi: surajarorasgrd@yahoo.co.in (SA); priyanka.salujaarora@gmail.com (PS);
drgotam2000@gmail.com (GD); Telp.: +966-5-3148-5844 (SA); +966-5-4104-1969 (PS); +966-5-9328-0973 (GD)
Abstrak: Coronavirus disease 2019 (COVID-19) pertama kali muncul di kota Wuhan pada Desember 2019,
dan menjadi perhatian global yang serius karena sifatnya yang sangat menular. Respirasi Akut
Parah Coronavirus-2, dengan pendahulunya (yaitu, MERS-CoV dan SARS-CoV) milik keluarga
Coronaviridae. Dilaporkan, COVID-19 telah menginfeksi 344.710.576 orang di seluruh dunia dan membunuh
hampir 5.598.511 orang dalam kurun waktu dua tahun. Pada tanggal 24 November 2021, strain B.1.1.529,
kemudian diberi nama Omicron, diklasifikasikan sebagai Variant of Concern (VOC). SARS-CoV-2 terus menerus
mengalami serangkaian mutasi yang belum pernah terjadi sebelumnya dan berevolusi untuk menunjukkan berbagai karakteristik. Ini
mutasi sebagian besar terjadi pada protein spike (S) (situs untuk pengikatan antibodi), yang menghubungkan
karakteristik infektivitas dan transmisibilitas tinggi ke strain Omicron. Meskipun banyak studi
telah mencoba memahami tantangan baru ini dalam perlombaan strain COVID-19, masih banyak yang harus
menjadi demistifikasi. Oleh karena itu, tujuan dari tinjauan ini adalah untuk merangkum struktur atau virologi
karakteristik, beban, dan epidemiologi varian Omicron serta potensinya untuk menghindari
respon imun.
Kata kunci: Omikron; COVID-19; Afrika Selatan; B.1.1.529; kekebalan yang diperantarai sel; vaksin;
antibodi monoklonal
1. Latar Belakang
Coronavirus disease 2019 (COVID-19) pertama kali muncul di kota Wuhan pada Desember 2019,
dan menjadi perhatian global yang serius karena sifatnya yang sangat menular [1–3]. Yang Parah
Acute Respiratory Coronavirus-2, dengan pendahulunya (yaitu, MERS-CoV dan SARS-CoV)
termasuk dalam famili Coronaviridae. Dilaporkan, COVID-19 telah menginfeksi 344.710.576
orang di seluruh dunia dan membunuh hampir 5.598.511 orang dalam waktu singkat
https://www.mdpi.com/journal/microorganisms
Machine Translated by Google

Mikroorganisme 2022, 10, 451 2 dari 7

tahun [4]. Seperti virus lainnya, virus corona terus berubah melalui mutasi genetik , yang
telah menimbulkan tantangan baru dalam perjalanan menuju pemulihan. Menurut SARS-
CoV-2 Interagency Group (SIG) yang dipimpin pemerintah Amerika Serikat (AS), varian
SARS-CoV-2 dapat dikategorikan menjadi empat kelas: Variant Being Monitored (VBM),
Variant of Interest (VOI), Variant of Concern (VOC), dan Variant of High Consequence
(VOHC) [5]. Di antara kelas VOC, varian seperti Alpha (B.1.1.7), Beta (B.1.351), Gamma
(P.1), dan Delta (B.1.617.2 dan garis keturunan AY) berevolusi, dan baru-baru ini varian
baru , B.1.1.529, terdeteksi di beberapa negara [5]. Ini dengan cepat menjadi bahan diskusi
dan eksplorasi di antara komunitas ilmiah. Varian B.1.1.529 pertama kali terdeteksi di
Botswana, diikuti oleh Afrika Selatan antara 11 November 2021 dan 14 November 2021 [6].
Ini adalah VOC karena penularannya yang tinggi dan kurang rentan terhadap netralisasi
oleh antibodi yang dihasilkan baik oleh paparan virus sebelumnya atau pemberian vaksin
[5,6]. Menurut perkiraan, kasus B.1.1.529 di Afrika Selatan tumbuh lebih dari lima kali lipat
dalam satu minggu dari 16 November hingga 25 November 2021 [7,8]. Tren kenaikan ini
bertahan selama empat minggu, diikuti oleh penurunan cepat sebesar 48% dari 27
Desember 2021 hingga 2 Januari 2022 [7,8]. Negara lain yang melaporkan kasus infeksi
B.1.1.529 termasuk, namun tidak terbatas pada, Prancis, Belanda, Jerman, Portugal, Italia,
Inggris Raya (UK), Kanada, Hong Kong, Australia, dan Amerika Serikat . Pada tanggal 25
November, varian B.1.1.529 disebut Variant Under Monitoring oleh United Kingdom Health
Security Agency, dan dianggap sebagai varian bermutasi maksimal di antara varian lainnya
[7,8]. Sehari setelahnya, pada 26 November 2021, varian ini ditetapkan sebagai Variant of
Concern resmi oleh Organisasi Kesehatan Dunia (WHO) dan diberi nama Omicron [9].
Menurut pembaruan epidemiologi yang disediakan oleh European Surveillance System
(TESSy), kasus terkait perjalanan diidentifikasi pada 13% dari infeksi yang dikonfirmasi,
dengan hampir 70% dari kasus yang tersisa muncul secara lokal [10]. Omicron menciptakan
kekacauan di seluruh dunia dan berbagai penelitian sedang dilakukan untuk mempelajari
gejala yang muncul, penularan, risiko infeksi ulang, tingkat keparahan, dan kecenderungannya
untuk menghindari respons imun [11-14]. Ada kekhawatiran terkait penularannya yang
merajalela, yang dapat menghambat upaya penahanan, seperti efektivitas vaksin. Tren
lonjakan kasus Omicron mengkhawatirkan, karena hal ini dapat menyebabkan permintaan
yang berlebihan pada sistem perawatan kesehatan yang belum sepenuhnya pulih dari
kerusakan kesehatan dan keuangan yang disebabkan oleh wabah virus awal [14,15].
Meskipun penelitian telah berusaha untuk memahami tantangan baru ini dalam perlombaan
strain COVID-19, masih banyak yang harus diungkapkan. Oleh karena itu, tujuan dari
tinjauan ini adalah untuk meringkas karakteristik struktural atau virologi, beban, epidemiologi varian O

2. Karakteristik Struktural Omicron

Varian Omicron, yang merupakan turunan dari garis keturunan Pango B.1.1.529, menunjukkan
variasi dalam 21 asam amino yang berkaitan dengan protein spike dengan mayoritas berada di receptor
binding domain (RBD) (residu 319–541) dibandingkan dengan strain asli [16-21]. SARS-CoV-2 terus
menerus mengalami serangkaian mutasi yang belum pernah terjadi sebelumnya dan berevolusi untuk
menunjukkan berbagai karakteristik [16-21]. Mutasi ini sebagian besar terjadi pada protein spike (S) (yang
merupakan tempat pengikatan antibodi), yang menghubungkan sifat infektivitas dan transmisibilitas yang
tinggi dengan varian Omicron [16-20]. Menurut laporan genom, protein S Omikron memiliki total 30
substitusi asam amino, 3 penghapusan, dan 1 penyisipan kecil [21]. Sekitar 50% (n = 15) substitusi asam
amino terjadi secara eksklusif di domain pengikatan reseptor (RBD) [16-21]. Di antara 15 pengganti RBD,
N501Y dan Q498R memiliki afinitas yang lebih kuat terhadap enzim pengubah angiotensin (reseptor
ACE-2), yang menjelaskan transmisibilitas varian Omicron yang tinggi [16-22].

Reseptor ACE-2 memainkan peran penting dalam patogenesis COVID-19, yang mungkin melibatkan
kegagalan organ yang serius [23].
Machine Translated by Google

Mikroorganisme 2022, 10, 451 3 dari 7

3. Karakteristik Virologis Dijelaskan (Omicron vs. Varian Delta)

Studi terbaru telah melaporkan bahwa Omicron memiliki mekanisme yang berbeda untuk
memasuki inang, dan mampu mendapatkan entri sel independen dari transmembran serin
protease 2 (TMPRSS2) [24]. Jalur masuk dan replikasi virus Omikron adalah melalui jalur
endositik daripada jalur TMPRS22, tidak seperti varian Delta, yang mungkin berkontribusi pada
perbedaan dalam presentasi penyakit setelah terpapar varian Delta dan Omikron [24]. TMPRS22
sangat diekspresikan dalam sel-sel alveolar paru-paru; dengan demikian, karena ketergantungan
Omicron yang lebih rendah atau tidak ada pada jalur TMPRS22 untuk replikasinya, keterlibatan
paru-paru setelah paparan mungkin tidak ada atau terbatas [24,25]. Selain itu, kemampuan fusi
untuk membantu formasi syncytia (struktur yang dihasilkan setelah fusi beberapa sel) formasi
berkurang di Omicron dibandingkan dengan varian Delta. Berkurangnya kapasitas pembentukan
syncytia berarti lebih ringannya manifestasi klinis dan tropisme jaringan setelah infeksi Omicron
[24-26].

4. Epidemiologi Omikron dan Pergeseran Tropisme

Omikron menyebar lebih cepat dari virus aslinya; namun, data terkait jumlah reproduksinya
masih terbatas. Menurut Pusat Pencegahan dan Pengendalian Penyakit Eropa, varian ini bisa
lebih menular daripada varian Delta [10]. Laporan awal dari Afrika Selatan pada bulan November
menyarankan jumlah reproduksi efektif (Re) dari varian berada di kisaran 1,5–3; namun, perkiraan
terbaru dari Re serendah 0,75 juga dilaporkan [27]. Perkiraan terbaru ini harus ditafsirkan dengan
hati-hati, karena beberapa faktor, termasuk perubahan dalam tindakan atau upaya pengujian dan
keterlambatan dalam pelaporan kasus, mungkin berkontribusi pada perubahan jumlah reproduksi
[27]. Bukti kolektif menunjukkan bahwa Omicron memiliki infektivitas yang lebih besar dan potensi
untuk menyebabkan infeksi ulang dibandingkan dengan pendahulunya [9,27]; namun, data tidak
cukup untuk mengukur dampak keseluruhannya.
Gejala Omicron meliputi batuk kering, tenggorokan gatal, nyeri tubuh, kelelahan, pilek,
demam, dan gejala malam hari [18,19]. Menurut bukti terbaru dari Afrika Selatan, tidak ada gejala
aneh yang terkait dengan varian yang telah dilaporkan, dan beberapa pasien tetap asimtomatik
atau hanya menunjukkan gejala ringan [10,20]. Pasien yang terinfeksi Omicron memiliki lebih
sedikit atau tidak ada gejala yang berhubungan dengan neurotropisme (yaitu, hilangnya rasa dan
bau), yang khas dengan jenis virus sebelumnya [18,28-32]. Pergeseran tropisme ini dikaitkan
dengan berkurangnya ketergantungan Omicron pada sel yang mengekspresikan TMPRS22 ,
seperti saluran pernapasan bagian bawah, otak, jantung, ginjal, dan organ ekstrapulmoner lainnya
[33].
Di antara kasus awal VOC Omicron yang dilaporkan pada akhir tahun 2021 oleh negara-
negara UE/EEA kepada TESSy, 7 dari setiap 10 kasus menunjukkan gejala [30]. Selanjutnya,
rentang usia rata-rata untuk kasus yang dilaporkan ini adalah antara 20 dan 49 tahun [30]. Insiden
kasus Omicron lebih tinggi di antara perempuan dibandingkan dengan laki-laki [34]. Para pasien
dengan kondisi yang sudah ada sebelumnya dan mereka yang mengalami serangan pernapasan
akut termasuk di antara rawat inap terkait Omicron [34]. Selanjutnya, dilaporkan bahwa risiko
masuk rumah sakit dan ICU lebih rendah dibandingkan dengan gelombang sebelumnya di Afrika
Selatan [34]. Selain itu, proporsi pasien yang lebih rendah membutuhkan terapi oksigen dan ventilasi mekan
Median lama tinggal berkurang setengahnya dalam gelombang saat ini dibandingkan dengan
apa yang diamati pada gelombang sebelumnya (3-4 hari vs 7-8 hari) [34]. Data awal dari Afrika
Selatan menunjukkan bahwa Omicron menyebabkan gejala yang tidak terlalu parah daripada
virus SARS-CoV-2 asli, meskipun beban kasus yang meningkat pesat dan penularan secara
keseluruhan tetap menjadi perhatian serius. Omicron tampaknya melemahkan hubungan antar kasus
dan kematian, yang didukung oleh bukti berbasis di Inggris, yang menyatakan bahwa tingkat kasus
Omicron di Inggris adalah 35% per hari; Namun, angka kematian terus menurun, tidak seperti pola
yang diamati pada gelombang pertama pandemi COVID-19 [30,35]. Data juga menunjukkan
bahwa setiap 3 dari 10 kasus yang muncul dalam kasus yang ada telah divaksinasi lengkap, yang
menunjukkan kemampuan Omicron untuk menghindari respon imun [34].
Machine Translated by Google

Mikroorganisme 2022, 10, 451 4 dari 7

5. Potensi untuk Melarikan Diri Kekebalan

Bukti tingkat populasi dari Afrika Selatan memperkirakan bahwa rasio bahaya untuk infeksi
ulang Omicron dan infeksi primer adalah 2,39, menunjukkan kemungkinan penghindaran dari
kekebalan alami yang diperoleh dari infeksi sebelumnya [12,36]. Ini konsisten dengan premis umum
bahwa antibodi yang dihasilkan setelah respons alami memiliki titer yang lebih rendah dan disipasi
yang lebih besar, sehingga mengurangi kekebalan dari waktu ke waktu [12,36]. Penting untuk
mengeksplorasi dimensi efektivitas vaksin, terutama antar negara yang telah menggunakan
berbagai jenis vaksin. Mengingat divergensi genetik Omicron dengan pendahulunya, urutan genetik
yang muncul yang mengkode protein lonjakan telah didokumentasikan untuk selubung dari masing-
masing imunoglobulin atau respon humoral [37]. Setelah menganalisis titer antibodi penetralisir
serum dari individu yang divaksinasi, kapasitas netralisasi lebih rendah untuk Omicron [37-43].
Namun, kapasitas netralisasi dipertahankan di antara individu yang divaksinasi, yang juga memiliki
riwayat infeksi sebelumnya [38,39].
Menariknya, satu studi oleh Cele et al. [44] melaporkan tingkat antibodi penetralisir yang tinggi
dalam plasma subjek yang memiliki riwayat infeksi sebelumnya dan telah divaksinasi lengkap.
Menurut laporan (tidak dipublikasikan) oleh Andrew et al., efektivitas vaksin meningkat
75-80% setelah pemberian dosis booster [45]. Ini mungkin relatif lebih rendah daripada
varian Delta, tetapi masih mendorong untuk menangani hal-hal yang tidak diketahui dari Omicron.
Beberapa penelitian telah membandingkan sifat imunogenik dari vaksinasi homolog dan heterolog,
dan menemukan bahwa rejimen prime-boost heterolog menunjukkan aktivitas penetralan yang
lebih tinggi dibandingkan dengan vaksinasi homolog [46]. Lebih banyak data akan diperlukan untuk
mengkonfirmasi temuan ini. Data yang ada menunjukkan penurunan efisiensi vaksin dalam
netralisasi antibodi; namun, imunitas yang diperantarai sel tetap tangguh dalam menawarkan
perlindungan dari penyakit parah [37-43,47]. Sel T menawarkan imunitas yang diperantarai sel dan
memiliki kemampuan untuk mengenali virus yang bermutasi melalui banyak tempat di luar protein lonjakan [3
Selain itu, sel T memberikan kekebalan jangka panjang yang tidak memudar secepat antibodi alami
[45-48].

6. Pengujian
Laboratorium Meskipun tes reverse transcription—polymerase chain reaction (RT-PCR)
tetap menjadi standar emas dalam pengujian COVID-19, banyak tes deteksi antigen cepat (RADT)
dan self-RADT telah diperkenalkan dan diadopsi secara luas. Dengan munculnya varian baru,
penurunan sensitivitas RADT belum dilaporkan [49]. Studi telah melaporkan efektivitas tes antigen
dalam mendeteksi varian Omicron pada pengenceran terendah [49].
Penting untuk dicatat bahwa penelitian yang akan memberikan lebih banyak wawasan tentang
sensitivitas analitis RADT untuk mendeteksi varian Omicron dalam pengaturan dengan transmisi
tinggi sedang berlangsung. Tes kegagalan target gen S (SGTF) berbasis RT-PCR yang tidak
mendeteksi gen S dengan penghapusan 69-70 dapat berfungsi untuk menyaring Omicron VOC
[49,50]. Skrining untuk substitusi asam amino spesifik VOC juga dapat dilakukan dengan
menggunakan tes RT-PCR spesifik yang menargetkan polimorfisme nukleotida tunggal (SNP) [49].
Beberapa kit uji SNP yang tersedia secara komersial untuk identifikasi T478K, N501Y dan P681H
gagal mengidentifikasi mutasi ini untuk Omicron, bahkan dengan mutasi gen S [50]. FDA AS telah
mengidentifikasi dan mendaftarkan tes molekuler yang mungkin dipengaruhi oleh mutasi varian
Omicron baru [51]. Tes RT-PCR real-time yang saat ini banyak digunakan dapat mendeteksi varian
baru, tetapi tes deteksi antigen cepat mungkin memerlukan studi konfirmasi lebih lanjut dalam hal ini.

7. Terapi WHO
membentuk Joint Advisory Group on COVID-19 dengan tujuan mengumpulkan dan
mensintesis bukti terkait potensi dampak munculnya Omicron terhadap efektivitas obat yang
sedang digunakan atau sedang diselidiki [52-54]. Saat ini, bukti terbatas tersedia mengenai
efektivitas bioekivalen terapi antibodi monoklonal, termasuk Sotrovimab, Casirivimab, Imdevimab,
Bamlanivimab, dll. [54] terhadap Omicron. Beberapa laporan awal telah menunjukkan bahwa
campuran koktail Casirivimab dan Imdevimab tidak menetralkan Omicron in vitro [53], sedangkan
Machine Translated by Google

Mikroorganisme 2022, 10, 451 5 dari 7

kemampuan netralisasi Sotrovimab dipertahankan terhadap Omicron [53,54]. Ada anggapan awal
berdasarkan analisis genetik mengenai kemanjuran Remedisivir yang mungkin terus aktif melawan
Omicron; namun, data studi konfirmasi laboratorium diperlukan [53,54]. Data klinis dan laboratorium
tentang efektivitas antivirus oral yang lebih baru terhadap Omicron belum tersedia. Karena perubahan
genomik, varian mungkin responsif terhadap beberapa pengobatan yang tersedia dan mungkin tidak
menanggapi modalitas lain yang efektif melawan virus asli. Untuk menilai efek pada tiga perawatan
antibodi monoklonal yang tersedia saat ini (Sotrovimab, Bamlanivimab dan Etesevimab, dan REGEN-
COV) lebih banyak data perlu dievaluasi [54].

8. Respons Kesehatan Masyarakat untuk Meminimalkan Penularan Omicron

Sama halnya dengan penyakit menular dan sangat mudah menular lainnya, upaya di tingkat
makro ( tingkat negara) dan mikro (tingkat individu) sangat penting. Pertama dan terpenting, surveilans
memainkan peran integral dalam respons kesehatan masyarakat dalam membatasi penularan Omicron.
Baru-baru ini, CDC membentuk sistem pengawasan genomik untuk meningkatkan pemahaman tentang
strain dominan yang beredar di masyarakat. CDC telah bermitra dengan laboratorium komersial dan
universitas untuk melengkapi upaya pengurutan kesehatan masyarakat dan melakukan penelitian
pengawasan genom [55]. Menurut rekomendasi WHO, negara-negara harus memperluas infrastruktur
penelitian mereka untuk mengembangkan pendekatan berbasis sains untuk mengekang penyebaran
COVID-19. Memastikan akses yang adil ke perawatan kesehatan akan sangat penting untuk mengatasi
efek yang berbeda dari pandemi dan tantangan baru yang disebabkan oleh strain yang bermutasi. Di
tingkat individu, physical distancing, penggunaan masker, menghindari pertemuan publik dan vaksinasi
akan tetap bermanfaat dalam menekan penyebaran.

Kontribusi Penulis: Konseptualisasi, SA dan VG; metodologi, SAS, GD; perangkat lunak,
YAA, MYA dan KB; validasi, SMA, RJ dan AO; analisis formal, KB; investigasi, SA; sumber
daya, PS; kurasi data, SMA; menulis—persiapan draf asli, SA; menulis—ulasan dan
penyuntingan, VG; visualisasi, KB; pengawasan, GD; administrasi proyek, SAS, MYA dan
YAA; akuisisi pendanaan , RJ dan AO Semua penulis telah membaca dan menyetujui versi naskah yan
Pendanaan: Penelitian ini didanai oleh Dekanship of Scientific Research di King Khalid University melalui
Small Research Group Project dengan nomor hibah (RGP.1/336/42).
Konflik Kepentingan: Para penulis menyatakan tidak ada konflik kepentingan.

Referensi

1. Pusat Pengendalian dan Pencegahan Penyakit Penularan Coronavirus Disease 2019 (COVID-19). Tersedia online: https:
//www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/index.html (diakses pada 21 Januari 2022).
2. Kelompok Studi Coronaviridae dari Komite Internasional tentang Taksonomi Virus. Spesies coronavirus terkait sindrom pernapasan akut yang
parah: Mengklasifikasikan 2019-nCoV dan menamakannya SARS-CoV-2. Nat. Mikrobiol. 2020, 5, 536–544. [CrossRef]
3. Lilin, RS; Christian, MD Rekomendasi praktis untuk perawatan kritis dan tim anestesiologi yang merawat virus corona baru
(2019-nCoV) pasien. Bisa. J. Anesth. 2020, 67, 568–576. [CrossRef] [PubMed]
4. Worldometer. Pandemi Virus Corona COVID-19. 2022. Tersedia online: https://www.worldometers.info/coronavirus/
(diakses pada 21 Januari 2022).
5. Pusat Pengendalian dan Pencegahan Penyakit. Klasifikasi dan Definisi Varian SARS-CoV-2. 2021. Tersedia online:
https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/variants/variant-info.html (diakses pada 6 Desember 2021).
6. Pusat Pengendalian dan Pencegahan Penyakit. Varian Omicron: Yang Perlu Anda Ketahui. 2021. Tersedia online: https: //www.cdc.gov/
coronavirus/2019-ncov/variants/omicron-variant.html (diakses pada 31 Desember 2021).
7. Boynton, S. Kapan Gelombang Omicron Akan Berakhir? Data Menyarankan Itu Bisa Segera, tetapi Para Ahli Waspada. Tersedia secara online:
https://globalnews.ca/news/8494760/omicron-wave-end-covid/ (diakses pada 10 Januari 2022).
8. Pemerintah Afrika Selatan. Kabinet Menyetujui Beberapa Perubahan pada Penyesuaian Peraturan Tingkat 1 Waspada COVID19 [Inter net].
2021. Tersedia online: https://www.gov.za/speeches/cabinet-approves-several-changes-adjusted-alertlevel-1-covid-19 -peraturan-30-
des-2021 (diakses pada 10 Januari 2022).
9. Organisasi Kesehatan Dunia. Pembaruan pada Omicron 2021. Tersedia online: https://www.who.int/news/item/28-11-2021-update
di-omikron (diakses pada 6 Desember 2021).
10. Pusat Pencegahan dan Pengendalian Penyakit Eropa. Pembaruan Epidemiologi: Omicron Variant of Concern (VOC)-Data Per 11 Desember
2021. Tersedia online: https://www.ecdc.europa.eu/en/news-events/epidemiological-update-omicron-variant concern-voc-data-11-
desember-2021 (diakses pada 21 Januari 2022).
Machine Translated by Google

Mikroorganisme 2022, 10, 451 6 dari 7

11. Liu, L.; Iketani, S.; Guo, Y.; Chan, JF-W.; Wang, M.; Liu, L.; Luo, Y.; Chu, H.; Huang, Y.; Nair, MS; dkk. Penghindaran Antibodi yang Menyerang Dimanifestasikan
oleh Varian Omicron dari SARS-CoV-2. Alam 2021. [CrossRef] [PubMed]
12. Pulliam, JRC; van Schalkwyk, C.; Gubernur, N.; von Gottberg, A.; Cohen, C.; Pengantin pria, MJ; Dushoff, J.; Mlisana, K.; Moultrie, H. Peningkatan risiko
reinfeksi SARS-CoV-2 terkait dengan munculnya varian Omicron di Afrika Selatan. Medrxiv 2021.
[CrossRef]
13. McCreesh, N.; Dlamini, V.; Edwards, A.; Oliver, S.; Dayi, N.; Dikgale, K.; Nxumalo, S.; Dreyer, J.; Baisley, K.; Siedner, MJ; dkk.
Dampak epidemi COVID-19 dan peraturan jarak sosial terkait pada kontak sosial dan potensi penularan SARS-CoV-2 di
pedesaan Afrika Selatan: Analisis survei lintas seksi berulang. Infeksi BMC. Dis. 2021, 21, 928. [CrossRef] [PubMed]
14. Mohiuddin, M.; Kasahara, K. Menyelidiki agresivitas varian Omicron COVID-19 dan saran kemungkinannya
pilihan pengobatan. bernapas. Med. 2021, 191, 106716. [CrossRef] [PubMed]
15. Prancis, G.; Hulsa, M.; Nguyen, D.; Sobotka, K.; Wedster, K.; Corman, J.; Aboagye-Nyame, B.; Dion, M.; Johnson, M.; Zalinger, B.; dkk. Dampak Strain Rumah
Sakit terhadap Kematian Berlebihan Selama Pandemi COVID-19-Amerika Serikat, Juli 2020–Juli 2021.
MMWR Morb. Makhluk hidup. jelek. Rep. 2021, 70, 1613–1616. [CrossRef]
16. Kannan, SR; Spratt, AN; Sharma, K.; Chand, HS; Byrareddy, SN; Singh, Varian K. Omicron SARS-CoV-2: Fitur unik
dan dampaknya pada antibodi yang sudah ada sebelumnya. J. Autoimun. 2022, 126, 102779. [CrossRef]
17. Lubin, JH; Markosian, C.; Balamurugan, D.; Pasqualini, R.; Arap, W.; Burley, SK; Khare, SD Model struktural varian Omikron SARS-CoV-2 dalam kompleks
dengan reseptor ACE2 atau antibodi menyarankan antarmuka pengikatan yang berubah. bioRxiv 2021, 12, 472313.
[CrossRef]
18. Saxena, SK; Kumar, S.; Ansari, S.; Paweska, JT; Maurya, VK; Tripati, AK; Abdel-Moneim, AS Karakterisasi varian novel SARS-CoV-2 Omicron (B.1.1.529) yang
menjadi perhatian dan perspektif globalnya. J. Med. virus. 2021. [CrossRef]
19. Mannar, D.; Saville, JW; Zhu, X.; Srivastava, SS; Berezuk, AM; Tuttle, KS; Marquez, AC; Sekirov, saya.; Subramaniam, S.
Varian Omikron SARS-CoV-2: Penghindaran antibodi dan struktur cryo-EM dari kompleks protein-ACE2 lonjakan. Sains 2022. [CrossRef]
20. Kumar, S.; Tambiraja, TS; Karuppanan, K.; Varian Subramaniam, G. Omicron dan Delta dari SARS-CoV-2: Perbandingan
studi komputasi protein spike. J. Med. virus. 2021. [CrossRef]
21. Pusat Pengendalian Dan Pencegahan Penyakit. Ikhtisar Singkat: Omicron (B.1.1.529) Varian. 2021. Tersedia online: https://www.cdc. gov/coronavirus/2019-
ncov/science/science-briefs/scientific-brief-omicron-variant.html (diakses pada 31 Desember 2021).
22. Scialo, F.; Daniel, A.; Amato, F.; Pastore, L.; Matera, MG; Cazzola, M.; Castaldo, G.; Bianco, A. ACE2: Reseptor Masuk Sel Utama untuk SARS-CoV-2. Paru
-paru 2020, 198, 867–877. [CrossRef]
23. Yusuf, S.; Nair, B.; Nath, LR Peran Tak Terelakkan Reseptor ACE-2 dalam Infeksi SARS-CoV-2 dan Penggunaan Kembali Obat sebagai
Terapi SARS-CoV-2 yang Masuk akal: Risalah Ringkas. Curr. mol. Med. 2021, 21, 888–913. [CrossRef]
24. Zhao, H.; Lu, L.; Peng, Z.; Chen, L.-L.; Meng, X.; Zhang, C.; Chan, W.-M.; Chu, AW-H.; Chan, K.-H.; Jin, D.-Y.; dkk. Varian Omikron SARS-CoV-2 menunjukkan
aktivitas replikasi dan fusi yang kurang efisien jika dibandingkan dengan varian Delta pada sel yang diekspresikan TMPRSS2 . muncul. Mikroba Menginfeksi.
2022, 11, 277–283. [CrossRef]
25. Saito, A.; Irie, T.; Suzuki, R.; Maemura, T.; Nsaer, H.; Uriu, K.; Kosugi, Y.; Shirakawa, K.; Sadamasu, K.; Kimura, aku.; dkk.
Peningkatan fusogenisitas dan patogenisitas mutasi Delta P681R SARS-CoV-2. Alam 2021. [CrossRef]
26. Youk, J.; Kim, T.; Evans, KV; Jeong, Y.-I.; Hur, Y.; Hong, SP; Kim, JH; Yi, K.; Kim, SY; Na, KJ; dkk. Model Kultur Sel Punca Alveolar Manusia Tiga Dimensi
Mengungkapkan Respons Infeksi terhadap SARS-CoV-2. Sel Induk Sel 2020, 27, 905–919. [CrossRef]
27. Abbott, S.; Hellewell, J.; Thompson, RN; Sherratt, K.; Gibbs, HP; Bos, NI; Senin, JD; Meakin, S.; Doughty, EL; Chun, JY; dkk. Memperkirakan jumlah reproduksi
SARS-CoV-2 yang bervariasi waktu menggunakan jumlah kasus nasional dan subnasional.
Selamat Datang Buka Res. 2020, 5, 112. [CrossRef]
28. Lagu, WJ; Hui, CKM; Lambung, JH; Birring, SS; Mcgarver, L.; Mazone, SB; Chung, KF Menghadapi batuk terkait COVID-19 dan sindrom pasca-COVID: Peran
neurotropisme virus, peradangan saraf, dan respons neuroimun. Pernafasan Lancet. Med.
2021, 9, 533–544. [CrossRef]
29. Laporan dari Norwegia. Tersedia online: https://www.eurosurveillance.org/content/10.2807/1560-7917.ES.2021.26.50.2101147#f1
(diakses pada 10 Januari 2022).
30. Badan Keamanan Kesehatan Inggris (UKHSA). Varian Kekhawatiran dan Varian SARS-CoV-2 Dalam Penyelidikan di Inggris-
Technical Briefing 31. 2021. Tersedia online: https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/
lampiran_data/file/1040076/Technical_Briefing_31.pdf (diakses pada 10 Januari 2022).
31. Ibekwe, TS; Fasunla, AJ; Orimadegun, AE Systematic Review and Meta-analysis of Smell and Taste Disorders in COVID-19.
OTO Terbuka 2020, 4, 2473974X20957975. [CrossRef]
32. Hoffmann, M.; Kleine-Weber, H.; Schroeder, S.; Kruger, N.; Herler, T.; Erichsen, S.; Schiergens, TS; Herler, G.; Wu, N.-H.; Nitsche, A.; dkk. Masuknya Sel SARS-
CoV-2 Tergantung pada ACE2 dan TMPRSS2 dan Diblokir oleh Inhibitor Protease yang Terbukti Secara Klinis. Sel 2020, 181, 271–280. [CrossRef]

33. Dong, M.; Zhang, J.; Bu, X.; Tan, J.; Chen, L.; Liu, S.; Xin, Y.; Zhuang, L. ACE2, distribusi TMPRSS2 dan organ ekstrapulmonal
cedera pada pasien COVID-19. Bioma. apoteker. 2020, 131, 110678. [CrossRef]
34. Maslo, C.; Friedland, R.; Toubkin, M.; Laubscher, A.; Akaloo, T.; Kama, B. Karakteristik dan Hasil Pasien Rawat Inap di Afrika Selatan Selama Gelombang
Omikron COVID-19 Dibandingkan dengan Gelombang Sebelumnya. JAMA 2021, 327, 583–584. [CrossRef]
35. Burki, varian TK Omicron dan vaksin booster COVID-19. Pernafasan Lancet. Med. 2021, 10, e17. [CrossRef]
Machine Translated by Google

Mikroorganisme 2022, 10, 451 7 dari 7

36. Poudel, S.; Ishak, A.; Perez-Fernandez, J.; Garcia, E.; León-Figueroa, DA; Romani, L.; Bonilla-Aldana, DK; Rodriguez-Morales, AJ Varian Omikron SARS-CoV-2
yang sangat bermutasi memicu kekhawatiran yang signifikan di antara para ahli global—Apa yang diketahui sejauh ini?
Obat Perjalanan Menulari. Dis. 2021. [CrossRef]
37. Ahmad, SF; Quadeer, AA; Respons Sel T McKay, MR SARS-CoV-2 yang Dipicu oleh Vaksin atau Infeksi COVID-19 Diharapkan
untuk Tetap Kuat melawan Omicron. Virus 2022, 14, 79. [CrossRef]
38. Wilhelm, A.; Widara, M.; Grikscheit, K.; Toptan, T.; Schenk, B.; Pallas, C.; Metzler, M.; Kohmer, N.; Hoehl, S.; Helfritz, FA; dkk.
Mengurangi netralisasi varian Omikron SARS-CoV-2 oleh serum vaksin dan antibodi monoklonal. medRxiv 2021. [CrossRef]
39. Roessler, A.; Riepler, L.; Bante, D.; von Laer, D.; Kimpel, J. SARS-CoV-2 Omicron Variant Neutralization in Serum from Vaccinated and Convalescent Persons.
N. Inggris. J. Med. 2022. [CrossRef]
40. Planas, D.; Saunders, N.; Maes, P.; Guivel-Benhassine, F.; Planchais, C.; Buchrieser, J.; Bolland, W.-H.; Porrot, F.; Staropoli, saya.; Lemoin, F.; dkk. Pelarian
yang cukup besar dari SARS-CoV-2 Omicron ke netralisasi antibodi. Alam 2021. [CrossRef]
41. Krammer, F. Korelasi perlindungan vaksin SARS-CoV-2 sangat dibutuhkan. Nat. Med. 2021, 27, 1147–1148. Tersedia secara online:
https://www.nature.com/articles/s41591-021-01432-4 (diakses pada 10 Januari 2022). [CrossRef]
42. Hartley, GE; Edwards, ES; Ai, PM; Varese, N.; Stojanovic, S.; McMahon, J.; Peleg, AY; Bu, saya.; Drummer, DIA; Hogarth, PM; dkk. Generasi cepat memori sel
B yang tahan lama ke lonjakan SARS-CoV-2 dan protein nukleokapsid pada COVID-19 dan pemulihan.
Sci. kekebalan. 2020, 5, eabf8891. Tersedia online: https://immunology.sciencemag.org/content/5/54/eabf8891/43 (diakses pada 10 Januari 2022). [CrossRef]
[PubMed]
43. Lau, EH; Tsang, PL; Hai, DS; Kwan, SAYA; Chan, W.-h.; Chiu, SS; Ko, R.; Chan, KH; Cheng, S.; Perera, R.; dkk. Menetralkan titer antibodi pada infeksi SARS-
CoV-2. Nat. komuni. 2021, 12, 1–7. Tersedia online: https://www.nature.com/articles/s414 67-020-20247-4 (diakses pada 10 Januari 2022). [CrossRef]

44. Cele, S.; Jackson, L.; Khoury, DS; Khan, K.; Moyo-Gwete, T.; Tegally, H.; San, JE; Cromer, D.; Scheepers, C.; Amoako, D.; dkk.
SARS-CoV-2 Omicron memiliki pelepasan Pfizer BNT162b2 yang ekstensif tetapi tidak lengkap yang menimbulkan netralisasi dan membutuhkan ACE2 untuk
infeksi. medRxiv 2021. [CrossRef]
45. Andrews, N.; Stowe, J.; Kirsebom, F.; Tofa, S.; Rickard, T.; Gallagher, E.; Gower, C.; Kal, M.; Groves, N.; Connell, AMO'.; dkk. Efektivitas vaksin COVID-19
terhadap varian Omicron (B.1.1.529) menjadi perhatian. medRxiv 2021. Tersedia online: https://khub.net/documents/135939561/430986542/
Effectiveness+of+COVID-19+vaccines+against+Omicron+variant+of+ concern.pdf/f423c9f4-91cb-0274-c8c5-70e8fad50074 (diakses pada 10 Januari 2022).
[CrossRef]
46. Barros-Martins, J.; Hammerschmidt, SI; Cossmann, A.; Odak, saya.; Stankov, MV; Morillas Ramos, G.; Dopfer-Jablonka, A.; Heidemann, A.; Ritter, C.;
Friedrichsen, M.; dkk. Respon imun terhadap varian SARS-CoV-2 setelah vaksinasi ChAdOx1 nCoV-19/BNT162b2 heterolog dan homolog. Nat. Med. 2021,
27, 1525–1529. [CrossRef] [PubMed]
47. Hoffmann, M.; Kruger, N.; Schulz, S.; Cossmann, A.; Rocha, C.; Kempf, A.; Nehlmeier, saya.; Graichen, L.; Moldenhauer, AS; Winkler, MS; dkk. Varian Omicron
sangat resisten terhadap netralisasi yang dimediasi antibodi: Implikasi untuk pengendalian COVID-19. Sel 2021. [CrossRef] [PubMed]

48. De Marco, L.; Dorso, S.; Pirronello, M.; Verdiani, A.; Terminasi, A.; Fabrizio, C.; Capone, A.; Sabatini, A.; Guerrera, G.; Placido, R.; dkk. Reaktivitas sel T yang
diawetkan terhadap varian Omikron SARS-CoV-2 menunjukkan perlindungan lanjutan pada individu yang divaksinasi. bioRxiv 2021. [CrossRef]

49. Deerain, J.; Druse, J.; Trans, T.; Batty, M.; Yoga, Y.; Adas, M.; Dwyer, DE; Kok, J.; Williamson, DA Penilaian sensitivitas analitis sepuluh perangkat aliran lateral
terhadap varian omicron SARS-CoV-2. J.klin. Mikrobiol. 2021. [CrossRef] [PubMed]
50. Korukluoglu, G.; Kolukirik, M.; Bayrakdar, F.; Ozgumus, GG; Alta, AB; Cosgun, Y.; Ketre Kolukirik, CZ 40 menit RT-qPCR
Pengujian untuk Mutasi Pemutaran Spike N501Y dan HV69-70del. bioRxiv 2021. [CrossRef]
51. Badan Pengawas Obat dan Makanan AS (FDA). Mutasi Virus SARS-CoV-2: Dampak pada Tes COVID-19. 2021. Tersedia online: https://www.fda.gov/medical-
devices/coronavirus-covid-19-and-medical-devices/sars-cov2-viral-mutations-impact-covid 19-tes (diakses pada 10 Januari 2022).

52. Organisasi Kesehatan Dunia. Kelompok Penasihat Bersama WHO tentang Prioritas Terapi COVID-19. 2021. Tersedia online: https://www.who.int/publications/m/
item/who-joint-advisory-group-on-covid-19-therapeutics-prioritization---draft statement-on-the-possible- efek-dari-yang-baru-sars-cov-2-omikron-varian-pada-
pengobatan-pasien-yang dirawat di rumah sakit-covid-19 (diakses pada 24 Januari 2022).

53. Cameroni, E.; Saliba, C.; Bowen, JE; Rosen, LE; Culap, K.; Pinto, D.; VanBlargan, LA; Marco, AD; Zepeda, SK; Iulio, JD; dkk. Antibodi penetralisir secara luas
mengatasi Pergeseran Antigen Omikron SARS-CoV-2. Alam 2021. [CrossRef]
54. Aggarwal, A.; Stella, AO; Walker, G.; Akerman, A.; Milogiannakis, V.; Brilot, F.; Amatayakul-Chantler, S.; Roth, N.; Coppola, G.; Schofield, P.; dkk. SARS-CoV-2
Omicron: Penghindaran respons humoral yang kuat dan resistensi terhadap imunoterapi klinis relatif terhadap jenis virus konser. medRxiv 2021. [CrossRef]

55. Pusat Pengendalian dan Pencegahan Penyakit. Peran CDC dalam Varian Pelacakan. 2021. Tersedia online: https://www.cdc.gov/
coronavirus/2019-ncov/variants/cdc-role-surveillance.html (diakses pada 24 Januari 2022).